海を漂う樽を、豪華客船レディ・メリィ号の水夫が引き上げた…。アニメーション『ワンピース』は海の上から始まる！ 樽から飛び出たルフィが、アルビダ海賊団の雑用係コビーに勇気を与え、“スベスベの実”を食べる前のイカついアルビダをぶっ飛ばす!! その隙にMissラブ・ダック号から宝を盗むナミがいた。
海賊狩りの異名をとる賞金稼ぎゾロの噂を耳にしたルフィは、彼が仲間に相応しいか会う為、捕らえられているシェルズタウンにコビーの操船で上陸する。海軍基地の塀にのぼり覗くと、ゾロが磔になっていた。そこへおにぎりを持った少女リカ、続いてこの島の暴君モーガン大佐の息子ヘルメッポが現れる。
弾丸を弾き、海賊王になると言ったルフィに心を打たれたゾロが、仲間に！ ２人はモーガンを倒し、町だけでなく島の海兵にも自由をもたらす。ルフィとゾロと友情を深めるコビーだが、彼は海軍入隊志望…。訪ねて来た海兵に２年間も海賊として生活していた事を話し出すルフィを、コビーがぶん殴る!!
大海原を小舟で行くルフィとゾロ。宙に舞った麦わら帽子を追うルフィに、10年前の記憶がよぎる…。フーシャ村の泳ぎの上手い少年ルフィが、山賊ヒグマとの争いを通じて、シャンクスに男を見た！ 少年は海賊王になると宣言する!! ルフィが“ゴムゴムの実”を食べ、ゴム人間になった瞬間も描かれる。
バギーが海軍基地から奪った“偉大なる航路”の海図をオレンジの町で盗んだナミは追われる。すると上空に、怪鳥ピンキーにくわえられたルフィが！ バギーの大砲で落ちたルフィに救われるナミだが、海賊と聞くと激昂!! ルフィをバギーに差し出す！ 奴はナミに“特製バギー玉”でルフィを撃てと命じる!!
ルフィは檻に入ったままバギーから逃れていた。ナミが檻の鍵を盗んで来たが、シュシュという犬が鍵を飲み込んでしまう。町長ブードルが、ケガをしていたゾロを自分の家で寝かせ、シュシュの身の上話を話してくれた。そこへバギー一味の副船長モージが現れ・・・！
自分の町を守るため、単身バギーに敵わぬ戦いを挑もうとするブードルを、ルフィは壁に叩き付け、代わりにバギーに戦いを挑む。挑発されたバギーは怒りを込めて“特製バギー玉”を放つが・・・！？そしてバギー一味No．2の参謀長カバジの剣をゾロが受け・・・！
バギーは、海賊見習い時代、同じ船に乗っていた赤髪のシャンクスとの因縁を語る。シャンクスのせいで“バラバラの実”を食べてしまい、宝の地図も失ったという。だが、上半身だけで宙に舞い上がったバギーが、突然自分の宝を盗みだしたナミに襲い掛かり・・・！？
毎朝、海賊が攻めて来たとウソを叫び、シロップ村を走り抜けるウソップ。バギーのマークを掲げた帆を張るナミの小舟に、子どもと結成したウソップ海賊団は出動する！ パチンコを向けるウソップに「ピストル抜いたからには命賭けろよ」とルフィ…。ルフィはすぐにウソップがヤソップの息子だと見抜く。
病弱なお嬢様カヤを元気づけようと心優しいウソの冒険譚を日課にしていたウソップは、ルフィ達のせいで執事クラハドールに見つかる。奴にヤソップが海賊である事を侮辱され、屋敷から追い出される一同。落ち込むウソップがルフィと海岸で見たのは、ジャンゴとカヤの暗殺を企てるクラハドールだった！
クラハドールは、３年前に処刑されたはずのクロネコ海賊団のクロだった。明日決行される計画を知ったウソップは村へ走り、海賊が攻めて来ると叫ぶ！ だが誰も信じてくれない。カヤからは平手打ちを!! …でも大好きなシロップ村を守る為、ウソップは奴らを迎え撃ち、この件をウソにしようとする。
ウソつきが通そうとする筋を意気に感じたルフィ達は加勢する事に。ウソップは村へ入る唯一の坂道に油をまいて夜明けを待つ。だが朝になってもクロネコ海賊団は現れない。北にも上陸出来る坂道があったのだ！ 急いで向かう４人だが、ゾロは油で滑って坂の下に。ルフィは道が分からず村へ出てしまう。
やっと来たルフィとゾロに一瞬でやられた部下達を、ジャンゴは催眠術で凶暴にする！ しかしルフィにも掛かり奴らは壊滅寸前！ ジャンゴは慌ててルフィを眠らせる。飛び出す切り札ニャーバン兄弟に二刀を奪われ苦戦するゾロに、刀を取ろうとナミが走るが、ジャンゴに斬られる！ そこへクロが現れた!!
なじるクロに我慢出来ず、ニャーバン兄弟が襲い掛かる！ しかしクロの強さは健在！ この場を片付けるのに５分与えられる。必死のニャーバン兄弟だが、ナミのおかげで三刀を得たゾロに一撃で敗れる。脂肪の為生き残ったブチはジャンゴの催眠術で凶暴に！ ルフィはナミに顔を踏まれて目を覚ます。
話しに来たカヤの思い出を傷付けるクロへ、ルフィのパンチが決まる！ ところがウソップ海賊団の３人が奴に連打を浴びせ、一層クロを怒らせてしまった。カヤへ向かうジャンゴに、ウソップは３人の子分へ彼女を守れと命令を下す！ そして３年前、モーガンに偽物を捕らえさせたクロの計画が語られる…。
カヤを連れて３人が逃げ込んだ林の木を切り倒し、追い詰めるジャンゴ。３人は生きる為に戦うと決意する！ ルフィに右手の刀を折られたクロは“杓死”を放った！ 部下も無差別に斬り裂く奴の技に、仲間を大事に思うルフィは怒り、動きも捕らえる!! ついにカヤは、クロへ全財産を譲る遺書を書かされる。
ゾロとの連携でウソップの“火薬星”がジャンゴに命中！ ルフィの“ゴムゴムの鐘”にクロの計画は断たれた!! ウソップは５年間続いたウソップ海賊団を解散！ カヤはルフィ達へゴーイング・メリー号を贈り、ウソップも乗せて海へ出る。ウソップのウソには、彼の母・バンキーナの死が関わっていた。
ルフィが考えていた海賊旗のマークを、ウソップが形にしてメリー号の帆にも描く。伝説の宝島と言われる珍獣の島に麦わらの一味は上陸する。20年前に箱にハマッて取り残された海賊ガイモンに出会う。彼が見つけ守り続けて来た５つの宝箱は全てカラだった。ルフィはガイモンを仲間に誘う。
大砲の練習に沸くルフィ達の横で眠り続けるゾロ…。２話では一瞬だった、くいなとの少年時代が描かれる。道場破りのゾロの相手をしたのは、道場主コウシロウの娘くいな。彼女は強く、ゾロは修行を始める。三刀のうちの「和道一文字」は彼女の刀であり、世界一の剣豪の夢は彼女との約束であった。
殴り込んで来たジョニーはゾロの弟分の賞金稼ぎ。ウソップが大砲を命中させた岩山で、相棒のヨサクを看病していたのだ。ナミの知識でヨサクはライムを口にし回復するが、料理人の必要性を思い知り、一味は海上レストラン『バラティエ』へ行く。その日は副料理長のサンジが料理を運んでいた。
見栄を張った結果スープを粗末し、サンジに蹴り飛ばされた海軍大尉フルボディの所に、クリークの手下を逃がしたと海兵が報告する。その海兵を撃ち、現れる当人ギン。金を持たないギンはパティに殴られ追い出されるが、サンジはタダ飯を食わせてやる。それを見たルフィはサンジを仲間に誘う。
『バラティエ』にクリークが来た！ ギンに支えられ餓死寸前の奴は食わせて欲しいと懇願する。周囲の反対に構わずサンジは飯を食わせるが、息を吹き返したクリークは速攻で恩人をぶちのめす!! しかしサンジは奴の部下100人の飯を用意しようと立つ。腹を空かしてる者には食わせてやるだけと。
『バラティエ』のオーナーが伝説の海賊ゼフと知ったクリークは、“偉大なる航路”を丸一年無傷で渡った記録「航海日誌」を要求する。情報さえ手に入れば大海賊時代の頂点に立つと言う奴の前に、ルフィが出て行く！「海賊王になるのはおれだ」 怒るクリークが売った喧嘩を、ルフィは買う。
ゼフが与えた飯でクリーク海賊団が回復した所に、ミホークが奴らを追って現れる！ その直前、アーロンの手配書を見つめるナミがメリー号を奪って行く！ ルフィの為にナミを追うゾロだったが、ミホークを見て勝負を挑む!! ミホークは黒刀「夜」を抜かず、ペンダントにしていた短刀で受ける。
クリーク海賊団が攻めて来る。ルフィはゴムゴム全開で先制攻撃！ 『バラティエ』は「ヒレ」を開いて備える。出撃した海戦兵器「サバガシラ一号」をクリークは『バラティエ』へ放り投げるがサンジが蹴り守った！ パティとカルネは初めて店へ来た時を振り返り、戦う！ そこへパール登場。
ギンがゼフに銃を突き付け、サンジに船を降りるように言う。拒む無抵抗のサンジをパールが全力で攻撃する！ 意識が遠のく中、ゼフの右足を奪った９年前を思う…。伝説の海“オールブルー”を夢見るサンジがコック見習いとして働く客船オービット号に、ゼフのクック海賊団が襲撃して来た。
ルフィは『バラティエ』を沈めてクリークの目的を奪おうとする！ サンジが死ぬのが最もバカげているからだ。サンジとルフィにとどめを刺そうとするパールの盾を、ギンが鉄球トンファーで砕く！ 恩人の息の根を止めねばならぬのなら、自らの手で葬るのがケジメだと言う。サンジとギンが激突!!
クリークが猛毒ガス弾『ＭＨ５』を発射した！ ルフィとサンジを助ける為、ギンは毒を吸う。仲間を殺そうとしたクリークに怒りが爆発したルフィは、真っ正面から突っ込む!! 奴の飛び道具を避けず怯まず“剣山マント”の上からぶっ飛ばした!! クリークも“大戦槍”を振るいルフィを襲う！
“大戦槍”の刃を折ったルフィと、まだまだ全身に武器を持っているクリークの超絶バトルは続く！ 諦めないルフィのパンチの積み重ねが、遂にクリークが誇るウーツ鋼の鎧を砕いた!! “ゴムゴムの大槌”を決め、ルフィが勝つ。メリー号を奪ったナミは、涙を流し、ベルメールに話し掛けていた。
ルフィはサンジを仲間に誘うが、彼の店に残る意思は固い。しかし“オールブルー”への夢も熱かった。そんなサンジをゼフは見つめる。食堂ではコック全員がサンジのスープがまずいと一芝居。ルフィと行く事にしたサンジに、ゼフと『バラティエ』を始めた頃が甦る。それはゼフも同じだった。
サンジを仲間に引き入れたルフィは、メリー号を奪い“アーロンパーク”へ向ったナミを追う。ヨサクはルフィに、アーロンが王下七武海の一人で魚人海賊団の頭ジンベエと肩を並べる魚人だと語る。ナミは“アーロンパーク”へ到着。斬り込もうとするゾロを舟に縛るウソップとジョニーは…。
サンジのメシに誘われて出て来た魚牛モームをルフィとサンジがぶっ飛ばす！ アーロン一味から逃げるウソップは、ナミの義姉ノジコに助けられていた。“アーロンパーク”へ連れられたゾロは、アーロン一味の幹部ナミを試そうと、手足を縛られたまま海へ飛び込む！
モームに舟を曳かせルフィ達は驀進中！ ウソップはチュウに捕まる。ゾロはアーロンの留守中に“アーロンパーク”に残る一味を全て斬り、ウソップを助けようとはっちゃんに送ってもらいココヤシ村へ。戻ったアーロンは、ゾロが“海賊狩りのゾロ”であると認識する。ナミは裏切りの疑惑を払拭する為、ウソップを短剣で刺す！
やっと着いたルフィ達にゾロとジョニーが合流。ナミがウソップを殺したと言うジョニーにルフィは怒る！ するとナミが現れる。彼女を巡りゾロとサンジが一触即発！ 突然、ルフィは寝る。プリンプリン准将率いる海軍が、アーロン一味殲滅を試みるが撃沈。そこへウソップが!! ナミは自分の手を刺して逃がしていたのだ。
興味がないと散歩へ出たルフィを除くゾロ、ウソップ、サンジは、８年前のいきさつをノジコから聞く…。自分の目で見た世界地図を作るのが夢の少女ナミは、ノジコと共に、貧しいながらもベルメールに育てられていた。家出をするナミはゲンゾウから、ベルメールは元海兵で、ノジコとナミとは戦場で出会ったと知らされる。
ナミを迎える夕食の支度の煙で、村はずれのベルメールの家がアーロンに見つかる！ 独身のベルメールの“貢ぎ金”は支払い可能な１人分と判断され、事無きを得た。がしかし、血が繋がってないからこそ、ノジコとナミをいない事には出来ない。彼女は娘が２人いると言い、アーロンに撃たれる！
あと少しで１億ベリーまで来た今、アーロンと結託する海軍大佐ネズミが来て、ナミが盗んだ金品を没収すると告げる。ベルメールが残したみかん畑から出て来る、コツコツ貯めた財宝。ナミの８年間が、ふいに…。怒り向かって行くナミを止めようとしたノジコが、ネズミに撃たれる！
“アーロンパーク”に乗り込んだルフィが、アーロンを一発ぶっ飛ばす！ 続いて踏み入るサンジ、ウソップ、ゾロ。はっちゃんに呼ばれて現れたモームをつかみ、足を地面の石に突っ込んで固定したルフィは“ゴムゴムの風車”を試す！ ところがその足が抜けなくなる。アーロンは石を切り取りルフィを海へ投げ込む！
ゾロはミホークに受けた傷が深く、立っていられなくなる。サンジも魚人空手40段のクロオビの正拳＜パンチ＞を受け、飛ばされる。ルフィの足の石をゲンゾウとノジコがハンマーで砕こうとするが、浮力で出来ない。精神力で立つゾロは、ミホークに折られた二刀の代わりにヨサクとジョニーから刀を借りて、三刀流に！
ルフィを救おうと海に飛び込んだサンジは、ゲンゾウとノジコがルフィの首を伸ばして頭を水上に出し、人工呼吸をしているのを見る。安心するのも束の間、サンジはクロオビの一撃を食らう！ 水中では奴が圧倒的に有利。だが騎士道を侮辱されたサンジは、クロオビのエラに息を吹き込んで逃れ、地上へ。怒りのまま倒す！
“アーロンパーク”に現れたナミはアーロンに戻るよう選択を迫られるが、ルフィを信じ、村人の命と共に奴と最後まで戦うと決意する！ その時ルフィが息を吹き返す。ゾロが包帯を引きちぎられ傷を露わにされながらもアーロンを足止めし、サンジが海へ飛び込みルフィの石を蹴り砕く！ ルフィが自由になり、元に戻った!!
ルフィはアーロンの歯を折るが、それは何度でも生え変わる“歯＜トゥース＞ガム”。両手に持って襲い掛かって来る！ ルフィは“歯＜トゥース＞ガム”を奪って自分の口にハメてみる。咬まれたら咬み付き返す！ アーロンは海から飛び出す“鮫＜シャーク＞・ON・DARTS”を繰り出すが…。
アーロンの発言、血の染み込んだペンから、奴がナミを道具のように扱い海図を描かせて来たと、ルフィは悟る。怒ったルフィは測量室を壊し始め、それを見てナミは感謝する。居たくもない居場所は、全部ぶっ壊す!! ルフィは“ゴムゴムの斧”を振り下ろし、アーロンを沈め“アーロンパーク”を崩壊させる!!!
