ジャンプアニメツアー2005で上映された特別編。
江戸の街で万事屋を営む坂田銀時のもとに、依頼人である加藤健が現れた。なくした物を取り戻したい。そのためには三千万ほど必要だと言う。身に続く不幸を語る加藤に、万事屋はやむなく協力することになる。一方そのころ、江戸の片隅では天人カリヤとその一味が、江戸掌握を目論み策謀を交わしていた…。
依頼人の加藤は修行に耐えられずに去っていた。銀時は酒をあおる加藤を見つけると一緒に酒を飲み、加藤に語りかける。本当に忘れたいことからは逃げても逃げ切れるものではない、と。その銀時の横顔を見つめ、加藤は強くなろうと思ったきっかけを語る。銀時は加藤の大切な物を取り戻すため、力になることを決意して…。
侍の誇りを失わずに剣の道を貫いた新八の父。死ぬ間際、姉弟に託したのは、侍の魂だった。父の遺した道場を守るべく、バイトに励む新八。しかし、剣の道一筋だった少年に世間は辛く、店長になじられ、天人には嘲笑を浴びせられる。そんな彼の前に一人の男が現れた。そう、彼こそが万事屋銀ちゃんこと、坂田銀時だった…。
新八が万事屋に身を置いて半月。侍の魂を見たのは幻だったのか、銀時にその輝きを見いだせず、新八は早くも後悔し始めていた。そんなある日、スクーターに二人乗りをしていた銀時たちの前に少女が飛び出してきた。その少女は、ある理由でヤクザに追われており、彼女を逃がすために新八は行動を開始するが…。
スナックお登勢に突っ込んだ飛脚から、大事な小包を届けてくれるように頼まれた銀時たちは、やむなくそれを届けに宛先である戌威星大使館へと向かった。しかし、その小包は爆弾で、はずみで爆発。銀時たちはテロリストと間違えられてしまう。その時、助けに入ってきたのは銀時の旧友、ヅラこと桂小太郎だった…。
桂の爆弾から結果的には皆を守った銀時たちだったが、その後警察の取り調べを受けていた。ようやく釈放されて警察署の前で恨み言を並べる銀時と神楽をおいて、新八は足早に去っていく。そして残された銀時と神楽の前に、脱獄囚が警察に追われて来た。男は神楽を人質にとり、銀時にパトカーを運転させて逃走を図るが…。
央国星のハタ皇子の下から、ペットのペスが姿を消した。そのペットの捜索を命じる天人を苦々しく思いつつ、入国管理局は万事屋に捜索を依頼する。天人絡みの依頼と聞いて一度は断る彼らだったが、積まれた大金にあっけなく尻尾を振ることを決めた。さっそく依頼をこなそうと、行動を開始する銀時たちだが…。
真選組が治安を守るために奮闘している傍らで、局長の近藤はスナックで働くお妙相手にくだを巻いていた。ダメな奴だと落ち込む近藤に、愛する人なら欠点ごと愛することが出来ると微笑むお妙。その彼女に近藤は一目惚れし、結婚を申し込むがグーで殴られる。しかし近藤は諦めきれず、お妙に熱烈なアピールを繰り返し…。
局長が女を賭けた決闘で負け、隊内に動揺が走る。おまけに近藤の無様な姿がTVで放映されたとあって、土方はどうにかして真選組の威信を取り戻したいと考えていた。それには、近藤を負かしたという銀髪の侍を消すしかない…。一方、自分が真選組の殺意を一手に引き受けているとも知らない銀時に、真選組の刃が迫る…。
ハタ皇子が再び江戸を訪れた。ペスを失ったことに心を痛める皇子は、可愛いペットを得ようと江戸市中の動物園を巡る。一方、神楽は万事屋の前におかれた箱に愛らしい姿を見つけ、満面の笑みを浮かべる。それは、かなり大きい犬のような生き物だった。銀時の反対を押し切り、神楽はその生き物を飼いたいと言って…。
入院している新八のお見舞いに行った銀時と神楽。そんな銀時たちは向かいのベッドのじじいからある依頼を引き受けることに。それはじじいの想い出の女性を捜し出すことだった。手がかりは、かつてじじいがどさくさの中で手にしたかんざしと、その持ち主が団子屋の看板娘だったという情報のみ。捜索を始める万事屋だが…。
お登勢はある夜、路地裏で腹を空かせ途方に暮れる天人のキャサリンと出会い、彼女をスナックお登勢に迎え入れた。熱心に働き、よく気が付く彼女をお登勢は気に入る。そして、店の売り上げを何者かに奪われる事件が頻発するようになる。そんなある日、警察が事件の捜査への協力を求め、スナックお登勢を訪ねて来て…。
万事屋に人捜しの依頼が舞い込んだ。幕府に仕える由緒正しい家の娘が、家に帰らず行方不明だという。この件を穏便に解決したい依頼人の頼みを、しぶしぶ引き受けた銀時たちは、娘が遊びに来てたというクラブに聞き込みに行く。手がかりを得られず、人捜しに飽きた神楽は、娘に容姿が似ている男を連れて帰ろうとするが…。
「男にはカエルにさわれて一人前、みたいな訳のわからないルールがある」違法薬物で利益を上げる幕府高官を誅しようとする攘夷志士の動きが活発化した。これに応じるべく、真選組に要人警護の命が下るが…。／「脇だけ洗っときゃいいんだよ脇だけ」神楽は助けた少女から一日だけ友だちになってと言われて…。
定春の面倒を押し付けられた銀時は、過剰なコミュニケーションの前に息も絶え絶え。そこへ桂が珍妙な生物を連れて現れた。坂本によって贈られたそれは、エリザベスという名のペットらしい。そんな中、銀時たちはTV番組で変な動物を募集しているのを知る。優勝者に進呈される豪華賞品に目がくらんだ銀時たちは…。
昼間から公園でたそがれる長谷川に神楽が「何故昼間からこんなところにいるのか」と声をかける。一時の勢いでハタ皇子を殴り、入国管理局を首になった長谷川は、まるでダメなオッさん、略してマダオ街道まっしぐらだった。そんな色々なものを失った彼の唯一得た友人が、パチンコ店で仲良くなった銀時だった…。
将軍が姿を見せる祭りを前に、お登勢率いるかぶき町町内会一同は江戸一番の発明家である平賀源外のもとに詰めかけていた。昼夜問わず騒音を立て、ガラクタばかりを作り続ける源外に、ついに堪忍袋の緒が切れたのだ。そしてお登勢に動員された万事屋一同は、目には目をとばかりに大音量のカラオケで対抗するが…。
姉への贈り物にと、胸の部分に『宇宙怪獣ステファン』と書かれた名札が縫い付けられた、エリザベスに似た人形を手に帰宅する新八。だが、新八を待ち受けていたのは狂戦士と化したお妙の長刀の斬撃。慌ててよけるものの、ステファンは長刀に貫かれてしまう。ステファンを握りつぶしながらお妙が語る怒りの原因とは…。
パチンコに運命を委ね、散った男たちがいた。拾った小銭で買った棒アイスを咥えながら自らの行いを悔いる銀時と長谷川。そんな二人のもとに、うまい儲けが飛び込む。海に出没する宇宙生物に懸賞金が掛けられたというのだ。エイリアンを一本釣りし懸賞金を掴もうという銀時と長谷川の提案で、海へ向かう万事屋一行だが…。
蚊の多い夏の夜、真選組の隊士たちは怪談に興じていた。隊士の稲山が語るその怪談は、真夜中の寺子屋に赤い着物を着た女の幽霊が現れるというものだったが、その幽霊が真選組屯所にも現れた。隊士の半分以上が倒れ、皆「赤い服を着た女」のことをうわ言の様に口にしていた。隊士たちは本当に幽霊に襲われたのか…？
「男ならとりあえずカジキ！」池の畔で釣り糸を垂らす万事屋一行。そんな中、神楽の竿に大物のアタリが。だが、それには緑の身体で頭に皿があった…。／「扇風機つけっぱなしで寝ちゃうとお腹こわしちゃうから気を付けて」うだる暑さの中、扇風機が壊れてしまった。扇風機を手に入れるべく外に出る銀時だったが…。
いつも通り万事屋へと出勤した新八は、銀時を叩き起こそうとして信じられないものを見た。銀時の部屋のふすまを開けると、そこには布団の上で絡み合う銀時とくノ一の格好をした女の姿が…！ 酒を飲んで昨夜の記憶がない銀時に、さっちゃんと名乗る女は納豆をこねながら、二人が夫婦の契りを交わしたと告げるが…。
神楽が町内会の福引で宇宙の旅を引き当てた。さっそく宇宙港に向かう万事屋一行。ところが、ペットの連れ込みは禁止と言われてしまい、定春を連れて入ることが出来ない。どうしても連れて行きたい神楽は、係員と押し問答になってしまう。そんな中、定春は出発ロビーで寝ていたサングラスの男に噛みついてしまうが…。
マドマーゼル西郷。かぶき町四天王の一人で、鬼神と呼ばれる女装スナックのママだ。その西郷を化け物呼ばわりしたために女装させられ、西郷の営む『かまっ娘倶楽部』で働かされることになる銀時。店へ連れて行かれるとそこには銀時同様、女装させられた桂の姿が。口では逃げ出すチャンスを伺っていると言う桂だが…。
久々に食卓へのぼったすき焼きから注意を逸らし、一切れでも多く肉にありつこうと、お互いが牽制しあう万事屋一行。激しい腹の探り合いが繰り広げられる中、銀時と新八が神楽を陥れ鍋へと襲い掛かる。が、勢い余って鍋の中身は四散。騙されたと気付いた神楽は銀時と言い争いを始める。そんな中、新たな鍋の参加者が…。
長谷川が働くコンビニ『大江戸マート』を一日預かることになった万事屋一行。だが、神楽と銀時の中途半端なやる気が災いして、客に迷惑かけ放題。ただ一人真面目に働く新八は、その様子に呆れ顔。そんな時、万引きをしようとしているヤンキーに新八が気付く。捕らえてみると、それは新八の幼なじみタカチンだった…。
女子プロレスの会場に来た銀時たちの前に沖田が姿を見せた。暇なら付き合ってくれ、という沖田の言葉に導かれ、スラム街の奥で銀時たちが見たものは『煉獄関』と呼ばれる地下闘技場だった。そこで、鬼の面を付けて闘う煉獄関最強の闘士である鬼道丸を指さし、彼を探れば何か出てくるだろうと告げるが…。
歯を磨きながら観ていた占いコーナーで不吉なことを断言され、近藤は乾いた笑いを漏らす。そこに怒鳴りながら現れ、いきなり銃を撃ち放つ松平。真選組が煉獄関に手を出したことがバレ、二人は城に呼びつけられたのだ。土方と沖田の暴走に困惑する近藤だが…。
「慌てるな！クーリングオフというものがある」星をも切り裂く妖刀『星砕』。その伝説の刀を求め、天人の岩慶丸は夜な夜な刀狩りを繰り返していたが…。／「テレビとか新聞とかちゃんと見ないとダメだって」神楽の悲鳴ににわかに騒がしくなる万事屋。その元凶であるゴキブリ退治に向かう銀時と新八だったが…。
新人アイドルの寺門通とアイドルグループ『反侍（はんさむ）』リーダーのGOEMONの熱愛発覚。このニュースは新八たち親衛隊を失意のどん底へ叩き込んだ。その様子を冷ややかな目で見ていた銀時もお天気お姉さんの結野アナが結婚していたことが判り茫然。そして二人をせせら笑う神楽。そんな万事屋にお通が訪れて…。
地面に仰向けで倒れている銀時、青空は赤く染まっていく…。銀時はその場で意識を失うと病院へと担ぎ込まれた。ジャンプを買おうとバイクを走らせていた銀時は、携帯電話片手に運転をする車に突っ込まれたのだ。病院に駆けつけた新八たちは意識を取り戻した銀時と対面するが、彼は全ての記憶を失っていた…。
銀時が万事屋の解散を宣言し、江戸の町へ消えてから二週間が経った。宇宙船によって大破した万事屋で、酢昆布をむさぼる神楽。迎えに来た新八に対し神楽は、銀時が記憶を取り戻し帰ってくるまで諦めないと告げる。一方その頃、真選組の密偵としてマムシの工場に入り込んだ山崎は、そこで意外な顔を発見して…。
記憶喪失から戻ってきた銀時は、人生のリスタート記念に溜まった家賃もリセットしようとお登勢に掛け合うが、大破した万事屋を一週間以内に修復しないと追い出す、と宣告されてしまう。そんな彼らのもとに坂本からの小包が届けられた。中にはデリバリー大工と名乗るちっちゃいオッサンが二人詰められていたが…。
ネコミミアイドルTAMAの登場により、お通の人気が危ないと熱く語る寺門通親衛隊の面々。親衛隊の中にもTAMAに浮気した者がいると知り、鉄拳制裁を加える新八。だが、その一撃は偶然にも酔った松平に絡まれていた娘を助けることになった。お礼を述べるその娘は、ネコミミ。その可愛さに虜になる新八だったが…。
近藤、土方、沖田に「ヤツがついに動く」と告げる松平。一同に緊張が走る中、松平は再び告げた。「決戦だ」と。「ヤツ」が誰だか判らぬまま、近藤たちは松平への助力を誓う。そして彼らは遊園地にいた。彼らが見守る中、松平の娘、栗子に駆け寄る軽薄そうな七兵衛。そう、松平は娘に言い寄る男の抹殺を企てていたのだ…。
お妙とおりょうは、新人の花子が身投げしようとしているのを目撃した。止めに入ったお妙は、花子をひとまず家へと連れ帰る。大阪からダンサーになるために出てきたという花子は、怪しげな団体『夢幻教』に誘われ、貯えていたお金を使い込んでしまったと言うのだ。花子の手引きで夢幻教に潜入する万事屋一行だったが…。
サンタなんていねーんだよって言い張る奴こそホントはいるって信じたいんだよ」雪が降りしきる夜。銀時は道ばたで言い争う赤い服を着たじいさんとトナカイに出会うが…。／「煩悩が鐘で消えるかァァ己で制御しろ己で」更けてゆく大晦日の夜。ジャンプ合併号の最後の一冊に銀時が手を伸ばすと服部の手も同時に…。
「雪ではしゃぐのは子供だけ」かぶき町雪祭り。賞金につられて参加した銀時たちは、誰が見ても“ピーー”にしか見えない雪像を作り上げて…。／「冬に食べるアイスもなかなかオツなもんだ」花火屋『角屋』の若旦那に呼ばれ、屋敷に出向いた銀時たち。そこで彼らは花火職人を引退した父親の世話を頼まれるのだが…。
桂は真選組の検問を強行突破しようとして、沖田のバズーカ砲により負傷してしまった。屋根伝いに追手から逃れようとする中、ラーメン屋『北斗心軒』の女主人、幾松に下着泥棒と間違われ撃退される。翌朝、お詫びに出されたラーメンを啜っていると幾松の義弟が店に踏み込んでくる。その幾松の様子に、桂は一計を案じて…。
視聴する 江戸の街が映画『えいりあんVSやくざ』の話題で盛り上がっている頃、宇宙から飛来したえいりあんが江戸の街に潜り込んだ。えいりあんばすたーとして名高い星海坊主の助言で、近藤は真選組に非常線を張らせる。一方、「拙者拙者詐欺」に引っかかった神楽は、銀時を騙る電話の相手に命じられるまま、銀行へ走るが…。
神楽を解雇したことを銀時から聞いた新八は、神楽が万事屋を、そして銀時をどれだけ大事に思っていたか考えろと食って掛かる。そして自分も辞めると言い放ち、万事屋を去るのだった。一方、ハタ皇子のじいが積み荷の整理を指示していた。気味の悪い積み荷に怯える整備員たちの目の前で、じいが一つの瓶を割ってしまい…。
騒ぎの原因であるハタ皇子とじいを、助けて傷つき倒れた神楽を発見した星海坊主は、ハタ皇子たちに掴みかかった。だが、神楽はそれを止め、人を護ることに力を使ったことを誇るのだった。そこへ襲いかかるえいりあん。触手に捕らわれた神楽が飲み込まれようとしたその時、口を突き破って出てきたのは銀時と定春だった…。
星海坊主は旅立ち、神楽は江戸に残った。スナックお登勢でしんみりする仲間たちの姿を見て、イタズラ心をおこし、窓から様子を見守ろうとする神楽。しかし、そんな神楽がいない寂しさはいつの間にか別の話題へと移ってしまう。そして話はいつしか、万事屋の欠員を埋める新たなヒロイン選定へと移っていくが…。
捕まったエリザベスの救出を、食べ物で釣って万事屋に依頼しようとする桂。その依頼を受けてしまった万事屋一行と桂は、忍びの助けを得ようと『くの一カフェ』で働くさっちゃんを訪ねる。仕事を盾に助けを拒む彼女だったが、銀時の罠にはまり店をクビになり、協力させられることになってしまい…。
飲み過ぎた銀時が万事屋に帰宅すると、定春が巨大化していた。イチゴ牛乳を飲ませつつ、巨大化した原因を考える銀時たちだが何も思い浮かばない。銀時が居酒屋でもらってきた犬語翻訳機も当てにならず、途方に暮れる三人を尻目に更に巨大化する定春。そして野次馬から投げられる石が、神楽を傷つけるのを見た定春は…。
定春の暴走による賠償金を払うため、貯金どころか神社まで手放した阿音。スナック『すまいる』で働く彼女は、男を手玉に取る看板娘だ。だが、おなじく『すまいる』の看板娘であるお妙とはソリが合わず、何かにつけて衝突する。阿音ご指名のお得意様、菊屋の旦那をお妙がボコボコにしたことで、店長はある決断を下して…。
例年以上にひどい花粉に悩まされる銀時たち。一説にはどこかの星の植物が原因だと言うが、詳しいことは判らずじまい。あのお登勢が店を休むほどの花粉と言うから、ただごとではない。そんな折、屁怒絽と名乗る凶悪な顔をした天人が万事屋の隣で花屋を始める。その花屋こそが、この花粉をまき散らす元凶だったのだ…。
「似てる二人は喧嘩する」真選組に仲間を捕らえられ、報復のため土方を狙う八虎留三兄弟。オフの日を狙い、定食屋で飯を食う土方の隣に座る三男だが…。／「何であれやるからには負けちゃダメ」子供たちと一緒に缶蹴りで遊ぶ神楽。しかし、ムキになって遊ぶ神楽に子供たちはついて行けず、遊ぶのを止めてしまい…。
働かずして大金を手にしようと、カジノへと繰り出す銀時と長谷川。丁半博打で威勢良く張る二人だが、負けが混み、身ぐるみはがされ気付けばふんどし一丁になってしまう。そんな二人の前に現れた男が、彼らの着物を取り返してくれる。男の名はツキヨミの勘兵衛。宇宙に名をとどろかせた名ギャンブラーだった…。
銀魂二年目。思い返したくもない過去といつ訪れるかわからない打ち切りに頭を抱える万事屋。銀時は二年目を機にテコイレしようと思い立つ。タイトル変更からストーリー刷新まで、あり得なさそうなネタを羅列する新八、神楽。だが今一つピンとこない。そんな中、噂を聞きつけた人々が訪れ、自分の案を披露し始める…。
『アナタの子供です』そんな書き置きとともに、万事屋の前に赤ん坊(勘七郎)が捨て置かれていた。銀時そっくりの容貌に、銀時以外の誰もが銀時の隠し子だと信じて疑わない。本当に自分の子供にされてしまいそうな銀時は、勘七郎を連れて万事屋を飛び出す。誰にも話を聞いて貰えない銀時は、途方に暮れるが…。
捕らえたお房に対し、勘七郎の行方を問い詰める賀兵衛。そこに似蔵に追われた新八と神楽がなだれ込む。盲目の似蔵の前には神楽が煙幕を張った煙幕も役に立たず、あっさりと追い詰められてしまう新八たち。一方銀時は、勘七郎を連れ、橋田屋敷へと乗り込むが、アポがないために社長=賀兵衛に取り次いで貰えないでいた…。
