When Ash Ketchum and his friends stumble upon a Pokémon vacation resort, they decide to let their Pokémon have a day of fun and relaxation and let all their Pokémon out as the trainers go relax on their own.
Togepi leads Pikachu and friends on a wild adventure.
サトシやヒカリはポケモンたちと一緒にいったいどんな旅をしているのか。シンオウに来てからどんな人やポケモンと出会い、どんなバトルをしたのか。まだダイヤモンド・パールのことよく知らないというひとにもわかりやすくまとめた特別編だ。もちろん毎週見てくれているみんなにも名シーン、名バトルがてんこ盛り。
旅を続けるサトシ達一行は、水の都と呼ばれる美しい町「アルトマーレ」にやって来ていた。サトシとカスミはこの時期に行われるアルトマーレの名物「水上レース」に参加する。レース後に街を観光をしていると、サトシは女の子が襲われているところに遭遇する。助けている途中ではぐれてしまうが、博物館で再び姿を見かけ追いかける。不思議な壁を通り抜けた先の庭園で、その女の子は伝説のポケモン、ラティアスが変身していたと判明する。ラティアスが姿を借りていた少女カノンと、その祖父ボンゴレに、この町に伝わる御伽話を聞かされると、サトシはこの町に忍び寄る不穏を感じ取る。その裏では怪盗姉妹のザンナーとリオンが悪事を企てているのだった。
ポケモンマスターをめざし、まだ見ぬ地、ホウエン地方へ旅立ったサトシとピカチュウ。だが、ピカチュウが高熱を出してしまい、サトシはホウエン地方で有名なポケモン博士、オダマキのもとへ向かう。だがその治療中、われをうしなったピカチュウは外へ逃げ出してしまった。サトシとオダマキ博士もすぐにその後を追う。 一方、ホウエン地方に住むハルカも、ポケモントレーナーとして旅立つため、ポケモンをもらいにオダマキ博士のもとへやって来ていた。だが、研究所に博士がいないと知り、すぐさま博士の後を追いかけていく。 はたして逃げ出したピカチュウはぶじなのか?! そして新たな土地でのいきなりのピンチを、サトシはどう切りぬけるのか!?
ホウエン地方での新たな冒険の旅をはじめたサトシとピカチュウ。 ひょんなことからいっしょに行動することになった新人ポケモントレーナーのハルカと、ホウエンリーグへの参加登録のため、ポケモンセンターのあるコトキタウンをめざしていた。しかし、まだポケモンのあつかいになれないハルカとの道中はドタバタの連続。それでも、なんとかポケモンセンターにたどり着いた一行は、このセンター内でコトキ遺跡を調査しているというウメヅ博士から、古代ポケモンの謎について話を聞くことになる。博士は、その謎を最近といたという。 その夜、ウメヅ博士とサトシたちは、突然あらわれた複数の男たちにさらわれてしまう。謎の男たちの目的は一体なんなのか!? そしてコトキ遺跡には何がかくされているのか!?
ホウエンリーグへの参加登録をすませたサトシたちは、ホウエン地区最初のジム戦にのぞむため、自信満々でトウカシティへ向かっていた。しかしハルカは、トウカシティに着くとすぐにジムをさけるように街中に消えていったため、サトシは一人でトウカジムの門をたたいた。中から出てきたのは、ポケモントレーナーにあこがれる小さな男の子。その男の子は、サトシを見るとすぐに先のジョウトリーグでのサトシ戦の批判をしはじめた。ムッとするサトシは、ジムリーダーを出してくれと言うが、男の子は自分がジムリーダーだと言い出し…。
ハルカにくわえ、その弟マサトともいっしょに旅をすることになったサトシ。良くも悪くもにぎやかになった一行は、一番近いポケモンジムのあるカナズミシティをめざす。 森の中で「つばめポケモン」のスバメに出会ったサトシたちは、なわばり荒らしと思われ、スバメの群れにおそわれてしまう。スバメたちは、持ち前の負けん気でピカチュウの10万ボルトもなんのその。そしてサトシたちは、スバメ軍団にとりかこまれてしまい絶体絶命のピンチに。 そこに飛びこんできて一行をすくったのは、なんとトキワシティで別れたタケシだった!! ピンチをきりぬけたサトシたちは、再会をよろこびあい、ハルカとマサトもタケシとすぐに打ちとける。しかしその頃、スバメの強いガッツに目をつけたロケット団が、スバメを利用したピカチュウゲット作戦をたくらんでいて…。
カナズミシティを目ざし旅をつづけるサトシたちは、森で異様に大きな「まめだぬきポケモン」のジグザグマと出会う。しかしそれは、ポケモンの着ぐるみを着てポケモンの気持ちを理解するという一風変わった少年、キヨの変そうした姿だった。 トウカジムへジム戦をいどみに行くとちゅうの彼は、ちょうどいい機会と、トウカジムの娘であるハルカにポケモンバトルを申しこむ。ハルカは受けてたつが、トレーナー初心者のため、なれないバトルにあっさり負けてしまう。トウカジムも楽勝だと言いのこし、得意になってジグザグマのゲットに向かうキヨ。くやしいが、ハルカは文句を言うことしかできない。しかし弟・マサトは、ハルカのみならずジムリーダーの父親をバカにしたキヨにしかえししようと、ひとり別行動を取りはじめてしまい…。
カナズミシティに向かう森の中を行くサトシ一行。この辺では最近、非道なポケモン密猟者が出没しているらしい。密猟者が使った捕獲ネットの一部を見つけたことから、犯人逮捕の手助けをすることになるサトシたち。 その頃、いつものようにピカチュウゲットのため落とし穴を掘ろうとしていたロケット団は、偶然、密猟者のつかまえた大量の「どくタイプポケモン」アーボとドガースを発見する。みずからの相棒アーボックとマタドガスも、もともとはアーボとドガースを育てて進化させたもの。２体に思い入れのあるロケット団は、彼らを助けて自分たちがいただいてしまおうとたくらむ。だが、あっさりと密猟者・リョウに見つかり、逆に彼らのアーボックとマタドガスまでねらわれるはめに。てごわいポケモンを使いこなすリョウに、ロケット団はまったく歯が立たなくて…。
旅のとちゅう、森の中で以前から気になっていた「もりトカゲポケモン」のキモリに出会ったサトシは、ゲットしようと大いにはりきるが、気持ちが先ばしって斜面を転がり落ちてしまう。サトシの転がりついた先には神秘的な巨大樹が。そして、その存在感に引きよせられるように近づいたサトシに、一匹のキモリがおそいかかってきた。 サトシはピカチュウで応戦するものの、キモリのすばやさに押され気味。しかし、数匹のキモリたちがわりこんできたため、わけのわからぬまま戦いは休戦してしまう。どうやらこのキモリたちは、巨大樹のもとで一匹で住みつづけるキモリを連れに来たらしい。意地でもここをはなれることを拒否するキモリに、ほかのキモリたちはこまりはててしまうが、サトシはひたむきに巨大樹のめんどうを見るキモリを応援しはじめる。そんな時、キモリの大量ゲットをたくらんだロケット団があらわれ…。
森の公園でランチをとるサトシたち一行。旅でもっとも楽しい時間のひとつだ。そんな楽しい時間をすごす一行の食料を、しげみの中から「どくへびポケモン」のハブネークがねらっていた。ハルカのポケモン・アチャモはもてあそばれ、食料をとられてしまうが、サトシのキモリがあざややかにとりかえす！ しかし、おこったハブネークの反撃により、キモリは右腕に深手を負ってしまう。 急きょポケモンセンターで治療を受けることになったキモリは、ハブネークにおくれをとった自分をゆるせない。そして、ハブネークと決着をつけるため、ポケモンセンターをぬけ出していく…。ロケット団がハブネークのゲットをねらう中、キモリの意地をかけた第２ラウンドが始まる!!
カナズミシティへの道中、長かった森をぬけ、ひさしぶりに街へたどりついたサトシたちは、それぞれ都会を満きつしようと２組に分かれて別行動をとることにした。 とりあえず腹ごしらえしようとしたサトシとマサトは、路地でおびえている「きのこポケモン」キノココを発見する。最初はサトシたちを警戒するキノココだが、やさしくなだめる２人に心を開いてくれる。森に生息するはずの野生のキノココが街にいるのを不思議に思ったサトシは、とりあえずポケモンセンターへ連れて行こうとするが、その途中、古びた館の前を通りかかると、突然キノココは屋敷内へとかけ出して行く。サトシたちはあわててそれを追うが…。 その頃､ショッピングに向かっていたハルカとタケシは、この街にあるというのろわれた屋敷のウワサを耳にしていたが…。
旅のとちゅう、サトシたちは「世界最強のポケモンがいる」とうたう非公式のポケモンジムを見つける。一行は「世界最強」という言葉をうたがいながらもきょうみがあるようす。サトシたちがジムの門をたたくと、中からは少年アントニーと「みずどりポケモン」のペリッパーが出てきた。サトシはさっそくバトルを開始するが、「みずタイプ」のペリッパーの口からは「くさタイプ」のワザ、さらに「ほのおタイプ」のワザまでもが飛び出してきた!! 常識ではありえないワザのバリエーションに、キモリ、スバメがつぎつぎとたおされる。ピカチュウがなんとか引き分けに持ちこむが、大ダメージを負い、サトシは３匹をポケモンセンターで治療してもらうことになってしまう。 そのころ、ペリッパーが最強のポケモンだと聞いたロケット団は、ペリッパーをぬすもうとしたとき、偶然にも変幻自在なワザの秘密をあばいてしまう！ ここぞとばかりにひともうけをたくらむロケット団だが…。 はたして世界最強ポケモンの秘密とは一体なんなのか!?
旅のとちゅう､サトシたち一行は、まよいこんだポケモン保護区で、カクリという女性と「かみつきポケモン」のグラエナたちに出会う。彼女らはこの保護区を密猟者からまもっているポケモン保護官なのだという。強そうなグラエナと、保護官とドクターの資格を持つカクリをあこがれのまなざしで見る一行。しかしグラエナたちにまじって、１匹だけグラエナの進化前であるポチエナの姿が…。どうやら、ほかのグラエナと同じ時期に生まれたのだが、なぜかこのポチエナだけ進化がおくれているらしい。ポケモンの進化を見たことのないマサトは、どうしてもポチエナの進化を見たいと言いはじめた。しかたなく、一行はしばらくここにとどまることにするが…。
旅のとちゅう､サトシたちはひと休みしていた湖で「うきくさポケモン」のハスボーたちと、フラワーショップの三姉妹ノリコ、レイコ、ナオコと知り合う。彼女たちの店におじゃますることになった一行は､おいしい木の実の料理をいただきながら、ポケモンにさまざまな効果があるという木の実の話でもりあがる。 三姉妹の末っ子・ナオコは、どうやらタケシのことを気に入ってしまったようす。木の実の中でもめずらしい「オボンの実」をタケシが見てみたいと言ったことから、ナオコはひとりで森へさがしに出かけてしまった！ 森は暗く、夜になれば迷子になる可能性も高い。サトシたちは急いでナオコをさがしに出かけるが…。
ホウエン地方最初のジム戦にのぞむためカナズミシティをめざすサトシたちは、カナズミシティまでほど近い場所にある他目的施設「カナズミホール」で、ポケモンコンテストの開催を聞きつける。これは、強さで勝負するポケモンバトルとはちがい、ワザのあざやかさや、ポケモンのそだちぐあいで勝敗を決めるポケモンコンテスト。きょうみを持った一行は参加をもうしこむが、残念ながらエントリーは終了していた。しかし、知り合った出場者メグミとエイジの好意で、アシスタントとして出場させてもらうことに。さらに今回は、その昔コンテスト参加経験のあるようすのロケット団のムサシも出場する!? コンテストになみなみならぬ関心をよせるハルカがドキドキしている中､バトルとはひと味もふた味もちがう華麗なポケモンコンテストが今､始まる!!
元気よくと深い森の中を行くサトシたち。この森をぬければ、最初の目的地カナズミシティだ。そこにひょっこりあらわれた１匹の「いもむしポケモン」ケムッソ。先のポケモンコンテストで見た「ちょうちょポケモン」アゲハントの美しさに心うばわれているハルカは、すかさずアゲハントの進化前のすがたであるケムッソゲットへのり出す。大切にそだてて、アゲハントに進化させたいのだ。にげたケムッソを追い、ハルカはサトシたちをのこしてひとり森の奥へ…。 一方､コンテストではさんざんな結果だったロケット団も、アゲハントへの進化を期待してケムッソをねらっていた。 ケムッソをさがす２組は、森の中でばったり出くわす。華麗なアゲハントを夢見ているハルカとロケット団のケムッソそうだつ戦が始まる！ はたして、ハルカははじめてのポケモンゲットとなるのか!? ケムッソをゲットするのはいったいどちらなのか!?
ホウエン地方最初のジム戦にのぞむため、とうとうカナズミシティまでやって来たサトシたち一行。さっそくカナズミジムのジムリーダー兼ポケモントレーナーズスクールの先生のツツジと知り合えたサトシたちだが、ジム戦の前に、ポケモンについてさまざまなことを学ぶトレーナーズスクールを見学させてもらうことに。ポケモン入門クラスからコンテストクラス、ドクタークラスと、はば広いスクールの内容に、一同わくわくする。中でもマサトは、ポケモンをまだ持てない子供用の入門クラスに、キラキラと目をかがやかす。それを見た校長の好意により、なんとマサトはこのクラスを一日体験できることに！ ポケモンがこわくてさわれない子や、ポケモンにきょうみのない子、マサトにライバル心を燃やす子たちとつくえをならべ、マサトのトレーナーズスクール一日体験がはじまった！
カナズミシティについたサトシたちは、ついにホウエン地方最初のジム戦にいどむ日をむかえた。以前から、バトルよりもワザのあざやかさなどをきそうポケモンコンテストにきょう味のあったハルカは、コンテストを目ざすことを決心し、ジム戦を辞退。今回はサトシひとりの挑戦だ。 防御力の高い岩タイプのポケモンをつかうジムリーダー、ツツジに対抗するため、岩タイプに効果抜群のワザ「アイアンテール」を特訓してきたサトシとピカチュウ。だが、完ぺきに使いこなせないピカチュウは、苦戦することに…。ツツジと岩ポケモン「ノズパス」の強れつな攻撃がふりそそぐ中、新たなワザ「アイアンテール」をくり出すことはできるのか?!
カナズミジムでジム戦に勝利し、心は早くもつぎのムロジムにむかっているサトシとその一行。しかし、ムロジムのあるムロ島への連絡船まちで、一行はしばしカナズミシティで自由行動をとることに。 街でマサトは、アパレルから食品までなんでも作る夢のような会社、デボンコーポレーション社長のツワブキと知り合う。子供が大好きなツワブキに気に入られ、デボンコーポレーション本社を見学させてもらうことになったマサトは、つぎつぎに出てくる発明品に大こうふん！ そんな中、２人は社員に変そうしている男を見つけ、あやしいと思い尾行をはじめる。そのころ、研究所では設計図がぬすまれ大さわぎになっていた。 はたして設計図はその男がぬすんだのか?! その男の正体とは?!
ひと月に数本しか出ないムロ島（じま）行きの連絡船にのろうとしていたサトシたち一行は、ハルカのかんちがいでひと便のりすごしてしまう。せきにんを感じムロ行きの船をさがしていたハルカだったが、もと船のりのハギという老人と知り合い、なかよくなる。ハギはムロまで船を出してくれるという。しかし、サトシたちをつれてふたたびおとずれたハルカを待っていたのは、さっきとはうって変わりつめたくおっぱらおうとするハギだった。キツネにつままれたような一行のもとに、ジュンサーさんから気になる情報が。どうやらこの近くで、デボンコーポレーションにしのびこんだアクア団が仲間と合流するらしい。海で仲間と合流するであろうアクア団と、船を持つハギ老人の変化にはなにか関係があると考えた一行は、いそいでハギ老人のもとへともどる！ はたしてハギ老人とアクア団はどんな関係があるのか?! そしてサトシたちはアクア団をつかまえることができるのか?!
次のジム戦にのぞむため、サトシたちはハギ老人の船でムロジムのあるムロ島（じま）へむけて船を走らせていた。 しかし、気持ちのよい船旅にすっかりくつろいでしまった一行は、しばしバカンスを楽しもうと、ハギ老人の秘密の無人島に立ちよることに。なかよく水遊びをしていたところ、とつぜんおそいかかってきたのは、「きょうぼうポケモン」サメハダー！ あぶないところを海岸までのがれた一行だが、島は完全にサメハダーのむれにかこまれていた。どうやらここは彼らのテリトリーらしい。サトシたちのポケモン数体ではまったく勝ちめがない。タケシはいちばん大きい１匹のボスサメハダーをねらうことを提案するが…。
早くもホウエン地方２つめのジムバッジをゲットすべく、ムロジムにやってきたサトシたち。ところが、ムロのジムリーダートウキは、サトシのジム戦のもうしいれをことわって、サーフィンに出かけてしまった。ジム戦にもえていたサトシははらを立て、しつこくおいすがり、やっとのことでジム戦をうけてもらう。トウキを波のり好きのおちゃらけたヤツと決めつけているサトシは、自信まんまんで勝負をしかける！ しかし、力でおすサトシ攻撃を、トウキのポケモンはサーフィンじこみの身のこなしでことごとくよけていく。いらだってまわりの見えないサトシは、それでも力ずくでせめるが…。
ムロでのジム戦で、ジムリーダーのトウキにやぶれたサトシは、自分の実力はまだまだだと思い、ムロ島でしばらくしゅぎょうをつむことに決めた。しかしその時、サトシたちのポケモンをうばおうとロケット団があらわれた！ なんとかロケット団をおっぱらうサトシたちだったが、気がつくとハルカのケムッソとロケット団のケムッソが入れかわっていた！ ケムッソは自分ではじめてゲットしたポケモンだという思い入れがあるハルカは、自分のケムッソがひきょうなロケット団といっしょにいると思うと不安でたまらない。こぼれそうななみだをこらえ、ロケット団をさがしに走るハルカだったが…。
ムロジム再戦にむけて修業をするため、うでのいいトレーナーというウワサのダイゴをさがして「石のどうくつ」にやってきたサトシたちは、どうくつの中で待ちかまえていたロケット団の落としあなにまんまとはまってしまう。だがその時、落としあなのまわりの地面がかんぼつしてしまった。一行は、ロケット団もろともどうくつの奥底へところがり落ちてしまう。 気がつくと、マサトのまわりにはピカチュウとニャースしかいない。どうやらみんなバラバラな場所に落っこちたようだ。 マサトたちがだっしゅつしようと動き出したころ、サトシ・タケシ・コジロウ組とハルカ・ムサシ組も出口をさがして動きはじめていた。「てつよろいポケモン」ココドラが住みつくこの危険などうくつで、ケンカのたえない３組はぶじ合流して、だっしゅつできるのか!? そしてサトシはダイゴに会えるのか!?
サトシたち一行は、ムロ島の海辺にテントをはり、ポケモン修業をつづけていた。そんななか、とつぜん砂の中を走るなぞの生き物が、サトシたちをおそった。つかまえようとするサトシたちだったが、その生き物はすごいパワーの持ち主で、おさえることすらできない。そして生き物は、テントをあらしまくってどこかへ消えてしまった。あっけにとられながらもきょうみをもったサトシたちは、ふたたびやって来るであろうなぞの生き物の正体をあばくことにする。 ジッと相手を待つサトシたち…。するとその夜、謎の生き物はやっぱりあらわれた!!
気はいいが少々あらっぽい「ごろつきポケモン」ヘイガニを新たな仲間にくわえ、サトシたちはムロ島での修業をつづけていた。そこへあらわれたロケット団とのバトルの中で、ヘイガニは急に高熱を出したおれてしまう。モンスターボールにもどしたいところだが、ボールははなれたキャンプテントにおいたまま。サトシはポケモンセンターまで行ってちりょうしてもらおうと、ヘイガニをかついで走り出した！ だが、ポケモンセンターへは橋のない川をわたって行くしかない。さらに、この川には「どうもうポケモン」キバニアがたくさん住んでいて…。
ムロジムのジムリーダー・トウキに勝つため修業をつづけているサトシたちは、自分をきたえることとめずらしいポケモンをさがすことをねらい、名もなき川をたどるぼうけんに出た。一行は小さな沼で「ぬまうおポケモン」のミズゴロウと、沼の主「沼じい」と知り合う。なんでもここは初心者用にミズゴロウのタマゴをかえし、そだてている場所なのだとか。ブリーダーに通じるものがあるとタケシがきょうみをしめしていたところ、ミズゴロウをまとめてうばおうとロケット団があらわれた！ 水量をコントロールしていたそうちがこわされたため、ミズゴロウたちは沼にながれこんだ大量の水におしながされそうになってしまった!! はたしてサトシたちはこのピンチにどう立ちむかうのか!? そしてミズゴロウたちをまもることができるのだろうか!?
とあるどうくつで修業をつづけていたサトシたちは、そこでねていた「おおごえポケモン」ドゴームをうっかりおこらせてしまう。あばれ出したドゴームからにげようとしているうち、サトシたちはなんと、ピカチュウたちとはぐれてしまうのだった。 そのころ、なんとか外にぬけだしたピカチュウたちポケモン一行は、サトシたちをさがそうとしていた。ポケモンたちは、ケンカをしながらも、ちょっとした遠足気分で森を行く。しかし、とつぜんあたりにふしぎな草ぶえがひびきわたると、ピカチュウたちはさいみんじゅつにかかったようにおなじ場所をぐるぐるとまわりはじめてしまった！ いったいポケモンたちになにが起きたのか!? そして草ぶえをふく者の正体は？
ムロジムとっぱをめざし、修業をつづけるサトシたちは、とあるどうくつでカズキという少年の秘密基地（ひみつきち）を発見する。しかし、かってに中に入ったサトシたちを見つけたカズキは、おこってすぐにおい出してしまう。そんなやりとりを見ていたロケット団は、カズキの秘密基地をのっとろうとするが、とつぜんあらわれたナゾのぐんだん「マグマ団」が基地をごういんにせんりょうしてしまった！ しかし、マグマ団は秘密基地には目もくれず、基地の中にあなをほりはじめると、どうくつのおくのほうへとおりていくのだった。 マグマ団のようすを見て、お宝があるのだと思ったロケット団は、そのあとをおう。カズキに話を聞いたサトシたちも、秘密基地をとりもどそうと、どうくつへひきかえすが…。
「アゲハントとドクケイル！進化の果てに！」(6/5) 今日もムロ島でしゅぎょうにはげむサトシたち。そこへ、一行のポケモンをうばおうとロケット団がおそいかかってきた！ そのバトルのさいちゅう、なんとハルカの「さなぎポケモン」カラサリスは、「ちょうちょポケモン」アゲハントへと進化した!! この進化を大よろこびするハルカだったが、おもしろくないのはロケット団のムサシ。とてもかわいがっている、おなじ「さなぎポケモン」のマユルドには進化のけはいがさっぱりないのだ。サトシたちにやぶれたあと、ライバルいしきをもやしてマユルドのとっくんをはじめるムサシだが、マユルドが強すぎて、ほかのロケット団の持ちポケモンではとっくん相手にならない。大切なマユルドの進化のため、ムサシは強いポケモンとの対戦をもとめてふたたびサトシたちへいどむが…。
今日もムロ島でしゅぎょうをつづけるサトシたちは、あばれんぼうでトラブルメーカーであるヘイガニのふるまいにすこしこまっていた。ヘイガニにチームワークを大切にしてもらいたいと思ったサトシは、心をきたえさせるために、今はもうつかわれていない金鉱（きんこう）でのきもだめしをすることにする。ヘイガニをこわい目にあわせて、おとなしくさせようというのだ。オバケ役のハルカとマサトがまちかまえる金鉱の中に、何も知らないヘイガニは足をふみ入れていく…。 一方、お宝をさがして同じ金鉱にもぐりこんでいたロケット団は、ぶきみに光る目をもつ何者かにおそわれてしまう!! はたしてそれは本物のオバケなのか!? そしてハルカやヘイガニたちの運命は…!?
ムロジムのジムリーダー・トウキとふたたびたたかうため、しゅぎょうをつづけるサトシたちに、なんとトウキの一番弟子と名のるバトルガールのシノブが勝負をいどんできた！ 一番弟子というわりには、かつてのサトシのように力まかせにこうげきしてくるシノブを、しゅぎょうできたえられたサトシは落ちついて受けながしていく。しかし、トウキがわりこんできたためバトルは中止に。トウキは、このあたりに台風が来ることを注意しに来てくれたのだった。 だんだんひどくなっていく空もようの中、なんとか近くのどうくつまでにげてきた一行。そんな彼らに、トウキは「大きな力に対しては、むやみにむかうのではなく、やりすごすことも大切」とつげる。そんなトウキの話を聞いて、自分のバトルをふりかえってみたシノブは、なにかに気づいたようだったが…。
ムロジムとふたたびたたかうため、しゅぎょうをつづけていたサトシは、とうとうジムリーダー・トウキにリターンマッチをうけてもらえることに！ しかし、トウキのひみつのれんしゅう場でのバトルは、前回の対戦とはせめとまもりの立場がひっくりかえってしまう…。 しゅぎょうのこうかを見せるサトシは、力でおしてくるトウキのポケモンをかろやかにかわして、しんちょうにチャンスをうかがう。むりやりにワザをくり出すトウキのポケモンは、早くも息が上がってきていた。だれの目にもサトシが有利に見えていたが、タケシだけはちがった。タケシは、サトシにわざとチャンスを作っているかのようなトウキの戦いかたに、なんとなく不安をかんじるているのだった…。
ムロジムリターンマッチを終えたサトシたち一行は、ハルカのポケモンコンテスト出場のため、かいさい地であるカイナシティへと船でむかっていた。しかし、ロケット団のワナにはまり、船はこわれてしまう。そしてサトシたちは、波にゆられるまま、ブキミな座礁船（ざしょうせん）、「捨てられ船」のあるポイントへながれつくのだった。 そこで一行は、捨てられ船をしらべているというヒロミと知り合い、すこしのあいだいっしょにやすむことに。そんな中、とつぜんアチャモがいなくなってしまった！ はじめはふかく考えず船内をさがし歩く一行だったが、つづいてマサトとハルカがすがたを消してしまう。キケンをかんじたサトシたちは、身をよせあってピンチにそなえるが…。
カイナシティーへやってきたハルカは、さっそくポケモンコンテスト優勝をめざし、「ちょうちょポケモン」のアゲハントとともにとっくんをはじめた。とっくん中のハルカは、おなじくコンテストの優勝をねらうポケモンコーディネーターのシュウという少年と出会う。 ハルカはシュウにライバル心をもやし、サトシたちとさらなるとっくんをはじめた。それを見ていた花火しょくにんのハナビシは、ポケモンに食べさせるとコンテストに有利になる「ブリーの実」のそんざいをハルカにおしえる。実をわけてもらうために、ハルカたちは彼の倉庫へとむかうが、そこには「ブリーの実」をすべて食べてしまったアチャモのすがたしかなかった…。 「ブリーの実」は、ハナビシが今夜打ち上げるポケモン花火のざいりょうでもあったと知り、せきにんをかんじたハルカたちは、実を見つけるために森へと走るが…。
ポケモンコンテストの優勝を目ざすハルカは、サトシたちにアチャモをあずけ、アゲハントとともに練習をつづけていた。そのころサトシたちは、ジョーイさんからたのまれ、これからポケモントレーナーになる子供にわたす３匹のポケモンの健康診断（けんこうしんだん）をてつだうことに…。そして、健康診断のあとにジョーイさんからそのポケモンたちをあずかるサトシたちだったが、その中に、にげようとあばれる元気なアチャモがいた!! アチャモをつかまえるためにバトルをはじめてしまったヘイガニ。すると、なんとバトル中にアチャモがワカシャモに進化してしまう!! こまってしまったサトシたちは、ハルカのアチャモをないしょでみがわりにしようとするが…。
Pikachu and the other Pokémon learn to dance!
ポケモンコンテストが開かれる日、会場は人もいっぱいですごいもりあがり。そんな中、ひかえ室のハルカは、きんちょうして落ちつかないようす。コンテスト１次審査（しんさ）のテーマは、「魅せる演技（みせるえんぎ）」。ポケモンたちによる、色とりどりのワザがとびかう中、ライバルであるシュウは「いばらポケモン」ロゼリアで高とくてんをかくとくする。そしてとうとうハルカとアゲハントのでばん。アゲハントは、この日のためにがんばってれんしゅうしてきたワザ、「ぎんいろのかぜ」をくり出し、みごと２次審査へとすすむのであった。 つぎの審査は、うつくしさだけでは勝ちぬけないコンテストバトル。ハルカの対戦相手はシュウ！ このバトル、はたしてどちらが勝つのか…!?
ポケモンコンテストもおわり、サトシたちはカイナシティでのさいごの１日をすごそうとしていた。ハルカとタケシは町までお買いもの、サトシ・ピカチュウ・マサトは「海の博物館（はくぶつかん）」を見学することにした。博物館はざんねんなことにお休みだったが、サトシたちはちょうどクスノキ館長（かんちょう）に出会い、中をあんないしてもらうことに。そこでサトシたちは、とてもめずらしいやけこげたナゾの岩石を見せてもらう。そこへ、博物館の展示品（てんじひん）をねらうロケット団があらわれ、サトシたちをオリにとじこめてしまう。ところが、ひと足早く館内にしのびこんでいたマグマ団がロケット団とはち合わせ！ とつじょお宝をめぐるバトルが始まってしまう…。
キンセツシティをめざして旅をつづけるサトシたちは、とちゅうのとうげ道にあるポケモンセンターへとやって来た。だが、その中には人のけはいがない。おくの部屋はあらされていて、ゆかに「ねむりごな」が落ちていた。じけんだと思ったサトシたちは、セキュリティカメラのビデオを見てみることに…。なんとそこにはねむりごなでねむらせたジョーイさんをつれさる「よこしまポケモン」ダーテングのすがたが!! 一行はジョーイさんをすくうため、ダーテングがすむといわれている大木へとむかうが、草系ポケモンたちが大木への道をさえぎろうとする。そのころ、大木の中で目をさましたジョーイは、そばにねかされた１ぴきのコノハナに気づくが…。
キンセツシティーをめざすサトシたちは、ふかい霧（きり）のでる山道を歩いていた。山中には村があり、そこには道しるべの灯台（とうだい）が。サトシたちは灯台におかれた「光る石」をまもるイズナとカズチと出会うが、カズチはサトシのかっこうを見て、村につたえられる勇者だと思いこんでしまう。まだ一度もバトルのけいけんのないカズチは、「おうえんポケモン」プラスル・マイナンをつれて、あこがれのサトシといっしょにトレーニングすることに。ところがそこにロケット団があらわれ、「光る石」とピカチュウをうばいさってしまう。
キンセツシティーへむかうとちゅう、サトシたちはある街にたどりついた。一行は「ささやきポケモン」ゴニョニョをつれたアキナと出会い、これからひらかれる「からくり屋敷（やしき）大会」へいっしょにさんかすることに。大会は、からくり大王の作ったしかけを切りぬけて行くもので、優勝者はポロック一年分がもらえるという!! 一行は優勝をめざしてゴールへとむかうが、めいろやマルタわたり、おとしあなといったさまざまなしかけや、マイクをもったプリンがジャマをする!! はたして大会の優勝者はだれになるのか!?
キンセツシティーについたサトシたちは、３つめのバッジをゲットするため、キンセツジムへとむかう。ジムに入ると、とつぜんきかいじかけのライコウがあらわれピカチュウとバトルに…。 その後、すがたをあらわしたジムリーダー・テッセンとのジムバトルをはじめるが、サトシはテッセンをあっさりとたおしてしまった。ところがそのすぐあと、ピカチュウのようすがおかしいくなってしまう。ポケモンセンターでみてもらうと、ピカチュウはライコウとの戦いで電気をためこみ、こうげき力が強くなっていたことがわかり…
キンセツでのジム戦を終えたサトシたちは、ハルカのポケモンコンテストのためにハジツゲタウンへむかうことに。一行はとちゅうの川でながれてきたスイカを見つけ、ひろって食べようとする。ところが、そこにサトシたちをスイカどろぼうだと思いこんだ少女ナッチがあらわれ、マグマッグとジュプトルでこうげきしてきた！ なんとかナッチのかんちがいをといた一行は、ナッチのスイカ畑にまねかれた。そしてサトシとナッチは、畑のすみにあるバトルフィールドでダブルバトルをすることに。ところがそのバトル中、スイカをぬすもうとするロケット団があらわれて…。
ハジツゲタウンに向かうサトシたちはがけの斜面にある山道を歩いていた。そこで一行は突然(とつぜん)がけの上から飛び降りてくる不思議な“いしあたまポケモン”タツベイと出会う。サトシはポケモンの持ち主ミッチェルに会い、タツベイは“空を飛びたい”と思っている事を知る…。タツベイは進化してボーマンダになれば確実(かくじつ)に空を飛べるようになるので、早く進化させてあげようとサトシはバトルを始めることに。しかしバトル中にロケット団があらわれ、タツベイを連れていってしまう…。タツベイの運命は！？ はたして進化せずに空を飛べるようになるのだろうか！？
ハジツゲタウンをめざすサトシたちは、とちゅうの砂ばくにあるオアシスで、カスミとトゲピーにひさしぶりに会うやくそくをしていた。カスミはオアシスのホテルでひらかれるトゲピー祭りにさんかしようとしていたのだが、実行委員（じっこういいん）にへんそうしたロケット団にだまされてしまいトゲピーはミラージュ王国という国へとさらわれてしまう！ どうやら、ミラージュ王国にとってトゲピーは王さまをきめるのにひつようなポケモンだという。あとをおったサトシたちは、トゲピーをりようして王さまになることをねらう摂政（せっしょう）のハンゾウと出会い、バトルになるが…。
ミラージュ王国のつぎの国王になろうとしているハンゾウのワナによって、宮殿（きゅうでん）へとやって来たカスミとサトシたち。 彼らは、そこで出会ったセーラ姫にたすけてもらい、トゲピーといっしょに国の外へだっしゅつしようとしていた。しかし一行は、ハンゾウのヌケニン、テッカニンにおそわれ、トゲピーをうばわれてしまう。 まんまと国王になってしまったハンゾウは、トゲピーをりようして、蜃気楼（しんきろう）の先にあるトゲピーの楽園へとむかい、ふうじられていたキケンな力をときはなそうとするが…。
ハジツゲタウンにむかって旅をつづけるサトシたちは、食料がなくなってしまい、おなかをすかしたまま荒野（こうや）をさまよっていた。そんな彼らをすくってくれったのは、荒野を開墾（かいこん）してくらしているかちぬきファミリー。その一家の長男・リョウヘイは、ポケモンリーグのチャンピオンになるためにきびしい旅に出ているのだという。そして一家は、とつぜん、サトシたちと４ＶＳ４のバトルをもうしこんできた！ ひとクセもふたクセもありそうなこの一家とのバトル、そのけっちゃくは…!?
