海を漂う樽を、豪華客船レディ・メリィ号の水夫が引き上げた…。アニメーション『ワンピース』は海の上から始まる！ 樽から飛び出たルフィが、アルビダ海賊団の雑用係コビーに勇気を与え、“スベスベの実”を食べる前のイカついアルビダをぶっ飛ばす!! その隙にMissラブ・ダック号から宝を盗むナミがいた。
海賊狩りの異名をとる賞金稼ぎゾロの噂を耳にしたルフィは、彼が仲間に相応しいか会う為、捕らえられているシェルズタウンにコビーの操船で上陸する。海軍基地の塀にのぼり覗くと、ゾロが磔になっていた。そこへおにぎりを持った少女リカ、続いてこの島の暴君モーガン大佐の息子ヘルメッポが現れる。
弾丸を弾き、海賊王になると言ったルフィに心を打たれたゾロが、仲間に！ ２人はモーガンを倒し、町だけでなく島の海兵にも自由をもたらす。ルフィとゾロと友情を深めるコビーだが、彼は海軍入隊志望…。訪ねて来た海兵に２年間も海賊として生活していた事を話し出すルフィを、コビーがぶん殴る!!
大海原を小舟で行くルフィとゾロ。宙に舞った麦わら帽子を追うルフィに、10年前の記憶がよぎる…。フーシャ村の泳ぎの上手い少年ルフィが、山賊ヒグマとの争いを通じて、シャンクスに男を見た！ 少年は海賊王になると宣言する!! ルフィが“ゴムゴムの実”を食べ、ゴム人間になった瞬間も描かれる。
バギーが海軍基地から奪った“偉大なる航路”の海図をオレンジの町で盗んだナミは追われる。すると上空に、怪鳥ピンキーにくわえられたルフィが！ バギーの大砲で落ちたルフィに救われるナミだが、海賊と聞くと激昂!! ルフィをバギーに差し出す！ 奴はナミに“特製バギー玉”でルフィを撃てと命じる!!
ルフィは檻に入ったままバギーから逃れていた。ナミが檻の鍵を盗んで来たが、シュシュという犬が鍵を飲み込んでしまう。町長ブードルが、ケガをしていたゾロを自分の家で寝かせ、シュシュの身の上話を話してくれた。そこへバギー一味の副船長モージが現れ・・・！
自分の町を守るため、単身バギーに敵わぬ戦いを挑もうとするブードルを、ルフィは壁に叩き付け、代わりにバギーに戦いを挑む。挑発されたバギーは怒りを込めて“特製バギー玉”を放つが・・・！？そしてバギー一味No．2の参謀長カバジの剣をゾロが受け・・・！
バギーは、海賊見習い時代、同じ船に乗っていた赤髪のシャンクスとの因縁を語る。シャンクスのせいで“バラバラの実”を食べてしまい、宝の地図も失ったという。だが、上半身だけで宙に舞い上がったバギーが、突然自分の宝を盗みだしたナミに襲い掛かり・・・！？
毎朝、海賊が攻めて来たとウソを叫び、シロップ村を走り抜けるウソップ。バギーのマークを掲げた帆を張るナミの小舟に、子どもと結成したウソップ海賊団は出動する！ パチンコを向けるウソップに「ピストル抜いたからには命賭けろよ」とルフィ…。ルフィはすぐにウソップがヤソップの息子だと見抜く。
病弱なお嬢様カヤを元気づけようと心優しいウソの冒険譚を日課にしていたウソップは、ルフィ達のせいで執事クラハドールに見つかる。奴にヤソップが海賊である事を侮辱され、屋敷から追い出される一同。落ち込むウソップがルフィと海岸で見たのは、ジャンゴとカヤの暗殺を企てるクラハドールだった！
クラハドールは、３年前に処刑されたはずのクロネコ海賊団のクロだった。明日決行される計画を知ったウソップは村へ走り、海賊が攻めて来ると叫ぶ！ だが誰も信じてくれない。カヤからは平手打ちを!! …でも大好きなシロップ村を守る為、ウソップは奴らを迎え撃ち、この件をウソにしようとする。
ウソつきが通そうとする筋を意気に感じたルフィ達は加勢する事に。ウソップは村へ入る唯一の坂道に油をまいて夜明けを待つ。だが朝になってもクロネコ海賊団は現れない。北にも上陸出来る坂道があったのだ！ 急いで向かう４人だが、ゾロは油で滑って坂の下に。ルフィは道が分からず村へ出てしまう。
やっと来たルフィとゾロに一瞬でやられた部下達を、ジャンゴは催眠術で凶暴にする！ しかしルフィにも掛かり奴らは壊滅寸前！ ジャンゴは慌ててルフィを眠らせる。飛び出す切り札ニャーバン兄弟に二刀を奪われ苦戦するゾロに、刀を取ろうとナミが走るが、ジャンゴに斬られる！ そこへクロが現れた!!
なじるクロに我慢出来ず、ニャーバン兄弟が襲い掛かる！ しかしクロの強さは健在！ この場を片付けるのに５分与えられる。必死のニャーバン兄弟だが、ナミのおかげで三刀を得たゾロに一撃で敗れる。脂肪の為生き残ったブチはジャンゴの催眠術で凶暴に！ ルフィはナミに顔を踏まれて目を覚ます。
話しに来たカヤの思い出を傷付けるクロへ、ルフィのパンチが決まる！ ところがウソップ海賊団の３人が奴に連打を浴びせ、一層クロを怒らせてしまった。カヤへ向かうジャンゴに、ウソップは３人の子分へ彼女を守れと命令を下す！ そして３年前、モーガンに偽物を捕らえさせたクロの計画が語られる…。
カヤを連れて３人が逃げ込んだ林の木を切り倒し、追い詰めるジャンゴ。３人は生きる為に戦うと決意する！ ルフィに右手の刀を折られたクロは“杓死”を放った！ 部下も無差別に斬り裂く奴の技に、仲間を大事に思うルフィは怒り、動きも捕らえる!! ついにカヤは、クロへ全財産を譲る遺書を書かされる。
ゾロとの連携でウソップの“火薬星”がジャンゴに命中！ ルフィの“ゴムゴムの鐘”にクロの計画は断たれた!! ウソップは５年間続いたウソップ海賊団を解散！ カヤはルフィ達へゴーイング・メリー号を贈り、ウソップも乗せて海へ出る。ウソップのウソには、彼の母・バンキーナの死が関わっていた。
ルフィが考えていた海賊旗のマークを、ウソップが形にしてメリー号の帆にも描く。伝説の宝島と言われる珍獣の島に麦わらの一味は上陸する。20年前に箱にハマッて取り残された海賊ガイモンに出会う。彼が見つけ守り続けて来た５つの宝箱は全てカラだった。ルフィはガイモンを仲間に誘う。
大砲の練習に沸くルフィ達の横で眠り続けるゾロ…。２話では一瞬だった、くいなとの少年時代が描かれる。道場破りのゾロの相手をしたのは、道場主コウシロウの娘くいな。彼女は強く、ゾロは修行を始める。三刀のうちの「和道一文字」は彼女の刀であり、世界一の剣豪の夢は彼女との約束であった。
殴り込んで来たジョニーはゾロの弟分の賞金稼ぎ。ウソップが大砲を命中させた岩山で、相棒のヨサクを看病していたのだ。ナミの知識でヨサクはライムを口にし回復するが、料理人の必要性を思い知り、一味は海上レストラン『バラティエ』へ行く。その日は副料理長のサンジが料理を運んでいた。
見栄を張った結果スープを粗末し、サンジに蹴り飛ばされた海軍大尉フルボディの所に、クリークの手下を逃がしたと海兵が報告する。その海兵を撃ち、現れる当人ギン。金を持たないギンはパティに殴られ追い出されるが、サンジはタダ飯を食わせてやる。それを見たルフィはサンジを仲間に誘う。
『バラティエ』にクリークが来た！ ギンに支えられ餓死寸前の奴は食わせて欲しいと懇願する。周囲の反対に構わずサンジは飯を食わせるが、息を吹き返したクリークは速攻で恩人をぶちのめす!! しかしサンジは奴の部下100人の飯を用意しようと立つ。腹を空かしてる者には食わせてやるだけと。
『バラティエ』のオーナーが伝説の海賊ゼフと知ったクリークは、“偉大なる航路”を丸一年無傷で渡った記録「航海日誌」を要求する。情報さえ手に入れば大海賊時代の頂点に立つと言う奴の前に、ルフィが出て行く！「海賊王になるのはおれだ」 怒るクリークが売った喧嘩を、ルフィは買う。
ゼフが与えた飯でクリーク海賊団が回復した所に、ミホークが奴らを追って現れる！ その直前、アーロンの手配書を見つめるナミがメリー号を奪って行く！ ルフィの為にナミを追うゾロだったが、ミホークを見て勝負を挑む!! ミホークは黒刀「夜」を抜かず、ペンダントにしていた短刀で受ける。
クリーク海賊団が攻めて来る。ルフィはゴムゴム全開で先制攻撃！ 『バラティエ』は「ヒレ」を開いて備える。出撃した海戦兵器「サバガシラ一号」をクリークは『バラティエ』へ放り投げるがサンジが蹴り守った！ パティとカルネは初めて店へ来た時を振り返り、戦う！ そこへパール登場。
ギンがゼフに銃を突き付け、サンジに船を降りるように言う。拒む無抵抗のサンジをパールが全力で攻撃する！ 意識が遠のく中、ゼフの右足を奪った９年前を思う…。伝説の海“オールブルー”を夢見るサンジがコック見習いとして働く客船オービット号に、ゼフのクック海賊団が襲撃して来た。
ルフィは『バラティエ』を沈めてクリークの目的を奪おうとする！ サンジが死ぬのが最もバカげているからだ。サンジとルフィにとどめを刺そうとするパールの盾を、ギンが鉄球トンファーで砕く！ 恩人の息の根を止めねばならぬのなら、自らの手で葬るのがケジメだと言う。サンジとギンが激突!!