かぶき町で連続放火事件が発生した。ゴミに火を付ける手口に警戒してゴミの分別が厳しくなるが、銀時は燃えるゴミの日に雑誌を出そうとする。それをお登勢に見つかり、説教をくらう銀時。お登勢の捨てた煙草の火が起こした小火を消しているところを火消しのめ組の若い娘、辰巳に見つかり放火魔と間違えられてしまうが…。
突然万事屋に乗り込んできた｢おかん｣。息子の八郎を捜すため、万事屋に勝手に転がり込んでしまったのだ。おかんに戸惑いつつ、写真を手がかりに八郎の捜索を始める銀時たち。何度か整形していることを突き止め、写真に面白半分に描き足す彼らの前を、その落書きされた写真にそっくりな八郎という名の男が通り過ぎて…。
八郎の気を失わせ、狂志郎に無理難題を押しつける黒駒の勝男に、ホストに成りすまして相対する銀時たち。要求を拒む狂志郎に対し、勝男は見せしめに八郎にドスを向けるが、銀時がそれを阻む。そうこうしているうちに、愛犬の子供が生まれたことで引き上げる勝男たちに、お産と聞いたおかんは彼らについて行ってしまい…。
連続婦女子誘拐事件が江戸を騒がせる頃、行き過ぎた取り締まりをする真選組のイメージは急落していた。近藤は江戸市民への防犯の呼びかけとイメージアップを図り、アイドルのお通を一日局長として迎える。招かれたからには責務を果たしたいと意気込むお通は、局中法度を手始めに真選組のイメージアップに取り掛かるが…。
大切な荷物の運搬を請け負った快援隊。それを受け取り先の青木商会に引き渡そうとした快援隊の陸奥だが、取引場所に現れた黒ずくめの一団に、あろうことか荷物と金を奪われてしまった。困り果てた陸奥が、奪われた荷物と金の回収を依頼したのは！ そして、快援隊のリーダー坂本の姿が見えないのであった…。
エリザベスが万事屋にやって来た。だが、桂がいない。何も話さないうえ、元々つかみ所が無いエリザベスの応対に困り果てる銀時たち。とりあえずお茶を出す新八だったがエリザベスは無反応。続けて今度はコーヒーを差し出してみるが様子は全然変わらない。最後の手段として、神楽はついにある飲み物を出すことに決めて…！
江戸を騒がせていた辻斬り騒動の裏には、銀時や桂と攘夷戦争を戦った高杉晋助の存在があった。彼は攘夷浪士の集団である“鬼兵隊”を組織し、幕府の転覆を企てていた。行方不明の桂を探す神楽は、単身、高杉たちの船に乗り込む。迎え撃つ来島また子、武市変平太と浪士たち。必死に抵抗しつつ神楽が船の内部へと進むが…。
桂一派は人斬り似蔵に襲われた桂の仇を討つため、高杉たちに戦艦で空中戦をしかけた。似蔵は自分の腕と一体になった刀型の兵器である紅桜で応戦する。一方、武市変平太と来島また子に捕らわれている神楽を救うため、高杉たちの船に潜入していた新八は、砲撃の混乱に乗じて神楽を救出することに成功して…。
高杉の船の甲板で死闘を繰り広げる銀時と似蔵。対艦兵器、紅桜に意識までも侵食され、暴走を始める似蔵に、鉄子が打った刀で応戦する銀時。圧倒的な力で攻め立てる似蔵だが、その劣勢を銀時が挽回し始める。その頃、船内では、紅桜を使って倒幕を企てる高杉とその紅桜の刀匠・鉄也に、妹の鉄子と桂が対峙していた…。
桂一派と高杉一派の抗争の報告を、真選組の監察である山崎から受けた土方。その騒動の中に、万事屋らしい人物の目撃情報もあった。以前より、銀時と攘夷派との関わりを疑っていた彼は、山崎に銀時の身辺を調査するよう命令する。山崎は、銀時の友人たちに話を聞いてまわるのだが、彼らの話ではさっぱり要領を得ず…。
忍者、服部全蔵は夜の町を駆け抜ける。彼の職業は、宅配ピザ屋。ある夜、着地しようとした彼(の尻)に銀時のバイクが突っ込んだ。痛む痔を顧みず、全蔵はピザ箱を拾い上げて依頼主の元へと向かうが、彼が拾ったのはピザ箱ではなく、銀時のジャンプだった。ピザの依頼人、阿国はジャンプを受け取り、全蔵に告げて…。
桂は、江戸の人々に過激派だと誤解されていることを憂慮し、好感度アップを狙って番組の取材を受けることになった。インタビュアーの結野アナに取材を受けているところへ、真選組の襲撃を受けてしまう。その場を、隠し持っていた煙幕にもなる｢ん●い棒｣で切り抜けた桂は、銀時にある依頼をするために万事屋を訪れて…。
子供たちの間でカブトムシ同士を戦わせる遊びが流行っていた。定春28号と参戦しようとする神楽だが、フンコロガシでは相手にされない。そこへ沖田がサド丸21号と乱入し、子供たちのカブトムシを奪ってしまう。復讐に燃える神楽はカブトムシが金になることを知り目の色を変えた銀時たちとカブト狩りへと繰り出すが…。
寂れた団子屋｢魂平糖｣で団子を頬張る銀時。向かいに出来た甘味処｢餡泥牝堕｣に客を取られもなお団子一筋にのれんを守り抜こうとする主人と意気投合する銀時は、餡泥牝堕の主人、酔唾(すいーつ)が魂平糖の土地を狙って退店を迫っていることを知る。なかなか首を縦に振らない魂平糖の主人に酔唾は勝負を持ちかけて…。
｢走り続けてこそ人生｣バイクの修理代を払わずに立ち去ろうとしたせいでコントロール不能になった銀時は、飛脚の天人の魔破のり子が乗るバイクと衝突してしまい…。／｢理想の彼女はやっぱり南ちゃん｣さっちゃんに医師の黒田を暗殺する依頼が舞い込んだ。病院に看護婦として潜り込んださっちゃんだが、そこに…。
お祭りの日。賑やかな縁日に背を向け、お寺の境内へ向かう銀時たち。彼らが向かう先に現れたのは落さん。彼がこの祭りの肝試しの幹事で銀時たちは手伝いに来たのだ。周りから評価されずにリストラされ、妻とも別れ、自分の生き甲斐は肝試しを立派に行うことだけだと語る落さんを見かねて、銀時たちは手を貸そうとする…。
燃えないゴミの日に雑誌を捨てた銀時は、ホラー仕立てのテレビCMに脅されて雑誌を回収しに行くが、ゴミ置き場で女の生首を見て気を失ってしまう。翌朝、自室で目覚めた銀時は、夢かと胸をなで下ろすが、神楽の手元にはその生首が。慌てる銀時に、新八は今人気のからくり家政婦、悦子ちゃんの頭部だと教えて…。
突如としてメイドたちに襲われた銀時たちは二手に分かれた。銀時と神楽が囮となって、新八がタマを源外の所へ連れて行く。タマは新八の生存確率を5%と判断し、自分を放棄して逃げるように勧める。しかし、護ると決めたものは必ず護るのが侍だと宣言する新八に、タマはプログラムにはない不思議な感覚を抱くのだった…。
カラクリによる江戸の支配を目論む伍丸弐號へ急ぐ銀時たちは、源外の戦車でターミナルを目指していた。巨大メイドの襲撃で源外と戦車を失い、神楽と定春と別れた銀時は芙蓉を伴って奥へと進む。対峙する銀時と芙蓉、そして伍丸弐號。彼は芙蓉を自らの娘の生まれ変わりとして迎えようとするが、芙蓉はそれを拒否して…。
｢犬の肉球はこうばしい匂いがする｣定春の様子がおかしい。定春が恋の相手を求めているとふんだ銀時は、神楽によってメイクアップされた定春を連れてドッグランに出掛けるが…。／｢かもしれない運転でいけ｣志士たちの集うサロンで、最近の幕府の動向を報告する桂。彼の話など聞きもしない志士たちに桂は怒り…。
山に松茸狩りに来た万事屋一同。浮かれまくる銀時の前に、摩理之介という猟師が現れ、この山は危険だから早々に去れと警告するのだが、聞かずにひたすら松茸を求める銀時たち。そんな彼らの前に宇宙キノコに操られた大熊の正宗が現れた。難を逃れた銀時たちは鍋をつつきながら、報酬目当てに大熊と戦おうと意気込むが…。
ある日、キャサリンの眉毛がつながりかけていることに気付いた神楽たち。眉毛剃りから戻ってきた彼女の眉毛は、離れるどころかガッチリM字につながっていた。しかも、凶暴化してお登勢に襲いかかり、収まった時にはお登勢の眉毛までつながってしまっていた。見れば、街の至る所で眉毛のつながった人々が暴れていて…。
｢侍の国｣僕らの国がそう呼ばれていたのは今は昔の話…とか言って始まったこのアニメもはや一年半、あんな事こんな事いろんな事があったよね、で、そろそろ色々振り返ってもいいかなーと思ったのに｢チェッ なんだよ総集編かよ、手抜きじゃね？｣とか、アニメだって作るの大変なんだから文句言うのやめなさい！
ある夜、スナックスマイルに土方が訪れた。お妙を指名し、近藤の女房のふりをして彼の縁談をぶちこわしてくれ、と相談を持ちかける。真選組隊士も現れて必死に頭を下げるが、懇願むなしくお妙にボコボコにされてしまう。そんな折、お妙を訪ねて一人の侍が颯爽と現れた。彼の名は柳生九兵衛、お妙の幼なじみだというが…。
お妙を自分の妻として迎える、と宣言した九兵衛。その突然の振る舞いに困惑する新八だったが、別れ際にお妙が見せた涙を思い出し、柳生屋敷へ乗り込んだ。加勢する銀時たち。彼らは柳生四天王と九兵衛を相手に、身体に装着した皿を割られた者から脱落、総大将の皿が割られても負けというサバイバルゲームに挑むことに…。
神楽が沖田と西野、特に沖田をボロボロに撃破した(してしまった)。一方、食卓ではマヨラー土方とケチャラー北大路の壮絶なバトルが繰り広げられていた。その戦いは両者の胃を満足させただけで終わり、剣を交える二人。土方はその鋭すぎる戦いの勘があだになり、フェイントを駆使する北大路に追い詰められていき…。
四天王筆頭の東城の出陣に伴い、九兵衛も戦場に赴くことに。そんな中、近藤と銀時は絶体絶命の危機に陥っていた…トイレで。用は済んだが拭く紙がない。隣の個室を調べると柳生の大将である敏木斎が使用中。さらに、個室の前に悠然と現れた東城までもが、朝食の卵が傷んでいたせいで仲間入り。激戦(？)の行方やいかに！
近藤と東城の壮絶な一騎打ちの後も、銀時と敏木斎の駆け引きは続いていた。銀時は財布から、最後の千円札をつまみ上げ、敏木斎は柳生の秘伝書を眺め、どうしたものか考え込んでしまう。お互いが紙を持っている、と直感で確信した二人は意を決して尻を拭き、剣を交える。戦いの場はやがて、トイレ裏の竹林へ…。
九兵衛の壮絶な過去が明らかになり、ようやく銀時たちに本心を打ち明けたお妙。そして、銀時と新八、九兵衛と敏木斎の最終対決が始まる。一時はメガネを取り戻した新八が勢いで九兵衛を圧倒するも、敏木斎の機転で銀時がピンチに！ お互いに一歩も譲らぬ激戦の末、柳生一門と恒道館一同の戦いに決着の時が訪れる…！
｢ラーメンのために並ぶんじゃない。自己満足のために並ぶんだ｣謎の怪獣オロチンが現れた山奥の村が報奨金をかけ、オロチン退治の勇者を募集していることを知った銀時たちは村に訪れるが…。／｢カワイイを連発する自分自身をカワイイと思ってんだろ お前ら｣ハム子が仕事の依頼で銀時たちを再び訪ねてきて…。
スナックすまいるに風邪が大流行し、ほとんどのホステスが病欠してしまう。大事な接客を明日に控えているというのに、店で元気なのはお妙ただ一人という事態に。どうにかしてホステスの人数を集めなければ…。困り果てた店長は銀時たちに｢可愛い子を紹介してほしい｣と相談するが、神楽以外は乗り気でない様子で…。
ハードボイルドを好む刑事・小銭形平次。彼の日常には、ハードボイルドな出来事が起こっていく。ある夜、彼は宿命の敵である大犯罪人、狐火の長五郎を追っていた。しかし追跡の最中、万事屋一同に絡まれて犯人を取り逃してしまう。狐を逃し続けた責任を問われ、謹慎を言い渡された小銭形に対して銀時たちは…。
狐火の長五郎から犯行予告状が届いた。狙いは大江戸美術館に展示されている金の油揚げ像。お奉行の威信にかけて、犯行を阻止せんと意気込む同心たち。狐を追う小銭形は謹慎中にもかかわらず万事屋一行と現場に駆けつける。厳重警備体制の中、美術館に強行侵入を試みる銀時たち。しかしその時、狐が現場に現れ大混乱に…。
沖田の姉、ミツバが真選組屯所にやってきた。近々結婚するのでその報告らしい。近藤は沖田に一日休暇を与えて、姉に江戸の街を案内するよう告げる。姉の前では普段のSっぷりはすっかり影を潜め、素直な弟になってしまう沖田。ミツバは弟が毎日きちんと生活して、仲間と仲良くやっているのか、気になるらしく…。
発作を起こして入院したミツバを見舞いにやってきた銀時。ミツバはこんな体だけれど幸せになって弟を安心させてあげたいと語る。そんな中、ミツバの容態が急変し、集中治療室へと搬送される。駆けつけた沖田は、医者に｢相応の覚悟｣をしておくように伝えられ、呆然と立ちつくすのだった…。
九兵衛の部屋で『天人の最新技術でロリータな女の子もナイスガイに変身！』などと書かれた整形外科のチラシを見つけた東城。本来女の子である若が男になろうとしているかもしれないと心配し、銀時らに相談を持ちかけた。若に女であることを自覚させるためには男に惚れさせればいいということで一同は合コンを開催して…。
真っ黒な暗闇の世界で銀時、神楽、新八の三人は｢目覚めよ｣という声に構わず眠っている。声の主は銀時の木刀、洞爺湖の仙人だった。銀時に必殺技を伝授しようとあちらの世界からやってきたらしいが、向上心のかけらもない銀時たちはまるで習う気にならない。その気になるまで元の世界に戻さないと怒る洞爺湖だが…。
“マダオ”(=まるでダメな男)こと長谷川の今度の災難は、かぶき町路上で遭った交通事故だった。同じ場所で同じように看板もちバイトをしていたエリザベスと、車に撥ねられてしまったのだ。入院先で相変わらずのドン底人生をハードボイルドに独白する長谷川も白衣の天使、内野さんの存在には夢うつつの状態だったが…。
堕落生活が原因で、でっぷりと太ってしまった神楽。ダイエットのアドバイスを受けにお妙のもとを訪ねるが、彼女もまた高級アイスの食べすぎで激太りしていた。二人を嘲笑うさっちゃんもまた。｢このままではいけない｣と奮起した三人は、巷で有名な断食道場に入門。そこにはお登勢とキャサリン、九兵衛の姿までも…。
絶対に油断や過信をせず、あらゆる作戦を練りに練り、確実にターゲットをしとめる…。自らを臆病者と称する暗殺者、人呼んで殺し屋“亀”が、ある仕事の依頼を受けた。ターゲットは幕府の警察庁長官、松平片栗虎。丹念に手入れした愛銃の引き金に指をかけ、標的を待つ“亀”。しかしそこに現れた人物は、銀時だった…。
バレンタインデーがやってきた。江戸の乙女たちがチョコレートを買いまくっている。万事屋には｢バレンタインなんて興味ない｣と言いつつも気合満々のファッションを決めた銀時と新八の姿が。そんな時、突如巨大なチョコレートが降ってくる。そのチョコは宇宙を守る正義のヒーロー、スペースウーマンが落としたもので…。
“マダオ”(まるでダメなオッサン)こと長谷川は、ようやく決めた再就職をきっかけに別居中の妻、ハツと関係を戻そうと考える。ただ彼には気がかりなことがあった。ハツとの電話中に知らない男の声が聞こえてきたのだ。銀時に浮気調査を依頼した長谷川だが、その帰り道に不運が重なり痴漢容疑で誤認逮捕されてしまい…。
痴漢で誤認逮捕された長谷川の前に現れたのはハツの恋人を名乗る男、破牙だった。しかも彼はやり手の検事であり、今回の痴漢事件の裁判で被害者の弁護をするという。その立場を利用し、｢おとなしくハツとの離婚届に判を押せば無罪、逆らえば有罪｣と持ちかける破牙。すっかり人生に絶望し、打ちひしがれる長谷川だが…。
広い宇宙にある一つの惑星が、壊滅の危機に瀕していた。突如現れた黒い球体に地上は占拠され、国家も軍も壊滅。生き残った人々は地下に逃げ延び、黒い球体に脅えながら暮らしていた。そんな中、最後の希望を見出し地上に立つ二人、カイとイワノフ。迫り来る球体と必死に戦うも力及ばず、絶体絶命の時、その男は現れた…。
｢昔の武勇伝は三割増で話せ 盛り上ればいいんだよ盛り上れば｣キャサリンは店の一員として居座り、お登勢と万事屋一同に檄をとばしていた。そんな時、スナックお登勢に怪しげな男、クリカンが現れて…。／｢花屋とかケーキ屋の娘に男は弱い｣風邪で寝込んだ銀時に代わり、神楽が浮気調査の依頼を引き受けて…。
最新ゲーム機の発売が間近に迫っている。秋葉原にゲーム機を目当てに多くの猛者たちが大集結。万事屋一同も仕事の依頼でゲーム機を入手しなければならないのだった。強引に行列の前に進む銀時たちだが、列を進んでいくと昨日の朝から並んでいたという桂に遭遇。さらにその先には真選組の面々までもが並んでいて…。
最新ゲーム機を手に入れるべく集結した万事屋、桂、真選組の面々。各々の暴走で行列もメチャクチャになり、万事屋チームと真選組チームのゲーム対決で入手権を争うことに。第一戦目の種目は先にヒロインと恋に落ちた方が勝利というギャルゲー対決。あらゆるギャルゲーをやりつくした達人、近藤と桂のバトルが始まった…。
漫画雑誌を読みふけっていた銀時は漫画｢ギンタマン｣を酷評。するとそばに｢ギンタマン｣の担当である小西の姿が。銀時の暴言に憤慨した小西は、担当編集者としての怒りと仕事の愚痴を爆発させる。それを聞いた銀時は｢ギンタマン｣を面白い漫画にするため、自ら担当編集者となって漫画家に会いに行くことに…。
ぼろぼろになった愛刀を預けに鍛冶屋を訪ねた土方は、店長の忠告を無視して妖刀と呼ばれる刀を持ち帰ってしまった。その後、真選組屯所へ向かう道中に浪士の集団にからまれ、早速新しい刀で試し斬りをしようとする土方。しかし刀を手にした途端、土方は妖刀の呪いでなぜか恐ろしいほどに軟弱化してしまい…。
テレビでオタク100人を集めた討論番組が放送された。各々の持論でスタジオ内が白熱する中、寺門通の親衛隊隊長を務める新八と激しい議論を戦わせる一人の男がいた。その男は、妖刀の呪いでオタクと化し、真選組を追われた土方だった。真選組内では伊東の権力が急激に拡大し、隊士たちに不穏な空気が流れ始めていた…。
真選組の乗っ取りを目論む伊東により、隊士たちは完全に分裂。近藤は味方が沖田一人という状況に追い込まれてしまう。計画の最後の仕上げとして近藤暗殺を実行に移そうとする伊東。敵に囲まれた列車内で沖田は近藤を守るためにある決断をする。そこに銀時たちが助太刀にやってくるが、土方はいまだに呪われたままだった！
銀時たちの呼びかけでようやく妖刀の呪いを打ち破った土方。近藤暗殺に邪魔が入ろうと、なおも牙を剥く伊東。彼らの最終決戦が幕を開ける一方で、銀時は鬼兵隊の河上万斉と対峙していた。激しく刀を交えながら、今回の騒動は真選組を壊滅させるために仕組まれたものだったと話す万斉。裏で糸を引いているのはやはり…！？