サトシたちはハルカ湖とよばれる湖のほとりにある町へとやって来た。そこでは間もなく行われるというおまつりにむけて、ロミオはバルビート、ジュリエはイルミーゼと、それぞれのポケモンとともにダンスのれんしゅうにはげんでいた。ところがロミオは、バルビートへのしじをミスしてしまい、なさけないすがたをサトシたちに見せてしまうことに…。聞けばロミオはジュリエ、バルビートはイルミーゼにそれぞれ恋をしているらしく、目の前でダンスをするのは相手をいしきするあまり、ふだんの実力が出せないのだという。そこでサトシたちは、ロミオ＆バルビートの手だすけをすることにするが…。
ハジツゲタウンを目ざして旅をつづけるサトシたちは、草むらで元気のないエネコを見つける。なぜエネコがよわっているのかわからずなやむサトシたちだったが、かおりでポケモンをいやす「ポケモンアロマテラピー」のそんざいを本で見ていたタケシのかんがえで、「ポケモンアロマテラピー」のけんきゅうをしている「緑の館（みどりのやかた）」へエネコをつれて行くことに。 館ではたらくアリサの作ったかおりにいやされ、元気になるエネコ。そのエネコをゲットしようと、バトルをしかけるハルカだったが、そこにロケット団があらわれ、館の香水（こうすい）をうばっていってしまう。
ハジツゲタウンをめざし、旅をつづけるサトシたちは、とある森で「短パン小僧（こぞう）」のキヨと再会をはたす。キヨは、前にサトシたちと会ったあとにトウカジムにチャレンジしたが、バトルにやぶれ、この森で一からしゅぎょうしなおしているところだった。キヨのしゅぎょうにつき合うことにするサトシたちだったが、バトルのとちゅうで、キヨのザングースのようすがおかしくなる。しげみの中でロケット団が出していたザングースのライバル、ハブネークのそんざいに気づいたからだった。２匹はバトルをはじめるが、じつりょくはハブネークのほうが上。ザングースは負けそうになってしまう。そこへ、サトシのヘイガニがたすけに入り、勝負はストップ。しかし、ザングースもハブネークもけっちゃくをつけようともえていて、２度目のたいけつがはじまることに。はたして勝負のゆくえは…!?
ハジツゲタウンをめざして旅をつづけるサトシたちは、美しい湖のほとりにあるポケモンセンターにとうちゃくした。そこで「マサトくん」という、マサトとおなじ名前の少年と出会うが、マサトとは気が合わずにケンカをしてしまう。 ポケモンセンターを出たあと、マサトは湖のほとりでアメタマをかわいがるマサトくんを見つける。ふたりはまたケンカをはじめてしまうが、そこへアメタマをうばおうとするロケット団があらわれた。おどろいて森の中へにげこんでしまったアメタマをさがしているうちに、しだいになかよくなっていくふたり。そしてマサトとマサトくんは、協力し合ってアメタマをまもろうとけついする！
サトシたちはついにハジツゲタウンにとうちゃくした。そして、ハルカの２度目のちょうせんとなるポケモンコンテストがいよいよはじまろうとしていた。 ポケモンセンターで、チャーレムをつれたコーディネーターのグレースと出会うサトシたち。グレースはハルカのためにいろいろとアドバイスをしてくれるが、それがぎゃくにハルカにはプレッシャーとなる。なんとかプレッシャーをはねのけようと、朝早くからアゲハントとれんしゅうをくりかえすハルカ。ちょうどそのころ、ポケモンセンターでは、シュウとサトシのバトルがはじまろうとしていたが…。
ハルカとアゲハントにとって二度目のちょうせんとなるポケモンコンテスト・ハジツゲ大会がついにはじまった。一次審査（いちじしんさ）では、ライバルのシュウ、グレースともにうつくしいワザをきめ、高いとくてんをたたき出す。そしてハルカとアゲハントも、れんしゅうのかいあって高とくてんを出し、二次審査へすすむことに。 二次審査、ハルカのファーストステージのあいては、一次審査でいちばんのとくてんを出したなぞの女性ムサシーノ。はたしてハルカはムサシーノに勝つことができるのか？
コンテストもおわり、サトシたちはフエンタウンをめざして山道を歩いていた。そのとちゅう、彼らはガクランすがたの応援団（おうえんだん）と出会う。しかもその中には、山の灯台（とうだい）にいたはずのカズチのすがたが。どうやらカズチは、サトシたちとわかれたあと、ポケモントレーナーになるために旅をはじめ、そのとちゅうでこの応援団と出会ったらしい。「ワザをつかわず、応援の心だけでポケモンのパワーをかいふくさせる」という力をためすため、サトシたちはテストバトルをすることに。だが、応援をうけただけで急に強くなるポケモンを見て、サトシたちはあやしいと思いはじめ…。
えんとつ山へむかうために「ほのおのぬけ道」とよばれるどうくつをすすんでいたサトシたちは、マグマックのむれにおわれて、なだらかな丘がひろがる牧場にたどりついた。そこでサトシたちは、ドンメルをかうヨウコと出会い、家にとめてもらえることになる。すると、ハルカがエネコに本当のバトルをけいけんさせたいと言い出し、ヨウコとバトルをすることに。ハルカはエネコの新しいワザ「ねこのて」をつかうが、バトルになれているヨウコのオオタチをあいてに、くるしんでしまう。 その夜、何者かがドンメルをねらって牧場にしのびこんできて…。
つぎのジムがあるフエンタウンをめざして旅をつづけるサトシたちは、えんとつ山のふもとにたどりついた。そこからロープウェイで山のてっぺんにむかうサトシたちだったが、そのとちゅうでとつぜんゴンドラがとまってしまう。非常用（ひじょうよう）の電話でたすけをよんでもまったくへんじがないため、サトシはひとりでゴンドラからおりて、たすけをもとめに行く。 そのころ、噴火口（ふんかこう）の近くでは、学者のソライシ博士が見つけたいん石をめぐり、マグマ団とアクア団のたたかいがはじまろうとしていたが…。
ようやくフエンタウンにとうちゃくしたサトシたちは、さっそくフエンジムをおとずれる。しかし、ジムリーダーのアスナといっしょにバトルフィールドにむかうと、フィールドは穴（あな）だらけでボロボロ。しかも審判（しんぱん）もいないというひどいじょうたいだった。アスナに話を聞いてみると、３日前まではアスナのおじいさんのムラ爺（じい）がフエンジムをしきっていたのだが、とつぜんアスナにジムをまかせ、旅に出てしまったのだという。のこされたアスナは、ジムリーダーとして自分のポケモンを強くすることだけしかかんがえていなかったのだ。 そのころ、旅に出たはずのムラ爺は、アスナのことがしんぱいでフエンタウンにもどってきていた。ほんの数日で旅からもどってきてしまい、みんなに合わす顔がないムラ爺は、へんそうしてこっそりアスナを見まもることになるが…。
いよいよホウエン地方４つめのバッジをかけたジム戦をむかえたサトシたち。ジムリーダーになったばかりのアスナにとっては、はじめてのジム戦だ。対するサトシはたくさんのジム戦をけいけんしているため、自信まんまん。 はじめのうちは、ほのおポケモンとたたかうさくせんを考えていたサトシがバトルをリード。しかし、元ジムリーダーのムラ爺（じい）からアドバイスをうけていたアスナも、だんだんおちついてきて、ゆだんしていたサトシにこうげきをはじめ…。
トウカジムをつぎのもくてきちにきめ、フエンタウンをしゅっぱつしたサトシたちは、山道で数匹のパッチールと出会う。その中には、ひたいにハートのかたちのもようがついているめずらしいものが。そこへ、そのハートのパッチールをつかまえようと、クレアという女の人があらわれた。だが、ハートのパッチールはしげみの中ににげこんでしまう。 こまっているようすのクレアからじじょうを聞いてみると、ハートのパッチールはある人からあずかっていて、今日、その人に返さなくてはならないのだという。そこでサトシたちは、クレアといっしょにハートのパッチールをさがしはじめるが…。
トウカシティをめざして旅をつづけるサトシたち。キンセツシティに立ちよるルートをえらぶが、とちゅうで道にまよってしまう。すると、「せきたんポケモン」のコータスが数匹のポケモンたちにこうげきされているのを見かける。コータスをたすけたサトシたちは、このばしょが、なわばりを強くいしきする「はがねポケモン」がすんでいる「ハガネの谷」だと気づいた。キンセツシティへの道をいそぐサトシたちは、たすけたコータスといっしょに谷をぬけることにするが…。
５つめのバッジを手に入れるためトウカジムをめざすサトシたちは、トウカシティへのとおり道にあるキンセツシティにとうちゃくした。ひさしぶりの大きな町をたのしみながら歩いていると、いろいろなしゅるいのゲームをそろえたゲーム場をはっけん。サトシたちは自分のポケモンをモンスターボールから出し、いっしょにゲームをたのしむが、なんとこのゲーム場はロケット団のワナだった。ロケット団につかまってしまうポケモンたち。それをたすけてくれたのは、かつてキンセツジムでたたかったジムリーダーのテッセンだった。サトシは新しいなかま、コータスの力をためすため、テッセンにバトルをもうしこみ、れんしゅうじあいをすることに…。
ポケモンコンテストがひらかれるシダケタウンをめざして旅をつづけるサトシたち。だが、ロケット団とのバトルでエネコが声を出せなくなったため、とちゅうにあるポケモン診療所（しんりょうじょ）に立ちよることに。ちりょうをうけ、元気をとりもどすエネコ。てあてをしてくれた女性が、ゆうめいなでんせつのコーディネーター・アヤネだと知ったサトシたちは、いろいろと話を聞いてみることにする。しかし、そんな一行にあやしいカゲがしのびより…。
サトシたちはポケモンコンテスト・シダケ大会がひらかれるシダケタウンにとうちゃくした。一行がポケモンセンターに立ちよると、ハルカのライバル、シュウがキズついたロゼリアをあずけていた。仮面（かめん）をつけたナゾのトレーナーにバトルでまけてしまい、今回のコンテストには出られないのだというシュウ。それを聞いたサトシは、つよいシュウをたおしてしまったという仮面のコーディネーター・ファントムに、きょうみをもつのだった。そして、そんなサトシたちにも、ファントムがちかづいてきていて…。
ポケモンコンテストがひらかれるシダケタウンにやってきたサトシたちは、気がよわい少年・キミマロと出会う。彼の母親はポケモンが大きらいで、キミマロに「ポケモン禁止令（きんしれい）」を出していた。だが、じつはキミマロはポケモンのことが大すきなのだということを知ったサトシたちは、彼の父親・タムラマロと力をあわせて、なんとかしてキミマロをポケモンコンテストに出してやろうとかんがえる。また、今回のシダケ大会は、はじめてコンビをくむエネコといっしょに２つめのリボンをめざしているハルカにとっても、だいじなコンテストなのだった。はたして、ハルカとキミマロ、ふたりのコンテストのけっかは？
つぎのジム戦のため、トウカシティをめざすサトシたちは、森のおくにある小さな村に立ちよった。そこでタケシのハスボーは、とつぜんハスブレロに進化（しんか）してしまう。ハスブレロを見た村人たちは、なぜかおがみはじめた。どうやら、村では２週間前から水がひあがってしまったらしく、村の水の神とされるハスブレロをおがんでいたのだという。 水ぶそくのげんいんが、ちょうど２週間前に森にあらわれたソルロックのせいだとかんがえた村人たちは、ソルロックを森からおいだそうとするが…。
トウカシティをめざすサトシたちは、そのとちゅう、まよいこんだ森の中でキズついたチルットを見つける。どうやら、前日の嵐がげんいんでケガをして、群れからはぐれてしまったらしい。そこでサトシたちは、チルットのケガがなおるまでめんどうをみることにする。 サトシたちががんばってかんびょうしたため、キズがなおったチルットは、なかまのもとへ帰ろうとする。しかし、なぜかうまくとび上がれず、地面に落ちてしまった。げんいんがわからないサトシたちは、チルットがもう一度空をとべるようにと、いろいろと作戦を立てるが…。
つぎのジムがあるトウカシティへむかうとちゅう、とある町へやって来たサトシたちだったが、とつぜんナゾの警戒警報（けいかいけいほう）が聞こえてきた。ジュンサーによると、この町ではある時期になるとゴクリンの群れがやって来て、町中の食料をうばっていってしまうという。これまでの被害（ひがい）があまりにも大きいため、町ではこんどこそくいとめようと、ゴクリン研究家（けんきゅうか）のシャクジイ博士にゴクリンたいじをおねがいした。その話を聞いて、博士をてつだうことにしたサトシたちだったが…。
トウカシティをめざすサトシたちは、とちゅうの森で朝食をとっていた。たのしくすごす一行だったが、どうもキモリのようすがおかしい。サトシが話しかけてもまったくへんじがない。そのとき、ドゴームが大声をあげてあばれながらとび出してきた。そこへかけつけた少年・ガイに話を聞くと、このドゴーム、さいきんトレーナーであるガイの言うことを無視（むし）してあばれ出すことが多いという。ガイはそのげんいんもわからず、こまっているのだ。ストレスがげんいんじゃないかと考えたサトシは、ストレスをなくしてあげようと、ガイとバトルをすることに。すると、さきほどまでしずかだったキモリが、とつぜんやる気を出し、「自分を出せ」とサトシにアピールしはじめた。そこでサトシは、キモリをバトルにつかうことにするが…。
いよいよトウカシティにちかづいてきたサトシたち。そこでサトシは、自分のポケモンたちに、キモリから進化したジュプトルをしょうかいする。みんながかんげいする中、なぜかヘイガニだけは気に入らないようす。そんなとき、木々のあいだからルンパッパをつれたヒゲの男・パンチョがあらわれた。昼ごはんをかけてのバトルをもうしこんでくるパンチョ。ジム戦の前にいいれんしゅうができると考えたサトシは、勝負することにする。 バトルにジュプトルを出そうとするサトシ。しかしそれを見たヘイガニは、ジュプトルをおしのけて、自分が出たいと言いはじめ…。
トウカシティでのジム戦にむかうサトシたちは、となり町のキタトウカシティにとうちゃくした。一行がポケモンセンターに立ちよると、ハルカとマサトのすがたを目にした町の人々は大さわぎ。ふたりは、町のあこがれのジムリーダー・センリの子どもであるため、大人気なのだ。そのようすを見たロケット団は、あるけいかくを思いつく。 たくさんの人たちを前に、ポケモンのワザを見せることになってしまったハルカ。そしてサトシは、あるトレーナーからバトルをいどまれるが…。
ふたたびセンリにジム戦をいどんで５つめのバッジをゲットするため、サトシはトウカシティにやってきた。この町はハルカとマサトにとっては、ひさしぶりの故郷（こきょう）でもあった。実家にもどったハルカたちは、両親に会えるのを楽しみにしていたが、父・センリのすがたはなかった。母・ミツコのようすがなんだかいつもとちがうことをふしぎに思うハルカ。どうやら、センリはジョーイとうわきをしているらしい。ラブラブだったふたりの間にいったい何がおこったのか？ そのころ、トウカジムの巨大な温室（おんしつ）では、ヤルキモノ、ナマケロ、ケッキングをうばおうと、ロケット団がしのびこんでいたが…。
いよいよ５つめのバッジをかけた戦いが、トウカジムではじまった。ジムリーダーは、ハルカとマサトの父・センリ。こんどこそセンリをたおそうと、サトシはやる気まんまんでフィールドに立った。まずはピカチュウで先手をとろうとするサトシにたいして、センリはナマケロをくり出す。やる気なさそうにフィールドにねそべっているナマケロだったが、ピカチュウのこうげきをつぎつぎとよける。センリの頭をつかったみごとな戦いぶりに、サトシたちはすっかりのみこまれてしまうが…。
トウカジムで５つめのバッジをゲットしたサトシ一行は、ヒワマキシティをめざす前に、オダマキ研究所（けんきゅうじょ）によることにした。そこでオダマキ博士とばったり出会うサトシたち。オダマキ博士が、これからオーキド博士をむかえにいくと聞き、サトシはそのあとをついていくことに。ところが、研究所でまっているはずだったハルカとマサトが、ぐうぜんにも先にオーキド博士と出会ってしまう。 この地方ではめずらしいトレーナー用のポケモンをオーキド博士に見せてもらうハルカたちだったが、ちょっとしたすきにロケット団にうばわれてしまい…。
つぎのもくてきち、ヒワマキシティにむかうサトシたちは、そのとちゅう、カテキンタウンで夜を明かすことにする。なかなかしゅっぱつのじゅんびができないハルカに、サトシはイライラ。口ゲンカをはじめてしまう。そこへ、ハデないしょうのふたり組、オスカーとアンドリューがあらわれ、２対２のタッグバトルをいどんできた。タッグバトルはふたりのコンビネーションがたいせつなのに、足をひっぱりあってしまうサトシとハルカ。このままふたりはやぶれてしまうのか…？
ヒワマキシティをめざすサトシたちは、森の中で道にまよい、いきなりとび出してきたエアームドにハルカをつれさられてしまう。いそいであとをおうサトシたちだったが、ぶあつい木のトビラと、ナゾの男たちがその前に立ちはだかった。男たちはこの森にすむ村人たち。かれらにとってそのトビラの先は禁断（きんだん）の地とよばれ、中に入ったものは「くさポケモン」のいかりにふれると、むかしからおそれられているらしい。ハルカをすぐにでもたすけ出したいサトシたちは、村人のすきをついてトビラをのりこえるが…。 いっぽう、禁断の地にひとりとりのこされたハルカは、フシギダネ、クサイハナ、ウツドンといった「くさポケモン」にかこまれていて…。
シワブキタウンに立ちよるサトシたち。ポケモンセンターのテレビ電話で、オーキド博士とれんらくをとったサトシは、サトシのフシギダネを転送（てんそう）させて、ハルカのフシギダネとあそばせてあげようと思いつく。そして、いよいよ転送をはじめるが、なにも出てこない。どうやら、きかいをしゅうりする人にへんそうしただれかが、転送マシンをかいぞうして、転送したモンスターボールをよこどりしていたのだモンスターボールをとりもどすため、サトシたちはいそいでそのあとをおいかけるが…。
みずうみのほとりでひと休みすることにしたサトシたち。これまでたたかってきたバトルで手に入れたバッジをながめていたサトシだったが、うっかりバッジをケースごと水の中におとしてしまう。すると、みずうみから巨大（きょだい）ナマズンがあらわれ、バッジケースをパクリと口にくわえていってしまった。あわててあとをおい、みずうみにとびこむサトシだったが、おぼれてしまう。 サトシをたすけたのは、ぐうぜんそこにいた釣り師（つりし）だった。この釣り師、なにやら巨大ナマズンとかかわりがあるようだったが…。
ホウエンリーグに出るために旅（たび）をつづけるサトシたちは、キリキリ山にのぼることに。しかし、ふかい霧（きり）につつまれた山の中で、サトシとピカチュウはみんなとはぐれてしまう。まいごになったサトシたちは、とつぜん霧の中からあらわれたナゾのおばあさんと出会うが、彼女はおかしなわらべ歌を歌いながら、ふたたび霧の中にきえてしまう。なおもさまよいつづけるサトシは、ガケからおちそうになったヤジロンをたすけたことをきっかけに、クルヨと名のる少女と出会う。まぼろしの古代遺跡（こだいいせき）をしらべていたクルヨは、先ほどのわらべ歌を手がかりにしていたが…。
たびのとちゅう、サトシたちはルイボスタウンにたちよった。この街でポケモンコンテストがあると知ったハルカは大よろこび。ライバルのシュウにも出会い、火花をちらしていると、ママさんたちがものすごいおうえんをはじめ、ふたりはびっくりする。しかも、「ポケモン大すきママさんズ」と名のるそのメンバーのひとり、ツキコも大会にしゅつじょうするという。ツキコとなかよくなったハルカは、きんちょうしている彼女のれんしゅうのあいてになってあげる。 いっぽう、この大会がコンテストリボンをもっている人だけがしゅつじょうできると知ったロケット団は、ハルカたちのリボンをねらおうとするが…。
いよいよルイボスタウンでのポケモンコンテストがはじまった。アゲハントのちょうしがいいため、よゆうたっぷりのハルカ。いっしょにれんしゅうしたツキコも、しあいのカンをとりもどし、なかなかいいできばえ。ライバルのシュウも、ロゼリアの花ふぶきで会場のお客をウットリさせた。 そろって一次審査（いちじしんさ）を勝ちハルカたち。だが、ハルカの二次審査のたいせんあいては、なんとツキコにきまってしまった。フシギダネのデビュー戦をさいこうのものにしたいと、気合（きあい）じゅうぶんのハルカだったが…。
つぎのジム戦があるヒマワキシティをめざすサトシたちは、そのとちゅう、元気のないようすのバネブーに出会う。頭の真珠（しんじゅ）をどこかでなくしてしまいこまっていると知ったサトシたちは、いっしょにさがしてあげることに。ところが、まるいものを見つけるとなんでも頭にのせてしまうバネブーに、サトシたちはふりまわされてしまう。 やっとの思いでミズゴロウに見つけてもらった真珠を自分の頭にのせ、よろこぶバネブー。ホッとするサトシたちだったが、そこへロケット団があらわれ…。
ヒワマキシティをめざすサトシたちは、そのとちゅう、クロスゲートタウンでつよい風にあおられた「わたりどりポケモン」のチルットをたすけ、少年カイトと知り合う。風の交差点（こうさてん）とよばれるこの街では、リングをつかってトレーナーとポケモンのコンビネーションをきそう「ポケリンガ大会」がおこなわれるという。さっそく、サトシとハルカはエントリーするが、会場にはなんと、かつてポケリンガのとっくんをしていたというコジロウのすがたもあり…。
ヒワマキシティへのたびのとちゅう、道にまよったサトシたちは、雨やどりをさせてもらおうとして入った洋館（ようかん）にとじこめられてしまう。洋館から出ることができず、イライラするハルカとマサト。口ゲンカをしてしまい、みんなの前からとび出したマサトは、いかりの念（ねん）を食べようとまちかまえていた「にんぎょうポケモン」のカゲボウズと出くわす。なかよくなったマサトは、カゲボウズにきょうりょくしてもらい、ハルカをこまらせるためにあるけいかくを思いつくが…。
広い森でひと休みするサトシたち。ピカチュウたちもポケモンフーズを食べて、のんびりムード。ところが、ヘイガニに自分の分をとられたアチャモがおこり出し、ふんいきはいっきにわるくなってしまう。さらにほかのポケモンたちもまきこんで、大さわぎに。 いっぽう、食べものをさがしてさまよっていたロケット団たちは、森のキノココの食料（しょくりょう）をうばうが、おこったキノココたちはつぎつぎとキノガッサに進化してしまい…。
６つめのバッジがあるヒマワキシティのすぐそばまでやって来たサトシたちは、とちゅうの道で大雪にあい、ピンチになる。そこで一行は、天気によってすがたが変わる「てんきポケモン」のポワルンと出会う。ポワルンに「お天気研究所（けんきゅうじょ）」にあんないされたサトシたちは、天気データをあつめている巨大なコントロールマシンにおどろく。それをねらってあらわれるロケット団。さらに、アクア団もやって来て…。
ついにヒワマキシティにたどりついたサトシたち。街は「フェザーカーニバル」という年に一度の「空」をテーマにしたおまつりで、大にぎわい。そこで一行は、エアームドのせなかに子どもたちをのせてあそばせているナギと出会う。彼女は「ひこうタイプ」せんもんのヒワマキジムのジムリーダーだという。 ジム戦を前に、このおまつりをたのしむサトシたち。そのころ、ロケット団のコジロウは、思い出の「レアなポケモン」チリーンを手に入れていたが…。
いよいよ６つめのバッジをかけたジムバトルがヒワマキジムではじまる。サトシは気合じゅうぶん。たいするナギは、戦いを前にしずかに空にいのりをささげていた。 「ひこう」と「ドラゴン」というふたつのタイプをもつチルタリスを出したナギにたいして、サトシは「ひこうタイプ」がにがてなジュプトルでいどむが…。
ヒワマキジムでフェザーバッジをゲットしたサトシたちは、つぎのジム戦をめざして旅をつづけるとちゅう、道ばたで身動きのとれなくなったバクーダをたすける。そのとき、サトシたちはタカヤという少年とも出会う。タカヤは、小さな村の人たちに映画を見せてあげるために、フィルムと映写機（えいしゃき）をはこんで旅をしているという。そのようすをうかがっていたロケット団は、映写機をうばいとろうと、彼らの前に立ちはだかった！
ミナモシティへむかって旅をつづけるサトシたちは、まわりを山にかこまれたバレータウンにたどりついた。旅のつかれをいやそうと、ポケモンセンターに立ちよるサトシたち。だが、なにやらようすのおかしいジョーイさんにおいはらわれてしまう。しかたなく野宿（のじゅく）をすることにするサトシたちは、あやしい二人組におそわれてしまった。二人組の正体は「ポケモン不思議（ふしぎ）クラブ」のケンとメリー。彼らは、この町の近くに落ちたいん石と、「宇宙からきたポケモン」ををさがしているらしかったが…。
「バナナナマケロ園」と書かれたおもしろいかんばんを見つけたサトシたちは、立ちよってみることに。そこはナマケロだけをあつめた動物園で、バナナのスイーツもあると聞いたマサトとハルカは大よろこび。ところが、園内は人がぜんぜんいなくて、さびしいようす。どうやら、「いねむりポケモン」のカビゴンが園内のバナナを食べつくしてしまい、ナマケロたちがすがたを見せなくなってしまったらしい。園長のマッキーにおねがいされたサトシたちは、カビゴンおい出し作戦をたてることにするが…。
いよいよミナモシティに近づいてきたサトシたち。ところが、手前の森でいきなりロケット団におそわれてしまった。ばくはつにまきこまれて、ふきとばされたサトシたち。そして、目をさましたピカチュウは、ばくはつのショックで記憶喪失（きおくそうしつ）になってしまっていた。いっしょにふきとばされたニャースは、チャンスだとかんがえ、ピカチュウにウソをおしえてロケット団のなかまにしてしまう。
ついにミナモシティにとうちゃくしたサトシたち。公園でおこなわれていたきのみ市場のにぎわいを見てワクワクした一行は、そこでカナタとそのあいぼうの「あやつりポケモン」ブービックと友だちになり、カナタの家にしょうたいされる。そしてハルカたちは、きのみブレンダーの機械（きかい）をつかって、ポロック作りにちょうせんすることに。 いっぽう、サトシのスバメは、ワザおしえ名人とよばれているカナタのおじいさんから「つばめがえし」をおそわるが…。
いよいよはじまったポケモンコンテスト・ミナモ大会。だが、いちばん最初に登場したハルカとワカシャモに、思わぬトラブルが。競技中、ころんだハルカの頭の上に、ワカシャモの炎がふりかかってしまったのだ。 なんとかピンチをきりぬけ、フィニッシュするハルカ。そして、そんなハルカのすがたを見て気合が入るカナタが、ブーピッグとともに登場した。はたしてカナタとブーピッグは、どんな演技（えんぎ）を見せるのか？
３つめのリボンをゲットしたサトシたちは、つぎのジムがあるトクサネシティをめざし、連絡船（れんらくせん）にのりこんだ。ところが、行き先をまちがえてしまい、彼らののった船はバンバ島にたどりついてしまう。そこでサトシたちは、フシギソウやリザードをつれた少年・ジミーと出会った。彼は、ポケモンバトル審判養成学校（しんぱんようせいがっこう）で、審判になるためにべんきょう中だという。養成学校の先生・サリナにたのまれて、サトシとタケシはポケモンのダブルバトルの実習授業（じっしゅうじゅぎょう）をてつだうことになるが…。
サトシたちは、レフレ島にむかうとちゅう、小舟（こぶね）でただようバネブーを見つけた。バネブーは頭の上の真珠（しんじゅ）をおとしてしまい、こまっているという。そこでポケモンたちは、海にもぐってさがしてあげるが、なかなか見つからない。そこへ、イザキという紳士（しんし）があらわれ、「２まいがいポケモン」のパールルをさがせばいいとおしえてくれた。 イザキにあんないされて、パールル研究所（けんきゅうじょ）にやって来たサトシたちは、めずらしい青い真珠を見せてもらう。そこへ、ロケット団があらわれるが…。
ワズワ島のビーチで、ソウヤという男と出会うサトシたち。彼は、海にもぐって見つけたたからをみやげものとして売るトレジャーハンターだという。そんなソウヤが、大むかしにしずんだ船の財宝（ざいほう）を見つけたかもしれないと聞いて、サトシたちは大さわぎ。さっそく海へと財宝さがしにむかうが、ウワサを聞きつけたロケット団も近づいてきて…。
イロハ三島（さんとう）にやって来たサトシたち。島のポケモンセンターに元気のないワカシャモをあずけた一行は、オダマキ博士とバッタリさいかいした。このあたりでは、パールルがハンテールとサクラビスに、それぞれの島でべつべつに進化（しんか）するのだという。 博士のけんきゅうによると、その進化のひみつをとくカギは「しんかいのキバ」と「しんかいのウロコ」にあるらしい。サトシたちはしんかいのナゾをとこうと、島の少女ナミコとともに、古い言いつたえのあるどうくつにむかうが…。
ガンガ島にやって来たサトシたちは、そこでポケモンバトルに勝つために筋力（きんりょく）トレーニングにはげむ人たちに出会い、いっしょにトレーニングをするはめになってしまう。そしてサトシは、島で最強（さいきょう）のトレーナー、イワシミズからダブルバトルをいどまれた。 「水タイプ」のヌオーとトドゼルガに対し、ピカチュウとジュプトルを出したサトシは、思いがけぬピンチにおいこまれてしまうが…。
トクサネシティへむかって船で旅をつづけるとちゅう、ロケット団にピカチュウをうばわれそうになったサトシたち。その戦いのさいちゅう、ピカチュウの電撃（でんげき）がひきおこしたばくはつで、サトシたちとロケット団は海にとばされてしまった。そこへとつぜんあらわれたマグマ団の潜水艦（せんすいかん）は、サトシたちをつかまえてしまう。 「超古代（ちょうこだい）ポケモン」グラードンの力をりようして世界せいふくをねらうマグマ団は、ついにカイオーガをはっけんしていたのだが…。
超古代（ちょうこだい）ポケモンをめぐるマグマ団とアクア団に、ついにたいけつの時が来た。アクア団のボス・アオギリは、紅色の珠（べにいろのたま）でカイオーガをよみがえらせる。いっぽう、マグマ団のもつグラードンをコントロールできる藍色の珠（あいいろのたま）が、なんとピカチュウに融合（ゆうごう）してしまった。 邪悪（じゃあく）な心であやつられ、大ぼうそうするカイオーガ。そこへ、火山の大ばくはつがおこり、藍色のパワーをおびたピカチュウとともにグラードンもふっかつする!!
７こめのバッジをゲットするため、ついにトクサネシティにとうちゃくしたサトシたちは、この町にある宇宙（うちゅう）センターに行くことに。センターの中でまよってしまったサトシたちは、地下訓練室（ちかくんれんしつ）でポケモンバトルをするふたごのフウとランと出会う。彼らはヤジロンの念力（ねんりき）をつかって、無重力状態（むじゅうりょくじょうたい）の中でバトルをしていたのだ。 彼らのあんないでセンターをたのしむサトシたち。そのとき、フウとランの父である宇宙飛行士（うちゅうひこうし）・ジンののっているロケットがうち上げられることに。それを知ったロケット団は、なにやらたくらんでいるようすで…。
いよいよサトシのホウエン地方７つめのバッジをかけたジムバトルが、トクサネジムではじまった！ あいては、ルナトーンとソルロックをつかう双子（ふたご）のジムリーダー、フウとラン。ピカチュウとオオツバメを出したサトシは、ちょっとかわったダブルバトルにちょうせんする！ このしょうぶに勝つのはいったいどちらか…!?