クリークが猛毒ガス弾『ＭＨ５』を発射した！ ルフィとサンジを助ける為、ギンは毒を吸う。仲間を殺そうとしたクリークに怒りが爆発したルフィは、真っ正面から突っ込む!! 奴の飛び道具を避けず怯まず“剣山マント”の上からぶっ飛ばした!! クリークも“大戦槍”を振るいルフィを襲う！
“大戦槍”の刃を折ったルフィと、まだまだ全身に武器を持っているクリークの超絶バトルは続く！ 諦めないルフィのパンチの積み重ねが、遂にクリークが誇るウーツ鋼の鎧を砕いた!! “ゴムゴムの大槌”を決め、ルフィが勝つ。メリー号を奪ったナミは、涙を流し、ベルメールに話し掛けていた。
ルフィはサンジを仲間に誘うが、彼の店に残る意思は固い。しかし“オールブルー”への夢も熱かった。そんなサンジをゼフは見つめる。食堂ではコック全員がサンジのスープがまずいと一芝居。ルフィと行く事にしたサンジに、ゼフと『バラティエ』を始めた頃が甦る。それはゼフも同じだった。
サンジを仲間に引き入れたルフィは、メリー号を奪い“アーロンパーク”へ向ったナミを追う。ヨサクはルフィに、アーロンが王下七武海の一人で魚人海賊団の頭ジンベエと肩を並べる魚人だと語る。ナミは“アーロンパーク”へ到着。斬り込もうとするゾロを舟に縛るウソップとジョニーは…。
サンジのメシに誘われて出て来た魚牛モームをルフィとサンジがぶっ飛ばす！ アーロン一味から逃げるウソップは、ナミの義姉ノジコに助けられていた。“アーロンパーク”へ連れられたゾロは、アーロン一味の幹部ナミを試そうと、手足を縛られたまま海へ飛び込む！
モームに舟を曳かせルフィ達は驀進中！ ウソップはチュウに捕まる。ゾロはアーロンの留守中に“アーロンパーク”に残る一味を全て斬り、ウソップを助けようとはっちゃんに送ってもらいココヤシ村へ。戻ったアーロンは、ゾロが“海賊狩りのゾロ”であると認識する。ナミは裏切りの疑惑を払拭する為、ウソップを短剣で刺す！
やっと着いたルフィ達にゾロとジョニーが合流。ナミがウソップを殺したと言うジョニーにルフィは怒る！ するとナミが現れる。彼女を巡りゾロとサンジが一触即発！ 突然、ルフィは寝る。プリンプリン准将率いる海軍が、アーロン一味殲滅を試みるが撃沈。そこへウソップが!! ナミは自分の手を刺して逃がしていたのだ。
興味がないと散歩へ出たルフィを除くゾロ、ウソップ、サンジは、８年前のいきさつをノジコから聞く…。自分の目で見た世界地図を作るのが夢の少女ナミは、ノジコと共に、貧しいながらもベルメールに育てられていた。家出をするナミはゲンゾウから、ベルメールは元海兵で、ノジコとナミとは戦場で出会ったと知らされる。
ナミを迎える夕食の支度の煙で、村はずれのベルメールの家がアーロンに見つかる！ 独身のベルメールの“貢ぎ金”は支払い可能な１人分と判断され、事無きを得た。がしかし、血が繋がってないからこそ、ノジコとナミをいない事には出来ない。彼女は娘が２人いると言い、アーロンに撃たれる！
あと少しで１億ベリーまで来た今、アーロンと結託する海軍大佐ネズミが来て、ナミが盗んだ金品を没収すると告げる。ベルメールが残したみかん畑から出て来る、コツコツ貯めた財宝。ナミの８年間が、ふいに…。怒り向かって行くナミを止めようとしたノジコが、ネズミに撃たれる！
“アーロンパーク”に乗り込んだルフィが、アーロンを一発ぶっ飛ばす！ 続いて踏み入るサンジ、ウソップ、ゾロ。はっちゃんに呼ばれて現れたモームをつかみ、足を地面の石に突っ込んで固定したルフィは“ゴムゴムの風車”を試す！ ところがその足が抜けなくなる。アーロンは石を切り取りルフィを海へ投げ込む！
ゾロはミホークに受けた傷が深く、立っていられなくなる。サンジも魚人空手40段のクロオビの正拳＜パンチ＞を受け、飛ばされる。ルフィの足の石をゲンゾウとノジコがハンマーで砕こうとするが、浮力で出来ない。精神力で立つゾロは、ミホークに折られた二刀の代わりにヨサクとジョニーから刀を借りて、三刀流に！
ルフィを救おうと海に飛び込んだサンジは、ゲンゾウとノジコがルフィの首を伸ばして頭を水上に出し、人工呼吸をしているのを見る。安心するのも束の間、サンジはクロオビの一撃を食らう！ 水中では奴が圧倒的に有利。だが騎士道を侮辱されたサンジは、クロオビのエラに息を吹き込んで逃れ、地上へ。怒りのまま倒す！
“アーロンパーク”に現れたナミはアーロンに戻るよう選択を迫られるが、ルフィを信じ、村人の命と共に奴と最後まで戦うと決意する！ その時ルフィが息を吹き返す。ゾロが包帯を引きちぎられ傷を露わにされながらもアーロンを足止めし、サンジが海へ飛び込みルフィの石を蹴り砕く！ ルフィが自由になり、元に戻った!!
ルフィはアーロンの歯を折るが、それは何度でも生え変わる“歯＜トゥース＞ガム”。両手に持って襲い掛かって来る！ ルフィは“歯＜トゥース＞ガム”を奪って自分の口にハメてみる。咬まれたら咬み付き返す！ アーロンは海から飛び出す“鮫＜シャーク＞・ON・DARTS”を繰り出すが…。
アーロンの発言、血の染み込んだペンから、奴がナミを道具のように扱い海図を描かせて来たと、ルフィは悟る。怒ったルフィは測量室を壊し始め、それを見てナミは感謝する。居たくもない居場所は、全部ぶっ壊す!! ルフィは“ゴムゴムの斧”を振り下ろし、アーロンを沈め“アーロンパーク”を崩壊させる!!!