アーロンからの解放を喜び、島はお祭り騒ぎ！ ルフィは食べ続け、ゾロはDr.ナコーに傷の手当てをしてもらう。ナミは墓前でベルメールに報告する。そして宴はもう３日目。Dr.ナコーにナミは、アーロンの刺青を消し、新しい刺青を頼む。ノジコの刺青は、つらい戦いを一人するナミをねぎらって、入れたものだった。
麦わらの一味になったナミは、新聞から舞い落ちたルフィの手配書を見る。賞金は３千万ベリー！ 海軍本部ではジョン・ジャイアント中将が檄を飛ばし、医者を目指し始めたカヤはルフィの写真に写り込むウソップに喜ぶ。コビー、モーガン、クロ、ゼフも目にし、フルボディは捕らえようと攻め込むが…。
バラバラパーツの大部分をナミに奪われ、ルフィにオレンジの村から弾き飛ばされたバギーは、孤島にいた！ 復讐に燃えてイカダで海に出るが、小さいままでは魚や鳥にも命懸け。珍獣の島でガイモンと対決する。バギーが密漁者でなく海賊と知り、２人は酒を酌み交わし意気投合！ ところが翌朝出航早々…。
オレンジの村を追われたバギー以外のバギー一味は、バラバラパーツを回収しつつ、ビッグトップ号で逃げていた。クマテ族の島でバギーの葬式を済ませると、次期船長の座を巡りモージとカバジが一騎打ち！ 寝ぼけて一撃を放ったリッチーが船長になるが、すぐクマテ族に捕まる。
ナミは服を、ウソップは装備を、サンジは美女と食材を、ゾロはミホークに折られた二刀の代わりを求めてローグタウンへ。ルフィはゴールド・ロジャーの処刑台に向かう。海軍本部からスモーカーへルフィの情報が入り、くいなにそっくりのたしぎに驚くゾロは彼女のメガネを割ってしまう。
処刑台をよじ登るルフィを、スモーカーが逮捕しようと迫る！ ゴムゴムの技をしくじるルフィは吹っ飛んで町のはずれへ。ゾロはたしぎに連れられ海軍で掃除をして働くが、海兵に正体がバレて出て行く。武器屋でゾロは彼女にまた会い、店主のいっぽんマツから妖刀「三代鬼徹」と良業物「雪走」を譲ってもらう。
スナイパーゴーグルを少女キャロルに父の誕生日プレゼントとして先に買われたウソップは、自分が３千万ベリーの賞金首だとウソをついてすごむ。彼女の父はダディ・マスターソン。スモーカーの元同期で、銃使い最強として“東の海＜イーストブルー＞”で常識の賞金稼ぎだ。勝負にならず醜態を晒すウソップに…。
“東の海＜イーストブルー＞”?１コックになる為、評判の腕利き料理人に挑み、勝って来たカルメン。しかし『バラティエ』の副料理長こそが一番と聞き、彼女はサンジを見つけ挑戦する。市場で初めて目の当たりにした海の宝石エレファント・ホンマグロが、これから始まる年に一度の料理コンテストの賞品になるというのだ。
やっと処刑台に登ったルフィは、海賊王が最後に見た景色を眺める。そこへアルビダとバギー一味が襲い掛かる！ 海賊全員を包囲しようとするスモーカー率いる海軍が見守る中、カバジがルフィを抑え込みバギーが処刑しようとする。助けに来たゾロとサンジも間に合わず、バギーの剣が振り下ろされる瞬間…。
ナミが感じた通り嵐になったローグタウン。バギー一味とアルビダを一瞬で捕らえ、スモーカーはルフィを追う。先に戻っていたナミとウソップがメリー号を海へ出す。たしぎはゾロに挑み、スモーカーはルフィを阻む。海軍に手こずるサンジに、ウソップがメリー号を降りて加勢する。苦戦するルフィのもとには…。
麦わらの一味を救った嵐。少女アピスもそれを利用して、海軍の船から逃げ出す。打って変り晴れた海にウソップが鳥の大群を見つける。魚を期待したルフィが右腕を伸ばしてつかむと、それはアピスだった。海賊と聞いて萎縮する彼女も徐々にルフィ達と打ち解け、進路を少し変えて故郷の海軍島へ送っていく事にする。
“凪の帯＜カームベルト＞”に入ったメリー号は、超大型海王類の巣窟なのを逆手に取り、奴らのくしゃみで脱出！ 軍艦島へ着くと海軍が来ていて、長老ボクデンの家に。海軍島の民は大昔海底に沈んだロストアイランドの末裔で、“竜の巣”にセンネンリュウが住むと言われ“竜骨”は不老不死の妙薬と伝えられていた。
海軍艦隊が海軍島を封鎖した。リュウ爺をロストアイランドへ連れて行くと約束したルフィは一味と行動に移る。木を倒しリュウ爺を乗せる荷車を作ると、ウソップとゾロはメリー号を奪取して岬まで回す。“カマカマの実”の能力者だったエリックの攻撃をしのぎながら、ルフィ達はリュウ爺を乗せた荷車で一気に山を駆け降りる。
エリックはセンネンリュウを連れたメリー号を追えば“竜骨”に辿り着けると考え、つける事に。エリックが信用出来ないネルソン提督も軍艦島へ向かう。メシの大鍋をルフィが盛り上がった頭にひっくり返したショックで、リュウ爺はロストアイランドの位置を思い出す。海に現れた鏡の壁を抜けると大嵐に遭うが…。
“竜の巣”ロストアイランドと思われたその島には廃墟しか無かった。山の頂上の遺跡に描かれた天井画を見て、“竜の巣”は軍艦島にあるとリュウ爺は思い出す。その時ゾロが殺気を感じ、鯉口を切る。リュウ爺を奪うつもりのエリックだ！ ゾロが相手をし、ルフィ達はまたリュウ爺を乗せた荷車で飛び出す。
海軍の船を鎖でつないで囲む“連環の陣”で、軍艦島へ戻るメリー号を包囲し、砲撃！ ボートで近づいたエリックがリュウ爺とアピスを奪い、ネルソン提督に反旗を翻す。アピスをボートに叩き付けるエリックを、起き上がったリュウ爺はぶっ飛ばし、吼えて、翼を広げて空を飛ぶ！
沈み行くリュウ爺を引き上げようとネルソン提督が放った銛を、ルフィは受け取り投げ返す！ 突如、軍艦島の周囲の海が揺れる。最期の力で吼えるリュウ爺の呼び声に、世界中に散らばっていたセンネンリュウが群れを成して飛来！ もう一吼えしてリュウ爺は、目を閉じる。
生きていたネルソン提督を切り裂いたエリックは“竜骨”を欲し、不老不死を求める。“竜の巣”を守りたいアピスの意思を叶える為、彼女を守る事がリュウ爺との約束でもあるルフィは戦い、エリックに勝つ！ 出航したメリー号は“偉大なる航路＜グランドライン＞”を目指してリヴァース・マウンテンを登る運河に突入する！
リヴァース・マウンテンを“偉大なる航路（グランドライン）”へ向けて一気に下るメリー号の行く手を、巨大なアイランドクジラのラブーンが塞ぐ！ 船首を折ったメリー号はラブーンに丸飲みされるが、胃袋には青空が広がっていた！ 大王イカを仕留めるクロッカスが現れると、ラブーンは暴れ出し…。
ラブーンはルンバー海賊団と双子岬へ来た。世界を一周して“赤い土の大陸（レッドライン）”の裏側から、またリヴァース・マウンテンを越えて戻る間、船長のヨーキがクロッカスにラブーンを預けたのだ。しかし既に、それから50年が過ぎていた。ラブーンは仲間の帰りを信じ、レッドラインに頭をぶつける。
Mr.９とミス・ウェンズデーを乗せてウイスキーピークへ向かうメリー号は、季節・天候・海流・風向き、全てがデタラメに巡るグランドラインに翻弄される！ 何とか乗り切り、恐る恐る島へ。ところが麦わらの一味は、町長のイガラッポイを始め島民に盛大な歓迎を受ける!? だがそれは、バロックワークスの罠だった！
賞金稼ぎたちを、巧みに姿を隠しながら次々と斬って行くゾロ。ローグタウンで手に入れた「雪走」と「三代鬼徹」も試す！ ナミもお宝探しへ。ゾロはミス・マンデーも倒し、イガラッポイと名乗っていたMr.８に迫る。ミス・ウェンズデーは超カルガモのカルーを呼ぶ。するとMr.５とミス・バレンタインが出現し…。
Mr.８はアラバスタ王国護衛隊長イガラムだった。Mr.９もビビを守る。しかしMr.５とミス・バレンタインは強い！ イガラムは、ゾロにビビを無事アラバスタまで送り届けるよう頼み、ナミがその契約に乗る。ミス・マンデーも倒しビビに近づくMr.５とミス・バレンタインの前に、ゾロが契約を守り割って入る！
ルフィとゾロの勝負の邪魔だと、Mr.５とミス・バレンタインは倒される。ついに“武闘”と“剣術”が激突する瞬間、ナミが２人を殴り、戦いは止まる！ビビから“アラバスタ王国の乗っ取り”を企むバロックワークスの社長が、王下七武海の一人クロコダイルであると聞き、ルフィはビビを送り届けると承諾する。
海軍将校になる夢に向かい、コビーはシェルズタウンの基地で雑用係として張り切っていた。モーガン元大佐の息子でルフィを恨むヘルメッポもいた。罪に問われたモーガンを軍法会議に向けて海軍本部へ護送する為、中将のガープが現れる。だがモーガンはガープを斬り、ヘルメッポを人質に取って逃亡する！
モーガンを逃がしたコビーとヘルメッポは、ガープに海軍本部へ連れて行かれる。ルフィも新聞で、コビーがグランドラインへ入ったのを読む。２人はガープのゲンコツを受けながらも、昼は雑用、夜は自主的に始めた特訓を続け、過酷だが充実した日々を送る。しかしコビーがルフィと友達なのをガープに知られ…。
楽しくもたくましく航海を続ける麦わらの一味は、ビビとカルーを乗せ、グランドライン２つ目の島・リトルガーデンに着く。古代植物が生い茂る秘境に上陸をためらうナミとウソップをよそに、ルフィはカルーに乗ったビビと冒険へ出かけ、ブロントザウルスに出くわす。ここは太古の島、巨人族までもが存在するのだ！
メリー号に残るナミとウソップに酒をもらいに来た巨人はブロギー、ブラキオザウルスに飲まれたルフィを救った巨人はドリー。共に客人として一味を迎える。２人の巨人は故郷エルバフの掟に従い、100年も決闘を続けていた。“真ん中山”の噴火を合図にドリーとブロギーは激突する！
ドリーとブロギーが繰り広げる戦士達の誇り高き決闘に、ウソップは感動し憧れる！ 73466戦目も引き分け。ブロギーはナミとウソップからもらった酒をドリーに分けるが、その酒をドリーが飲んだ途端、爆発する！ 麦わらの一味を疑うドリーに、今は理屈が通じないと感じたルフィは挑みかかる。
胃袋をやられたボロボロの体のまま、ドリーはエルバフの戦士として決闘に臨む。止めようとするルフィを巨大な骨の下敷きにして…。決闘の最中、ゾロとナミがジャングルで姿を消す。押されながらも持ち堪えるドリーだが、Mr.３が“ドルドルの実”の能力で放つロウに足元を取られ、ブロギーに攻撃を決められる！
ブロギーの前にMr.３とミス・ゴールデンウィークが、ビビとウソップと身動きの取れないルフィの前にカルーを捕らえたMr.５とミス・バレンタインが姿を現す。ドリーの酒に爆弾を入れたのはMr.５の仕業だった。Mr.３はロウでブロギーを捕らえ、特大キャンドルにビビとゾロとナミをセットする！
ルフィは特大キャンドルの一部を壊すが、却ってゾロ達のロウ人形化が早まることに。“ドルドルの実”の能力を“ゴムゴムの実”の能力で凌駕し、Mr.３をブッ飛ばすルフィだが、突然３人を助けるのを拒否する。ミス・ゴールデンウィークの“カラーズトラップ”にかかったのだ。ウソップとカルーはひとまず逃げ出し…。
ウソップが火炎星で、“カラーズトラップ”のマークごとルフィの服を焼く。そこへMr.３がろうで作った“キャンドルチャンピオン”を駆り襲い来る！ ウソップは油たっぷりのスペシャルロープをカルーに持たせ、特大キャンドルとブロギーに巻き付けて点火！ 炎の中から飛び出すナミとビビは…。
改めてドリーを失った悲しみに号泣するブロギー。しかしドリーが起き上がる！ 100年の戦いでブロギーの戦斧が弱っていて、傷が浅かったのだ。一人メリー号に戻っていたサンジは、仲間に何か起きたと察し、辿り着いたMr.３のアジトで電伝虫を取る。通話相手はMr. ０だった!!
メリー号を阻む巨大金魚“島食い”に、ドリーとブロギーが風穴を開ける！ 巨兵海賊団の頭２人の狩り勝負が、100年に渡り、この先も続くであろう勝負の発端であった…。Mr.２・ボン・クレーがMr.３の抹殺指令を受けた頃、突然ナミが高熱を出して倒れる!! 医者を探しに、メリー号は舵を切る。
雪の中を行くメリー号は、海面に立つチェスを見つける！ そこへ“大型潜水奇襲帆船”ブリキング号が浮上!! ドラム王国を目指すワポル率いるブリキング海賊団に襲われる。“バクバクの実”の能力でメリー号を食べるワポルを、ルフィは吹き飛ばす!! その数日前、スモーカーはサンジとMr.０の会話を傍受する。
島民にメリー号は包囲され、ビビが左腕を撃たれる！ 怒るルフィをビビは止め、医者の紹介を頼み込む。護衛団団長のドルトンはルフィ達を村ビッグホーンへ。サンジとカルーがメリー号に残る。島唯一の医者くれはは一番高いドラムロッキーの頂上にある城に住む。ナミを背負いルフィは、サンジと共に城を目指す！
ルフィ達を大型うさぎラパーンの群れが襲う！ ドラム島を発見し、迫るワポル。くれははとなり町ココアウィードへ降りていて少年を治療。その傍らにチョッパーはいた。メリー号に残るゾロは寒中水泳、カルーも飛び込む。ドルトンはこの島に医者がいないのは、ワポルの悪政の為と語り…。
ラパーンの群れが雪崩を起こす！ ビッグホーンを占拠するワポルに挑むドルトンが、“ウシウシの実”の能力でバイソンに姿を変えて戦う！ だがチェスが島民に放った矢をかばって受け、倒れる。そこへ雪崩が押し寄せて、全てを流す!! 木を使って雪に乗り、ラパーンをしのいだルフィは、親ラパーンを助ける。
ワポルを無視して城へ向かうルフィを、チェスとクロマーリモが襲う。それを阻んだのは、ラパーンだった。ルフィはナミを背負いサンジをくわえて、ほぼ垂直のドラムロッキーを登る！ 雪崩から逃れたビビは、ウソップを起こしゾロと会う。ラパーンはワポルに倒され、ビッグホーンに戻ってしまったビビたちは…。
治療を受けたナミはチョッパーと出会う。病気の原因は、リトルガーデンで刺されたケスチアというダニだった。サンジの骨折もチョッパーが手術。気が付いたルフィとサンジは、チョッパーを食おうと追いかけ回す！ 一方、雪に埋まるドルトンの心臓は止まっていて…。チョッパーは、“ヒトヒトの実”を食べたトナカイだった。
ルフィはチョッパーを気に入り、今度は仲間にしようとして追いかけ回す！ チョッパーの心を開いたヒルルクの事を、くれははナミとサンジに話し始める…。ワポルの“医者狩り”に追われながら、ヒルルクは病人を無償で診ていた。しかし彼は、病人が命の危険を感じて逃げ出す程のやぶ医者だったのだ。
不治の病だったヒルルクが残り10日の命と知ったチョッパーは、アミウダケを万能薬と信じて採って来る。ヒルルクはキズだらけで戻ったチョッパーを受け入れ、アミウダケのスープを飲む。すると30年続けた“冬島”に桜を咲かせる研究が成功。ヒルルクはくれはにそれを託し、チョッパーに医術を教えてほしいと頼む。
城に登って来たワポルを、ルフィは飛び出して殴り飛ばす！ くれははワポルに言う、この城にヒルルクの海賊旗をかかげて彼の墓にしたと。それはチョッパーの願いだった。だが、ルフィがジャケットを取りに行った隙に、チョッパーがワポルに食われてしまう！ サンジは戻って来たルフィを…。
ヒルルクの海賊旗を掲げたまま、ワポルの砲撃を耐え抜くルフィ。ヒルルクの事は知らなくても、海賊旗をかかげた者の思いを尊重する姿に、チョッパーは海賊とは何かということを実感する！ その頃、ビッグホーンでは、ワポル専属の医療団イッシー20がドルトンを救おうとしていた。
城に入ったワポルはナミを捕まえるが、ルフィに見つかり蹴飛ばされる。武器を食べて人間兵器に変わろうとするも、武器庫の鍵は既にナミの手の中にあった。息を吹き返したドルトンは、島民とロープウェイで城へ。ゾロ、ウソップ、ビビも一緒だ。ルフィに追い詰められ、追いつめられたワポルは…。
ナミは武器庫の鍵と引き換えに、くれはから治療代の帳消しと退院許可を得る。ルフィの真っ直ぐな想いがチョッパーの心を開き、彼は仲間になることに。くれはに反対され追いかけられるチョッパーは、ソリを引き、麦わらの一味とビビを乗せて駆けてゆく。くれはは武器庫から大砲を出し…。
“ヒルルクの桜”に見送られ、メリー号ではチョッパーの乗船を祝う大宴会が開かれていた。自分の医療道具がそりに積まれていたのを知り、チョッパーはくれはの愛情を感じる。 “世界会議（レヴエリー）”で10歳のビビに会っていたのを思うドルトンは、エースが“黒ひげ”ティーチを追って上陸していたと報告を受ける。
アラバスタの港町ナノハナで暴れる海賊を、クロコダイルは砂嵐を巻き起こし干からびさせた！ 国王コブラも感謝する英雄、“王下七武海”表の仕事だ。メリー号はホットスポットに突入し、緑の蒸気の中でボン・クレーを釣り上げる。ボン・クレーは、助けられた礼に“マネマネの実”の能力を披露する。
アラバスタの港町・ナノハナに着くなり、ルフィはメシ屋へ駆け出していった。反乱軍の拠点であるユバへ行って、暴動を止めたいビビ。彼女のために、サンジとチョッパーが砂漠を渡るための物資を買いに出る。香水と熱さとでダウンしたチョッパーは、反乱軍の荷車に乗ってしまい…。
ルフィを探す麦わらの一味。同じく彼を捜していた火拳のエースは、たしぎとスモーカーを目撃。レストラン「spice bean」で騒ぎを起こしたところに、スモーカーが現れる。そこに飛び込み、二人を店の外に飛ばしたのはルフィだった！ スモーカーに追われるルフィは一味を見つけ合流、今度はエースに助けられる。
エースがスモーカーを阻み、自然（ロギア）系の能力が激突して渦巻く！ メリー号は買いこんだ物資を積んでエルマルへ…が、ルフィの姿がまたも見えない。路地裏で再会した義兄弟は、腕相撲で勝負。昔話にも花を咲かす。弟ルフィは、エースの「白ひげ海賊団」への誘いを断り、海賊王になるため白ひげと戦うと宣言する。
サンドラ河を上ってエルマルへ行く途中、ビビはカルーに、父である国王コブラへの手紙を託す。手紙を持ち、首都アルバーナへと走るカルー。一方、エースはクロコダイルの国取りに裏があると読んでいた。ルフィはダンスパウダーを使ってコブラを陥れたクロコダイルの策略を知り、怒りを燃え上がらせる。