８個めのジムバッジゲットをめざすサトシは、もくてきちのルネ島へむかうとちゅう、とある島にたどりつく。食事をしようと立ちよった店で、ぐうぜんにも四天王（してんのう）のひとりのゲンジと出会い、一行は大はしゃぎ！ 船長である彼のあんないで巨大な帆船（はんせん）を見に行ったサトシは、ポケモンバトルにさそわれることに。四天王とのたいけつに、きあいじゅうぶんでのぞむサトシだったが…。
つぎのもくてきちであるルネシティへむかうとちゅう、サトシたちはある島に立ちよった。島で「いわつぼポケモン」のユレイドルを見つけたマサトは、おいかけてるうちに一行とはぐれてしまう。マサトをひっしでさがす一行は、そのとちゅうでドクターモロボシという男に出会う。古代（こだい）のポケモンをよみがえらせるけんきゅうをしているという彼は、めずらしい「むかしえびポケモン」のアノプスの進化（しんか）を見せてくれるという。だがそこへ、ロケット団のジャマが入り…。
さいごのジムバッジゲットをめざすサトシたち一行は、ポケモンコンテストが開かれるイザベ島のプリカシティにとうちゃくした。４つめのリボンにちょうせんするハルカとフシギダネは、ちょうしがよく、一次審査（いちじしんさ）を楽にクリア。いっぽう、会場にはみどり色の衣装（いしょう）に身をつつんだ挑戦者（ちょうせんしゃ）ハーリーが、「あくタイプ」のノクタスとともに勝ちすすんでいた。なぜか自分にいじわるなハーリーにとまどうハルカだったが…。
８個めのバッジゲットをめざすサトシたちは、イザベ島をよこぎっているとちゅう、ほろびの谷にたどりついた。そして、そこで出会った仙人（せんにん）のシゲモリに、大いなる力が封印（ふういん）されているでんせつの巨大モンスターボールがある湖にあんないしてもらうことに。そこへ、ウワサを聞きつけたロケット団があらわれた。ロケット団が巨大モンスターボールをうばおうとしたその時、ボールの封印がとかれ、巨大なネンドールが目ざめてしまう！ サトシたちはシゲモリのもつ古文書（こもんじょ）をたよりに、巨大ネンドールに立ちむかうが…。
旅のとちゅう、野原でひと休みするサトシたち。そこでサトシは、うでだめしにとタケシとひさしぶりにポケモンバトルをすることに。ところがバトル中、コータスのオーバーヒートこうげきでハスブレロがふきとばされ、森にいた「あざむきポケモン」のクチートにぶつかってしまう。 ハスブレロに恋してしまうクチートだったが、ハスブレロは知らんぷり。いっぽう、トレーナーのサユリから、「リボンダンス」というワザを見せてもらったハルカは、クチートにきょうみをもつ。ところが、とおくから見ていたあやしい人たちもクチートをねらっていて…。
イザベ島をすすんでいるとちゅう、広い荒野にまよいこんでしまったサトシたち。そこには「ありじごくポケモン」ナックラーの大きな巣穴（すあな）があった。きけんなばしょである巣穴のあんぜんをまもるレンジャーのアキコと、ナックラー研究員（けんきゅういん）・ヘイハチローと知りあった一行。ナックラーが作る地下迷宮（ちかめいきゅう）にあるという湖をさがす彼らについていくことにするが、そこへロケット団がおそいかかってきた。そして、ピカチュウがナックラーの巣穴にのみこまれてしまい…。
サトシたちはセルロスタウンをめざすとちゅう、けわしい岩山のふもとにあるリヤド村にとうちゃくした。ちかごろこの村では、めったに見ることがないといわれる「わざわいポケモン」のアブソルがすがたをあらわし、わざわいをおこすのでこまっているらしい。だが村の少年・ノボルによると、彼の兄・サトルは、わざわいのげんいんがアブソルではないことをしょうめいするために村を出て行ったという。ノボルといっしょにサトルをさがしにむかうサトシたち。いっぽう、アブソルハンターになりすましたロケット団が、すきを見てピカチュウをゲットしようとたくらんでいたが…。
ホウエン地方８つめのバッジゲットをめざして旅をつづけるサトシたちは、イザベ島の山のてっぺんにやってきた。そこでサトシは、イタズラずきの「ゆきかさポケモン」ユキワラシから、バッジケースをうばわれてしまう。ふぶきの中、おいかけるサトシだったが、急なしゃめんに足をすべらせ、ふかい谷ぞこにおちてしまった。さらに、サトシをたすけにむかったピカチュウは、ユキワラシとともにロケット団につかまってしまい……。
森の中でひと休みしていたサトシたちは、ぐったりとよわっている「きもちポケモン」のラルトスを見つける。どうやら川におちてぬれてしまったため、ねつがあるらしい。ラルトスをポケモンセンターへとつれて行こうとするサトシたち。ところが、とつぜん目の前にジェントルマンなトレーナーとサーナイト＆キルリアがあらわれ、なぜかサトシたちのジャマをする。あやしげなかれらとバトルすることになったサトシは、ラルトスをマサトにまかせて先に行かせようとするが…。
ついにルネシティに到着し、気合いの入るサトシは、ジム戦をまえに水の都と呼ばれるこの町の名物、アートフェスティバルを楽しむことに。かんしゅうから大人気を集める、水のアーティスト・アダン。彼の水系ポケモンを使った芸術的なステージにみりょうされるサトシたち。そして、彼がこの町のジムリーダーだと知ってサトシたちは驚き、さらに巨大なプール状のバトルフィールドに案内され、あっとうされてしまう！
サトシは８つめのバッジをかけてルネジムにいどんだが、ジムリーダー・アダンのはなつ水タイプポケモンたちはかなり手ごわく、くるしめられることに。たのみのジュプトル、ヘイガニも、アダンのはなった「ランデブーポケモン」ラブカスとナマズンのうまいこうげきにまどわされ、たおれてしまう。そこでサトシは、「つばめがえし」をおぼえたオオスバメを出すことにするが…。
つぎのもくてきちへとむかうサトシたちは、そのとちゅう、ギバン島（とう）に立ちよることに。だが、そこでハルカは、モンスターボールをだれかにぬすまれてしまう。どうやらはんにんは、まるいものをあつめるというちょっとかわった習性（しゅうせい）をもつマッスグマらしい。サトシたちは、かいぬしのケイマとともにそのあとをおいかけるが、そこにロケット団があらわれて…。
キナギタウンでのつぎのポケモンコンテストにむけ、もえているハルカの前に、ライバルのシュウがあらわれた。ふたりは海辺でバトルをはじめるが、そのさいちゅうにロケット団がおそいかかってきたため、ぜんいんバラバラになってしまう。なかまのゆくえをさがすハルカは、島の老人ロクスケと出会う。そして、自分たちが磁石（じしゃく）のきかないまぼろし島（じま）の森にとばされたと知るのだった。
明日はハルカのしゅつじょうするポケモンコンテストがひらかれる日。そこでサトシたちは、コンテストがおこなわれるキナギ島（とう）へむかう。ところが、船のこしょうにより、しかたなくちかくのドント島（とう）にたちよることに。サトシたちはその島で、ゴロゴロころがるダイナミックな愛のダンスでメスにプロポーズするオスのドンファンたちと出会う。ここは「よろいポケモン」ドンファンの楽園（らくえん）で、今はちょうど彼らの恋のきせつだったのだ。ところかまわずころがってくるドンファンに、ふりまわされるサトシたち。はたしてハルカは、ぶじキナギ島にたどりつき、明日のコンテストにさんかすることができるのか!?
いよいよポケモンコンテスト・キナギ大会の朝がやってきた。ポケモンセンター前の広場では、しあい前のコーディネーターたちが、はやくもポケモンたちとれんしゅうしている。ハルカのポケモンたちはぜっこうちょうだが、エネコだけはよそ見をしていた。 そのとき、サトシととっくんしていたユキワラシがぼうそうして、広場は大こんらんに。そしてエネコは、会場からとび出したエイパムにつられて外へ出て行ってしまう。エネコのあとをおいかけたハルカは、そこで島にすむポケモンコーディネーターのトシキとエリコに出会い…。
はげしいたたかいがつづくキナギ大会。ハルカとエネコは、ぶじに一次審査（いちじしんさ）をとっぱした。この島で知り合ったトシキとエリコも勝ちのこっている。 二次審査はコンテストバトル。うつくしくワザをきめることが勝負のカギとなる。さいしょのバトルはムサシンスキーVSエリコ。ルージュラに気に入られてしまったニャースは「あくまのキッス」からにげまわってばかりいたが…。 いっぽう、ハルカのたいせんあいてはトシキ。バトルスタートとどうじに、エネコとヘルガーはおたがいのスピードを生かした勝負をくりひろげ…。
カイナシティめざして旅をつづけるサトシたちは、木の実のたくさんある島にたどりついた。島のポケモンセンターにあるブレンドルームで、ハルカはとくせいポロック「ハルカデリシャス」をかんせいさせる。さっそくポケモンたちに食べさせるが、あまりのマズさにポケモンたちはたおれてしまった。しかし、もくもくと食べつづけるポケモンのすがたが…。そのしょうたいは「おおぐいポケモン」のゴンベだった。 そんな時、子どもたちのポロックがきえてしまうというじけんが。「大食いのゴンベがはんにんだ」と子どもたちは大さわぎをはじめるが…。
カイナシティへの旅のとちゅうにたちよった島で、サトシはユキワラシと「れいとうビーム」のとっくんをつづけていた。するととつぜん、山から大きなおにぎりがころがりおちてきた。そのうしろには、それをおいかけて走るひとりの少年のすがたが。彼の名前はマサムネ、世界一のウルトラトレーナーをめざして旅をしているという。とつぜんポケモンバトルをいどんできたマサムネ。サトシとピカチュウはそれをうけて立つことに。はたして「てっきゅうポケモン」ダンバルをあやつるマサムネのじつりょくとは!?
豪華客船（ごうかきゃくせん）セント・フラワー号にのり、カイナシティをめざすサトシたち。しかし船には解散（かいさん）したマグマ団のバンナイがのっているという。さらに船の中には、グランドフェスティバル優勝者（ゆうしょうしゃ）にわたされる「リボンカップ」がかざられていたが、なんとそのカップがニセモノとすりかえられていた。そして、カップのウラにはバンナイのマークが入ったカードが…。そこでサトシたちは、バンナイをさそい出すためにあるさくせんをはじめる！
ポケモンマスターをめざし、たびをつづけるサトシ。そして、トップコーディネーターをめざすハルカ。サトシはポケモンリーグ・サイユウ大会しゅつじょうのためのジムバッジを８つゲット。ハルカも、ポケモンコンテスト・グランドフェスティバルしゅつじょうをもくひょうに、リボン５つをそろえた。そんなふたりのちょうせんは、ここからはじまっていた…。
いよいよポケモンコンテスト・グランドフェスティバル当日がやってきた！ハルカは予備戦を前にして緊張気味だが、母親のミツコの激励や、各地の仲間から届いたたくさんの電報を読み、気合いが入る。共に大会に出場するシュウやハーリーと再会したハルカだったが、父親のトウカジムリーダー・センリが会場内でポケモンアドバイスを行っているというチラシを目にする。センリはジム戦で忙しく会場には来ていないはずだが・・・。
激闘の続くグランドフェスティバル。シュウ、ハーリーと共に予備戦を突破したハルカは、明日の本戦に備えて練習に励んでいた。そんな中、ユキワラシの特訓中だったサトシは、フェスティバル参加者のトンペイに出会う。トンペイはコンテストパスとリボンをなくしてしまったらしい。聞けば、おかしな三人組とぶつかった後にパスとリボンがなくなっていたようだ。サトシたちは、手分けして三人組を探すことにするが・・・。
激闘の続くグランドフェスティバル。２次審査のコンテストバトル１回戦、ハルカ対ハーリーの試合が始まった！ジュペッタとノクタスを使うハーリーに対してアゲハントとフシギダネで迎え撃つハルカだが、相手をわざとカッコ悪く見せることでポイントを減らそうとするハーリーの作戦の前に苦戦する。 一方、会場の一角では、コンテスト出場のために参加者に変装しようと企むロケット団によって優勝候補の一人、ロバートが捕らえられそうになる。その時、サトシがロバートを助けに現れる！混乱のグランドフェスティバル。果たして大会の行方はいかに！？
サトシたちは、ハルカがふくびきで当てたチケットでひこうきにのり、サイユウ島（とう）にむかうことになった。しかし、じつはそのふくびきもひこうきも、ロケット団のワナだった！ さらにそのひこうきにトラブルがおこり、とある小島にとうちゃくしてしまう。その島でロビンという男と出会うサトシたち。かつてのっていた船でそうなんしたという彼は、「たまくじらポケモン」ホエルコにたすけてもらってから、この島でくらしているという。サトシたちはロビンの力をかりて、この島からだっしゅつしようとするが…。
ついにサイユウシティにとうちゃくしたサトシたちは、町でゆうめいなラーメン店・サイユウ軒へとむかった。しかし、一行はまよいこんだ路地（ろじ）でヤミカラスのむれにおそわれてしまう。サトシたちをたすけたのは、長靴（ながぐつ）をはいたニャースとトレーナーのテツヤだった。 大会の聖火（せいか）ランナーをつとめるというテツヤ。だがロケット団が、ファイヤーの炎（ほのお）からとった聖火をぬすもうとたくらんでいて…。
サイユウ大会の前日、サトシは大会にそなえてポケモンたちとトレーニングにはげんでいた。そこにとつぜん、巨大（きょだい）なオニギリがころがってきた！後をおいかけてくるのはサトシのライバル、マサムネ。マサムネは、ロケット団のしかけたおとしあなにおちてしまうが、テツヤにたすけてもらうのだった。 いよいよ大会の予備選（よびせん）がはじまった。マサムネのさいしょのあいては、エレブーつかいのジャンプ。前にすすむしかワザがないマサムネのダンバルは、エレブーのぼうぎょにくるしむが、きあいで立ちむかう！
いよいよダブルバトルであらそわれる予選（よせん）トーナメントの当日がやってきた！ マサムネのあいては、ガラガラとカイリキーでたたかうガロン。マサムネはガーディとグライガーでむかえうつ。バトルはおたがいに一歩もゆずることなく、長い勝負になりそう。いっぽう、サトシのあいてはトロピウスとマルノームでたたかうトモノ。サトシはヘイガニとコータスのコンビネーションで立ちむかう。早くも大げきせんがくりひろげられることに!?
予選（よせん）トーナメントの1回戦、2回戦と勝ちすすんだサトシの3回戦のあいては、「ほほえみの貴公子（きこうし）」とよばれるヒュウガ。炎（ほのお）タイプのポケモン、リザードンとマグマラシでたたかうヒュウガにたいして、氷（こおり）タイプのオニゴーリ、草タイプのジュプトルでたたかうサトシ。ポケモンたちとのみごとなコンビネーションを見せるヒュウガに、サトシはどのようなたたかいかたでむかえうつのか!?
ポケモンリーグ・サイユウ大会。みごとに予選（よせん）トーナメントを勝ちすすんだサトシは、決勝トーナメント1回戦でカエデと戦っていた。カエデの頭をつかったさくせんにくるしむサトシだったが、なんとか勝って2回戦へとすすむ。 その夜、ポケモンセンターでは2回戦のくみあわせがはっぴょうされた。サトシはマサムネと戦うことになるが…。
サイユウ大会2回戦のサトシのあいては、なんとライバルのマサムネ。だが、マサムネはこうげきをしかけずに、にげまわるばかり。そのため、しあいはサトシがリードすることに。 しかし、自分をしんようしてくれているポケモンたちのすがたを目にして、マサムネは燃（も）えはじめる。そして、2人の友情（ゆうじょう）をこえた本気バトルは、大接戦（だいせっせん）に！
３回戦にとつにゅうしたポケモンリーグ・サイユウ大会。サトシのたいせんあいてはテツヤ。２人は、まけずおとらずの戦いをくりひろげる。そして、サトシはピカチュウ、テツヤは長グツをはいたニャースによって勝負をきめることになった。この戦いに勝って、ベスト４にすすむのはどっちだ!?
サイユウ大会が終わり、それぞれの家へと帰るサトシとなかまたち。サトシはそのとちゅう、なつかしい思い出の場所、トキワジムに立ちよる。するとそこに、サングラスをかけたあやしい男があらわれた。よゆうたっぷりのこの男の名はエニシダ。彼は、新しいバトル施設（しせつ）・バトルフロンティアのそんざいをサトシにおしえる。 エニシダにつれられトキワジムの中に入ったサトシ。そこには新しいジムリーダーのキクコがいた。そしてサトシは、強気のキクコとバッジぬきのしんけんバトルをはじめることに…。
はげしいバトルの日々をわすれることができるふるさと、マサラタウン。そこにサトシはかえってきた。ひさしぶりに会うむすこのすがたに、サトシのママはごきげんなようす。オーキド研究所にあずけたポケモンたちも、サトシたちとの再会（さいかい）に大よろこび！ サトシたちは、バトルフロンティア制覇（せいは）にむけたたびだちの前に休息（きゅうそく）をとろうとする。だが、ポケモンをたくさんゲットするチャンスだとかんがえたロケット団がおそいかかってきて…。
マサラタウンをたびだったサトシたちは、お月見山のふもとを通りかかる。このあたりには、たいへんめずらしい「ほしがたポケモン」のピィがすんでいる。人間にはなかなかなれないピィも、サトシたちのポケモンには心をゆるして、すぐになかよくなった。そこにとつぜんあらわれたロケット団。パワーアップした武器（ぶき）によって、サトシとポケモンたちは、とおくにふきとばされてしまうが…。
数百年前、オルドラン城は戦争に巻き込まれる危機に瀕する。城と運命を共にすると誓う女王の元から、その城に仕える波導使いアーロンは弟子のルカリオの元へと立ち去るが、戦いが始まろうとしたまさにその時、世界のはじまりの樹に光が灯り、戦いは防がれるのだった。 現代に至り、アーロンは城を守った波導の勇者の伝説として語り継がれ、オルドラン城ではその年の勇者を決めるためのポケモンバトルの大会が催されていた。その大会へ参加したサトシは見事優勝し、優勝者にのみ握ることの許された「アーロンの杖」を手にする。すると突然杖に光が灯りアーロンの弟子であったはずのルカリオが飛び出してきたのだった。
サトシたちは、バトルフロンティアのさいしょのもくてきちであるバトルファクトリーに行くとちゅう、道にまよってしまった。そこで彼らがぐうぜんもくげきしたのは、でんせつのポケモン、フリーザーが空をとんでいるすがた。雪の中、うつくしいそのすがたに、サトシたちはしばらくのあいだみとれるのだった。 エニシダの力をかりて、ようやくもくてきちについた彼らを出むかえたのは、ダツラと名のる男。彼は、おかしな機械（きかい）のはつめいにむちゅうだったが…。
ついにフリーザーをパートナーにえらぶダツラ。それに対して、サトシがこのバトルのためによびよせたのは、しゅぎょうをつんできたえ上げられたリザードンだった。氷タイプのフリーザーに対して、リザードンのこうげきはこうかバツグン。だが、ダツラのアドバイスにより、フリーザーもどんどん自分の実力を出してくる。そしてフリーザーは、キレのいいスピードでリザードンの火炎（かえん）こうげきをつぎつぎにかわしたあと、あたり一面に霧（きり）をはなち…。
バトルアリーナにむかうとちゅう、サトシたちは岩だらけのけわしい山の中へと入っていった。山道を歩きつかれてヘトヘトになり、そこできゅうけいすることにするサトシたち。すると、ちょっと目をはなしたすきに、サトシのポケモンたちがイシツブテたちとケンカをはじめてしまう。おこったイシツブテたちは、この岩山の王、イワークにたすけをもとめ…。
森を行くサトシたちは、とつぜん、しかけられたアミの中につかまってしまった。このワナをしかけたのは、「おおごえポケモン」ドゴームをパートナーにするミツオ。ミツオはまちがってサトシたちをとらえてしまったのだった。ミツオが本当にねらっているのは、「ふうせんポケモン」のプリン。彼のむすめであるリサが、プリンといっしょに歌をうたいたがっているからだった。サトシたちはミツオとリサのため、プリンゲットに力を合わせるが…。
食いしんぼうのハルカにつきそい、森のケーキ屋により道したサトシたち。そんなところへ、「でんせつのポケモン」ウインディがかけてきた。食べることもわすれて、ウインディをおいかけるハルカ。そこへ、ハルカのライバル、シュウもあらわれた。ゲットしようとするシュウだが、ウインディは「しんそく」により、ぐっとスピードをあげてきえてしまう。ハルカとシュウは、きそいあうようにウインディのいどころをさがしはじめるが…。
ポケモンコンテストがひらかれるというヤマブキシティにむかうことにしたサトシたちは、そのとちゅう、ワンリキーたちに追われているコダックのすがたを見かける。 コダックをたすけたサトシたちは、このコダックをトレーナーに返すことにする。ところが、トレーナーのアヅミは、コダックを追っていたワンリキーたちのトレーナーでもあった。どうやらコダックは、何度もアヅミの家からにげ出しているようなのだが…。
ヤマブキシティをめざすサトシたちは、かけ出したゴンベをおいかけて、森の中にあるレストランへと立ちよった。おなじころ、ハラペコのロケット団は、べつのレストランに入っていた。じつはこの２つのレストランは、なかのわるい姉妹、レースとトランがそれぞれひらいている店。どちらが父のレストランをつぐのかきめるため、姉妹のシェフであるポケモン、ニューラとバリヤードは料理たいけつをすることに。そしてサトシたちはトランをたすけ、ロケット団はレースのことをたすけることになるが…。
ついにヤマブキシティの目の前までたどりついたサトシたち。だが、ゴードンの研究所（けんきゅうじょ）に知らずに入ってしまったところをドロボウとまちがわれ、「いもむしポケモン」キャタピーにつかまってしまう。ポケモンにやくだつはつめいをしているというゴードン。でもそのはつめい品は、どれもヘンテコで、つかえそうにないものばかりだった。 ドロボウではないとしんじてもらえたサトシたち。だがこんどは、ほんもののドロボウ・ロケット団がしのびこんできた。ロケット団はゴードンのはつめい品をりようしようとして、キャタピーを巨大化（きょだいか）させてしまい…。
ヤマブキシティについたものの、ハルカはコンテストに出場させるポケモンをまだきめられないでいた。そんなハルカを手だすけにきたのは、何度もウソをつきジャマばかりしてきたハーリー。すっかり心を入れかえたようすのハーリーのアドバイスを、ハルカは聞くことにする。そして、コンテストの一次審査（いちじしんさ）をゼニガメでちょうせんすることに。ところが、トレーニングのまっさいちゅうに、ゼニガメがさらわれてしまい…。
いよいよヤマブキシティでのポケモンコンテストがはじまる。またもハーリーのきたないワナにはまったハルカは、そのいかりをコンテストの場にぶつけようと、きあいじゅうぶん。いっぽうハーリーは、実力でもノクタスとのコンビネーションですばらしいパフォーマンスを見せる。負けられないハルカも、ワカシャモと息（いき）を合わせて勝ちすすむ。 そんなハルカとハーリーの間にわりこんできたのは、なんとムサシだったが…。
ポケモンコンテスト出場を終えたハルカは、グルメスポットへむかう。そして、ヤマブキシティめいぶつのバトル・ラーメンを食べようとワクワクしていたのだが、お店のキョウタロウがどこかへ行ってしまった。そのあとをおいかけたハルカがたどりついたのは、格闘（かくとう）タイプのポケモン道場。道場の師匠（ししょう）で、キョウタロウの父親のハマグリは、「ラーメン屋をやめて道場をつげ」とキョウタロウに言うのだった。はたしてハルカは、ヤマブキシティ一番のラーメンを食べることができるのか？
つぎのもくてきち、バトルアリーナをめざすとちゅう、ぶきみな町にまよいこんだサトシたち。ゴーストタウンになっているこの町にはオバケがウジャウジャいるらしい。おびえたサトシたちは、たてものの中ににげこんだものの、こんどは奥（おく）のほうから音楽がきこえてきた。おっかなビックリたしかめに行った先にいたのは…音楽で楽しげにおどるエスパーポケモンたちだった。彼らは町から人間が出て行ったあと、おきざりにされたさびしさを音楽でまぎらわしているのだという。どうやら外にいるオバケと彼らはかんけいがないようだったが…。
いよいよつぎのもくてき地バトルアリーナにちかづいてきたサトシたち。しかしそのとちゅうで、ゴンベが体調（たいちょう）をくずして食欲（しょくよく）をなくしてしまう。とある城のかんり人だという老人にたすけられたサトシたちだが、城でバッタリ出会ったのはなんとロケット団。この城はコジロウの家だったのだ。家の中ではなぜか自分がロケット団だとバレるのをいやがるコジロウは、いったんたたかうのをやめようとサトシに言うが…。
バトルアリーナを前に、さいごのトレーニングにはげむサトシとタケシ。そのさいちゅう、タケシのミズゴロウはヌマクローに進化（しんか）するが、いきおいあまってはなったこうげきが「わたげポケモン」モココにぶつかって、ケガをさせてしまう。ポケモンのもちぬしのモモコが、ちりょうのためにモココをはこんだ先は、ポケモンの漢方屋（かんぽうや）。ここでモモコは、おばあさんから漢方薬作りを学んでいるのだった。美人のモモコに恋をするタケシだが、この恋にはライバルがしゅつげん。さらにはヌマクローにもモココへの恋心がめばえてしまい…。
バトルアリーナにとうちゃくしたサトシは、バトルにむけてはりきっていた。格闘（かくとう）タイプのポケモンをつかいこなすフロンティアブレーン、コゴミに勝負をいどむサトシ。コゴミの「めいそうポケモン」チャーレムにたいして、サトシはオーキド研究所（けんきゅうじょ）からよびよせたカビゴンでむかえうつ。ポケモンどうしの力と力のぶつかり合い。しかしチャーレムの気合いをこめたこうげきによって、カビゴンはピンチに……。
３ばんめのバトル施設（しせつ）、バトルドームをめざしてたびをつづけるサトシたち。そのとちゅうで立ちよった農場（のうじょう）は、ポケモンのタマゴをあずかってそだてている「そだて屋」だった。ポケモンのタマゴを見たことのないハルカは、かんげきする。 農場のむすめ・シロミは、ポケモンコーディネーターになることをゆめに見ながらも、この地をはなれられずにタマゴのせわをしていた。さまざまな土地をたびしてコンテストにしゅつじょうできるハルカに、ついつめたいたいどをとってしまうシロミだったが…。
バトルドームにむかうとちゅう、ジルバタウンでポケモンコンテストがひらかれると知ったハルカは、さっそくしゅつじょうすることにする。ぞくぞくあつまるコーディネーターの中には、なにやらつかれたようすのサラリーマン、オガタのすがたも。だがステージ上でのオガタはガラリと人がかわり、ハデなかっこうでエレキギターをかきならしてとうじょう。バタフリーとのあついパフォーマンスでハルカたちをおどろかせる。しかし、そこにオガタの妻（つま）とむすこがあらわれて…。
バトルドームをめざすサトシたちは、そのとちゅう、つりの名所（めいしょ）とよばれる湖のほとりにとうちゃく。しかしそこにはつり人がいなくて、さびしいふんいきだった。この湖を見まもるアサギと出会ったサトシたちは、とつぜん湖にあらわれた「ならずものポケモン」シザリガーのいやがらせのせいで、つり人や湖にすむポケモンが出ていってしまったことを知る。サトシは湖のへいわをとりもどすため、シザリガーをたいじすることにするが…。
ついにバトルドームにたどりついたサトシたち。このばしょのフロンティアブレーンのヒースは、大にんきのスーパースターだった。ハデにショーアップされたかいじょうのふんいきに、おどろくサトシ。ほのおタイプのウインディとみずタイプのラグラージのコンビでたたかうヒースにたいして、サトシはヘイガニとオオスバメでいどむ。だが、ヒースのけいさんされたさくせんにより、サトシはピンチに…。
つぎのもくてきち、バトルチューブにむかってたびをつづけるサトシたち。そのとちゅう、森の中であたりにでんきをまきちらす「でんきポケモン」エレキッドと出会う。エレキッドは、つよいでんきのパワーで、森にいるポケモンをつぎつぎにこうげきしていた。 そんなエレキッドのこうげきにまきこまれたハルカ。さらに、エレキッドの頭にだいじなタマゴがはさまり、もっていかれてしまった。タマゴをとりもどすため、森をさまようエレキッドをおいかけるサトシたちだったが…。
セキチクシティへむかうため、森をすすむサトシたち。しかし、ガケくずれによって、先にすすめなくなった。しかたなくすすむほうこうをかえるサトシたちだったが、とつぜんピカチュウが森のおくへと入っていってしまう。とまどうサトシたちの前に、森をちょうさにきたポケモンレンジャーのヒナタがあらわれた。このあたりに異変（いへん）がおきていると聞いたサトシたちは、ヒナタとともにピカチュウをおって森のおくへむかう。そこには、体じゅうキズだらけでおびえているセレビィがいたが…。
サトシたちはセキチクシティをめざすとちゅう、森の中で忍者（にんじゃ）のかっこうをした少年、コロクと出会う。すぐになかよくなったサトシたちは、ポケモン忍者スクールにあんないされ、コロクといっしょにしゅぎょうをすることに。 そんな中、スクールの子どもがそだてた「オレンの実」がぬすまれるというじけんがおきる。スクールにヒョッコリとあらわれた「ぼんさいポケモン」のウソハチがあやしいとうたがわれるが…。
セキチクシティについたサトシたち。ハルカは、はぐれてしまったゼニガメをさがしている時、ふるぼけた駅（えき）でクニというおばあさんと出会う。クニは、夫のイサオがとおくの町で死んだことをりかいできないまま、いまだにかえりを駅のホームでまちつづけていた。２人のわかれは、数十年前のことだという。 ぐうぜんにもそのじだいへとタイムスリップしてしまったハルカとニャースは、イサオのいのちをすくおうとするのだったが…。
４こめのフロンティアシンボルをかけたバトルの日がやってきた。バトルチューブへとでかけるサトシだったが、たどりついた先はなぜかロケット団がつくったためのバトル施設（しせつ）。そこでサトシは、ピカチュウをうばわれそうになってしまう。そのピンチをすくったのは、この地のフロンティアブレーン、アザミだった。 さっそくアザミにバトルをいどむサトシ。だが、まったくぼうぎょをせずに、ひたすらこうげきをくり出すアザミはてごわくて…。
メタリカ島にある５番目のバトルフロンティア、バトルパレスをつぎのもくてきちにさだめ、海をおうだんするサトシたちの船旅がはじまった。とちゅう立ちよったポプリ島で、トレーナーとポケモン同士の相性をためす行事（ぎょうじ）、ポケモンオリエンテーリングのかいさいを知り、サトシたちはやるきまんまんにさんかをきめる。そのさんかしゃはロケット団のコジロウまで！ コジロウを優勝させようとするムサシとニャースは、サトシたちのじゃまをするが…。
ポケモンコンテストがひらかれると知り、ポプリ島のうらがわにあるモダマタウンにやって来たサトシたち。ハルカはこの大会でデビューするゴンベとはじめてコンビをくんで、３つめのリボンゲットをめざすことに。そんなハルカの前に、ライバルのハーリーがまたも立ちはだかるが…。
つぎのポケモンコンテストがひらかれるユズリハ島にむかうサトシたち。そのとちゅうに立ちよったカモミール島で、ジュプトルはひょんなことから「フルーツポケモン」のトロピウスとたたかうことになるが、バトルにやぶれてケガをしてしまう。それをたすけてくれたのは、ジュンサーがひきつれたメガニウムだった。 キズのちりょうをうけたジュプトルは、メガニウムに恋をしてしまう。そして、トロピウスとふたたびたたかうために、立ち上がるのだった。
３つめのリボンをめざすハルカのため、ユズリハ島のポケモンコンテストにやって来たサトシたち。そこでハルカは、シュウにあこがれる新米（しんまい）コーディネーター、ワカナと出会う。じつは彼女、ハルカをライバルだと思っていた。 そしていよいよはじまるコンテスト。ハルカはきあいじゅうぶんのゴンベのえんぎで勝ちすすむ。負けじとワカナも、アメタマとの華麗（かれい）なコンビネーションを見せる。そんなワカナには、おどろくべきけいかくがあったのだが…。
バトルパレスがあるメタリカ島にたどりついたサトシたち。そこはジャングルが広がる島だった。ジュカインのふっかつをねがってトレーニングにはげむサトシだが、なかなかワザを出せないジュカインは、おちこんでジャングルの中へときえてしまう。そのゆくえをおいかけるサトシは、スピアーのたいぐんにおそわれ、さらにピカチュウともはなればなれに。この地のフロンティアブレーン、ウコンによってピカチュウはたすけられるが、サトシはジャングルの中をさまようことに…。
５ばんめのバトル施設（しせつ）、バトルパレスにやってきたサトシたち。フロンティアブレーンのウコンは、なんとバトルパレスの中のひろびろとしたジャングルをバトルフィールドにつかうという。そのアイデアをよろこんでうけいれたサトシだが、しぜんの力をうまくつかったウコンのこうげきにピンチになってしまう。 そして、ウコンが出したさいごのきりふだ、「どぐうポケモン」ネンドールに、サトシはジュカインでしょうぶをいどむが…。
ふねのたびもおわり、みなと町についたサトシたちは、ロケット団のたくらみでポケモンをうばわれそうになる。 ゴンベのワザ「ゆびをふる」でなんとかピンチはきりぬけたが、そのドサクサでピカチュウ、ニャース、ウソハチ、マネネがはぐれてしまった。ひっしでなかまをさがすサトシ＆ロケット団。そんなかれらの前にすがたをあらわしたのは、マネネとウソハチ。ところが、どうもようすがおかしくて…。
ビルがたちならぶ大とかい、コモダシティをおとずれたサトシたちは、「赤いイナズマ」のウワサを耳にする。その怪人（かいじん）は、赤マントでかおも体もかくし、トレーナーがもっているポケモンにみずからワザをくり出して、バトルをしかけてくるというのだ。 ポケモンのワザをつかうのに、人間のことばを話すというこのナゾの怪人により、町はふあんにつつまれていた。そんな中、サトシたちとはなれたゼニガメの前に、赤いカゲが立ちはだかった!!