アーロンからの解放を喜び、島はお祭り騒ぎ！ ルフィは食べ続け、ゾロはDr.ナコーに傷の手当てをしてもらう。ナミは墓前でベルメールに報告する。そして宴はもう３日目。Dr.ナコーにナミは、アーロンの刺青を消し、新しい刺青を頼む。ノジコの刺青は、つらい戦いを一人するナミをねぎらって、入れたものだった。
麦わらの一味になったナミは、新聞から舞い落ちたルフィの手配書を見る。賞金は３千万ベリー！ 海軍本部ではジョン・ジャイアント中将が檄を飛ばし、医者を目指し始めたカヤはルフィの写真に写り込むウソップに喜ぶ。コビー、モーガン、クロ、ゼフも目にし、フルボディは捕らえようと攻め込むが…。
バラバラパーツの大部分をナミに奪われ、ルフィにオレンジの村から弾き飛ばされたバギーは、孤島にいた！ 復讐に燃えてイカダで海に出るが、小さいままでは魚や鳥にも命懸け。珍獣の島でガイモンと対決する。バギーが密漁者でなく海賊と知り、２人は酒を酌み交わし意気投合！ ところが翌朝出航早々…。
オレンジの村を追われたバギー以外のバギー一味は、バラバラパーツを回収しつつ、ビッグトップ号で逃げていた。クマテ族の島でバギーの葬式を済ませると、次期船長の座を巡りモージとカバジが一騎打ち！ 寝ぼけて一撃を放ったリッチーが船長になるが、すぐクマテ族に捕まる。
ナミは服を、ウソップは装備を、サンジは美女と食材を、ゾロはミホークに折られた二刀の代わりを求めてローグタウンへ。ルフィはゴールド・ロジャーの処刑台に向かう。海軍本部からスモーカーへルフィの情報が入り、くいなにそっくりのたしぎに驚くゾロは彼女のメガネを割ってしまう。
処刑台をよじ登るルフィを、スモーカーが逮捕しようと迫る！ ゴムゴムの技をしくじるルフィは吹っ飛んで町のはずれへ。ゾロはたしぎに連れられ海軍で掃除をして働くが、海兵に正体がバレて出て行く。武器屋でゾロは彼女にまた会い、店主のいっぽんマツから妖刀「三代鬼徹」と良業物「雪走」を譲ってもらう。
スナイパーゴーグルを少女キャロルに父の誕生日プレゼントとして先に買われたウソップは、自分が３千万ベリーの賞金首だとウソをついてすごむ。彼女の父はダディ・マスターソン。スモーカーの元同期で、銃使い最強として“東の海＜イーストブルー＞”で常識の賞金稼ぎだ。勝負にならず醜態を晒すウソップに…。
“東の海＜イーストブルー＞”?１コックになる為、評判の腕利き料理人に挑み、勝って来たカルメン。しかし『バラティエ』の副料理長こそが一番と聞き、彼女はサンジを見つけ挑戦する。市場で初めて目の当たりにした海の宝石エレファント・ホンマグロが、これから始まる年に一度の料理コンテストの賞品になるというのだ。
やっと処刑台に登ったルフィは、海賊王が最後に見た景色を眺める。そこへアルビダとバギー一味が襲い掛かる！ 海賊全員を包囲しようとするスモーカー率いる海軍が見守る中、カバジがルフィを抑え込みバギーが処刑しようとする。助けに来たゾロとサンジも間に合わず、バギーの剣が振り下ろされる瞬間…。
ナミが感じた通り嵐になったローグタウン。バギー一味とアルビダを一瞬で捕らえ、スモーカーはルフィを追う。先に戻っていたナミとウソップがメリー号を海へ出す。たしぎはゾロに挑み、スモーカーはルフィを阻む。海軍に手こずるサンジに、ウソップがメリー号を降りて加勢する。苦戦するルフィのもとには…。
麦わらの一味を救った嵐。少女アピスもそれを利用して、海軍の船から逃げ出す。打って変り晴れた海にウソップが鳥の大群を見つける。魚を期待したルフィが右腕を伸ばしてつかむと、それはアピスだった。海賊と聞いて萎縮する彼女も徐々にルフィ達と打ち解け、進路を少し変えて故郷の海軍島へ送っていく事にする。
“凪の帯＜カームベルト＞”に入ったメリー号は、超大型海王類の巣窟なのを逆手に取り、奴らのくしゃみで脱出！ 軍艦島へ着くと海軍が来ていて、長老ボクデンの家に。海軍島の民は大昔海底に沈んだロストアイランドの末裔で、“竜の巣”にセンネンリュウが住むと言われ“竜骨”は不老不死の妙薬と伝えられていた。
海軍艦隊が海軍島を封鎖した。リュウ爺をロストアイランドへ連れて行くと約束したルフィは一味と行動に移る。木を倒しリュウ爺を乗せる荷車を作ると、ウソップとゾロはメリー号を奪取して岬まで回す。“カマカマの実”の能力者だったエリックの攻撃をしのぎながら、ルフィ達はリュウ爺を乗せた荷車で一気に山を駆け降りる。
エリックはセンネンリュウを連れたメリー号を追えば“竜骨”に辿り着けると考え、つける事に。エリックが信用出来ないネルソン提督も軍艦島へ向かう。メシの大鍋をルフィが盛り上がった頭にひっくり返したショックで、リュウ爺はロストアイランドの位置を思い出す。海に現れた鏡の壁を抜けると大嵐に遭うが…。
“竜の巣”ロストアイランドと思われたその島には廃墟しか無かった。山の頂上の遺跡に描かれた天井画を見て、“竜の巣”は軍艦島にあるとリュウ爺は思い出す。その時ゾロが殺気を感じ、鯉口を切る。リュウ爺を奪うつもりのエリックだ！ ゾロが相手をし、ルフィ達はまたリュウ爺を乗せた荷車で飛び出す。
海軍の船を鎖でつないで囲む“連環の陣”で、軍艦島へ戻るメリー号を包囲し、砲撃！ ボートで近づいたエリックがリュウ爺とアピスを奪い、ネルソン提督に反旗を翻す。アピスをボートに叩き付けるエリックを、起き上がったリュウ爺はぶっ飛ばし、吼えて、翼を広げて空を飛ぶ！
沈み行くリュウ爺を引き上げようとネルソン提督が放った銛を、ルフィは受け取り投げ返す！ 突如、軍艦島の周囲の海が揺れる。最期の力で吼えるリュウ爺の呼び声に、世界中に散らばっていたセンネンリュウが群れを成して飛来！ もう一吼えしてリュウ爺は、目を閉じる。
生きていたネルソン提督を切り裂いたエリックは“竜骨”を欲し、不老不死を求める。“竜の巣”を守りたいアピスの意思を叶える為、彼女を守る事がリュウ爺との約束でもあるルフィは戦い、エリックに勝つ！ 出航したメリー号は“偉大なる航路＜グランドライン＞”を目指してリヴァース・マウンテンを登る運河に突入する！
リヴァース・マウンテンを“偉大なる航路（グランドライン）”へ向けて一気に下るメリー号の行く手を、巨大なアイランドクジラのラブーンが塞ぐ！ 船首を折ったメリー号はラブーンに丸飲みされるが、胃袋には青空が広がっていた！ 大王イカを仕留めるクロッカスが現れると、ラブーンは暴れ出し…。
ラブーンはルンバー海賊団と双子岬へ来た。世界を一周して“赤い土の大陸（レッドライン）”の裏側から、またリヴァース・マウンテンを越えて戻る間、船長のヨーキがクロッカスにラブーンを預けたのだ。しかし既に、それから50年が過ぎていた。ラブーンは仲間の帰りを信じ、レッドラインに頭をぶつける。
Mr.９とミス・ウェンズデーを乗せてウイスキーピークへ向かうメリー号は、季節・天候・海流・風向き、全てがデタラメに巡るグランドラインに翻弄される！ 何とか乗り切り、恐る恐る島へ。ところが麦わらの一味は、町長のイガラッポイを始め島民に盛大な歓迎を受ける!? だがそれは、バロックワークスの罠だった！
賞金稼ぎたちを、巧みに姿を隠しながら次々と斬って行くゾロ。ローグタウンで手に入れた「雪走」と「三代鬼徹」も試す！ ナミもお宝探しへ。ゾロはミス・マンデーも倒し、イガラッポイと名乗っていたMr.８に迫る。ミス・ウェンズデーは超カルガモのカルーを呼ぶ。するとMr.５とミス・バレンタインが出現し…。
Mr.８はアラバスタ王国護衛隊長イガラムだった。Mr.９もビビを守る。しかしMr.５とミス・バレンタインは強い！ イガラムは、ゾロにビビを無事アラバスタまで送り届けるよう頼み、ナミがその契約に乗る。ミス・マンデーも倒しビビに近づくMr.５とミス・バレンタインの前に、ゾロが契約を守り割って入る！
ルフィとゾロの勝負の邪魔だと、Mr.５とミス・バレンタインは倒される。ついに“武闘”と“剣術”が激突する瞬間、ナミが２人を殴り、戦いは止まる！ビビから“アラバスタ王国の乗っ取り”を企むバロックワークスの社長が、王下七武海の一人クロコダイルであると聞き、ルフィはビビを送り届けると承諾する。
海軍将校になる夢に向かい、コビーはシェルズタウンの基地で雑用係として張り切っていた。モーガン元大佐の息子でルフィを恨むヘルメッポもいた。罪に問われたモーガンを軍法会議に向けて海軍本部へ護送する為、中将のガープが現れる。だがモーガンはガープを斬り、ヘルメッポを人質に取って逃亡する！
モーガンを逃がしたコビーとヘルメッポは、ガープに海軍本部へ連れて行かれる。ルフィも新聞で、コビーがグランドラインへ入ったのを読む。２人はガープのゲンコツを受けながらも、昼は雑用、夜は自主的に始めた特訓を続け、過酷だが充実した日々を送る。しかしコビーがルフィと友達なのをガープに知られ…。
楽しくもたくましく航海を続ける麦わらの一味は、ビビとカルーを乗せ、グランドライン２つ目の島・リトルガーデンに着く。古代植物が生い茂る秘境に上陸をためらうナミとウソップをよそに、ルフィはカルーに乗ったビビと冒険へ出かけ、ブロントザウルスに出くわす。ここは太古の島、巨人族までもが存在するのだ！
メリー号に残るナミとウソップに酒をもらいに来た巨人はブロギー、ブラキオザウルスに飲まれたルフィを救った巨人はドリー。共に客人として一味を迎える。２人の巨人は故郷エルバフの掟に従い、100年も決闘を続けていた。“真ん中山”の噴火を合図にドリーとブロギーは激突する！
ドリーとブロギーが繰り広げる戦士達の誇り高き決闘に、ウソップは感動し憧れる！ 73466戦目も引き分け。ブロギーはナミとウソップからもらった酒をドリーに分けるが、その酒をドリーが飲んだ途端、爆発する！ 麦わらの一味を疑うドリーに、今は理屈が通じないと感じたルフィは挑みかかる。
胃袋をやられたボロボロの体のまま、ドリーはエルバフの戦士として決闘に臨む。止めようとするルフィを巨大な骨の下敷きにして…。決闘の最中、ゾロとナミがジャングルで姿を消す。押されながらも持ち堪えるドリーだが、Mr.３が“ドルドルの実”の能力で放つロウに足元を取られ、ブロギーに攻撃を決められる！
ブロギーの前にMr.３とミス・ゴールデンウィークが、ビビとウソップと身動きの取れないルフィの前にカルーを捕らえたMr.５とミス・バレンタインが姿を現す。ドリーの酒に爆弾を入れたのはMr.５の仕業だった。Mr.３はロウでブロギーを捕らえ、特大キャンドルにビビとゾロとナミをセットする！
ルフィは特大キャンドルの一部を壊すが、却ってゾロ達のロウ人形化が早まることに。“ドルドルの実”の能力を“ゴムゴムの実”の能力で凌駕し、Mr.３をブッ飛ばすルフィだが、突然３人を助けるのを拒否する。ミス・ゴールデンウィークの“カラーズトラップ”にかかったのだ。ウソップとカルーはひとまず逃げ出し…。
ウソップが火炎星で、“カラーズトラップ”のマークごとルフィの服を焼く。そこへMr.３がろうで作った“キャンドルチャンピオン”を駆り襲い来る！ ウソップは油たっぷりのスペシャルロープをカルーに持たせ、特大キャンドルとブロギーに巻き付けて点火！ 炎の中から飛び出すナミとビビは…。
改めてドリーを失った悲しみに号泣するブロギー。しかしドリーが起き上がる！ 100年の戦いでブロギーの戦斧が弱っていて、傷が浅かったのだ。一人メリー号に戻っていたサンジは、仲間に何か起きたと察し、辿り着いたMr.３のアジトで電伝虫を取る。通話相手はMr. ０だった!!