ユバを目指し、砂漠を行く麦わらの一味、ビビ、エース。途中、ルフィがワルサギにダマされ、３日分の物資の全てを盗まれてしまう。しかも、巨大な肉食の植物が！ ルフィは食われそうなラクダを救出。それはカトレアでチョッパーを逃がしたラクダで、ナミは「マツゲ」と名前を付ける。
マツゲに乗って先へ行くナミとビビを追って、歩く一味。ルフィが幻覚剤の原料メスカルサボテンを食べて暴れる中、エースだけがはぐれてしまう。砂族バルバル団の砂族船のメインマストをルフィが折ってしまったため、一行はメリアスへ材木を取りに行くことに。ルフィとビビ、砂族のザバとラサは砂ぞりで出発するが…。
水が手に入るとバルバロッサに教えられた「イド」には、弱いカミュたちが反乱軍を騙って巣食っていた。そこへ現れたエースは水と食料をもらい、麦わらの一味と合流。ニセ反乱軍の存在を知ったビビは、カミュたちに村を護る気持ちがあるか確かめようと、「イド」をルフィ達に襲わせる。
砂漠を行く麦わらの一味、ビビ、エース。ビビとコーザ、二人は幼馴染みだった。コーザは“砂砂団”を組織するリーダー、ビビは副リーダーとして互いを認めていたのだ。チンピラの“砂商団”アゴトギがビビを誘拐しようとした時に、命懸けで彼女を守ったコーザは顔を斬られてしまったのだ。
エースを狙う賞金稼ぎ・スコーピオン。スコーピオンを探す彼の息子・ディップとチップ。実はエース自身も、ユバで黒ひげを倒したと言うスコーピオンに会いたがっていた。エースの前に現れて挑みかかるスコーピオンだが、“黒ひげ”を倒したのは全くの嘘だった。陽炎立つ地での決闘の結末は…。
ルフィがまたも幻覚を見て大暴れ！ 素手で止めようとしたゾロと熱さでやられたチョッパーも加え、一行からはぐれてしまう。地下の古代遺跡に落ち、「歴史の本文（ポーネグリフ）」を見たり空を飛んだり…ゾロとチョッパーは仲間について話し合い、ビビは国のかたちについて思いを巡らせる。
ナミがビブルカードを、ルフィの麦わら帽子のリボンの裏に縫い付ける。その頃、スパイダーズカフェにオフィサーエージェントが集結。クロコダイルが待つレインベースへ向かう。麦わらの一味とビビがようやく着いたユバは、エルマルと変わらない枯れた町。トトが１人、オアシスを掘っていた…。
ユバの宿で眠る麦わらの一味とビビ。レインベースのカジノ・レインディナーズでは、クロコダイルによってユートピア作戦が発令されていた。決行は明日の12時。そこにMr.3が現れ、麦わらの一味とビビが生存していると告げる。クロコダイルは、ビビとコーザの再会阻止を厳命する。
ビビはカトレアからレインべースへ行く先を変更。アルバーナにはカルーが着き、敵がクロコダイルと知ったコブラは、軍をレインべースへと向ける。麦わらの一味はレインべースに着くとすぐに、待っていたスモーカーに追われ、バロックワークスにも見つかってしまう。だが、覚悟を決めるとレインディナーズに突入する！
ルフィと合流したゾロ、ナミ、ウソップは、レインディナーズの中でもスモーカーに追われる。そのままVIPルームへ通されると海楼石で作られた檻の中へ！ クロコダイルが現れ、ミス・オールサンデーがペルを倒してビビを連れて来る。時は12時を回った。恐るべきユートピア作戦が発動する！
国王がアルバーナ宮殿から消えた！ ボン・クレーがコブラに化けてナノハナに現れ、ダンスパウダーで三年間の雨を奪っていたと言う。駆け付けたコーザは撃たれ、Mr.1とミス・ダブルフィンガーが巨大船を町に突っ込ませて火を放つ！ コーザはアルバーナへの総攻撃を決意、チャカは迎え撃つよう命じる！
コーザ率いる反乱軍がアルバーナに着くのは、明日の夜明け。クロコダイルも檻の鍵をバナナワニに食わせてアルバーナへ発とうとする。水没し始める部屋。そこへサンジが子電伝虫を鳴らす！“Mr.プリンス”と名乗り、自分はレインディナーズの正面にいると。サンジはクロコダイルを外へ出し、ビビと再会する！
チョッパーがMr.プリンスを名乗って町へ逃げ、クロコダイルをおびき寄せる。その隙にサンジは、スモーカーが指示したバナナワニにキック。口から出たのはMr.3と鍵だった！ 鍵を投げるMr.3。本物の鍵はまだクロコダイルの手の中。しかしウソップの発案で、サンジはMr.3に鍵を作らせることに。そして…。
チョッパーが用意したヒッコシクラブに乗って、麦わらの一味とビビはアルバーナへ。だが、突然クロコダイルの鉤爪がビビを捕らえる！ ルフィはビビを逃がして先へ急がせ、その場に残って対決。砂になってルフィに殴らせないクロコダイルは、ユバに向けてとどめの砂嵐を発生させる！
トトにもらった水で濡れたクロコダイルの左腕を掴むルフィだが、流砂へ放り込まれてしまう。ナミの踊り娘姿に加速するヒッコシクラブと、サンドラマレナマズを倒すクンフージュゴンに助けられ、サンドラ河を渡るビビ達を迎えたのは、カルー率いる超カルガモ部隊だった。砂に沈んだルフィを救ったのは…。
コーザ率いる反乱軍とチャカが指揮する国王軍は激突間近。ビビ抹殺を狙うオフィサーエージェントの前に、超カルガモに乗ったビビらしき者が、何と6人も現れる！ その中の本物は、カルーと反乱軍の前へ。しかし、国王軍内部に潜入していたバロックワークスが発砲！ ビビの声はコーザに届かず、両軍は激突を始める。
ボン・クレーを逃がしたウソップに、サンジはチョッパーを助けるよう指示し、ビビのもとへ走る。ビビを乗せて飛び、ボン・クレーから逃げるも力尽きるカルーを、超カルガモのイワンＸとカウボーイが救う。ここからはサンジの出番！ 一方、Mr.1とミス・ダブルフィンガーは、ナミを標的に定める。
苦戦中のウソップとチョッパー。モグモグの実のモグラ人間であるミス・メリークリスマスが砂漠に掘るトンネルを駆使。イヌイヌの実の銃ラッスーが野球のボール型の時限爆弾を撃ち出し、それをMr.4が4tバットで打ってくるのだ。ミス・メリークリスマスは、ルフィはクロコダイルに殺されたと言うが…。
ミス・メリークリスマスに高速移動させられるウソップの顔面を、Mr.4が4ｔバットでカッ飛ばす！ それでも立ち上がるウソップ。チョッパーとの連携で、4ｔバットにミス・メリークリスマスの顔面を打たせる。Mr.4にも必殺ウソッチョハンマー彗星が決まり、見事に勝利！ 一方、ボン・クレーに対するサンジは…。
ウソップがチョッパーの治療を終えた頃、スパスパの実の刃物人間Mr.１はゾロに、ミス・ダブルフィンガーはナミに狙いを定めていた。サンジは、ナミの姿ではバレエ拳法を使えないというマネマネの実の弱点を見抜き、ボン・クレーに対して勝機を掴む。宮殿では爆破される寸前、ビビの前にクロコダイルが現れ…。
ミス・ダブルフィンガーのトゲトゲの実の能力に右肩を貫かれたナミは、ウソップ作の新兵器・天候棒（クリマ・タクト）を振るう。宴会芸しか放てず説明書を読む隙に、頭から胸への中心線を貫かれるナミ。その頃、宮殿では、クロコダイルがコブラに「プルトン」のありかを訊ねていた。
「プルトン」がアラバスタに実在するか定かでないと答えるコブラ。クロコダイルは両軍が戦う宮前広場に、30分後の午後４時半、砲弾を撃ち込むと言う。それならば、歴史の本文（ポーネグリフ）が記された場所はどこか？…案内を承諾するコブラ。一方、クリマ・タクトを使いこなし始めたナミは…。
刀の硬度を持つ体のMr.1を、ゾロは斬る事が出来ない。追いつめられたゾロの脳裏に、師匠の語った「何も斬らないが鉄でも斬れる」剣士の話がよぎる。Mr.1に散々斬られるも、ゾロは全ての物に呼吸がある事を感じ、鉄の呼吸に耳を済ます。くいなから譲り受けた、和道一文字１本が走る！
エリート護衛団ツメゲリ部隊の４人が、さらにチャカが、次々にクロコダイルに挑むも歯が立たない。宮前広場爆破25分前。宮殿に着いたコーザは、全ての黒幕がクロコダイルだと知る。国王軍はビビの命令で白旗を掲げ、その中央に立つコーザが反乱軍を鎮める。しかし国王軍に潜入していたバロックワークスがコーザを撃つ！
大浴場に医療室、釣った魚を見られる水槽まである！ ルフィたちは、サニー号での航海を満喫する。そこへ現れた難破船。チョッパーの手当て、サンジのメシで、船員達は元気を取り戻す。隊長のスタンセンお礼にと酒をくれたのだが、それには麻酔薬が仕込まれていた！
サニー号には「ソルジャードックシステム」が搭載されている！ まずはチャンネル「０」の発動。するとサニー号は外輪船に変形し、海軍による包囲網を一気に突破する。だがこれは、賞金稼ぎアッチーノ・ファミリーによる罠だった。サニー号は、抜け出せない氷山地帯に追い込まれてしまい…。
“不死鳥のパズール”率いるフェニックス海賊団は、新世界で傷つき退却したところをアッチーノ・ファミリーに襲われ、海賊旗を奪われていた。傷の癒えた船長パズールに再起を望む船員達だが、彼は海賊をやめ、賞金稼ぎの一味になると言い出す。
氷に閉ざされた海・氷街道！ ナミとフランキーは、動く氷山の謎を探るため、シャークサブマージ３号で海中へ向かう。氷山を動かしていたのは、何とドウモウペンギンの群れ！ ドウモウペンギンの性質はものすごく獰猛だ！ 必死で逃げるナミ達だが、仲間と完全にはぐれてしまう！
バラバラになった麦わらの一味に、アッチーノファミリーが襲いかかる！ フランキーvsホッケラ、サンジとウソップvsアルベルとサルコーの夫妻、そしてルフィvsブリンドの激闘が始まった！ 一方、サニー号に残るロビンの前には、幼いリルが現れ…。
シャーク号ごと氷漬けにされたナミとフランキーは、敵の根城ラブリーランドへ連行されてしまう。サンジとウソップも極寒の海に落ち、凍りついたうえに捕まってしまった！ 捕らえたブリンドの案内でラブリーランドへ向かうルフィたちは、カンパチーノの襲撃を受け…。
アツアツの実の能力者である、ドン・アッチーノと戦うゾロ。アッチーノ触れたものを何でも溶かしてしまう！ 三十六煩悩鳳を放つが、逆に熱風に吹き飛ばされるゾロ。反撃しようとした瞬間、床のワナが口を開け、ナミたちが捕らわれている地下室に落ちてしまう！
ラブリーランドに着いたルフィたちに、アッチーノ・ファミリーが総出で襲いかかってくる！ 氷漬けにしようとするホッケラに、チョッパーは毛皮強化で対抗。地下室から脱出したナミ、ウソップ、サンジ、フランキーも駆けつけてくる。さあ、反撃開始だ！
怒りでどんどん熱くなるドン・アッチーノの体に、触れることも出来ないルフィだったが、氷の塊を使ってゴムゴムのバズーカを炸裂させる！ 復活した不死鳥のパズールは、カンパチーノを倒し、チョッパー、ジローとともに海賊旗奪還へ向かう！
１万℃を超えるドン・アッチーノの熱で、氷が溶け、海底火山まで活発化し始めた。氷山の下の溶岩の海で、ルフィVSドン・アッチーノの最後の決戦が繰り広げられる！ 海賊を馬鹿にするアッチーノに、ルフィの怒りはヒートアップ。必殺の100万℃バズーカが炸裂する！
悪の科学者であるDr.ウソダバダは、部下のくせに態度がでかいサンジロプスやゾロギラーの代わりに、ＴＶ番組で優秀な人材を募集することを思いつき、ＴＶ局を襲って占拠する。一方、チョッパーマンの秘密基地では依頼の電話が来ないことで、家計に危機が訪れていた。
サニー号で楽しく航海するルフィたちは、「流し樽」を見つける。お供えの酒が入っていると思って開けると、中から真っ赤な光が打ち上がった！ まさか、発光弾!? 一同が敵船を警戒する中、突然の大嵐が襲ってくる。何とか乗り越えたものの、いつの間にか、「魔の三角地帯」に迷い込んでいた！
噂の通りに現れたゴーストシップ。その船に乗っていたのは、生きたガイコツ・ブルックだった。紳士で陽気でちょっとヘンな彼を、ルフィは気に入って仲間にしてしまう。サニー号に正体されてディナーの席に着くと、二人はますます意気投合。ブルックは、自分は「ヨミヨミの実」の能力者だと話し始める。
海をさまようゴーストアイランドこと「スリラーバーク」に、サニー号は閉じ込められてしまった。そうと知るやブルックは、ルフィたちに脱出するよう忠告し、海の上を走ってスリラーバークへと一直線！ ナミたちは忠告を守ろうとするが、ルフィは上陸する気満々だった！
スリラーバークに行く気がなく、ミニメリー２号に乗って浮かれていたナミ、ウソップ、チョッパーの方が、先に上陸してしまった！ しかも、ケルベロスに追われ霧深い不気味な森へ入り込んだところに、ヒルドンから声をかけられ、馬車でドクトル・ホグバックの屋敷へ招待される。
屋敷に着いたナミ達に、ホグバックは死者の蘇生を研究していると語る。尊敬のまなざしで見つめるチョッパー。ところが、シャワーを浴びるナミには、何者かが獣のうなり声をあげて襲いかかり、体の自由を奪って口をふさぐ！ 「貴様…おいらの花嫁になれ！」
ナミが感じた通り、ホグバックの屋敷はゾンビ達であふれかえっていた！ 飾ってある絵も剥製も敷物も、みんなしゃべり出して襲いかかって来る！ 逃げるナミは、使用人であるシンドリーの写真が壁一面に飾られた部屋へと行き着く。何と彼女は、10年も前に事故で死んでいた！
いち早くスリラーバークに上陸したナミ、ウソップ、チョッパーを追う、ルフィ、ゾロ、サンジ、ロビン、フランキー。とてつもなく強い彼らは、墓場の地中から現れたゾンビを一瞬のうちに倒す。するとルフィに声をかける者が…こちらはゾンビではなく、大けがを負った老人だった。
ナミ達は、絶対に覗くなと釘をさされていたホグバックの研究室を、とうとう覗いてしまう。すると、サムライ・リューマに部屋の中に放り込まれてしまった。「ヨホホ！」と笑うリューマは、スカルジョークならぬミイラジョークを飛ばし、ナミに「パンツ見せてもらってもよろしいですか？」と聞く。
真夜中０時の鐘が鳴った。「夜討ち」の始まりだ！ アブサロムが将軍ゾンビとともに、ルフィ達を討ち取れと命じる。戦いに向かう者の中には、アブサロムに激しく求婚するイボイノシシのゾンビ・ローラがいた。しかし、アブサロムがナミと結婚すると言い出すと、ローラはナミを抹殺しようと…。
びっくりゾンビをあっさり倒したルフィたちだが、いつの間にかサンジ、そしてゾロまでも姿を消していた！ 原因がわからぬままロビンとフランキーとの三人になったルフィの前に、倒れても倒れても立ち上がってくる将軍ゾンビが現れる！
サンジによく似た性格の犬ペンギンがナミを守り、ゾロそっくりの技を使う剣士がルフィを襲う！ ロビンとフランキーの行く手をふさぐのは、巨大なスパイダーモンキーのタララン。そしてナミには、アブサロム絡みの嫉妬の炎を燃やすローラが、猛突進をかけてくる！
ついにナミを追い詰めたローラ。二本の刀がナミのナイスバディに突き刺さろうとした瞬間…「私、実は男なんだぜ！」というとんでもない嘘を、ローラは真に受けて、刀を持つ手をギリギリで止めた。一方、捕まったルフィは棺桶から出され、モリアの手にかかろうとしていて…。
ブルックがタラランに「鼻唄三丁矢筈斬り」を決める！ だが、ゾンビならばすぐに蘇ってしまうのでは…。対処をしたと言うブルック。するとタラランの口から、黒い何かが天に抜けていった。あれがゾンビの魂だろうか？ 五年前にスリラーバークをめちゃくちゃにした男・ブルックが、ゾンビの謎を明かす！
ルフィの影がモリアに切り取られた！ ペローナに使えるクマシーの中に潜む、ナミとウソップ、チョッパーも、その様子を目撃する。ホグバックが力を尽くして造り上げていた“没人形”900号にルフィの影を入れると、史上最強のゾンビが誕生してしまう！ 一同は900号の眠る特別冷凍室へ向かう。
震えるだけのナミ達に、なすすべは無かった。500年前に生き、歴史上で唯一“魔人”と呼ばれた狂戦士オーズから作った900号に、モリアはルフィの影を入れる。グラグラと揺れ、表面を覆う氷を落としながら、ついにオーズが蘇った！ 悲鳴を上げてしまったナミ達は、アブサロムに追われる！
剣豪リューマに挑むブルック。この戦い、実は初めてではなかった。ゾンビの弱点が塩であると知った５年前に、ブルックはゾンビ達を浄化していき、自分の影を持つリューマにたどり着いたのだ。しかし肉体のレベルは決定的にリューマの方が上。かなわないブルックは、アフロを切られそうになり…。
サニー号に戻るフランキー、ロビン、ウソップ、チョッパー。そこには予想通り、影を取られたルフィ、ゾロ、サンジが運ばれていた。アブサロムにさらわれて眠るナミは、ウェディングドレスに着替えさせられる。ルフィ達はナミと影を取り返す作戦を練る。助けてくれたブルックは…。
ブルックがアフロを守る理由。それは50年前に再開を固く誓った、同じ海賊団の仲間のためだった。その仲間とはクジラのラブーン。ラブーンならルフィ達も知っている。グランドラインへと漕ぎ出す前に出会っていたからだ。ルフィ達とラブーンの出会いと対決、そして別れがまざまざと甦る！
ルフィ、ゾロ、サンジの影を取り戻す…まずはそのゾンビをどう探すか。しかしルフィは、そんなことは気にしない。モリアを倒せば、全員の影が戻るからだ。言われてみればその通り！ ナミ救出に燃え上がるサンジ。フランキーとゾロは心配なブルックのもとへ。朝日が射し体が消滅する、夜明けまでがタイムリミットだ！
ルフィとチョッパーとロビンは、ルフィが影を取られたモリアのダンスホールへ。そこにはホグバックとシンドリーがいた。ルフィはホグバックをぶっ飛ばそうとするが、チョッパーが止める。こいつは俺に任せてくれないか？と。進むルフィは、その奥の特別冷凍室でモリアと再会する。
“ホロホロの実”の能力者であるペローナの生み出すゴーストも、相手の心を虚ろにするネガティブ・ホロウも、ウソップには通用しなかった。「おれはもとからネガティブだあ!!!」と、意気上がるウソップ。先へと急ぐサンジ、フランキー、ゾロ。しかしウソップは、周囲の動物ゾンビを倒す自信はなく…。