今回の騒動をすべて裏から糸を引いていた人物が明らかに！ 自分は踊らされていただけという真実、そして土方や近藤の思いを知って、瀕死の重傷を負いながらもようやく自分を見つめ直す伊東。なおも襲い掛かる浪士たちと真選組隊士の激しい戦いが続く中、銀時と河上万斉の死闘も決着を迎えようとしていた…！
FC大江戸のエースストライカー、甘羅尾の引退試合が行われようとしていた。だが、スタジアムで売り子のアルバイトを始めた万事屋が、チームのメンバーに間違えて危険なドリンクを飲ませてしまったため、責任を取って急遽メンバーを集めることになる。そして銀時はいつものメンツを連れて試合に出場することに…！
魔死呂威組組長の下愚蔵から仕事の依頼を受けた万事屋の面々。依頼内容とは、五年間も倉に引きこもっている息子の鬱蔵を外に連れ出すことだった。説得を試みる銀時たちだったが、鬱蔵には全く効果がない。打つ手がなくなり、組員たちからのプレッシャーで絶体絶命の銀時たちの前に組の若頭、中村京次郎が現れて…。
下愚蔵の息子の引きこもりには衝撃の事実が隠されていた。事の顛末を知った銀時は中村に刃を向けるが組員たちの襲撃を受け行方をくらませてしまう。下愚蔵も病に倒れ、ついに魔死呂威組の襲名披露が行われようとしていた。組の幹部たちが集まり、跡目として中村が正式に認められようとする中、銀時が会場に突然乱入し…。
密偵の命を受け、攘夷浪士たちのアジトに潜入を試みる山崎。彼に与えられた任務は浪士たちの動向を探り、桂ごと幹部を一網打尽に捕らえることだった。山崎は持ち前の圧倒的な地味さを生かして見事に潜入を果たす。だが、攘夷浪士になるためには桂直々の面接や、さらには筆記の採用試験をクリアしなければならず…。
ついに役人に捕らえられてしまった桂。彼を乗せた船は、悪党が最後に流れ着く難攻不落の監獄、獄門島へと向かう。そのころ島の牢屋内で、脱走を企て十五年間穴を掘り続けた男、末吉の脱出口が完成したところだった。脱走の機会を伺っていた末吉だったが、向かいの牢屋に桂が投獄されたことで彼の計画は狂い始め…。
｢NH物は絶対彼女に見つかるな！｣アパートの家賃を払うため、オカマバーを手伝うことになった銀時たちはアゴ美から恋の悩みを打ち明けられ…。/｢ほぼ100%の確率でビニール傘を置き忘れてくる自分が嫌い｣梅雨のせいか、仕事がこない日が続いていた万事屋。気分転換に新八は銀時や神楽と散歩に出かけて…。
スナックお登勢で働くようになったからくり家政婦のたまは、店の手伝いに銀時たちの家賃回収にと大活躍。休みなく日々まじめに仕事をこなす彼女を労い、お登勢は三日間の休暇を与えることに。しかし家政婦として人のために働くことしか知らないたまは、どうやって休めばいいのか分からなかった。それを見かねた銀時は…。
真選組屯所の掃除当番で、一週間便所を掃除することになった沖田ら一番隊。その中には嬉々として働く男、真選組内でもキレイ好きで有名な隈無清蔵の姿があった。彼が隊士たちに便所掃除の大切さを呼びかけるも一番隊の面々はやる気を起こさない。あまりの便所の汚さに業を煮やした清蔵は土方に厠の改善を進言して…。
娘の栗子がアルバイトの同僚に言い寄られていることを知り、大激怒の松平。娘から彼らを引き離そうと過激な作戦を実行に移そうとする。近藤や沖田もそれに同調し、過激さは増していくばかり、まったく収拾がつかない。見かねた土方は、同僚に栗子を諦めさせる役を買って出るが…。
監視員の仕事で、海水浴客で賑わう浜辺にやってきた万事屋。神楽は早速、亀の格好をした怪しい人物、亀梨を発見しボコボコにしていた。水着の女の子を盗撮していたことがバレて必死に言い訳する亀梨だが、銀時たちは聞く耳を持たない。すると、亀梨は盗撮を見逃してもらうかわりに三人を竜宮城に招待すると言い出して…。
竜宮城に行く途中に海に投げ出され、無人島に漂着してしまった銀時たち。一同は生き残るために無人島を探索するが、その最中に亀梨と再会する。なんとこの島こそが竜宮城だったのだ。一方その頃、江戸の街には巨大な亀のロボットが出現。それは亀梨によると、竜宮城の主、乙姫がある計画を実行に移したためだというが…。
竜宮城に秘められた過去と、乙姫の恐ろしい計画を知った一行。その野望を阻止できるのは彼らしかいない。亀梨の提案で、一行は複数チームに分かれて乙姫のもとを目指すことにする。しかしチーム分けの途中で気づかれてしまい、窮地に立たされてしまう。その頃、乙姫によって捕らわれていたお妙にも危機が迫っていた…！
大江戸中を巻き込んだ乙姫の計画も、ついに最終段階へ突入する。彼女の野望を阻止するため、奔走する銀時たち。彼らの戦いの行方は？ そして、地球の運命やいかに！？
沖田の提案で、真選組屯所が全面禁煙化することに。土方は抵抗するが、隊士たちの意見に押されて了解することに。せめて街中で一服しようと外回りの最中にタバコに火をつけるが、どこもかしこも禁煙、禁煙、禁煙…。さらに、松平の提案で江戸全域に渡って禁煙令が施工され、いよいよ追い詰められた土方の取った行動とは！？
｢海外の日本料理店の味はだいたい学食レベル｣地球人差別の発信元になっているという天人専門の料理屋を桂は無血で営業停止に追い込もうと画策するが…。/｢一度取った皿は戻さない｣寿司屋で厳しい修行を重ね、ついに店を任されたという長谷川に招待された銀時たち。食べ放題と聞いてうかれる一同だが…。
新八の指が天人によってプラスドライバーに改造されていた。さらに神楽と銀時までもが改造されていたことが判明。一同は犯人の天人を捕まえようとするが手がかりは｢奴らは今人気のネットゲームにハマっているらしい｣ということだけ。天人を見つけ出して元の体に戻してもらおうと三人はさっそくゲームをプレイするが…。
ドライバーに改造された体を元に戻すため、ネットゲームをプレイする銀時たち。開始早々ゲーム内の秩序を乱したあげく強敵に襲われた三人は、大ピンチの所をあるハンターに救われる。歴戦の勇者のような風情をかもし出すそのプレイヤーの正体は、銀時たちと同じくゲーマー星人に改造された、ある人物だった！
モンキーハンター内でゲーマー星人の手がかりを失ってしまった銀時たちはオフ会を開いていた。今後の対策を練ろうとする一行だが、まともな意見がさっぱり出てこない。その中、桂が皆を諭す。｢今の我々に必要なことは、ドライバーとして生きていく覚悟なのだ｣と…。果たして銀時たちは元の姿に戻ることができるのか！？
お通の新曲リリースが決定！ 新八をはじめとするファンたちは待っていましたとばかりに狂気乱舞するが、発売を間近に控えて思わぬトラブルが発生する。お通の音楽プロデューサーであるつんぽの事情で楽曲の製作が遅れ、発売が大幅延期になってしまうというのだ。ファンを裏切ることにどうしても納得ができないお通は…。
銀魂は放送三年目の折り返し地点に到達。自分たちの活躍を振り返りながら気合を入れ直そうと、お馴染みの万事屋BGMオンリーで新八が今日の主旨を説明。｢最終章｣は｢最終回｣ではなくて放送はあと半年続くというのを聞き、今日が最後と勘違いして気合を入れてきた銀時と神楽はすっかりやる気をなくしてしまい…。
寺門通の親衛隊一同は、コンサートの振りつけの特訓をしていた。しかし、タカチンは隊員たちの熱意が散漫になっていることに気がつく。なんと隊の幹部の一人が、ブログなどを通じて知り合った女の子たちとメール交換をし始めていたのだ。隊の規則が乱れていることに怒り、隊長として全員に喝を入れる新八だったが…。
海に漂っていた手紙を拾い、相手の女の子と文通することになった新八。どんな手紙を書こうかアレコレ悩んだ末に、銀時の助言で結局は沖田の写真を同封して返事を出す。その後、相手の子から無事に返事が届き、安心する一同。さらに話を膨らませ、親密な関係になるべく文面を考えていると、そこに突然近藤が乱入して…。
沖田の写真を使って文通をしていたことが、うららの姉にバレてしまった新八。必死に謝る新八であったが、逆に姉からうららを口説くことを手伝いたいと言われてしまう。その後、沖田とうららに合流する銀時たち。なんとかうららの気を引こうとするが、彼女の興味は沖田にいってばかり。そんな状況に追い詰められた姉は…。
食欲がない定春を心配し、動物病院に連れて行く神楽。定春は重大な病気ではなかったものの、一日だけ病院に泊まって行くことに。同じ頃、入院中の老犬が息を引き取ろうとしていた。どうやら飼い主も危篤状態らしく、お互いに死を待つのみの状況だという。それを見た神楽は老犬を飼い主のもとへ連れて行こうと決意して…。
死の際の老犬、金太郎を飼い主の老人に一目会わせようと病院を抜け出した神楽と桂は、“星喰(犬)”と“星吐(猫)”による地球の存亡を賭けた争いに巻き込まれてしまう。金太郎を狙う星吐の猛追から必死に逃れながら、老人が入院している病院へと向かう二人。一方、その病院からは老人が行方不明になっていて…。
山奥の温泉宿で過ごすことになった銀時たち。たどり着いたのは人の気配がしないボロ旅館だった。江戸に戻ろうにも帰りのバスもなく、しかたなくその旅館に泊まることになる。その後、旅館の女将であるお岩が出迎えにきてくれるも、彼女の背中には半透明の何者かの姿が！ この異常な現象に気づいた銀時と新八は…。
銀時たちが泊まった旅館は、この世に未練を残したため成仏できないスタンド(=霊)が集まる幽霊宿だった。新八、神楽、お妙がスタンドに取りつかれ、一人残されてしまった銀時。そして強制的に従業員見習いをさせられることになった銀時は、同僚のレイと一緒に、次々と訪れるスタンド客をもてなすことになり…。
レイと組んで旅館を潰そうと考えた銀時。信長、秀吉、光秀(のスタンド)のブリーフトリオを利用して宿の評判を落とそうと画策するも、女将であるお岩に邪魔されてしまう。お岩の操る最強のスタンドであるタゴサクのパワーに圧倒される銀時だが、スタンドとなった新八らの助けも借り、宿の客を次々と成仏させていくが…。
タゴサクを自らの肉体に憑依させて閣下と化したお岩。彼女は怒りと悲しみに満ちた怒涛の攻撃で銀時を追い込んでいく。しかし間一髪、銀時もスタンドを憑依させて自らも閣下化することに成功。荒廃した幽霊宿を潰すため、全身全霊を賭してお岩に立ち向かう…！
かつて、銀時の適当なアドバイスによってジャンプで絶大な人気を獲得し、アニメ化までされたマンガ｢ギンタマン｣。そんな人気作を、担当である小西から大藤は引き継いだのだが、今やその人気は衰退する一方だった。そんな絶望的ともいえる状況の中で、テコ入れを試みるべく再び銀時が力を貸すことになり…！
マダオ(まるでダメなオッサン)こと長谷川は、別居中の妻であるハツとの電話中、会話の流れで彼女を家に招くことになってしまった。だが長谷川の住処は、今や公園のダンボールハウスだった。ハツに見栄を張って｢結構いい部屋に住んでいる｣ということになっている長谷川は、銀時の助けを借りていい物件を捜すことに…。
｢告白に自信のある男なんて99%いない｣さっちゃんと近藤が、どういう訳か互いに互いの恋のキューピッド役をすることになり…。/｢サンタはいないって奴こそ本当は信じたいのねこの天邪鬼さん｣雪が舞う12月。運命の再会を果たしたサンタとトナカイ、銀時の三人は旧交を温め、話を弾ませるのだが…。
新八と神楽が大掃除をしている最中、部屋に飾ってある額の裏から一枚の写真が落ちてくる。その写真には、何と銀時と謎の美女のツーショットが写っていた。そこに買い出しから帰ってきた銀時が意外な真実を告げる。新八と神楽がやってくる以前、銀時がまだ万事屋を始めたばかりの頃の昔話が初めて明かされる…。
スリなどで生計を立てる少年、晴太は銀時から財布をスる。しかし、中身はほとんどすっからかんだった上に、自分の財布をスり返されてしまう。結局銀時に捕まり、スリの現行犯をゆすられてパフェをおごらされるハメに。その後、事情を問い詰められた晴太は｢遊女に会うために金が必要だった｣と明かし一同を仰天させて…。
法の通じぬ地下遊郭都市、吉原桃源郷で最高の地位にいる遊女の日輪に会うためにスリを働いていた晴太。しかしそれは、幼い頃に生き別れた母親に会いたい一心での行為だった。晴太を日輪に会わせるべく吉原桃源郷に乗り込んだ銀時たちは吉原自警団、百華の頭領である月詠に手荒い歓迎を受ける…。
吉原にやってきた神楽の兄、神威。宇宙海賊・春雨の第七師団団長である彼は、元団長であった“夜王”鳳仙と会談を始める。円満に話が進んでいるかに見えたが、次第に不穏な空気が流れ始める。一方、神威とその部下による襲撃から逃れていた銀時たちは、月詠のアジトに身を寄せていた…。
鳳仙のもとへ向かう途中、神威の部下である阿伏兎と遭遇した銀時たちは、凄まじい戦闘力を持つ夜兎族の力に圧倒される。新八と神楽に促され、一人で鳳仙のもとへ向かう銀時。そして激闘の最中、兄の神威への思いと自分が戦う理由をあらためて見据える神楽だったが、新八のピンチを前に、彼女の様子が一変して…。
激闘の最中に夜兎の本能が目覚め、阿伏兎を退けた神楽。新八の必死の呼びかけで何とか自我を取り戻し、鳳仙のもとへと向かう。一方、神威は晴太を連れて日輪が監禁されている部屋にきていた。ようやく愛しい母の所にたどり着いた晴太は｢母ちゃん、一緒に帰ろう！｣と叫ぶ。しかし日輪の口からは思いもよらぬ言葉が…。
間一髪のタイミングでようやく鳳仙のもとに駆けつけた銀時。常夜の街に引き裂かれた母子の絆をつなぐために決死で刃を振るうが、“夜王”の圧倒的な力の前に為すすべなく崩れ去ってしまう。｢母ちゃんと一緒に地上に帰れ…｣と銀時の残した頼みを聞き、日輪を連れて吉原からの脱出を図る晴太だったが…。
鳳仙を倒せる唯一の方法、それは常夜に閉ざされた吉原桃源郷に太陽を取り戻すことだった。街を覆う鉄の天井をこじ開けるため、晴太は管理室へと向かう。一方、銀時と月詠率いる百華一団は鳳仙の攻撃に必死で耐えていた。全身全霊を賭して挑んでも全く揺るがぬ“夜王”の猛攻に、銀時たちは…。
常夜の街、吉原桃源郷についに太陽が昇った。激闘の末、最期に日輪への想いを吐き出しながら朽ち果てる鳳仙。そして、戦いの一部始終を傍観していた神威の前に神楽と新八が駆けつける。再会した兄に怒りをぶつける神楽だが、神威は銀時に“宣戦布告”して去っていく…。
吉原桃源郷の激闘の少し後。鳳仙や神威といったかつてない強敵と対峙し、自分の力不足を痛感した新八と神楽は修行に励んでいた。｢もっと強くなりたい！｣と、その心を銀時に打ち明ける二人。しかし銀時は｢修行なんてめんどくさい｣と却下。そんな面々に、お妙や長谷川が修行の極意を進言するが…。
何者かに襲われ、拉致されてしまった土方と沖田。目を覚ますと、お互いが鎖でつながれた状態で殺風景な廃墟の一室に捕らえられていた。そして、地愚蔵と名乗るその男は、真選組の屯所に爆弾を仕掛けたこと、そして鎖を解いて脱出するには、二人のうちどちらか一人が死ぬしかないことをモニター越しから告げて…。
屯所爆破のタイムリミットが迫る中、土方と沖田は一向に脱出の糸口をつかめずにいた。互いを結ぶ鎖を解く鍵は一つ。その鍵を使えば、もう片方は仕掛けられた爆弾によって吹き飛ぶ。悪魔のルールに翻弄され、疑心暗鬼に陥る二人。裏切りに走らない彼らを賞賛しながらも最後の決断を迫るべく地愚蔵はある道具を提示して…。
万事屋の三人がいつものようにしょーもないことをダラダラとダベっていると、ナゾの眼帯の男が現れて｢ある事｣を命令する。男は強力な｢力｣を持っており、万事屋はその命令に従わざるを得なかった…。
閑古鳥が鳴く｢髪結床｣の留守番をすることになった万事屋一行。向かいに新しくオープンしたカリスマ美容院の様子をのぞいてみると、人だかりの中に入店拒否されている近藤の姿が。彼はこちらの髪結床に向かってくるが、銀時たちは散髪できないし何より気まずい。他人のフリをした上で、近藤を帰らせようとするが…。
松平が連れてきた若侍は将軍様だった。彼は庶民の暮らしを知るために、ここでの散髪を所望。緊張のあまり新八と神楽は思わず嘔吐、すると将軍様の額に未消化のナルトが貼り付いてしまう。仕方なくカミソリを当てて外そうとするが、手元が狂って髷を切り落としてしまう！ なんとかごまかそうとする銀時は…。
昼間にダラダラしていたためか、どうにも眠れず困り果てる神楽。銀時と布団を交換してみたりなどを考察してみたりするが、本人はおろか、彼女に付き合わされる銀時までも目がバッチリ冴えてきてしまう。運動&満腹が安眠を導くという銀時に従って、神楽は夜中のジョギング町内50周、そして一升飯とトライするが…。
九兵衛の誕生パーティーの招待を受けたお妙と新八は、プレゼントの特注ケーキを手に柳生家の屋敷に向かう。しかし会場に入ってみると、芸能界、政界、あらゆる分野の著名人が。自分たちは場違いなのではと心配になってくる二人。見ると、向こうのテーブルで銀時や桂たちがパーティーそっちのけで大騒ぎしていて…。
負の人生スパイラルから抜け出そうと一大決心したマダオこと長谷川。彼が銀時とやって来たのは、場外馬券売場。徹夜で対策を練ってきた長谷川と、考えるのが面倒でテキトーに張る銀時。結果はどちらも惨敗で、帰りの電車賃さえ無くしてしまう。二人は着物を質に入れ、最後の300円を握りしめて起死回生の勝負に挑む…！
屋台『ぐちり屋』のルールは、一人で来店して好きなだけグチる、知り合いに会っても知らぬふりをする、話は他言しない。今宵の客は甘党で気だるそうな侍、次にマヨ侍、最後にゴリさん(仮名)。しかし店の親父が彼らのいつものグチを代弁してしまい、一同は慌てふためく。そこにもう一人、見知った女性がやってきて…。
今日も大盛況の寺門通ライブ。だが親衛隊長、新八は怒りに打ち震えていた。親衛隊員がたったの四人しか集まっていなかったのだ。しかも隊員が無断で脱退していたという事実を知り、激昂する新八。新興のファンクラブ｢通選隊｣への鞍替えだというのだが、そのリーダーは妖刀の呪いでカリスマオタクとなった土方だった…！
寺門通公式ファンクラブの座を巡る熾烈な戦いが幕を開けた。妖刀により出現した土方のヘタレオタク人格、トッシーは、強固な意志によってねじ伏せられたかに見えたが、実は消滅せずに彼の中に生き続けていたのだ。覇道を極めようとするトッシー、お通ちゃんへの愛が原動力の新八。勝利は果たしてどちらの手に…！？