メリー号を阻む巨大金魚“島食い”に、ドリーとブロギーが風穴を開ける！ 巨兵海賊団の頭２人の狩り勝負が、100年に渡り、この先も続くであろう勝負の発端であった…。Mr.２・ボン・クレーがMr.３の抹殺指令を受けた頃、突然ナミが高熱を出して倒れる!! 医者を探しに、メリー号は舵を切る。
雪の中を行くメリー号は、海面に立つチェスを見つける！ そこへ“大型潜水奇襲帆船”ブリキング号が浮上!! ドラム王国を目指すワポル率いるブリキング海賊団に襲われる。“バクバクの実”の能力でメリー号を食べるワポルを、ルフィは吹き飛ばす!! その数日前、スモーカーはサンジとMr.０の会話を傍受する。
島民にメリー号は包囲され、ビビが左腕を撃たれる！ 怒るルフィをビビは止め、医者の紹介を頼み込む。護衛団団長のドルトンはルフィ達を村ビッグホーンへ。サンジとカルーがメリー号に残る。島唯一の医者くれはは一番高いドラムロッキーの頂上にある城に住む。ナミを背負いルフィは、サンジと共に城を目指す！
ルフィ達を大型うさぎラパーンの群れが襲う！ ドラム島を発見し、迫るワポル。くれははとなり町ココアウィードへ降りていて少年を治療。その傍らにチョッパーはいた。メリー号に残るゾロは寒中水泳、カルーも飛び込む。ドルトンはこの島に医者がいないのは、ワポルの悪政の為と語り…。
ラパーンの群れが雪崩を起こす！ ビッグホーンを占拠するワポルに挑むドルトンが、“ウシウシの実”の能力でバイソンに姿を変えて戦う！ だがチェスが島民に放った矢をかばって受け、倒れる。そこへ雪崩が押し寄せて、全てを流す!! 木を使って雪に乗り、ラパーンをしのいだルフィは、親ラパーンを助ける。
ワポルを無視して城へ向かうルフィを、チェスとクロマーリモが襲う。それを阻んだのは、ラパーンだった。ルフィはナミを背負いサンジをくわえて、ほぼ垂直のドラムロッキーを登る！ 雪崩から逃れたビビは、ウソップを起こしゾロと会う。ラパーンはワポルに倒され、ビッグホーンに戻ってしまったビビたちは…。
治療を受けたナミはチョッパーと出会う。病気の原因は、リトルガーデンで刺されたケスチアというダニだった。サンジの骨折もチョッパーが手術。気が付いたルフィとサンジは、チョッパーを食おうと追いかけ回す！ 一方、雪に埋まるドルトンの心臓は止まっていて…。チョッパーは、“ヒトヒトの実”を食べたトナカイだった。
ルフィはチョッパーを気に入り、今度は仲間にしようとして追いかけ回す！ チョッパーの心を開いたヒルルクの事を、くれははナミとサンジに話し始める…。ワポルの“医者狩り”に追われながら、ヒルルクは病人を無償で診ていた。しかし彼は、病人が命の危険を感じて逃げ出す程のやぶ医者だったのだ。
不治の病だったヒルルクが残り10日の命と知ったチョッパーは、アミウダケを万能薬と信じて採って来る。ヒルルクはキズだらけで戻ったチョッパーを受け入れ、アミウダケのスープを飲む。すると30年続けた“冬島”に桜を咲かせる研究が成功。ヒルルクはくれはにそれを託し、チョッパーに医術を教えてほしいと頼む。
城に登って来たワポルを、ルフィは飛び出して殴り飛ばす！ くれははワポルに言う、この城にヒルルクの海賊旗をかかげて彼の墓にしたと。それはチョッパーの願いだった。だが、ルフィがジャケットを取りに行った隙に、チョッパーがワポルに食われてしまう！ サンジは戻って来たルフィを…。
ヒルルクの海賊旗を掲げたまま、ワポルの砲撃を耐え抜くルフィ。ヒルルクの事は知らなくても、海賊旗をかかげた者の思いを尊重する姿に、チョッパーは海賊とは何かということを実感する！ その頃、ビッグホーンでは、ワポル専属の医療団イッシー20がドルトンを救おうとしていた。
城に入ったワポルはナミを捕まえるが、ルフィに見つかり蹴飛ばされる。武器を食べて人間兵器に変わろうとするも、武器庫の鍵は既にナミの手の中にあった。息を吹き返したドルトンは、島民とロープウェイで城へ。ゾロ、ウソップ、ビビも一緒だ。ルフィに追い詰められ、追いつめられたワポルは…。
ナミは武器庫の鍵と引き換えに、くれはから治療代の帳消しと退院許可を得る。ルフィの真っ直ぐな想いがチョッパーの心を開き、彼は仲間になることに。くれはに反対され追いかけられるチョッパーは、ソリを引き、麦わらの一味とビビを乗せて駆けてゆく。くれはは武器庫から大砲を出し…。
“ヒルルクの桜”に見送られ、メリー号ではチョッパーの乗船を祝う大宴会が開かれていた。自分の医療道具がそりに積まれていたのを知り、チョッパーはくれはの愛情を感じる。 “世界会議（レヴエリー）”で10歳のビビに会っていたのを思うドルトンは、エースが“黒ひげ”ティーチを追って上陸していたと報告を受ける。
アラバスタの港町ナノハナで暴れる海賊を、クロコダイルは砂嵐を巻き起こし干からびさせた！ 国王コブラも感謝する英雄、“王下七武海”表の仕事だ。メリー号はホットスポットに突入し、緑の蒸気の中でボン・クレーを釣り上げる。ボン・クレーは、助けられた礼に“マネマネの実”の能力を披露する。
アラバスタの港町・ナノハナに着くなり、ルフィはメシ屋へ駆け出していった。反乱軍の拠点であるユバへ行って、暴動を止めたいビビ。彼女のために、サンジとチョッパーが砂漠を渡るための物資を買いに出る。香水と熱さとでダウンしたチョッパーは、反乱軍の荷車に乗ってしまい…。
ルフィを探す麦わらの一味。同じく彼を捜していた火拳のエースは、たしぎとスモーカーを目撃。レストラン「spice bean」で騒ぎを起こしたところに、スモーカーが現れる。そこに飛び込み、二人を店の外に飛ばしたのはルフィだった！ スモーカーに追われるルフィは一味を見つけ合流、今度はエースに助けられる。
エースがスモーカーを阻み、自然（ロギア）系の能力が激突して渦巻く！ メリー号は買いこんだ物資を積んでエルマルへ…が、ルフィの姿がまたも見えない。路地裏で再会した義兄弟は、腕相撲で勝負。昔話にも花を咲かす。弟ルフィは、エースの「白ひげ海賊団」への誘いを断り、海賊王になるため白ひげと戦うと宣言する。
サンドラ河を上ってエルマルへ行く途中、ビビはカルーに、父である国王コブラへの手紙を託す。手紙を持ち、首都アルバーナへと走るカルー。一方、エースはクロコダイルの国取りに裏があると読んでいた。ルフィはダンスパウダーを使ってコブラを陥れたクロコダイルの策略を知り、怒りを燃え上がらせる。
ユバを目指し、砂漠を行く麦わらの一味、ビビ、エース。途中、ルフィがワルサギにダマされ、３日分の物資の全てを盗まれてしまう。しかも、巨大な肉食の植物が！ ルフィは食われそうなラクダを救出。それはカトレアでチョッパーを逃がしたラクダで、ナミは「マツゲ」と名前を付ける。
マツゲに乗って先へ行くナミとビビを追って、歩く一味。ルフィが幻覚剤の原料メスカルサボテンを食べて暴れる中、エースだけがはぐれてしまう。砂族バルバル団の砂族船のメインマストをルフィが折ってしまったため、一行はメリアスへ材木を取りに行くことに。ルフィとビビ、砂族のザバとラサは砂ぞりで出発するが…。
水が手に入るとバルバロッサに教えられた「イド」には、弱いカミュたちが反乱軍を騙って巣食っていた。そこへ現れたエースは水と食料をもらい、麦わらの一味と合流。ニセ反乱軍の存在を知ったビビは、カミュたちに村を護る気持ちがあるか確かめようと、「イド」をルフィ達に襲わせる。
砂漠を行く麦わらの一味、ビビ、エース。ビビとコーザ、二人は幼馴染みだった。コーザは“砂砂団”を組織するリーダー、ビビは副リーダーとして互いを認めていたのだ。チンピラの“砂商団”アゴトギがビビを誘拐しようとした時に、命懸けで彼女を守ったコーザは顔を斬られてしまったのだ。
エースを狙う賞金稼ぎ・スコーピオン。スコーピオンを探す彼の息子・ディップとチップ。実はエース自身も、ユバで黒ひげを倒したと言うスコーピオンに会いたがっていた。エースの前に現れて挑みかかるスコーピオンだが、“黒ひげ”を倒したのは全くの嘘だった。陽炎立つ地での決闘の結末は…。
ルフィがまたも幻覚を見て大暴れ！ 素手で止めようとしたゾロと熱さでやられたチョッパーも加え、一行からはぐれてしまう。地下の古代遺跡に落ち、「歴史の本文（ポーネグリフ）」を見たり空を飛んだり…ゾロとチョッパーは仲間について話し合い、ビビは国のかたちについて思いを巡らせる。