いよいよ４こめのリボンゲットをめざし、ポケモンコンテスト・アベリア大会にのぞむハルカ。だいじにそだててきたイーブイのちょうしもいいようす。あとは大会がはじまるのをまつばかり。そのとき、ユマというポケモンブリーダーがぐうぜん通りかかった。かつてはポケモンコーディネーターだったという彼女は、タケシのポケモンのそだてかたをほめて、今回のコンテストにさんかすることをつよくすすめるのだった。 そしてタケシもコンテストにエントリーすることになるが…。
サトシたちはバトルタワーをめざすとちゅうの山道（やまみち）で「くちづけポケモン」ムチュールに出会う。あまりのかわいさに、だきあげようとするハルカ。そのとき、林のおくからだれかがとつぜんワザをくり出してきた！ そのしょうたいは、３体のルージュラ。もうすこしでバトルになりかけるが、ルージュラはムチュールをまもろうとしていたのだと気づいたサトシたちは、道をとおまわりすることに。 そのあと、森にひそんでいたロケット団は、このかわいいムチュールに出くわし、あるたくらみを思いつく。
いよいよバトルタワーへのちょうせんの日がちかづいてきた。サトシとピカチュウは、こうふんしてなかなかねむれない。明けがた、たまらずに外へはしりに出たサトシとピカチュウは、たがいにバトルに勝つことをちかい合うのだった。 ところがそこへとつぜん、野生（やせい）のスピアーがおそいかかってきた！ あわてるサトシたちをピンチからすくったのは、うつくしい顔だちの少年、リラだった。彼がピカチュウをだき上げたその時、こんどはピカチュウをねらうロケット団がおそいかかってきて…。
バトルタワーでのリラとのバトルにやぶれたサトシ。くやしさをこらえきれず、ふたたびたたかいたいと思うが、いきおいまかせなこれまでのたたかいかたでは勝ちめがない。ポケモンのじつりょくをひき出せなかったことをはんせいしたサトシは、とっくんをはじめるのだった。ポケモンと心をひとつにしてたたかうリラに勝つには、ふつうのとっくんではダメだと考えたサトシは…。
バトルピラミッドへのちょうせんをめざすサトシと仲間たちは、とちゅうの山岳地帯上空でオーロラをもくげきする。それとどうじにピカチュウや周囲のやせいポケモンにいへんが起き、なんとモンスターボールが使えなくなってしまう。ただならぬようすの中、一行の前に現れたのは、かつて行動をともにしたポケモンレンジャーのヒナタだった。 彼女はこのいじょうじたいをちょうさ、かいけつするミッションを受け、この地をおとずれたのだという。そんな中、上空の空間がとつぜん、なぞのポケモン デオキシスが出現した！ たのみのつなは、ゆいいつうごくヒナタのキャプチャスタイラーのみ！ サトシたちの運命やいかに！？
さいごのバトル施設（しせつ）、バトルピラミッドへのちょうせんをめざすサトシたちは、森の中でキラキラとかがやく黄金（おうごん）のウソッキーと出会う。このめずらしいポケモンをゲットしようとするサトシだったが、にげられてしまった。 ちかくの町にたどりついたサトシたちは、黄金のウソッキーを見たということを話すと、こわそうな男たちに「ウソッキーのじょうほうをよこせ」とせまられるはめに。そんなサトシたちのピンチをすくったのは、キンヤという少年だった。彼は黄金ウソッキーのひみつを知っているようだったが…。
ポケモンコンテスト・カジノキ大会にエントリーし、５つめのリボンゲットをめざすハルカ。すでにリボンを５つあつめ、グランドフェスティバルしゅつじょうをきめたライバルのハーリーにプレッシャーをかけられ、きあいが入ったハルカは、もうれんしゅうにはげむ。 いっぽうハーリーは、今回のコンテストにへんそうしてエントリーしていたロケット団にちかづき、ハルカをたおすために手をむすぼうとするのだった。
ライバル・ハーリーとロケット団のぼうがいにもめげず、コンテスト一次予選（いちじよせん）をつうかしたハルカ。しかし、二次審査（にじしんさ）のコンテストバトルは、てごわいあいてばかり。くるしみながらも勝ちすすむハルカだったが、ハーリーたちのわるだくみはまだおわったわけではなかった。 ハーリーたちのワナがせまるなか、はたしてハルカはコンテストを勝ちぬくことができるのか!?
今日もピカチュウゲットにしっぱいして「やなかんじー！」ととばされたロケット団の３人。そしてついに、ムサシ、コジロウ、ニャースはトリオを解散（かいさん）することにする。 ちょうどそのころ、サトシたちはサビシティでおこなわれるワンデートーナメント・ポケモンバトルにさんかしようとしていた。しかし、それはロケット団のヤマト、コサブロウがしくんだワナだった。サトシたちの、そしてロケット団の３人のうんめいは…!?
バトルピラミッドに行く前に、ニビシティにたちよったサトシたち。ひさしぶりにおとずれたタケシの実家（じっか）のニビジムは、なぜかいぜんとはちがう、おかしな外見（がいけん）になっていた。 のこされた弟たちによれば、ジムリフォーマーとなのるあやしい業者（ぎょうしゃ）が、タケシの両親（りょうしん）をうまいことばで言いくるめて、改装（かいそう）をはじめたのだという。聞けば聞くほどあやしいジムリフォーマー。彼らはいったいなにものなのか？ かわいい弟たち、そしてニビジムをまもるため、タケシが立ち上がった!!
サトシたちはさいごのバトル施設（しせつ）、バトルピラミッドを目のまえにしながら、古代（こだい）の地下通路（ちかつうろ）におちてしまう。そこで古代遺跡（こだいいせき）のワナにかかり、サトシたちはピンチにおちいるが、でんせつのポケモン「レジロック」をつかう男・ジンダイによってたすけられた。彼に「気がゆるんでいる」と言われるが、そのことばを聞こうともしないサトシ。しかし、そのすぐあとに遺跡にふれたため…。
ハルカのグランドフェスティバルしゅつじょうにむけ、セキエイ高原（こうげん）をめざすサトシたちは、農夫（のうふ）におわれたエイパムの大群（たいぐん）に会う。そのときサトシはぼうしを、ハルカはたいせつなリボンケースをうばいとられてしまった。どうやら、それまでおとなしかった山のポケモンたちが、果樹園（かじゅえん）をあらしはじめていて、農夫たちはこまっているらしい。さらに、山にはぶきみなうなり声をあげる大きな魔物（まもの）まですがたをあらわすという。さっそく、サトシたちはちょうさをはじめるが…。
サトシ一行はついに、ポケモンコンテスト・グランドフェスティバルが行われるセキエイ高原（こうげん）にたどりついた。２度目のグランドフェスティバル挑戦（ちょうせん）で優勝（ゆうしょう）をねらうハルカはきあい充分（じゅうぶん）だが、出場者（しゅつじょうしゃ）はみんなリボンを５ついじょうゲットしたつわものばかり、さらに会場内にはライバルのシュウ、ナゾのくろづくめコーディネーター、スタッフの中にまぎれこんだロケット団など油断（ゆだん）ならぬ面々（めんめん）もいるのだった。はたしてハルカははれの舞台（ぶたい）、グランドフェスティバルの予選（よせん）をぶじにかちぬくことができるのか？
ポケモンコンテスト・グランドフェスティバル・セキエイ大会のよせんをかちぬいたハルカ。しかし、本選（ほんせん）ではさらにきびしいがたたかいがまちうけていた。とくに、ライバルのシュウのやる気と、彼をむかしから知るコーディネーター、サオリのじつりょくを目の前にして、ハルカはたじたじする。そして、二次審査（にじしんさ）のコンテストバトルにすすんだハルカのたいせんあいては、なんと、これまでズルいさくせんで、なんども彼女をくるしめてきたハーリーだったが…。
ついにライバルのシュウとたたかうことになったハルカ。おたがいにポケモン２体ずつでたたかう「ダブルバトル」でのたいせんは、どちらも一歩もゆずらないスリリングなあらそいに。はげしくもうつくしいワザがみだれとぶはくりょくのバトルに、かいじょうは大いにもり上がる。だがそのとき、サトシにだれかがちかづいてきて…。
バトルピラミッドをめざすとちゅう、イタズラもののエイパムをおいかけていたサトシは、ちかくの村でおこなわれる「王様（おうさま）えらび」というイベントに出会う。そのイベントは、村につたわる王冠（おうかん）をみんなでうばい合い、日がしずんだときに手にしていた人が、つぎの１年間王様になれるというもの。このイベントには村人いがいの人でもさんかできると聞き、サトシたちはしゅつじょうすることにするが…。
人間の声をまねる「おんぷポケモン」のペラップと、それをおいかけている女の人、アンリに出会うサトシたち。アンリは、ペラップをくんれんして、いっしょにまんざいコンビをくもうとしているという。かのじょのゆめは、まんざいグランプリでゆうしょうして、おわらい芸人（げいにん）になることなのだ。しかし、ペラップはかってにどこかへとんでいってしまい、こまっているというアンリ。かのじょの家に立ちよることにするサトシたちだったが、そこにあやしいセールスマンがあらわれて…。
サトシたちは顔にキズをもつマニューラからとつぜんのこうげきをうけた。ピカチュウとエイパムがはんげきするが、マニューラのものすごいつよさの前にふきとばされてしまい、エイパムはかなりのダメージをうけてしまう。森林警備隊（しんりんけいびたい）のカワダにたすけられたサトシたちは、あのマニューラはむれからはなれた「はぐれマニューラ」で、ポケモンをつれた人間を見るとバトルをしかけてくるのだと聞く。はぐれマニューラはなぜ人間をおそうのか？そのウラには、かつておきたあるじけんがかんけいしているようなのだが…。
ついにフェンネル谷にたどりつき、バトルピラミッドにまたしてもバトルをいどむサトシ。しかし、ジンダイがいそがしいため、バトルはつぎの日へもちこしとなる。そこで、すぐちかくのポケモンセンターにむかったサトシたちは、ポケモンバトルがすきなジョーイさんにかんげいされる。しかも、ジョーイさんがサトシのれんしゅうバトルのあいてをしてくれることになった。しかしサトシは、ジョーイさんとパートナーのラッキーのたくみなコンビネーションによりピンチになってしまい…。
バトルピラミッドでジンダイにやぶれたサトシは、なやんでいた。そこへやって来たのはオーキド博士（はかせ）。博士にあずけているポケモンたちや、なかまからのおうえんメッセージにかんどうするサトシ。しかし、なによりも心をうごかされたのは、ライバルのシゲルがポケモンのけんきゅうをがんばっているというしらせだった。そしてサトシは、ジンダイとのたたかいにむけて自分もがんばろうと思うのだった。ちょうどその時、ハルカの前にライバルのシュウがすがたをあらわしていた。グランドフェスティバルがおわり、もくひょうを見うしないかけていたハルカは、シュウにバトルをもうしこむことに…。
ジンダイとのたたかいにむけ、フェンネル谷のポケモンセンターでトレーニングをするサトシたち。ところが、ポケモンセンターをひとりできりもりするジョーイさんが、とつぜんびょうきでたおれてしまった。サトシたちはポケモンセンターのしごとをたすけることにするが、そのころ、ちかくの山道でたくさんのポケモンたちがケガをしてしまったというじこがおきてしまう。サトシたちはこのピンチをのりこえることができるのか？
バトルピラミッドにもういちどむかうため、サトシはフシギダネ、ゼニガメ、リザードンといったなつかしいなかまたちをよびよせた。さいしょにいっしょにたびをしたポケモンたちと山ごもりすることで、初心（しょしん）にもどり、ジンダイをたおすヒントをえようというのだ。むかしからのなかまとすごし、なにかをつかみかけるサトシ。 しかし、山にはそんな彼らをねらう、あやしいカゲがひそんでいて…。
バトルピラミッドのたたかいは、４VS４のバトル。大きなワザと小さなワザをうまくつかうジンダイにくるしめられるサトシだったが、もちまえのガッツとポケモンたちとのコンビネーションで、ごかくのたたかいをくりひろげる。そしてついに、おたがいのポケモンはラスト１体に…。そこでジンダイが出したのは、なんとでんせつのポケモン、レジアイスだった。サトシはピカチュウでレジアイスにいどむが…。
バトルフロンティアとグランドフェスティバルという、それぞれのもくひょうを終わらせたサトシ、ハルカたちは、故郷（こきょう）に帰るため、港町（みなとまち）のトネリコタウンにやって来た。港から海をわたるハルカとマサトは、サトシたちとここでおわかれだ。ちょうどおまつりがあるため、町はにぎやか。そこでサトシたちは、ポケモンコンテストがひらかれることを知る。コンテストにさんかすることにしたサトシとハルカ。勝ちすすんだ2人は、たいけつすることになるが…。
さいごのポケモンコンテストの決勝戦（けっしょうせん）でぶつかったサトシとハルカは、ともにベストをつくしてたたかいぬいた。そのおどろきのけっちゃくに、大かんしゅうはわきあがる。そして、たたかいがおわり、サトシたちにはわかれの時がせまっていた。たびの思い出をむねに、それぞれ帰ろうとしていたサトシたちは、ハルカからあることを聞かされることに。そして、マサラタウンをめざすサトシの前に、おどろきの出会いがまっていて…。
ヒカリはシンオウ地方にすむ10才の女の子。今日は新人ポケモントレーナーとして、ぼうけんのたびに出る日だ。まずはさいしょのポケモンをもらうために、となり町のポケモン研究所（けんきゅうじょ）をめざしてしゅっぱつしたヒカリだったが、道にまよってしまう。ちょうどそのころ、研究所では新人用ポケモンのナエトル、ヒコザル、ポッチャマがケンカをはじめて大さわぎ！さらにポケモンたちは、研究所からにげだしてしまい･･････。
ヒカリはナナカマド博士からポッチャマを貰い、ポケモンコンテストが開かれるコトブキシティを目指して旅をしていた。道行く先で遭遇したミミロルをゲットをしようとするが逃げられてしまい、失敗。その次に見つけたミノムッチもあえなく失敗。その後、202ばんどうろの森で、ヒカリはロケット団によりダメージを受けたピカチュウを見つける。野生のピカチュウと思い込んだヒカリは、早速ポッチャマにバブルこうせんを繰り出させたが、逆にピカチュウの10まんボルトによって反撃を受け、自転車が壊されてしまった。さらにモンスターボールを投げて捕まえようとするが、ボールに入らなかったことで、ピカチュウが他のトレーナーのポケモンだと気付く。 一方サトシはピカチュウを捜すかたわら、通りがかったトラックから降りてきたタケシと再開。再びともに旅をすることになる。ピカチュウを空から探すため、サトシはムックルをゲット。そこでサトシはシンジというトレーナーと遭遇する。
離れ離れになってしまったピカチュウを捜すため、サトシはひとまず空から捜索できるポケモンを、とムックルをゲットする。その様子を見かけたシンジは、サトシのバトルスタイルが気に入らない様子。一方ピカチュウは、やはりロケット団に捕獲されていた。ヒカリが何とかしようと奮闘するところに、ムックルの助力でピカチュウの電撃を見つけたサトシとタケシが駆けつける。 ロケット団からピカチュウを取り返し、サトシ・タケシ・ヒカリの3人でナナカマド研究所に戻ると、サトシは再びシンジと遭遇。そこでシンジと3対3のバトルになる。 しかしバトルの後、シンジはなぜか手持ちのムックルを逃がしてしまう。
いっしょにたびをはじめたものの、なかなか息（いき）が合わないサトシとヒカリ。野生（やせい）のミミロルをゲットしようとはりきるヒカリに、サトシがあれこれと口出ししたため、２人はケンカになってしまう。そこへあらわれたのは「つぼみポケモン」スボミーをつれたポケモン吟遊詩人（ぎんゆうしじん）、ナオシだった。サトシに自分の力をみとめさせたいヒカリは、ナオシにポケモンバトルをもうしこむが･･･。
コトブキタウンにむかうとちゅう、ロケット団の気球（ききゅう）につれさられてしまったピカチュウ。サトシは、ムックルのおかげで気球をおとすことにせいこうするが、おちたさきはとおいみずうみのほうがくだった。みずうみへむかって走るサトシたち。 いっぽうピカチュウは、おちた気球から野生（やせい）のナエトルにたすけられていた。ガッツにあふれるナエトルは、ピカチュウをかばってロケット団をおいはらうが、なんと、あとからかけつけたサトシまで敵（てき）だと思いこんでしまい･･･。
あたらしいなかまのナエトルをゲットし、たびをつづけるサトシたちの前に、かつてバトルをした少年、シンジがふたたびあらわれた。彼はサトシとおなじくクロガネジムへのちょうせんをめざしていて、今はジム戦にむけて戦力（せんりょく）をふやしているのだという。そして、サトシはナエトルで、シンジはヒコザルでバトルをすることになる。ところが、その勝負のさいちゅうにロケット団がおそいかかってきたため、サトシたちははなればなれになってしまうが･･･。
ポケモンコンテストちょうせんをめざすヒカリは、ポッチャマととっくんするが、なかなかうまくいかない。そこでポッチャマは、サトシやヒカリにかくれて、ひとりでトレーニングをはじめる。ところが、やっぱりしっぱいばかり。そんなポッチャマの目の前に、キズついたゴルダックをせおったヌオー、ウパー、ニョロモがあらわれた。ゴルダックはわるいポケモンに木の実をうばわれ、そのときにケガをしたらしい。それを知ったポッチャマは、「ボクにまかせて！」と言いはじめるが･･･。
ロケット団のニャースがコンビニから出てくると、入口のよこにふてくされたかおをしてすわっているきみょうなポケモンがいた。いっしゅん目があったニャースは、あやしいものをかんじて早くそこからはなれようとする。しかしそのポケモンは、かったるそうにニャースのあとをずっとついてくるのであった。ぶきみに思ったニャースは、スタスタとにげ出すが･･･。このナゾのポケモンのしょうたいは？
サトシたちのたびの朝はあわただしくはじまる。ヒカリは「ねぐせがなおらない」とさわぎ、サトシはいたずらもののエイパムにとられたぼうしをとりもどそうとドタバタ。そんな中、ピカチュウがいきおいよく道に出たところ、ジュンサーさんの白バイとはち合わせ！あわや交通事故（こうつうじこ）というタイミングに、だれかがとび出して、ピカチュウをたすけてくれた。すごいジャンプを見せたその人のしょうたいは!?
サトシたちは、シンオウ地方（ちほう）でいちばんの大都会（だいとかい）、コトブキシティにたどりついた。ざっしを手にしてになにかをさがしはじめるヒカリ。どうやら、いまはやっている「ポケッチ」というなまえのべんりな時計（とけい）が、どうしてもほしいらしい。「ぜったいゲットしなくちゃ！」といきごむヒカリ。しかし、とつぜんポケッチが発売中止（はつばいちゅうし）になったと聞かされ、おちこむのだった。そのとき、目の前にやさしいピエロがあらわれて･･･。
コトブキシティで、はじめてポケモンコンテストにさんかすることにしたヒカリ。コンテスト用のドレスにきがえて、すっかりまいあがるが、だいじなアクセサリーをおとしてしまい、早くもこの先がふあんになってしまう。そのあと、コンテストにむけてサトシとピカチュウをあいてにとっくんをするヒカリとポッチャマだったが、それを見ていたエイパムがとつぜんとびこんできて、みごとなワザを見せ･･･。
ポケモンコンテスト・コトブキ大会にしゅつじょうしたヒカリとサトシは、ぶじに１次審査（１じしんさ）をかちぬき、２次審査のコンテストバトルにかちすすんだ。「このままかちすすんで、クロガネジムのバッジもゲットしてみせる」とじしんまんまんのサトシだったが、それを聞いていた少女・ノゾミは、「ジムをめざすならコンテストに出ないでほしい」と言ってきて･･･。
クロガネシティに向かう道中の森でサトシとムックルは、シンオウ地方最初のジム戦に挑戦するべく特訓にはげんでいた。そこで偶然出会ったのは、森の鳥ポケモンたちの観察や管理をしているユカリという女性。彼女の勧めで、とりポケモンの観察に挑戦するサトシ一行だったが、どうも様子がおかしい。ユカリによれば最近、森のとりポケモンの数が急に減っているため、原因を調査中だという。一行はその調査を手伝うことにするが、そこには思いも寄らぬ事態が待ち受けていた。
サトシ、ヒカリ、タケシの一行は、クロガネシティに向かう途中の山で、ケガをしたコノハナとジョーイさんに遭遇した。人間を恐れるコノハナは、ジョーイさんを威嚇する。タケシはポケモンブリーダーとしての経験を活かし、コノハナの警戒を解いてケガの手当をしてやる。そしてタケシは忙しいジョーイさんに代わり、このコノハナを住みかの巨木まで連れていくことにするのだが、何者かによってコノハナと自分のウソハチを連れ去られてしまう。
シンオウ地方最初のポケモンジムに挑戦するため、クロガネシティにやってきたサトシたちだったが、残念なことにジムリーダーは外出中。街のはずれの炭坑へ向かった一行は、そこで化石に語りかける不思議な男、ヒョウタに出会う。彼こそがこの地のジムリーダーだったのだ。早速ジムバトルを申し込むサトシ。しかし、先客がいるため順番待ちだという。その先客とは、何とライバルのシンジであった！サトシたちは、ヒョウタ対シンジのジムバトルを見学することにするが、そこで目にしたものは・・・！
先に対戦したシンジとのすさまじいバトルで、ジムリーダー・ヒョウタの実力を目の当たりにしたサトシ。翌朝には、いよいよクロガネジムに挑戦だ！ヒョウタの手持ちポケモンを念頭に置き、サトシは迷いながらも３対３のバトルにのぞむメンバーを絞り込む。そしてついに朝をむかえ、ヒョウタとのジム戦の幕が切って落とされた。ヒョウタがくり出したのはなんと、シンジ戦で奥の手に使ったズガイドスだった！いきなりの強敵登場に、果たしてサトシはどう戦うのか！？そして丁度その頃、クロガネシティの炭坑博物館にあやしい影が・・・。
健闘したものの、ジムリーダー・ヒョウタの前に惜しくも敗れたサトシ。ヒカリは、カントーやジョウト地方でゲットしたポケモンたちでの再挑戦を勧めるが、サトシは「絶対にシンオウでゲットしたメンバーで勝ってみせる」と言い張る。そこでタケシはサトシにある練習法を提案する。そして、時を同じくして街の炭坑博物館では、古代ポケモンが大暴れをはじめて大パニックに！いったい何が起こったというのか！？
サトシはロケット団との戦いで見せたポッチャマの動きから、クロガネジム攻略のヒントをつかんだ。しかし、ジムリーダー・ヒョウタのズガイドスは、なんとラムパルドに進化、さらにパワーアップをして手強くなっていた！そして、ついに迎えたサトシのクロガネジム再挑戦、ヒョウタは一番手にイワークを、サトシはピカチュウをくり出した！自信を持ってのぞんだサトシの奥の手とは一体・・・？
次なるジムのあるハクタイシティに向かう道中の草原で、サトシたちは"でんきリスポケモン"のパチリスに出会った。その可愛らしいルックスと愛くるしい仕草に、すっかり一目ぼれしてしまったヒカリは、何が何でもゲットしようとバトルを挑むことに。ポッチャマとミミロルのがんばりで苦戦の末、なんとかパチリスのゲットに成功したヒカリだったが、このパチリス、何ととんでもない性格の持ち主だった！！
サトシたちの目の前に突如として現れた、ボーマンダに乗った謎の女性。彼女はハイテクメカを使いこなし、ポケモンをまるで銅像のように固めて奪い去る、悪のポケモンハンターの一員だった！ポケモン強奪の現場を目の当たりにしたサトシは、ハンターの後を追うが、なんと反撃にあった上にピカチュウを奪われてしまう！ポケモンハンターの悪企みを叩きつぶし、ピカチュウを取り戻すためサトシたちは、同じようにニャースを奪われたロケット団と手を組むことにするが･･･。
ハクタイジム向かう途中、コトブキシティを再び訪れたサトシたちは、テレビコトブキの街頭インタビューを受ける。レポーターから「ビーボタン同盟」という、ポケモンを進化させずに育てて、その強さや美しさをみがくサークルの存在を教わり、興味津々のサトシ。サークルのリーダーが持つという"最強のコイキング"と"最も美しいヒンバス"を見せてもらうため、一行は「ビーボタン同盟」のあるビルに向かうが、そこに「シーボタン同盟」を名乗る別の集団が現れて･･･。
旅を続けるサトシ一行は、通りがかった村のお祭りでポケモンコンテストが開かれる事を知って立ち寄ろうとする。ヒカリはゲットして間もないパチリスでぜひ挑戦しようと張り切っていた。ところが道中、遊んでいたエイパムが崖から落ちてしまった。絶体絶命のピンチからエイパムを救ったのは、なんとロケット団のムサシで･･･。
サトシたち一行は静かな森の中で、一匹の傷ついたビッパに出会う。このビッパ、どうやら仲間とはぐれたらしく、かわいそうに思ったサトシたちは近くの滝に送り届けてあげようとするが、そこに突然ロケット団が現れた！ しかし、いつもと様子が違う。なんとその後に続いて姿を現したのは、激しく怒りまくるハガネールであった！ 巨体をうねらせながら辺りをかまわず攻撃してくるハガネール！ サトシたちはロケット団とともにあわてて逃げ出すが・・・。
サトシとヒカリが野原でポケモンバトルの練習をしていると、目に前に突然現れた女性から、そのピカチュウを３日間だけ借りたいと頼まれてしまう。 話を聞けば、彼女はお婆さんとケーキショップを開いていたが、ケーキ作りの手伝いをしていたシュガーという名前のピカチュウが急にいなくなってしまい、３日後に行われるお菓子コンクールに出場できず、困っているのだという。 サトシのピカチュウはシュガーのふりをして、お婆さんのケーキ作りに協力する事にするが、果たして無事にお菓子コンクールの日をむかえることができるのだろうか？
サトシたちはポケモンコンテストが行われるソノオタウンにたどりついた。 そこは美しい花が咲き乱れる街で、花にまつわる不思議な伝説が語り継がれていた。 そんな中、「ポフィン作り教室」が開かれると知ったヒカリは、サトシたちにも参加を勧める。ポフィンとは木の実からつくるポケモンのおやつで、コンテストを目指すポケモン達に与えるといろんな効果が得られるのだという。 "ブーケポケモン"ロズレイドが花の世話をするフラワーショップで、一行はさっそくポフィン作りにチャレンジするが、その姿を見つめるあやしい影が・・・。
ポケモンコンテスト・ソノオ大会を翌日にひかえたヒカリは、ピカチュウをコーチにむかえてパチリスの特訓にはげんでいた。すると、そこに偶然通りがかった少年が、親しげに話しかけてきた。なんと、ヒカリの幼なじみのケンゴであった。彼は、ヒカリよりも早く旅に出ており、最初にもらったポッチャマをすでにポッタイシに進化させている、なかなかの強者。ヒカリを軽く見ているケンゴは、ヒカリのバトル挑戦を断り、逆にサトシを挑発してきた。サトシは、ケンゴからの挑戦を受け、ピカチュウ対ポッタイシで戦うことに。果たしてこのバトルの行方は？そしてヒカリのコンテスト挑戦はいったいどうなるのか？
ポケモンコンテスト・ソノオ大会の第一次審査を思わぬアクシデントでスタートしたヒカリとパチリス。機転をきかせてなんとか演技を終了したが、他の参加者もなかなか手強く、審査通過は難関のようだ。そんな中、ついにヒカリの幼なじみ、ケンゴの演技がスタートした。ケンゴがくり出したポケモンは"ねんりきポケモン"のフーディン。ケンゴはフーディンとの見事なコンビーネーションと演技で、観客をひきつけていく。果たしてヒカリは一次審査に勝ち残り、次のステップに進むことができるのだろうか？
ハクタイシティへ向けて旅を続けるサトシたちは、ある村のポケモンセンターに立ち寄った。そこはジョーイさんとその家族が切り盛りする、小さいながらも明るく楽しいポケモンセンターであった。ジョーイさんの長女のサヤカは"ふうせんポケモン"のフワンテを持っており、近くへのお使いはフワンテに乗ってフワフワ飛んで行くのだという。サヤカがお使いで留守の間、サトシはひょんな事から次女のマイに連れられて森の中の洞窟へ行くことに。そこには姉妹のヒミツのお友達がいるというのだが・・・。
旅の途中でサトシたちは、テレビ番組「シンオウ・ナウ！」のレポーター、ユウカからインタビューを受ける。彼女たちは、辺りのキャンプ場に集まる腕自慢のポケモントレーナーたちを取材しに来たのだという。サトシとヒカリもさっそく腕試しにと、バトル相手を探したところ、めちゃくちゃ強い二人組みのトレーナーのウワサを耳にする。先へと進むサトシたちが出会ったのは、バトル16連勝中の双子の兄弟、イサナとイサムであった。彼らとタッグバトルで戦うことになったサトシとヒカリだが、急ごしらえのコンビで果たして太刀打ちできるのだろうか？
次の街へ向かう道中にある、ハクタイの森にやって来たサトシたちは、大木の下で"たまごポケモン"ラッキーを連れた女性、モミと出会う。彼女は"あまいミツ"を大木に塗り、おびき寄せられた"みのむしポケモン"ミノムッチをゲットしようとしている所だったのだ。聞けばモミは、この森の奥深くにあるという"恐ろしくあまいミツ"を探しに来たのだという。"あまいミツ"の数万倍もの効果があると言われるそのミツは、森の中でもまだ誰も足を踏み入れたことのない場所にあるらしい。モミの話に冒険心をくすぐられたサトシたちは、彼女と行動を共にするが･･･。
ハクタイの森で出会ったモミと共に、伝説の"恐ろしくあまいミツ"を求めてさまようサトシたちだったが、森の中で迷ってしまいなかなか見つけられないでいた。そこに突然、ボーイッシュで元気なお姉さんが飛び出してきた。彼女はサトシのナエトルを見ると、ハイテンションで2対2のポケモンバトルを申し込んできた。バトルを受けて立ったサトシのナエトルに対して、お姉さんがくり出したのは、"さくらんぼポケモン"のチェリンボ。しかし、チェリンボはすぐに2匹目のポケモンとチェンジしてしまった。そのポケモンとは、何とサトシと同じナエトル！ このバトルを制するのは果たして･･･！？
"恐ろしくあまいミツ"発見の重要な手がかりをつかんだサトシ一行は、ザロクの花に集まるミツハニーを追って、森の奥深くまで入り込んで行く。ミツハニーの行く手にあった大きな滝、その裏側にはなんと洞窟の入口が隠されていた！ 闇の中、ピカチュウの鼻を頼りに微かな甘い匂いを辿りながら進むサトシ達。洞窟の奥深くで彼らを待ち受けていた驚くべきものとは！？ サトシ達は無事に目的を果たし、洞窟から脱出できるのか！？
人気テレビ番組の特別企画「ポケモンなりきり大会」略して「ポケなり」の公開生放送の現場に居合わせたサトシたち。番組の内容は、ポケモンがメイクや仮装で他のポケモンになりきり、その出来を競い合うという、お祭りノリのバラエティショーだ。優勝者にはポケモンのタマゴがプレゼントされると聞いたサトシは、早速ピカチュウでエントリーしようとするが、ヒカリもタケシもやる気満々！ さらに、噂を聞きつけたロケット団も参加したからもう大変！ このハチャメチャな番組、いったいどーなるの！？
サトシたち一行は、森の中で傷ついたポケモンを連れたトレーナーたちに出会う。聞くと、近くを流れる川辺におそろしく強いブイゼルが出没し、バトルを挑む相手を次々と打ち負かしているのだという。「そんなに強いブイゼルなら、ゲットしてやるぜ」と、サトシは意気込んで川に向かうが、そこにはヒカリのライバル、ノゾミの姿が。彼女もすでに、ブイゼルゲットを考えていたようで･･･。
サトシたちはハクタイシティへと向かう旅の途中、バトルの特訓で疲れたポケモン達を休ませるため、峠のポケモンセンターに立ち寄った。待合室のテレビでは、ちょうどポケモンバトルの映像が流れ、そこでは四天王のゴヨウが見事なポケモンバトルを展開していた。サトシもヒカリも、展開されるバトルの凄さに引き込まれ、テレビに見入っていたが、ふと隣から聞こえた声の方を向くと、何とそこにはゴヨウ本人が！ サトシは早速バトルを申し込むが、ゴヨウからの返事は意外なものだった。
ハクタイシティに着いたサトシたちは、街の歴史博物館で強盗事件に巻き込まれた。犯人は白昼堂々、博物館に展示されていた秘宝"こんごうだま"を奪ったのだ。駆けつけたジュンサーは"スカンクポケモン"のスカンプーと共に、博物館を封鎖するが、捕まったのはなんと、以前旅の途中で知り合った、ポケモン吟遊詩人のナオシさんであった！本人はもちろん、居合わせたジムリーダのナタネも、ナオシの無実を主張するがすっかり犯人扱いされ、聞き入れてもらえない。そこに「異議あり！」という声と共に、もう一人のジュンサーが現れた！
ついにハクタイジムでのジムバトルに挑戦する事になったサトシ。相手は草タイプポケモン使いのジムリーダー、ナタネだ。ナタネの一番手は"さくらんぼポケモン"のチェリンボ、サトシはナエトルをくり出した。草木が茂り、屋根のないバトルフィールドは草タイプポケモンには絶好の条件。果たしてサトシは、以前ナタネに負けたリベンジを果たし、シンオウ地方2つ目のジムバッジを手にすることができるのか！？
次なる目的地、ヨスガシティに向かうサトシたちは、自転車に乗ってサイクリングロードを走っていた。空模様があやしくなってきたので、一行はサイクリングロードの近くにあるポケモンセンターに向かおうとするが、同じタイミングで、タケシが持っていたタマゴからポケモンが生まれそうな気配が。急いで、ポケモンセンターに駆け込んだところ、サトシたちの目に飛び込んできたのは、すっかりさびれたポケモンセンターと、自信を失って落ち込んでいるジョーイさんの姿であった。タケシはそんなジョーイさんに、タマゴを託そうとするが･･･。
ヨスガシティを目指す道中、大きな河に行き当たったサトシ一行は、観光用の蒸気船に乗って移動することに。サトシたちは、船のデッキからのきれいな眺めを見せてあげようと、手持ちポケモン全員をモンスターボールから出す。これには、みんな楽しそうに大はしゃぎ。船の出発までまだ時間があるのでサトシ、ヒカリ、タケシは、近くのお店へ買い物に行くことにした。その間、船でピカチュウたちはお留守番をするが、トレーナーがいなくなるや、パチリスたちはドタバタ大騒ぎ！ 一体どうなるの！？
ポケモンジムとコンテスト会場があるという、ヨスガシティを目指して旅を続けるサトシたち。道中でシンオウ地方の四天王より強いという、チャンピオンのシロナがこの辺りまでやって来ていると聞く。近くの公園に集まった野次馬をかき分け、シロナの姿を見つけたサトシたち。その目に同時に飛び込んできたのは、なんとライバル・シンジの姿。 シンジは、大胆不敵にもはるかに格上のシロナにポケモンバトルを挑む。余裕で挑戦を受け入れたシロナはガブリアスを、シンジはヒコザルをくり出した！ 果たしてこのバトル、シンジに勝ち目はあるのか！？
旅の途中、森の中で突然サトシたちの目の前に現れたムウマとニャルマー。どことなく見覚えのある、このポケモンたちに導かれて一行が進んだ先には、なんと足をケガしたノゾミの姿が。応急処置をし、近くのノゾミのキャンプまで移動するサトシたち。ヒカリはそこで、ノゾミから次回のポケモンコンテスト・ヨスガ大会は一次審査、二次審査共にポケモンを2体ずつ使ったダブルパフォーマンスで挑戦しなければならないと聞く。未経験のダブルパフォーマンスに不安を感じるヒカリに、ノゾミは一緒に練習しようと持ちかけるが･･･。
ヨスガシティを目指して、旅を続けるサトシたちは、広い野原で度重なる雷に遭遇した。大慌てで逃げまどうサトシたちが目にしたのは、"いなずまポケモン"ラクライの姿。雷はラクライの仕業だったのだ。そこに現れたのは、ユースケと名乗る青年。彼は、ポケモンの訓練士で、ラクライが発する雷を制御できるように訓練していた所だったが、なかなか言うことを聞いてくれないのだという。その様子を見たタケシは、ラクライを世話したいと申し出る。果たして、プロもてこずるこのラクライの訓練。タケシは成功できるのだろうか？
旅の道中、道に迷ったまま夜を迎えたサトシたち一行は、雨に降られて近くの朽ち果てた門の下に駆け込んだ。すると、おかしな事に門の向こう側は全く雨が降っていない。サトシたちは謎めいた門の先へと進むが、そこに待っていたのは、タケシの事が大好きなジョーイさんとジュンサーさんや、突然現れた巨大なコロシアムでのグラードンとレックウザのバトルなどなど、とても不思議な光景ばかり。そのうえ、サトシとヒカリは世界一のトレーナーとコーディネーターの決定戦に招待されて･･･って、そんな夢みたいな話、本当にあるの？