モリアをぶっ飛ばしても影は抜けない。「主人のもとへ帰れ」と、命令させなければならないのだ。ルフィを前に寝ころんだまま、余裕しゃくしゃくのモリア。なぜなら彼には、影法師（ドッペルマン）がいた。ルフィの攻撃を全て受け止め、反撃を仕掛けてくる！ ルフィはモリアに触れることさえ出来ない。
ナミを取り返し、“スケスケ”の能力者アブサロムを蹴り飛ばすサンジ。それでも怒りは燃え上がるばかり。アブサロムとは初対面だが因縁があると言う。サンジがただ一つ憧れていた悪魔の実“スケスケの実”が、アブサロムのせいで、もうこの世には存在しなくなってしまったからだ！
影法師を倒す手立てが見つからず、ルフィの苦戦は続く。一方のウソップは、動物ゾンビを倒し、残るはペローナと追いかけるが、窓の先に見つけた彼女は、何と空中に浮いていた！ 振り返ると、巨大ペローナが迫ってきている。宙を舞い狙撃をかわす彼女は、ウソップの胸に両手を突っ込み…。
宙を舞い巨大にもなるペローナは本体ではないと、ウソップは見破る。幽体離脱して脱け殻になっている本体に攻撃を仕掛けるのだ！ 必殺の“大爆発星”が炸裂するが…外した!? その頃チョッパーとロビンは、犬ペンギンとジゴロウに追いかけられていた。絶体絶命のピンチに現れたのは…。
ホグバック研究所の屋根が斬られて落ちる。それと共にゾロも降ってきた！ 青い炎に包まれ倒れるゾロを、見下ろしているリューマ。ずっとそばにいたブルックとフランキーも、何が起こったのか分からない。もう決着がついたのか…？ 今から５分前、ゾロとリューマは刀を交え始めたのだが…。
チョッパーとロビンを取り押さえる、犬ペンギンとジゴロウ。彼らはもう、完全にホグバックのしもべになってしまった…。命をもてあそぶかのようなホグバックに、チョッパーは激怒。するとホグバックは、シンドリーとの過去を話し始める。そして、そのシンドリーにチョッパーとロビンの抹殺を命じる！
ルフィの影が“没人形”になじんたオーズは、モリアが主人だと自覚する。最初の任務は、麦わらの一味をぶっつぶすこと！ 左腕に貼られたそれぞれの手配書と見くらべ、早速モリアのそばにいたルフィを見つけて攻撃する！ すると建物が崩れ、ホグバックと戦うチョッパーとロビンの所へ…！
チョッパーとロビンに合流したウソップに、リューマと戦った塔の上から、フランキーやブルックと一緒にいるゾロが呼びかけてくる。一同がオーズから身をひそめる中、アブサロムにさらわれたナミを追うサンジが、オーズの巨体と真正面からにらみ合う！ オーズは手配書からサンジを見分け…。
サンジだけでなくウソップ達やゾロ達も、オーズに叩きのめされてしまった！ 手配書と見くらべ、残る目標を探しに出て行くオーズ。ここにはいないルフィとナミ、ウソップと同一人物だとはわからなかったソゲキングだ。その頃、アブサロムの結婚式で、誓いのキスを受ける直前にナミは目を覚ました！
超巨体のオーズを一丁投げ飛ばそうと、ゾロは秘策を提案。サンジ、ロビン、フランキー、チョッパーは作戦に乗る。ビビるウソップ。そこにオーズは、ルフィも使わない“ゴムゴムの尻もち”を放った！ 一味はフランキーを核に合体して対抗しようとするが、ロビンが「人として恥ずかしい」として合体を拒み…。
オーズから１ダウンを奪ったゾロ達。フランキーは懲りずに合体を望むが、ロビンは相変わらず断固拒否。やむなく６体合体をあきらめ、ウソップにチョッパーを加えた３体合体でオーズへ突進していく！ その頃、ペローナはスリラーバークの宝をサニー号に積んで出て行こうとしていたが…。
ゾロはオーズに真っ向から挑んで行く。リューマを倒して手にした名刀・秋水を試すのに絶好の機会だ！ 一方、突然姿を現したバーソロミュー・くまは、モリアと面会していた。くまはルフィに倒されたクロコダイルの後釜として、“黒ひげ”マーシャル・Ｄ・ティーチが王下七武海に入ると告げる。
自分では手を下さずに海賊王を目指していたモリアが、ルフィを倒すためについに出撃、オーズの腹部に作らせておいたコクピットに乗り込む！ ルフィを欠く麦わらの一味だが、凄まじい勢いで連係攻撃。だが、まるで動じないオーズは、影であるルフィゆずりの“ゴムゴムの銃”を放つ！
オーズは次々に、本当に体を伸ばしながらゴムゴムの技を放ってくる！ それはモリアの分身である影法師の“影革命”によるものだった。動きを封じようと、ロビンは“ハナハナの実”の能力でモリアをクラッチする。ところがモリアは影法師と瞬時に入れ替わってかわし、ロビンの影を切り取ってしまう！
サンジとチョッパーもオーズの前に倒れ、残るはゾロ、ナミ、ウソップの三人。ゾロも敗れるが、その隙に、ウソップはゾンビの弱点である塩の詰まった袋を、オーズの口に撃ち込む。ところが、またしても影法師が活躍し、塩の袋を取り出してしまう。そこへ、“ナイトメア・ルフィ”が現れる！
ナイトメア・ルフィは、乗っていたモリアごとオーズを倒す。ルフィに入れていた100人分の影は抜け、元の姿に戻る。モリアに奪われた影を取り戻すには、「本来の主人のもとへ帰れ」と、影に命令させなければならない。日の出が迫る中、モリアを叩き起こして力ずくでも言わせようとするが…。
麦わらの一味の連続攻撃で、今度こそオーズは倒れるが、モリアは“影の集合地”で1000体分の影を取り込んでパワーアップした！ 朝日が射し始める中でも、ローラは逃げ出さずに立ったまま。なぜなら麦わらの一味も、勝負を捨てずに立っているからだ！ そのローラの頭が、朝日を受けて燃え始め…。
倒したモリアの口から、全ての影が吹き上がる！ しかし体に戻る前に朝日が昇り、影を奪われているルフィ、サンジ、ロビン、ローラは頭から燃えていく！ 影は…影は間一髪で戻っていた！ ローリング海賊団にも、シンドリーの影の主であるマルガリータにも。ところがそこに、くまが現れる。
モリアを倒し、影を取り戻した麦わらの一味とローリング海賊団の前に現れたくま。彼は“ニキュニキュの実”を食べた肉球人間だった！ 掌にある肉球で、ゾロの斬撃も、ウソップの“火の鳥星”も、すべてを弾き飛ばしてしまうのだ！ しかも頭は、蹴ったサンジが脚を痛めるほど硬い！
肉球で圧縮した大気を放つ“熊の衝撃”で、くまは全てを吹き飛ばしてしまう。横になったままのルフィに、無表情で迫るくま。そこにゾロが飛び込み、左肩めがけて斬りつけた！ ところが…驚愕の表情を浮かべるゾロ。何と傷口からは機械が覗き、くまは口からビームを放ったのだ！
くまはゾロにルフィのダメージを移して去り、モリアはホグバックとアブサロムに小舟に乗せられ、スリラーバークを脱出した。奪われた影を取り戻したことと勝利を祝って、ルフィたちは宴の準備！ そこにローリング海賊団のリスキー兄弟が現れ、くまがしたことの一部始終を見たと言い出す。
勝利の宴の席で、ルフィからクジラのラブーンの健在を知り、ブルックは号泣する。まだラブーンが小さかった頃、ブルックが生身の人間だった頃の想い出が、まざまざと甦ってくる…。ブルックはかつて、ヨーキの率いるルンバー海賊団に所属。音楽を通して、ラブーンと心通じ合っていたのだ。
ラブーンと再会を誓い、ルンバー海賊団は旅立った。しかし全滅し、“ヨミヨミの実”で蘇ったブルックだけが、骨だけになってひとり寂しく生き続けていたのだ。ブルックは、海賊団全滅の直前に、「ビンクスの酒」の唄をラブーンに聞かせようと録音していた。それは、仲間達の最後の大合唱だった…。
生きているからこそ、今日という日を迎えることが出来る。生きていればきっと、またいつの日か、ラブーンと再会出来る時も来るだろう。「生きててよかったあ！」と、心の底から叫ぶブルック。同じ頃、ラブーンも人知れず目を閉じて、水平線の果てまで届けと鳴き声を轟かせていた！
スリラーバークを出た麦わらの一味は、ドランが支配人を務めるリゾート船のスパアイランド号で羽根を伸ばしていた。そこへかつて一味にデービーバックファイトを挑んできた、フォクシーが現れた！
フォクシーの狙いは、宝石を作る発明が書かれた手帳を持つサヨとリナの姉妹。黒幕だったドランはサヨをさらう。「この船ブッ壊すか」。ルフィに賛同した一味の技が、スパアイランド号に炸裂する！
ウォーターセブンを出る時から記録指針（ログポース）が指していた、海底の楽園・魚人島にサニー号は進む。数々の冒険が記された航海日誌を読んだブルックは、麦わらの一味にふさわしい男になろうと気負う。
遊蛇海流を切り抜けたサニー号は、赤い土の大陸（レッドライン）の前に着く。一味は世界を半周したのだ！ 記録指針が真下を指したまま動かないため、サブマージ３号で深海を探るが、魚人島への進路は分からず…。
深海から上がって来た海兎の口から飛び出した、人魚のケイミーとヒトデのパッパグ。ルフィたちは魚人島から来た二人に行き方を教えてもらう代わりに、囚われた彼女達の友人・はっちんの救出に乗り出す。
はっちんが囚われているトビウオライダーズのアジトへ、サニー号は急ぐ。艦の中にいたはっちんは、アーロン一味だったはっちゃんのことだった！ 麦わらの一味が救出を止めたため、ケイミーとパッパグは海へ飛び込む。
ナミがはっちゃんを許し、麦わらの一味と「トビウオライダーズ」は全面衝突！ ゾロが艦を斬り、はっちゃんは自由に。ルフィは、ヘッドのデュバルの部屋に突入し、鉄仮面に隠された素顔を見る。
サンジの似てない似顔絵の手配書にそっくりなデュバルを、サンジは蹴る！ 海軍本部や賞金稼ぎに追われる逆恨みで、ナミまで危険にさらしたからだ。反撃するデュバルは、サンジを海に引きずり込み…。
魚人島は赤い土の大陸を抜けて新世界へ出る、海底ルートにある。ルフィたちは、サニー号が海中を航海できるようになるコーティングをしてもらうため、シャボンディ諸島に上陸。はっちゃんの知る、コーティング職人に会いに行く。
シャボンディ諸島には、シャボン玉状の特殊な天然樹脂を活用したユニークな文化が根付いている。快適なチャボンチャリを気に入ったルフィ。そこに、首輪をした海賊が助けを求めて現れた。首輪は爆発！ 人々は近くに天竜人がいると感じて緊張する。
襲い来る賞金稼ぎを難なく倒すルフィたち。そうして、諸島の中でも政府の目の届かない、無法地帯に入っていく。コーティング職人のいるＢＡＲに着いたはいいものの、店主のシャクヤクがいるだけ。職人のレイリーは、半年前から留守にしていた。
レイリーを探しにＢＡＲを出たルフィ達は、遊園地・シャボンディパークへ直行。観覧車に乗るのが夢だったケイミーは興奮する。だが、ルフィ達に人魚が同行していたとの情報を得ていたピーターマンが、ケイミーをつけ狙っていた！
人間オークションにエントリーされてしまったケイミー。そこにはレイリーもいて、彼からガープに知らせが入る。オークションスタート。ウソップが、オークションハウスに人魚が持ち込まれたことを聞き出し、トビウオ全機が急行する！
人間オークションにエントリーされてしまったケイミー。そこにはレイリーもいて、彼からガープに知らせが入る。オークションスタート。ウソップが、オークションハウスに人魚が持ち込まれたことを聞き出し、トビウオ全機が急行する！
オークションハウスに先に着いたナミたちは、いま手元にある２億ベリーでケイミーを取り戻そうとスタンバイ。しかし“天竜人”チャルロス聖が、いきなり５億ベリーを提示！ そこにルフィとゾロを乗せたトビウオが突っ込んでくる！
ルフィがチャルロス聖をぶっ飛ばしたのをきっかけに、麦わらの一味は大暴れ！ ケイミーを救おうと、首輪の鍵を探す。会場にいた“億”超えの賞金首、キッドとローも見守る。そこにレイリーが姿を現し、“覇気”を使う。
ルフィが天竜人をぶっ飛ばしたことで、海軍本部の大将がやって来ることになる！ シャボンディ諸島の人々は騒然。世界政府の中心地・聖地マリージョアで頭を抱えるセンゴクに、黄猿が自分が出向くと名乗りを上げる。
天竜人救出に向けオークションハウスを包囲する海兵の大軍勢を、ルフィとキッドとローは、悪魔の実の能力を全開にして蹴散らす！ ルフィは二人に「ひとつなぎの大秘宝」は俺が見つけると宣言。三人の間に緊張が走る。
レイリーと逃げた麦わらの一味とケイミー達は、シャクヤクのＢＡＲへ戻る。そこでレイリーは“海賊王”ロジャーの海賊団で副船長をつとめていた過去を明かす！ そしてロジャーは海軍に捕まったのではなく、自首したのだと語り出し…。
レイリーが、魚人島への海中航海が可能なようにサニー号をコーティングする３日の間、麦わらの一味はＢＡＲを出て海軍から身を隠さなくてはならない。上陸した黄猿は大暴れ！ そしてルフィ達の前に現れたのは、くま…!?
次々とビームを撃ち込むくまを倒そうと、麦わらの一味は全力を尽くす！ 一方、黄猿のところにも現れていたくまは、巨大化したウルージと格闘中！ 見守るドレークはくまが本物ではなく、“パシフィスタ”であると見抜いていた。
キッドとローのもとにも送り込まれていたパシフィスタに、両海賊団は応戦。麦わらの一味は必殺技を連携して放ち、パシフィスタを破壊する！ だが、息が上がるルフィ達の前に、戦桃丸が新たなパシフィスタを連れて出現した！
キッド海賊団とローが率いるハートの海賊団も必殺技を放ち、パシフィスタを破壊する！ 逃げると決めた麦わらの一味だが、遂に現れた黄猿がゾロにとどめを…!? だが、その寸前、レイリーが飛び込んで黄猿の蹴りを止めた！
さらに現れた本物のくまに、消されたゾロ。しかも、ブルック、ウソップ、サンジまでもが、次々に消されていく！ くまは黄猿と戦うレイリーに耳打ちした後、フランキー、ナミ、巨大化して暴走中のチョッパー、ロビンも消してしまう！
ぐらんどジパングの町は夏祭りの準備で大忙し。ウソップから百年に一度の大みこしレースの話を聞いたルフィ親分は、さっそく参加することを決定した。優勝すれば、ぐらんど神社の御神宝によってどんな願いも叶えられる。そのうえ副賞は百万両ベリー！ ところが、スリラー商会の一団が現れ…。
記憶を取り戻したブルックは、悪事を行うスリラー商会へ単身乗り込むが、反対に捕まってしまう。一方、ブルックを案じるルフィ親分たちは、通りすがりの町娘ロビンの話からブルックを誤解していたことを知り、救出に向かう。そして、間一髪のタイミングで門をぶち破り、商会に突入。ゾンビたちを蹴散らしていく！
“ニキュニキュの実”の能力者・くまの肉球に触れたルフィは、消されたのではなく弾かれていて、ひたすら空を飛び続けていた。仲間を思い、海に落ちたら死ぬなと考えていたルフィは、そのうち眠ってしまう。そして彼は、生きてジャングルの中に着地した！
ここは女ヶ島、女性だけの国「アマゾン・リリー」だ。男と知られたルフィは牢獄に放り込まれ、男を初めて目にする護国の戦士たちの注目を浴びる。数百年続く男子禁制の絶対の規律を守るため、彼女たちはルフィに向かい、いっせいに矢を放つ！
ルフィは戦士の一人マーガレットから、女ヶ島が無風で海王類の巣窟である“凪の帯（カームベルト）”に囲まれた島で、船は毒蛇“遊蛇（ユダ）”が引く、ハンコックの海賊船しかないと聞く。イカダで海へ出るルフィだが、作りが悪く沈んでしまい…。
略奪に出ていたハンコックが率いる九蛇海賊団が帰港した。船長だけでなく皇帝でもあるハンコックは、子供や年寄りへの感謝の気持ちもない最悪の性格。しかし、美貌と“メロメロの実”の能力によって、国民の絶大な支持を得ていた。
ハンコックが入浴中の九蛇城に飛び込んだルフィは、彼女の背中を見る。死んでも背中は見られたくなかったハンコックは、老若男女を問わず狙った相手を石に変えてきた“メロメロ甘風（メロウ）”をルフィに放つ！ ところが…。
ルフィは闘技台へ送られ、ハンコックの妹であるサンダーソニアとマリーゴールドの手で公開処刑されることに！ “ヘビヘビの実”の能力者の２人は、緑と黄の大蛇にそれぞれ姿を変える！ 負ける気がしないルフィは迎え撃つ！
「覇王色」の覇気を放ったルフィに全員が怯むが、ハンコックは徹底的に打ちのめすよう妹たちに命じる。マリーゴールドの吐く猛毒は、直撃せずとも気体となって立ちのぼり、ゴムゴムの技を鈍らす。そしてルフィは、剣を逆立てた溝に落とされる。
戦いで露わになったサンダーソニアの背中を、死んでも見られたくないだろうとルフィは覆う。二人に勝ったルフィは、船を出してほしいという自分の望みを捨て、石にされたマーガレット達を元に戻すようハンコックに頼む。
ルフィに惹かれるハンコックは、彼の望みを聞き入れ、シャボンディ諸島まで海賊船を出して送らせることにする。さらに今回の大収穫を祝う宴での食事も許す。しかし宴は、男のルフィに対するピリピリムードに満ちていた。
ハンコックが病に倒れた！ 胸を押さえ熱っぽく苦しんでいるようなのだ。ところが、エースを助けたいルフィが、彼女自身が海軍船に乗ることで大監獄インペルダウンまで送って欲しいと頼むと、途端に頬を赤らめて了承する。
海軍船に忍び込んだルフィ。客室に二人きり…ハンコックの妄想が止まらない！ 一方、ルフィと同様に麦わらの一味も生きていた。ナミは空島・ウェザリアに、フランキーは未来国バルジモアへと飛ばされていたのだった。
ハンコックの協力で海軍船に忍び込んだルフィと同様、くまに飛ばされただけだった麦わらの一味も、それぞれに行動を開始していた。チョッパーが着地したのはトリノ王国、そサンジが着地したのは…カマバッカ王国!?
雪原に埋もれていたロビンは、少女ソランに助けられる。そこは各国の犯罪者らが投入され700年ものあいだ巨大な橋を造り続けている「テキーラウルフ」。一方、ウソップは熱帯のボーイン列島…巨大昆虫や食人植物の住む森にいた。
スリラーバークでくまに弾き飛ばされていたペローナは、シッケアール王国の跡地にいた。そこへ降って来たのはゾロ！ 敵だった傷の癒えぬ剣士だが…ペローナは看病を始める！ その頃、ブルックは「ハラヘッターニャ」に召喚され…!?