ナミがビブルカードを、ルフィの麦わら帽子のリボンの裏に縫い付ける。その頃、スパイダーズカフェにオフィサーエージェントが集結。クロコダイルが待つレインベースへ向かう。麦わらの一味とビビがようやく着いたユバは、エルマルと変わらない枯れた町。トトが１人、オアシスを掘っていた…。
ユバの宿で眠る麦わらの一味とビビ。レインベースのカジノ・レインディナーズでは、クロコダイルによってユートピア作戦が発令されていた。決行は明日の12時。そこにMr.3が現れ、麦わらの一味とビビが生存していると告げる。クロコダイルは、ビビとコーザの再会阻止を厳命する。
ビビはカトレアからレインべースへ行く先を変更。アルバーナにはカルーが着き、敵がクロコダイルと知ったコブラは、軍をレインべースへと向ける。麦わらの一味はレインべースに着くとすぐに、待っていたスモーカーに追われ、バロックワークスにも見つかってしまう。だが、覚悟を決めるとレインディナーズに突入する！
ルフィと合流したゾロ、ナミ、ウソップは、レインディナーズの中でもスモーカーに追われる。そのままVIPルームへ通されると海楼石で作られた檻の中へ！ クロコダイルが現れ、ミス・オールサンデーがペルを倒してビビを連れて来る。時は12時を回った。恐るべきユートピア作戦が発動する！
国王がアルバーナ宮殿から消えた！ ボン・クレーがコブラに化けてナノハナに現れ、ダンスパウダーで三年間の雨を奪っていたと言う。駆け付けたコーザは撃たれ、Mr.1とミス・ダブルフィンガーが巨大船を町に突っ込ませて火を放つ！ コーザはアルバーナへの総攻撃を決意、チャカは迎え撃つよう命じる！
コーザ率いる反乱軍がアルバーナに着くのは、明日の夜明け。クロコダイルも檻の鍵をバナナワニに食わせてアルバーナへ発とうとする。水没し始める部屋。そこへサンジが子電伝虫を鳴らす！“Mr.プリンス”と名乗り、自分はレインディナーズの正面にいると。サンジはクロコダイルを外へ出し、ビビと再会する！
チョッパーがMr.プリンスを名乗って町へ逃げ、クロコダイルをおびき寄せる。その隙にサンジは、スモーカーが指示したバナナワニにキック。口から出たのはMr.3と鍵だった！ 鍵を投げるMr.3。本物の鍵はまだクロコダイルの手の中。しかしウソップの発案で、サンジはMr.3に鍵を作らせることに。そして…。
チョッパーが用意したヒッコシクラブに乗って、麦わらの一味とビビはアルバーナへ。だが、突然クロコダイルの鉤爪がビビを捕らえる！ ルフィはビビを逃がして先へ急がせ、その場に残って対決。砂になってルフィに殴らせないクロコダイルは、ユバに向けてとどめの砂嵐を発生させる！
トトにもらった水で濡れたクロコダイルの左腕を掴むルフィだが、流砂へ放り込まれてしまう。ナミの踊り娘姿に加速するヒッコシクラブと、サンドラマレナマズを倒すクンフージュゴンに助けられ、サンドラ河を渡るビビ達を迎えたのは、カルー率いる超カルガモ部隊だった。砂に沈んだルフィを救ったのは…。
コーザ率いる反乱軍とチャカが指揮する国王軍は激突間近。ビビ抹殺を狙うオフィサーエージェントの前に、超カルガモに乗ったビビらしき者が、何と6人も現れる！ その中の本物は、カルーと反乱軍の前へ。しかし、国王軍内部に潜入していたバロックワークスが発砲！ ビビの声はコーザに届かず、両軍は激突を始める。
ボン・クレーを逃がしたウソップに、サンジはチョッパーを助けるよう指示し、ビビのもとへ走る。ビビを乗せて飛び、ボン・クレーから逃げるも力尽きるカルーを、超カルガモのイワンＸとカウボーイが救う。ここからはサンジの出番！ 一方、Mr.1とミス・ダブルフィンガーは、ナミを標的に定める。
苦戦中のウソップとチョッパー。モグモグの実のモグラ人間であるミス・メリークリスマスが砂漠に掘るトンネルを駆使。イヌイヌの実の銃ラッスーが野球のボール型の時限爆弾を撃ち出し、それをMr.4が4tバットで打ってくるのだ。ミス・メリークリスマスは、ルフィはクロコダイルに殺されたと言うが…。
ミス・メリークリスマスに高速移動させられるウソップの顔面を、Mr.4が4ｔバットでカッ飛ばす！ それでも立ち上がるウソップ。チョッパーとの連携で、4ｔバットにミス・メリークリスマスの顔面を打たせる。Mr.4にも必殺ウソッチョハンマー彗星が決まり、見事に勝利！ 一方、ボン・クレーに対するサンジは…。
ウソップがチョッパーの治療を終えた頃、スパスパの実の刃物人間Mr.１はゾロに、ミス・ダブルフィンガーはナミに狙いを定めていた。サンジは、ナミの姿ではバレエ拳法を使えないというマネマネの実の弱点を見抜き、ボン・クレーに対して勝機を掴む。宮殿では爆破される寸前、ビビの前にクロコダイルが現れ…。
ミス・ダブルフィンガーのトゲトゲの実の能力に右肩を貫かれたナミは、ウソップ作の新兵器・天候棒（クリマ・タクト）を振るう。宴会芸しか放てず説明書を読む隙に、頭から胸への中心線を貫かれるナミ。その頃、宮殿では、クロコダイルがコブラに「プルトン」のありかを訊ねていた。
「プルトン」がアラバスタに実在するか定かでないと答えるコブラ。クロコダイルは両軍が戦う宮前広場に、30分後の午後４時半、砲弾を撃ち込むと言う。それならば、歴史の本文（ポーネグリフ）が記された場所はどこか？…案内を承諾するコブラ。一方、クリマ・タクトを使いこなし始めたナミは…。
刀の硬度を持つ体のMr.1を、ゾロは斬る事が出来ない。追いつめられたゾロの脳裏に、師匠の語った「何も斬らないが鉄でも斬れる」剣士の話がよぎる。Mr.1に散々斬られるも、ゾロは全ての物に呼吸がある事を感じ、鉄の呼吸に耳を済ます。くいなから譲り受けた、和道一文字１本が走る！
エリート護衛団ツメゲリ部隊の４人が、さらにチャカが、次々にクロコダイルに挑むも歯が立たない。宮前広場爆破25分前。宮殿に着いたコーザは、全ての黒幕がクロコダイルだと知る。国王軍はビビの命令で白旗を掲げ、その中央に立つコーザが反乱軍を鎮める。しかし国王軍に潜入していたバロックワークスがコーザを撃つ！
大浴場に医療室、釣った魚を見られる水槽まである！ ルフィたちは、サニー号での航海を満喫する。そこへ現れた難破船。チョッパーの手当て、サンジのメシで、船員達は元気を取り戻す。隊長のスタンセンお礼にと酒をくれたのだが、それには麻酔薬が仕込まれていた！
サニー号には「ソルジャードックシステム」が搭載されている！ まずはチャンネル「０」の発動。するとサニー号は外輪船に変形し、海軍による包囲網を一気に突破する。だがこれは、賞金稼ぎアッチーノ・ファミリーによる罠だった。サニー号は、抜け出せない氷山地帯に追い込まれてしまい…。
“不死鳥のパズール”率いるフェニックス海賊団は、新世界で傷つき退却したところをアッチーノ・ファミリーに襲われ、海賊旗を奪われていた。傷の癒えた船長パズールに再起を望む船員達だが、彼は海賊をやめ、賞金稼ぎの一味になると言い出す。
氷に閉ざされた海・氷街道！ ナミとフランキーは、動く氷山の謎を探るため、シャークサブマージ３号で海中へ向かう。氷山を動かしていたのは、何とドウモウペンギンの群れ！ ドウモウペンギンの性質はものすごく獰猛だ！ 必死で逃げるナミ達だが、仲間と完全にはぐれてしまう！
バラバラになった麦わらの一味に、アッチーノファミリーが襲いかかる！ フランキーvsホッケラ、サンジとウソップvsアルベルとサルコーの夫妻、そしてルフィvsブリンドの激闘が始まった！ 一方、サニー号に残るロビンの前には、幼いリルが現れ…。
シャーク号ごと氷漬けにされたナミとフランキーは、敵の根城ラブリーランドへ連行されてしまう。サンジとウソップも極寒の海に落ち、凍りついたうえに捕まってしまった！ 捕らえたブリンドの案内でラブリーランドへ向かうルフィたちは、カンパチーノの襲撃を受け…。
アツアツの実の能力者である、ドン・アッチーノと戦うゾロ。アッチーノ触れたものを何でも溶かしてしまう！ 三十六煩悩鳳を放つが、逆に熱風に吹き飛ばされるゾロ。反撃しようとした瞬間、床のワナが口を開け、ナミたちが捕らわれている地下室に落ちてしまう！
ラブリーランドに着いたルフィたちに、アッチーノ・ファミリーが総出で襲いかかってくる！ 氷漬けにしようとするホッケラに、チョッパーは毛皮強化で対抗。地下室から脱出したナミ、ウソップ、サンジ、フランキーも駆けつけてくる。さあ、反撃開始だ！