サトシたちは旅の途中、高い崖の途中で身動きが取れなくなった"カバポケモン"のヒポポタスを見つける。困っているヒポポタスを協力してなんとか助け出した一行だったが、安心したのもつかの間、目の前にテレビ・コトブキの取材スタッフが現れた！ なんでも彼らはヒポポタスの生態を追うドキュメンタリー番組の撮影中で、一匹だけ群れからはぐれたヒポポタスを探していたら、サトシたちに出くわしたのだという。サトシたちは迷子のヒポポタスを群れに戻すため、一肌脱ごうとするが･･･。
ポケモンマスターをめざし、シンオウ地方を旅するサトシたち一行。またもやポケモンハンターＪの悪事に遭遇する。
旅の途中、ヒカリは森の向こうのポケモンセンターでポケッチの新アプリがもらえるというお得な情報をゲットする。しかし、アプリの追加は今日の夕方までの限定サービス！！ そこで、ヒカリとサトシたちは、近道と聞いた洞窟を抜けることに。すると突然、洞窟内で、ゴローン、ゴローニャの群れに襲われ、サトシたち、ポケモンたちは、バラバラになってしまう。さらに洞窟の先は、岩の迷路になっていた。果たして、サトシたちは無事迷路の抜け出し、ポケッチの新アプリをゲットできるのか？
旅の途中サトシたちは、"ねんりきポケモン"ケーシィを連れた女の子・ミルに声をかけられる。なんとケーシィのテレポートで、ヨスガシティへ連れて行ってくれるというのだ。幸運なサトシたちだったが、テレポートした目の前に広がるのは、湖だけ。ミルに理由をたずねると、湖の底に沈んだ学校の中でモンスターボールを探したいという･･･。
これまでの冒険を振り返るダイジェスト版となっている。
ついにヨスガシティにたどり着いたサトシたちは、ポケモン吟遊詩人のナオシと久々に再会した。どうやら、ナオシも"こおろぎポケモン"のコロトックと共にコンテストに出場するらしい。さらに、コンテスト会場正面の広場は、ダブルパフォーマンスに向けて練習をしているコーディネーターたちで賑わう。そこには、ニャルマーとカラナクシで優勝を狙うノゾミの姿も。今回のヨスガ大会は、ポケモンを二体使ってのダブルパフォーマンス！そしてダブルバトル！強敵ぞろいの大会で、ヒカリは、2つ目のリボンをゲットすることができるのか！？
ようやくヨスガシティにたどり着いたサトシたち。ところが、ヨスガジムのジムリーダーは旅に出ていて留守のため、ジム戦はお預け。その代わりに、ヨスガシティの名物タッグバトル大会にエントリーすることに。大会は、3日間に渡って繰り広げられ、その場に集まったポケモントレーナーとエントリー時にもらったカードを元にタッグを組み、優勝を目指すというもので、まるでポケモンリーグのような盛り上がり！ ヒカリは、勝てるポケモンバトル方程式を持つというコウヘイと、タケシは、キャモメをつれた素敵なおねえさんのホノカとパートナーを組むことに。そして、サトシのパートナーに選ばれたのは、なんとライバルのシンジだった！
なんとか一回戦を勝ち進んだ、足並みの揃わないサトシとシンジのタッグ。シンジは２回戦に向けて、ヒコザルにさらに厳しい特訓を強いる。それを見かねたサトシたちは、ヒコザルを何故そこまで追い詰めるのかと問いただす。するとシンジは、静かにヒコザルとの出会い、そして"ネコイタチポケモン"のザングースとヒコザルの過去などを語りだした･･･。
二回戦にもヒコザルを投入し、なんとか準決勝に進出したサトシとシンジだったが、ヒコザルのバトルに納得できず、ついにシンジはヒコザルを逃がすことに。 それを見ていたサトシは一緒に旅をして強くなろうと声をかけ、ヒコザルをゲットする。 タッグバトル大会ではヒカリ、コウヘイのタッグが、早くも3回戦に勝利し、ファイナル進出が決定。また、タケシ、ホノカＶＳサトシ、シンジの3回戦では、シンジの一方的なバトルで勝利する。タッグとしてまったくかみ合わないサトシ、シンジのタッグはついに、ファイナルでコンビネーションが抜群のヒカリ、コウヘイのタッグと対戦！ 果たしてファイナルを制するのはどっちのタッグか？ そして、ファイナルでサトシが選ぶポケモンとは？
次のジムがあるトバリシティへ向かう旅の途中、いつものように、ポケモンたちと食事をとるサトシたち。しかし、新しく仲間に加わったヒコザルはシンジとの旅との雰囲気の違いに戸惑っていた。 そんなヒコザルにサトシはジム戦に向けたトレーニングに誘い、ヒカリ、ポッチャマを相手にバトルするのだが、ヒコザルは負けてしまう。 その時、シンジの厳しい視線を思い出し、怒られるのではないかと、脅えてしまうヒコザル。しかし、サトシたちがとった行動はまったく別のものだった！ヒコザルは、そんな、サトシたちに何を感じるのか？ さらに、突然ザングースの群れに襲われ、ヒコザル以外のポケモンたちがみんなピンチに！ 果たしてザングースの群れを前にヒコザルはみんなを助け出すことができるのか？
旅の途中、小さな街・タジキタウンを通りかかると、そこにはハクタイジムのジムリーダー・ナタネの姿が。どうやら、街の子供たちにポケモンバトルの普及活動をしていたらしい。すると、ロケット団が現れ、ナタネの提案でサトシたちは、ナタネとコジロウ相手にタッグバトルをする事に。そこで、ナタネはコジロウに、サボネアには強くなる素質があるのに、才能を引き出せていないことを指摘し、私に預けないかと提案を持ちかける。 コジロウはそれをきっかけに、サボネアと猛特訓を始める。ボロボロになりながらも、ひたむきにトレーニングを続けるサボネア。しかし、中々結果が出ないことに、自信をなくすコジロウ。そんな時、ナタネが再びコジロウの前に現れた！
旅の途中で立ち寄ったポケモンセンターで、久しぶりにノゾミと再会したヒカリたち。そして、次回のコンテスト開催がズイタウンであるという情報をゲットする。そこで、ヒカリたちは、コンテストに向けノゾミと一緒に練習することに。ヒカリは次のコンテストが初めての出場になるブイゼルで、ノゾミと練習を、隣ではサトシがタケシとジム戦に向けてエイパムとヒコザルでトレーニング中。すると、エイパムとブイゼルは、お互いの練習が気になって自分たちのトレーニングに身が入らない様子。そんな時、ノゾミが、エイパムとブイゼルを交換したらどうかと提案してきた。果たしてサトシとヒカリは提案に対し、一体どんな答えをだすのだろうか？
サトシとヒカリが次の大会に向け特訓に励んでいると、ブイゼルのソニックブームが近くにあった石を積みあげた塔に激突してしまう。 すると突然あたりが薄暗くなり、吹き飛んだ石のひとつに雷が命中する。なんとその石は要石で、そこから、ふういんポケモンのミカルゲが現れた。襲い掛かるミカルゲから何とか逃れ、サトシたちは近くの村に立ち寄る。そこで村人から、悪さをしていたミカルゲを、ピカチュウをつれた波導使いが石で作った御霊の塔に封印してくれたという大昔の伝説を聞く。 封印をといてしまった事を知ったサトシたちは責任を感じ、再びミカルゲを封印するために立ち上がるのだが･･･。
サトシたちはズイタウンに向かう旅の途中、峡谷にかかった工事中の石橋の前で口論をしているブリーダーのイシスさんと設計士に出会う。どうやら、あと三日で橋を完成させなければ橋開通のイベントに間に合わないのだが、石橋作り名人の頭領がぎっくり腰で動けなくなってしまい作業が止まっているらしい。 代わりに、設計士が石橋作りの指揮を、イシスさんが石橋の石の切り出しを担当しているのだが、石切り職人"ビーバーポケモン"のビーダルが全く働いてくれないで困っているとの事。そこでサトシたちは石の切り出しを手伝うことに。でも、今まで仕事をさぼったことの無いビーダルが働かない理由って一体？
旅を続けるサトシたちは、テンガン山のふもとで"コンパスポケモン"のノズパスをつれた少年・アツオに出会った。すると、アツオはいきなりサトシにポケモンバトルを挑む！！野生的なバトルをするアツオに対し、サトシもヒートアップ！これまでにない暑苦しいほどの激しいバトルを繰り広げる。そして、サトシが対岸の岩に向かおうとした時、アツオが突然バトルを中断する。理由を聞くと、対岸はテンガン山ではなくなり、ノズパスがダイノーズに進化できないのだと言う。どうやら、アツオの夢はダイノーズでシンオウリーグに挑戦することらしい。そこでサトシは、同じ目標を持つアツオに共感し、 バトルを再開する！果たして、ノズパスはダイノーズに進化することが出来るのか？
旅の途中、森の中で道に迷ってしまったサトシたちは、地図にも載っていない古いお城を見つけ泊めてもらうことに。そこで、天才探偵を名乗る少女マーブルと"がんこうポケモン"のレントラーに出会う。どうやら怪盗3（スリー）ビューティーズがお城にあるお宝「こだいのおまもり」を狙っているらしく、サトシたちは怪盗と間違われてしまったのだ。そこへお城の主マシューが現れ、はやとちりなマーブルを手伝ってほしいと頼まれるのだが・・・サトシたちは無事お宝を守りきることが出来るのか！？ 3ビューティーズの正体とは！？ そのとき、3ビューティーズの影が忍び寄る！！
ついにズイタウンにたどり着いたサトシたち。ポケモンコンテスト・ズイ大会に向け特訓に励んでいると、ヒカリの幼馴染・ケンゴがやってきた。どうやらケンゴはこれからズイの遺跡に行くらしい。ついていくことにしたサトシたちはディアルガとパルキアが祭られる遺跡の前でバトルすることに。一方その頃、遺跡の内部では、なにやらあやしい儀式が行われていた。すると突然、"シンボルポケモン"のアンノーンが暴れだし、遺跡に異変が起こる！ そして、その異変でサトシたちは遺跡に閉じ込めてられてしまう。 果たして、サトシたちは無事遺跡から脱出することが出来るのか？
ついに明日に迫ったポケモンコンテスト・ズイ大会！！ ポケモンセンター前のフィールドで、ヒカリはポケモンたちと最終調整のためトレーニングに励む。順調な仕上がりのヒカリだが、今回も新たなパートナー・キノガッサを得て、ますます成長した幼なじみのケンゴや、誰も想像がつかない体を張った技で、観客を魅了するムサリーナと強敵ぞろい！！前回のヨスガ大会、一次審査で敗れているヒカリは、これまでの反省点をいかし、雪辱戦に挑む！！果たして、ヒカリは無事一次審査を通過し、今度こそ２つ目のリボンをゲットできるのか！？
サトシたちは次のジムがあるトバリシティへ向かう旅の途中、タケシの提案でメイドカフェ「やまごや」に行くことに。お店で出迎えてくれたのはメイドのハル、ナツ、アキ。さっそく、やまごや名物"ちちうしポケモン"ミルタンクのミルク！を注文したサトシたちは、ハルとナツがもっているミルタンクの絞りたてミルクを裏の牧場で飲んで大満足！！ところが、アキのミルタンクだけは、わがままな性格で、まったく言う事を聞いてくれなくて困っているらしい。そこで、ブリーダー魂に火がついたタケシが、アキにポケモンの育てかたを特訓することに。果たしてミルタンクはアキの言う事を聞いてくれるようになるのか？一方、アキとタケシの特訓中に店を手伝うことになったサトシとヒカリ、そしてポケモンたち！お店が忙しくなってきたけどほんとに大丈夫？
サトシたちは旅の途中、ヒカリの幼なじみ・ユモミの実家が経営している温泉に立ち寄ることに！ひさしぶりに再会したユモミとヒカリは大盛り上がり！さっそく一休みしようと露天風呂に飛び込む一行。ところが、温泉の量が少なく、お湯も冷たくて、とても入れる状態ではなかった。事情を聞くと、どうやら、山の上の源泉から引いている温泉が先週くらいから出なくなってしまったらしい。そこでユモミは"いのぶたポケモン"のウリムー3匹を使って新しい温泉を探そうとしていたのだ。協力することにしたサトシたちは、早速何かを発見！なんとそこは、新しいスパリゾートの建設現場だった！でも、ここのお湯は、何故かユモミの実家の温泉とそっくり！これって一体どういうこと！？
サトシたちは旅の途中、緑豊かなとある街で、ナエトルとエナジーボールの特訓をしていた！すると突然、"キバさそりポケモン"のグライオンと"とびさそりポケモン"のグライガーの群れが襲い掛かってきた！そして、群れはあたりの木の実やくだもの、さらにサトシたちのお昼ご飯を食い荒らして逃げて行ってしまう。そこへ、ジュンサーさんとジョーイさんが現れた。どうやら、ジュンサーさんたちは街に迷い込んでしまったグライオンやグライガーの群れを捕まえて、もといた森へ帰そうとしていたらしい。そこでサトシたちはジュンサーさんたちを手伝う事にするのだが・・・。 果たして無事グライオンとグライガーの群れを森へ帰すことが出来るのか？
トバリシティに向かう旅の途中、大きな砂場を見つけたサトシたちは、みんなで遊ぶことに。ポケモンたちが砂場で大はしゃぎしていると突然、砂場が揺れ始め、大きな砂しぶきと共に足元の砂が盛り上がる。そして、砂の中から現れたのは"じゅうりょうポケモン"のカバルドン。好奇心旺盛なパチリスは、カバルドンの頭の上に乗ったまま大きな口を覗きこんでいると、なんと口の中に滑り落ちてしまった！サトシたちは大慌てでパチリスを助けようとするのだが、カバルドンはまた砂にもぐってしまってどこにいるのか分からなくてお手上げ。そんな時、以前、群れに返してあげたはずのヒポポタスがサトシたちの前に現れた！
ついにトバリシティにたどり着いたサトシたちは、街外れの森の中で、格闘家風の女の子と"はどうポケモン"のルカリオが激しいバトルをしているのを見つけ見学していた。すると木の陰からエレブーがあらわれ、ピカチュウにちょっかいを出してきて大喧嘩に！そこへエレブーに声をかけるそだてやの青年の姿が。なんと、シンジの兄・レイジだったのだ。そして、レイジから格闘家風の女の子がトバリジム・ジムリーダーのスモモだと紹介され、サトシは早速ジム戦を申し込むのだが、断られてしまう。どうやら、シンジが原因で、スモモはジムリーダとしてやっていく自信をなくしてしまったらしい。 そんな状況に自分をかさねるヒカリは、スモモにある提案を持ちかける！
スモモに自信を取り戻してもらうため、初のジムバトルにチャレンジすることになったヒカリ。決戦を前にサトシのピカチュウやブイゼル相手に、ポッチャマたちとバトルの特訓に励む！そしてサトシは、ムクバードに新しいわざを覚えさせるため、レイジが育てている"もうきんポケモン"のムクホークに協力してもらいトレーニングを続けていた！ その頃、スモモは板張りの道場のようなジムのフィールドで、明日のバトルに向け、ルカリオと共に精神統一をはかる。ついに迎えるジムバトル当日！果たしてスモモは立ち直ることが出来るのか？そして、スモモＶＳヒカリのジムバトルの結果はどうなる！？
ヒカリのおかげで、忘れていたバトルの楽しさ、そして、ジムリーダーとしての自覚を取り戻したスモモは、サトシのジム戦の申し出を受けてくれることに！そして、ついに始まったトバリジムでのジム戦！かくとうタイプのポケモンの使い手・スモモが一番手に出してきたポケモンは'かいりきポケモン'のゴーリキーだ！対するサトシは新しいわざを特訓中のムクバードでバトルに挑む！コンビネーションもバッチリのルカリオがあとに控えるスモモに対し、サトシはどんな戦いを繰り広げるのか？そして、バトルの結末はどうなる？
トバリジムのジム戦を終えたサトシたちは、新たな目的地に向かう前夜、レイジから見せたい物があると言われてついていくことに。街外れの高台へ向かい石段を上っていくと、幻想的にライトアップされた大小の隕石が光る公園にたどり着く。トバリシティのシンボルでもある隕石の不思議な光景に感動した一行の前に、隕石を奪おうとたくらむヘリ部隊があらわれた･･･。
サトシたちがグライガーのバトル特訓をしていると、どこからともなくポケモンの鳴き声が聞こえてきた。リーシャンの声である。そのリーシャンを追ってきたのはポケモンマジシャンのシズエ。どうやら彼女は、３匹のリーシャンたちとのマジックショーを見せながら旅しているらしい。美しいコーラスが重要らしいのだが、１匹のリーシャンが甘えん坊で困っているらしく･･･。
サトシたちを追って湖のほとりにあるポケモンセンターまでやってきたロケット団。すると、ムサシのドクケイルは色違いのドクケイルを見つけ湖へ飛んでいってしまう。そこへタイキと名乗る少年が現れ、「僕のドクケイルとあなたのドクケイルは恋をしているようですね！」とムサシに声をかけてきた。どうやらこの季節は、湖面に映る満月の輝きに導かれ、恋をしたドクケイルたちが湖に集り、テンガン山を越えて渡りをするらしい。しかも、今日はその満月の日だったのだ！ ドクケイルが恋をしている事を知り、幼い頃の切ない恋の記憶を思い返していたムサシ。すると、突然の落雷で湖の縁の岩が崩れ、水が流れ出し、このままでは渡りが出来なくなってしまうことに！そんな状況の中ムサシがとった行動とは一体！？そしてドクケイルの恋の行方はいかに！？
旅の途中、森の中でランチタイムをとっていたサトシたちは、"こねずみポケモン"のピチューと"ねずみポケモン"のライチュウを連れた少年・ショウに出会った。すると突然、ショウがサトシのピカチュウをやせいのポケモンと勘違いして、ゲットしようとライチュウでバトルを挑んできた。どうやらショウは、最強のピチュー、ピカチュウ、ライチュウのしんかセットを育てたいらしい。 そんなショウと、改めてバトルする事になったサトシとピカチュウだが、ライチュウの体格を生かした"はかいこうせん"を前にやられてしまう。そして、ひんし状態のピカチュウはポケモンセンターで治療を受けなんとか意識を取り戻すと、ライチュウにリベンジを果たしたいと必死にサトシに訴える。しかし、このままではあのライチュウには勝てないと考えたサトシはあるどうぐを取り出した！！
ノモセシティへの旅の途中、サトシたちはとある町のポケモンセンターで休憩をとっていた。すると、ラウンジのモニターから、リッシ湖畔でポケモンコンテスト・ミクリカップが開催されるという情報が流れてくる。なんと、ホウエン地方のチャンピオンマスターまで登りつめ、現在はコンテストマスターという不動の地位をきずきあげたミクリがシンオウ地方でポケモンコンテストを開催するというのだ。そこで、２大会連続1次審査敗退で自信を無くしていたヒカリは、ミクリカップを復活戦にしようと決意する！そんな時、今ミクリが仕事のオフで近くに来ていると知ったサトシたちは、偶然、近くの湖で"いつくしみポケモン"のミロカロスとミクリの姿を目にするのだが・・・
サトシたちは、ある人物を迎えにリッシ湖畔近くのリッシポートへきていた。するとそこへ、「久しぶりかも～！」と現れたのはなんと・・・ハルカだった！！久しぶりの再会を喜ぶハルカとサトシたち。なんと、ハルカもミクリカップにエントリーしていたのだった。そんな一行はハルカが予約していたリッシ湖畔で人気NO.１の「レストラン七つ星」で昼食をとる事に。ところが、このレストラン、ポケモンバトル好きのオーナー、チアキとフィアンセのチナツにタッグバトルで勝たないと料理が食べられないというのだ。そこで、サトシはタケシと、ヒカリはハルカとタッグを組むことに！！果たしてサトシたちは、豪華料理を食べることが出来るのか！？
３日間に渡って繰り広げられるポケモンコンテスト・ミクリカップの会場、レイクサイドリゾートにやってきたサトシたち。するとそこへ、ミクリカップに出場するためノゾミも現れた。今大会はドームの中心に大きなプールがある特設ステージで会場も大興奮！そして、審査員にミクリを迎えついに始まったミクリカップ。ところが、２大会連続の敗退で自信を無くしていたヒカリは、本番を前に緊張して落ち着きがない様子。ノゾミは新しいパートナー"はねうおポケモン"のケイコウオ、ハルカは"かめポケモン"のカメール、そしてサトシはミクリに勧められブイゼルでコンテストに挑む！！みんながライバルとなるミクリカップ。果たして、ヒカリは1次審査をクリアできるのか！？
ミクリカップ1次審査を無事クリアしたサトシたちは、レイクサイドリゾートのホテルに戻り、それぞれの旅を振り返えっていた。そんな中、近くの湖に散歩に出かけたサトシとピカチュウ。すると突然、湖の中心で何かが光り、生き物のような姿をした影が現れた。ところが近づこうとした瞬間、影は消えてしまう。そんな奇妙な体験をしたサトシはホテルに戻りヒカリたちと湖の伝説について語り合うことに。そして迎えたミクリカップ２日目！２次審査のトップバッターに決まったヒカリはミミロルでコンテストに挑む！一方サトシには"ライトポケモン"のランターンを使う手ごわいコーディネーターが立ちはだかる。サトシ、ヒカリ、ハルカ、ノゾミそれぞれのバトルの行方はいったいどうなる？
ついに迎えたミクリカップ最終日は、セミファイナルに勝ち進んだヒカリ、ハルカ、ノゾミ、そして僅差でサトシを破ったカイトの4名が華麗なコンテストバトルを繰り広げる！！セミファイナルの対戦カードはヒカリＶＳカイト、そしてハルカＶＳノゾミ。ヒカリはファイナルで戦おうというノゾミとの約束を果たすため、満を持してポッチャマと共にバトルに挑む。対するカイトのポケモンは、"ならずものポケモン"のシザリガー。ヒカリはカイトを破り、ファイナルに進出することが出来るのか？そして、ノゾミはニャルマー、ハルカは"ちょうちょポケモン"のアゲハントと激しいバトルを繰り広げる！果たして、ミクリカップを制し優勝を手にするのは一体誰なのか！？
サトシたちはノモセシティへの旅の途中、池のほとりで"うすばねポケモン"のヤンヤンマを追った新人トレーナーのタイセイに出会った。どやらタイセイは、チャッピーという名前をつけたポッチャマと旅を始めたばかりで、最初に触ったヤンヤンマをゲットしようと３日間ずっと追いかけていたらしい。ところがいつも逃げられてしまうというのだ。そこで、タイセイの初ゲットに協力することにしたサトシたち。バトルのアドバイスを受けながら、遂にヤンヤンマを追い詰めることに成功したタイセイがモンスターボールを投げようとした瞬間、池の底から何者かが現れた！なんと、それは、ヤンヤンマを横取りしようとたくらむロケット団だったのだ！
次のジム戦に向けバトルの特訓をしていたサトシたちは、シンジに出会う。するとやはりサトシとシンジが、お互いのポケモンに対する考え方の違いから口論に。熱くなったサトシはバトルを申し込むが、シンジはそれを断り、去ろうとするのだった。その時ヒコザルが、バトルをしようとシンジに訴える。ヒコザルに感化されてバトルをはじめたシンジは、リングマを繰り出し･･･。
ついにノモセシティにたどり着いたサトシたちは、さっそくジムへ。ジムリーダーのマキシに、すかさずジム戦を申し込むが、用事があるからと断られ、逆にマキシの用事に付き合うことに。そして一行が列車に乗ってたどり着いたのは、ノモセ大湿原。すると一面に広がる草むらから奇妙な泣き声と共に無数のグレッグルがあらわれた。この日は１年に一度の"グレッグル祭り"の日だったのだ･･･。
サトシたちは旅の途中、ケガをしているリオルに出会った。手当てをしようと近寄るサトシだが、警戒するリオルは、なんと"はどうだん"を放って逃げ出してしまう。するとそこへ、リオルを追っているというポケモンレンジャーのハジメが現れた。ハジメとともにリオルをさがすことにしたサトシたちに、ポケモンハンターたちが襲い掛かってきて･･･。
ジム戦を前に最終調整をしていたサトシとポケモンたち。そんな中、精神統一をしていたブイゼルにトレーニングをしていたピカチュウのワザが命中し、けんかになってしまう。そこへあらわれたのは、フローゼルを連れたノモセジムリーダーのマキシだった･･･。 いよいよジム戦では、マキシの一番手・ギャラドスに対して、サトシはピカチュウでいどむことに。チームワークに不安が残るが･･･。
サトシたちはヨスガシティへの旅の途中、草原で"ほしがたポケモン"のピィと、美しいメイド姿の女性モニカに出会った。すると突然、大雨が降りだし、モニカが仕えているというお屋敷で雨宿りさせてもらうことに。そこで出迎えてくれたご主人のウラヤマさんは色々なところでポケモンを集めてきて自慢の裏庭で遊ばせ、トレーナーやブリーダーなどに開放しているという。そして、おやつの時間になるとお屋敷に裏庭からたくさんのポケモンたちが集り、うれしそうに食べていた。その時、どこからともなく"いのぶたポケモン"のウリムーが現れみんなのポフィンを食べてしまう。そんな大食いのウリムーのためにヒカリはポフィンを作ろうとするのだが･･･。
サトシたちは旅の途中、ランチをとっていると、バトルの練習がしたいとグライガーがサトシに訴えてきた。そこでサトシは強くなりたいというグライガーの気持ちを汲んで特訓をはじめることに。ところが、以前シンジのグライオンとのバトルでバトルに対する恐怖心を持ってしまったグライガーはブイゼルやナエトル相手に怯えて逃げ出してしまう。そんな時、リッシ湖へ伝説のポケモンを調べに行く途中だという、ライバルのシゲルに久しぶりに再会し、グライガーの練習相手になってもらう事に。しかし、シゲルの的確なアドバイスでも恐怖心を克服することが出来ないグライガーに悩むサトシ。すると、シゲルが「これを使えば恐怖心もへるだろう」とあるどうぐをとりだした。これはまさか･･･。
ヨスガシティにたどり着いたサトシたちは、前回ジムリーダー不在で出来なかったジム戦にチャレンジするため、ヨスガジムに向かった。ところが、またもやジムリーダーが不在でジム戦が出来ず落ち込むサトシ。するとそこへ、アイドルポケモンスタイリストのパリスが"うさぎポケモン"のミミロップと共に現れた。そして、ヒカリのミミロルをみて、明日開かれるヨスガコレクションに参加しないかと声を掛ける。ヨスガコレクションは誰でも参加できるポケモンを飾る手作りアクセサリーの発表会で、なんと、優勝したらポケキャンのグラビアを飾る事が出来るというのだ。そこでヒカリはミミロルで、なぜかサトシもピカチュウで出場する事にするのだが・・・いったいどうなるの？
サトシたちはカンナギタウンへの旅の途中、深い谷の１本道で３匹のコダックに出会う。道を通ろうとするサトシたちは、なぜかコダックたちから一斉に攻撃されて通せんぼされてしまうのだった。なんとかして道を通りたいサトシたちはバトルを挑むが、コダックたちの力を合わせた攻撃にまるで歯が立たない。通せんぼするのには何か理由があるのではないか、と考えたサトシたちは･･･。
サトシたちは旅の途中、テンガン山のふもとでナナカマド博士が主催するポケモンサマースクールへ参加することに。サマースクールは様々なところからトレーナーたちが集まり、1週間を共に過ごし、たくさんのポケモンたちとふれあい学ぶところ。そしてそれぞれのトレーナーは赤組、青組、緑組に別れクラス対抗で得点を競い合う。初日のプログラムは、みんなの自己紹介も兼ねて、ナナカマド研究所で管理しているモンスターボールを１つずつ選び、選んだポケモンと仲良くなってお互いにポケモンバトルをすること！！でもどんなポケモンがパートナーになるかは選んだモンスターボール次第。サトシが選んだモンスターボールは･･･？
ポケモンサマースクール3日目のプログラムはポケモンの観察。スクールの近くにある湖にいる水タイプのポケモンたちとふれあい、その観察結果をクラスごとに先生に発表するというものだ。さっそく湖へ向かったサトシたちは、自分の選んだ水タイプのポケモンたちをスケッチしたり、一緒に泳いだりして観察する。すると突然、湖の奥で青い光が輝き、アオイのコリンクがいなくなっていることに気づくサトシたち。そんな時、一緒にいた青組のコウヘイから、この湖には「青き不思議な光輝く時、ポケモンがいなくなる」という伝説があるという事を聞く。果たしてコリンクの行方は？そして、青い光の正体とはいったい？
ポケモンサマースクール5日目のプログラムはゴーストタイプのポケモンたちとの正しい触れ合い方を学ぶこと。ルールはクラスごとにペアをつくり、近くの山の遺跡に置いてあるプログラムメダルを取って校庭にもどってくるという、いわば肝試しだ。そこで、サトシはアオイと、ヒカリとタケシはそれぞれクラスメートとペアを組むことに。一方、青組のコウヘイはなぜか、スクールに参加していないはずの小さな女の子に誘われペアを組むことになる。そんな中、遺跡を目指す途中でヒカリは、霊界に人を連れて行くという"てづかみポケモン"のヨノワールにコウヘイが襲われているところを目撃する。ところが、そこには一緒にいたはずの小さな女の子の姿が無かったのだ。これって一体どういうこと！？
ポケモンサマースクール最終日のプログラムはサマースクール最大のイベント・ポケモントライアスロン。これは、一週間にわたって学んだことや体験したことを生かし、ポケモンと協力して３つの難関を乗り越えゴールする競技だ。まずはスタート地点でスクールから用意されたモンスターボールを選び、中に入っているポケモンと共に森を抜け湖へ向かう。そしてそこで、次のモンスターボールを選んで水タイプのポケモンと湖を渡り、最後は自分のパートナーのポケモンたちと一緒にゴールを目指すのだ。コウヘイのいる青組に続いて２位のサトシたち赤組は、このポケモントライアスロンで逆転優勝を狙う。果たして優勝するのはいったいどのクラスなのか？
カンナギタウンを目指すサトシたちは旅の途中、特訓のしすぎで倒れてしまったポッチャマをポケモンセンターに連れて行くことに。その頃、ポケモンサマースクールでのノンビリした生活とたっぷり稼いだアルバイト代で、３食昼寝つきのリッチな生活を続けていたロケット団は、サトシたちを追って坂道を登っていた。ところが、すぐに疲れてしまい、近くのレストランで豪華ランチをとる一行。すると、ムサシがニャースの異変に気づく。なんと、ニャースの額の"こばん"がぜい肉に埋もれていたのだ！さらにムサシ、コジロウもまんまるに太っていた事に気づく。そんな中"シャープでクール、そしてハングリーな悪の中の悪"という本来のロケット団へ原点回帰を決意したムサシたちは特訓を開始するのだが･･･。果たしてロケット団はサトシのピカチュウをゲット出来るのか！？
旅の途中、とある町のポケモンセンターに立ち寄ったサトシたちは、見知らぬ相手とコンテストバトルをしているノゾミに再会し、バトルの観戦をすることに。ところがノゾミは、ムウマージをつかうトレーナーにまったく歯が立たず負けてしまう。なんと、その相手はヨスガジムのジムリーダー・メリッサだったのだ。１トレーナーとしてポケモンをゲットし、バトルをして経験を重ね、自分だけのバトルスタイルを見出そうと旅をしているというメリッサ。以前はトップコーディネーターとしても活躍していた彼女が目指すのは、コンテストの美しさ！そしてジム戦の激しさ！二つをひとつにしたオリジナルのバトルスタイル。そんなメリッサにサトシはポケモンバトルを、そしてヒカリはコンテストバトルを申し込むのだが・・・
カンナギタウンへの旅の途中、山小屋で休憩をとるサトシたち。そんな中、ポケモンに良く効くと評判の薬屋が近くにあると知ったタケシは、自分の留守中にやっておく事をまとめたメモをサトシに託し買出しに。メモの内容は、まずポケモンたちにシャワーを浴びさせる事。早速、サトシとヒカリは手分けしてポケモンたちをきれいにしていく。次はランチタイム。ヒカリが手作りのホットケーキをみんなに振る舞い、順調にノルマをこなしていく。すると、パチリスが高熱を出して苦しんでいるのに気づくサトシとヒカリ。ところが、近くにはポケモンセンターが無い上、タケシも不在で不安がつのる二人は「サトシが冷たいシャワーを浴びせたから！」「ヒカリが作ったホットケーキでお腹を壊したんだ！」と大喧嘩を始めてしまう。パチリスはいったいどうなっちゃうの！？
カンナギタウンにたどり着いたヒカリたちは、コンテスト出場を前にヒカリの母・アヤコと、昔ライバルだったユリについて電話で話していた。ユリは20年前、コーディネーターとして連戦連勝を重ねていたアヤコが初めて負けた相手で、現在はコーディネーターを引退し、トレーナーとポケモンの両方をスタイリングするトップポケリストとして世界を飛び回っているというのだ。そんなユリの店が近くにあると知ったヒカリは店を訪ねるが、外出中で会うことが出来ないままコンテスト会場へ向かうことに。そして始まるポケモンコンテスト・カンナギ大会！ヒカリは控え室でミミロルと1次審査の出番を待っていた。すると控え室のモニターから1次審査最初のコーディネーターが現れる。なんと、それは20年ぶりの復活！"サクラポケモン"のチェリムを連れたユリだったのだ！
コンテストを終え、ヨスガシティへ向けて出発しようとしていたサトシたち。するとテレビから臨時ニュースが飛び込んでくる。それは「ハクタイシティからカンナギタウンの歴史研究所へ向け輸送中だった伝説の宝玉"こんごうだま"が、ギンガ団の襲撃にあい奪われてしまった」というものだった。そんな中、歴史研究所にチャンピオン・シロナが来ていると知ったサトシたちは会いに行くことに。久しぶりに再会したシロナから、研究所の館長を務める祖母・カラシナと、シンオウ時空神話を研究しているというアカギを紹介される。彼の提案で、カラシナから研究所に保管されているもう一つの宝玉"しらたま"を見せてもらうサトシたち。すると突然、ものすごい揺れと共に研究所の外から爆発音が鳴り響く。なんと、それはギンガ団の仕業だったのだ！！
伝説の宝玉"しらたま"を奪おうと、突如サトシたちの前に現れたギンガ団。そこには作戦の指揮をとるサターンや"とらねこポケモン"のブニャットをつれたマーズ、そして無数のゴルバットの姿が。そんなギンガ団から宝玉を守るべく、シロナはガブリアスと"ウミウシポケモン" のトリトドンで、サトシたちもポケモンたちと協力して立ち向かう。そして、次第に激しさを増していく"しらたま"争奪バトル。すると突然、研究所の警備についていた警官が"しらたま"を奪い逃走しようとする。なんと、それは警官に変装していたロケット団だったのだ。果たして"しらたま"の行方はどうなってしまうのか！？そして、"新世界創造"を掲げるギンガ団の目的とは！？今、神と呼ばれるポケモン・ディアルガとパルキア、そして2つの宝玉の関係が明らかに！！
サトシたちはヨスガシティへ向かう旅の途中、ズイタウンにあるアオイの実家の"そだてや"に立ち寄ることに。そして久しぶりの再会を喜ぶサトシたちは、旅先で聞いた「ズイタウンにエリマキ怪物が現れた！？」という噂についてアオイに尋ねると、そんなのはただの噂だと否定される。ところが、サトシが「それらしい影を森で見かけた」と言った瞬間、アオイは急用を思い出したと外へ飛び出して行ってしまう。心配になったサトシたちが後をつけていくと、そこは小さな洞窟の入り口で佇むアオイの姿が。どうやら両親が不在の間、そだてやとしてアオイが任されていたポケモンがこの洞窟にいるらしく、それが噂のエリマキ怪物と関係があるらしいのだが・・・これって一体どういうこと！？
サトシたちが旅の途中で立ち寄った町には、なにやら人だかりが。なんと四天王のリョウが公開練習をしていたのだ！見学後、ひょんなことからリョウのトレーニングセンターに招かれるサトシたち。そこでは虫タイプのポケモンたちが悠々と過ごしていた。そんな中、ヒカリが見つけた一枚の写真。そこに写っていたのは、まだ幼いリョウと一匹の"いもむしポケモン"ケムッソだった。そのケムッソは初めてリョウがゲットした、親友のようなポケモンだったという。しかし、周囲を見渡してもそれらしきケムッソの姿はない。どこに行ったのかと尋ねたサトシに対しても、口ごもってしまうリョウ。人に言えない四天王の過去。それって一体どういうこと！？
チャンピオンマスター防衛戦を観戦するため、とあるポケモンセンターに立ち寄ったサトシたちは久しぶりにシンジと遭遇。しかし、ヒコザルをめぐる口論が発端で二人はバトルをすることに！サトシはシンジの"おおボスポケモン"ドンカラスを相手にナエトルで挑む！いざバトルが始まると、強力なドンカラスのわざの前に、徐々に追い詰められてしまうサトシたち。そのとき、ドンカラスの攻撃を受けたナエトルが、なんとハヤシガメに進化！一気に攻勢に出ようとするが、ハヤシガメに以前のようなキレがないと戸惑うサトシ。だが、そんなハヤシガメを冷静に見つめるポケモンの姿が。それはシンジのドダイトスだった・・・。
今度こそメリッサとジム戦をするため、再びヨスガシティにやってきたサトシたち。すると突然"ドンッッ！！"と見知らぬトレーナーがぶつかってきた！だが、そのトレーナーはぶつかったことを悪びれもせず「なんだってんだよー！」とわめき散らして走り去ってしまった。一瞬あっけにとられるも「目的はジム戦！」と、気合を入れ直したサトシたちだったが、またしてもお預け！度重なる足止めにガッカリしながら歩いていると、そこに再び"ドンッッ！！"と衝突！顔を上げると見覚えのある姿が。彼の名前はジュン。どうやらパートナーのエンペルトと共に世界最強のトレーナーを目指しているようだ。しかも憧れの存在はシンジだって！？サトシは一体どうするの！？