お通ちゃん公式ファンクラブの座を目指す予選ロードレース。タカチンは重症だし、先頭を走っていたはずの神楽はルートを間違えるしと、新八チームは勝利から遠ざかっていく。一計を案じた銀時がタカチンを病院に担ぎ込み、瞬時に回復&パワーアップさせて戦線に復帰させる。果たして知将、トッシーに勝利できるのか…！？
参加者を全て丸め込んで親衛隊チームを妨害し、予選レースを1位でゴールした通選組のトッシー。ところが知謀を巡らせて蹴落としたはずの親衛隊チームがまさかの2位でゴール。当然、替玉疑惑にツッコむ土方だが、身内にタクシーでの不正疑惑があったりでお互い目をつぶることに。そこへコースを間違えた近藤と神楽が…。
寺門通公式ファンクラブ決定戦。本戦2戦目は、チームごとにバーチャルなシチュエーションを設定し、お通を口説き落とせれば勝利となる魅力対決。先攻の通選組は夜景の美しいバーを舞台にするも、ナレーションの沖田、アシスト役の近藤やモヒカン山崎の暴走によりせっかくのムードはブチ壊し。一人焦る土方であったが…。
公式ファンクラブをめぐる戦いも、ついに最後の決着をつける時が来た。リングに上がった新八と土方が対戦するのは、お通チップスのおまけカードによるカードバトル。そして新八側はカードの存在すら知らず、慌てて売店に走る。一方、準備万端の土方はいきなり超強力カード『開幕五分前の憂鬱』を繰り出して…。
激闘の末、リングに倒れ込む新八と土方。ライフポイントはともにゼロ。だが、立ち上がって再び戦い始める二人。命を削るかのような殴り合いに、悲痛な叫び声をあげて制止しようとするお通。しかし、もう誰も彼らを止めることはできない。二人は公式ファンクラブの座のためだけに戦っているのではないのだった…。
｢松茸のお吸い物ってアレ ホンモノよりうまいよね｣万事屋のニセモノが人気を博していると噂を耳にした銀時たち。万事屋の名を騙りあやしい商売でボロ儲けしていることが発覚して…。／｢人は死んだら生き返らない｣新八の前に青い全身タイツを着たオッサンが突然現れた。彼は自分のペースで話を進めていき…。
冬のとある日。世間ではインフルエンザが大流行し、お妙も寝込んでしまっていた。久しぶりに二人っきりになれたこともあり、かいがいしく看病する新八。そんな中、銀時、神楽が訪ねてくる。なんと彼らも風邪をひいてしまい、面倒を見て欲しいというのだ。新八のイライラが募る中、今度は別の病人が次々と現れて…。
早朝、アパートのゴミ捨て場付近で張り込みをする土方。そこへ寝ぼけている銀時がごみを捨てに来た。しつこく絡む銀時を邪魔に思った土方は現行犯逮捕するが、もみ合ううちに自分にも手錠がかかってしまう。土方は別の場所で張り込んでいた沖田を呼び、自分にかかった手錠を外して銀時を署まで連行するよう命じるが…。
早朝から良く働くたま。お登勢が休むように話をしている間も、たまは手を休めない。みんなと一緒にいられるだけで幸せだと言うたまだったが、なぜかその姿は一昔前のゲームのようなカクカクしたポリゴンになってしまっていた。銀時とお登勢が話をしていると、たまの姿はポリゴンどころかドット絵まで退化していて…。
たまが電脳ウイルスに感染していると判り、｢一寸法師計画｣によりウイルス駆除に向かう銀時たち。たまの体内で倒れている白タイツの男から王への伝言を頼まれる。たどり着いた白血球国にはRPGな店がいっぱいで、銀時たちはとりあえず軍資金稼ぎにカジノに入り教会でセーブを…。RPGな世界を満喫することに…。
たまのメインシステムに到着した銀時一行。獏大魔王の前に勢ぞろいした黒タイツたちを前に、どう戦うか策を練るが、意見が合わずに突入できないでいた。埒が明かないと判断した神楽は黒タイツの群れに突入する。その間に城を目指すが、銀時と白血球王がケンカを始め、あっという間に黒タイツに囲まれてしまうが…。
獏大魔王と対峙する銀時たち。たまの姿をしている獏大魔王に対して白血球王が手出しできない一方、銀時はお構いナシに攻撃を加えていく。銀時の軽率な行動に腹を立てた白血球王は、彼と内輪もめを始めてしまう。そんな二人を前に、獏大魔王は白血球王の父へと姿を変える。すると新八と神楽も獏大魔王に攻撃を始めて…。
｢真似ばかりしていると訴えられる｣万事屋の建物の上で、見たことがあるような男二人が何やらたくらんでいる様子。さまざまな来訪者に身を潜めていたが…。｢なくなって初めてわかるいとおしさ｣目覚まし時計でおきた銀時は、酔い覚ましに一風呂浴びることに。シャワーを浴びる中、とある異変が銀時を襲う…！
土方たちの下に、人斬り古兵衛と呼ばれる人物が厳重な警備とともに護送されてきた。彼は過激攘夷派である暁党の幹部で、凶悪な殺人鬼でもあるらしい。真選組に与えられた任務は、そんな彼から暁党が計画しているという大規模なテロの詳しい情報を聞き出すというもの。果たして無事に供述を引き出すことができるのか…！？
｢大事なのは見た目ではなく中身｣桂の横にいるのがエリザベスとは似てもにつかぬ物体だった。新八と神楽もエリザベスが変わってしまったというか全くの別物になっていることに気づき…。／｢見た目より中身といっても限度がある｣朝、なぜか押入れで目覚めた銀時。違和感を覚えながらトイレに行き寝室に戻ると…。
｢海に向かってバカヤローとか言う人ってまだいるのだろうか｣借金返済のため、マグロ漁船に駆り出される万事屋一行。そこにはどこかで見たことのあるオッサンたちが…。／｢人は閉じ込められると自分の中の扉が開く｣大企業の社長からの依頼で大金を手に入れた銀時たちは、焼肉を食べに行こうと浮かれていたが…。
右頬をぷっくり腫らしたマヌケ面の銀時。歯医者の待合室で、虫歯の治療を待ちながら、プレッシャーに耐え切れずに｢早く俺を殺してくれェェェ！！｣と叫んだりするほどに緊張している様子。看護師のオバサンに注意されながら順番を待つ銀時だったが、さらに頬を腫らした男がやってきて、事態はさらにややこしいことに…！
世年目もいよいよ折り返し地点！！ 万事屋の三人がいつものようにしょーもないことをダラダラとダベるかと思いきや、重大な発表がなされる。
ジャンプスーパーアニメツアー2008で上映された特別編。
日輪からの呼び出しで吉原にやってきた銀時たち。さまざまな犯罪が増え、とりわけ吉原で今一番問題視されているのが、非合法薬物の売買。その取引一切を仕切っている男を捕まえて欲しいというのが今回の依頼。名前も肩書きも顔もいくつも持っているというその男は、首にある蜘蛛の刺青が唯一の手がかりだというが…。
首に蜘蛛の刺青が入った男の手がかりを得ようと、銀時と月詠は紅蜘蛛党に潜入する。だが敵に気づかれ、あっという間に取り囲まれてしまう。何とか応戦する二人だったが、いつの間にか現れた｢蜘蛛の刺青｣の男が銀時の背後に迫る！ 月詠を知っているかのような口ぶりのその男は、いったい誰なのか！？
月詠はかつての師匠、地雷亜の手にかかり囚われの身となってしまう。一方、かろうじて全蔵に助け出された銀時は、かつての地雷亜についての話を聞く。今、地雷亜の｢忠誠｣は自らが育て上げた月詠に向いている。そして、彼女が依って立つものすべてを無くそうと、すなわち吉原を炎に包み、燃やし尽くそうとしていた！
地雷亜に一撃を与えた銀時は、地雷亜の拘束から月詠を解き放つことに成功。一人で背負い込もうとする月詠を、自分を捨てて綺麗に死んでいくことより、小汚くても自分らしく生きていくことのほうが上等だと銀時はたしなめる。そして、師と名乗っておきながら、弟子を裏切った地雷亜に対して怒りをあらわにするのだった…。
吉原の町は復興してきたというのに部屋でふさぎこんでいる月詠をリフレッシュさせてほしいと日輪が銀時に頼んできた。彼女は部屋で寝ているという芝居を打っていただけで、実は外へ抜け出してパトロールを行っていたのだという。働きながらでもいいからリフレッシュさせようということで、一同は作戦を考えるのだが…。
銀魂放送182回を記念して、キャラクター人気投票大発表！ 前回と全く変わらず8位だった新八は、喫茶店で一人落ち込んでいた。そこに9位の山崎も現れる。彼は語る。｢地味キャラは踏み台No.1になればいい。8位、9位は自分たちにとって、1位と同様ではないだろうか｣と。実際は、山崎も諦めきれずにいて…。
人気投票の結果に不満を抱くキャラたちは、次々に上位キャラたちを襲い始める。下位キャラたちに囲まれた新八は、何とか逃げようと屋根の上を走っていくが、足元が崩れて落下してしまう。逃げ切れない！と思った矢先、何者かに手を取って引っ張り上げられ、キャサリンたち下位キャラの襲撃から新八は逃げ延びるが…。
避難している新八たちだが、この内部でも争いが勃発した。そんな中、銀時たち男性陣がお妙、九兵衛、月詠、さっちゃんによって襲撃されてしまう！ お妙側が有利と見るや、神楽はあっという間に万事屋からお妙たちの陣営に寝返ってしまう。争いは順位をめぐるものではなく、男性キャラVS女性キャラに変化していく！
｢故郷とおっぱいは遠くにありて思うもの｣マヨネーズに入っているチケットを手に入れれば、マヨネーズ工場へ招待してくれると知った土方は…。／｢蜂に刺されたら小便かけろってアレは迷信です バイ菌が入るから気をつけようね！！｣ハチの巣駆除を受けた万事屋一行。だが、それは人の身長を超えるほどの巣で…。
ケーキ屋で商品を物色する沖田。店の外に出たところで、一人の少女に正面から刺されてしまう！！ 沖田を父の仇と呼び、そのような凶行に及んだ理由は、｢六角事件｣という事件に関係しているらしい。事件と沖田、そして彼女の父親との関係は？ そして何より、冒頭からいきなり刺されてしまった沖田の運命は！？
｢六角事件｣を改めて調べ始めた銀時たち。事件の真相を聞いた銀時たちは、沖田たちを助けるべく天堂の元へと向かう。その頃、沖田は霧江を利用した手口によって、天堂蒼達に捕らえられてしまっていた。創界党を壊滅させた沖田に復讐するためによみがえったのだと饒舌に話す天堂は、霧江の父親についても語り始めて…。
子供たちが夏休みの自由研究を発表しあっている、ある日の寺子屋。子供らしく、よく書けた日記の発表の後、最後に順番が回ってきたのは大五郎という子。夏休み初日、寝坊してラジオ体操に遅れてしまった彼は、そこでマダオに出会い、マダオの観察日記をつけることにしたという…。
つい来年から仕切り直しゃいーやって思って後回しにしてしまうのが年末のお約束｣大江戸新聞の記者を名乗る男が老人に攘夷戦争を取材していたが…。｢ラジオ体操は少年少女の社交場｣ラジオ体操が皆勤の神楽は同じく皆勤の少年と仲良くなるが…。
かぶき町のとある神社。かぶき町のボス猫、ホウイチを捕まえるよう町内会から依頼されていた銀時たち。そして、新八と神楽が網を持って飛び出すが、一瞬のうちに二人の手を逃れ、悠々とその場を立ち去ろうとしている。神楽と新八は銀時に助けを求めるが、なぜか銀時の姿がこつぜんと消えてしまっていた…！
猫になってしまった銀時たちは、ホウイチに連れられてやってきたスナックお登勢の中で、出されたエサを貪る様に食べていた。野良猫狩りの連中に捕まると、この町には二度と戻ってこられないと忠告するお登勢。どうやら町の人々をけしかけて野良猫狩りをさせている人物がいるようなのだ。
大量の野良猫が捕えられている木天蓼星大使館。猫たちの檻を眺める溝鼠組の前に、木天蓼星の国王が姿を現す。しかし、それほどの大人物が江戸を訪問しているという情報は一切出ていない。どうやら国王はお忍びできているらしいのだ。そんな中、国王の陰謀によりピンチに陥る野良猫たち。そこに助けに駆けつけたのは…。
万事屋の居間で食事をしている銀時たち。神楽が食事当番になってからずっと卵かけご飯が続いていた。銀時から文句を言われた神楽が新八の家で毒づいていると、お妙から一緒に料理教室へ行ってみないかと誘われる。やってきた料理教室では女子たちがエプロンをつけ集合しているのだが、中にはチラホラと妙なメンバーが…！
深々と雪が降り続くかぶき町。『浪士たちがターミナル武装占拠を決行せんと画策し、旅籠池酢屋に集結、談合を行っている』という情報を受け、真選組が現場に向かっていた。土方に背中を預けたと語る近藤だが、その鼻からひょろりとそよぐものが…。呼吸に合わせ小刻みに揺れ、おまけに鼻が笛のように鳴っていて…。
天気予報に反して降り出した雨に悪態をつく銀時に、女性が傘を差し出してきた。悪いからと断る銀時に傘を置いて立ち去ろうとする女性は最近天気予報を外しまくっていて、視聴者からの苦情が殺到した結果、おめざめテレビを降板中の結野アナだった。彼女はデータ等を参考にせず、占いで天気を予測していたというのだが…。
結野アナは古くから伝わる陰陽師一族の一人で、占いなどという甘っちょろいものではなく、陰陽師の力を利用して天気予報をしていたというのだ。陰陽師でありながらお天気お姉さんをやっている彼女が気に入らず、天気予報の邪魔をしている者がいるらしい。陰陽師の屋敷に到着した銀時たちは結野アナの兄と対面するが…。
結野アナのピンチを救うべく、道満から提案された式神タッグ呪法デスマッチを受ける清明。会場に着くなり道満に捕らえられてしまった清明の前に銀時たちが現れ、清明に加勢すると告げる。一回戦、結野衆と巳厘野衆ともに失格、引き分けとなる。その戦いぶりを見て、銀時たちの力量を認めた清明は銀時と次の勝負に挑む…。
清明は、江戸守護の任を解かれるリスクを負いながら、式神の呪を解き、それに使っていた力を自分に集結して道満に立ち向かう。清明の圧倒的な術を前に、防御姿勢の道満。勝負あったかに見えたその時、道満は父親から繰り返し聞かされていた結野家との因縁を思い出す。そしてその身には呪印が広がっていく…！
負の情念に取り付かれた道満は、巨大な鬼になってしまった。一千年前に結野衆と巳厘野衆が決死の思いで封じた闇天丸をその身に宿したというのだ。もはや清明の声も届かなくなってしまった闇天丸の前に、オーラに包まれた木刀を持った銀時が立ちはだかる！ 一千年の時を越えて蘇った大鬼に対し、銀時はどう戦うのか！？
クリスマスのプレゼントをもらうために準備をしていた神楽。自分のところには一度もサンタがきたことがないと嘆く神楽を元気付けようと、一同はクリスマスパーティーを催すのだが、忘年会を兼ねた鍋パーティーに小さなケーキが用意されている程度。ちっとも楽しくない神楽だが、そんな彼女の前に二人のサンタが現れた！？
神楽の前に次々と現れるサンタ候補たち。自らのアイデンティティを賭けて、それぞれに勝手な主張を繰り広げる。
祝放送再開！決意を新たに一年ぶりの万事屋に出社する新八。 しかし、そこには見慣れぬ謎の男とグラマラスな大人な女性・・・まるで別人に変貌した銀時と神楽だった。己の知らぬ間にここでは二年の月日が経っていると知り新八は困惑する。自分だけが変われず皆に置いてかれていることに愕然とし、道場へ戻り落ち込む新八にさらに追い討ちをかけるような事態が起こっていた！
二年の月日が経過した世界。新八は自分以外何もかもが変わってしまった現実を受け止められずにいた。実は他にも二年後に取り残されていた人物が・・真選組の土方もその一人だ。 新八と土方は現状を、ツッコミというポジションを忘れてこの世界をボケの飽和状態にした自分たちへの罰だとうなだれる。これから何も変わらないであろう世界に絶望を感じる二人の前に、あるニュースが流れ始める・・・
毎年、山のような年賀状にウンザリの銀時。 グチる銀時をよそ目に神楽と新八は年一回の仕分けを楽しんでいた。近況報告も兼ねた年賀状の中には馴染みの顔からも・・・ しかし差出人たちは年賀状でやりたい放題！宣伝、宣戦布告、グチ、偽造結婚報告、失踪者たちの行方を聞く者まで。そんな中、ネクロゴンドという妙なところからも年賀状が届いていた。差出人は失踪中の・・・！ バレンタインなんて茶番はやめるべきだ！！と訴える万事屋の男子二名。 そんな彼らの傍らで、お妙に勧められてチョコを渡そうとする神楽がチャンスを伺っていた。 だが、いざとなると恥ずかしくてモジモジしてしまい勘違いされてしまう結果に。 そこで、月詠とさっちゃん二人の力を借りて一緒に渡すことにしたが・・・はたして三人はチョコを渡すことが出来るのか？
ある日山崎は街で娘とぶつかりあんぱんを拾ってもらう。 「あの・・・あんぱんお好きなんですか？」と娘から問いかけられる山崎。 その娘は山崎の張り込み対象の居酒屋女主人・楢崎幸だった。 土方は山崎に、幸の弟・鈍兵衛が悪の組織に追われて逃げ込んでくると言う。 鈍兵衛と幸との接触をひたすらあんぱんを食べながら待つ山崎だったが・・・・ 断られると思いつつも妙を野球観戦に誘う近藤。 が、意外にも妙は野球が好きらしく、観戦デートの約束を取り付ける。 浮かれる近藤だったが、デートの待ち合わせ場所までの道中で苦難が次々に立ち塞がり大事な観戦チケットを落としてしまう・・・ そんなチケットを拾ったのはサチ子という少女だった。
どうやらキャサリンに恋人が出来たらしい…。全く信じない銀時だったが、恋する乙女の美しすぎる変貌を目の前にして動揺を隠せない。 相手はスナックお登勢の常連客の、末次郎という実業家。キャサリンは彼と一緒に店を出すことを決意しかぶき町を去ることに・・・しかし、お登勢は祝福どころか「そのツラ、もう見ないですむと思うと清々する」と冷たくあしらう。そして別れの日がくるが…。
万事屋のテレビが壊れた！と、思ったら中にさっちゃんが潜んでいた。 銀時は定春にテレビごと捨ててくれと頼むが、その拍子にさっちゃんの大事な眼鏡が壊れてしまう。銀時は渋々さっちゃんに新しい眼鏡を買ってあげるものの、それはあきらかに度数が合っていない瓶底眼鏡だった。銀時からのプレゼントに喜ぶさっちゃんだったが、そのせいで始末屋稼業に失敗したため、責務を問われ消される危機に陥る！
万全の護衛体制で滅殺仕置き人たちを迎え撃つ全蔵と万事屋一行。 しかし敵の気配が迫る最悪の事態の中、銀時らは買出しに出かけてしまい、全蔵の計画は台無しに！ 一足先に屋敷に戻り、居眠りをこく神楽と定春の元に第一の刺客、寝込み専門の殺し屋の魔の手が忍び寄る・・・はたして最強の仕置き人ＶＳ必殺万事屋の戦いの行方はいかに！！