怒りでどんどん熱くなるドン・アッチーノの体に、触れることも出来ないルフィだったが、氷の塊を使ってゴムゴムのバズーカを炸裂させる！ 復活した不死鳥のパズールは、カンパチーノを倒し、チョッパー、ジローとともに海賊旗奪還へ向かう！
１万℃を超えるドン・アッチーノの熱で、氷が溶け、海底火山まで活発化し始めた。氷山の下の溶岩の海で、ルフィVSドン・アッチーノの最後の決戦が繰り広げられる！ 海賊を馬鹿にするアッチーノに、ルフィの怒りはヒートアップ。必殺の100万℃バズーカが炸裂する！
悪の科学者であるDr.ウソダバダは、部下のくせに態度がでかいサンジロプスやゾロギラーの代わりに、ＴＶ番組で優秀な人材を募集することを思いつき、ＴＶ局を襲って占拠する。一方、チョッパーマンの秘密基地では依頼の電話が来ないことで、家計に危機が訪れていた。
サニー号で楽しく航海するルフィたちは、「流し樽」を見つける。お供えの酒が入っていると思って開けると、中から真っ赤な光が打ち上がった！ まさか、発光弾!? 一同が敵船を警戒する中、突然の大嵐が襲ってくる。何とか乗り越えたものの、いつの間にか、「魔の三角地帯」に迷い込んでいた！
噂の通りに現れたゴーストシップ。その船に乗っていたのは、生きたガイコツ・ブルックだった。紳士で陽気でちょっとヘンな彼を、ルフィは気に入って仲間にしてしまう。サニー号に正体されてディナーの席に着くと、二人はますます意気投合。ブルックは、自分は「ヨミヨミの実」の能力者だと話し始める。
海をさまようゴーストアイランドこと「スリラーバーク」に、サニー号は閉じ込められてしまった。そうと知るやブルックは、ルフィたちに脱出するよう忠告し、海の上を走ってスリラーバークへと一直線！ ナミたちは忠告を守ろうとするが、ルフィは上陸する気満々だった！
スリラーバークに行く気がなく、ミニメリー２号に乗って浮かれていたナミ、ウソップ、チョッパーの方が、先に上陸してしまった！ しかも、ケルベロスに追われ霧深い不気味な森へ入り込んだところに、ヒルドンから声をかけられ、馬車でドクトル・ホグバックの屋敷へ招待される。
屋敷に着いたナミ達に、ホグバックは死者の蘇生を研究していると語る。尊敬のまなざしで見つめるチョッパー。ところが、シャワーを浴びるナミには、何者かが獣のうなり声をあげて襲いかかり、体の自由を奪って口をふさぐ！ 「貴様…おいらの花嫁になれ！」
ナミが感じた通り、ホグバックの屋敷はゾンビ達であふれかえっていた！ 飾ってある絵も剥製も敷物も、みんなしゃべり出して襲いかかって来る！ 逃げるナミは、使用人であるシンドリーの写真が壁一面に飾られた部屋へと行き着く。何と彼女は、10年も前に事故で死んでいた！
いち早くスリラーバークに上陸したナミ、ウソップ、チョッパーを追う、ルフィ、ゾロ、サンジ、ロビン、フランキー。とてつもなく強い彼らは、墓場の地中から現れたゾンビを一瞬のうちに倒す。するとルフィに声をかける者が…こちらはゾンビではなく、大けがを負った老人だった。
ナミ達は、絶対に覗くなと釘をさされていたホグバックの研究室を、とうとう覗いてしまう。すると、サムライ・リューマに部屋の中に放り込まれてしまった。「ヨホホ！」と笑うリューマは、スカルジョークならぬミイラジョークを飛ばし、ナミに「パンツ見せてもらってもよろしいですか？」と聞く。
真夜中０時の鐘が鳴った。「夜討ち」の始まりだ！ アブサロムが将軍ゾンビとともに、ルフィ達を討ち取れと命じる。戦いに向かう者の中には、アブサロムに激しく求婚するイボイノシシのゾンビ・ローラがいた。しかし、アブサロムがナミと結婚すると言い出すと、ローラはナミを抹殺しようと…。
びっくりゾンビをあっさり倒したルフィたちだが、いつの間にかサンジ、そしてゾロまでも姿を消していた！ 原因がわからぬままロビンとフランキーとの三人になったルフィの前に、倒れても倒れても立ち上がってくる将軍ゾンビが現れる！
サンジによく似た性格の犬ペンギンがナミを守り、ゾロそっくりの技を使う剣士がルフィを襲う！ ロビンとフランキーの行く手をふさぐのは、巨大なスパイダーモンキーのタララン。そしてナミには、アブサロム絡みの嫉妬の炎を燃やすローラが、猛突進をかけてくる！
ついにナミを追い詰めたローラ。二本の刀がナミのナイスバディに突き刺さろうとした瞬間…「私、実は男なんだぜ！」というとんでもない嘘を、ローラは真に受けて、刀を持つ手をギリギリで止めた。一方、捕まったルフィは棺桶から出され、モリアの手にかかろうとしていて…。
ブルックがタラランに「鼻唄三丁矢筈斬り」を決める！ だが、ゾンビならばすぐに蘇ってしまうのでは…。対処をしたと言うブルック。するとタラランの口から、黒い何かが天に抜けていった。あれがゾンビの魂だろうか？ 五年前にスリラーバークをめちゃくちゃにした男・ブルックが、ゾンビの謎を明かす！
ルフィの影がモリアに切り取られた！ ペローナに使えるクマシーの中に潜む、ナミとウソップ、チョッパーも、その様子を目撃する。ホグバックが力を尽くして造り上げていた“没人形”900号にルフィの影を入れると、史上最強のゾンビが誕生してしまう！ 一同は900号の眠る特別冷凍室へ向かう。
震えるだけのナミ達に、なすすべは無かった。500年前に生き、歴史上で唯一“魔人”と呼ばれた狂戦士オーズから作った900号に、モリアはルフィの影を入れる。グラグラと揺れ、表面を覆う氷を落としながら、ついにオーズが蘇った！ 悲鳴を上げてしまったナミ達は、アブサロムに追われる！
剣豪リューマに挑むブルック。この戦い、実は初めてではなかった。ゾンビの弱点が塩であると知った５年前に、ブルックはゾンビ達を浄化していき、自分の影を持つリューマにたどり着いたのだ。しかし肉体のレベルは決定的にリューマの方が上。かなわないブルックは、アフロを切られそうになり…。
サニー号に戻るフランキー、ロビン、ウソップ、チョッパー。そこには予想通り、影を取られたルフィ、ゾロ、サンジが運ばれていた。アブサロムにさらわれて眠るナミは、ウェディングドレスに着替えさせられる。ルフィ達はナミと影を取り返す作戦を練る。助けてくれたブルックは…。
ブルックがアフロを守る理由。それは50年前に再開を固く誓った、同じ海賊団の仲間のためだった。その仲間とはクジラのラブーン。ラブーンならルフィ達も知っている。グランドラインへと漕ぎ出す前に出会っていたからだ。ルフィ達とラブーンの出会いと対決、そして別れがまざまざと甦る！
ルフィ、ゾロ、サンジの影を取り戻す…まずはそのゾンビをどう探すか。しかしルフィは、そんなことは気にしない。モリアを倒せば、全員の影が戻るからだ。言われてみればその通り！ ナミ救出に燃え上がるサンジ。フランキーとゾロは心配なブルックのもとへ。朝日が射し体が消滅する、夜明けまでがタイムリミットだ！
ルフィとチョッパーとロビンは、ルフィが影を取られたモリアのダンスホールへ。そこにはホグバックとシンドリーがいた。ルフィはホグバックをぶっ飛ばそうとするが、チョッパーが止める。こいつは俺に任せてくれないか？と。進むルフィは、その奥の特別冷凍室でモリアと再会する。
“ホロホロの実”の能力者であるペローナの生み出すゴーストも、相手の心を虚ろにするネガティブ・ホロウも、ウソップには通用しなかった。「おれはもとからネガティブだあ!!!」と、意気上がるウソップ。先へと急ぐサンジ、フランキー、ゾロ。しかしウソップは、周囲の動物ゾンビを倒す自信はなく…。
モリアをぶっ飛ばしても影は抜けない。「主人のもとへ帰れ」と、命令させなければならないのだ。ルフィを前に寝ころんだまま、余裕しゃくしゃくのモリア。なぜなら彼には、影法師（ドッペルマン）がいた。ルフィの攻撃を全て受け止め、反撃を仕掛けてくる！ ルフィはモリアに触れることさえ出来ない。
ナミを取り返し、“スケスケ”の能力者アブサロムを蹴り飛ばすサンジ。それでも怒りは燃え上がるばかり。アブサロムとは初対面だが因縁があると言う。サンジがただ一つ憧れていた悪魔の実“スケスケの実”が、アブサロムのせいで、もうこの世には存在しなくなってしまったからだ！
影法師を倒す手立てが見つからず、ルフィの苦戦は続く。一方のウソップは、動物ゾンビを倒し、残るはペローナと追いかけるが、窓の先に見つけた彼女は、何と空中に浮いていた！ 振り返ると、巨大ペローナが迫ってきている。宙を舞い狙撃をかわす彼女は、ウソップの胸に両手を突っ込み…。
