木之本 桜(さくら)は、元気がとりえのふつうの小学4年生。さくらはある日、家の地下で光りかがやく本を見つける。その本には｢クロウカード｣というふしぎなカードが封印(ふういん)されていた。さくらは、ふとした拍子で封印をとき、カードはバラバラに飛んでいってしまう。さいごにあらわれたのは、｢封印の獣｣ケルベロス(ケロちゃん)だった。
ある日、さくらが学校に行くと、校庭のまんなかに机やイスが山積みにされていた。犯人はいったい、だれ？もしかしたら、クロウカードのしわざなのか？たしかめるために、さくらはケロちゃんやともだちの知世といっしょに夜の学校へ…。そこで見たものは！？
社会科見学で水族館へ出かけたさくらは、ふしぎな水の事故が起きるのを見る。どうやらまた、クロウカードのしわざらしい。ケロちゃんが｢“水”をつかまえるのはむずかしい｣というのが気になりつつも、あこがれの雪兎さんからデートにさそわれ、よろこぶさくらだったが…。
日曜日、留守番をしていたさくらは、家の中をそうじしていて2枚のクロウカードを見つける。カードを地下室においたまま、お父さんのわすれ物をとどけに外に出かけ、帰ってきたさくらが見たのは、部屋いっぱいに伸びた木の枝だった！！
友枝小学校の通学路に、ぬいぐるみのお店ができた。やさしい店長とかわいいぬいぐるみたちを見て、さくらたちは大喜び！でも、このお店のぬいぐるみたち、どこかがおかしい！？店長の話では、売ったぬいぐるみがみんなお店にもどってきてしまうのだという…。
学校のうらの森に幽霊(ゆうれい)が出るらしい。友達と見にいったさくらは、本当に幽霊のような女の人を見てしまう。クロウカードのしわざかどうかをたしかめるため、夜の森にもういちど見にいったさくらだったが、そこに現れたのは、死んだはずのお母さんだった！？
美術館で、さくらは絵を傷つけようとしている男の子に出会う。彼は｢お父さんの描いた絵が勝手に描き変えられた。だから直そうとした｣と言う…。ひょっとしてクロウカードのしわざなのか？たしかめるため、さくらは夜の美術館にしのびこむ…。
くらのクラスに、香港から李小狼(リ・シャオラン)という男の子が転校してきた。こちらをずっとにらみつける小狼に、さくらはタジタジ。さらに彼はさくらがクロウカードを持っているのを知っていて、カードをうばおうとする。なぞの転校生の正体は、いったい！？
小狼に｢カードあつめは無理だ｣と言われ、落ちこむさくら。心配した知世と利佳は、さくらを買い物にさそう。すてきな小物がならぶお店で3人はそれぞれ気に入ったブローチを買うが、さっそくつけてみた利佳のようすが何だかおかしい。とつぜん、さくらにおそいかかってきた！
今日は友枝小学校の運動会。あこがれの雪兎が応援に来てくれて、はりきるさくら。お昼になり、さくらははじめて知世のお母さんに会うが、どうやら知世のお母さんとさくらのお父さんは知り合いらしい。こわい顔でお父さんを見ている知世のお母さんに、さくらは困ってしまうが…。
｢困ったことがあるので家に来てほしい｣と、知世にたのまれたさくら。ケロちゃんといっしょに行ってみたさくらは、大きくてりっぱな家にびっくり。知世と、知世のお母さんの大切なものを入れてある箱が、とつぜん開かなくなったらしい。ケロちゃんは、箱の中からクロウカードの気配がすると言う…。
音楽の時間、笛のテストで失敗してしまったさくら。ところが次の日学校に行ってみると、また同じ笛のテストがあるという。同じ一日をくりかえしているようだが、そのことに気づいているのはさくらと小狼だけらしい。やはり、クロウカードのしわざなのか？
公園のペンギン大王のすべり台が、ある朝さかさまになっていた！こんなに大きくて重いものを、いったい誰が？どうやって？と、テレビでニュースになるほどの大さわぎに。その日さくらは動物園に遠足に行くが、目の前で次々とふしぎな出来事がおこり…。
雪兎から学園祭のチケットをもらったさくらは、知世と一緒に、桃矢と雪兎が通う高校にやってくる。雪兎に案内してもらい、大よろこびのさくら。そして、桃矢と雪兎が出る劇｢シンデレラ｣を見にいくが、そこで事件がおこる。