ドフラミンゴの七武海脱退のニュースは瞬く間に各地へと広がり衝撃をもたらす。さらにルフィとローに続き、キッド、アプー、ホーキンスによる海賊同盟が結成されたことが明らかになった。キッドはルフィたちが四皇の誰を狙っているかを気にする。一方、サニー号ではシーザー受け渡しの交渉が始まった。ドフラミンゴに喉から手が出るほど欲しい物を持っていると告げられるルフィ。まんまとペースに乗せられるルフィだが、ローは会話を遮って取引の話を続ける。まずドフラミンゴはシーザーの無事を確認させろと要求した。
ドレスローザへ到着したルフィたちは、スマイルの製造工場の破壊と錦えもんの仲間の侍を救出するチーム、シーザーの引き渡しを行うチーム、サニー号に残って船の安全を確保するチームの3つに分かれて行動することにした。ローはナミにビブルカードを渡し、もしものときにはゾウで待っている仲間の元へ行けと説明する。さらにドレスローザの地図を見せ、それぞれの役割分担に関して説明しようとするが、それが終わらぬ内にルフィたちのチーム、そして船に残るはずだったサンジが、いつの間にか街へと向かってしまう。
有り金すべてを賭けて最後の勝負に出た盲目の男。周囲が固唾を飲み見守る中、ルーレットが回り、白に賭けた盲目の男が勝利する。手下たちはまたしても黒だと騙しにかかるが、ルフィが男の勝ちだと指摘する。余計なことを言うなと手下たちが脅し、店内は騒然となるがルフィは気にしない。しかし、面子をつぶされた手下たちは収まらず一斉に襲い掛かかってきた。盲目の男はルフィを下がらせ、先ほどまでとは打って変った表情になり、刀を抜くと次々と手下たちを斬り捨てる。そして次の瞬間、手下たちに異変が起こった。
コリーダコロシアムでは司会者がバトルショーのルールを説明していた。挑戦者たちは各ブロックに分かれて戦い、勝ち上がって挑戦権を得た後、セニョール・ピンク、デリンジャー、ラオ・G、マッハバイス、そしてコロシアムの英雄Mr．ディアマンテらと戦って勝たねばならない。その姿がスクリーンに映り観客たちは熱狂する。一方、ドフラミンゴがメラメラの実を手に入れたことを聞き出したルフィは誰にも渡さないと決意していた。フランキーからチャンスを逃すなと後押しされ、ルフィはバトルショーへの出場を決める。
優勝賞品となったメラメラの実を手に入れるため、コリーダコロシアムで行われる剣闘会に出場することにしたルフィ。単独行動になるルフィが無茶をしないか心配したフランキーは絶対に名前を明かさないよう念を押すが、登録するさいに思わず本名を書いてしまいそうになる。結局、ルーシーと名前を偽ったルフィは、係員に案内されて一人で控室に向かう。その姿を見送るフランキーは、何故か落胆していた片足の兵隊に声をかけた。何か知っていると思ったフランキーは工場について聞いてみると。片足の兵隊はあわて始めた。
ルフィに防具の重量オーバーを教えながら、メラメラの実を手に入れるのは自分だと豪語するキャベンディッシュ。うっかり本当の名前を言ったルフィに控え室は騒然となるが、名札のせいで言い間違えだと思われて事なきを得る。それを聞いていたキャベンディッシュはルフィなら生かしておかないと言う。3年前、2億越えのルーキーとして新世界にデビュー、人々から持てはやされたが、ルフィたち『最悪の世代』の登場でかすんでしまったことを逆恨みし、メラメラの実を手に入れ、後輩たちの命を奪おうと考えていたからだ。
かつて戦ったベラミーと再会するルフィ。一触即発かと思われたが、意外にもベラミーは戦おうとはしなかった。ベラミーから空島へ行ったことを聞かされ、ルフィはスカイピアに手を出さなかったかと聞く。だが、ベラミーは答えをはぐらかし、自分の世界がひっくり返ったと告げた。もはやルフィに恨みはなく、ドフラミンゴの船に乗るためにも優勝すると言うと、お前を笑わないと言い残して試合に向かう。一方、グリーンビットへ向かったシーザー引き渡しチームだが、周囲に生息する闘魚のため、橋の前で足止めされていた。
盛大なブーイングをものともせず、観客目がけて何かを投げ返すバルトロメオ。爆弾だと思い込み、先を争って逃げようとする観客たち。しかし、投げ込んだものがただの黒いボールだとわかった観客はさらにヒートアップ、バルトロメオに激しいブーイングを浴びせた。やがて華々しい戦歴が紹介され、ベラミーが登場する。この試合に優勝することでドンキホーテファミリーの幹部になるというのだ。参加者138人が揃い、人数の多さに誰を見ればいいのかと迷うルフィに、キャベンディッシュは自分の見たてを教えようと申し出る。
ガープへの恨みを語るチンジャオと、本物なら命はもらうと詰め寄るキャベンディッシュに挟まれ、逃げ場を失ったルフィ。誤魔化そうとするが通用せず、チンジャオの奇襲攻撃を受ける。咄嗟に避けたものの、今度はどちらがルフィを倒すかを巡って対立、チンジャオの頭突きとキャベンディッシュの名刀、デュランダルが激突する。怒ったルフィはチンジャオを殴るが効果はなく、キャベンディッシュからはこの力はルフィに間違いないと言われる始末だ。なおも暴れるチンジャオだったが、駆けつけたサイとブーが止めに入った。
身体に触れることなくハックを倒したバルトロメオ。まさかの大番狂わせに観客席から罵声が飛び交った。リング上では乱戦状態が続き、ブルー・ギリーの蹴りを受けたリッキーが倒れ、刃のない剣を使うことを嘲笑されながらも、ドフラミンゴへの憎しみを口にする。雇われた選手たちは命令に従いブルー・ギリーへ刃を向けるが、ダガマに背後から斬られてしまう。実はダガマはブルー・ギリーと組んで他の選手たちを駒として利用していたのだ。しかし、そのダガマも最後はブルー・ギリーの裏切りで、水中へ落下してしまう。
大乱戦の末、Bブロックを制したのはバルトロメオだった。コロシアムに観客のブーイングが飛び交う中、キャベンディッシュたちがいないことを確かめ、ルフィは控室へ戻る。負傷したべラミーを見つけてねぎらいの言葉をかけるが、ベラミーは敗北したのは自分の力不足だと自らをあざ笑う。すでに覇気を始めとするルフィの実力を認めていたのだ。そして、ルフィがなぜ自分を応援したのかとたずねた。偶然、その場を通りがかったバルトロメオは、ベラミーがルフィを『麦わら』と呼んだことを聞き、ただならぬ反応を示す。
巨大な植物の生い茂る島グリーンビットへ上陸したウソップたちは、座礁した海軍の船を発見する。やがて海兵が現れるとロビンが言うと、シーザーは海楼石の錠を付けたままでは捕まると怒る。海兵がなぜ島を訪れたのかと意味ありげに尋ねるロビンをはぐらかしながら、ローは取引を続行すると断言した。様子を探るため、ひとまずロビンとウソップが先に森へ入ることになる。偶然、海軍が何者かに身ぐるみ剥がされる現場に居合わせ、目にも止まらぬスピードで動く物体を捉えるロビン。その手にはなんと小人の姿があった。
傷つき倒れながらも信念を曲げずヴァイオレットを信じるサンジ。男たちはどこまでだまされるのかとサンジをあざ笑い、全員で襲いかかるが、ヴァイオレットの技で気絶する。ヴァイオレットはサンジの錠を外し、涙を浮かべ敵である自分を信じてくれたことに礼を言う。ヴァイオレットの身を案じたサンジは一緒に島を出ようと説得する。しかし、ヴァイオレットはサンジたちがすでにドフラミンゴの罠にはまり、行動は全て筒抜けだったと教えると自分の頭の中をのぞかせた。そこにはおどろくべき事実が記されていたのだ。
シーザー引き渡しまであと2分。ドフラミンゴを待つローのもとに、サンジから連絡が入った。ドフラミンゴを裏切ったヴァイオレットと一緒に逃げ回るサンジたちは、組織の追跡に苦労している真っ最中だったが、入手した情報は一刻を争うものだったのだ。その情報とは、ドフラミンゴが王下七武海を脱退していないという衝撃的なものだった。あまりの衝撃に状況がつかめないロー。話は少し時間をさかのぼり、ヴァイオレットの能力でサンジが見せられた映像、麦わらの一味がドレスローザに到着する少し前の出来事だった。
ドフラミンゴと海軍大将藤虎に挟まれ、まさに絶体絶命となったロー。藤虎はシーザーがドフラミンゴの部下なら恩赦だと判断した。そして次にローについて言及する。藤虎はルフィと同盟を組んでいれば黒、部下ならば白で捕えないという。ひとまずローは時間を稼ぐため同盟だと答える。ならば逮捕すると藤虎が刀を抜いたその瞬間、上空から巨大隕石が落ちてきた。その場にいた全員が散り散りに逃れたかに思えたが、土煙が収まり、ロー、藤虎、ドフラミンゴの3人だけが足場と共に現れる。藤虎はほんの腕試しだと告げた。
ドンキホーテファミリーの幹部、アトアトの能力者ジョーラの急襲を受けたサニー号。男部屋の変わりようにおどろくナミたちだが、ジョーラのイメージの塊をぶつけられ、今度は自分たちがとんでもない姿に変えられてしまう。ジョーラに元に戻せと詰め寄るナミ。逆にジョーラはモモの助を渡せば元に戻すとナミに取引を持ちかけるが、従わないとみて、再びイメージの塊を投げつける。ナミが抜け穴の蓋でそれを防ぎ、みんなは甲板から逃れた。隙を見たチョッパーがソルジャードッグシステムを動かし、全員が海上へと脱出する。
渾身の一撃を放ち、巨人族の戦士ハイルディンを倒したルフィ。まさかの勝利にレベッカをはじめとする誰もがおどろき、割れんばかりの歓声が上がる。しかし、ルフィは応えようとせず、倒れたブルータルブルにねぎらいの言葉をかけると、安全な場所へ運ぶ。一方、イデアは倒れたハイルディンを一瞥すると、破壊砲で場外へ吹き飛ばした。爆発に劣らないパンチの威力を見せつけ、優勝するのは自分だとファイティングポーズを取ってルフィを挑発するイデア。その力を認めたのか、ルフィも毅然とした表情になって構えた。
大混乱となったCブロックは、残る40名あまりが激しい接戦を繰り広げ、戦いは終盤に差しかかろうとしていた。ルフィから兜を奪った追剥のジャンは、首領・チンジャオから命を狙われるルーシーこそ、本物のルフィに違いないと武器を拾い集め、その命を奪う機会を伺う。一方、快進撃を続けるケリー。実はケリーが巨大化したかに見えていたが、ジャケジャケの能力で弟のボビーに自分を着せ、その人格を乗っ取っていたのだ。この姿こそ殺し屋ファンク兄弟の正体で、凶暴かつ圧倒的なパワーによって、ブーをKOしてしまう。
覇気のぶつかり合いによって、ほとんどの選手たちが場外に飛ばされた。残るのはルフィとチンジャオのみ。攻撃の手を緩めようとしないチンジャオだったが、いきなり声を上げ、大粒の涙を流し始めた。呆気にとられる観客たち。そしてチンジャオは自分からすべてを奪ったガープへの恨みを晴らすと言うと、ふたたびルフィに襲い掛かかる。一方、コロシアム周辺では錦えもんとサンジが思わぬ足止めを食っていた。出入り口を始め、付近にはバトルショーに出場した犯罪者たちを捕えようとする海兵たちで固められていたからだ。
思わぬことからロビンと共に、伝説のヒーロー、ウソランドとしてトンタッタ族を率いて戦うことになったウソップ。案内された地下通路はグリーンビットからドレスローザへと通じていて、間もなくエアポートへ到着する。すでに離陸を待つばかりのイエローカブ、ピンクビーの昆虫部隊が集結、ウソップたちもリニアフォックスに乗って出撃した。トンタ長であるガンチョはウソップとロビンの元に現れ、一緒に戦ってくれることに礼を言うと、ドフラミンゴとトンタッタ族の因縁は10年どころか、約900年前に遡ると語り始める。
ルフィとチンジャオの一騎打ちもついに終盤に差し掛かる。ガープとの因縁を明らかにしたチンジャオが仕掛ける最後の攻撃を迎え撃つルフィ。今、波乱のＣブロックに決着の時が訪れようとしていた！
激戦の末、見事にＣブロックの勝者となったルフィ。だが、喜ぶ間もなくキャベンディッシュ、さらにチンジャオに追われ逃げ出すはめになる。女剣闘 士レベッカに救われたルフィが知った、レベッカの背負った宿命とは？！
囚人剣闘士たちの存在によって、ドレスローザの闇を垣間見たルフィに、レベッカが明かすメラメラの実を手にいれようとする理由。そのあまりにも過酷で悲しい過去が明らかになる。幼いレベッカとおもちゃの兵隊、二人の間に何があったというのか……
観客たちが容赦ない罵声をレベッカに浴びせるのを聞き、怒るルフィ。同じく腹に据えかねたキャベンディッシュが、命を奪いたければ自ら武器を取ってリングへ上がれと観客たちを一喝する。その直後、観客たちの態度は一転、割れんばかりの歓声でキャベンディッシュを褒め称えた。これにはキャベンディッシュを苦手なルフィも感心する。庇ってくれた礼を言うレベッカに、試合が始まれば敵同士だと言いながら3年ぶりに人気を得たことで上機嫌のキャベンディッシュ。そして、137名によるDブロック開始のゴングが鳴り響く。
切り札であるシーザーの心臓を奪い返され、まさに絶体絶命のロー。そのころ、サニー号を取り戻すべく、ジョーラ相手に戦うナミたちだったが、武器をアートにされてしまい苦戦していた。はたして起死回生のチャンスは訪れるのか？！
強豪たちが入り乱れ、激戦となったＤブロック。素早い身のこなしを武器に順調に勝ち進むレベッカ。試合は中盤に差しかかり、場内が興奮のるつぼと化す中、キャベンディッシュが颯爽と剣を抜き、華麗な剣さばきを披露する！
ドフラミンゴの魔手から、間一髪のところでナミたちを救ったサンジ。仲間を傷つけられ怒りに燃えるサンジをあざ笑うかのように挑発するドフラミンゴ。激しい技と技がぶつかり合い、サニー号を舞台にまさに死闘ともいえる戦いが始まる。
ナミたちをゾウへ向かわせ、ドフラミンゴと対決したロー。海賊同盟を組んだ真の目的を明かし、ローはジョーラを解放する。13年前の因縁を逆恨みだと罵倒され、怒りに燃えるローは恨みではなく、ある人の本懐を遂げるため、今まで生きてきたのだと叫び、ドフラミンゴに斬りかかった。すさまじい戦いが繰り広げられ、橋が崩壊するが決着はつかない。一方、追手から逃れ、一路ゾウを目指すサニー号では、フランキーと連絡を取っていたサンジが、モモの助の姿がいつの間にか竜に変わっていて、様子がおかしいことに気づく。
ゾロからルフィ捜しを頼まれ、やる気満々のバルトロメオは、Ｄブロックの試合に沸くコロシアム中をひた走る。一方、囚人たちと共にレベッカに声援を送るルフィだったが、次の相手は最凶と呼ばれるローガン。レベッカの剣舞は通用するのか？！
思わぬ形で憧れのルフィと遭遇したバルトロメオ。感激で言葉にならないものの、どうにかルフィを呼び止める。そのころ、地下にはなおも敗者たちが落下していた。困惑する敗者たちの中で、ドレスローザの軍団長タンクはリッキーに膝まづき、リク王ではないかと尋ねる。兜を脱ぎ自分がリク王だと認めるリッキー。タンクは涙を流してドフラミンゴに下ったことを詫びるが、リク王はヴィオラを守るためだとねぎらう。リク王との再会を喜ぶエリザベローは、リク王が消えて国同士のバランスが乱れ、戦争が絶えないことを嘆く。
どうにかルフィに追いついたバルトロメオ。ゾロからの伝言を伝え、道案内を買って出る。そのころ、花畑ではレベッカの父、片足の兵隊が10年前の事件の真相が語りはじめていた。かつて、貧しいながらも互いに助け合い、深い絆で結ばれた国ドレスローザでは、リク王一族が治める800年もの間、一度も戦争が起こらなかった。しかし、気づかないうちに、恐るべき計画が進み、その先兵としてモネが王宮に送り込まれたと聞き、ウソップとロビンがおどろく。そして、突如、舞い戻ったドフラミンゴにより平和な状況が一変する。
ドフラミンゴの罠にはまり暴走するリク王。さらに兵士たちまでもが加わったことで被害者が続出する。国中のパニックを鎮めるため、ドレスローザは海軍の出動を要請した。目の前で繰り広げられる惨劇に目を疑うヴィオラだったが、侍女として入り込んでいたモネによって人質に取られ、王宮内へのドフラミンゴの部下たちの侵入を許してしまう。一方、ドフラミンゴの意のままに操られ、無念の涙を流すリク王は、自らの手で人々を傷つけることに耐え切れず、死すら願い絶叫する。しかし、その悲痛な叫びは誰にも届かなかった。
場内を駆けずり回りようやくゾロ、錦えもんと再会したルフィ。幹部になるため、ルフィの命を狙うベラミーだったが、試合中に応援されたこともあり踏み切れずにいた。思わずナイフを落とすベラミー。その音で振り向くルフィだが、そこにはナイフだけが残されていた。立ち去ろうとするべラミーの前にデリンジャーが現れる。デリンジャーからドフラミンゴが自分の始末を命令していたと聞かされ耳を疑うベラミー。血相を変えるべラミーだが、豹変したデリンジャーのすさまじい蹴りを食らい、勢い余って壁に叩きつけられる。
見せしめにするかのようにローの処刑を開始するドフラミンゴ。奪い返そうとするゾロと錦えもんだが、周囲を海軍に囲まれてしまう。瀕死のローを目の当たりにして怒りに燃えるルフィと不気味な笑みを浮かべるドフラミンゴ･･･。
ドフラミンゴに裏切られ、呆然自失のべラミーを処刑しようと、容赦なく襲いかかるデリンジャー。一方、サニー号をゾウへ行かせ、ドフラミンゴの待つ王宮へ向かうべく、出口を探すルフィの前に現れた帽子の男、その正体は……
謎の男にメラメラの実を任せ、ドフラミンゴのもとへひた走るルフィたち。一方、ＳＯＰ作戦を開始、おもちゃの家に向かったウソップたちの前にも予想外の敵が登場する。一筋縄ではいかない相手を倒すべくフランキーが立ち上がった！
決勝進出の座を巡り、激戦、また激戦のＤブロック。片足の兵隊への思いを胸に懸命に戦い続けるレベッカだが、悪名高き首はねスレイマンとの力の差を見せつけられてしまう。絶体絶命のレベッカに勝機はあるのか！！
一瞬の間に選手全員が倒れるという異常事態が発生した。ただ一人、立ち上がり勝者となったレベッカだったが、納得しない観客たちから激しい罵声を浴びせられる。それを見ていたバスティーユは部下たちにかつて、ロンメル王国で起きた『ロンメルのカマイタチ』について語る。それは、夜ごと人を切り裂く風が吹くという怪事件で、出動した海軍も犠牲者が続出した。ハクバという男が犯人だと突き止めたが、捕えることはできなかった。しかし、ハクバは行く先々で事件を起こし、そこには必ずある海賊が現れていたという。
予選が終了し、決勝戦の開始を待つコロシアムでは、突如、出場選手の変更が告げられた。幹部たちの欠場に不満の声を上げる観客たちだが、ディアマンテの参戦に歓声を上げる。一方、辛くも勝利したレベッカは、負傷者の手当てでごった返す中、タンカで運ばれるアキリアに胸の中で礼を言い、そっと見送った。やがてルーシーに気づくレベッカだが、偽物だとわかって身構える。しかし、謎の男は悪いようにはしないと耳打ちした。バルトロメオと共に去った謎の男もまた、この国が俺たちの国と似ていると意味ありげにつぶやく。