「劇場版銀魂 新訳紅桜篇」の大ヒットを受け再開したテレビシリーズも、はや2ヶ月が経とうとしていた。 だが油断することなかれ、「いつまでもあると思うな親とアニメ銀魂」 前回のシリーズの反省を決して忘れてはいけない。
ならず者ばかりが集まる町、かぶき町。 ここは四天王と呼ばれる四つの巨大勢力が、互いを牽制し均衡を保っている状態だった。 その四天王の一人、女帝お登勢。 勢力を持たない彼女が四天王に君臨し他の勢力に対抗できる理由・・・それはかぶき町最強の男 が側にいるからに他ならない。そんな中、銀時のもとへ万事屋一家の舎弟にしてほしいと一人の女の子が現れる。彼女はもと植木蜂一家、「人斬りピラコ」の異名を持つ椿平子だった。
溝鼠組の構成員に手を出し窮地に立たされた銀時らは、全ては次郎長にかぶき町の天下をとらせるための策略に巻き込まれたことを知る。そして黒駒勝男も属する次郎長一家は、この町を手に入れるために既に動き出していた。 最初に狙われたのは次郎長が最も忌み嫌う人物、お登勢。彼女を救える方法はたった一つ、 銀時が次郎長一家に入ること！要求を呑まなければお登勢が狙われ、自分も命は無いと決断を迫られた銀時が下した決断は・・・。
次郎長をかぶき町に妄執させていたお登勢が消え満足する平子。彼女がいなくなり四天王勢力の均衡が崩れた今、かぶき町では戦争が始まろうとしていた。 一方、お登勢の安否を見守る万事屋一行のもとへ西郷が現れ、自分達の店が四天王勢力によって打ち壊される事を告げられる。居場所を奪われる彼らに、この町を去るように促すが・・・ そしてスナックお登勢の立ち退きの日がやってきた。 ▲上へ戻る
ついにかぶき町が戦乱の渦に。 平子と西郷率いるヤクザ、オカマ軍団は圧倒的な戦力でスナックお登勢を潰しにかかるが、銀時ら４人の抵抗に全く歯がたたない。 善戦する彼らだったが、無情にも万事屋に火の手が上がってしまう。燃え広がる炎に成す術の無い銀時たちの前に、消火の水と共に火消しの辰巳が現れる！そして、次々と馴染みの仲間たちが、かぶき町を護ろうと立ち上がった。
それぞれ侠の鎖を護るため、ついに再び対峙する銀時と次郎長。 抗争の裏で糸を引いていた華陀率いる辰羅族の兵を相手に獅子奮迅の戦いをするものの、彼らの体力はすでに限界にきていた。 歯を食いしばり立ち上がる次郎長の脳裏にお登勢と辰五郎、３人で過ごした記憶が蘇る・・・
春雨の宇宙要塞に神威率いる第七師団が召集される。彼らが呼び出された理由・・・それは高杉晋助ら鬼兵隊の処理を命じられたためだった。 都合良くお互いを利用しあう関係の彼らだが、春雨内部自体も、鬼兵隊も腹に一物あるような連中ばかり。神威と高杉は、お互いの野望のためにどう動くのか？
万事屋へ寺子屋の子ども達が社会見学へ来ることになった。みんなに万事屋の凄さを自慢したい神楽は銀時にカッコイイ所をみせてほしいとせがむ。 しかしいざ子ども達を迎え入れると、万事屋の中はなぜか工房に変貌しており、職人面した銀時が何やら怪しいものを製作中。その名も“パトリオット”。はたして万事屋は子ども達の憧れの職業になれるのか？そもそもパトリオットって一体！？ ▲上へ戻る
念願の職を手にした長谷川。今回の仕事は夏休みの大江戸プールでの監視員だ。 自分の役目は子ども達に良い思い出を作らせること！と、熱心な姿勢だったが、同じく監視員の銀時と双眼鏡片手に水着ギャル（彼らがいうところの”デカプリ娘”）の物色を始めてしまう。そしてかぶき町中から、バカが集まってきた！
お登勢からカニを貰い久々の豪華な食卓にテンション高めの万事屋３人。 しかしもらったカニは一杯のみ。ハサミを入れると１０本になる足だが、３人で分けると１本余ってしまう。それでも仲良く食べようという矢先、食卓が突然停電に！
夜の公園。群がる野次馬の中心でサラリーマンに殴られる一人の男。 彼の名は岩松。職業：殴られ屋。 人間サンドバックになり客に殴られるのを商売としている元プロボクサーの岩松は、アウトローな街・かぶき町ならイイ稼ぎが出来そうと意気揚々でやってきたが…神楽の一撃を受け後悔する。 自称かぶき町の女王・神楽は、ビビる岩松を殴り屋需要のありそうな場所へ連れ出す。
屁怒絽一家と銭湯ではち合わせしてしまった銀時たち。一家は地球侵略をするに違いない！と恐れ、何としてでも風呂場から脱出したい彼らはちびっこ風呂に逃げこむが、実は荼吉尼族は熱いお湯が苦手！結局一緒の風呂に入ることに。行き場を失った銀時たちは、無事風呂場から脱出できるのか？
将軍からの命により、さるお方を預かることになった柳生家。教育係に指名された九兵衛は将軍家のお役に立てるならと張り切るが、気づくと頭の上にのる子猿が一匹。こちらが「さるお方」だった。まずは名前を付けようと、お妙と万事屋に協力を仰ぐ九兵衛。将軍家の名に恥じない立派で縁起のいいものをと皆で考えるが…。
さるお方改め「寿限無寿限無…（中略）ビチグソ丸」と絆を深めていく九兵衛。しかし楽しい時間はそう長くは続かなかった。将軍家の命によって柳生家を去ったビチグソ丸だったが、九兵衛に会いたい一心で将軍家から逃げ出してしまう。必死の捜索の甲斐もなく未だ捕まらないビチグソ丸を諦めず探し続ける九兵衛たちだが…。
江戸の警察組織のトップに君臨する警察庁長官・松平片栗虎。「破壊神」の異名を持つ松平を、桂率いる攘夷浪士たちも最大にして最強の敵と恐れていた。桂は家政婦エヅラ子として松平のスキャンダルをつかむべく屋敷に潜入したが、そこで見たのは家庭の中で居場所のない父の姿だった。
リサイクルショップで壊れたVHSのビデオデッキの買い取りをせがむ銀時は、幸運にも超今時のブルーレイと交換してもらう。ただし中にはディスクが入った状態…。その名も『呪いのブルーレイ』。恐ろしくなって返品に行こうする銀時だったが、慌てて転んだ拍子にディスクが再生されてしまう。テレビ画面には砂嵐、井戸、そして中からは女が現れた！
代金を踏み倒している客からツケを回収する依頼を受けた万事屋。刑務所の看守の制服で来るという、噂の客を捕まえようとする一行。しかし逆に銀時が捕まる結果に。実は制服姿の彼は本物の看守だったのだ！ 名は米裏葛乃助、不正を働き彼が支配している監獄では法は通じないでいた…。
無実の罪で投獄中の銀時は看守に目の敵にされる一方で囚人たちのボスに成り上がっていた。刑務作業中に抜け出し舎弟の鯱を連れ、米裏の不正の証拠を見つけに看守長の部屋に向かう。懲罰房行きでは済まない事態を覚悟の上、バレないようにと銀時は看守が来ていたパジャマで変装するが…。
今回は番外編！ 今まで数々の（一方的な）コラボを成し遂げてきた銀魂。今度のコラボ相手は少年ジャンプで連載中のコメディ漫画「SKET DANCE」！ 学園で何でも屋三人が活躍するという、泣けて笑える基本一話完結でおまけにアニメ放送は木曜夕方6時…と、何かと銀魂と共通点が多すぎるスケット団。自分たちのポジションを狙いにきていると言う銀時に対して、スケット団からの宣戦布告が！
お妙に真剣交際をしている恋人を紹介する新八…。しかし、彼女の正体は大流行恋愛ゲーム「愛チョリス」のキャラクター、百々（もも）さん。今、江戸中で新八のようにゲームと現実を区別できない男子たちが急増中なのだった。お妙から新八を現実世界へ戻してほしいと頼まれた銀時。唯一の手段は彼と同じ愛チョリスの世界へ入り説得することだが、銀時が選ぶことになった彼女は何だか訳アリの強烈キャラで…。
恋愛シュミレーションゲーム「愛チョリス」にハマる新八の目を覚ますためプレイヤーたちの祭典「俺の嫁天下一武闘会」に参戦することになった銀時。勝負はゲーム内のデート。百々組の予選では新八が持ち前の草食系アプローチの結果、他プレイヤーを圧倒する！
銀時に携帯電話がほしいとねだる神楽だが、万事屋の財布の紐は固く全く相手にしてもらえない。そんな最中、定春のウンコの中から携帯が三つ発見される！ 早速からくり技師の源外に修理してもらい万事屋メンバーで一つずつ持つことに。念願の携帯に喜ぶ神楽の一方で、銀時と新八はそんな神楽からのメールの多さにウンザリな様子…。
馴染みの定食屋の親父の葬儀に参列する万事屋一行。参列者の中には真撰組の姿も。超味覚音痴な銀時と土方は「江戸の宝が消えた」と落胆してる様子…。しめやかに行われる葬式の最中、突然、死んだはずの親父が起きあがった!! どうやら姿が見えているのは銀時と土方の二人だけ…。舞い戻ってきた親父の恐怖からすぐにでも逃げ出したい彼らは…。
突如、「捜さないで下さい」と書かれたプラカードを残し消えたエリザベス。万事屋に捜索の依頼をする桂だが、記憶を辿ってみると最後にエリザベスに会ったのは一年以上前。実は、エリザベスが家出していることにも気づいていなかったのだ！ とりあえず一行は桂の家で何か手がかりが無いか捜してみることに。
桂と万事屋一行はエリザベスの元カノ・フミ子から彼が姿を消した真相を知る。彼の正体は地球に潜伏し、侵略するためにやってきた幻の傭兵部族「蓮蓬」だった。フミ子は銀時らに蓮蓬から地球を、そしてエリザベスを護ってほしいと頼む。そんな中、江戸では突然降り出した雨に打たれた人が次々エリザベスのような顔になり、プラカードでしか会話できなくなる症状になりパニック状態！ ついに蓮蓬軍による地球侵略が始まってしまったのだった。
万事屋、桂、坂本らはフミ子と共に蓮蓬に扮し、彼らの拠点要塞に潜入した。闇将軍と恐れられる「米堕卿（べいだきょう）」率いる軍の敷地内には対侍用機動兵器「頑侍（がんさむ）」を配備し、雨で混乱している地球に頑侍で奇襲を仕掛けるのが彼らの狙いだ。地球侵略を阻止するためにも部隊が辿り着く前に頑侍を破壊しなければならない銀時たちだが、緊迫しつつも彼らは蓮蓬軍と打ち解け始める。そこへエリザベスこと、江蓮将軍が現れた！
正体を明かした銀時と坂本は、双竜将軍らを相手に乱戦を繰り広げる。一方、自らの義を貫き頑侍で出撃したエリザベスは米堕卿と死闘を展開していた。米堕卿の圧倒的な力の前に絶体絶命のエリザベス。そこへ「友（おまえ）の背中は友（おれ）が護る」の言葉と共に桂が助けにやってきた！
「宇宙超商船隊鉄侍（ロボ）カイエーン」を駆り米堕卿を討つ銀時たち。蓮蓬の民とも手を取り合うことができた地球人としての誇り、そして侍としての意地をかけて死力を尽くし、蓮蓬の母星と一体となった米堕卿に応戦する。銀時たちは銀河に平和を取り戻すことができるのか!?
松平のはからいで、半ば強制的に慰安旅行でスキー場へ向かうことになった真選組一行。思い切り羽を広げて来いと送り出されたはずが、将軍の初スノーボードの護衛にあたることになってしまう。自分たちの首がかかってるため必死に護衛にあたる真選組だったが、ゲレンデに見覚えのある顔が…。
将軍の初スノボの護衛をするはめになった真選組は偶然にも旅行で来ていた万事屋と鉢合わせてしまう。気付けば全員雪山で遭難のうえ将軍は行方不明に。土方らは将軍の捜索へ向かいつつ、暖を取ろうと策を考えるが…。
本日は万事屋の忘年会！ 今年もいろいろあったアニメ銀魂だが、こういう場でもクールに決めるものと神楽と新八に喝を入れる銀時。そこへお馴染みのメンバーもぞくぞくと集まり賑やかな会になるはずだったが…。次の日の朝、銀時が起こした不祥事の数々が発覚する。アニメ銀魂5年目にして最大の不祥事を銀さんはどう乗り切る!!?
忘年会で泥酔し、結果的に六股をかけることとなった銀時。放送終了の危機も招きかねないこの事態を乗り来るため、気がつけば全員と同時に付き合うことに。そしてさらに、どういうわけか全員と同日同時間にデートをするはめに…！
かぶき町ナンバー1ホスト・狂死郎に、彼の経営するホストクラブ「高天原」に呼び出された万事屋一行は、彼がホストを辞めると聞かされる。突然の廃業の理由…それはマダム夜神と呼ばれる、夜の街を制するという謎の貴婦人が先日高天原へ訪れ、また来ると言い残して去ったからだった。彼女の再来店は一見光栄に思えるが、過干渉を嫌う彼女が同じ店に二度来るということは災厄をもたらすという意思表示らしい。彼女の脅威から従業員たちも消え、営業もままならない高天原。銀時らは急遽マダムに対抗できるホスト勧誘を始めるが…。
いよいよマダム来店の日。狂死郎と銀時たちは急きょ街でスカウトしたメンバーで営業を始めたが、集まったのはかなり個性豊かな面々。さらには、お店を盛り上げるためにお妙の声掛けでかぶき町中からお客が集まったが、そのお客たちの暴走ですでにお店はめちゃくちゃ、狂死郎も瀕死状態！ 接客どころではなくなってしまう。そんな最悪の状況下に、ついにマダム夜神が現れた！
ジャンプ編集部五年目の本田・J（ゼリービーンズ）・ヴァンガード。彼は、歴代の担当編集を廃人に追いやり、避難所という名の牢獄へと送ってしまう有害漫画ギンタマンの現・担当編集だ。避難所生活から逃れるためには有望な新人を見つけてギンタマンの担当を外れるしかない。ある日漫画の持ち込みにやってきた新人はペンネームN3016番。いかにも中二臭い雰囲気だが、その新人とは…！
幕臣の中でもエリートばかり輩出している名門佐々木家から、佐々木鉄之助という男を迎えることになった真選組。本来は警察のエリートばかりが集まる「見廻組」に行くのが筋だが、実は手が付けられない問題児で、いろいろとたらい回しにされ真選組へ送られて来たのだ。近藤の提案により土方の小姓になった鉄之助（自称TETSU）。全てにおいてチャラいTETSUにイラつく土方は理性を抑えるのに必死だが…。
心機一転、意欲的に職務をこなしていく姿勢を見せる鉄之助。異三郎は鉄之助を目の敵にし、土方に鉄之助を早く始末したほうが良いと助言するが、土方は自分と同じ境遇の彼を見捨てず世話を焼く。一方、公務執行妨害で見廻組に逮捕されていた銀時は、異三郎から仕事の斡旋を受けるが…。
土方から手紙を届ける命を受けた鉄之助。だが、道中で過激攘夷集団知恵空党（チェケラとう）に囚われてしまう。彼らは身分を隠し党に出入りしていた鉄之助が警察の縁者だと知り、彼を人質にとり真選組と見廻組を一気に潰そうと企む。しかし見廻組は人質に構うことなく知恵空党を潰し、さらに鉄之助を預かった真選組に責任を取らせ消し去ろうとしていた。異三郎の狙いを知り憤慨する土方たち。真選組と見廻組の全面戦争が始まろうしていた。
知恵空党に囚われた鉄之助を救いに向かう真選組の前に、見廻組が立ちはだかる。両者一歩も譲らぬ状況の中、見廻組のスパイとして知恵空党に潜入中の銀時の活躍により、乱暴だが鉄之助の身柄を確保することに成功！ 近藤の号令とともに、反撃に出る真選組。ついに形勢が逆転する！
まるでダメな男、通称マダオこと長谷川泰三。ひょんなことからクイズ番組に出場することになった彼は賞金の一千万円をかけてクイズに挑戦する。果たして彼は、プレッシャーに耐えマダオネアの栄冠を掴めるのか!? そして、マダオな彼を奮い立たせる原動力とは一体…？
以前の陰陽師の一件から、テレビに映る結野アナは自分に対して笑顔を向けていると言い張る銀時。今日もまた彼女を見て胸ときめかせていると、突如目の前に式神の外道丸が現れる。約二年ぶりの登場の理由は結野アナに関係することらしく、張り切る銀時だが…。
お正月には、子供は大人からお年玉を貰えると聞いた神楽。早速銀時にせがむが、案の定全く相手にされないでいた。それでも引き下がらない神楽に「お年玉を手にする覚悟があるのか」と問う銀時。そして渡される、驚愕のお年玉の正体とは…!!
日本の寒い冬を乗り切るための必需品といえばコタツ。もちろん万事屋にもコタツがあるのだが、調子が悪くなりリサイクルショップにて新たに購入することになった。万事屋に出社した新八が見た、ニューコタツの真価とは…？
五年目の放送も終わりにさしかかろうとしているアニメ銀魂。今回は、今まで迷惑をかけてきた関係者、そして視聴者の皆様方へ、とにかく謝り倒すのだ！ 果たして誠心誠意、謝ることができるのか!? というか、本当に反省しているのかアニメ銀魂!!
半年ぶりの出番とともに万事屋に戻ってきた銀時。しかし、彼を出迎えるのは、新八と神楽、そして見知らぬ金髪ストレートヘアーの男性、坂田金時。うっかり他人の家に間違ってお邪魔してしまったと思い、その場を後にする銀時…が、そこは紛れも無く自分の家。新八と神楽は、銀時のことを覚えていない様子。一体、銀時不在の間で何が起こったのか!?
誰も自分のことを覚えておらず路頭に迷う銀時は、たまと定春に助けられる。たまから金時は、銀時の弱点を全て克服した源外の作ったプラモデルという事実を知る。金時の目的は、かぶき町の住人が持つ銀時の記憶を抹消して、本物の万事屋リーダーになり代わること…銀時はたま、定春と一緒に完全超人たる金時を倒すため、仲間を取り戻すことを決意する。
新八たちから銀時の記憶を早く呼び起こそうと単独行動に出るたまの目の前に突如金時が現れる。たまが洗脳されない事実を知る金時は、彼女を追い詰める。間一髪銀時に助けられるが、怪我を負い、静かに目を閉じるたま…。銀時の表情は一変する。一方、金時はかぶき町中に、たまが銀時にやられたと知らせまわる…。今、金時による弔い合戦が始まろうとしていた。
かぶき町中の住人を敵に回したかに思われた銀時。だが、銀時の仲間たちは次々に銀時のことを思い出し、形勢が逆転したかに見えた…しかし金時から恐るべき計画の全貌を聞かされる。銀時VS金時の戦いはついに最終局面に突入する。
天女にも優るとも言われ、江戸を賑わせた伝説の花魁・鈴蘭。月詠の紹介により鈴蘭から、依頼を受けることになった銀時。彼女を迎えるべく入念に準備をするが、目の前に現れたのは話とはほど遠い一人の老婆だった。実はその老婆こそが鈴蘭本人で、銀時は彼女の想い人捜しを引き受けることになるが…。
神楽のおかげで難なく城に潜り込んだ銀時たち。厳重な警備の目をごまかすため、缶蹴りをすることになるが、銀時の蹴り上げた缶が不運にも将軍の額に命中!! なんとか証拠隠滅を図ろうとする過程で、銀時一同の前に鈴蘭が探し求めていた人物が現れる!? その人物が語る衝撃の事実とは…!?