ある夜、ケロちゃんとケンカをしてしまったさくら。翌朝、仲直りをしようと話しかけるが、ケロちゃんはさくらの引き出しから、かってに中身を出して自分の部屋をつくっていた。怒ってまたもやケンカになり、ケロちゃんは家を出ていってしまう。夜になり、反省したさくらはケロちゃんの帰りを待つが、そのころケロちゃんは別の家にいた。
家族で高原の別荘にやって来たさくら。雪兎もいっしょでさくらはごきげん。近所には大きな別荘があり、散歩をしていたさくらは、その別荘のおじいさんとなかよくなる。次の日も招待され、遊びに来たさくらは、おじいさんから孫の話をきかされる。
臨海学校にやってきたさくら。ビーチバレーや地引き網(じびきあみ)など楽しいイベントに大はしゃぎ。ところが2日目の夜、さくらの大きらいな｢きもだめし｣がはじまった。知世とペアになり洞くつの中を歩いているうちに、まわりの友達が目の前からどんどん消えていく…。
知世、桃矢、雪兎と月峰神社の夏祭りにでかけたさくら。雪兎に赤い水風船をとってもらい、さくらはごきげん。2人は歩き回るうちに思いもかけず神社の裏にでていた。そこにはたくさんの蛍のような光が…。
夏休み最終日、読書感想文をしあげるために知世と図書館へ出かけたさくら。しかし課題図書の｢子豚物語｣が見あたらない。本は小狼がもっていたが、目をはなしたすきに本が消えてしまった！すぐに見つかったが、取ろうとすると、手をすりぬけてつかまえることができない…。
新学期に入り、さくらたちのクラスに李苺鈴が転校してきた。スポーツ万能で元気な苺鈴は、｢小狼は私の婚約者よ！｣と言い、クラス中の注目を集める。その夜、格闘家がおそわれる事件が起きた。さくらはクロウカードではないかと思い封印に出かけた。すると、苺鈴が現れて…。
マラソン大会当日、雪兎も応援してくれてはりきるさくら。ハイペースで飛ばし、さくら、小狼、苺鈴はデッドヒートを繰り広げる。しかし、ねんざで見学していた知世がマラソンコースの異変に気づく。さくらたちは同じ場所を2回走っている？
学会をひかえ藤隆は考古学の原稿作りにいそがしい。そんなお父さんのために、さくらは大学の研究室へさしいれを持って行く。喜んでくれたお父さんだが、さくらと話をしながら眠ってしまう。なぜか助手の人たちも次々と眠ってしまった。不思議な白い粉をまいて飛び回るクロウカードの仕業だとわかったさくらはあせって封印しようとするが…。
夜の音楽室から謎の歌声が聞こえるといううわさが広まり、さくらはクロウカードのしわざでは？と疑いつつも怖さのため夜の学校へ出向くのにしぶる。うわさを聞いた雪兎は｢きれいな歌声なら聴いてみたい｣と言い、その一言でさくらはカード探しを決断する。夜10時…謎の歌声が学校中に響いた！
さくらは家の中のカードの気配に気づき探しまわる。小さな点のようなものを見つけ捕まえようとすると、その点が体にくっついてきた。さくらは悲鳴をあげて倒れたが、目が覚めると体が小さくなっていた！風に飛ばされそうになったり、動物におそわれそうになったり、さんざんなめにあい、ようやくお風呂場でカードを見つけるが…
文具店の棚を倒したり、積んであったぬいぐるみをめちゃくちゃにしたり、さくらにそっくりな子が街でいたずらをくり返しているらしい。目撃した苺鈴と千春は、さくらにたずねるが身に覚えのないさくらはとまどうばかり。奈緒子から｢世の中にはもう一人の自分がいて、それを見ると死んでしまう｣とこわい話を聞く。そしてさくらは学校の帰りに自分そっくりな子を見てしまう…。
インラインスケートで家に帰る途中、バランスをくずしてころびそうになったさくら。さくらを助けてくれたのはきれいな女の人で｢また明日会いましょう｣と言って去っていく。次の日クラスに新しく来た先生は、昨日助けてくれた女の人だった！うれしい気持ちでいっぱいのさくらに小狼は｢先生には用心しろ｣と言う…。