決勝開始が迫り、各ブロックの勝者たちの入場が始まった。謎の男が成りすました偽者と知らず、ルーシーに声援を送る観客たち。続いてバルトロメオ、バージェス、観客たちから罵声を浴びながらレベッカが入場する。最後に登場したディアマンテは、派手な登場とパフォーマンスで観客たちを煽り、場内のムードを盛り上げた。レベッカを挑発するディアマンテだが、突如、乱入してきたDブロックの敗者たちが試合を無効だと難癖をつけレベッカに襲いかかろうとすると、興業の邪魔をするなと言い放ち、その前に立ちはだかる。
ルフィ出現の報告を受け、怒り心頭のドフラミンゴ。王宮を目指し、快進撃を続けるルフィたちだったが、最高幹部ピーカにより行く手を阻まれる。巨大な壁を操って迫り来る敵を相手にルフィはどう切り抜けるのか？！
ＳＯＰ作戦を遂行すべくシュガーを狙うレオたちだったが、トレーボルに守られ近づくことすらできず。ロビンは一計を案じる。そのころ、コロシアムではメラメラの実を巡り、バージェスの波動エルボーと偽ルーシーの竜の力が激突する！
ルフィたちを先に行かせピーカと戦うゾロだが、何度倒してもきりがなく苦戦する。一方、ロビンの一計によって、シュガーに接近したレオは偽グレープを紛れ込ませることに成功。はたしてシュガーを気絶させることができるのか？！
ロビンに騙されたと知り、怒ったトレーボルは海賊船を幹部塔にぶつけて破壊する。すさまじい衝撃に傷つき倒れる小人たちが続出した。見ていられず止めようとするウソップが知った片足の隊長の秘密とは？！
ドフラミンゴを討つべく王宮へと突き進む片足の兵隊たち。だが、待ち受けていた幹部、グラディウスの前に手も足も出ず、絶体絶命の危機に追い詰められていく。最後の光が断たれそうとしたそのとき、ピーカの罠を突破したルフィが駆け付ける！
シュガーを捉え、あと一歩のところでオモチャに代えられてしまったロビン。傷つき倒れても戦うのをやめようとしないレオたちを踏みにじるトレーボル。勝ち目はないと逃げ出したウソップだが、どこまでも自分を信じるレオたちの叫びに覚悟を決める。
トレーボルを攻撃、かなりのダメージを浴びせたかに見えたウソップだが、すぐさま復元され慌てふためく。一方、ヴァイオレットからリク王が偽名を使い、試合に出場していたと聞かされた片足の兵隊は、出会ったころを思い出していた。かつて、親友の命を奪われたキュロスは復讐を果たし、警備兵たちに追われていたところをリク王に引き取られる。そして、わけもわからないまま剣闘士としてコロシアムの試合に出場した。勝利を収めたキュロスの素質を認めたリク王は、剣闘士として100勝すれば仮釈放することを約束する。
異変に気づき王宮へと駆け付けたキュロスをさらなる悲劇が待ち受ける。一方、トレーボルに反撃、一矢報いたウソップだが素早い粘液に捕まり、その命はもはや風前のとなる。伝説の英雄になれず、このまま敗北してしまうのか！？
今、万感の想いを込めて・・・３０００戦無敗のキュロスがドフラミンゴに挑む！
真のドレスローザを取り戻すべく、憎きドフラミンゴに渾身の一撃を放ったキュロス。一方、猛獣が暴れ出し大混乱となったコロシアムでは、長きにわたる戦いに決着がつこうとしていた。はたしてメラメラの実を手にいれるのは誰なのか？！
救世主に祭り上げられたウソップにより、オモチャにされていた海賊たちも工場の破壊に参戦した。一方、エースの名をつぶやき、火拳を蘇らせた謎の男。偽ルーシーであることを明かしたその姿は、かつてルフィ、エースと義兄弟の杯を交わしたあの男だった！
ウソップの指示を遂行すべく、工場へ向かった海賊たちだったが、待ち構えていたディアマンテとトレーボルに反撃され、壊滅寸前に追い込まれてしまった。一方、王宮では話し始めたドフラミンゴめがけ、再度キュロスが斬りつける。だが、その背後から別のドフラミンゴが出現、キュロスを狙って蹴りを放つが、間一髪、割って入ったルフィによって救われた。二人のドフラミンゴが現れたことに驚くベビー5。キュロスに討たれたドフラミンゴは糸でできた偽物だったのだ。偽の身体を操り、ルフィに攻撃が迫る。
生き残りをかけてドフラミンゴが持ちかけたおそるべきゲーム、鳥カゴ。多額の懸賞金をかけられ英雄扱いから一転、島中の人たちから追われる身となってしまったルフィたち。救世主のはずのウソップにも危機が迫る！
ドフラミンゴを倒すべく、ロー、ゾロと共に王宮へひた走るルフィ。だが、待ち受けるドフラミンゴファミリー、さらに懸賞金を狙う海賊たちに囲まれ、窮地に追い詰められてしまう。反撃を開始するルフィたちに勝機はあるのか？！
ドフラミンゴファミリーに続き、海軍大将藤虎を相手に戦うはめになったルフィたち。ゾロと藤虎の激しい斬り合いが続く中、ルフィたちもろとも海軍を一掃すべく最高幹部ピーカが接近。大地を揺るがし、再びその巨体をルフィたちの前に現した！
怒りに燃えるピーカの一撃がルフィたちに襲いかかった。すさまじい轟音と震動によって街は崩壊、王の大地をはじめ、ドレスローザ各地に多大な影響を与える。ロビンの張ったスパイダーネットから落下、間一髪のところでレオとロビンに救われ命拾いするウソップ。一方、ピーカによって飛ばされたゾロは、運よく建物の先にひっかかっていたルフィたちと合流した。ピーカの巨大さに呆れながら、せめて倒し方だけでもわかればとぼやくゾロ。すると、その背後からいきなりキャベンディッシュが現れ、ローに斬りかかってきた。
同時攻撃によってピーカの腕を粉砕したエリザベローとチンジャオ。降り注ぐ瓦礫により町が大混乱となる中、破片の雨を掻い潜り突っ走るウーシー。このまま一気に王宮をめざそうとするルフィだが、いつのまにか同乗していたアブドーラとジェットに気づく。ウーシーに負担がかかるからと降りるように言い放つが、二人は同行を希望して降りない。一方、ルフィたちを行かせまいと銃で狙うピーカの手下たちだったが、ルフィの後を追ってきた海賊たちによって次々と倒されていく。その勢いはもはや誰にも止められなかった。
ピーカの相手をゾロに任せ、王宮へと突き進むルフィ。石像の動きが止まった今がチャンスだと、手下たちをなぎ倒し後に続く海賊たち。王宮前には藤虎率いる海軍が、その先にはファミリーの幹部たちが待ち受ける。状況を見たベビー5は戦局が、海賊たちコロシアム軍団、キュロス、ゾロとピーカ、ルフィとローの四か所だと分析した。そして、いつの間にかセニョールの姿が見えないことに気づく。一方、工場へ到着したフランキーの前に、そのセニョールが現れていた。扉の破壊を邪魔されたフランキーは再びセニョールと戦う。
王宮のある大地へ一番乗りしたルフィ。後を追うコロシアム軍団もよじ登り始めた。下には藤虎、バスティーユ率いる海軍がいるのに、どうやって乗り越えてきたのかとおどろくデリンジャー。さらにルフィの快進撃を止められず、一段目に到着を許したとの報告が届き、手下たちのふがいなさをなじる幹部たち。コロシアム軍団の海賊たちもまた、自分こそが恩返しをするのだと、小競り合いをしながらもドフラミンゴの待つ王宮へ向かう。なおも続く海賊たちの接近に、ベビー5は海軍が足止めされていることを指摘するのだった。
ルフィと合流すべく、無謀ともいえるトンタッタエアラインによって、空から王宮をめざすロビンたち。一方、海賊たちに遅れを取ってしまったルフィ。秘密の抜け道を教えられ、一番乗りを目指して突入する！！
ケリーにより井戸に誘い込まれたルフィの背後にドフラミンゴが現れた。逃げ場を失ったルフィはすぐさま攻撃するが、ドフラミンゴには通じずウーシーが弾糸によって倒れ、水面に落下してしまう。その様子を見下ろし、頂上戦争の頃からルフィの実力を認めていたと語るドフラミンゴだが、危機感のなさを指摘、ローになぜルフィを選んだのか尋ねる。お前のようになりたくないとローに言い返されたドフラミンゴは怒り、わざとコラソンの名を出し、腑抜けでなければなぜ、つまらない死に方をするのかとローに狙いを定めた。
ドレスローザ各地が大混乱となる中、王宮のドフラミンゴと対峙したベラミー。そして、デリンジャーを刺客に差し向けた理由を問いただす。しかし、この世界を壊したかった自分とは目的が違うと言われ愕然とする。一方、2段目ではコロシアム軍団と幹部たちの激突が始まった。デリンジャーに道を開けるように迫るスレイマンだが、強烈な蹴りと高速移動にわずかな隙を突かれ倒れる。3段目をめざしたチンジャオも、グラディウスの仕掛けた地雷により落下してしまう。幹部たちの猛攻に、徐々に押されていくコロシアム軍団。
ルフィを王宮へ行かせるため、一丸となって戦うコロシアム軍団。一方、スクラップ工場の地下で、カン十郎と再会を果たした錦えもん。地上への脱出をかけてカン十郎が見せた恐るべき技とは？！
巨大なブリキの兵隊たちに行く手を塞がれたルフィたち。不気味な動きを繰り返す兵隊たちをかわしながら、キャベンディッシュはこのまま一気に駆け抜けようとした。突然、襲いかかってきた兵隊をかわすと、頭を噛まれそうになったとおどろくルフィに、自分の身は自分で守れと忠告するキャベンディッシュ。一方、ピーカと激しい斬り合いを続けるゾロは、空中を移動中のロビンたちを見つけた。今、ピーカに攻撃されてはひとたまりもない。ロビンはゾロに自分たちがここを通るまでピーカを足止めしてほしいと頼んだ。
小人たちの反乱に怒り、自ら回収に乗り出したキュィーンだが、フランキーに邪魔され怒り心頭。そして戻ってきたセニョールとフランキーの激しいバトルが再開した。一方、ヴィオラは小人たちを手助けしようと、行方不明のマンシュリー姫を探す。
幼い頃の記憶をたどり、ついにマンシェリー姫の居場所を突き止めたヴィオラ。そのころ、王宮のある台地を通過、ひまわり畑に近づくにつれ、ルフィとの対面を妄想するバルトロメオ。ヴィオラからの連絡で、マンシュリー姫の居場所が、おしおき部屋だと聞き目に涙が浮かべたレオは、レベッカにそこはいたずらが過ぎてリク王に叱られた幼いヴィオラと一緒に反省した場所だと教える。そして、こっそり食料を持ってきてくれたレベッカの母、スカーレットのことがみんな大好きで、小人たちはみんな彼女を慕っていたと語った。
ルフィたちを先に行かせ、グラディウスの相手を買って出たロビンとバルトロメオ。キャベンディッシュも加わり、まさに命がけの激しい戦いを繰り広げる。一方、藤虎を相手に熾烈な戦いを続けるサボは、その真意を確かめようとするが……。
ルフィたちの到着を前に、最高幹部ディアマンテから狙われることになったレベッカ。必死に逃げ惑うレベッカだが、執拗なディアマンテの前に逃げ場を失い追い詰められる。もはやこれまでかと思ったそのとき、レベッカを救うべくキュロスが駆け付ける！
オモチャの奴隷たちを奪われ復讐に燃えるシュガー。そうはさせまいとするウソップだが、万一、失敗すればルフィを失うだけでなく、すべてが無になってしまう。仲間たちの助けを借り、ウソップはドレスローザの未来を賭けた一撃を放つ！
ついに決戦の地、王宮最上階へ到着したルフィはボロボロになったベラミーと再会する。失態を罵られ、ベラミーを道具のように扱うドフラミンゴの卑劣さに怒りを爆発させるルフィ。ドフラミンゴに放つ、ルフィとローの秘策とは？
ローとの連携技によってドフラミンゴに接近、至近距離からの攻撃を成功させたルフィ。出し抜かれ、怒りにまかせルフィとローをいたぶるドフラミンゴだったが、やがて、恐るべき事実を語り始めるのだった。
自らを天竜人だと明かしたドフラミンゴ。衝撃の事実に言葉を失うルフィたちだが、圧倒的な力の差を前に苦戦する。裏切り者、ローの処刑を開始しようとするドフラミンゴによってオペオペの実の真の力、ローの壮絶な過去が明らかになる。
ローがドフラミンゴファミリーへの仲間入りを志願して一週間が過ぎた。コラソンに手ひどく扱われるローに、ラオGは血の掟を忘れるなと忠告する。ドフラミンゴは弟であるコラソンに傷をつけた者は死を与えると言うのだ。ジョーラとマッハバイスはローの肌が白く変色しているのを見て血相を変える。ドフラミンゴは騒ぐ二人を一喝、珀鉛病は伝染病ではなく中毒だと言い、ローにどうやって逃げたのかと尋ねた。ローは顔色ひとつ変えず、死体の山に隠れて国境を越えたと答え、自分を痛めつけたコラソンに復讐すると告げる。
血の掟を破り、コラソンに刃を突き立てたロー。一方、天竜人の身分を捨て、家族で聖地マリージョアを離れた幼い日の記憶にうなされるドフラミンゴ。自らの手で父の首を持ち帰るまで追い詰められた、その壮絶な過去とは？！
ローの本名を聞いたコラソンは、珀鉛病の治療法を探すため、ローを連れファミリーから離れる。珀煙病の治療方法を探し、旅に出た二人だが、有効な治療法は見つからない。最初は反発していたローも、自分を助けるために必死なコラソンに心を開いていく。
珀鉛病の治療法を求め、旅を続けるコラソンとロー。すでに半年が過ぎ、焦るコラソンは、ドフラミンゴがオペオペの実の取引を行うと知り、それを奪うことを決意する。高熱で倒れたローを残し、コラソンは危険を覚悟で取引先に向かう！
瀕死の重傷を負いながら、持ち帰ったオペオペの実をローに食べさせたコラソン。身動きできないコラソンに頼まれ、海兵に文書の入った筒を渡す役目を引き受ける。コラソンの身を案じながら、一人の海兵に助けを求めたローだったが……
奪われたオペオペの実、そして裏切り者コラソンを逃すまいとイトを張り巡らせるドフラミンゴ。一方、ローを逃がすため、死を覚悟して単身、ドフラミンゴの前に姿を現したコラソン。裏切り者として制裁を受け、傷だらけになりながらもローに本心を伝える。
自らの命と引き換えに自由を与えてくれたコラソン。その恩に報いるべく、憎き仇のドフラミンゴに挑んだローだが必死の攻撃も通用しない。ドフラミンゴに嘲笑されながらもローは、ここに来たのは13年前のけじめをつけ、コラソンの本懐を遂げるためだと言うと、自由になるのはドフラミンゴを止めたときと攻撃を仕掛けた。ドフラミンゴが天竜人であることを引き合いに、神の天敵と呼ばれるDの名を持つルフィをどう思うかと尋ねるロー。バカバカしいと一蹴するドフラミンゴだが、ローが自分もDの一族だと明かすと豹変する。
亡きコラソンの願いを果たそうと、まさに命がけの戦いを仕掛けたローだったが、ドフラミンゴの反撃によって絶体絶命のピンチに追い詰められる。一方、ベラミーを操りなおも攻撃を仕掛けるルフィの怒りが爆発する。
怒りの一撃で偽ドフラミンゴをブッ飛ばしたルフィ。そしてベラミーを操るドフラミンゴに怒り、自由にしろと叫ぶ。攻撃をかわすだけのルフィに、ベラミーを始末させるのをあきらめるドフラミンゴ。ベラミーを解放すると今まで通り、自由にしてやると言い放つ。傷つき、地面に投げ出されながら、かつて、ドフラミンゴと交わした約束を思い出すベラミー。裕福な街、ノーティスに育ったベラミーは退屈を嫌い、同じ北の海出身のドフラミンゴに憧れ、傘下に入れてもらうおうと仲間たちを従え、ドフラミンゴの元へ乗り込んだ。
敵であるベビー５から求愛され驚くサイ。結婚など認めないと反対、激突するチンジャオとラオＧ。サイに尽くし、献身しようとするベビー５を疑い、拒絶するサイは無謀ともいえる要求をつきつけ、思わぬ形で悲しい過去を知ることになる。
王宮のある台地2段目のラオGとベビー5との戦いは決着したが、戦いは激しさを増していく。姿を隠し、舞踏石を繰り出すピーカの執拗な攻撃に手こずるゾロだが、加勢を申し出たエリザベローに、これから先、何が起こるかわからない以上、宝刀は取っておくべきだと忠告する。一方、4段目、ひまわり畑ではディアマンテとキュロスの激しい斬り合いが続いていた。ディアマンテは俺とお前には因縁しかないと、スカーレットを失い、嘆き悲しんでいた姿をバカにしてキュロスを挑発、勝負を仕かけると見せかけレベッカを狙う。
グラディウスの罠を逃れ、レベッカの元へ急ぐロビン。一方、キャベンディッシュ、バルトロメオ両名に苦戦するグラディウスに加勢するデリンジャー。本性をあらわし、牙をむくデリンジャーの前にあらわれたハクバとは……。
あざやかな手並みでハクバを捕えたロビン。噂に聞いていたものの、交互に入れ替わり、二重人格のように豹変するキャベンディッシュを目の当たりに驚きを隠せない。ハクバを抑えつけ、ロビンに斬りつけたことを謝罪したキャベンディッシュは、ハクバを無差別に斬りつける厄介者だと説明する。入れ替わろうとするハクバと言い合いになり、ついには互いの表情が半分ずつ出たまま固まってしまう。それを半ば呆れるバルトロメオだが、グラディウスが壁ごとロビンを吹き飛ばそうとしているのを見抜き、阻止しようと突進した。
戦闘不能に陥った幹部たちを密かに運ばせ、起死回生のチャンスを狙うジョーラ。しかし、鍵を握るマンシェリー姫に抵抗され激怒する。姫を救うべく向かったレオとカブ。絶体絶命の姫を救うことができるのか？！
マンシュリーの奪還に成功、幹部の復活を阻止したレオ。ただちにヴィオラたちの元へ戻ろうとするが、レオに甘えたいというマンシェリーの恋心に気がつかず、わがまま扱いして怒らせる。カブに鈍いと呆れられながら、マンシェリーを背負い脱出するレオ。ボロボロの身体を引きずり、ドフラミンゴへ事態を報告しようとするジョーラ。万一、工場に何か起きても、チユチユの能力で復元する計画が、マンシェリーを奪われた今となっては叶わないからだ。だが、すでに体力は限界、セニョールに最後の望みを託し、力尽き倒れる。
フランキーとセニョール、まさに男の意地を賭けた戦いに終わりの時が近づく。一方、キュロスのしぶとさに呆れながら、体力の限界を見抜いたディアマンテは死の星屑を仕掛け、キュロスもろともすべてを葬りさろうとする！
ディアマンテが放った死の星屑。降り注ぐ無数の鉄球を全身に受け、もはや限界と思われたキュロスだったが、妻の仇、そして、ドフラミンゴにより支配され、虐げられた人々すべての怒りを込め、ディアマンテに最後の一撃を放った！
ゾロとの勝負を中断、台地を移動して猛者たちに襲い掛かるピーカ。その強大な力の前に被害者が続出。まんまと罠にはまり、一人、置き去りにされたゾロだが、ピーカの狙いがリク王の暗殺だと見抜き、阻止すべく後を追った！
旧王の台地に到着したピーカは、ドレスローザの人々の希望の象徴となったリク王を処刑すべく呼び出した。一方、猛者たちの手を借りて、ピーカを倒し、リク王を救う作戦を開始したゾロ。熾烈な戦いに決着のときが迫る！