幕府要人暗殺の濡れ衣を着せられた銀時たちは、真選組の手引きで牢を脱出。そよ姫を人質（!?）に黒幕のいる本丸へと乗り込む。ついに銀時たちは国を統べる先代将軍・徳川定定の元に参上！ 傾城鈴蘭の無念を晴らすため、一行が定定に戦いを挑む!! 定定の用心棒をしていたのは、暗殺部隊「天照院奈落」最強の男・朧であった。朧は昔の銀時を知っている様子で、二人の因縁とはいったい何なのか…!?
朧との死闘の際、身体の自由を奪われた銀時。定定によって、負傷した六転舞蔵を背負った新八たちも敵の攻撃により窮地に追い込まれるが、間一髪、真選組・見廻り組が助太刀に入る。いよいよ、銀時と朧との闘いは、最終局面へ…。
朧と定定との闘いは一件落着し、事件は収束に向かい、定定は罪に問われることとなった。冷たい牢の中、一人の男が彼を訪ねて来る…。一方、銀時たちは、傾城鈴蘭の約束を果たすため、彼女の真の想い人に対して、一芝居打つことに…。
父の墓前で道場復興を宣言するお妙。すると後ろから聞き憶えのある声が…。そこには恒道館かつての塾頭・尾美一の姿があった。ターミナルの転送装置爆発事故以来、消息不明だった尾美の突然の来訪に驚きながらも、喜ぶ新八とお妙。乗り気ではない銀さんと神楽を巻き込んで、道場再興計画が始まる!?
志村家の道場に戻ってきた尾美一、実は彼は、毘夷夢（びいむ）星人の手により戦争をひき起こすために改造された半身機械（からくり）人間だった！ それを知った銀さんは、お妙や新八に代わって、尾美一と対決する!!
かつての優しい尾美一にはもう会えないという事実を突き付けられた新八。自身で決着をつけるため、新八は銀さんの元へ向かう！ 天堂無心流の跡取りとして戦いに挑む新八は、果たして恩人である尾美一を取りもどすことはできるのか…!?
万事屋に深刻な食糧難が到来し、ついに定春のドッグフードも銀さんに奪われた！ 堪忍袋の緒が切れた定春は、家出を決意する。ふてくされながら街を歩いていると、ゴミ捨て場に子犬が置き去りにされていて…!?
TVアニメ銀魂、新シリーズ再開!! ところが、銀時、神楽、新八、以外の時間が止まってしまった！ どうやら、UFO墜落現場から拾ってきた「三千世界時計」を銀さんが破壊してしまったことが関係しているよう。故障した時計を修復すべく、からくり技師・源外の元を訪れるが、源外の時間も止まっていて…。時計の針を無理やり進めて修理をお願いすることを思いつく3人だが…!?
世界の時間が止まった原因がただの時計の電池切れだと気づいた万事屋の3人は、替えの電池を求めて、UFOの墜落現場に向かう。そこには、現場検証を行う真選組と、電池を握ったまま時間が止まった土方の姿があった。電池を手に入れるため、土方の手を開こうと試行錯誤を重ねる銀さんたちだが、銀さんの悪ノリも手伝って物語は意外な方向に…。止まった時間は再び動き出すのか…!?
万事屋の張り込み調査を命じられた真選組監察方・山崎退。暇を持て余す銀さんを見張り続けることに意味を見いだせなくなっていた頃、故障したスーパーのレジに優しく話しかけるたまに、一目惚れしてしまう。それ以来、たまの姿ばかり追ってしまう山崎だったが、そのことが悪だくみをする沖田にバレてしまった…！ 万事屋や真選組も巻き込んで山崎の恋路は思わぬ方向へ…！
「年号暗記より人間焼きつけろ」苦手な歴史の年号暗記を月詠から教わる晴太。月詠のスパルタな勉強法に嫌気が差した晴太は、銀さんに家庭教師のバイトをお願いすることに。中途半端なことは出来ないと意気込む銀さんだが、その暗記法はどこかズレていて…。 「エロ本隠して○○○隠さず」新八がタカチンから預かった「HOLOVEる」はちょっとエッチなところもある漫画。その保管場所をあれやこれやとアドバイスする銀さん。二人が行き着いた「HOLOVEる」の究極の隠し場所とは…!?
「鏡は美も醜もありのまま映し出す」ある日、万事屋の洗面台に備え付けられた新品の鏡。それは、さっちゃんが銀さんのあられもない姿を覗き見るために設置したものだった！ さっちゃんが目の当たりにする、万事屋3人のありのままの姿とは…!? 「免許証の写真を気に入ってる奴は皆無」真選組での裏方仕事をなかなか評価されない山崎は、服部全蔵が持つ忍者免許を目撃する。隊士のみんなを見返すため、忍者免許の取得を思いたち、教習所に向かった山崎だが、ベテラン忍者が教官を務める教習内容はどこかおかしくて…!?
攘夷志士同窓会に呼ばれた銀さん。出番欲しさに桂と坂本が主催したものと思いきや、招待を出したのは攘夷戦争時代の盟友「黒子野太助」だった！ しかし、一行はなぜか黒子野のことをまともに思い出せない…。黒子野が来る前に彼のことを思い出そうとするが、ろくでもない思い出ばかりが蘇ってきて!? 銀さんたちは無事に黒子野のことを思い出し、同窓会を乗り切ることができるのか!?
高杉からの手紙と「歩狩」を見て黒子野のことを思い出し始めた元攘夷志士の銀時、桂、坂本の3人。記憶は攘夷戦争時代に遡る。戦いの合間、廃寺で休息をとっていた銀時たちは、気分を変えようと缶蹴りに興じていた。鬼役を買って出た黒子野に起こった悲劇。心の奥深くに封じ込めていた、忌まわしい過去を思い出した銀時は、やがてこの同窓会の真の意味に気づきはじめるのだった…！
行きつけのタバコ屋の婆さんから、落し物の宝くじをもらった土方。特に興味はなかったはずだが、その宝くじが3億円に当選していることを知った途端、周囲の人が3億円を狙うモヒカン姿の危険人物に見えてしまうように…！ そんな中、偶然銀さんに遭遇した土方は、なんと宝くじを落とした人物が銀さんだと知る。3億円は自分のものだと主張する銀さん。譲らない土方。二人が換金のために向かった銀行には本物のモヒカン銀行強盗がいて…！ 3億円の行方は!?
「鼻の穴のデカイ奴は発想力もデカイ」万事屋に依頼が来ない原因は、宣伝不足だと思い立った銀さん。宣伝ポスターを作るため、神楽、新八と一緒に万事屋のキャッチコピーを考えるが、どこかで見たことのあるものばかりで…。ポスターは無事完成するのか!? 「新しく始まる戦隊モノは最初はこんなの認めねェみたいになっているが最終回の頃には離れたくなくなっている」かぶき町町内会に集まった四天王代理メンバー。新・四天王ことかぶき町の女王お妙の提案で、かぶき町イメージアップのため「ご当地キャラ」を作ることに。果たしてどんなキャラクターが生まれるのか!?
道端で占い師に声をかけられた九兵衛。男として生きるべきか、女として生きるべきか―悩みを打ち明けた九兵衛に対し、“本当に男になりたいのなら、それを叶えることができる”と言う占い師。馬鹿げた提案に憤慨した九兵衛はその場を立ち去ろうとするが、その瞬間、かぶき町は謎の光に包まれた！ すると九兵衛の身体に異変が!? なんと本当に男の身体になってしまった！ しかも九兵衛だけでなく、かぶき町の全住民の性別が転換していまい…!?
デコボッコ教の裁きで性別が転換してしまったかぶき町の住人たち。さらに教団は「新しい性をまっとうしない者には天罰を下す」と宣言し、かぶき町内は混乱の様相を呈していた。隊士が全員女性になった「まん選組」は、男らしく／女らしく行動しない者たちを取り締まる振りをしながら、隠密に反乱の機会を伺っていた！ そんな中、男性になりパワーアップした元女性陣が、デコボッコ教との直接対決に打って出る!! 彼らは無事元の性別に戻れるのか!?
元女性陣の活躍でかぶき町の住人たちは元の性別を取り戻し、デコボッコ教は地球から去って行った！ しかし、地下にいた銀さんたちは男女逆転したまま取り残されてしまった…。逆転した性別の中でそれぞれの生き方を模索する銀さんたち。男として生きることを望んでいた九兵衛は、お妙ともいい雰囲気。のはずが、どこか違和感が拭えない。そんな中、九兵衛は自分だけでなく、皆迷いながら生きていることを知る。男でも、女でもなく自分らしく生きることを決めた九兵衛が取った行動とは…!?
午前の授業が終わるといつも弁当を食べずにどこかへ出かけていく晴太。それは、日輪がつくる弁当が豪華すぎて恥ずかしいという理由からだった。それを察した月詠は、「普通の弁当」をつくることを日輪にもちかけるが、明日の弁当は月詠がつくればと逆に提案されてしまう。でも、「普通の弁当」って…どんなの?? さっちゃん、九兵衛、お妙、神楽を巻き込んでの弁当合戦はとんでもない方向に…！
かぶき町を騒がせる奇妙な辻斬り事件。皮一枚を残して首を切断するその様子から、死神の仕業ではないかという噂が立っていた。そんな折、銀さんは飲み屋の帰りに遭遇した死神に切腹の介錯を依頼される。切腹に失敗し、気を失った死神を万事屋に連れ帰った銀さんは、この死神の名前を知る。名を池田朝右衛門。幕府の処刑執行人一族でありながら、先代当主の首を手にかけた謀反人ということだが…？
処刑執行人一族の現当主・池田夜右衛門より打ち明けられる、知られざる銀時の過去。それは、銀時が先代・夜右衛門に逃がされた罪人の一人だということ。銀時は、池田家に助けられた恩に報いるよう、朝右衛門逃亡の協力を要請される。逃亡用のとある運搬船の中で、銀時の口より語られる先代・夜右衛門が守ろうとしたもの…。事件を捜査する土方、沖田もこの船に乗り込んで、明らかになる現・夜右衛門の真の思惑とは…!?
ついに剣を交える朝と夜の死神。公儀処刑人として池田家を守ろうとした夜右衛門。先代・夜右衛門の魂を守ろうとした朝右衛門。そして、先代・夜右衛門に命を救われた銀時。三人の過去が、それぞれの想いとなって交わり、その剣が繰り出される…。池田家に伝承される必殺剣「魂（きも）あらい」の真髄をとくと見よ！ 死神篇、堂々決着！
夏休みになった。その頃、公園をねぐらにしていた長谷川は、深夜まで夜遊びする子供たちを捕まえては怖い話をしてくる「怪談おじさん」として知られるようになっていた。これが商売になると踏んだ長谷川は、ネタを仕入れるため、万事屋を頼る。神楽、新八、銀時はそれぞれ背筋も凍るような、とっておきの「かいだん」を披露するのだが、その話が本当に恐ろしいものを呼び寄せてしまう。
銀時は、スナックお登勢の看板娘・たまと共に「ロボッ娘懺悔室」を開店し、楽に一儲けしようと企む。だが、懺悔室にやって来る罪人（とがびと）達の告白する罪は、銀時に降りかかるものばかり。自分の預かり知らぬところで災難をこうむっていたことが次々と明らかになる。その告白を聞くうち、銀時は自分の部屋に何者かの死体が隠されているという衝撃の真実を知ってしまい――。
桂は記憶をなくした「謎の男」と意気投合し、一緒に国崩しをする約束を交わした。攘夷志士たちはその事態に困惑。どう見てもその男は、消息不明になっている将軍その人だ。将軍と一緒に攘夷活動というこんがらがった事態のまま、桂は男に帝王学を叩き込もうと手合わせをする。だが、男の見せる圧倒的なカリスマ性の前に敗北。桂はリーダーとしての信頼を失い、パシリ同然まで落ちぶれてしまう。
納涼祭で賑わうかぶき町。お面を被って見廻りをする近藤は、お妙にフラれた腹いせに、カップル達を徹底的に取り締まっていた。そのうちその虚しさに打ち拉がれ、自分の行いを激しく後悔するが、一転、お妙と行き逢いデートする流れに。近藤は千載一遇のチャンスを生かし、お妙のハートを掴もうと必死になる。だが、訪れた銀時の屋台には、客から金をむしり取るための、とんでもない罠が仕組まれていて――。
「ベギラマな夏」そよ姫とスイカをほおばる万事屋一同。種が邪魔だという神楽に、銀時は「種という障害が生み出すプチドラマが、スイカのうまさを増しているのだ」と説明する。ならばと、そよ姫はスイカ割りを始めるが、それが更なるドラマを呼び込んでしまう。 「何もねぇよ夏2015」夏の終わり。夏休みの宿題をまったくやっていなかった晴太が、万事屋に泣きついてきた。銀時たちは真っ白な絵日記を何とかするため、晴太の話を元に、適当な日記をでっち上げていく。
交通事故に遭い、五体は無傷ながらも魂がミンチになってしまった銀時と土方は、中身だけが入れ替わってしまった。元に戻る方法が分からないまま、銀時は土方として、土方は銀時として暮らすことになる。厳格な規律を重んじる銀時と、自由を好む土方。ふたりのリーダーの変化が、万事屋と真選組をまったく別の組織に生まれ変わらせてしまう。
魂の入れ替わりは源外の発明した「全自動卵かけごはん製造機」によるものであることを知った銀時たち。銀時と土方は元に戻るため、事故によってちぎれた銀時の魂の半身を捜すも、すでに魂は猫の死骸に乗り移り、恐るべき戦闘マシーン・どざえもんへと変貌していた。リーダーの中身が入れ替わり、統率の取れない万事屋と真選組は、どざえもんにこっぴどくやられてしまう。
お妙からどざえもんを引きはがそうと手を尽くす銀時と土方。そこに魂と肉体が入れ替わった万事屋と真選組、桂や長谷川たちが駆けつける。ふたりのリーダーが入れ替わったことによって教えられた「自由」と「規律」。そのふたつが、バラバラになってしまったみんなの心をひとつに結ぶ。果たして銀時たちは、どざえもんを倒し、己の肉体を取り戻すことができるのか―？
坂本は、石ころ同然の価値しかない、5千万円入るバックを大量に作り、大赤字を生み出した。副艦長・陸奥は、戒めのために坂本をかばんに詰めて海に流してしまう。銀時と陸奥は酒を傾けながら、坂本との出会いを語り合う。そんな中、海を漂っていた坂本が、海賊に捕らえられたという報告が入る。その海賊は陸奥と坂本に深い愛憎を抱く人物で―。
海賊時代、売り物である奴隷を逃がしてしまった陸奥は、部下たちによって処刑されようとしていた。その命を救ったのは、坂本と、先ほど逃がした奴隷たち。それがひとつの契機となり、宇宙海賊・千鳥の零落が始まったのだった。そして現在、陸奥の元・部下の男が、そのときの恨みを晴らすべく、坂本を処刑しようとする。海賊船に乗り込んだ銀時と陸奥は、坂本を救出に向かうのだが―。
「オシャレとはオシャレと言葉にした時点でかき消えるものなり」新しい着物を買い、イメチェンしたい新八。だが、その一歩がなかなか踏み出せない。万事屋3人まとめてイメチェンすれば恥ずかしくないだろうと、お妙が気を回すが、どんどん変なイメージになってしまう。 「世の中には二種類の人間がいる それは必殺技を叫ぶ人間と叫ばない人間だ」マカデミアンナッツチョコで弟子を呼び込む日々に疑問を持った新八。弟子達に必殺技を教授すべく、父の残した秘奥儀をマスターしようとするが、奥義書に書かれていたのは格ゲーのコマンドだった。
泥棒・猿吉小僧に見込まれ、弟子入りすることになった近藤。盗人の心得を学び、二代目として跡を継ぐことを期待されるようになる。猿吉小僧から頼まれ、神社に供え物に行くと、そこには土方の姿が。猿吉小僧と近藤の尻尾を、すでに掴んでいたのだ。そこに居合わせた老婆から昔話を聞かされる土方と近藤。その話をきっかけに、近藤は、子供の頃に、この神社の宮司に世話になっていたことを思い出す。
桂は、真選組を内部から瓦解せしめるため、採用試験を受けた。見事試験を通過した桂は、三番隊の特別副官として採用される。そこは斉藤終のみが所属する「沈黙の部隊」と恐れられる隊。桂は斉藤と何とかコミュニケーションを取ろうとするが、まったく噛み合ないらしい。そんな与太話をする銀時たちの所に斉藤が現れる。桂の正体はバレていたのか？ 桂、銀時たちの顔に緊張が走るが…。
桂の罠によって処刑されそうになる斉藤終。斉藤の秘めた思いを知った銀時は、極度に無口な斉藤に代わり、マイクを使って申し開きをすることに。あの手この手の絡め手で、何とか罪を晴らそうとするが、桂は断固粛清を主張。事態を見かねた土方は、ふたりに「裏切り者」を粛清するよう命じる。剣に生きる者は剣で語るべき。桂と斉藤は剣を交えることになってしまうのだが――。
原因不明の病に倒れた神楽は、病院に担ぎ込まれた。銀時のひどい待遇が神楽の寿命を縮めていたということが分かり、銀時は激しく動揺。だが、それはすべて嘘。自分の扱いがひどいことに腹を立てた神楽が、銀時に反省を促すため、ひと芝居打ったのだ。余命幾許もないフリを続ける神楽。だが、事態は取り返しのつかない話に発展してしまい――。
沖田の策略によって、神楽の国葬が開かれる事になった。棺桶に入れられ、身動きひとつ取れなくされた神楽は、誰かに自分が生きていると気づいて欲しいと願う。神楽の死を悼む人々は、それぞれの方法で神楽を弔うが、そのやり方が神楽を追いつめる一方。火葬場は目前、神楽はどうすれば棺桶から生きて脱出することができるのか――？
「担当編集は一人で足りる」刑務所の医務室にいる成滝先生に恋心を抱いた鯱。その気持ちを何とか漫画で伝えようとするが、のらりくらりとかわされてしまう。 「Gペンは気まぐれ屋さん 丸ペンは頑固者」悪路木夢砕のジャンプデビューが決まった。銀時は最強の漫画アシスタント軍団・悪路木組を集め、短期間で原稿を仕上げようとするが、そのメンバーは危険な囚人ばかり。鯱はこんな奴らに任せて大丈夫なのかと心配するが――。
「ジャンプスペシャルアニメフェスタ2015」で放映されたスペシャルアニメ映像
鉄子に鍛冶屋の店番を頼まれた万事屋メンバー。 そこに、銀河の平和を取り戻そうとする勇者が伝説の神剣を、銀河を支配しようとする魔王が伝説の魔剣を、鍛え直して欲しいと持ち込んできて…。 買い物の帰り道、とある自販機・タバ子と出会ったたま。 タバ子と心を通わせたたまは雨宿りをしながら、タバコ屋の主人が帰ってくるのを待ち続けるのだが…。
何者かが将軍・茂茂の茶に毒を忍ばせ、殺害しようとする暗殺未遂事件が発生した。 将軍の命を案じた者たちは、京の帝に庇護をあおぐことを決める。 護衛を任された松平は、影武者を使い、敵を撹乱しつつ、将軍を安全に送り届ける計画を立てる。 ずらりと勢揃いした御庭番の影武者たち。 しかしなぜかその中には、銀時たち万事屋の姿もあって…。
海路を進む一行は、宇宙海賊・春雨の待ち伏せを受けてしまう。 鬼兵隊と夜兎を中心とした部隊を相手に、一行は壊滅寸前だ。 その危機的な状況を打ち破ったのは、土方の指示を受け、ひとり真選組を離れていた沖田だった。 その前に立ち塞がる春雨・第７師団長の神威。 交わる得物、血煙があがる。 はたして沖田はその死線を越えられるか!?