ついに、ヨスガジムのジムリーダー・メリッサとのジム戦を迎えたサトシ！メリッサの一体目は"シャドーポケモン"のゲンガー。一方のサトシはブイゼルを選んだ。バトルには絶対の自信を誇るブイゼルだったが、ゲンガーのゴーストタイプ特有の動きに大苦戦！さらに追い討ちをかけるように、メリッサのポケモンが最も得意とするわざ『さいみんじゅつ』が！この戦術を防ぐために特訓を積んできたサトシとポケモンたち。生み出した秘策を試すときがきたのだが・・・。果たして、サトシはメリッサに勝利し、５個目のバッジをゲットすることが出来るのか！？
飛行船での移動を経て、ミオシティに到着したサトシたち。しかし、待ち受けていたロケット団の罠で、サトシたちは手持ちのポケモンと離れ離れになってしまう。「先に見つけてゲットしてやる！」とムサシ・コジロウはここぞとばかりに猛ダッシュ！サトシたちも慌てて追いかける！一方、サトシたちを探すピカチュウたちの前に現れたのは、ロケット団のニャース。当然のように警戒するも、ニャースの様子がいつもと違う！？なんとロケット団を辞めて、サトシたちの仲間になりたいと言うのだ！一緒に行動することになったピカチュウたちとニャース。果たしてニャースの真意とは！？ピカチュウたちは無事サトシたちの元に辿り着けるのか！？
多くの島々から成るミオシティ。その中のミオジムのある島を訪れたサトシたち。ジム戦を申し込もうとしたのだが、そこに現れたのは、目の下に大きなクマを作った弟子だった。ジムリーダーは不在だとサトシたちに伝えた弟子は、あろうことか大あくびをして立ったまま眠ってしまう！サトシたちが不思議そうに様子を見ていると、弟子は突然悲鳴をあげて目覚め、立ち去ってしまった。わけのわからないサトシたちは、町の交番でジュンサーさんに話を聞くことに。それによると、この島の人々は毎晩悪夢にうなされて十分眠れていないらしい。さらに、その理由を尋ねると驚くべき返事が！なんと原因は"あんこくポケモン"ダークライだった・・・。
ミオシティに滞在中のサトシたち。久しぶりに連絡をしたオーキド博士から、『ホテル森の洋館』だけで食べられるという『森の羊羹（ようかん）』の話を聞き、さっそく羊羹を食べに行くことに。だが、あいにくホテルは休業中。しかも、ホテルにはお化けが出るというのだ！諦めて引き返そうとしたその時！誰もいないはずのホテルの扉が勝手に開いた！驚くサトシたち。そんな中ピカチュウだけが何かに気付き、ホテルの中へ入って行ってしまう！慌てて追いかけるサトシたち！ 仕方なく静まり返ったホテルを進んでいくと、目の前の床に場違いな電子レンジが。不思議そうに見つめるサトシたちをよそに、ピカチュウだけは興味津々。すると突然、電子レンジが襲い掛かってきた！！
ジムリーダーの帰りを待ちながら特訓に励むサトシたち。ヒカリも、ウリムーから進化した"いのししポケモン"イノムーを次のコンテストでデビューさせようと特訓を始めるが、イノムーはヒカリの言うことをまったく聞いてくれない！しまいには食べ物の匂いにつられ、どこかへ行ってしまった。これから先、イノムーと上手に付き合っていけるか不安になるヒカリ。そんな中、『ポケモン仲良しこよしスクール』と書かれた張り紙を見つけたサトシたち！なんと、スクールのプログラムをポケモンと一緒にやるだけで、ポケモンと仲良くなれるという！これならバッチリ！と張り切るヒカリ。さっそくスクールに向かったのだが・・・。
ジムリーダーが帰ってきたことを知り、ミオジムに向かったサトシたち。ジムの前まで来たところで中から大声が聞こえてきた！中に入ってみると、バトルフィールドにはミオジムのジムリーダー・トウガンと、クロガネジムのジムリーダー・ヒョウタの姿が！なんと、この二人は親子だという！さっきの大声は親子揃って化石から復活させたポケモンを使いこなすジムリーダーとあって、どちらの方が化石好きかで言い争っていた声だった。しかも口論だけでは収まりがきかず、ついにはバトルに発展！ヒョウタのラムパルドをトウガンは自慢のトリデプスで迎え撃つ！両者一歩も譲らぬ大激戦！いったいどうなるの！？
いよいよ待ちに待ったジムリーダー・トウガンとのミオジム戦がやってきた！サトシはヒコザル、ブイゼル、グライオンを選んでバトル開始！トウガンの一体目はドーミラー！対するサトシは相性のいいヒコザルで挑む！ほのおわざで一気に攻め立てるヒコザルだが、トウガンの守りを固めてチャンスを待つ戦術を前に、なかなか決定的なダメージを与えられない！それでも攻撃は最大の防御！とサトシは攻撃の手を緩めず、強気に攻め続ける！守りのトウガンか、攻めのサトシか。両者の譲れない信念のぶつかり合いが、六個目のバッジの行方を決める！！
次のコンテストが行われるアケビタウンへ向かおうと、ミオシティの船着場を訪れたサトシたち。昼食をとっていると、突然現れた"でんこうポケモン"ルクシオにポケモンフーズを奪われてしまった！ルクシオを追って地下水路にたどり着いたサトシとピカチュウ。そこで目にしたのは、ルクシオが迷子になった"たまくじらポケモン"ホエルコにポケモンフーズをあげる姿だった！ルクシオはこの地下水路で暮らすポケモンたちのリーダーで、ホエルコを助けてあげたいと考えていたのだ。ルクシオの思いを知ったサトシはホエルコを海に帰す手伝いを申し出る！でも、ルクシオたちと協力して立てた作戦は、とっても大掛かり！本当に上手くいくの！？
ミオシティのポケモンセンターで、アケビタウン行きの船を待つサトシたち。そこに一本の電話が入った。相手はなんとこうてつ島で修行中のジュン！だが、ジュンの様子がいつもと違う。話を聞くと、なんとジュンのエンペルトが突如暴れだしたのだという。「原因を調べてみせる！」と意気込むジュンを手伝うため、サトシたちもこうてつ島へ向かうことに！到着したこうてつ島で目にしたのは、暴れまわる"はがねタイプのポケモン"たちの姿だった。ポケモンがポケモンを襲うという光景に、言葉を失うサトシたち。どうにかして暴走を止めようとするサトシに、はがねタイプのポケモンたちが襲い掛かる！！その時、サトシをかばうようにルカリオと一人のはどう使いが現れた！！
はどう使いのゲンと共にこうてつ島の異変を調査することにしたサトシたちは、はがねタイプのポケモンが暴走する原因が、島全体に発生している低周波であることを知る。そんな中、はどうの力で低周波から身を守っていたゲンのパートナー・ルカリオは、突如天を貫くように発生した強力なエネルギー波を抑えきれず、ついに暴走してしまう！そんなルカリオを追った先でサトシたちが目にしたのは、なんと！巨大な遺跡を調査するギンガ団幹部・マーズの姿だった。そしてエネルギーの発生源である怪しげな装置を見つけたサトシたちはギンガ団に立ち向かう。ギンガ団の狙いとは何なのか？果たしてはがねタイプのポケモンたちを救うことが出来るのか！？
サトシたちは次のポケモンコンテストが開かれるアケビタウン行きの船に乗っていた。船内で遊ぶポッチャマとピカチュウ。だが、サトシたちが少し目を離した隙に、船内に忍び込んでいたロケット団に連れ去られてしまった！「いい感じ～！」と逃げ去るロケット団だったが、突然、海が荒れはじめピカチュウたちに逃げられてしまう！そんなピカチュウたちが流れ着いたのは、とある無人島。サトシたちの元に戻ろうと奮闘するピカチュウたち。すると、なにやら一生懸命に島のポケモンたちが岩を運ぶ姿を見かける！後をついていくと、そこには不思議なマユとそれに反応する沢山の岩が・・・このマユの正体とは一体！？そしてピカチュウたちは無事サトシたちのもとへ戻れるのか？
ポケモンコンテストが行われるアケビタウンに到着したサトシたち。すると、なんだか町はお祭り騒ぎで、あちこちに"かいようポケモン"フィオネのグッズが売られていた！どうやらこの時期、アケビタウンでは野生のフィオネを見ることができるらしい。しかもフィオネを見ることが出来れば、幸運が訪れるというのだ。これからコンテストに挑もうと意気込んでいたヒカリにとってみれば、またとないチャンス！「絶対フィオネを見つけるんだから！」とフィオネウォッチングが出来るという船に乗り込む。すると、遠くに光る影が・・・！果たしてヒカリたちは、フィオネに出会い幸運を手にすることが出来るのか！？
明日開かれるポケモンコンテスト・アケビ大会に向け特訓を終えたヒカリたち。お待ちかねのおやつタイムに、大好きなポフィンを目の前にして大喜びのパチリス！ところが、目の前でポフィンを"ほらあなポケモン"ガバイトに踏み潰されてしまった！怒りに震えるパチリスは、食べ物の恨みからか新たなわざ、"いかりのまえば"を発動！だがそれを制するように一人のコーディネーターが現れた！少女の名前はウララ。ガバイトと共にグランドフェスティバルを目指してアケビ大会にエントリーしたのだという。しかもウララはヒカリに対してなぜか敵意むき出し！その態度に我慢の限界をむかえたヒカリは、アケビ大会での勝負を挑むのだが・・・。
キッサキシティでのジム戦に向け旅を続けるサトシたち。そこにピカチュウを狙ってロケット団が現れた！"１０まんボルト"でなんとか切り抜けたピカチュウだったが、勢い余って空中で体制を崩してしまう！落ちてくるピカチュウに間に合わないと焦るサトシたち。その時！バイクにまたがったジュンサーがピカチュウを空中でダイレクトキャッチ！間一髪のところで助けてくれた。でも、サングラスをかけ、肩に"おんぷポケモン"ペラップをのせたそのジュンサーは、どこか他のジュンサーと雰囲気が違う・・・。そんな中、サトシたちは自らをワイルドジュンサーと名乗るその人物からロケット団逮捕の捜査に協力して欲しいと頼まれるのだが・・・
キッサキシティを目指し、雪道の中、旅を続けるサトシたち。だが、降り続く雪のせいで道に迷ってしまう。そんなサトシたちのもとに手招きする "ゆきぐにポケモン"ユキメノコが現れた。ついていくと、そこには山小屋が！温かいスープに、ポケモンのためのお風呂まで用意してくれたユキメノコ。喜んでお風呂に飛び込んだポッチャマだったが、次の瞬間氷づけに！なんと、山小屋は罠だったのだ！「どうしてこんなことするの！」と問い詰めるヒカリ。すると奥からロケット団のニャースの声が。先に罠にかかったニャースが言うには、ポッチャマを助けるにはユキメノコに協力しなければいけないらしい。果たしてユキメノコの狙いは一体何なのか！？
いつものごとくピカチュウを狙いサトシたちを邪魔するロケット団。だが、またしても失敗。ピカチュウに飛ばされ身も心もヘロヘロのロケット団は美味しそうなラーメン屋を見つけると、空腹を満たそうと飛び込んだ。そこで思わぬ出会いが！その店の店長はムサシとコジロウのロケット団養成所時代の後輩だったのだ！しかもニャースのことをラーメン屋としてスカウトしたいらしい。失敗ばかりのロケット団に嫌気が差していたニャースは、なんとその誘いを受けてしまう！さらにニャースの決意を聞いたムサシまでもがロケット団を辞めると言い出した！一人残されたコジロウ。一体ロケット団はどうなってしまうの！？
旅の途中、ウインドタウンに立ち寄ったサトシたち。その町では、ひこうタイプのポケモンたちがリングを奪い合う『ポケリンガ』という競技の大会の真っ最中だった。『ポケリンガ』に興味津々のサトシたちは、ムクバードで大会にエントリーすることに！巧みにわざを使い分け一回戦を勝ち抜いたサトシとムクバード。二回戦を待つまでの間、他の参加者の試合を見ようと、モニターの前にやってきたサトシたち。そこで目に飛び込んできたのは、なんとシンジとドンカラスの姿だった！両者順当に勝ち進み、遂に決勝で激突！サトシＶＳシンジ。『ポケリンガ』ウインド大会を舞台に繰り広げられる勝負の行方はいかに！？
キッサキシティを目指すサトシたちは、深い森を越えようとしていた。そんな中、水筒の水がなくなったことに気付いたヒカリは、一人で水を汲みに行くことに。その時、目の前にボスゴドラが現れ、ヒカリに襲い掛かってきた！逃げようとしたヒカリは勢いあまって崖から転落！川に流されてしまう。なんとか川辺に上がったヒカリは、サトシたちを探すため森の中を進んでいく。するとそこに、またしてもボスゴドラが現れた！逃げてばかりじゃきりがないと心を決めたヒカリが選んだのは、重量級のボスゴドラに唯一対抗できるマンムー！だけどマンムーはまだ言うことを聞いてくれない。果たしてヒカリとマンムーは、このピンチを乗り切れるのか！？
キッサキジムへ挑むため、雪道の中、旅を続けるサトシたちはハヤシガメの特訓をしていた。その時、今までの晴天が嘘のような吹雪が！慌てて避難しようとするサトシたちだったが、あっという間に氷漬けに！すると、サトシたちを嬉しそうに見つめる一匹のポケモンが。"じゅひょうポケモン"ユキカブリだ！どうやら、人間にいたずらをして気を引こうとしているらしい。ヒコザルの炎で何とか氷を溶かしたサトシたちだったが、その後も続くユキカブリのいたずらに大混乱！だが、悪気のないユキカブリを怒るわけにもいかず、仕方なく一緒に行動することに。サトシたちとユキカブリの珍道中。一体どうなるの！？
タツナミタウンでポケモンコンテストが開かれると知ったヒカリは、コンテストに向けて特訓をしていた。いつものようにモンスターボールから飛び出す、元気なヒカリのポケモンたち。だが、なぜかポッチャマだけ元気がない。どこか悪いのかと心配するみんなをよそに、大丈夫だと強がるポッチャマ。その時、突然ポッチャマの体が光り始めた！進化の兆しに沸き立つ一同だったが、なんとポッチャマは、『がまん』を使い、進化のエネルギーを放出してしまった！進化を嬉しく思ったヒカリにしてみれば、このポッチャマの行動が理解できない。果たして、進化を拒絶するポッチャマの真意とは一体！？
いよいよタツナミ大会本番！グランドフェスティバル出場にリボンあと１個と迫っているヒカリは気合十分だ。幼なじみのライバル、ケンゴも出場するとあって練習に余念がない。そして始まるタツナミ大会は１次審査から大激戦！ヒカリにリボン１個分遅れをとるケンゴは、この大会で絶対に追いついてみせると、高らかにヒカリに宣戦布告！言葉通り最高の演技でゴーリキーの力強さを見せつける。対するヒカリも５個目のリボンは譲れないとばかりに、新たな動きを織り交ぜたエテボースと息の合った演技を見せる！ライバル同士、意地と意地のぶつかりあい。タツナミリボンは誰の手に！？
ジュンがエンペルトと一緒に頂点を目指すと意気込む、ポケモンピンポン大会。初心者ながらサトシたちも参加することに。ポケモンピンポンとは、ポケモンとトレーナーが二人一組になり、玉を打ち合う競技。サトシはピカチュウ、ヒカリはエテボースで大会に挑む。本番までの時間を使いポケモンピンポンの猛特訓。そこでエテボースが二本の尻尾を使い強烈なスマッシュを見せる！その様子を見ていたのは前大会チャンピオンのオウ選手。どうやらエテボースには抜群のセンスがあるらしい。期待が高まる中、ついにポケモンピンポン大会が始まった！バトルにもコンテストにもない興奮がここにある！息詰まる熱戦、優勝の栄冠を手にするのは一体誰だ！？
旅の途中コマコタウンにやってきたサトシたち。そこで出会ったのは、かわいいポケモンしか愛さないという、変わった『マイルール』を持った少女、マリリン！そのルールによると、ヒカリのミミロルはルールをクリアしてるけど、ポッチャマはダメという。わけの分からない『マイルール』に振り回された上に、ポッチャマをけなされ怒り心頭のヒカリは、マリリンから挑まれたバトルを受けることに！だが、マリリンは"さくらんぼポケモン"チェリンボに攻撃の指示を出そうとしない。それどころかダメージに耐えるチェリンボを見て、「けなげでかわゆい！」と言うばかり。そんなマリリンのバトルを見て、それは違う！と声をあげたのは、なんとタケシだった！
ようやくキッサキシティに辿り着いたサトシたち。そこで久々にノゾミと合流することに。その時、サトシたちめがけ『こおりのつぶて』が飛んできた！その先には"じゅひょうポケモン"ユキノオーと、一人のトレーナーの姿が！その正体は、キッサキジム・ジムリーダーのスズナだった！手荒い歓迎を受けたサトシたち。しかしスズナ流の挨拶と分かり、そのまま町を案内してもらうことに。そんなサトシたちが連れてこられたのはトレーナーズスクール。なんとスズナはそこで先生をやっているのだという！ジムリーダーのする授業に興味津々のサトシたち。だが、始まったのはポケモン早押しクイズ！驚くサトシたちだったが、実はこのクイズには秘密があった・・・。
ついに、キッサキジムのジム戦の日がやってきた！こおりタイプのポケモンを揃えるジムリーダー・スズナとのバトルは、シンオウ地方初の４VS４のジム戦！サトシはハヤシガメ、ムクホーク、グライオン、ヒコザルで挑む。気合十分のスズナが一体目に選んだのは、"かぎづめポケモン"のニューラ！対するサトシはハヤシガメを選ぶ。もともと素早いニューラは、氷のフィールドを利用してますます加速！ハヤシガメをスピードで圧倒する展開に。相性に加えてスピードでも不利なハヤシガメ。しかし、一瞬の隙をついてシンジのドダイトスから教わった重量級の戦い方を発揮！両者互角の立ち上がり。サトシはグレイシャバッジをゲットできるのか！？
キッサキシティのポケモンセンターで夜を明かしたサトシたち。そこで、シンジとその兄・レイジに出会う。久々の再会に驚くサトシたちだったが、さらに思わぬ出会いが！なんと、カントー地方のフロンティアブレーンである、ピラミッドキング・ジンダイが現れたのだ！カントーでのバトルの話に花を咲かせるサトシたち。しかしサトシがジンダイに勝ったという話をした途端、シンジの顔色が一気に変わった。その様子はいつもの冷静なシンジからは想像できないほど険しい。そんなシンジが突然、ジンダイにバトルを挑んだ！果たしてシンジの内に秘めたる思いとは一体！？
シンジとジンダイのバトルを観戦したサトシたちのもとに、一台の車が。降りてきたのはキッサキ神殿を守る巫女。なにやら神殿が大変なことになっているのだという！急いで神殿に向かうジンダイとサトシたち。そこで目にしたのは、神殿を襲撃するポケモンハンターJの一団！狙いは、神殿に眠ると言われている伝説のレジギガス。もしJの手に渡ってしまったら大変なことになってしまう！しかし、時すでに遅し、眠りから強引に目覚めさせられたレジギガスは怒りに我を忘れ、暴走を始めてしまった！しかもレジギガスの向かう先にはキッサキシティが！果たしてサトシたちはこの危機を救えるのか！？
エイチ湖畔に向かうため、列車に乗り込んだサトシたち。その車内で一人の男と出会う。彼の名はハンサム。少しおっちょこちょいなハンサムは、名物の駅弁を買いすぎたので、皆に分けて回っているのだという。そんなハンサムと一緒に、駅弁を配りに列車の運転席へと向かったサトシたち。そこでは"ライトポケモン"デンリュウが運転の手伝いをしていた！ポケモンの活躍にサトシたちが感心していたその時！目の前の信号が赤に変わっているのに気付き、列車は急停車！連絡もなく赤に変わったことを不審に思った運転士は、車掌に調査を依頼する。そこに何故か同行するハンサム。だが、ハンサムのこの行動には隠された秘密があった・・・。
水面きらめくエイチ湖畔。シンジとのフルバトルの約束を果たすため、この地に降り立ったサトシたち。ポケモントレーナーとして対照的な二人がついに激突する。二人のフルバトルは、両者の勢いそのままにぶつかり合うかと思われた。だが、シンジはともかくサトシまで、冷静に相手のポケモンを見極め、交代を活用するという意外な展開を見せる。バトルが動いたのはサトシのハヤシガメがシンジのドンカラスと対峙した瞬間だった。以前、ナエトルから進化した時に手も足も出なかったドンカラスを目の前にして、ハヤシガメの闘志に烈火のごとき炎が灯る！シンジとサトシ。相容れない二人のトレーナーがバトルの果てに見出すものとは・・・。
シンジとサトシ。互いの信念がぶつかり合うフルバトル！倒れたポケモンは両者一体ずつで迎えた局面でシンジのブーバーンと対峙するのは、サトシの最高の相棒ピカチュウ。これまでも数々のピンチを、信じる力で乗り越えてきたサトシとピカチュウは、圧倒的なパワーを誇るブーバーンにも果敢に挑む！このサトシのスタイルを否定し続けてきたシンジ。だが、そのシンジの目の前でサトシとポケモンたちとの絆が奇跡を起こす！バトル終盤、シンジのリングマをサトシのヒコザルが倒したときだった。サトシの信頼に応え、底力を発揮したヒコザルに異変が！これはまさか・・・。ライバルバトルついに決着！結末はいかに！
シンジとのフルバトルに敗れたサトシは、傷ついたポケモンたちを癒すためポケモンセンターに立ち寄る。シンジに負けたこと、怪我に苦しむ仲間たちの姿、様々な思いがサトシを苦しめていた。そんなサトシの姿を見たヒカリは、ポッチャマと作戦を練り、サトシを元気付けるため行動を開始する。一方、傷ついたポケモンたちの治療を続けるジョーイを手伝っていたタケシは、ダメージの大きかったモウカザルのために、きのみを探しに行くことに。タケシが辿り着いたのはエイチ湖畔。そこで目にしたのは、なんと湖面上をただよう伝説のポケモン・ユクシーの影だった！
スイレンタウンへ向けて旅を続けるサトシたち。ヒカリはコンテストへ向けてマンムーと練習に励んでいた。だが、わざを魅せることに慣れていないマンムーは失敗ばかり。しまいには、すねて森の中へと入って行ってしまった！急いで追いかけてきたヒカリに説得され、みんなの元に戻ろうとしたその時！草むらの方で何かが動く音が。警戒するマンムーとヒカリ。すると突然、目の前に"ツルじょうポケモン"モジャンボが現れ、『すいとる』で攻撃を仕掛けてきた！パワーを奪われ動けなくなるマンムー。だが、そこにモジャンボが近づいてきて、なぜかパワーを回復するオボンのみを置いていった！ 奪っておいて回復させる。これって一体どういうこと！？
スイレンタウンへと旅を続けるサトシたちは、町の一角で張り紙に目を奪われる。それは、シンオウ地方で大人気の番組『シンオウ・ポケモンハッスル』出場者募集を知らせるものだった！この番組の大ファンであるヒカリはサトシ、タケシと一緒に迷わずエントリー！ところが、実はこの大会、ロケット団が仕掛けたニセの大会だったのだ！運動神経・ポケモンとの連携・苦難を乗り越える力が試される『シンオウ・ポケモンハッスル』は、優秀な団員をスカウトするのにもってこい！と意気込むロケット団。そんな彼らは、ある二人に目を留める！どうにかして仲間にしようとするロケット団だったが、その二人にはある秘密があった・・・。
スイレンタウンへ向かう道中、シンオウ地方を東西に分ける巨大な山、テンガン山に差し掛かったサトシたち。そのふもとでピンクのカラナクシを見かける。しかし、サトシたちのいるテンガン山の東側には青いカラナクシしかいないはず。その事実を知り、ピンクのカラナクシとテンガン山を越えることに。カラナクシはヒカリのポッチャマと仲良しになり、二人は意気揚々と歩き出す。その時！テンガン山の山際にあったたて穴に落っこちてしまった！急いで後を追うサトシたち！するとそこには人工的なトンネルが続いていた。不思議に思いながらも進んでいくと、目の前に光が！だが、トンネルを駆け抜けたサトシたちの前には思わぬ光景が広がっていた！
旅の途中、とあるきのみ園にやってきたサトシたち。珍しい木のきのみに囲まれ、おおはしゃぎのポッチャマ。だが、そこに突然何かがぶつかった！その正体は "みずねずみポケモン"マリルの尻尾。怒ったポッチャマが一言文句を言ってやろうと振り返り、マリルと目が合ったその時！ポッチャマの様子が突然おかしくなった！ふらふらと力なくよろけ、目はハートに。これはまさか恋！？ポッチャマはマリルに猛アタック！少しづつ二匹は仲良くなり始めたのだが、やはり簡単にうまくはいかない。仲良く歩く二匹の間を裂くように、一閃の電撃が！現れたのは不敵に笑うエレキッドだった。突如始まる三角関係！ポッチャマの恋の行方はいかに！？
ヒカリのママ・アヤコがフタバ祭りの役員に選ばれた！？それを聞きヒカリの故郷、フタバタウンにやってきたサトシたち。そこではお祭りの準備が着々と進められていて、アヤコも大忙し！ようやくひと段落し、ヒカリの家で夕飯をご馳走になるサトシたち。部屋には、アヤコのコーディネーター時代のトロフィーがずらりと並ぶ。それを改めて見たヒカリの胸の内に、ある感情が芽生える。それは、成長した自分の力をママに見せたい！という思いだった！グランドフェスティバルを前に、超えなければいけない大きな壁。ニャルマー・ブラッキーを華麗に魅せる母・アヤコを相手に、ヒカリが魅せるパフォーマンスはどこまで通用するのか！？
大盛況のフタバ祭りで、アヤコの手伝いに励むサトシたち。今日の目玉はオーキド博士のポケモン講座！だが、博士は約束の時間になってもなかなか姿を現さない。心配したサトシたちは近くの沼地まで迎えに行くことに。そこで目にしたのは、何者かに連れ去られる博士の姿！あれはニョロトノ！？一方その頃、フタバ祭りでバイトに勤しむロケット団は、オーキド博士になりすまし、グッズを売って大儲けしようと企んでいた。博士そっくりに変装したコジロウが、さあ商売開始！と意気込んでいたのだが、あまりに似ていたせいか本物のオーキド博士と勘違いされてしまい、なんと舞台の上にあげられてしまう！ハプニング連続の講演会！一体どうなるの！？
フタバ祭りをお手伝い中のサトシたち。町に並ぶ出店を眺めて歩いていると、そこにジュンが登場！ヒカリと同じくフタバタウン出身のジュンもお祭りのために帰ってきていたのだ。久々の再会ということもあって、サトシとジュンはバトルすることに！エンペルトとピカチュウが激しいバトルを繰り広げていると、突然ジュンが空を飛ぶ何かを発見！それは"せいれいポケモン"ネイティオ！見つけるやいなや、すごい勢いでネイティオを追いかけるジュン！なにやら、そのネイティオには秘密があるらしい。辿り着いた先にあったのは、なんとサーカスのテント！？そこには今までに見たこともないような、ポケモンたちの驚くべき姿が・・・！
フタバ祭りのメインイベントは、大バトル大会！しかも、優勝者はシンオウ地方最強のフロンティアブレーンである、クロツグと戦うことが出来るという！それを聞いて、サトシはもちろん、ジュン、ヒカリ、さらにはタケシもエントリー！激しいバトルが繰り広げられたこの大会を制したのは、勝負強さを発揮したサトシ！サトシは勢いそのままに、最強の男、クロツグに挑む！そのクロツグが選んだポケモンは"ドリルポケモン"のドサイドン！大地を力強く踏み締めるその姿は迫力十分！そのドサイドンを相手にサトシが選んだのは、同じくパワーで攻めるハヤシガメ！激戦必至！この戦いは絶対見逃せない！！
次のコンテストが開かれるスイレンタウンを目指すサトシたち。その途中、巨大な塔を見つけ、思いもかけず中に入ることに！しかしその塔、実はロケット団の秘密基地！サトシたちは檻の中に閉じ込められてしまう。作戦成功で大盛り上がりのロケット団！すると、隣の食糧庫からなにやら物音が。のぞいてみるとそこには、大事な食料を盗み食いしている"はりたまポケモン"トゲピーの姿が！幸せを運ぶポケモン・・・のはずが、このトゲピー、とんでもないいたずら好き！あの手この手を使って、ロケット団だけでなく、サトシたちさえも次々罠にかける始末！そしてしまいにはとんでもないことが！最悪のトゲピーの最悪ないたずらとは一体！？
スイレンタウンを目指すサトシたちは旅の途中で、立ち寄った町で、建物の間に挟まったマリルに出会う！急いで助けてあげると、そこにマリルのトレーナーが。白い大きな帽子が印象的なその少女の名前はコトネ。この町で開催中のお祭りに参加するため、カズナリという少年と共にジョウト地方からやってきたのだという。コトネは"はっぱポケモン"チコリータを、カズナリは"おおあごポケモン"ワニノコをそれぞれパートナーにしていた。初めて見るジョウトのポケモンに、ヒカリは大興奮！そんなヒカリに素敵な話が！なんと、ポケモンのタマゴをかけたバトル大会に参加することになったのだ！意気込むヒカリ！果たしてその結末は！？
コンテストに向けて特訓中のヒカリ。そして、共に旅をすることになったコトネとカズナリは夢中で観戦中。だが、夢中になりすぎたのか、コトネのマリルがいつの間にかいなくなっていた！辺りを見回してみると、草原の向こうに大きな発電所を発見！人の気配のしない建物の中に恐る恐る入ってみると、いきなり見回りをしているコイルたちが電撃でお出迎え！コイルの追撃をなんとかふりきって飛び込んだ部屋は、館内を監視するモニタールーム！そしてそのモニターの一つにマリルの姿が！どうやらマリルは発電所の倉庫に迷い込んだようだ。だが、サトシたちがこの倉庫に足を踏み入れた瞬間。とんでもないハプニングが襲いかかる！一体どうなるの！？
コトネ、カズナリと共に旅を続けるサトシたちは、立ち寄ったポケモンセンターで、とっても暴れん坊の"りくザメポケモン"フカマルの噂を聞く。暴れん坊ということは、それだけ強いんじゃないか！と奮い立つサトシはゲットするため行動開始！だが、その横で同じくフカマルゲットに闘志を燃やす男が！なんと普段はおとなしいカズナリだ！譲らぬ両者は競争することに！勢いで探すサトシに対して、冷静に頭を使うカズナリは、陸を泳ぐように進むフカマルの特徴を利用して陸釣り作戦に打って出る！そしてこの作戦が大成功で、釣り上げたフカマルとバトルスタート！ところがこのフカマル、想像以上の暴れん坊！ゲット対決、どっちがゲットするの！？
ポケモンコンテスト・スイレン大会いよいよ開幕！サトシとクロツグのバトルからヒントを得たヒカリは、秘策をもっていざ会場へ！今回のライバルは、ロケット団のムサシ扮するムサリーナ！しかしいつもと様子が違う・・・。実はこのムサリーナ、風邪をひいてダウンしたムサシの代わりに、コジロウが変装したコジリーナだったのだ！心の準備も整わないコジロウだが、いやおうなくコンテストはスタート！ヒカリはポッチャマを華麗に魅せ１次審査を突破！一方コジリーナもニャースのあっと驚く演技で、まさかの１次突破！そして両者がついに激突！ヒカリが選んだのは、デビュー戦となるマンムー！果たしてヒカリは最後のリボンをゲットできるのか！？
コトネ、カズナリとお別れの日。サトシたちがやってきたのは、かつて歴代のチャンピオンも戦ったといわれるスイレンコロシアム。最後にシンオウＶＳジョウトのタッグバトルをしようというのだ！サトシ・ヒカリはモウカザルとヒノアラシ、対するコトネ・カズナリはチコリータとワニノコを選んでバトル開始！序盤はコトネ・カズナリが、相性のいいワニノコの攻撃と、ほのおタイプが苦手なチコリータの絶妙なサポートでペースを握る！しかし、サトシ・ヒカリもバトル経験豊富なモウカザルが、ヒカリのヒノアラシのピンチを救うなど抜群のコンビネーションで盛り返し、バトルは互角！果たして勝負の行方は！？
８個目のバッジゲットのため、ナギサシティへと向かうサトシたちは森の中で道に迷っていた。すると突然、すさまじい地響きとともに"はんこつポケモン"ギラティナが現れ、サトシたちに襲いかかってきた！なんとか逃げ切り胸をなでおろしたのもつかの間、今度は前から猛烈な勢いの鉄砲水が！流れにのみ込まれ、もがき苦しむサトシたち！だが、このハプニング、実は"くらやみポケモン"ヤミカラスが見せていた幻だったのだ！それを教えてくれたのは"よなきポケモン "ムウマを連れた女性。しかもどうやら幻を見せていたヤミカラスとは深い関係があるらしい・・・。これって一体どういうこと！？
ナギサシティへ向け、旅を続けるサトシたち。そして、その横をいつものように並んで歩くピカチュウとポッチャマ。すると突然、ピカチュウ・ポッチャマに異変が！互いに目はハートになり、抱き合ったまま離れなくなってしまったのだ！サトシとヒカリがいくら頑張っても離れない二匹。この異常事態を解決すべく、一行はポケモンセンターへ。だが、ポケモンセンター内で目にしたのは、同じく目がハート状態になったポケモンと、困り果てたトレーナーたちの姿！原因不明の状況に、ジョーイさんもお手上げ。しかし、このポケモンたちの様子を見ていたタケシが、ある共通点に気付く！不可解なこの状況、一体どうしてこうなっちゃったの！？
旅を続けるサトシたちは、とある草原で傷ついたポケモンを見つける。近づいてみるとそれはロケット団のニャース！傷の手当てをしつつ話を聞いてみると、町はずれの巨大な建物『タタラ製鉄所』と呼ばれる場所で、ギンガ団にやられたのだという！しかもそこではムサシ、コジロウと一緒に国際警察のハンサムも捕らわれているらしい！この一大事に、サトシたちはニャースと共にタタラ製鉄所に乗り込むことを決意する！トバリシティの隕石強奪、ズイの遺跡調査、カンナギタウン襲撃、そして、シンオウ時空伝説のカギを握るテンガン山。全ての点が、線となり、ついにギンガ団がクライマックスに向け動き出す！果たしてサトシたちはその大いなる野望を打ち砕くことが出来るのか！？
野望の実現に向け、着々と準備を進めるギンガ団の次なるターゲットは、シンオウ各地の湖にすむ伝説の３体。そしてその作戦の指揮をとるのは、なんとポケモンハンターＪ！トバリシティの隕石から作られた『ギンガ爆弾』で早々と湖に穴をあけたＪは、湖の３体を捕獲しようと試みる！自らの身の危機を察知した湖の３体。助けを求める悲痛な思いは届かないのか・・・。だが、遠く離れたサトシたちは、確かにその思いを感じ取っていた！ギンガ団、そしてポケモンハンターＪの作戦を阻止すべく、飛び出したサトシたち！するとそこに、シンオウ最強のチャンピオン、シロナの姿が！シンオウ地方の命運を賭けた決戦の時、迫る！
ギンガ団の野望、それは、湖の３体が持つ特別な力を使って『神と呼ばれしポケモン』ディアルガとパルキアの２体を呼びだし、その強大なエネルギーの融合で新世界を創造するというもの。もしこの野望が実現すると、シンオウ地方は消えて無くなってしまう。この危機を救えるのはアグノム・ユクシ―・エムリットの３体と、シンクロすることが出来るサトシたちだけ。必死に３体を守り抜こうとするサトシたち。だが、アカギは自らの手に『神の力』を宿していたのだ！そしてその力が発動した時・・・。アカギの理想、そしてサトシたちの願いがついにぶつかりあう！時空伝説をめぐる最後の戦い。結末はいかに！？
８個目のバッジをゲットするため、ナギサシティに向かうサトシたちは、ジム戦に向けて特訓中！そんな中、『あなをほる』から連続でわざを繰り出そうと、勢いよく地面に飛び込んだモウカザルが、なんと地中に埋まっていた宝箱を発見！驚く一同の様子を木陰から覗いていたのは、お宝大好きロケット団！さっそく奪おうとしたのだが、コジロウの様子がいつもと違う。どうやらその宝箱は、幼いころコジロウが埋めたものらしい！しかも、その中身は絶対に人には見せられないものだという！これはなんとしてもサトシたちから奪い返さなければ！この宝箱に隠された秘密とは！？そして、最後に待ち受ける驚きの真実とは！？
旅の途中、切り立った崖が連なる地帯にさしかかったサトシたち。そこでは"はさみポケモン"ハッサムと"ふうりんポケモン"チリーンが激しい空中戦を繰り広げていた！その様子を眺めていると、そこにハッサムのトレーナー、ミツゾーとその孫マヨが現れた。話を聞いてみると、ミツゾーは『エアバトルマスター』と呼ばれる空中戦の達人で、ひこうタイプのポケモンを育てる名人らしい。さっそくサトシはグライオンと共にバトルを申し出る！だが、いざバトルをしてみると、グライオンはこの地形特有の風に対応できずミスを連発。これにはミツゾーも、見込みがないと厳しい言葉をかける。悔しさで涙を流すグライオン。特訓を積み、再びミツゾーに挑むのだが・・・。
旅を続けるサトシたちがやってきたのは、とあるコンテスト会場。そこではヒカリの最高のライバル・ノゾミが５個目のバッジを賭けたバトルを繰り広げていた。ヒカリはもちろん、キッサキシティから駆けつけて来ていたスズナの応援の甲斐もあってノゾミは見事に勝利！一足先にグランドフェスティバルへの出場権を獲得した！さらに実力を上げたライバルの姿を見て決意を新たにしたヒカリは、次の目標をアサツキ大会に決める！だが、この大会はヒカリが苦手とするダブルパフォーマンス。今の実力に不安を感じたヒカリは、早速新たなコンビネーションを生み出すために特訓開始！そしてこの特訓が思わぬ事態を呼び起こす！！