激闘の末、ついに最高幹部ピーカを倒したゾロ。残るファミリーはドフラミンゴとトレーボルのみ。一方、ドフラミンゴに裏切られながら、プライドにかけてルフィと戦おうとするベラミーはまさに命を賭けた一撃を放つ！
ベラミーとの決着をつけたが、怒りが収まらずドフラミンゴの待つ最上階へ向かうルフィ。旧王の台地では、ヴィオラが千里眼でルフィとベラミーの戦いが終わったことを見届けていた。これで戦況が有利になったと言うタンクに、ヴィオラはローが倒されたことを伝える。余裕をみせて最上階でルフィを待ち受けるドフラミンゴ。その足元には痛めつけられたローが倒れていた。力の差を見せつけたドフラミンゴは、ルフィが迷わずベラミーを倒せばローを救えたかもしれないと言うと、コラソンの復讐を誓うローの執念をあざ笑った。
ドレスローザの秘密を守るため、鳥カゴによってすべてを終わらせようとするドフラミンゴ。死の糸が迫り、逃げ場を失った人々でドレスローザは大混乱となる。生か死か、すべてをかけた最後の戦いが始まろうとしていた！
執念の一撃によってドフラミンゴを追い詰めたローだったが、あと一歩のところで叶わず絶体絶命の危機におちいる。ローを狙うドフラミンゴを力技で止めたルフィ。覇王色の覇気がぶつかり合う、すさまじい戦いが始まった！
覇王色の覇気が激突、力の差で弾き飛ばされ、先回りしたトレーボルに捕まり、身動きを封じられたルフィ。勝利を確信したトレーボルはドフラミンゴにローの処刑を続行するよう促す。いかなる攻撃をも通じないトレーボルの身体の秘密とは？！
ローの処刑を邪魔され、どこまでも自分の邪魔をしようとするルフィに激しい怒りをぶつけるドフラミンゴ。刻一刻とドレスローザ崩壊の時が迫る中、ルフィは虐げられた人々の怒りと希望を背負い、ドフラミンゴとの最後の戦いを開始する！！
鳥カゴの収縮が進みドレスローザ崩壊の時が迫る。海兵たちは少しでも安全な場所へと、人々を中心街へ誘導する。王の台地2段目では、ベビー5からドフラミンゴの非情さを教えられたサイが、見過ごすわけにいかないと決意、猛者たちと共に立ち上がった。ここなら安全と思っていたウソップも、ヴィオラから収縮の中心がドフラミンゴの居る王宮の台地で、戦いが長引けば危険と教えられ悲鳴を上げる。一方、ゾロに続き、下へ降りた錦えもんたちは、ゾロが鳥カゴを止めに行こうとしているのを知っておどろきの声を上げた。
鳥カゴの収縮が進み、崩壊の時が迫る中、秘策ギア４を発動、圧倒的な力と技によって、あと一歩のところまでドフラミンゴを追いつめたルフィ。しかし、覚醒したドフラミンゴの逆襲に苦戦を強いられる！ドフラミンゴの告げる悪魔の実の真の姿とは？！
ドレスローザの命運を賭け、ドフラミンゴと死闘を繰り広げるルフィ。その戦うさまを見た人々は、ルフィに希望を託し、生き抜こうと必死に中心街を目指す。一方、渾身の大蛇砲でドフラミンゴを追い詰めたルフィだが、ギア4の制限時間が迫っているうえ、覚醒したドフラミンゴの反撃に苦戦する。何とか接近戦に持ち込もうとするルフィだが、ドフラミンゴの操る巨大な糸に挟み撃ちにされ糸の束に閉じ込められてしまう。逃れようともがくルフィをそのままに、ドフラミンゴはその隙に傷ついた内臓を修復を急いだ。
制限時間を超え、力つきて倒れたルフィを処刑しようと襲いかかるドフラミンゴ。覇気が回復するまでの十分間、ただひとつの希望、ルフィを守るため命がけの戦いが始まった。さらに、ゴムゴムの実を狙うバージェスの魔手がルフィを狙う！
いまだ覇気の回復しないルフィを処刑すべく、執拗に追うドフラミンゴ。一方、鳥カゴの収縮を食い止めようと奮闘するゾロたちだったが鳥カゴの収縮を止められず、もはや、これまでかと思われたそのとき、奇跡の光が降り注ぐ。
東西に別れ、鳥カゴを阻止しようとするゾロたちだが、すさまじい力の前に苦戦していた。ウソップは避難しようとする人々に、仲間が鳥カゴを止めようとしていることを説明、元気な者は力を貸すように命令して各地へ向かわせた後、状況を見てもらおうとして、ヴィオラの姿が見えないことに気づく。一方、ルフィを誘い出そうと選手たちを血祭りに上げるドフラミンゴだったが、一向に出てこないルフィに苛立ち、選手たちを手にかけていく。その一部始終を千里眼で見ていたヴィオラは、あまりのむごたらしさに言葉を失う。
ドレスローザ崩壊まで60秒。いまだルフィ回復の兆しはなく、無情にも収縮を速めた鳥カゴが王の台地を切り刻み始めていく。一方、ドフラミンゴは非情にも、レベッカを操り、肉親であるヴィオラを処刑させようとする！
ドレスローザ滅亡を賭けた最終決戦が始まった。すべてを支配しようとするドフラミンゴに怒りを爆発させるルフィ。虐げられた人々すべての怒りを晴らすべく、ルフィ渾身の新必殺技が今さく裂する！！
持てる力のすべてを込めた大技、大猿王銃によって、みごとドフラミンゴを倒したルフィ。その衝撃はすさまじく、周囲の建物を巻き込み、瓦礫と化して地上へ降り注ぎ、巻き込まれてはたまらないと、思わず人々は逃げ出した。仁王立ちのルフィを見上げ、それぞれ、今日まで抱き続けた思いを胸に涙を浮かべるレベッカとヴィオラ。とうに限界を超えていたルフィは、すべてを出しつくして力尽きてしまい、再び意識を失うと地面へ落下する。しかし、激突寸前のところでローに救われ、レベッカたちのもとへ届けられた。
ドフラミンゴの支配から解放され、自由を取り戻したドレスローザだが、鳥カゴの収縮、さらに各地での激戦により荒れ果て、かつての姿を失う。復興を託されながら、引き受けることをためらうリク王のもとを訪れた藤虎はおどろくべき行動に出る！
海軍大将による土下座、その衝撃的な光景は隣国から中継され、瞬く間に世界各地へと広まった。藤虎の体面をおもんばかり、土下座をやめさせようとするリク王だが、藤虎はドフラミンゴを野放しにしていた政府が、今になって正義の名のもとに捕えようとすることを批判、この国を取り戻したのは海軍ではなく、海賊、戦士、市民たちだと断言する。一方、手分けして戦っていた麦わらの一味が合流を果たしていた。ヴィオラはウソップたちがルフィを捜していることを知ると、レベッカにここにいることを教えようと微笑んだ。
海軍の目を避け、密かにルフィたちが身を寄せるキュロスの家を訪れたサボ。再会を喜び、眠っているルフィを起こそうとしたロビンを止め、状況を知ったCP0が引き返して来ており、可能であれば早く出航するように勧める。エースのほかに兄弟がい たのかとおどろくゾロたちに、自分は死んだことになっていたのだと言うと、12年前の事件について語り始めた。幼い日、サボはエース、ルフィと杯をかわして義兄弟となり、共に夢を語り合い、修行に励んでいた。だが、その夢は思いがけず、無残な形で踏みにじられてしまう。
2年前、最悪の事実を目の前に突き付けられ、封印されていた記憶を取り戻したサボ。失ったものの大きさに慟哭しながら、ある思いを胸にドレスローザへ向かう。そして、コロシアムでもう一人の兄弟、ルフィと再会を果たす！
サボが帰るのを見届け、ロビンたちの会話に加わったキュロスは、ルフィを起こそうとするゾロを止め、好きなだけ眠らせてやってほしいと頼んだ。ドレスローザの人々がどれだけルフィに励まされたか。感謝の言葉を述べるキュロスを、ゾロは酒に誘う。ゾロから怪我が治ったら手合せしたいと言われ、キュロスは光栄だと返した。やがてゾロが休み、一人、王宮を見上げたキュロスはレベッカのことを思い出し、その名をつぶやく。しばらく考え込んだ後、ペンを取り手紙を書きあげると、誰にもいわず、そっと家を出ていった。
サイコロの目を理由にルフィたちへの手出しを禁じ、自らは動こうとしない藤虎だったが、ドレスローザ近海に大目付であるセンゴク、そしておつるの船が接近していた。いまだ目覚めないルフィ、そして麦わらの一味に危機が迫る！
ルフィたちを一網打尽にせよ。藤虎の命令を受けた海兵たちはキュロスの家へ急行した。船もない状態でどうやって逃げるのかとパニック状態のウソップに、バルトロメオはいつでもルフィたちが脱出できるよう海軍に見張りをつけてあると話す。すでに東の港には脱出用の船が用意され、港への道は街の各所に待機した海賊たちが海兵たちの足止めを買って出ていた。海兵たちの銃撃をかわし、東の港へ向かったルフィだったが、キュロスの考えにどうしても納得できず、後から合流することを約束して一人で王宮へと向かう。
猛者たちの協力によって海軍の包囲網を突破、東の港でルフィを待つゾロたちに海軍大将藤虎が迫る。一方、レベッカを王宮から連れ出したルフィ。英雄から一転、国中から追われる身となりながら、島を出ようとするキュロスのもとへレベッカを送り届ける。
コラソンの死の真相を追及され、本当なら二人で逃げるはずだったと悔しさをにじませるロー。大恩人であるコラソンが亡くなってからは、ドフラミンゴを討つためだけに生きてきたと言うと、自分が「D」の名前を持つ者であると明かした。それを聞いたセンゴクは動揺しながらも、受けた愛に理由をつけるなとローを叱咤激励する。コラソンの思い出を語れる者は、もはや海賊であるローだけ、コラソンのために何かしたいのならお互い覚えていよう、コラソンなら自由に生きろと言ったはずだとローに言葉をかける。
藤虎の猛虎に吹き飛ばされ、海に落ちるところをハイルディンにキャッチされたルフィ。すぐさま反撃しようとするが、それどころではないというハイルディンにより、ルフィは有無をいわさず霧の向こうへと連れさられてしまう。この状況でどうやって逃げるのかと危ぶむウソップに、オオロンブスは5キロ先の霧の中にみんなの船が止めてあると言うと、そこまでは船と船をロープでつないだ橋を渡るのだと説明した。まだ戦っている途中だとハイルディンに叫ぶルフィ。対する藤虎は逃がすまいと、次の手に打って出る。
盃をかわし、傘下入りを懇願する海賊たちに困惑するルフィ。諦めてもらおうと説得するが海賊たちも一歩も退かない。そこへジョーカーとの取引を潰された連中が一群となり、ルフィたちを狙って攻撃を仕掛けてくる！！
宴に沸くルフィたちから離れ、一人、遠ざかるドレスローザに思いをはせるロー。ロビンに声をかけられるが、そっけない態度を取って去っていく。ところ変わって、復興の始まったドレスローザ。国中がリク王の復位に沸く中、密かに事件を調べるCP。地下交易港から盗まれた武器は、革命軍の仕業だと睨んでいた。一方、リク王によって、トンタッタの小人たちの存在が明らかになった。そして、国を救った恩人としてルフィたちの石像が立てられる。この後、ドレスローザは人間たちと妖精が共存することとなった。
ゴーイングルフィセンパイ号で一路、ゾウへと向かったルフィたちだったが、突如、出現した謎の島、シルバーマインの襲撃を受ける。仲間たちから引き離されたルフィとバルトロメオは二人だけで光り輝く島へと乗り込んだ！
要塞からの脱出を図ったルフィとバルトロメオだったが、デザイアの攻撃で地下へと落下してしまった。脱出しようにもバトルボートは壊れて外への連絡はできない。見れば、いるところにレールが敷かれており、海賊連合のメンバーのデザイアすら、こんな場所は知らないという。まもなく汽笛の音を響かせながら、トロッコ人間アベロンが接近する。ルフィの命を狙うが、機転を利かせたバルトロメオに邪魔される。たが、すぐさまレールを切り替え、デザイアもろとも、ルフィたちの命を奪おうと攻撃を仕掛けてくる。
地下坑道でアベロンを倒したルフィは、海賊たちから鉱石を地上へ送り出す道を教えてもらう。ビルやペセタを怖れるあまり、一緒に逃げようとしない海賊たちだが、デザイアから残っても無事ではすまないと説得されルフィの後に続く。しかし、待ち構えていたペセタの砲撃で陸橋は崩壊、ルフィたちは空中へ投げ出される。姿を現したペセタは攻撃がビルの命令であることを認め、海賊たちも一緒に始末しようとしたことを明かす。その勝手な言い草に怒ったバルトロメオはバリアで攻撃、さらに地上までバリアの階段を作った。
アベロンに続きペセタが敗れ、業を煮やしたビルは自ら相手をしようとルフィたちの前に姿を現した。海賊たちを利用して集めさせた財宝や懸賞金で、世界一贅沢な暮らしをするとうそぶくビル。さらにビルは、けじめをつけるというデザイアをバカにして、かかってこいと挑発する。捨て身で向かっていこうとするデザイアだが、それより早くルフィがビルを攻撃した。体内で刀や斧を作り出し襲いかかるビルだが、覇気を纏わせた拳、足でへし折られ蹴りとばされながら、流石は5億の男だとルフィの実力を認める。
シルバーマインでの戦いに勝利し、再びサンジたちの待つ「ゾウ」を目指すルフィたち。深い霧と逆巻く海流に難航しながら、ついに「ゾウ」へ到着した。かつて、いにしえの都とうたわれ、ミンク族の支配する幻の島「ゾウ」でルフィたちの新たな冒険が始まる！
ついに幻の島、ゾウへ到着したルフィたちは停泊中のサニー号を発見するが、呼びかけに返事はなく船内には誰の姿も見当たらない。一足先に上陸したのではないかと後を追う。そのころコアラから各地の反乱軍の勝利と、武器製造の黒幕が割り出せるかもしれないとの報告を受けたドラゴンはCPの動きに気をつけるよう言うと、世界各地に散らばるリーダーたちを集めるように指示をする。一方、反乱軍の船に忍び込んでドレスローザを脱出したバージェスは、密かにラフィットたちに総本部を突き止めたと連絡していた。
昇り龍の背に乗り、ゾウの頂上を目指すルフィたちの頭上に落下する謎の物体。パニック状態になりながら、どうにか昇り切ることに成功する。見たこともない光景に大興奮のルフィたちの前に出現したのははたして敵か味方か？！
上陸早々、戦獣民族ミンク族の襲撃を受けた麦わらの一味。その俊敏さと攻撃力におどろくも、割って入った新たなミンク族により事態は急変する。どうやら何か起きたらしく、この場を離れるというのだ。ミンク族たちに血相を変え、ナミの服を着ていた理由を問い詰めるウソップ。だが、答えてもらえず、右腹の森で自分たちを待てと指示される。仲間の死体があると聞き、おどろく麦わらの一味。そのころ、仲間たちと離れ、くじらの森を進んでいたルフィの前に巨大なミンク族が二人現れ、有無を言わさず襲いかかってきた。
不気味な地響きに続き、噴火雨が地上へと降り注いだ。ワンダたちと共に脱出しようとしたルフィだが、押し寄せる水に流されてしまい、鮫に食べられそうなところをキャロットに救われる。一方、街を調べていた麦わらの一味も噴火雨に遭遇、ロビンの指示で急いで高い所へ避難する。そのころ、りゅうのすけから転落した錦えもんたちは、あらたにカン十郎が出したねこざえもんに乗り、ルフィたちの後を追っていた。だが、噴火雨により押し寄せる大量の水を前に、このままではねこざえもんが溶けてしまうとパニックになる。
噴火雨をやりすごし、ルフィたちの後を追う錦えもんたち。しかし、水に濡れて変わり果てたねこざえもんに無理はさせられず、サニー号へ戻る。一方、ルフィたちはミンク族の歓迎を受けていた。親しげにじゃれるミンクたちに面食らうゾロに、ワンダはミンクシップは友好の証で、大目に見てほしいと頼む。その歓待ぶりに何故かとたずねるウソップに、キャロットは麦わらの一味は恩人だと教える。そこへ現れたブルックは、再会を喜ぶのもそこそこに、サンジのことで詫びると、ルフィたちに話があると切り出した。
ルフィたちと別れて一人、くじらの森へ向かったローは、足止めされていたベポや仲間たちから歓声と共に出迎えられていた。一方、公爵の療養所へ向かっていたルフィたちに、ワンダはこの国を襲った恐るべき事件の真相を語る。かつて、モコモ公国はクラウ都を中心に栄え、ミンクたちが平和に暮らしていた。しかし、その平和も17日前、鳴るはずのない敵襲の鐘によって破られた。力づくで門を押し破ったジャックひきいる海賊たちはさらに森を切り裂き、建物を破壊し、地響きを上げてクラウ都へ進軍してきたのだった。
ブルックに忠告されたのに、うっかり口をすべらせるルフィ。疑いの目を向けられ、必死になったナミとブルックは聞き違いだとワンダを納得させて胸をなでおろす。療養所まであとわずかと迫った所で、ミンクたちに檄を飛ばし叱責する銃士隊の隊長、シシリアンと出会う。ワンダからルフィたちを紹介されたシシリアンは地面にひれ伏すと国を救われた礼を言い、全力のガルチューでルフィを辟易させる。侯爵の元へ案内されたルフィたちは意識を取り戻したこの国の王、イヌアラシ公爵と対面を果たし、その巨体におどろく。
剣を捨て、戦う意志がないことを示したイヌアラシ公爵だが、はなから聞く耳を持たないジャックには通用しない。侍を捜すなら国中を捜せばいい、その代わりこれ以上の破壊をやめてほしい。対話による解決を願うイヌアラシ公爵をあざ笑うかのように、ジャックは巨大な鼻でイヌアラシ公爵を攻撃した。だが、片手でジャックの鼻を止めるイヌアラシ公爵。その強さにギフターズたちも動揺する。再度、ジャックに語りかけるイヌアラシ公爵だが、自分は破壊が好きなのだと言うジャックに、もはや戦いを避けられないと覚悟する。
イヌアラシ公爵に代わりジャックの相手を買って出たネコマムシの旦那。その後に続いた侠客団、そしてベポたちもギフターズを相手に善戦する。昼夜途切れることなく戦いは5日間続き、一時は優勢に立ったミンクたちだったが、二人の王の力をもってしてもジャックを倒すことはできない。さらに海からは続々とジャックの兵が上陸、クラウ都への侵入を許してしまう。決着がつかず、しびれをきらしたジャックが毒ガス兵器を使用したと聞いておどろくルフィ。チョッパーはこの国を滅ぼしたのはシーザーの毒ガス兵器だと告げる。
毒ガスにより滅亡寸前のミンク族を助けようとするサンジたちだが、解毒剤を作ろうにもガスの成分がわからない。だが、ガスを作ったのはシーザーで、48時間で命を落としてしまうことがわかった。悪びれることなく、あと24時間は持たないと言うシーザー。サンジは心臓を盾にシーザーに協力するよう命令、不本意ながらシーザーも従う。やがてナミの悲鳴を聞いたサンジはシーザーに毒ガスを消すよう言い残し、声のする場所へ急いだ。そして、戦闘中のブルックに加勢、シープスヘッドを川へ蹴り飛ばす。逃げ出す部下たち。
ネコマムシの旦那に会おうとクジラの森へ向かったルフィたち。その道すがら、ブルックは2日前に起きたサンジ失踪について語り始めた。ルフィたちと別れ、敵を引き離してゾウへ上陸したと思っていたぐるわらの一味。しかし、実は目的地を聞かれ、ゾウ出身のペコムズの手引きでビッグマム海賊団もゾウへやって来た。ビッグマムの指令で、ベッジと上陸したペコムズは変わり果てた故郷におどろく。周囲を駆けずり回って家族や仲間たちを捜すが誰も見つからず、この惨状は麦わらの一味の仕業に違いないと怒りの咆哮を上げる。