忍の里へと下った銀時たちは、全蔵が密かに将軍・茂茂の身柄を伊賀衆に託していたことを知った。 しかしその伊賀の地に、春雨の船団が姿を現す。 高杉たちは伊賀衆を将軍暗殺の謀反人に仕立て上げようと画策していたのだ。 その春雨の船に、再び姿をあらわした全蔵。 すべては友である茂茂を護るためだ。 春雨船団相手にたったひとり、決死の戦いを挑む。
全蔵の思いを知った御庭番衆は、自分たちの頭目を救うため、春雨の艦隊に飛び込む。 一方、銀時、新八、神楽は阿伏兎率いる敵部隊から茂々を護るため、必死の抵抗を試みる。 近藤・土方も合流し逃走を図るが、敵の追撃は止むことがない。 百地たち伊賀衆の手助けもあり、里の抜け道へと続く吊り橋まで辿り着いた。 そこで近藤・土方は万事屋に、最初で最後の依頼を切り出すのだった。
抜け道のある摩利支天像の前には、高杉、神威たちが待ち受けていた。神楽は神威を止めるため、盛大な兄妹喧嘩をはじめる。 いっぽう銀時と高杉は、因縁の刃を交える。その刀に、ふたりの思いが重なる。それは、攘夷戦争のときに交わした約束、そして何者でもなかった、本当の武士になりたいと願っていた幼い頃の思い。 その死闘の果てに、ふたりが見るものとは…。
力つき、倒れる銀時と高杉。高杉は松陽の教えに従い、自分の武士道を胸に掲げ、侍になることを決意した少年時代を思い出す。気づくと目の前には松陽が立っている。あの頃のように自分を叱りに来てくれたのかと、懐かしい思いにとらわれるのだった。 だが松陽に見えたのは、ふたたび立ち上がった銀時だった。銀時は高杉を殴りつける。 …
死地を抜けた新八たちを待っていたのは、天導衆であった。彼らが連れていたのは、正気を失った喜々。天導衆はかつて茂茂が提出した解官詔書を利用し、喜々を新たな将軍に仕立て上げていた。 天導衆は将軍の命令として、茂茂の身柄を明け渡すよう要求。将軍の命令は絶対であり、拒めば逆賊として追われることになる。 その絶体絶命の窮地に、ひとりの男が立ち上がる。
真選組の艦隊が現れ、これ以上の戦いは無益だと見切った天道衆は、撤退を決めた。その去り際、茂茂は未来の侍のあり方について語る。人はそれぞれが美しいと思う生き方を見つけ、それを新たな主君として生きるようになるだろう、と。戦は終わり、茂茂は京に身を寄せることになった。仕えるべき主君が江戸から消え、一同が不安を感じる中、そよ姫からの手紙が届く。
将軍・茂茂を失った真選組は、失意の底にあった。隊士たちが葬儀の警備にかり出される中、近藤は銀時と飲みに出かける。近藤はふたりで杯を傾け、その思いを託した後、見廻組に出頭。真選組局長として、近藤は茂茂暗殺を防げなかった責任を取り、斬首されることを選んだ。それはひとえに、この国、そして真選組を護るための苦渋の決断だった。
真選組の解散、近藤の死罪が決まり、土方の心は塞いでいた。小銭形は部下である土方の憂さを晴らすため、銀時を伴ってお妙のいるキャバクラへと繰り出す。だが、そこに将軍・喜々が現れ、その会は滅茶苦茶にされてしまう。お妙は民を傷つける暴虐無人な振る舞いに、思わずその行いを責めてしまうが、将軍へ楯突く者を喜々が許すはずもなかった。
収監された独房で、近藤は桂と出会った。桂は真選組と攘夷志士で手を組み、この国を変えるつもりであるという、自らの計画を話す。だが、今の国を守るため、斬首される覚悟であった近藤は煮え切らない。同じ頃、近藤の思いを知る土方は、決断を下せないでいた。局長不在の場合、全権は副長に託される。それは真選組が魂に誓った鉄の掟、局中法度に定められたことであった。
土方率いる真選組と攘夷志士たちは、近藤たちが捕らえられている絶海の孤島、黒縄島へと向かった。土方たちは囚人に化けて、島への上陸を目指すが、その動きはすでに読まれており、逆に奈落の奇襲を受けてしまう。一瞬の虚を突かれ、背後を取られる土方。その危機を救ったのは、小銭形。そして、銀時たち万事屋一行であった。
土方たちは、断崖絶壁が行軍を阻む、島の裏手に上陸した。そこから奇襲をかけて虚を突けば、敵地は簡単に落とせるというわけだ。だが、烏と使ってその動きを察知した朧は、島の裏手に守りを配していた。ついに真選組・攘夷志士・万事屋vs見廻組・奈落、決戦の火蓋が切っておとされる。一方、佐々木異三郎は脱獄した近藤たちを追っていた。その胸中には、ある思いが去来していた。
ならず者の寄せ集めでしかなかった浪士組が正式な警察組織・真選組になった頃――真選組は一橋公の護衛という大任を仰せつかり、やる気に満ちていた。だが、その任務は幕府のめぐらした陰謀であり、真選組は知らぬまま、その片棒を担がされようとしていた。事情に通じていた佐々木は、生まれてくる娘のため、胸を張れる正しい侍であろうと一計を案じる。しかしその行いが、思わぬ不幸を呼び込んでしまう。
神楽を庇った信女の身体を凶刃が貫く。それを放ったのは、謎の男であった。男は信女、神楽、沖田を、次々と打ち破る。男の名は虚（うつろ）――天照院奈落の先代首領にして、天導衆までのぼりつめた男であった。一方、倒幕を目指し、天を覆そうとした佐々木は、自分の計画が失敗に終わったことを認め、最後の力を振り絞り、信女の元へと向かっていた。
森の中で再び相まみえることになった近藤と佐々木。近藤は傷ついた真選組と見廻組の隊士たちを助けながら、退却を続けていた。佐々木はその近藤の目に、かつて信じた、あるべき侍を見るのだった。一方、銀時、土方たちは近藤の救出に向かっていた。しかし時すでに遅く、土方たちが見たものは、奈落に追われ深い傷を負った佐々木、そして額を割られ息絶えた近藤の、無惨な姿であった。
戦いは終わった。信女たち見廻組と、近藤たち真選組は、自らの強い信念に命を捧げた佐々木異三郎の生き様に敬意を評し、その死を悼む。銀時たちは江戸に戻ったが、街の様子はすっかり変わってしまっていた。警察組織は崩壊、多くの侍たちが出奔し、倒幕の気運が高まりつつあった。そして、その変化に呼応するように、真選組は新たな一歩を踏み出そうとしていた――。
道場に鳴り響く乾いた音――。そこには、稽古に励む幼い銀時と、それを笑顔でいなす松陽の姿あった。松陽はこれからの銀時に対して、“あること”を楽しみにしていると告げる。時が経ち、銀時は松陽に瓜二つの『虚』と対峙することになる。そして――。先の黒縄島からの真選組局長の近藤勲の奪還の件により、以前にも増してかぶき町には居づらくなった万事屋一行。そんな中、桂の計らい（？）により地下都市アキバに潜伏しアキバで支店を開くことになる。そこに訪れた意外な来客により、『虚』の正体について語られることに――。
今井信女の口から語られたのは、『虚』がアルタナによって生まれ、不老不死の存在であり、“宇宙で最も危険な生物”であると。そして、吉田松陽という人物は、虚と同じ存在であることも――。信女の話を受け銀時、桂は戸惑う。しかし、桂は銀時に「お前に二度も師を斬らせるわけにはいかないからな」と告げて立ち去る。一方、虚は元老院を失った春雨を手なずけ様としていた。勢力の拡大を目論む虚の前に一人の男が現れ、事態は思わぬ方向へと進展する。そして、誰も居なくなった万事屋銀ちゃんの机の上には見知らぬ封筒が置かれてあった――。
神楽の後を追い、快援隊や鬼兵隊の残党らと合流をした万事屋一同。地球を出発した銀時達を待ち受けていたのは、喜々の軍勢であった。それをあっさりと撃退した銀時達の姿を見た万斉は、自ら“秘密の場所”を教える。その場所は、捨てられた惑星『烙陽』――。奇しくもそこは、神楽の故郷でもあった。時を同じくして、消息不明の神威を探しに星海坊主も烙陽の地に辿り着く。そして、決意を決めた神楽は、ある人物の墓標の前に立っていたのであった――。
神楽の故郷である烙陽に降り立って銀時達を待っていたのは、虚率いる春雨の猛攻であった。銀時、桂、坂本の奇襲により辛くも窮地は脱したが、圧倒的な兵力差に変わりはなかった。散り散りになった3人それぞれの前に立ち塞がったのが、『三凶星』と呼ばれる猛者たちであった。桂の前に現れたのが、海王星の猩覚。猩覚の凄まじいパワーに押される桂であったが、決意を決める。一匹の侍（えてこう）になることを――。そして、今まで語れなかった桂の過去が明かに。
范堺に掌握されてしまった快援隊船団。坂本と陸奥は、范堺を見つけ出し操られた船員達を助けるべく、自ら快臨丸内を詮索することを決めた。2人は、操られた船員に襲われた喜々を助ける。なぜ助けたとのかと問う喜々に対し、坂本は「一度国を背負った君主が簡単に死ねると思うな」と言い放つ。坂本らと行動を共にする中で、徐々に坂本辰馬に魅せられつつも飄々とした態度に苛立ちを感じ始めていた。そんな中、喜々に異変が――。果たして、范堺の狙いと一体何なのか!?
かつて攘夷戦争時代に銀時と馬董は、一度だけ戦場で刀を交えていた――。馬董は、侍である銀時との戦いが忘れられず再び闘うことを待ちわびていた。しかし、覚えていた容姿は銀時とは言い難い姿をしていた。その人物は“パクヤサ”と言い銀時に憧れ舎弟になったものだった。コケにされたと激高する馬董に対し、銀時は坂本の仇である馬董に密かな闘志を燃やしていた。白熱した銀時と馬董の戦いがはじまる!!
銀時、高杉、桂、坂本、かつて攘夷戦争を共に闘った4人が再び戦場に集った。劇的な再会……と思いきや、顔を合わせるなり罵声を飛ばし合うことに。そんな再会を遮る様に虚率いる奈落・春雨の軍勢が襲いかかる!! その頃、星海坊主は春雨の追撃を圧倒的な力で捻じ伏せていた。しかし、星海坊主の眼前にはさらなる春雨の増援と、第一師団長の獅嶺が立ち塞がる。そこには、消息不明になっていたあの人物の姿が――。
神威は自らの父親である星海坊主に対し、殺意を込めた拳を振り上げた。“宇宙最強の親子喧嘩”へと発展した2人の激闘は、もはや誰にも止められないかに見えた。だが、2人の家族である神楽だけは違っていた。神楽は、身をもって闘いをいさめようとした。しかし次の瞬間、閃光の如く現れた虚により戦況が一気に変貌した。星海坊主は義手の左腕を一瞬にして斬られてしまった。闘いの中で、星海坊主は虚がアルタナにより力を得ていることに気付く。そして、星海坊主にとってアルタナの力を持つ人物に出会うのは初めてではなかった。果たして、過去に出会った人物とは!?
神威は神楽に、母である江華が『アルタナの暴走を受けて生まれた変異体』であったことを告げる。そして二人の母親を殺したのが、父親である“星海坊主”であるということも――。星海坊主と江華の間には神威と神楽が生まれ、家族4人はひっそりと生活していた。ある日、神威は、江華が徨安の星では生きていけない身体であることを知ってしまい、母親を苦しめているのは自分たち家族であると感じはじめる。神威は意を決し江華を連れ出そうとするが、そこに星海坊主が現われて事態が急変する。星海坊主、神威、神楽、江華それぞれの家族の想いとは。そして、星海坊主対虚の戦いの行方は!?
満身創痍で倒れた星海坊主に襲いかかる神威――。その前に立ちはだかったのは、他でもない銀時であった。銀時は、神威に対し『本当の名前』を思い出せと語り木刀を抜く。神威の圧倒的な力に押される銀時ではあったが、神威自身は違和感を持ちながら闘っていた。その違和感とは、銀時は護るものために闘い、そして自分と戦い続けて限界を越えていく戦う姿であった。神威は、戦いに割って入った神楽の存在により、ためらってしまう。その隙に銀時は、渾身の一撃をうけてしまうのだった。そんな戦いの最中、夜兎の血に飲まれた神威は不敵な笑みをこぼすのであった――。
妹・神楽の拳の前に倒れた神威は、銀時らとの闘いで知った己の弱さ、その先に見えた本当の「最強（つよさ）」を求め、再び海賊へと戻っていく。そして父・星海坊主もまた、自分たちはどこまで行っても家族なのだと、思い知るのであった。一方そのころ、同じく戦線を離脱していた高杉らは、朧と対峙していた。そこで繰り広げられる闘いの中で、朧と虚の深い関係性が語られる。そしてそれは吉田松陽の弟子である、銀時たちが育った「松下村塾」にも繋がっていて…。
銀時たちと松陽が出会う少し前のこと。朧は松陽によってその命を救われ、「松下村塾」創設をともにした一番弟子だった。銀時たちと同じ道を歩むことのできなかった朧の悲しみや憎悪もまた、松陽の死に繋がっていた。高杉との死闘で散った朧は、吉田松陽の過去、そして虚の恐るべき計画が進んでいることを明かす。その事実を知った銀時、桂、坂本、そして高杉は、それぞれが新たな決意をするのであった。「虚」の目的とは何なのか。「吉田松陽」は銀時に何を託したのか。舞台は全ての始まり「侍の国」へ――。
神楽にカレシができた！その知らせを聞いた父親の星海坊主と銀時は大慌て。神楽が大人になっていくことを中々受け入れられずにいた2人。だが、神楽が彼氏を家に連れてくることになり、「大人」として対応することを誓う。だけど、彼氏のダイちゃんには秘密があって――。
神楽の彼氏・ダイちゃんは、なんと巨人族の皇子だった！普段はヒップホップを聞かせておけばおとなしい巨人族だが、彼らには恐ろしい伝統があった―それは、皇族の花嫁に迎えられた種がいる星の遺伝子を根絶やしにし、遺伝子情報の独占を図るというもの。花嫁・神楽がいる地球を滅ぼそうとするダイちゃんと巨人族の前に、「誰にも娘を渡したくない！」という気色の悪いお父さんたちが立ちはだかる！！
幾松の夫がまだ存命だった頃、大晦日が来るたび店にやって来るみすぼらしい男がいた。なけなしの金をはたき一杯のラーメンを頼むが、「こんなにたくさん食えねーな」と言うと、お椀にラーメンをとりわけ、幾松と夫にふるまう。毎年の恒例行事だったが、夫が亡くなるとその男もぱったり姿を見せなくなり、店を継いでもその仕事を引き継げなかったことが心残りだとこぼす幾松。その話を聞いた桂は「幾松が夫と約束した一杯のラーメンを、もう一度その男に食わせてやりたい」と銀時に持ち掛け、その男を探すことにする。
男の情報を得るため、公園でホームレスたちの仲間になる桂と銀時。そこで出会ったのはなんと、桂と幾松に復讐の機会を狙っていた幾松の義弟だった！義弟から、死んだと思われていた幾松の父親を連れてこいと脅される一同。一方、新八と神楽の捜索で、かつて男が北斗心軒に忘れていった頭巾が幾松の父・松五郎のものだったと判明する。松五郎は一体誰なのか！？幾松と松五郎を守る為、万事屋と桂が立ち上がる！
生と死のグラサン / 自殺をするためビルの屋上で佇む長谷川の前に、グラサンの殺し屋・一星（イーシン）が現れる。一星は、標的である宇宙商・猪九戒がパーティを開いている高層タワーから飛び降りれば、自分が標的と一緒に長谷川もあの世に送ってやると提案する。一星の指示通り、高層タワーの屋上に向かった長谷川だが、そこにはもう一人の殺し屋・一龍（イーロン）がいた！実はこの2人にはある因縁があって――。巻き込まれた長谷川は無事死ぬことができるのか！？ 全ての答えは現場にある / 特別講習を受ける江戸の警察官一同。その中にはもちろん、真選組・見廻組もいた！仲の悪い両組は、講習中にも関わらず喧嘩になってしまう。実演講習として、最新の技術を用いたバーチャル空間で起こった殺人事件の謎を、張り合いながら推理していく一行。桃太郎っぽい被害者を殺した犯人は果たして誰なのか。暴かれる驚愕の真実とは！？
銀時、新八、神楽は、お登勢の旦那の形見刀を研ぎ直す為、鍛冶屋・鉄子の元を訪れていた。そこで、抜き身のまま床に落ちている刀を見つけた銀時。「鍛冶屋が商売道具をぞんざいに扱っていいのか」と文句を言うが、鉄子は預かった記憶はない刀だと言う。実はこの刀、妻である鞘―「鞘子」を探し出す為、鉄子の鍛冶屋へ現れた吸血妖刀エクスカリバー星人、「クサナギ」であった。居合わせた銀時の尻を一時の鞘にしたクサナギと共に、町で鞘子を探す鉄子と万事屋の前に現れたのは―。
万事屋がクサナギと共に探していた鞘子は、真選組・沖田の刀の鞘になっている事が判明！だが沖田の鞘は、自分は「鞘子」ではなく「サーヤ」で、クサナギのことなど知らないと言う…。尻に刺さったクサナギを早く抜きたい銀時は、その鞘に相応わしい刀はどちらか、真剣勝負の決闘で決めることを沖田に持ち掛ける。そんな決闘前夜、沖田の前に現れたのは、市中で頻繁に発生している辻斬りの犯人、人斬り千兵衛。彼がが手にしていたのは、人の体を乗っ取り刀を共食いする妖刀「マガナギ」だった！！
沖田は、伝説の魔剣・エクスカリバー「マガナギ」によって身体を乗っ取られてしまう！鉄子の打ち直した「クサナギ」と共に戦う銀時だが、今までの戦闘の経験値だけでなく、沖田の身体能力も手に入れたマガナギに苦戦を強いられる。そして、マガナギの口から残酷な真実が語られる。実は、サーヤはクサナギと鞘子の元に生まれた娘であり、鞘子はすでにマガナギによって壊されていた…。鞘子だけでなくサーヤをも己の鞘にしようと迫るマガナギ。銀時とクサナギは、マガナギを止めることが出来るのか！？
グループ売りアイドル全盛期到来！時の流れに乗り遅れない為、寺門通の期間限定アイドルユニット『お前の相棒〇人？プロジェクト』が始動した！お通ちゃんの相棒を探していたエージェントがスカウトしてきたのは、なんと神楽だった！！金（カネ）の匂いを嗅ぎつけた銀時プロデュースの元、お通と神楽はデビューを目指しレッスンに励む。果たして2人は、ユニットアイドルとして成功できるのか！？
お通と神楽が組んだ新ユニット、「HDZ(ハナクソダイヤモンズ)48」の前に現れたのは、宇宙一のアイドル、ビチエがセンターを務める銀河系アイドル特殊部隊「GKB(ギャラクシーキングダムビッチ)48」だった。銀河中のトップアイドルが集まったGKB48の、手段を選ばない「本物の握手会」で、男たちは骨抜きにされていく。ファンを奪われ、愕然と立ち尽くすお通。さらにビチエはお通と江戸のトップアイドルの座をかけた勝負をしかけてきて！？