｢強いクロウカードの気配がする｣と、さくらとケロが向かったのは観月先生の家でもある、月峰神社だった。羅針盤に導かれてやってきた小狼は観月先生をまだけいかいしている。そんな中、さくらが神社の木にのみこまれてしまった！
願いがかなうおまじないカードが大人気。料理がうまくなりたいさくらはカードを買いにいく。すると店内にクロウカードの気配が！だがクロウカードはおまじないカードとまちがわれて誰かに買われた後だった。攻撃用の危険なカードだとわかったさくらは小狼とカードを探すが…。
家庭科の時間にチョコケーキを作ることにしたさくらと知世。実習当日、昼休みをはさんでケーキの仕上げをすることにしたが、試食をしてみるとものすごい甘い。他のクラスでも同じだという。ケロはあるカードが原因で、害はないという。ケーキをすごく甘くするカードとはいったい！？
さくらが追っていた｢駆｣(ダッシュ)のカードがケガをして、民家に入りこんでしまった。｢駆｣は、その家に住んでいる立花玲(たちばな れい)にケガの手当てをしてもらい、かわいがられる。玲はさくらと同じ小学校にかよう陸上選手で、｢駆｣が家に来てから記録がどんどんアップし、次の競技会の優勝候補と言われている。｢駆｣を支えにしている玲の心を知ったさくらは、封印に気のりしない…。
夜の街にクロウカードの封印にでかけたさくらと小狼は、人間よりも大きな猫を見かけてびっくり。物を巨大化するカードのしわざで、さくらが封印すると猫は元どおりのサイズにもどった。その帰り道、再びさくらたちの目の前にきみょうな動物が現れた！
カードの封印中｢チェンジ｣に同時にふれたケロと小狼は、心と体がいれかわってしまった。元にもどるためには1日たってチェンジの力が弱まったときに抱き合えばいいという。こんな体でいたくないと2人はたがいに火花をちらすが、ケロの姿の小狼が行方不明になってしまう。
スケート教室の日、雪兎にお弁当を作ってもらい大喜びのさくら。日本よりもあたたかい香港で育った苺鈴と小狼は寒さがこたえるようでバスのなかでもコートを着たままだった。苦手なスケートを観月先生に教えてもらいリンクにあがる苺鈴だが、スケート場が急速に冷えこんできて、クラスメイト達も｢さむい、さむい｣とさわぎはじめる。
友枝町でクイズラリーが開催されることになった。さくらは知世をさそうが、知世がビデオの撮影に専念したいと言ったため雪兎とペアを組むことに。クイズラリー当日、小狼のしっとのまなざしを感じつつも、さくらと雪兎は順調に問題をといていく。
クリスマスは雪兎の誕生日。さくらは、雪兎を思いきって遊園地にさそうことにした。遊園地へ出かけると小狼と苺鈴にばったり出会う。ふっと電灯を見ると炎が上がっていて、小狼もさくらもカードのせいだとわかるものの、大勢の人の前では魔法を使うことができない…。
新学期がはじまり、さくらは5年生に進級し、担任も観月先生にかわった。雪兎からもらった時計をみて喜ぶさくらに｢きれいなものが降る｣とささやく観月先生。ふっと窓の外を見ると4月だというのに雪が…。雪はふりつづいて1メートル以上つもり、さくらはカードのせいだと考えて、雪におおわれた街へとでかけていく。
知世は合唱コンクールをひかえ、練習にうちこんでいた。しかし、あるカードにねらわれ声がでなくなってしまった！さくらは、知世の症状はカードのせいだと小狼にうちあける。自分のせいで声がうばわれたと、くやむさくらに、小狼は｢歌｣(ソング)のカードでおびきだそうと提案する。
いちご狩りに来たさくらはそこでアルバイト中の雪兎と桃矢に会う。おかしができあがったら、雪兎に食べてもらおうと決めたさくら。しかし、建物のとびらが急にあかなくなり、おかし作りの予定が変更になってしまう。その上、さくらと知世、小狼と苺鈴の4人は建物に閉じこめられてしまう。
ある雨の朝、さくらは熱で体がふらふらして元気がでない。学校へ行ったが熱は下がらず、帰宅することに。しかしカードの気配を感じ、桃矢に気づかれないよう｢鏡｣(ミラー)のカードで自分の分身をつくり、カードの封印に向かう。