アサツキタウンに向け旅を続けるサトシたちは、花火のような鮮やかな光が空に広がるのを目撃する！急いで打ちあがった場所に向かうと、そこには"ハミングポケモン"チルタリスと、一人のおばあさんが。話を聞くと、そのおばあさんは、ドラゴンタイプのポケモンに「りゅうせいぐん」を教えているのだという。するとそこに、一匹の野生のポケモンが・・・。それはフカマル！どうやら、「りゅうせいぐん」を覚えたいらしい。タツばあさんから教え方を聞いたサトシが早速フカマルと特訓開始！だが、何度やってもうまくいかない。だが、このフカマル、実はすごい力を秘めていた！！
ドラゴンタイプにわざを教える、タツばあさんのもとを後にしたサトシたちは、森を抜け、とある町に辿り着いた。その町の入り口でサトシがある違和感に気付く。誰かがサトシの足をつついている！？よーく見てみるとそこにいたのは、タツばあさんのところにいたフカマル！どうやらサトシを気にいってついてきたらしい。そんなフカマルを見たサトシは、一緒に来るか！？と誘い、モンスターボールを投げる！新たな仲間ゲットだぜ・・・と思ったのもつかの間、フカマルはモンスターボールから飛び出してしまった！不思議に思うサトシたち。そこに登場したのは、フカマルゲットに闘志を燃やすジュン！このフカマル、ゲットするのはジュン？サトシ？
アサツキタウンへ向け旅を続けるサトシたちは、途中の森で暴れまわる"じばポケモン"ジバコイルに遭遇！大きな体を振り回し、暴走するジバコイルはすごい勢いで町の方へ下って行った！もしそのまま町で暴れたら・・・。急いで後を追ってみると、予想通り町では多くの被害が！なんとかして止めようとするサトシたちは、ジュンサーさんと協力してバトルを挑む！だが、圧倒的なジバコイルのパワーを前にあえなく敗れてしまう。原因を突き止め解決するため作戦会議をしていると、そこに現れたのは同じく暴走するメタグロス！二匹は互いを見つけるやいなや、激しいぶつかりあいを始める！この異常な事態！サトシたちは止めることが出来るのか！？
旅を続けるサトシたちは、途中の小川で休憩をとっていた。河原で遊ぶポケモンたち。その時！足を滑らせたフカマルが川の中に！だが、急いで助けようと川へ飛び込んだブイゼルが救出に成功！一安心の一同。するとそこに突如二つの影が飛び出してきた！その正体は、ポケモン格闘家・キジュウロウと相棒のバリヤード。鮮やかなブイゼルの救出劇に感心し、ブイゼルにバトルを申し込んできた！当然やる気のサトシとブイゼルは早速バトル開始！勢いよくたたみかけるサトシたちだったが、バリヤードの強烈な『かみなりパンチ』の前にノックアウトされてしまう。リベンジを誓うサトシたちは、ブイゼルの新たなわざ『れいとうパンチ』の特訓を始めるのだが・・・。
コンテストの開かれるアサツキタウンへ向け旅を続けるサトシたち。その道中、道の真ん中に巨大なトランポリンを見つけ、ピカチュウとポッチャマは大はしゃぎ！その時、空から"いねむりポケモン"カビゴンが降ってきて、ピカチュウたちを跳ね飛ばしてしまった！戸惑うサトシたちのもとに現れたのは、カビゴンのトレーナー・ユウタ！彼は科学的トレーニングによってポケモンを鍛えているのだという。科学の力より、絆の力を信じるサトシは、自分と違うタイプのトレーナーに興味しんしん！早速バトルを挑む！だが、ユウタはその申し出を断り、なんとバトルではない対決を申し込んできた！それはポケスロンと呼ばれる競技！この対決、勝つのはどっち！？
ついに、ヒカリ５個目のリボンがかかるポケモンコンテスト・アサツキ大会の日がやってきた！この大会はダブルパフォーマンス！当然マンムーとヒノアラシの新コンビネーション『フレイムアイス』の練習に気合が入るヒカリ。そこに"おうえんポケモン"プラスルと"おうえんポケモン"マイナンの姿が！可愛らしい二匹の登場にヒカリも興味しんしん・・・と思いきや、その姿を見た途端に大慌ての大騒ぎ！しまいには、目を回し倒れてしまった！どうやらヒカリには、プラスル・マイナンに苦い思い出があるらしい。しかもこの２匹、なんとライバル・ウララのポケモンだった！いきなり大波乱のアサツキ大会！リボンの行方はいかに！？
なんとか１回戦を勝ち抜いたヒカリは、ついにライバル・ウララと激突することに！ヒカリが選んだのは、『フレイムアイス』の猛特訓を積んだマンムーとヒノアラシ。対するウララは、ヒカリが苦手とするプラスルとマイナンをフィールドへ送り出す！先に仕掛けたのはヒカリ！マンムーのこおりのつぶてを飲み込むパワーアップ作戦で、華麗な先制攻撃！そこからたたみかけるようにわざを繰り出すマンムーとヒノアラシだったが、実はウララには切り札となるわざが・・・。両者ともにグランドフェスティバル出場がかかる大事な一戦！果たして勝つのはウララか！それともヒカリか！このバトル、絶対に見逃せない！
次なる目的地、ナギサシティへと向かうサトシたちは、その道中でジュンに出会う。何やら誇らしげなジュン。その理由はバッジケースの中にあった！なんとジュンのケースの中にはナギサジムに勝利した証、ビーコンバッジが！自信をみなぎらせるジュンは、勢いそのままにバトルを挑んできた！選んだのは当然エンペルト。それに対しサトシはモウカザルを送り出す！だが、相性で不利なモウカザルは、エンペルトの強烈なハイドロカノンを受けてそのまま森の中に飛ばされてしまった！急いで駆け寄るサトシたち。するとその時！森の奥からすさまじい勢いの炎が！顔を見合わせる一同、これはまさか・・・。
８個目のバッジゲットのため、ナギサシティを目指すサトシたちは、でんきタイプに有利なじめんタイプのフカマルがもつわざ『りゅうせいぐん』の特訓中！だが、この『りゅうせいぐん』何度やってもポッチャマに当たってしまう困った癖があった。フカマルが仲間になってから、幾度となく『りゅうせいぐん』をくらい続けたポッチャマ。例に違わず、今日も直撃！そしてついにポッチャマの怒りは頂点に！！しまいにはサトシたちのもとを飛び出してしまった！怒りと悲しみの中、森をさまようポッチャマ。その姿を見つめる怪しい影。ポッチャマが顔を上げると、そこに現れたのは『ポケモンお助け委員会』と名乗る集団だった！だがその正体は・・・。
シンオウ地方最強のジムリーダー・デンジのいるナギサシティに到着したサトシたち。早速ナギサジムに向かうも、そこには目を疑うような光景が！なんと、ジムの前にバッジが山のように置いてあり、戦わなくてもゲットできるようになっているのだ！努力して勝ってこそバッジには意味があると怒るサトシ。どうにかして中に入ろうとするのだが、ハイテクジムの警備マシーンに捕まってしまう！その時、一閃の光と共にゴウカザルが現れ、サトシをピンチから救ってくれた！突然のことに驚くサトシたちの前にさらなる衝撃が！そのゴウカザルのトレーナーは、四天王のオーバだったのだ！シンオウ最強のジムリーダーと四天王。２人の関係は一体！？
ナギサシティの人々の生活を支えるナギサタワー。その町のシンボルに忍び寄る怪しい影・・・。ナギサジムで激しいバトルを続けるサトシ。すると突然ジムの電気が消えてしまった！デンジが言うには、どうやらナギサタワーに異常が発生し、町の電力供給がストップしてしまったらしい！デンジに連れられ急いでタワーへ向かうと、なんとタワーが根こそぎなくなってしまっているではないか！驚くサトシたちが見つけたのは、謎のタイヤの跡。たどっていくとその先には見覚えのある三人組の姿が！そう、この強奪事件の犯人はロケット団！シンオウ征服のため、このタワーを利用するつもりなのだ。この事件、一体どうなってしまうのか！？
グランドフェスティバルの行われるレイクサイドリゾートに向け旅を続けるサトシたちは、とある海沿いの町にやってきた。そこで３人を待っていたのはヒカリのママ！なにやら事情があって手伝ってもらいたいことがあるのだという。その手伝いとは、なんとポケモンスクールの先生！まだトレーナーになれない子供たちに、ポケモンのことを知ってもらう教室を１日任せたいというのだ。この話にサトシたちは興味しんしん。喜んでスクールへ向かうことに！だが、集まった子供たちの中に、どうしても言うことを聞いてくれない、いたずら好きの少年が・・・。なんとかしようと頑張るサトシたちだが、事態は思わぬ方向に！
旅を続けるサトシたちが川沿いで一休みしていると、川の上流から一匹の"おおあごポケモン"オーダイルが。このオーダイル、よく見てみると何かを背負っている！急いで駆け寄ったサトシたちが目にしたのは、気を失った一人の少年！なんとか目を覚ました少年はナツヤと名乗ると、自分はポケモンレンジャーで、ある特別なミッションを行っている最中だと明かす！しかし、ナツヤの腕からは、ポケモンレンジャーにとって最も大切な道具、『キャプチャスタイラー』がなくなっていた！この状況に協力を申し出たサトシたち。果たしてこのミッション、クリアすることが出来るのか！？
旅を続けるサトシたちは、それぞれの目標に向け特訓中！そんな中、すぐ脇を流れる川に一隻のボートを発見。しかもボートの中には眠ったままの女の子が！このまま流されるとその先は巨大な滝！だが、危険を察知したタケシがいち早く川に飛び込み、ギリギリのところで女の子の救出に成功！目覚めるのを待つことに。しばらくして目覚めた彼女の名はマイ。何やら不思議な雰囲気をかもしだすこの少女に、サトシたちはたじたじ。話を聞くと、マイはある場所へ急いで向かわなければならない理由があり、そこへ向かう手助けをしてほしいらしい。だがこのマイという少女、実はとんでもない秘密を抱えていた！
旅を続けるサトシたちは、とある町でヨーシチという少年に出会った。この少年、まだ駆け出しのトレーナーで、大事な相棒"ひだねポケモン"ブビィを育てやに預けて強くしてもらっているのだという。だが、よく話を聞いてみると、その育てや、どうも怪しい。急いで育てやがあった場所に向かってみると、不安的中！やっぱりニセモノの育てやだったのだ！途方に暮れるヨーシチ。だがこの町には、ポケモンのことならなんでもわかる、キックーノという人がいるらしい！町の一角で出会えたキックーノ。しかし、タケシだけは気づいてしまった。このキックーノがとんでもない人物だということに・・・。
レイクサイドリゾートを目指すサトシたちは、その途中、カタクリタウンを訪れた。丁度コンテストが開かれていることもあり、見学しに行くことに。するとヒカリの姿を見つけた一人の女性が声を掛けてきた！フリージアと名乗ったその女性は、ヒカリにあるお願いがあるという！それは、なんと１日王女様と入れ替わってほしいという、とんでもないお願いだった！とにかく話を聞くために王女様のもとへ向かう一行。そこで目にしたのは、ヒカリにそっくりなサルビアという王女様！？しかもサルビア王女はコンテストにとても憧れていて、どうしても出てみたいのだという！驚きの入れ替え出場、結末はいかに！？
ついに目前に迫ったグランドフェスティバル！新たな仲間、トゲキッスをゲットしたヒカリは早速特訓開始！優雅な動きで飛び回るトゲキッス。その姿に感心するサトシたちだったが、ヒカリだけはなぜか浮かない表情。どうやら上品なトゲキッスには、わざを出す前に優雅な動きを入れてしまうクセがあるらしい。そのせいか、なかなか演技もバトルも思うようにいかず、ヒカリは思い悩んでいたのだ。 なんとかしてそのクセを直そうとするヒカリだが、どうしてもうまくいかない。そこに、その優雅さにひかれたロケット団が登場！トゲキッスに大ピンチが訪れる！果たしてヒカリはこの危機を乗り切れるのか！？
レイクサイドリゾートに向け旅を続けるサトシたちは、とある広場で特訓中！すると、ランチを作っていたタケシのところにポッチャマがやってきて、みんなの分を食べだしてしまった！驚きながらも止めようとする一同。だが、ポッチャマは一向にやめようとしない。そこになんと、ポッチャマがもう１匹現れた！どっちがヒカリのポッチャマ？と戸惑っていたサトシたちの元に、一人のトレーナーの声が。その声を聞いた瞬間、１匹のポッチャマが光に包まれ姿を変えていく！そう、実はこのポッチャマ、"へんしんポケモン"メタモンがへんしんしていたのである。メタモンのトレーナー・マキナは、自信満々でサトシにバトルを仕掛けてきたのだが・・・。
長かったリボンゲットの道。そして、ようやく辿り着いたグランドフェスティバル！ついにその華麗で激しい戦いの火ぶたが切って落とされる！レイクサイドリゾートに到着したヒカリたちは、まず参加者が集まる開会パーティーへ向かうことに。そこには、今まで幾度となく激戦を繰り返してきたノゾミをはじめとするライバルたちの姿が。それぞれが熱い思いを抱える中、いよいよ１次審査が始まる！ヒカリが選んだのはヒノアラシとミミロル。美しいコンビネーションで氷と炎を織り交ぜた演技を披露！今までにない緊張感の中、果たしてヒカリとポケモンたちは１次審査を突破できるのか！？
見事２次審査へと駒を進めたヒカリ。いよいよ次はコンテストバトル！気合十分のヒカリとポケモンたち。今回はマンムー・パチリスコンビの、特訓を重ねた "氷のシャンデリア"で勝負に出ることに。そんなヒカリの前に立ちはだかる相手は、１次審査で今まで誰も見せたことがない強烈なパフォーマンスを披露してきたウララ！ヒートアップする会場、いざバトル開始！先に仕掛けたのは、勢いそのままに波に乗るウララ。ガバイトとブースターのコンビネーションがさく裂する！その後も一気にたたみかけるウララに対して、ヒカリたちはなかなか流れに乗ることが出来ない。この状況を逆転するには、大技で勝負するしかない・・・。果たしてこのバトル、勝つのはどっちだ！？
華麗なる祭典、グランドフェスティバルもいよいよ大詰め！セミファイナルへと駒を進めた４名の熱いバトルが繰り広げられる！まずはノゾミＶＳナオシ。実力者同士の試合は、予想通りの激しく、美しいバトルになった。ノゾミが選んだのはリーフィアとムウマージ。対するナオシはコロトックとミミロップを送り出す。バトル序盤、くさタイプ・むしタイプでのバトルを得意とするナオシの、意表を突くミミロップでの演技がさく裂！ポイントで大きくノゾミを引き離す。その様子を不安げに見つめるヒカリ。だが「ファイナルで会う約束」を果たすため、絶対に負けられないノゾミは怒涛の反撃に出る！果たしてこのバトル。最後に笑うのはどっちだ！？
コンテストに出場するトレーナーたちにとっての最大の夢、トップコーディネーター。いよいよ、その栄光の座を賭けたファイナルが始まる！ここまで、強力なライバルたちとの激闘を勝ち抜いてきたヒカリ。そしてファイナルで戦うのはヒカリにとって最高の親友であり、最大のライバルでもあるノゾミ。二人が初めて出会ったコトブキ大会で交わした約束。「いつかファイナルで戦おう」この約束に込められた互いの思いを確かめ合うように繰り広げられる、激しくも華麗なバトル！泣いても笑ってもこれで最後のパフォーマンス！果たして栄冠を勝ち取るのはヒカリか、それともノゾミか！？
グランドフェスティバルを終え、最後のバッジがかかるナギサシティへ向かうサトシたちの前に、毎度おなじみロケット団が現れた。だが、彼らの作戦は今回もあえなく失敗。空の彼方へと飛ばされてしまう。そして見知らぬ土地で目を覚ましたムサシたち。あたりを見回すと・・・一緒にいたはずのニャースがいない！？実はニャースは、道で気絶していたところを救ってくれたニャルマーに一目ぼれ！すっかり夢中になっていたのだった。「ニャーはしあわせだニャー・・・」しかし、そんな楽しい時間はあっという間に過ぎるもの。合流したムサシたちに無情にも連れ戻されてしまったニャースは、ニャルマーを忘れられず、とんでもないことを思いつく。翌朝、ムサシたちが目を覚ますと、ニャースは姿を消し、「ロケット団をやめます」という手紙が残されていた・・・・・・。
待ちに待った、ナギサジムジムリーダー・デンジとの再戦の日がやってきた！気合いを取り戻したデンジの実力は、シンオウ地方最強のジムリーダーと呼ばれるほど。サトシは特訓を重ね、ピカチュウ、ゴウカザル、ドダイトスで挑む！お互いの１体目はドダイトスとエレキブル。タイプの相性で圧倒的有利のドダイトスがまずは勢いに乗って攻撃を繰り出す！だが、決めにいったサトシのドダイトスがロッククライムを繰り出した瞬間。エレキブルの手が淡く光りだし、突進してくるドダイトスに、れいとうパンチが一閃！完全なデンジの対策にまんまとやられてしまうサトシ。緊迫した好勝負！果たして勝負の行方は！
シンオウリーグの開かれるスズラン島へ渡ろうとナギサシティを訪れたサトシたちは、ケンゴと出会った。何やら誰かとコンテストバトルをしているようだ。その相手とはなんと、ジョウト地方アサギジムのジムリーダー・ミカン！意外な再会に驚くサトシたち。次のグランドフェスティバルへ向けての特訓中だというケンゴの話を聞き、自分はこの先どうするのだろう･･･と迷うヒカリ。そんなヒカリの様子を見たケンゴの口から思わぬ言葉が！ それは、サトシとのバトルに勝ったら一緒に旅をしてほしいというものだった！突然の事態に戸惑うヒカリをよそに、ケンゴにとって一世一代のバトルが始まる！果たして結末は！？
ついにシンオウリーグ開催の地、スズラン島へと向かう船に乗り込んだサトシたち。まだ見ぬライバルとの出会いに胸躍らせるサトシのもとに、１人のトレーナーが現れた！彼の名はバク。なにやらリーグとは違う目的でこの船に乗り込んだらしい。話を聞いてみると、バクは世界のあちこちに眠る『お宝』を探すトレジャーハンター！そしてなんと、次に狙うお宝がスズラン島の近くに眠っているという！ お宝を探すカギは、バクが海底で見つけた地図。そしてその地図には謎のポケモンたちの姿が描かれていた･･････。ここで会ったも何かの縁、サトシたちはリーグ前の肩慣らしもかねてバクに協力することに！だが、そのお宝が眠る島にはとんでもないヒミツが隠されていた！はたしてバクとサトシたちは、島に眠るお宝を見つけることが出来るのか！？
ようやく辿り着いたシンオウリーグ開催の地、スズラン島。シンオウ地方各地のジムリーダーとのバトルを勝ち抜いたつわものたちが、今ここに集結する！これからのバトルは、今まで以上に一瞬たりとも気の抜けないバトル。となればメンバー選びにも慎重を期さないといけない。そこでサトシは、今までの旅でゲットした全てのポケモンたちからメンバーを選抜することを決める。久々に会うかつての仲間たち。ワニノコにヘイガニ。カビゴンやベイリーフにヒノアラシ！だけど感動の再会は思わぬハプニングの連続！会場のキッチンでカビゴンは勝手にお食事！ワニノコたちは公園の噴水で大暴れ！ようやく辿り着いた大舞台、本当にこれで大丈夫！？
サトシ１回戦の相手は、ポケモン吟遊詩人のナオシ！グランドフェスティバルにも出場し、ノゾミとの激戦を演じたのは記憶に新しい。ナオシ、サトシ。それぞれの目指す強さ、これまでの旅の全てがフィールド上でぶつかり合う！むし・くさタイプを得意とするナオシは、ロズレイドを１体目に送りだす。対するサトシは相性で有利なムクホーク！だが、先に主導権を握ったのはナオシとロズレイド！独特のリズム・戦術から繰り出される怒涛の波状攻撃の前に、ムクホークはなかなか攻略の糸口を掴めない。最初の１体目を失うのは、この短期決戦で圧倒的不利になる。そんな焦りからか、勝負は思いもかけない展開を迎えることに・・・！
ナオシとの激闘を制したサトシは順調に２回戦も突破！舞台はリーグ三回戦を迎えようとしていた。対戦相手決定の瞬間、サトシの相手は"七色のバトルスタイルをもつ"曲者コウヘイ！相手も決まり気合いを入れるサトシ。だが、その横で更に燃える男が...。それはジュン！対戦相手が憧れていたシンジに決まったことで、感情を抑えられないようだ。その一方、いつも通りの表情を崩さないシンジ。全く対照的な二人だが『バトルに勝ち続け、優勝する』という目標は同じ。やはりバトルは熱い展開に！両者一歩も譲らない好勝負。果たして勝利するのはどちらだ！？
ライバルたちの激闘を目の当たりにしたサトシ。次の相手はコウヘイ！変幻自在のバトルスタイルを前に一体どんなバトルを繰り広げるのか。そして始まる３回戦！互いの最初のポケモンはツボツボとフカマル！サトシはスピードのあるメンバーで、一気に勝負を決めようとしていた。序盤はその作戦が大成功！コウヘイのポケモンたちを圧倒していく！だが、やはり強敵ぞろいのシンオウリーグ、一筋縄ではいかない。コウヘイがヨノワールを繰り出した瞬間、バトルの流れは大きく変わった！その理由は、ヨノワールのわざ『トリックルーム』！果たしてこのわざの持つ恐ろしさとは！？
シンオウ地方の旅が始まった時から、最大にして最強のライバル・シンジ。戦い方、ポケモンとの付き合い方、育て方。なにもかもがサトシとは正反対。今までも幾度となく衝突を繰り返してきた二人だが、エイチ湖でのフルバトルを経て、サトシはシンジを。シンジはサトシを。少しずつだが認め始めた。そんな二人が、もう一度フルバトルを約束した地、それがシンオウリーグ。決して交わることのなかった二つの線が、夢の舞台で交差する！史上最大のフルバトル、サトシＶＳシンジ！二人にとっての本当のシンオウリーグがついに始まる！
バトル序盤は勢いに乗ったサトシがシンジをリードする展開。しかし、シンジの３体目"ばけさそりポケモン"のドラピオンがフィールドに現れて流れは一変！大きな尻尾と強烈な『ミサイルばり』でサトシのポケモンを追い詰めていく。そんな悪い流れを断ち切ろうと、サトシがフィールドに送りだしたのは、最大のパートナー・ピカチュウ！一方のシンジも一旦ドラピオンを下げ、新たなポケモンを送り出す。怪しげな雰囲気と共に現れたのは"ゆきぐにポケモン"のユキメノコ！ゴーストタイプをもつユキメノコは、サトシたちをあざ笑うかのように宙を舞う！果たしてサトシたちは再び流れを取り戻すことが出来るのか！？
最高の舞台でのバトルもいよいよクライマックス！お互いのこれまでの旅、その中で見出したそれぞれが目指す『強さ』。サトシ、シンジ、二人のトレーナーとしての生き方に答えが出される瞬間がやってきた！フィールドで次の相手を待ち構えるサトシのゴウカザル。かつてのトレーナーであるシンジをみつめる眼差しには、サトシと共に旅をしてきたことで芽生えた自信に満ちている。対するシンジは信頼のおけるパートナー、エレキブルをフィールドに送りだす。ゴウカザルのマッハパンチがバトル再開の合図！出会うべくして出会った二人の最後のバトル、その先に待つ結末とは・・・。
最大のライバル・シンジを激闘の末破ったサトシは準決勝にコマを進める。そしてその対戦相手は、今大会最強ともうたわれるトレーナーのタクト。なんとこの男、ここまでの全ての試合をたった１体のポケモンだけで勝ち進んできたのだ！しかもそのポケモンとは"あんこくポケモン"ダークライだが、どんな奴が相手だろうとひるむわけにはいかない。目前に迫った優勝に向けて、後は勝ち続けるのみ！そして始まる準決勝、サトシが１体目に選んだのはヘラクロス！一方のタクトは、やはりダークライを送り出す！相性こそサトシ有利のスタート。しかしタクトがみせたのは、そんなものを全てかき消すような驚くべきバトルだった・・・。
シンオウリーグを終えたサトシ、ヒカリ、タケシの３人は、ヒカリの故郷フタバタウンに向かう船に乗っていた。長かった旅も少しずつ終わりに近付いている・・・。そんな寂しさを噛みしめていると、そこに１匹のピチューが。思わず顔がほころぶ３人。それもそのはず、その後ろから次々とピィにププリン、ルリリにヒメグマなどの可愛いポケモンがやってきたのだ！甲板は途端に和やかなムードに包まれる。しかし、その船の下、海底では恐ろしいことの前兆が起きていた。平和に暮らしていたドククラゲをロケット団が刺激したせいで、怒ったドククラゲたちが海面に向かってきていたのだ！そんなことには気づくはずないポケモンたち。そして、事件は起こった・・・！
ヒカリの故郷、フタバタウンにやってきたサトシたち。長いようであっという間のシンオウ地方の旅もいよいよ終わりの時を迎えようとしていた。カントー地方へ向かう船が出る時間まであと少し。別れを惜しむ３人、そして同じように寂しさをこらえるポケモンたち。だが、どうしても気持ちを抑えきれなくなったポッチャマの目からは、ポロポロと涙が・・・。
まだ見たことのないポケモンたち･･･。まだ行ったことのない町･･･。未知なるものに出会うため、新たな冒険の地、イッシュ地方に降り立ったサトシとピカチュウ！新天地での冒険に胸をふくらませていると、そこに現れたのは、この地方のポケモン研究の権威、アララギ博士！早速研究所に向かおうとしたのだが、その時、突然空に黒い雲が現れ、雷鳴が響き渡った！その中心には、黒い巨大なポケモンのような影が。そして次の瞬間！その影から放たれた一筋の稲妻が、サトシのピカチュウに直撃！ほおぶくろをスパークさせ苦しむピカチュウ。急いで博士の研究所へ向かい、詳しく検査をすることに。だが、検査の結果は思いもかけないものだった･･･。なんとピカチュウはでんきタイプのわざが使えなくなっていたのだ！波乱の幕明けとなった２人の旅、一体どうなってしまうのか！？
ピカチュウの身に起きた異変に戸惑いながらも、イッシュ地方の旅に出ることを決めたサトシたち。まずはこの地方のポケモンをゲットしようと森の中を進んでいく。すると目の前の草むらがゴソゴソと揺れているのを発見！急いで図鑑を向けてみると、そこには"キバポケモン"キバゴがいるとの表示が！早速ゲットとモンスターボールを投げるサトシ！だが、ボールが当たった草むらの中から聞こえたのは人間の声！？そして、勢いよく飛び出してきたのは、キバゴではなく一人の女の子！彼女の名前はアイリス。そしてお目当てのキバゴはアイリスの髪の中！果たして、この謎の少女の正体は･･･！？
まずは最初のジムがあるサンヨウシティを目指すサトシ。そして、なぜか一緒についてくるアイリスは、その道中、ダンという名の少年に出会う。彼の家は近くにある温泉リゾートで、自慢の砂風呂があるらしい。早速入らせてもらうと、砂のあちこちに"さばくワニポケモン"メグロコの姿が！ダンが言うには、普段はとっても大人しくて、トレーナーと一緒に砂風呂を楽しんでいるのだという。だが、そんなメグロコたちが、突然ものすごい勢いで地面を掘り始めた！ 巻き起こる砂煙の先に現れたのは、サングラスをかけたメグロコ！驚くサトシたちをよそに、大きな口でピカチュウとキバゴ、そしてこっそり後をついてきていたミジュマルを連れて行ってしまった！一体このメグロコの目的とは！？
サンヨウシティに向けて旅を続けるサトシたち。途中立ち寄った町で、面白い施設を見つける。それは『ポケモンバトルクラブ』と呼ばれる、トレーナーが自由にバトル出来る場所だった。やる気満々のサトシは猛スピードでバトルクラブへ！出迎えてくれたのはクラブの支配人、ドン・ジョージ。話をしていると、イッシュ地方には珍しいピカチュウを連れているサトシに早速声がかかる。いざ、バトル開始！だが、一気に先制攻撃を仕掛けようとしたその時。けたたましい警報が鳴り響いた！どうやら、倉庫に何者かが侵入したらしい。カメラに写っていた映像を確認してみると、そこにいたのはなんと･･･！！
ついにやってきたサンヨウシティ！イッシュ地方初のジム戦を前に興奮を抑えきれないサトシの前に、デントと名乗る一人の青年が。デントは、アイリスとキバゴが仲良さそうにしている姿を見て、二人の相性はバッチリだと告げる。どうやら『ポケモンソムリエ』という資格を持っており、トレーナーとポケモンの相性などを見ることができるらしい。せっかくなので、話を聞きながらサンヨウジムまで案内してもらうことに。そして、目の前に現れたのは待ちに待ったサンヨウジム！戦闘モードで勢いよく飛びこむサトシ！だが、建物の中には目を疑うような光景が広がっていた･･･。
ジム戦を終え、ポケモンセンターでポケモンたちの疲れを癒していたサトシたち。するとそこに大慌てでキバゴを抱いたアイリスが駆け込んできた！腕の中のキバゴはうっすらとピンクの光に包まれ、すやすやと眠っている。話を聞くと、眠ってしまったキバゴがどうやっても起きないらしい！この状況に一同が困惑していると、そこに"ゆめくいポケモン"ムンナを連れた女性が現れた！彼女の名はマコモ博士。どうやらこの眠りの原因を知っているらしい。それを解決するために外へと飛び出したサトシたち。だが、目の前には驚くべき光景が！空から舞うピンクの光、緊急事態を告げるジュンサーさん。街はパニックに陥っていた･･･。
サトシ、アイリス、デント。共に旅をすることになった３人が森で一休みしていると、そこに"くさへびポケモン"ツタージャが現れ、デントが作ってくれたケーキを食べ始めてしまった！慌てて止めようとするピカチュウだったが、なぜか突然目がハートに！どうやら、ツタージャの『メロメロ』を浴びてしまったようだ。フラフラのピカチュウを見下すような目で見つめるツタージャは、素早い身のこなしで逃げてしまった。だが、そんな姿にメラメラと闘志を燃やす男、サトシ！絶対にゲットして見せると意気込み、追いかけっこがスタート！果たしてサトシは見事ツタージャをゲットすることが出来るのか！？
次なる目的地へ向かう途中、ポケモンたちと一緒に川辺でランチをしていたサトシたち。なごやかに過ごす一同、だがその時！ピカチュウとキバゴのポケモンフーズがなくなってしまった！誰の仕業かと辺りを見回していると、そこに現れたのは"だるまポケモン"のダルマッカ２体！追いかけるサトシたちを『かえんほうしゃ』で振り切って、あっという間に逃げてしまった。捕まえたいところだが、傷ついたポケモンたちの治療が先。急いでポケモンセンターへ向かうことに。しかし、なんとそこにも２体のダルマッカが！しかもまた食べ物を奪って逃げていくではないか！果たしてダルマッカたちの目的とは･･･！？
アイリスとキバゴ、デントとヤナップ。向かいあう二人はバトルの練習中！だが、まだまだパワー不足なキバゴにヤナップも手加減してわざを繰り出す。少しずつ強くなればいいとキバゴに語りかけるアイリス。いつも優しいアイリスが大好きなキバゴは、きのみをプレゼントしようと森の中に探しに行くことに。すると、高い木の上においしそうなきのみを発見！慌ててついてきたピカチュウの制止も振り切って、細い枝の上で思いっきり手を伸ばすキバゴ。きのみまであと少しと思ったその時！足元の枝が折れて真っ逆さま！落ちた先は"メガムカデポケモン"ペンドラーの上！驚いたペンドラーはキバゴを連れたまま暴れ始めてしまった･･･！
シッポウジムを目指し旅を続けるサトシたち。途中立ち寄った町で、ポケモンバトルクラブを発見！早速対戦相手を探すサトシ。するとそこにはシューティーの姿が！急いでバトルを申し込み、ドン･ジョージさんに頼んでライブキャスターに連絡をしてもらうことに。予期せぬ再戦に熱くなるサトシをよそに、いつも通りクールに登場したシューティーと５対５のバトル開始！サトシの１体目はミジュマル、シューティーは"のばとポケモン"ハトーボーを繰り出した。ホタチを使った独創的な攻撃を仕掛けるサトシとミジュマル！しかし、シューティーのハトーボーも負けじとわざを繰り出す！この勝負、勝つのはどっち！？
シッポウシティへ向け旅を続けるサトシたちは、その道中、岩を削り家を作っている"いしやどポケモン"イシズマイに出会った。珍しい光景を眺めていると、そこに新たに３匹のイシズマイが現れた！そのうちの１匹はひときわ大きな岩を背負っていて、まるで３匹のボスのよう。そのボスが見据えるのは、イシズマイが懸命に作った岩の家！そして次の瞬間、３匹は一斉にイシズマイへと襲いかかり、岩の家を奪い去ってしまった！その卑怯なやり方を見ていたサトシたちは、イシズマイに家の奪還に協力させてほしいと申し出る。最初は警戒していたイシズマイだが、徐々にサトシたちに心を開き、いよいよ作戦スタート！一体どうなる！？
旅の途中のとある道、目の前から三輪車に乗った子供たちが･･･。すると突然、子供たちが泥だんごを投げつけてきた！直撃をくらったサトシたちの横を大はしゃぎで通り過ぎる子供たち。さらに、その軍団の中にいた"ゴミぶくろポケモン"ヤブクロンが落ちていたサトシの大事な帽子を拾って行ってしまう！急いで追いかけようとするサトシたち。そこに、ユリと名乗る女性が声を掛けてきた。どうやらユリはさっきの子供たちが通う幼稚園の先生で、とても困っているのだという。話を聞くために幼稚園に向かったのだが、目の前の光景にビックリ！なんと、幼稚園にはゴミの山に囲まれた秘密基地が出来ていて、子供たちが立てこもっているというのだ！
シッポウジムに向けて旅を続けるサトシたち。そこに突然一人の少女がぶつかってきた！彼女の名はベル。アララギ博士に頼まれて、サトシにあるものを渡しに来たのだという。それはバッジケース！･･･だが、かばんの奥にしまわれていたケースは、埃まみれでドロドロになっていた。とはいえ、大事なケースを手にして上機嫌なサトシ。ところが、高々と掲げたバッジケースがいつの間にか手の中から消えていた！それと同時に走り去る１匹の"チンチラポケモン"チラーミィ！口には大事そうにバッジケースをくわえている！慌てて追いかけるサトシたち。ドタバタの追いかけっこ、一体どうなる！？
ついにシッポウシティに到着したサトシたち。当然目指すは、シッポウジムで勝利して２個目のバッジをゲットすること！気合満点のサトシと共に、いざシッポウジムへ！ところが、博物館を兼ねたシッポウジムの扉は固く閉ざされていて、しかも何だか様子がおかしい･･･。中を確認しようと扉に手を掛け、のぞきこんだその時！長い廊下の向こうから悲鳴をあげて一人の男性が走ってきた！あわたふためくその男性の名はキダチ。どうやらこの博物館の副館長で、とんでもないことに巻き込まれているのだという。そんなキダチの話を詳しく聞いてみると、なんと博物館中でおばけの仕業のような、奇妙な現象が連続しているらしい･･･！