お通不在の中、トップアイドルの座をかけた握手会「天下一アイドル決定戦」が始まった！「GKB(ギャラクシーキングダムビッチ)48」に対抗すべく、「HDZ(ハナクソダイヤモンズ)48」の隠し玉、お妙率いる銀河系最強武闘派バックバンド「ダイヤモンドバキューム」が参戦！汚い手を使いGKB48からファンを奪っていくが、メンバー同士のファンの取り合いで逆に大ピンチに。遂に寺門通親衛隊隊長、志村新八自らがGKB48センターのビチエに挑む！そんな新八をテレビで見るお通は…。
神ゲーと糞ゲーは紙一重 / 発売目前の銀魂ゲームを、自分たちの力でもっと売れる商品にしよう！と決意した万事屋３人。たまを連れてゲーム制作会社に潜入し、開発室でハッキングを試みる。大ヒットを狙う為にと、ゲームのタイトルを勝手に改名してファンタジーRPGへ路線変更。余計なことはしゃべらない主人公を出してみたり、ゾンビと戦うゲームにしてみたり、好き勝手にされた銀魂ゲームの末路は！？ メガネは魂の一部 /新しいメガネを買うため、メガネ屋を訪れた新八は、どんな真実もありのままに見えるという「ノロワ・レター・メガネ」を店主に勧められる。それを掛けた新八は、他人の守護霊がハッキリクッキリと見えるようになってしまった！外そうとしても外れないメガネを掛けたまま万事屋に戻った新八が見たものは？
呪われたメガネのせいで見えちゃいけない色々なものが見えるようになってしまった新八。そんな中、町内親睦のために企画された「かぶき町大運動会」に強制参加することとなった。紅白に分かれ、優勝賞金50万円をめぐって競争するかぶき町の面々。その背後では、見えない守護霊たちも宿主を勝たせるために死闘を繰り広げる！血で血を洗う「魔界大戦争」の開幕だ――！
アルタナを奪還するため宇宙の星々で活動してきたアルタナ解放軍が、ついに地球へ侵攻。 ターミナルが破壊され、解放軍が暴虐の限りを尽くし、江戸は混乱を極めていた。 しかしそこでも諦めずに戦い、希望をつなぎ続ける人たちがいる。自動販売機の下をあさって依頼料の小銭を貯める長谷川泰三、侍の国を取り戻すため皆から依頼書を集めるお妙、銀時たち万事屋の帰りを待ち望むたくさんの人たち。 そしてついに解放軍の蛮行は「万事屋銀ちゃん」の建物にも向けられて――。
虚の引き起こした戦争を止めるため、アルタナ解放軍との交渉に自分の名前を利用せよという将軍・徳川喜々。桂と坂本はその提案に乗り、喜々を連れて解放軍の戦艦に行く。 一方、地球では江戸の人々が蜂起。かぶき町四天王を中心とした民衆、柳生一門、御庭番衆や吉原の百華たちが解放軍に対抗していた。 そんな地球の様子を伝え、地球から手を引くよう伝える喜々たちの前に、解放軍中心人物の一人、艦隊提督の紫雀が現れる。強気の姿勢を崩さない喜々と紫雀、一対一の緊迫した交渉は――。
喜々と紫雀の交渉により、アルタナ解放軍は一時的に態度を軟化させたが、それは地球に駐屯する軍を引かせるまでには至らなかった。 迫る決戦の時。天導衆の行方を探っていた銀時たちを、突如町民の集団が襲う。彼らを町民ではない別物だと見抜き、窮地を救ったのは今井信女だった。 集団は解放軍も急襲する。戦いを一時停戦した責を問われる紫雀の前に現れたのは、自国を天導衆に滅ぼされた、硝煙の皇子と呼ばれる男だった。
姿を現した虚に、剣を向ける銀時。しかしその前に、奈落三羽の一人、柩が立ちはだかる。柩と戦う銀時たちの上空に現れたアルタナ解放軍の艦隊は、一斉掃射をしかけ周囲は火の海と化した。 江戸城では、亡き徳川茂茂の妹・そよ姫が、逃げろという服部全蔵の忠告を聞かず、一人で城を預かる覚悟を決める。 すべてを焼き払えとの圓翔の命令で、おびただしい数の戦艦が江戸の上空を埋め尽くす。 艦隊が江戸城に迫り、逃げる万事屋も四方を囲まれる。その絶体絶命のピンチに――！
万事屋の危機を救ったのは、江戸に戻ってきた真選組だった。今度こそ江戸を護り抜いてみせると、新・真選組の力を見せつける。 戻ってきた旧幕府軍は勢力を増し、空では松平率いる艦隊がアルタナ解放軍に対峙していた。地上では市民を避難させた御庭番衆が全蔵のもとに集結し、全てを護る戦いのため戦場に踊り出る。 そんな中、解放軍を率いる圓翔は上空から無情に江戸を狙い、地上でも荼吉尼・辰羅・夜兎の三大傭兵部族が加勢する。 ついに地球人と解放軍の総力戦が始まった――。
かぶき町に突如現れた巨大な大砲は、源外の作ったカラクリ「ネオアームストロングサイクロンジェットアームストロング源外砲」だった。ウイルスを搭載したナノマシンを放出し、敵味方問わずあらゆる機械を停止させてしまう切り札だ。金時とたまは、機械である自らも破壊される覚悟で、起動のために砲に入った。 源外砲の威力で、空を覆っていたアルタナ解放軍の艦隊はすべて墜落。地上での白兵戦が始まった。お登勢の号令で門をかたく閉じたかぶき町、そこを進軍目標として荼吉尼・辰羅・夜兎の軍勢が迫り――！
アルタナ解放軍の大群がかぶき町を目指し、万事屋もかぶき町へ急行している頃、宇宙では、解放軍に捕らえられた坂本と喜々たちが、紫雀提督と接触していた。解放軍を止められなかったと謝罪する紫雀に、倒すべき真の敵がまだ生きていると坂本が告げる。 別働隊として動いていた桂に通信をつなぐと、ハタ皇子たち央国星の船に捕まっていた。スキを見て皇子を人質にとり、地球の同盟国になれと迫る桂。首を絞められた皇子の脳裏に浮かんだのは、生き別れた兄弟のことだった。別の檻に捕まっていた長谷川も加勢したところに、銃撃が――。
九龍公子ドラゴニアが地球との同盟を央国星の面々に説く一方、地球では、かぶき町へ押し寄せてくるアルタナ解放軍と傭兵の大軍勢を、御庭番衆と真選組が前後から攻めていた。 万事屋の３人がようやく到着したかぶき町は、民衆の手によって鼠一匹入れない要塞と化していた。しかし荼吉尼の王蓋がたった一撃で、かたく閉ざされていたかぶき町の巨大な門を破壊。大軍が町内に押し寄せてくる。小手先の罠も奇策も通じない強大な敵の前に、心折れそうになるお妙。そしてついに解放軍の兵に追いつかれ、頭をつかまれた窮地に――。
傭兵に襲われたお妙の危機を救ったのは九兵衛だった。荼吉尼の軍勢に対抗するかぶき町の民衆に、柳生一門や九兵衛が集めた義勇兵も加勢。九兵衛の一撃で王蓋は急所をやられ、百華が投げるくないの集中砲火でついに倒れた。 そこに蒼達率いる辰羅の傭兵部隊が姿を見せ、ウイルスを撒き散らした大砲の開発者は名乗り出よ、と脅す。しかしお登勢を先頭に、かぶき町の民衆は怯えも見せず、我も我もと手を上げる。覚悟を決めたかぶき町の民衆に、辰羅が襲いかかり――！
危機一髪、蒼達たち辰羅の攻撃から皆を救ったのは旅から帰った泥水平子、次郎長親子だった。得意の集団戦術で襲い掛かる辰羅に対し、黒駒勝男を先頭とした溝鼠組も参戦し混戦状態となる。かつての死闘の経験から辰羅との戦い方を知っている次郎長と銀時は連携攻撃で応戦する。 一方、銀時に2本目の角を折られた満身創痍の王蓋は、かぶき町勢力が傭兵部隊を圧倒していく光景を見て、かつて自らの1本目の角を折った男を思い出していた……。
崩れかかる傭兵部隊を再び立て直した王蓋を、荼吉尼最強にして「神の角」と呼ばれた男――屁怒絽が一蹴。一瞬にして解放軍を恐怖の底に陥れた。さらに陰陽師たちが加勢、結野晴明と巳厘野道満の幻惑の術によりかぶき町を襲う解放軍の撃退に成功した。たくさんの負傷者を出しながらも、かぶき町に訪れた平和と再会を喜ぶ一同。しかし、かぶき町四天王、真選組、公儀御庭番衆、柳生陳陰流一門、百華、結野衆・巳厘野衆、そして万事屋が一堂に会す様子を遠くから見つめる影があり――。
３大傭兵部族最後の一つ、夜兎に拉致された源外を万事屋たちが探していた頃。 宇宙では紫雀提督一派と央国星を味方につけた喜々と坂本、桂がアルタナ解放軍本部・天鳥船制圧という強硬策を計画していた。しかしそれはすでに圓翔が地球を丸ごと破壊する為の破壊兵器を起動させてしまった後だった。地球滅亡の危機が迫る中、喜々は地球にいるそよに語りかける……。果たして、坂本は、桂は、そして喜々は地球を狙う破壊兵器を止めることができるのか！？
宇宙では、ハタ皇子の乗る央国星戦艦からの発射を合図に、央国星艦隊とアルタナ解放軍艦隊の交戦が始まった。桂のステルス艦が奇襲を狙うも被弾、失敗に終わるかと思われたその時、姿を見せたのは高杉だった。 かつて攘夷戦争で親を失った一人の少女が、 無実の罪で磔にされた。少女を救った攘夷志士と人斬りは投獄されてしまうが、思うところあった幕吏の協力により脱出。それが高杉とまた子、万斉、武市の出会いだった。 世界を壊すと宣言した高杉は、鬼兵隊を率いて突撃の号令を発する――！
高杉率いる鬼兵隊を加え、反撃を開始した桂、坂本たち。覚悟を決めた喜々の言葉で奮起し、高杉たちは地球を狙う破壊兵器「火之迦具土神」を止めるべく、桂・坂本たちはアルタナ解放軍を率いる圓翔を討つため、それぞれ走り出す。 一方地球では銀時たちが、敵に拉致された源外を探していた。同胞の気配を感じ取り、源外のもとにいち早くたどり着いた神楽。同じ夜兎族の軍勢を相手に一人戦い始めるも、不意を突かれ窮地に立った神楽に――！
すんでのところで神楽を救ったのは、春雨第七師団を率いた神威だった。 神楽と神威は同族同士の夜兎対決を繰り広げ、協力して老師を倒す。そこに駆け付けた銀時、新八。沖田たちも到着し、万事屋、真選組、第七師団が残りの夜兎と対峙するさなか、突如姿を現した虚。不気味な笑みとともに、暴走したアルタナが地表から噴出する。 宇宙では、春雨の援軍を受けた高杉たちだったが、火之迦具土神発射までわずか15分しかないことが判明。窮地に陥った鬼兵隊のため、武市は決死の作戦を断行する――。
火之迦具土神の制御装置まで高杉たちをたどりつかせるため、一人その場に残った万斉。思惑通り兵力を集中させたところで、自らの腰に巻いた手榴弾を使い、わが身もろとも敵を一掃する。小型艇で体当たりしてわずかな時間を稼ごうとする武市。身を投げ打って戦う鬼兵隊。一度も振り返ることなく走り続けた高杉の剣が、ついに制御装置を切り裂き大爆発を起こす。 制御装置を破壊され、沈む運命となった天鳥船の指令部に、坂本・桂・喜々がたどりつく。降伏を求める坂本に、復讐を誓う圓翔は船ごと地球に落とすと告げ――。
天鳥船を地球に落とす前に脱出しようと急ぐ解放軍。そこに春雨の軍勢を率いた高杉が現れ、最後の攻防が始まった。高杉、桂、坂本たちは多くの犠牲を払いつつも、ついに圓翔に致命傷を与える。とどめをさせという圓翔に、戦を終わらせることを持ち掛ける喜々。喜々の説得により、和睦に応じようとした圓翔であったが、それに激怒した解放軍に撃たれてしまう。その流れ弾に喜々も倒れ、解放軍と地球軍の間に再び緊張が走る。 薄れゆく意識の中、憎しみの連鎖を終わらせようと語りかける喜々の脳裏には、先代将軍茂茂の姿が浮かんでいた――。
地上では、巫女姉妹の阿音・百音が狛神の力を使い、アルタナの暴走を止めようとしていた。アルタナを操れるのは、古来より龍穴を守り続けてきた巫女一族の姉妹と狛神しかいない。験力を使い果たしかけていた姉妹に、力を貸そうともう一匹の狛神、定春が姿を見せる。 アルタナの暴走に巻き込まれた銀時たちの前に秘密兵器を持って現れたのは、神楽と神威の父、星海坊主だった。虚を倒す切り札として異星のアルタナの結晶石で作った結晶刀を「持ってけ」と銀時に渡す。 いなくなった定春を探す万事屋。虚は龍脈を制御する門を開放して、いよいよ地球に終焉を迎えさせようとする――！
コントロールを失った天鳥船の上の紫雀は、地球を護るため、弟・ハタ皇子に自分たちごと船を撃ち破壊せよと告げる。ハタは葛藤の末に、発射命令を出しかかっていたところを、長谷川泰三に殴り飛ばされる。元入国管理局局長・現無職のプライドで、船も地球もまるごと救うしかないと断言する長谷川。その宣言に共鳴した解放軍も力を貸す。 負傷した阿音・百音を残し、たった一匹で虚に立ち向かう定春。なんとか駆け付けた万事屋だったが、大地が割れ、噴き出すアルタナに定春が飲み込まれるのを止められない。強大なアルタナを背後にした虚に、切り札だった結晶刀もバラバラに壊されてしまう――。
アルタナの奔流に飲み込まれてもなお力を振り絞る定春が、龍脈を封じることに成功する。さらに銀時が投げた結晶刀の破片が虚の身体を蝕む。うまく身体再生ができなくなった虚に、ここぞとばかりに総攻撃を仕掛ける万事屋。しかしあと一歩のところで龍脈が甦り、虚は再生してしまう。もはやここまでかと思われたその時、半霊体となってなおアルタナを止めようとする定春の姿が空に浮かぶ。阿音・百音が江戸中の人々の生命力を験力に還元し、定春に与えて、再びアルタナの暴走を止めようとするのだ。いくら終わらせようとしても立ち上がる、人間という生き物に恐れを抱きながら、虚は銀時と斬り結ぶ。
江戸の人々が一丸となって、虚を追い詰める。何度倒されても立ち上がる銀時たちがついに虚を討ち果たす。敗北を悟った虚は、自らアルタナの穴へと落ちていった。 虚との激闘から二年の月日が経った。空には再び異郷の宇宙船が飛び交い、通りでは天人たちがふんぞり返り歩き、かつての江戸が戻ってきた。 二年前、宇宙から落ちてきた天鳥船はぎりぎりのところで激突を免れ、地球は救われた。ぼろぼろの廃墟と化した江戸も、復興の甲斐あって以前の姿を取り戻しつつある。 「万事屋銀ちゃん」の屋号を残し、ひとり万事屋を続ける新八。そこへ「パパ」と呼びかける子どもの声が！？
江戸を守り、新時代を切り開いた真選組は、樹立した新政府によって散り散りにさせられていた。新政府を仕切るのは、かつての攘夷志士、今やドナルド・ヅランプとして初代総理大臣に上り詰めた桂だ。 そんな元テロリストに国を任せられるかと、元警察庁長官の松平は桂の暗殺を企てる。新八を脅し、桂暗殺のための兵器を闇商人から受け取り、殺し屋と落ち合うように指示する。 埠頭についた新八を待っていたのは、海賊マークのマントに身を包む陸奥だった。最強の武器だと運んできた荷物の中から出てきたのは――！？
二年の間、江戸を離れ姿を見せなかった銀時が、松下村塾の跡地に立っていた。因縁の地で高杉と再会したところへ警察が現れ、高杉は逃亡する。捕らえられた銀時の前に現れたのは、この地に左遷されていた土方だった。 土方の事情聴取から逃げ、町へ出た銀時は何者かから襲撃を受ける。足を滑らせ川へ落ちたところへ、高杉が船に乗って再び現れる。 一方江戸では、神楽をマミーと呼ぶ少女・神流の登場に新八は驚きを隠せない。そこに現れた殺し屋は、マフィア然とした沖田が率いる元真選組の隊士たちだった。二年の成長を試すように新八に斬りかかる沖田。戦いのさなか、神流に異変が――！？
神流と名乗った少女は、定春を元に戻すため地球を飛び出し、肉体を変化させる術を得た神楽自身だった。自分のせいで万事屋がバラバラになってしまったと、責任を感じる神楽に新八が優しく諭す。一方、奈落を振り切った銀時と高杉は船に乗り込む。銀時は懐から虚の心臓を取り出し、これを手にした経緯を思い返す。生を繰り返す虚が、またどこかで生まれているはずだと龍穴を探し回った。そして狙い通り生まれていた赤子の虚を見つけ、育てたのだ。成長した虚から心臓を託されている銀時に、高杉は虚の肉体がまだ生かされていることを告げると、急に激しく咳き込む。その手には吐血の跡が――。
二年前、堕ちゆく天鳥船の中で、高杉は朧の遺骨を体内に取り込み、虚の持つ再生能力を手にしていた。戦いの後、虚の不死の力は崇められるようになっていて、その信徒たちがアルタナを狙って各地でテロを起こしていた。高杉はかつての師を呪われた因果から救い出そうと銀時を誘い、二人は江戸の町へ降り立った。そんな二人を尾行してついてきた土方と山崎。銀時に尾行がばれそうになり、二人はとっさに衣料店のマネキンになりすます。運悪くそこへお妙が買い物にやってきて、マネキンもどきに銀時も加わり――！
江戸の町に戻ってきたことを悟られたくない銀時は、マネキンに扮して何とか難を逃れることに成功する。高杉風のカツラと着物で、再び町に出ようとしたその瞬間、銀時の頭上からクナイが降り注ぐ。銀時の帰りを待つ、さっちゃんの仕業だった。変装に気づかず、銀時の居場所を教えろと脅すさっちゃん。高杉風の気迫で押し切ろうとするも逆に気圧され、捕まってしまう銀時もとい、偽杉。連れていかれた先には、月詠、お妙、九兵衛ら江戸の女性たちが待っていた。彼女たちもまた、黙って去ってしまった銀時の帰りを待ち続けていたのだ。皆の思いを知って銀時が取る行動は――!?
万事屋篇
真選組篇
2010年3月に両国国技館で行われた銀魂のイベント。
宇宙からやってきた侵略者・天人を前になす術のない幕府。だが、そんな国を憂い、戦い続ける志士たちがいた。桂小太郎、高杉晋助、坂田銀時。数年に及ぶ死闘の末、彼らは戦い敗れて“国”を失った。そして生き残った銀時は万事屋を営み、桂は身を潜め攘夷活動を続け、高杉は幕府や天人の支配の破壊を企む。そんなある日、辻斬りが現れ、その凶刃によって桂が姿を消す。その刀は人工知能を持ち、使用者に寄生して戦闘データを蓄積し進化する妖刀“紅桜”。最強の戦闘集団・鬼兵隊を復活させ、高杉が“紅桜”を擁して動き出したのだ…。
劇場版 銀魂 新訳紅桜篇 DVD完全生産限定版の特典として付属されている。
2011年8月21日に両国国技館で行われた銀魂のイベント。
5年後の未来、謎のウィルスにより総人口の三割は死に絶え、四割は別の星へ移り住む事となった、捨てられた星・地球。未来にタイムスリップした銀時は荒廃した江戸・かぶき町、そして自分の墓を目の当たりにする。未来の銀時の死後、新八と神楽は喧嘩別れし、それぞれで万事屋を営んでいた。世界も万事屋も、いったいどうしてしまったのか？ 銀時は、その謎に迫っていく。
2013年6月29日に両国国技館で行われた銀魂のイベント。
「ジャンプスペシャルアニメフェスタ2014」で放映されたスペシャルアニメ映像
愛染香篇 295.5前編
愛染香篇 295.5後編
銀魂とモンスターストライクのコラボレーションアニメ。
一部のキャラクターが集まって、アニメ銀魂の4年後の「後悔」について話します。やがて彼らは、どちらがより多くのスクリーンタイムを得るかをめぐって争う。銀魂ハル祭り2010ライブイベントで披露されたスペシャルアニメーション。