さくらたちは街へ遊びに出かけることにした。アイスを食べたりゲームをしたり楽しいことばかりだったが、知世の前に大勢のさくらが現れたり、小狼は映画館でさくらとの映画を見たり、不思議なできごとが続く。そして、苺鈴の希望で東京タワーへと向かうと、そこにいるはずのない桃矢と雪兎がアルバイトをしていて…。
学芸会でさくらのクラスは演劇｢眠れる森の美女｣を上演することになった。苺鈴は自分がお姫様で小狼が王子様の役を夢見るが、お姫様役は小狼で、王子様役はさくらに決まった。最初は照れていた2人だが、雪兎が見に来ることになったとたん、はりきって早朝練習を開始することに。
学芸会の当日。｢眠れる森の美女｣は順調に進んでいたが、クライマックスにさしかかったその時、突然舞台が真っ暗に！さくらはみんなを探すが、誰も見当たらない。周りは真っ暗で、さくらは不安になって泣きだしてしまうが、一人でがんばるしかない！と気をとりなおして解決を試みる。
苺鈴が香港へ帰ることになった。悲しむ様子を見せない小狼に、苺鈴は自分のことをじゃまに思っているとむくれる。その頃、街では物を二つにしてしまう双(ツイン)のカードが小狼を手こずらせていた。双のカードは同時につかまえないと封印できない。さくらは、苺鈴と小狼なら同じタイミングでつかまえることができるのでは！と2人に提案する。
弓道大会に雪兎が出場することになり、さくら、知世、小狼は応援にいく。ケロは｢そろそろ最後だから、さくらといっしょにいたい｣と言い、さくらはクロウカード集めが終わりに近づいていることを知る。試合後みんなが家に帰ろうとすると突然、地面に異変が。これが最後のカードのしわざなのか！？
さくらは最後のクロウカードの封印に成功した。するとケロの体に変化がおこり、本来の姿に戻った。カード集めが終わってはしゃぐ知世たちと対照的に、さくらの表情はなぜか沈んでいる。さくらは気になっていた月(ユエ)のことを小狼にたずねてみた。月(ユエ)はカードをつかさどる守護者で審判者のはずだが何を審判するかは知らないという。
さくらが月(ユエ)の最後の審判を受けることになった。月を攻撃することができないさくらは樹(ウッド)のカードにとらえられてしまう。負けるとカードは再び封印をとかれ、この世のわざわいが起こるという。｢わざわい｣とはどんなことなのかを聞いたさくらは反発するが、樹はますます強くからみついてくる！
夏休みが終わり、さくらのクラスに転校生・エリオルがやってきた。仲よさそうなさくらとエリオルに小狼はおもしろくなさそう。家に帰ったさくらに語りかけるクロウ・リードの声、その時感じたいつもと違う気配、友枝町だけに降り続く雨…。何かあると感じたさくらは再びカードキャプターとして雨空の下へと出かける。
夜が明けても友枝町はあいかわらずの雨。さくらは魔法が使えなかったことを小狼に相談する。夕方、雪兎がさくらの家にやってきた。さくら、ケロ、月、知世は再び雨空の下へと出かける。襲いかかる水の柱に、さくらは魔法を使おうとするが、封印の鍵は杖にならない。が、さくらがみんなを助けたいと思う気持ちが、魔法の力をよみがえらせた！
封印の鍵は新しい呪文を唱えることで新しい杖になった。そして魔法を使うときにはカードも新しく生まれ変わらせる必要があるらしい…。登校したさくらは、音楽室から聞こえた知世の悲鳴に小狼と急いで駆けつける。すると重いピアノが勝手に動き三人めがけて飛んできた。
ぬいぐるみを作ることにしたさくらは、エリオルと手芸店へ行く。そこでさくらはぬいぐるみキットを、エリオルは糸を買う…。夜、クロウの気配を感じたさくらは、小狼、ケロ、知世とともに公園に向かう。そこでいきなり小狼が、さくらに向かって刀を振り上げてきた！ケロは、小狼が何かにあやつられていることに気付くが、答えが見つからない。
さくらはエリオルに手伝ってもらって、くまのぬいぐるみを完成させた。その日の夜、さくらは雪兎の家を訪ねて、両思いの願いを込めたぬいぐるみを手渡した。するとぬいぐるみがどんどん大きくなってしまった！さくらはくまをあやつる魔力の源をなんとか断ち、くまはもとの大きさにもどったが、なかからは魔法陣の描かれた一枚の紙が落ちてきた…。
