| Name | First Aired | Runtime | Image | |
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| S12E01 | 羊羹とロトム！ |
December 4, 2008
TV Tokyo
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| S12E02 | ポケモンと仲良くなる方法！？ |
December 11, 2008
TV Tokyo
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| S12E03 | ラムパルドＶＳトリデプス！！ |
December 18, 2008
TV Tokyo
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| S12E04 | ミオジム戦！はがねのバトル！！ |
December 25, 2008
TV Tokyo
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| S12E05 | 迷子のホエルコ！ |
January 8, 2009
TV Tokyo
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| S12E06 | ゲンとルカリオ！ |
January 15, 2009
TV Tokyo
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| S12E07 | 鋼鉄島の遺跡！ |
January 22, 2009
TV Tokyo
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| S12E08 | ピカチュウ・ポッチャマ漂流記！ |
January 29, 2009
TV Tokyo
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| S12E09 | いたずらフィオネ！ |
February 5, 2009
TV Tokyo
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| S12E10 | ポケモンコンテスト！アケビ大会！！ |
February 12, 2009
TV Tokyo
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| S12E11 | ワイルドジュンサーと相棒ペラップ！ |
February 19, 2009
TV Tokyo
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| S12E12 | 吹雪の中のユキメノコ！ |
February 26, 2009
TV Tokyo
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| S12E13 | ロケット団解散！？ |
March 5, 2009
TV Tokyo
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| S12E14 | ポケリンガ！天空大決戦！！ |
March 12, 2009
TV Tokyo
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| S12E15 | 激突！マンムーＶＳボスゴドラ！！ |
March 26, 2009
TV Tokyo
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| S12E16 | さびしがりやのユキカブリ！ |
April 2, 2009
TV Tokyo
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| S12E17 | 進化！その時ポッチャマは！？ |
April 2, 2009
TV Tokyo
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| S12E18 | ポケモンコンテスト・タツナミ大会！！ |
April 16, 2009
TV Tokyo
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| S12E19 | ポケモンピンポン大会！エテボースがんばる！！ |
April 23, 2009
TV Tokyo
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| S12E20 | チェリンボ！けなげなバトル！？ |
April 30, 2009
TV Tokyo
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| S12E21 | トレーナーズスクールのスズナ先生！ |
May 7, 2009
TV Tokyo
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| S12E22 | キッサキジム！氷のバトル！！ |
May 14, 2009
TV Tokyo
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| S12E23 | バトルピラミッド！シンジＶＳジンダイ！！ |
May 21, 2009
TV Tokyo
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| S12E24 | 復活のレジギガス！Ｊ再び！！ |
May 28, 2009
TV Tokyo
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| S12E25 | デンリュウ列車！ハンサム登場！！ |
June 4, 2009
TV Tokyo
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| S12E26 | フルバトル！シンジＶＳサトシ！！-前編- |
June 11, 2009
TV Tokyo
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| S12E27 | フルバトル！シンジＶＳサトシ！！-後編- |
June 18, 2009
TV Tokyo
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| S12E28 | ユクシーの影！ |
June 25, 2009
TV Tokyo
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| S12E29 | 森の王者！モジャンボ！！ |
July 2, 2009
TV Tokyo
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| S12E30 | 全員参戦！ポケモンハッスル！！ |
July 9, 2009
TV Tokyo
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| S12E31 | テンガン山の遺跡！ギンガ団の陰謀！！ |
July 23, 2009
TV Tokyo
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| S12E32 | マリル・ポッチャマ・エレキッド！！ |
August 6, 2009
TV Tokyo
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| S12E33 | ヒカリＶＳママ！親子対決！！ |
August 13, 2009
TV Tokyo
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| S12E34 | オーキド博士を救出せよ！ニョロトノＶＳグレッグル！！ |
August 20, 2009
TV Tokyo
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| S12E35 | ネイティ、ネイティオ･･･不思議な森！ |
August 27, 2009
TV Tokyo
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| S12E36 | タワータイクーン！その男、クロツグ！！ |
September 3, 2009
TV Tokyo
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| S12E37 | 史上最悪のトゲピー！ |
September 10, 2009
TV Tokyo
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| S12E38 | ジョウトフェスタ！チコリータとワニノコ登場！！ |
September 17, 2009
TV Tokyo
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| S12E39 | ダンジョン攻略！？谷間の発電所！ |
September 17, 2009
TV Tokyo
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| S12E40 | フカマル・・・ゲットだぜ！！ |
October 1, 2009
TV Tokyo
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| S12E41 | ポケモンコンテスト！スイレン大会！！ |
October 1, 2009
TV Tokyo
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| S12E42 | サトシとヒカリ!タッグバトル! |
October 15, 2009
TV Tokyo
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| S12E43 | ムウマとヤミカラスとやみのいし! |
October 22, 2009
TV Tokyo
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| S12E44 | ピカチュウポッチャマくっつかないで！！ |
October 29, 2009
TV Tokyo
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| S12E45 | 赤い鎖！ギンガ団始動！！ |
November 5, 2009
TV Tokyo
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| S12E46 | アグノム・ユクシー・エムリット！ |
November 12, 2009
TV Tokyo
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| S12E47 | ディアルガとパルキア！最後の戦い！！ |
November 12, 2009
TV Tokyo
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| S12E48 | 危険がいっぱい！コジロウの宝箱！！ |
November 26, 2009
TV Tokyo
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| S12E49 | エアバトルマスター登場！グライオンＶＳハッサム！！ |
December 3, 2009
TV Tokyo
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| S12E50 | ダブルバトル！マンムーとヒノアラシ！！ |
December 10, 2009
TV Tokyo
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| S12E51 | フカマルとりゅうせいぐん！！ |
December 17, 2009
TV Tokyo
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| S12E52 |
フカマル！ゲットだぜ！！
season finale
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December 24, 2009
TV Tokyo
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