ベッジの凶弾に倒れたぺコムズを前に怒りをあらわにするサンジとブルック。しかし、ベッジの体内から飛び出してきた部下たちに囲まれてしまう。ベッジは自分がシロシロの実の能力者、城人間だと明かすと、自分も超新星と呼ばれた一人だと話し、ここで争えばミンクたちが加勢し自分たちが不利になるから、騒ぎを起こす気はないと余裕を見せる。もとよりミンクたちを巻き込むつもりはなく、反撃しようとするサンジたちだったが、様子を見に来ていたナミとチョッパーを人質にとられ、手も足も出せなくなってしまう。
ヴィトのささやきに態度を一変したサンジは、どうやって調べたのかとベッジに迫る。しかし、四皇の一人であるビッグ・マムの持つ強大な力とその言葉に脅しはなく、誰の傘下にもつかず生きていたいなら逆らうなと忠告される。意を決したサンジはベッジに紙とペンを要求、ルフィたちに当てた手紙をナミに託し、これだけは信じてほしいと言って、仲間に隠し事をしたつもりはなく、過去にけりをつけてくると告げた。そして、話を続けるふりをして、仲間たちをベッジの体内から逃がし、シーザーを人質にとる。
ぺコムズが瀕死の重傷を負ったのは、恩義を返すため自分たちを見逃したからだと容態を心配するブルック。サンジの行方を捜す手がかりは、ビッグ・マム海賊団であるぺコムズ以外にないが、話を聞ける状態なのかと不安がるウソップ。やがて暗闇にまぎれて、無数の羽音と共に巨大な吸血バチ、スッチーの群れが襲ってきた。ワンダとキャロットはワーニーを走らせ、急いで逃げ出そうとする。毛のないミンクが刺されれば、たちまち血を吸い尽くされるからだ。あわてたウソップはスッチー目がけ火薬星を放った。
サンジを人殺しの一族だと言い放ったぺコムズに、そんなことはどうでもいいと言い、結婚は構わないがビッグ・マムの子分になるのは嫌だ、お前らが俺の下につけと言い放ったルフィ。恩人とはいえ、口を謹めとルフィをにらみつけたぺコムズは、どのみち結婚からは逃げられない、もしもお茶会の招待を断れば、恥をかかせた代償として恐るべきプレゼントが届くと告げた。その中身はサンジにとってゆかりのある大切な人間、たとえば麦わらの一味や海上レストラン・バラティエ、カマバッカ王国の誰かの首だというのだ。
錦えもんたちを止めることに失敗、ミンク族に会わせるわけにいかないと、後を追うフランキーたち。一方、侍が来たという鐘の音で国中が大騒ぎとなっていた。イヌアラシは砦の動ける者すべてに出動を命じ、自らも都へ向かう。すでにくじらの森からもネコマムシが侠客団と共に出撃していた。そのころバリエテを見失った錦えもんたちはモモの助と再会、互いの無事を喜びあう。なぜ一人なのかと聞かれたモモの助は、ゾウに入ってから心が落ち着かず寝込んでいたと明かし、部屋に誰もいなかったので捜しに来たと説明する。
重傷を負いながらも海軍の目から逃れたジャックだが、自分の死亡記事に怒り、手下たちに船を早く進めろと命令する。一方、錦えもんはミンク族たちに雷ぞうを匿ってもらった礼をいい、光月家の家臣の証である背中の家紋を見せた。イヌアラシ公爵とネコマムシの旦那にも同じものがあると聞いたルフィたちは、ミンク族と光月家に深いつながりがあるのだと納得する。しかし、収まったかに見えたイヌアラシとネコマムシのいがみ合いも、錦えもんとの会話に割り込んだことをきっかけに再び、険悪なムードになってしまう。
念願の忍者、雷ぞうとの対面を果たしたものの、あまりにもイメージと違いすぎてショックを受けるルフィたち。突然のことに何者だと問い詰め一喝する雷ぞうだが、錦えもんたちの姿を見ると表情を和らげ、互いの無事を喜びあう。ロビンは光月家の家紋、そして雷ぞうが繋がれている巨大な赤い石が見たこともない“歴史の本文”ではないかと思い、イヌアラシたちにたずねた。イヌアラシはロビンの故郷、オハラの学者たちが解読に成功したことを知っており、赤いのは用途が違うためだと教えると、ロビンに解読を許可した。
ラフテルへの重大な手がかりを得て色めき立つルフィたち。世界中に点在する“歴史の本文”は別名、不滅の石と呼ばれ、2種類ある石の扱い方によって、100年の空白の歴史を埋める“真の歴史の本文”が明らかになるというのだ。すぐにでもサンジを連れ戻しに行こうとするルフィとウソップは言い合いをはじめるが、ネコマムシはルフィがぺコムズと『ホールケーキアイランド』へ行くのは間違いではないと指摘した。なぜなら所在のわからない石は1つだけで、残る2つの持ち主が四皇のカイドウとビッグ・マムだからだ。
モモの助の父が海賊王ロジャーのクルーで、世界の秘密を知ったと教えられ、おどろく麦わらの一味。失われた100年といわれる“空白の100年”その真実を解き明かすことは世界政府により禁じられ、ロビンの故郷オハラは、その事実を知ろうとした者だけでなく島の人たちごと世界政府に抹殺されていた。情報を聞き出すためカイドウから追われていた錦えもんたちだが、実は何も聞かされてはいなかった。主君の盾となるはずが逆に命を救われる形となった錦えもんたちは、主君の意思を受け継ぎ、ワノ国を開国する決意を明かした。
晴れて“忍者海賊侍ミンク同盟”が成立した。感謝する以降に、頭を下げるなと言いながらルフィは、まずはサンジをビッグ・マムの元から連れ戻すまで戦うのを待ってほしいと条件をつける。一方、同盟結成の知らせに、ミンクたちは長年いがみ合っていた二人の王が和解したことを喜び合う。そのころ、再びゾウを目指し、ジャックの船が接近していた。ジャックは雷ぞうの居場所もわからないままむざむざと戻ったシープスヘッドに怒り、ミンク族を根絶やしにするべく“象主”を殺そうと画策していた。
白ひげ海賊団一番隊隊長、不死鳥マルコの名に聞き覚えはあるものの、すぐに思い出すことができず頭をひねるルフィ。だが、パイナップルみたいだというロビンの一言をヒントにようやく思い出す。しかし、ネコマムシから何が起きたのかを教えられ表情を曇らせる。白ひげ亡き後、落とし前戦争で黒ひげと戦ったマルコたちだが、熾烈な戦いの末、惨敗、今も行方不明だというのだ。ロビンからこの戦いの後、黒ひげが四皇に名を連ねることになったと教えられたルフィは、マリンフォードで救われた礼を言いたかったと残念がる。
ミンク族ごと処刑すべく、執拗にズニーシャの左前足に集中砲火を浴びせるジャック。たまらずバランスを崩したことで大地が揺れ、ゾウの住人たちは大混乱となる。また、一方的に話しかけてくる謎の声に、誰だと問いただしたルフィだが、その声はナミたちには聞こえていない。一方的に声が聞こえてくるとルフィが答えるのを聞いたペドロは、同じことがロジャーとおでんの二人にもあったことを思い出す。そんな時、錦えもんと共にこの場から離れようとしたモモの助の頭の中に、突如ジャックの姿が浮かび上がった。
一撃でジャックたちの船を沈めたズニーシャだったが、集中砲火を浴びた左前足に酷い傷を負い、もはや立っているのもやっとで、バランスを崩すたび大地は激しく揺れ動いた。上空からズニーシャに接近したムサトビは、イヌアラシに怪我の状態を報告する。なんとか治してやりたい。そう決意したチョッパーはルフィに出航を待ってほしいと頼み、ズニーシャの治療に当たることにする。サンジ奪還の出航が遅れてはと、遠慮するイヌアラシだが、みんなでやったほうが早いという麦わらの一味の申し出を、ありがたく受け入れた。
麦わらの一味とミンクたちにより、ズニーシャの治療は終わった。包帯の交換も一苦労だと心配するチョッパーだが、責任を持って治療すると約束するミヤギに後を任せる。一方、モモの助はゾウへ残りたいと訴え、錦えもんを困惑させる。もう一度、ズニーシャと話したいというモモの助の気持ちを組みとり、イヌアラシは自分が後からモモの助をワノ国へ連れていくと申し出る。残してきた同士たちのこともあり、錦えもんはモモの助のことを託すと、ネコマムシに作ってもらったビブルカードを四つに裂き、今後の事を説明する
サンジ奪還のためホールケーキアイランドへと船出したルフィたち。一方、世界各地では聖地マリージョアで4年に一度開かれる世界会議を巡り、各国の王たちが動き始めていた。かつて、ルフィたちに救われた砂の王国アラバスタの王女ビビもその一人で、国民たちから盛大に見送られ、父ネフェルタリ王と共にマリージョアへ出航する。久しぶりの海の旅を楽しむビビに、何かあったらと気が気ではないイガラム。その過剰な心配ぶりに苦笑するペルだが、護衛の海軍少将ヒナにビビの過去を気づかれたらどうするのだと叱責される。
ひょっこり姿を現したキャロットにおどろくルフィたち。悪びれることなく、一緒に連れていってほしいと懇願するキャロットを、これ以上恩人に迷惑をかけるわけにいかないと、ペドロは船をゾウに戻してもらおうとする。ワンダにばれたら怒られる、食べ物持参だと訴えて、必死に食い下がるキャロットだが、持ち込んだ量では半日程度だと知り、海の広さにおどろく。乗ったものは仕方ない、自分の身は自分で守れと言ってルフィは乗船を認めるが、キャロットの持参した人参を食べ、逆襲されて危うく命を落としかけてしまう。
革命軍総本部壊滅状態の知らせにおどろくルフィたち。一方、ジャックによるジョーカー奪還が失敗、部下たちを失ったうえ、ＳＭＩＬＥの入手を断たれたカイドウは、ルフィ、そして最悪の世代への怒りをあらわにする！
ホールケーキアイランドを目指すルフィたちだったが、食糧難で絶体絶命の危機におちいってしまう。やがてペドロが島を発見、喜ぶナミたちに島が海軍の前線基地で、各部隊から荒くれ者が集まっていると教え、上陸をはやめろと釘を刺すぺコムズ。しかし、背に腹は代えられず、ペドロにぺコムズの世話とサニー号を託し、残りのメンバーで島へ向かう。そのころ、前線基地へは追加補充の海兵たちを乗せた船が到着していた。そして、出迎えに出たプロディ中将は、グラント大佐が一方的に他の海兵を叩きのめすのを目撃する。
基地に侵入したものの、食堂で騒ぎを起こして海兵たちに囲まれてしまったルフィ。どちらがルフィの相手をするかで張り合うグラントとザッパをよそに、ボナムはルフィがいなければナミを自分のものにできると俄然やる気になる。逃げようとせずカレーを食べることに夢中のルフィに、海賊に食わせるカレーはないと言い放つグラント。一方、ルフィたちの騒ぎを利用して食糧庫へ到着したナミたちだが、そこには頑丈な鍵がかかっていた。あせるチョッパーに、ナミはここが腕の見せ所だと笑顔を見せ、余裕で請け負うのだった。
食糧を奪って島を脱出しようとするルフィたちだったが、プロディ中将に先回りされ、行く手を塞がれてしまう。やがてルフィたちを追ってきたグラントから再戦を挑まれ、受けて立つルフィ。ついに互いの誇りをかけた最後の戦いが始まった！
スィートシティに潜入したペドロとブルック。街中はジンべエの噂でもちきりで、その真意を計りかねる。一方、ホールケーキ城へ連行され、ビッグ・マムと対面したシーザー。研究の成果を尋ねられ、苦しまぎれに嘘八百をならべるが……
サンジを騙したプリンに激怒するルフィ。一方ビッグ・マムを相手にロード歴史の本文の写しを奪うことを宣言したブルックは雷と炎を操るビッグ・マムに戦いを挑む
４人兄弟の中で唯一の失敗作とされ父ジャッジや兄弟からも虐げられてきたサンジ。それは亡き母の命がけの決断があった。レイジュが明かすサンジ出生の秘密とは…
四皇ビッグ・マムに渾身の一撃を放つブルック。己の務めの為に活躍するペドロ。牢から脱出したルフィはサンジに会うため城内に殴り込み兵士達をブッ飛ばしていく
ブルックとペドロが捨て身の攻撃を仕掛けていた頃ルフィはプリンに騙されている事をサンジに伝えるべく城内へ。幹部を倒していく中ルフィはレイジュと再会する！
恩人と仲間の命、家族への捨てきれぬ情、生と死を賭けた選択に悩むサンジ。空腹で身動きすらやっとのルフィは追手達と戦いサンジとの約束の場所を目指していた!
ブルックを救出すべくビッグ・マムの寝室へ侵入したナミ達だが眠りこんだマムを起こさず奪い返そうとして失敗を繰り返していた。無事救出することはできるか！？
決死の救出作戦で戻ってきたブルック。ボロボロになりながらも前へ進むルフィ。ガレキの中ルフィを捜し回るサンジ。それぞれの思いを胸に約束の場所を目指す！！
決別した場所で再会したルフィとサンジ。ルフィは皆の所に戻ってこいと説得するが帰れない理由を明かすサンジ。サンジは本心を言えと迫られ本当の胸の内を明かす。
サンジが麦わらの一味に戻ってきた！ナミ達と結婚式をぶち壊してサンジ家を助ける事を告げるルフィ。だがジンベエはビッグ・マムを巡るもう一つの陰謀を語る!!
幼子のように大粒の涙を流し、マザー・カルメルに訴えかけるビッグ・マム。それは63年前の話。まだ子供だったマム、シャーロット・リンリンは、並み外れた大きな体と力を持っていた。しかし、無邪気にその力をふるった結果、周囲に被害を与えた罪で国外追放となってしまう。そして自分たちの手に負えないと思った両親により、巨人族の戦士たちが暮らす島エルバフへ置き去りにされる。その後、マザーに引き取られ、同じように身よりのない子供たちと暮らすことになり、自分と同じ大きな体を持つ巨人族を初めて目にした。
ヨルルの剣を片手でなぎ払い、ひげを掴んで力任せに地面へ叩きつけるリンリン。しかし、マザーの指示でお祭り用のセムラが届くと、食べることに夢中になっておとなしくなる。火の勢いが強すぎて、見ていることしかできなかった炎を前にしたマザーは、パンドラと名づけて自分に従うよう命令すると、たちまち炎を沈めてしまう。奇跡だとおどろく巨人たち。重傷を負ったヨルルが助からないことを見抜いたヤルルは、仇であるリンリンを討とうとするが、彼女を連れて出ていくというマザーの命乞いをやむなく聞き入れる。
突如、姿を消したマザーと羊の家の子供たち。だが、その一部始終は二人の人物に目撃されていた。一人は羊の家の様子を見に来たエルバフの戦士。このことは各地の巨人族たちの間に伝わり、リンリンは忌み嫌われる存在となった。もう一人は島に住みついていた元海賊の料理人シュトロイゼン。あらゆる物を食材に変えてしまうククククの実の能力者で、リンリンを死なせるには惜しいと近づいてきた。そして、マザーはそのうち戻ってくると慰めながら、剣で木や花を食材に変えて空腹のリンリンに巨大なケーキを作ってやる。
新艦隊提督のサカズキはニューマリンフォードにいる。 そこで、彼はルフィについてのニュースを聞き終え、すでに彼と一緒に起こった激動の出来事を思い出す...
一足先にワノ国へ上陸、それぞれ目立たないように変装し、周囲に溶け込み、ルフィとの合流の時を待つ麦わらの一味。一方、再び仲間と離ればなれになったルフィ。ワノ国を舞台に今、新たな冒険の幕があがる！
TVアニメ放送20周年を記念する本作は、原作者・尾田栄一郎監修で描くオリジナルストーリーです。20周年のお祭りにふさわしく、海賊・海軍・王下七武海・革命軍・CP-0が大集結！ さらにルフィ、革命軍参謀総長・サボ、“死の外科医”トラファルガー・ロー、王下七武海“海賊女帝”ボア・ハンコック、“千両道化”バギー、“海軍中将”スモーカー、“CP-0”ロブ・ルッチが集結し、敵味方の垣根を超えた奇跡の≪共闘≫が実現しています！ シリーズ最強の敵・元ロジャー海賊団のダグラス・バレットに立ち向かうべく誕生した奇跡の瞬間は必見です！
おでん城跡へと向かったルフィたち。しかし、その途中、ゾロは何者かの気配を察知して、一旦ルフィとわかれる事に。一方、花の都では、寺子屋で先生が子供達にワノ国の歴史を教えていた。だが、その教育ではワノ国の鎖国を肯定し、光月おでんと赤鞘九人男を愚か者として教え、黒炭オロチ将軍は賛美されていた……。オロチの命令で鎖国こそ正しく、光月家こそが悪、それを正したのがオロチだという歪められた歴史が子供たちに教えられていたのである。同じ頃、ある人物のお座敷に上がっていた芸者おロビ。そこでは、居眠り狂死郎が酒に酔いながら、オロチ将軍にまつわるある逸話を話していた。オロチ将軍は、20年前に死んだ光月家の亡霊達からの復讐を今も恐れているらしかった。
錦えもんはルフィたちに真相を語る。モモの助の父・光月おでんはかつて花の都を追放され、当時は無法地帯だった九里へとやって来た。おでんはならず者たちをまとめ上げ、立派な九里の町を築いた。破天荒ながらも町民すべてに愛されていたおでんの逸話の数々に、興味津々のルフィたち。同じ頃、九里の海岸に到着したイヌアラシもおでんに思いをはせていた。一方、ルフィたちとはぐれてしまったゾロは船着き場を見つける。錦えもんの話は続き、おでんは黒炭オロチとカイドウの陰謀で罪人に仕立てられ処刑されたとルフィたちは知る。
20年の時を越え、変わりはてたワノ国へたどり着いた錦えもんたち。その無残な変わり様に衝撃を受ける錦えもん達。共に戦うものはいないと思われた矢先、彼らの元に、この日を待ちわび耐え忍んできたと語る侍の一団が現れる。意気を取り戻した錦えもん達は、更なる仲間を求めワノ国を飛び出す。困難な旅の果てに、錦えもんはついにパンクハザードでルフィたちに出会うことができた。皆の協力が今回の策の要と、改めて錦えもんは作戦の内容を語り始める。
鬼ヶ島への討ち入りまで２週間。ウソップ、フランキー、ロビンはそれぞれの任務について準備を進めていた。ウソップは反乱の意志のある者――『左足に月の印を持つ者』たちに決戦の日と集合場所を図案にした判じ絵を配り歩き、フランキーはかつてカイドウの屋敷を設計した棟梁から屋敷の図を入手すべく大工の仕事をしていた。ロビンは芸者の稽古を積み、オロチのお座敷へ忍び込んで情報を入手しようとしていた。一方、ルフィたちはアシュラ童子の話を錦えもんから聞く。アシュラ童子はかつて、手のつけられない悪党だったが、おでんによって倒され、おでんの忠実な家来になったという。しかし、おでん亡き後は頭山盗賊団の酒天丸として再び悪事に手を染めているとのことだった。
巨大な龍となって九里へ現れたカイドウ。ルフィはおこぼれ町の町民を救う為、山を下りようと駆けだしてしまう。感情で動くルフィを止める為、ローが後を追う。町には妻・お鶴がいると聞いた錦えもんも、お菊と共に、山を駆け下りていく……!!
ボロブレスでおでん城跡を消滅させたカイドウに、単身で戦いを挑むルフィ。怒りに燃えるルフィは、カイドウに“ゴムゴムの象銃（エレファントガン）”を食らわせ、博羅町に墜落させる。仲間たちの無事を信じながらおでん城跡へと向かったルフィは、お玉と一緒だったスピードが傷を負い、倒れているところに遭遇した。