カードを変えるのに魔力をたくさん使うため、さくらは眠くてしかたない。一方で雪兎も、いくら食べてもおなかいっぱいにならなかったり、すぐ眠くなるのをふしぎに感じていた。夜、小狼からの電話で、公園に大きな穴ができてしまったことを知ったさくらは、クロウの気配を感じとり、穴のなかへと降りていく。すると穴はまるでふたをしたように閉ざされてしまった！
さくらがカードの本を取りだすと、さくらカードが自然に浮き上がり、さくらを取り囲んだ。しかし、クロウカードは本に残ったまま冷たくなっている。このままではただのカードになってしまうとケロから聞いたさくらは、クロウカードを次々とさくらカードに変えてしまう。ところが、封印解除していない『駆』が精霊の姿に変わり、窓から外へ飛び出した！
亡き母、撫子の使っていたカレンダーが出てきた。カレンダーには家族みんなの誕生日が書きこまれていて、そのなかに＜おじいさまのお誕生日＞というのもあった。父・藤隆は、自分は、おじいさんが大事に思っていた撫子をさらった悪いやつだからという理由で、おじいさんには一度会ったきりだと言う。さくらは｢お父さんは悪いやつじゃない｣とわかってもらうため、おじいさんにプレゼントを贈ることにした。
さくらは『不思議の国のアリス』に夢中。アリスの国にあこがれ｢行ってみたい｣と考えていた。エリオルから｢しおりに｣ともらった落ち葉。その落ち葉を本にはさもうと触れたとたん、さくらは本の中へと吸いこまれてしまう。外に出ようとするさくらの目の前にチェシャ猫のエリオル、うさぎの雪兎、月、桃矢、知世も『アリス』の登場人物となって現れた。
友枝小でバザーが開かれることになった。さくらのクラスがお菓子を配る係だと聞き、ケロは大喜び。一方、奈久留からバザーに誘われたスピネルは｢甘いものがダメ｣と行きたがらない。バザー当日、校庭でケロとスピネルがバッタリご対面！ケロがスピネルの正体に気づかず、お菓子をむりやり食べさせると、スピネルは突然陽気になり騒ぎ出した。
さくら、小狼、知世、エリオルの4人はテディベア展へやってきた。小狼は楽しい時間を過ごしながら、ついさくらのことばかり目で追ってしまう。家に帰ろうとエレベーターに向かい、小狼とさくらが乗ったとたん、扉が閉まり動かなくなってしまった。真っ暗なエレベーターで涙ぐむさくらを小狼はなぐさめる。そうするうち、エレベーターが急に動いて床に穴があき、さくらが落ちてしまった！
クロウの気配を感じ、みんなは夜の公園に集まった。しかし事件らしいことは何もなく、家に帰ることに。ところがケルベロスと月の二人が仮の姿に戻れなくなってしまった。しかたなく本来の姿のまま、さくらの部屋でどうしたらいいのか考えていたがいいアイディアは浮かんでこない。翌日、夕食のしたくをするために冷蔵庫からカニを取り出したさくらはあることを思いついた。
夜、学校の方向にクロウの気配を感じたさくらは、ケロ、小狼、知世と一緒に出かける。すると教室でバスケットボールがひとりでに跳びはねていた。さくらたちはボールを追いかけるが、空間がねじれているようで、追いつけない。それでもボールを追っているうちに、知世の姿が消えてしまった！うまく探すことができないさくらは涙ぐみながらも、知世を見つける方法を必死に考える。
小狼に｢会って話したいことがある｣と言われた苺鈴は冬休みを待たずに日本にやってきた。苺鈴と学校帰りのさくらたちが公園の前を通りかかると、突然、地響きのような音とともに小さなペンギンがたくさん現れ、さくらたちめがけて飛んできた。苺鈴は得意の拳法を、さくらは｢凍｣のカードを使って、騒ぎは落ち着くが、小狼が二人にかけた言葉で苺鈴は悲しげな表情をする…。
さくらは藤隆のクリスマスプレゼントを買いにいくため、桃矢と待ち合わせの約束をする。学校でもエリオルが聖歌をピアノで練習しており、クリスマスムードがいっぱい。放課後、強いクロウの気配がしたため、さくらは小狼と様子を見に行くことにし、桃矢との買い物には、自分と同じ姿になれる『鏡』に行ってもらうことにした。その夜、さくらは『鏡』にカセットテープを差し出した。