宙を舞い巨大にもなるペローナは本体ではないと、ウソップは見破る。幽体離脱して脱け殻になっている本体に攻撃を仕掛けるのだ！ 必殺の“大爆発星”が炸裂するが…外した!? その頃チョッパーとロビンは、犬ペンギンとジゴロウに追いかけられていた。絶体絶命のピンチに現れたのは…。
ホグバック研究所の屋根が斬られて落ちる。それと共にゾロも降ってきた！ 青い炎に包まれ倒れるゾロを、見下ろしているリューマ。ずっとそばにいたブルックとフランキーも、何が起こったのか分からない。もう決着がついたのか…？ 今から５分前、ゾロとリューマは刀を交え始めたのだが…。
チョッパーとロビンを取り押さえる、犬ペンギンとジゴロウ。彼らはもう、完全にホグバックのしもべになってしまった…。命をもてあそぶかのようなホグバックに、チョッパーは激怒。するとホグバックは、シンドリーとの過去を話し始める。そして、そのシンドリーにチョッパーとロビンの抹殺を命じる！
ルフィの影が“没人形”になじんたオーズは、モリアが主人だと自覚する。最初の任務は、麦わらの一味をぶっつぶすこと！ 左腕に貼られたそれぞれの手配書と見くらべ、早速モリアのそばにいたルフィを見つけて攻撃する！ すると建物が崩れ、ホグバックと戦うチョッパーとロビンの所へ…！
チョッパーとロビンに合流したウソップに、リューマと戦った塔の上から、フランキーやブルックと一緒にいるゾロが呼びかけてくる。一同がオーズから身をひそめる中、アブサロムにさらわれたナミを追うサンジが、オーズの巨体と真正面からにらみ合う！ オーズは手配書からサンジを見分け…。
サンジだけでなくウソップ達やゾロ達も、オーズに叩きのめされてしまった！ 手配書と見くらべ、残る目標を探しに出て行くオーズ。ここにはいないルフィとナミ、ウソップと同一人物だとはわからなかったソゲキングだ。その頃、アブサロムの結婚式で、誓いのキスを受ける直前にナミは目を覚ました！
超巨体のオーズを一丁投げ飛ばそうと、ゾロは秘策を提案。サンジ、ロビン、フランキー、チョッパーは作戦に乗る。ビビるウソップ。そこにオーズは、ルフィも使わない“ゴムゴムの尻もち”を放った！ 一味はフランキーを核に合体して対抗しようとするが、ロビンが「人として恥ずかしい」として合体を拒み…。
オーズから１ダウンを奪ったゾロ達。フランキーは懲りずに合体を望むが、ロビンは相変わらず断固拒否。やむなく６体合体をあきらめ、ウソップにチョッパーを加えた３体合体でオーズへ突進していく！ その頃、ペローナはスリラーバークの宝をサニー号に積んで出て行こうとしていたが…。
ゾロはオーズに真っ向から挑んで行く。リューマを倒して手にした名刀・秋水を試すのに絶好の機会だ！ 一方、突然姿を現したバーソロミュー・くまは、モリアと面会していた。くまはルフィに倒されたクロコダイルの後釜として、“黒ひげ”マーシャル・Ｄ・ティーチが王下七武海に入ると告げる。
自分では手を下さずに海賊王を目指していたモリアが、ルフィを倒すためについに出撃、オーズの腹部に作らせておいたコクピットに乗り込む！ ルフィを欠く麦わらの一味だが、凄まじい勢いで連係攻撃。だが、まるで動じないオーズは、影であるルフィゆずりの“ゴムゴムの銃”を放つ！
オーズは次々に、本当に体を伸ばしながらゴムゴムの技を放ってくる！ それはモリアの分身である影法師の“影革命”によるものだった。動きを封じようと、ロビンは“ハナハナの実”の能力でモリアをクラッチする。ところがモリアは影法師と瞬時に入れ替わってかわし、ロビンの影を切り取ってしまう！
サンジとチョッパーもオーズの前に倒れ、残るはゾロ、ナミ、ウソップの三人。ゾロも敗れるが、その隙に、ウソップはゾンビの弱点である塩の詰まった袋を、オーズの口に撃ち込む。ところが、またしても影法師が活躍し、塩の袋を取り出してしまう。そこへ、“ナイトメア・ルフィ”が現れる！
ナイトメア・ルフィは、乗っていたモリアごとオーズを倒す。ルフィに入れていた100人分の影は抜け、元の姿に戻る。モリアに奪われた影を取り戻すには、「本来の主人のもとへ帰れ」と、影に命令させなければならない。日の出が迫る中、モリアを叩き起こして力ずくでも言わせようとするが…。
麦わらの一味の連続攻撃で、今度こそオーズは倒れるが、モリアは“影の集合地”で1000体分の影を取り込んでパワーアップした！ 朝日が射し始める中でも、ローラは逃げ出さずに立ったまま。なぜなら麦わらの一味も、勝負を捨てずに立っているからだ！ そのローラの頭が、朝日を受けて燃え始め…。
倒したモリアの口から、全ての影が吹き上がる！ しかし体に戻る前に朝日が昇り、影を奪われているルフィ、サンジ、ロビン、ローラは頭から燃えていく！ 影は…影は間一髪で戻っていた！ ローリング海賊団にも、シンドリーの影の主であるマルガリータにも。ところがそこに、くまが現れる。
モリアを倒し、影を取り戻した麦わらの一味とローリング海賊団の前に現れたくま。彼は“ニキュニキュの実”を食べた肉球人間だった！ 掌にある肉球で、ゾロの斬撃も、ウソップの“火の鳥星”も、すべてを弾き飛ばしてしまうのだ！ しかも頭は、蹴ったサンジが脚を痛めるほど硬い！
肉球で圧縮した大気を放つ“熊の衝撃”で、くまは全てを吹き飛ばしてしまう。横になったままのルフィに、無表情で迫るくま。そこにゾロが飛び込み、左肩めがけて斬りつけた！ ところが…驚愕の表情を浮かべるゾロ。何と傷口からは機械が覗き、くまは口からビームを放ったのだ！
くまはゾロにルフィのダメージを移して去り、モリアはホグバックとアブサロムに小舟に乗せられ、スリラーバークを脱出した。奪われた影を取り戻したことと勝利を祝って、ルフィたちは宴の準備！ そこにローリング海賊団のリスキー兄弟が現れ、くまがしたことの一部始終を見たと言い出す。
勝利の宴の席で、ルフィからクジラのラブーンの健在を知り、ブルックは号泣する。まだラブーンが小さかった頃、ブルックが生身の人間だった頃の想い出が、まざまざと甦ってくる…。ブルックはかつて、ヨーキの率いるルンバー海賊団に所属。音楽を通して、ラブーンと心通じ合っていたのだ。
ラブーンと再会を誓い、ルンバー海賊団は旅立った。しかし全滅し、“ヨミヨミの実”で蘇ったブルックだけが、骨だけになってひとり寂しく生き続けていたのだ。ブルックは、海賊団全滅の直前に、「ビンクスの酒」の唄をラブーンに聞かせようと録音していた。それは、仲間達の最後の大合唱だった…。
生きているからこそ、今日という日を迎えることが出来る。生きていればきっと、またいつの日か、ラブーンと再会出来る時も来るだろう。「生きててよかったあ！」と、心の底から叫ぶブルック。同じ頃、ラブーンも人知れず目を閉じて、水平線の果てまで届けと鳴き声を轟かせていた！
スリラーバークを出た麦わらの一味は、ドランが支配人を務めるリゾート船のスパアイランド号で羽根を伸ばしていた。そこへかつて一味にデービーバックファイトを挑んできた、フォクシーが現れた！
フォクシーの狙いは、宝石を作る発明が書かれた手帳を持つサヨとリナの姉妹。黒幕だったドランはサヨをさらう。「この船ブッ壊すか」。ルフィに賛同した一味の技が、スパアイランド号に炸裂する！
ウォーターセブンを出る時から記録指針（ログポース）が指していた、海底の楽園・魚人島にサニー号は進む。数々の冒険が記された航海日誌を読んだブルックは、麦わらの一味にふさわしい男になろうと気負う。
遊蛇海流を切り抜けたサニー号は、赤い土の大陸（レッドライン）の前に着く。一味は世界を半周したのだ！ 記録指針が真下を指したまま動かないため、サブマージ３号で深海を探るが、魚人島への進路は分からず…。
深海から上がって来た海兎の口から飛び出した、人魚のケイミーとヒトデのパッパグ。ルフィたちは魚人島から来た二人に行き方を教えてもらう代わりに、囚われた彼女達の友人・はっちんの救出に乗り出す。
はっちんが囚われているトビウオライダーズのアジトへ、サニー号は急ぐ。艦の中にいたはっちんは、アーロン一味だったはっちゃんのことだった！ 麦わらの一味が救出を止めたため、ケイミーとパッパグは海へ飛び込む。
ナミがはっちゃんを許し、麦わらの一味と「トビウオライダーズ」は全面衝突！ ゾロが艦を斬り、はっちゃんは自由に。ルフィは、ヘッドのデュバルの部屋に突入し、鉄仮面に隠された素顔を見る。
サンジの似てない似顔絵の手配書にそっくりなデュバルを、サンジは蹴る！ 海軍本部や賞金稼ぎに追われる逆恨みで、ナミまで危険にさらしたからだ。反撃するデュバルは、サンジを海に引きずり込み…。