After the Gym match, Cilan decides that he wants to go back to the subway so he can challenge the Subway Masters Ingo and Emmet in a match by collecting enough stamps. Ash and Iris decide that they want to see the rest of Nimbasa City, so they take another subway train to explore. They go to see the sports arenas, having a tennis match, and then head off to see a Pokémon Musical, before spending time at the amusement park. Ash spots an Axew with a bow on her tail, and they take her with them upon realizing that it has lost its trainer. In the subway, Cilan meets up with a trainer named Erina who says she has lost her Axew. Ash and Iris go back to the trains, when the Axew runs off to someone who she thinks is her trainer, but it is another trainer whose Swadloon is not happy to see Axew. In the fray, Iris's Emolga uses Discharge on everyone in the train car. A subway guard reprimands them after the incident, when Erina's Axew gets an idea to leave a note for Erina by stamping her hand into the stamp ink and then Iris drawing a ferris wheel on a stamp sheet, indicating that they will be waiting at the amusement park. As Cilan and Erina get off a train at the same station, she sees the stamped card and asks Cilan to come with her to the amusement park. Cilan realizes it is the last stamp he needs in order to face the Subway Masters and heads with her. Eventually, Ash and Iris meet up with Cilan and Erina, and Erina is reunited with her Axew. Cilan reveals they went to see Ingo and Emmet to find Ash and Iris, and just as Cilan prepares to hand in his card for his Battle Subway challenge, he realizes he is missing one stamp. However, Erina has the missing stamp, and the Subway Masters allow it to count for Ash and Cilan, to challenge them, in a two-on-two match. Ash sends out Tepig and Cilan sends out Pansage, while Ingo sends out Chandelure and Emmet sends out Eelectross. While Pansage and Tepig give a good fight, Chandelure and Eelectross knock them out. The Subway Ma
As Ash, Iris, and Cilan leave Nimbasa City, they pass through a street festival and meet back up with Trip. Ash shows that he has won his fourth Gym Badge, but Trip shows that he has five Badges. He retells his story of what pushes him to be a Pokémon Master when they spot the Unova League's Champion Alder bothering an Officer Jenny, and hitting on her. After introductions, Ash challenges Alder to a match: Bouffalant vs. Pikachu. Bouffalant's strong defenses prevent Pikachu from winning, but a badly-targeted Afro Break from Bouffalant hits Alder, ending the match abruptly. The event causes Trip to lose faith in his idol, and he leaves. At a Pokémon Center, Alder hits on Nurse Joy, before he has lunch with Ash and his friends. Their lunch is interrupted when Nurse Joy tells him that a Gigalith is rampaging in the festival. After tempting it with an apple and failing, Alder manages to stop the rampaging Pokémon with his bare hands, flipping it over. This allows Alder to spot a nail digging into the Gigalith's foot and he removes it, cheering up the Gigalith. Officer Jenny goes to scold Alder for his reckless actions when a light pole nearly falls on her, until the Gigalith saves her. After they see the Gigalith off into the forest, Alder takes Ash and his friends to the Driftveil Drawbridge to see them off on the rest of their journey.
On the way to Driftveil City, Ash and Iris decide to have a Pokémon battle with Scraggy and Axew. After knocking each other out, they take a break and play with each other. Scraggy runs into a Gothita which immediately gets fixated on Scraggy. They meet its trainer, Katharine. They eat lunch together after introducing themselves. Gothita takes a liking to Scraggy that it wants Katharine to trade Scraggy with one of her Pokémon. Ash explains that he is not interested in trading and that he wishes to raise them on his own. Gothita gets upset and wants to have a battle and the winner gets Scraggy. Ash refuses but gets taunted by Katharine. He accepts the challenge and chooses Tepig while Katharine chooses Mandibuzz. They battle it out with Tepig winning the battle and Scraggy staying with Ash. It begins to rain and they all spend the night in a cabin together. Gothita wakes up and wakes Scraggy and they leave the cabin together. Gothita tries to charm Scraggy into coming with it. Meanwhile, Axew has a bad dream a wakes up to find both Gothita and Scraggy missing. Snivy follows shortly to see what is going on. Soon after Pikachu wakes up to find everyone missing and the gang soon follows to find everyone. Axew and Gothita fight until it wakes up a Garbodor and begins to attack everyone. When they reunite they fight and eventually calm down the Garbodor using Katharine's Deerling. Gothita gets agitated with Snivy and wants to battle it first thing tomorrow. They have a fierce battle and in the end Snivy wins. Gothita gets upset and taunted by Snivy and runs away. They abruptly depart from the gang and their journey continues to Driftveil City.
Continuing to Driftveil City, Ash and Cilan decide to have a practice battle. However, the battle is brought to an early end when two Deino show up and cause disruption. They begin to try to catch them, but the Poké Ball fails. A daycare worker named Bobby shows up claiming that he is watching them. The gang accompany Bobby to the daycare where they see various Pokémon having fun. They offer to help him out at the daycare for a while until Pikachu and Axew find a shy Deino. They discover that it does not want to come out and it does not eat its food, and Iris decides to get Deino to come out of its shell. Bobby gives them a cart full of Pokémon food that they distribute among the Pokémon. At the end of the day, everybody is worn out and they all grab a bite to eat. Iris is trying to get Deino to come out, but still has no luck. Meanwhile, Team Rocket is heading to Milos Island for their next plot. Everybody is sleeping when Pikachu and Ash notice that Iris missing. CIlan wakes up and they all go out to find Iris and Axew telling a story to the shy Deino, which starts to come out a little bit. The next day, they feed and play with the Pokémon. Deino still does not come out until late night where it begins to try some Pokémon food. The next day, the gang find that it has eaten all of the food. Two trainers have come to pick up their two Deino. The shy Deino comes to Iris asking for its trainer. They decide to wait together for its trainer to come. They next day has come and Deino's trainer still has not come. Iris decides to stay at the daycare until Deino's trainer picks it up, and the others decide to stay and help out as well. Another day ends and the shy Deino's trainer still has not come to pick him up. Suddenly a trainer into dancing comes in to pick up his Pokémon, and Iris thinks he is Deino's trainer. Iris asks Deino to come with her, but its trainer finally appears to pick it up and explains that he got lost in Chargestone Cave going after a Tynamo. Iris wat
Ash and the gang have arrived in Driftveil City and they decide to go to the Gym. They run into the gym leader where he claims he does not have time to do gym battle and that he has to examine a new vein. They decide to go back to the Pokémon Center until they come across a man named Charles. They go to the Driftveil Market together where the gang receive merchandise for being with Charles. Suddenly a Ducklett starts stealing food from the market and uses Scald on Ash when they give chase. Ducklett meets up with a thief in the car and they take off. Suddenly a character who goes by Mighty Hero Accelguard appears who has come to defeat the thief. He performs an Accelguard kick but lands on the pavement. Accelguard orders Accelgor to intercept them and it uses Double Team. Accelguard uses his motorcycle to catch up to them but runs out of gas. Suddenly a Timburr appears and stops the car with its wooden beam along with its trainer Linda. Officer Jenny thanks Linda for her assistance and departs. They suddenly realize that Charles is Accelguard except for Ash. A Vanillite truck drives by and stop at a warehouse commandeered by Doctor Ferrara. They appear to be hijacking food from different sectors of Unova and storing it into their warehouse. Charles departs from the gang stating that Accelguard will make his appearance at the storehouse that night. Ash being clueless decides to head there at night. Meanwhile, Team Rocket yank out the Wind Wedge. Linda decides to check out the Vanillite freight truck and the storehouse it is parked by. The gang are heading down to the storehouse when Iris stops Ash and asks him why he does not go to Charles if he wants to see Mighty Hero Accelguard. They run into Charles, Ash still clueless, and they greet him. Linda inside the warehouse discovers all of the stolen food and gets caught by the Vanillite Gang. She calls out Timburr and they battle it out with her getting caught and tied up. Charles realizes what Linda has done and goes a
Ash is training for the upcoming gym battle with Clay until Cilan's brother Chili shows up. Chili challenges Cilan to a Pokémon battle and he accepts. Chili uses Pansear while Cilan uses Pansage. They begin to battle and Pansear loses the match. Pansear gets angry at Chili,Chili gets angry at Pansear and Pansear runs away. Cilan calls Cress who claims Chili ran away after contemplating why Chili lost gym battles one after another. They go to a doughnut shop where they find Chili eating his stress away. They are able to calm Chili down. After Chili explains what happens they set out to find Pansear. They find it eats its stress away too. Cilan sends Pansage to talk to it. Chili soon follows and asks Pansear for another chance. Meanwhile, Team Rocket pulls out the Thunder Wedge and destroys it. Cilan performs a compatibility test between Chili and Pansear. They are a perfect match. He suggests that Pansear should learn the move Solar Beam. They go to train Pansear to use Solar Beam by putting it through rigorous training. After it has completed its training, Pansear tries and succeeds in using Solar Beam. Cilan gives Chili some more advice on how to battle more effectively. After taking in his advice, Chili wants to battle and Ash offers to and decides to use Oshawott. They battle it out with Chili taking Cilan's advice and using it. Chili has Pansear enduring Oshawott's attacks to focus its rage into a Solar Beam that takes out Oshawott. Chili decides to head back home to apply his new strategy in battle. Nurse Joy comes running out saying Clay has returned to Driftveil City. Meanwhile, suspicious activity is building on Milos Island.
プラターヌ博士からハリマロンを貰って旅に出たばかりの少女・マノンはリザードンを連れた青年・アランと出会う。
ダイアモンドドメインと呼ばれる地下王国の唯一のエネルギー源であるハートダイアモンドは故障しており、交換する必要があります。 新しいハートダイヤモンドを作って王国を救うことができるのは、王国の王女であるポケモンディアンシーだけですが、彼女にはまだそれを作る力がありません。 ディアンシーは、命を与える伝説のポケモンゼルネアスに会うために旅に出ます。これにより、ディアンシーはハートダイヤモンドを作成する力を発見することができます。 ゼルネアスを何ヶ月も探した後、ディアンシーは見つけた街を探索しに行きます。 彼女はポケモントレーナーのアッシュケッチャムと彼の友人、ピカチュウ、セレナ、クレモント、ボニーに会います。 アッシュと彼の友人たちは、ゼルネアスに会うために彼女の探求にディアンシーに加わります。
ホウエン地方で起きたゲンシグラードンとゲンシカイオーガの激突はメガレックウザによって食い止められ、現場に現れた巨石もフラダリ達によってカロス地方へ輸送された。任務を終えたアランはカロスに帰還し、マノンも後を追う様に飛行艇で帰って来たのだった。 更なる強さを求める為、アランは負ければメガリングとリザードナイトXを没収されるという条件下でメガシンカを操るトレーナーとの10人抜き対決に挑む。その中、マノンのハリマロン（ハリさん）は実験対象にされた謎のポケモンと出会う。
ポケモンマスターを目指し、旅を続けるサトシとピカチュウ。母ハナコとトナリタウンで会う約束をするが、その道中でロケット団にピカチュウを攫われてしまう。ピカチュウを探すサトシは、不思議な少年・ハルトと出会う―。これは、サトシとピカチュウの冒険の日々の、とある１つの出会いを描いた物語。
今日はポケモンスクールのみんなで宿泊学習の日。ホクラニ天文台で、ながれぼしポケモン・メテノの観察をしている。そこでサトシたちは、たまたま地上に落ちているメテノに出会う。そのメテノと仲良くなっていくサトシたちだが、実はメテノというポケモンにはある秘密があった…
ついにはじまったアローラポケモンリーグ決勝戦、サトシVSグラジオ。サトシのメルメタルがシルヴァディに破れ、次に出てきたピカチュウがシルヴァディを倒し、ピカチュウとゾロアークのバトルが始まった！ 果たして初代アローラポケモンリーグ・チャンピオンに輝くのはどっちだ！？
アローラポケモンリーグの初代チャンピオンの表彰式。そこに突如ウルトラビースト・アクジキングが現れた！会場を破壊するアクジキングに対し、サトシたちやロイヤルマスク、しまキングたちが立ち向かう！
カントー地方にあるどこかの森に、ひとりぼっちのピチューがいた。 まだ幼いそのピチューは、ある出会いと別れを経験する。 サトシと相棒のピカチュウが旅に出る、その少し前。 アニメ「ポケットモンスター」すべてのはじまりの物語。
カントー地方のクチバシティにあるサクラギ研究所のリサーチフェロー(特別研究員)となったサトシとゴウ。 最初の仕事は、街で謎の大行進をしているフシギソウについて調査すること。 早速、街に出てみると、フシギソウたちはとある場所に向かっていた。 サトシとゴウがフシギダネ、フシギソウ、フシギバナの秘密に迫る！！
サクラギ研究所で開催される『ポケモンオリエンテーリング』でリーダー役をつとめることになったサトシとゴウ。参加者の子どもたちと一緒に、ポケモンバトルや、ポケモンゲットの楽しさに触れた二人は、改めてそれぞれの見果てぬ『夢』を再確認する。そこにまさかのルギアが現れて・・・！？
カントー地方にある全寮制の学校・セキエイ学園に入学した、パルデア地方出身の少女・リコ。初めてのポケモン・ニャオハをもらい喜ぶリコだったが、ニャオハは全然言うことを聞いてくれない…。ニャオハとの絆を深めようと奮闘するリコ。一方、リコが持つ「不思議なペンダント」を求め、彼女を探す怪しげな人物たちが現れて─！？
不思議なペンダントを狙う一団・エクスプローラーズに追われるリコ。空からリザードンと共に現れたフリードに助けられるが、彼のことも信用できない…。連れられたその先で待っていたのは、フリードの仲間「ライジングボルテッカーズ」と、彼らが乗る飛行船「ブレイブアサギ号」だった─！！
エクスプローラーズに連れ去られてしまったニャオハ。リコはニャオハを取り返すことを決意、フリードたちも協力してくれることになる。エクスプローラーズの隠れ家を突き止めたリコとフリードだったが、そこにはアメジオが待ち構えていた…！リコはニャオハを取り戻すことができるのか！？
故障によってカントー地方の離島に不時着することになったライジングボルテッカーズの飛行船。すると、船のポケモン・ホゲータがいつの間にかいなくなってしまっていた。ホゲータを捜すため、島に上陸するリコとニャオハ。一方、離島に住む少年・ロイは、島では見たことがない謎のポケモンを目撃して…！？
もう一度、ホゲータに会いたい―。そんな思いを胸に、ライジングボルテッカーズの飛行船にやって来たロイ。しかし不運が重なり、なかなかホゲータと会うことができない。迫る出航の時。ふたりは再会することができるのか…？そんな中、アメジオ率いるエクスプローラーズの潜水艦が飛行船に迫ってきていて―！？
リコとペンダントを狙うエクスプローラーズが島に上陸、ライジングボルテッカーズの前に立ちはだかる。リコとロイは協力し、ニャオハ、ホゲータのコンビネーションで善戦するものの、隙をついたアメジオとアーマーガアが迫り来る。その時、再び輝くリコのペンダント！そしてロイが持つ「いにしえのモンスターボール」にも異変が…！？
空の旅を続けるライジングボルテッカーズ。リコとロイは、ポケモンバトルで強くなるため、キャプテンピカチュウの特訓を受けることに…！圧倒的な実力を持つキャップを前に、全く歯が立たないニャオハとホゲータ。しかし、キャップとの特訓を通じて、リコはあることに気が付いて―！？
ライジングボルテッカーズの飛行船では、蓄えた食材が尽きかけていた。誰かがつまみ食いでもしているのか…！？仕方なく、食材補給のために手分けして買い出しをすることになったメンバーたち。一方、留守番係になったリコは、テキパキと洗濯や掃除の任務を完了。ロイから聞いた「とっておきの秘密」を覗いてみることに…！
リコの家があるパルデア地方に到着したライジングボルテッカーズ。リコは、フリード、ロイと共に家に向かい、父・アレックスの出迎えを受ける。久々の我が家でくつろごうとしたリコだったが、図らずも「これからはずっと家にいて欲しい」というアレックスの本音を聞いてしまう。始まったばかりのリコの冒険は、ここで終わってしまうのか…！？
リコの父・アレックスの導きで、ボウルタウンのジムリーダー・コルサに会いにきたリコとロイ。ふたりはボウルタウンで、チャンピオンランクのトレーナー・ネモと出会う！ネモと一緒に、コルサの元を訪ねるリコとロイだったが、現在ジムは閉鎖中…！？コルサの身に一体何が…。
コルサが黒いレックウザと遭遇したという森へ向かうリコとロイ。モリーも興味を持ち、同行することに。道中、3人は山火事の無残な痕跡を目にするが、目指す辺りはなんとか焼けずに残っていた。レックウザの捜索を始めるリコたちだったが、やがて3人バラバラになってしまう。そんな中、森に住むというオリーヴァにも動きがあり…！？
あらためて山火事の惨状を目の当たりにしたリコとロイ。リコは、そこで暮らしていた野生のポケモンたちのために、森を復活させようと思い立つ。ライジングボルテッカーズの仲間たちの力も借り、きのみを埋め、土を耕し、と奮闘するリコたち。その懸命な姿を見ていたオリーヴァに、ある異変が起こる！さらに、リコのペンダントが再び輝き出して…！？
リコの祖母がいるガラル地方へ、いざ出発―！…と思いきや、飛行船の制御システムにトラブルが発生してしまう。システムが復旧するまでの間、ピクニックをすることにしたライジングボルテッカーズ。仲間とサンドウィッチづくりを楽しむリコだったが、飛行船に残ったドットのことが気にかかり…。
ピクニックの途中で出会った変わったカイデンのことが気になり、再び会いに行くことにしたロイとホゲータ。なぜか群れから離れて1匹で過ごしているそのカイデンには、何やら事情がある様で…！？一方、フリードは飛行船近くに不審なポケモンがいるのを見つける。逃げるポケモンを追いかけた先で待ち構えていたものとは…！？
リコが買い物に出たまま行方不明に！ドットがネットで集めた目撃情報を元に、ボウルタウンを捜索するライジングボルテッカーズだったが、いくら探しても見つからない…。見えない敵の存在を感じ、緊張が走る一同。捜索を急ぐべく、切り札としてドットが連絡をしたのは…ハッコウシティのジムリーダーにして、人気動画配信者のナンジャモだった！？
何者かに奪われてしまったリコのペンダント。犯人はまだ近くにいると推理したライジングボルテッカーズは奪還作戦を開始する。ペンダントを探すリコたちだったが、突然、いにしえの冒険者・ルシアスがともに旅した六英雄と呼ばれるポケモンの一体であるオリーヴァが入った「いにしえのモンスターボール」が輝きだす。光に導かれ向かった先には…！？
ケンカしてばかりのカイデンとホゲータ。なかなか打ち解けない２匹に頭を悩ますロイは、キャプテンピカチュウを相手に協力してバトルをすることで絆を深めようと思いつく。しかし、バトルでも２匹の息は合わず、またまたケンカになる始末…。そんな中、空を往く飛行船・ブレイブアサギ号の前方に乱気流が発生して…！？
キャップが空を飛んだ―？バトル中に空を飛んでいる様に見えたキャプテンピカチュウ。その秘密を知るため、フリードを直撃するリコとロイだが、テキトーにはぐらかされてしまう。オリオや仲間たちの助けもあり、観念して語り出すフリード。それは、フリードとキャップの出会い。そして、ライジングボルテッカーズの結成にまつわる秘話だった…。
ガラル地方に到着した一行。リコの祖母・ダイアナがいるという古城には、目立つ飛行船を置いて陸路で向かうことになるが、電車が運休中のためエンジンシティで自由時間を過ごすことに。マードックと共にバトルカフェに向かったリコとロイは、そこで彼のかつてのパティシエ仲間・ミッチェルと出会う。しかし2人には何やら因縁があるようで…！？
エンジンスタジアムのジムリーダー・カブと出会ったリコとロイ。ホウエン地方出身のカブなら、同じくホウエン地方の伝説のポケモンであるレックウザのことを何か知っているかもしれないと話をしてみたところ、リコとロイの想いに心動かされ、トレーニングをしてくれることに。人生 死ぬまで修行 学びつづけよう！カブの炎の修行が、今、始まる―！！
カブから得た情報を元に、黒いレックウザを探しにガラルこうざんへと向かうリコとロイたちは、道中で気を失って倒れているミブリムを見つける。モリーの診断では、元気がないのは「心の問題」らしい。常に周囲の生き物の気持ちをキャッチしてしまうが故に、傷ついてしまうミブリム。放っておけないリコは、自分で面倒を見ることにするのだが…！？
黒いレックウザを探すため、再びガラルこうざんにやってきたライジングボルテッカーズ。探索中、フリードとはぐれてしまったリコとロイだったが、謎の鳴き声を聞き、奥へと進むことにする。そこには、なぜか気力が尽き、元気を失った人やポケモンたちの姿が！一方その頃、エクスプローラーズのアメジオたちもレックウザを追って鉱山にやってきていて…！？
ガラルこうざんにいたのは黒いレックウザではなく、ルシアスと旅した六英雄ポケモンの証、いにしえのモンスターボールを持つガラルファイヤーだった！激しい怒りに燃え、他者を寄せつけないガラルファイヤーに何とか近づきたいリコたち。バトルに勝つだけがトレーナーの道とは限らない―そんなジムリーダー・カブの言葉をヒントに立てた作戦とは！？
リコのペンダントは、不思議なポケモンへと姿を変えた。その正体を求め、リコの祖母・ダイアナの元へと向かったリコたちは、隠された古城で、ついに彼女との再会を果たす。ルシアスの冒険譚、そして不思議なポケモン「テラパゴス」について語るダイアナ。一方その頃、リコたちを追っていたエクスプローラーズのアメジオたちが古城に接近していて…。
テラパゴスを奪いに現れたエクスプローラーズのアメジオたち。古城を舞台に、激しいバトルが始まる！数々のバトルを繰り広げてきたフリードとアメジオ。今度の勝負の行方は？そして、数々の冒険を通じて成長してきたリコとロイは、ジルとコニアを退けることができるのか？さらにエクスプローラーズのハンベル、サンゴ、オニキスも参戦してきて―！？
リコの祖母・ダイアナも飛行船に同乗することになり、ライジングボルテッカーズは今日も空を往く。長い年月眠っていたテラパゴスにとって、飛行船は見たことのないものばかり。勝手にあちこちを冒険するテラパゴスに振り回されて、てんやわんやのリコ。一方、ニャオハはテラパゴスばかりに構うリコが面白くない様子で…。
ドットが入手した黒いレックウザの目撃情報から、ガラル地方・ワイルドエリアにやってきたライジングボルテッカーズ。しかし、その情報は嘘の情報だった…。悔しがるドットに、リコは一緒にカレーを作ろうと提案し、ワイルドエリアで休憩することに。その頃、エクスプローラーズ本部では、幹部が一堂に会していた…。
科学者たちは遺伝的に新しいポケモン、ミュウツーを作成しますが、結果は恐ろしくて悲惨です。