魚人島は赤い土の大陸を抜けて新世界へ出る、海底ルートにある。ルフィたちは、サニー号が海中を航海できるようになるコーティングをしてもらうため、シャボンディ諸島に上陸。はっちゃんの知る、コーティング職人に会いに行く。
シャボンディ諸島には、シャボン玉状の特殊な天然樹脂を活用したユニークな文化が根付いている。快適なチャボンチャリを気に入ったルフィ。そこに、首輪をした海賊が助けを求めて現れた。首輪は爆発！ 人々は近くに天竜人がいると感じて緊張する。
襲い来る賞金稼ぎを難なく倒すルフィたち。そうして、諸島の中でも政府の目の届かない、無法地帯に入っていく。コーティング職人のいるＢＡＲに着いたはいいものの、店主のシャクヤクがいるだけ。職人のレイリーは、半年前から留守にしていた。
レイリーを探しにＢＡＲを出たルフィ達は、遊園地・シャボンディパークへ直行。観覧車に乗るのが夢だったケイミーは興奮する。だが、ルフィ達に人魚が同行していたとの情報を得ていたピーターマンが、ケイミーをつけ狙っていた！
人間オークションにエントリーされてしまったケイミー。そこにはレイリーもいて、彼からガープに知らせが入る。オークションスタート。ウソップが、オークションハウスに人魚が持ち込まれたことを聞き出し、トビウオ全機が急行する！
人間オークションにエントリーされてしまったケイミー。そこにはレイリーもいて、彼からガープに知らせが入る。オークションスタート。ウソップが、オークションハウスに人魚が持ち込まれたことを聞き出し、トビウオ全機が急行する！
オークションハウスに先に着いたナミたちは、いま手元にある２億ベリーでケイミーを取り戻そうとスタンバイ。しかし“天竜人”チャルロス聖が、いきなり５億ベリーを提示！ そこにルフィとゾロを乗せたトビウオが突っ込んでくる！
ルフィがチャルロス聖をぶっ飛ばしたのをきっかけに、麦わらの一味は大暴れ！ ケイミーを救おうと、首輪の鍵を探す。会場にいた“億”超えの賞金首、キッドとローも見守る。そこにレイリーが姿を現し、“覇気”を使う。
ルフィが天竜人をぶっ飛ばしたことで、海軍本部の大将がやって来ることになる！ シャボンディ諸島の人々は騒然。世界政府の中心地・聖地マリージョアで頭を抱えるセンゴクに、黄猿が自分が出向くと名乗りを上げる。
天竜人救出に向けオークションハウスを包囲する海兵の大軍勢を、ルフィとキッドとローは、悪魔の実の能力を全開にして蹴散らす！ ルフィは二人に「ひとつなぎの大秘宝」は俺が見つけると宣言。三人の間に緊張が走る。
レイリーと逃げた麦わらの一味とケイミー達は、シャクヤクのＢＡＲへ戻る。そこでレイリーは“海賊王”ロジャーの海賊団で副船長をつとめていた過去を明かす！ そしてロジャーは海軍に捕まったのではなく、自首したのだと語り出し…。
レイリーが、魚人島への海中航海が可能なようにサニー号をコーティングする３日の間、麦わらの一味はＢＡＲを出て海軍から身を隠さなくてはならない。上陸した黄猿は大暴れ！ そしてルフィ達の前に現れたのは、くま…!?
次々とビームを撃ち込むくまを倒そうと、麦わらの一味は全力を尽くす！ 一方、黄猿のところにも現れていたくまは、巨大化したウルージと格闘中！ 見守るドレークはくまが本物ではなく、“パシフィスタ”であると見抜いていた。
キッドとローのもとにも送り込まれていたパシフィスタに、両海賊団は応戦。麦わらの一味は必殺技を連携して放ち、パシフィスタを破壊する！ だが、息が上がるルフィ達の前に、戦桃丸が新たなパシフィスタを連れて出現した！
キッド海賊団とローが率いるハートの海賊団も必殺技を放ち、パシフィスタを破壊する！ 逃げると決めた麦わらの一味だが、遂に現れた黄猿がゾロにとどめを…!? だが、その寸前、レイリーが飛び込んで黄猿の蹴りを止めた！
さらに現れた本物のくまに、消されたゾロ。しかも、ブルック、ウソップ、サンジまでもが、次々に消されていく！ くまは黄猿と戦うレイリーに耳打ちした後、フランキー、ナミ、巨大化して暴走中のチョッパー、ロビンも消してしまう！
ぐらんどジパングの町は夏祭りの準備で大忙し。ウソップから百年に一度の大みこしレースの話を聞いたルフィ親分は、さっそく参加することを決定した。優勝すれば、ぐらんど神社の御神宝によってどんな願いも叶えられる。そのうえ副賞は百万両ベリー！ ところが、スリラー商会の一団が現れ…。
記憶を取り戻したブルックは、悪事を行うスリラー商会へ単身乗り込むが、反対に捕まってしまう。一方、ブルックを案じるルフィ親分たちは、通りすがりの町娘ロビンの話からブルックを誤解していたことを知り、救出に向かう。そして、間一髪のタイミングで門をぶち破り、商会に突入。ゾンビたちを蹴散らしていく！
“ニキュニキュの実”の能力者・くまの肉球に触れたルフィは、消されたのではなく弾かれていて、ひたすら空を飛び続けていた。仲間を思い、海に落ちたら死ぬなと考えていたルフィは、そのうち眠ってしまう。そして彼は、生きてジャングルの中に着地した！
ここは女ヶ島、女性だけの国「アマゾン・リリー」だ。男と知られたルフィは牢獄に放り込まれ、男を初めて目にする護国の戦士たちの注目を浴びる。数百年続く男子禁制の絶対の規律を守るため、彼女たちはルフィに向かい、いっせいに矢を放つ！
ルフィは戦士の一人マーガレットから、女ヶ島が無風で海王類の巣窟である“凪の帯（カームベルト）”に囲まれた島で、船は毒蛇“遊蛇（ユダ）”が引く、ハンコックの海賊船しかないと聞く。イカダで海へ出るルフィだが、作りが悪く沈んでしまい…。
略奪に出ていたハンコックが率いる九蛇海賊団が帰港した。船長だけでなく皇帝でもあるハンコックは、子供や年寄りへの感謝の気持ちもない最悪の性格。しかし、美貌と“メロメロの実”の能力によって、国民の絶大な支持を得ていた。
ハンコックが入浴中の九蛇城に飛び込んだルフィは、彼女の背中を見る。死んでも背中は見られたくなかったハンコックは、老若男女を問わず狙った相手を石に変えてきた“メロメロ甘風（メロウ）”をルフィに放つ！ ところが…。
ルフィは闘技台へ送られ、ハンコックの妹であるサンダーソニアとマリーゴールドの手で公開処刑されることに！ “ヘビヘビの実”の能力者の２人は、緑と黄の大蛇にそれぞれ姿を変える！ 負ける気がしないルフィは迎え撃つ！
「覇王色」の覇気を放ったルフィに全員が怯むが、ハンコックは徹底的に打ちのめすよう妹たちに命じる。マリーゴールドの吐く猛毒は、直撃せずとも気体となって立ちのぼり、ゴムゴムの技を鈍らす。そしてルフィは、剣を逆立てた溝に落とされる。
戦いで露わになったサンダーソニアの背中を、死んでも見られたくないだろうとルフィは覆う。二人に勝ったルフィは、船を出してほしいという自分の望みを捨て、石にされたマーガレット達を元に戻すようハンコックに頼む。
ルフィに惹かれるハンコックは、彼の望みを聞き入れ、シャボンディ諸島まで海賊船を出して送らせることにする。さらに今回の大収穫を祝う宴での食事も許す。しかし宴は、男のルフィに対するピリピリムードに満ちていた。
ハンコックが病に倒れた！ 胸を押さえ熱っぽく苦しんでいるようなのだ。ところが、エースを助けたいルフィが、彼女自身が海軍船に乗ることで大監獄インペルダウンまで送って欲しいと頼むと、途端に頬を赤らめて了承する。
海軍船に忍び込んだルフィ。客室に二人きり…ハンコックの妄想が止まらない！ 一方、ルフィと同様に麦わらの一味も生きていた。ナミは空島・ウェザリアに、フランキーは未来国バルジモアへと飛ばされていたのだった。
ハンコックの協力で海軍船に忍び込んだルフィと同様、くまに飛ばされただけだった麦わらの一味も、それぞれに行動を開始していた。チョッパーが着地したのはトリノ王国、そサンジが着地したのは…カマバッカ王国!?
雪原に埋もれていたロビンは、少女ソランに助けられる。そこは各国の犯罪者らが投入され700年ものあいだ巨大な橋を造り続けている「テキーラウルフ」。一方、ウソップは熱帯のボーイン列島…巨大昆虫や食人植物の住む森にいた。
スリラーバークでくまに弾き飛ばされていたペローナは、シッケアール王国の跡地にいた。そこへ降って来たのはゾロ！ 敵だった傷の癒えぬ剣士だが…ペローナは看病を始める！ その頃、ブルックは「ハラヘッターニャ」に召喚され…!?