新年を迎え、さくらと桃矢、藤隆が月峰神社に初詣行くと、知世と園美も来ていた。さくらと知世がおみくじを引きに行くと、エリオルがおみくじを売っていた。知世のおみくじは大吉だったが、さくらのおみくじは意味がよくわからない。その夜、さくらが眠りについた後、暗い部屋の中で、クロウカードの本と、昼間引いたおみくじが光り始めた。
室内プールにやってきたさくらたち。ひと泳ぎした後、プールサイドのパーラーで、おいしいと評判のクリームソーダを注文した。話に夢中になっていたさくらが、ふとグラスを見ると中身はからっぽ。こっそりついてきたケロが飲んでしまったのだ。ものかげに隠れていたケロをロッカールームに連れて行こうとしたとき、びっくりするほど大きな波がプールに起こり、利佳が取り残されてしまった。
さくらたちは学校のスキー旅行で雪山にやってきた。夜になって奈緒子の提案で雪女の怪談話をするエリオル。翌日、スキーが上達したさくらは、エリオルと上級者コースへいくリフトに乗る。だんだん激しくなる雪を見て、さくらは昨夜の雪女の怪談と似ている、とふと思う。リフトを降りてからも雪は激しくなるばかり。そしてついになだれが起きてしまった。
桃矢のクラスで製作する映画にさくらが出演することになった。さくらの出番が終わり、撮影は桃矢と雪兎が出演するラストシーンへ。本番に入ると、雪兎が突然意識をなくして、二階のバルコニーから落ちてしまう。桃矢がとっさに手をつかんで助けようとしたが、うまくいかず雪兎はまっさかさま。さくらの魔法でケガはしなかったが、雪兎は倒れたまま目を覚まさない…。
雪兎たちの高校の文化祭を訪れたさくらは、＜星の道＞という出し物を雪兎と見にいく。たくさんの星に囲まれ、さくらは雪兎への思いを打ちあけた。そのとき、星の飾りが急に砕け散り、さくらたちに降りかかってきた。姿を現した月はさくらの身を守りながら、この異変がクロウのしわざであることを確信する。クロウの気配がするほうに走り出したさくらはそこでエリオルを目撃する。
雪兎の本心を知って、一時はつらい思いをしたさくらもすっかり元気を取り戻した。｢元気になれたのも小狼くんのおかげ｣と、感謝の気持ちで小狼を誘って月峰神社のお祭りへ行く。お祭り会場でさくらたちは、月占いができるという＜月鏡の池＞に向かった。すると池の水面に黒い人影とクロウの魔方陣が映り、奉納されていた絵馬から飛び出した馬がさくらたちに向かってきた！
ある雪の日、雪だるまがたくさん現れるというふしぎな事件を解決したさくら。ケロは｢クロウ・リード以上の魔術師になるんじゃないか｣とほめるが、月は｢まだまだ｣と厳しい。クロウがどんな人物だったのか気になるさくらは、『戻』のカードで過去へ戻り、クロウに直接きいてみようと考える。ケロ、知世、小狼の見守る中、クロウの生きた時代へとさかのぼっていく……。
エリオルがクロウの生まれ変わりだった、と正体を明かし、スピネルとルビーも本来の姿を現した。エリオルは魔法で太陽も月も隠し、友枝町は闇に包まれる。そして、知世や桃矢をはじめ、町中の人たちが眠りについてしまった。みんなを目覚めさせるには、さくらが魔法で闇を晴らすしかない。解決のカギはクロウカードのままの八枚のなかにある！
なぜ次々と事件を起こしたのか理由をきくため、さくらたちはエリオルの家を訪ねた。お茶会の準備をしてみんなを待っていたエリオルはその理由を話し、日本を離れた。翌日の帰り道、さくらは小狼に呼び止められる。小狼は、他の誰かのために一生懸命になれるさくらに影響を受けたと打ちあけ、｢ありがとう｣と言い残し走り去る。その直後、小狼が香港に帰るとの知らせが！
春満開の4月、友枝中学校に進学したさくら。香港から戻ってきた小狼と再会し、学校生活が始まった。ある日、さくらは不思議な夢を見る。フードをかぶった人が現れ、目覚めると「さくらカード」はすべて透明になっていた。再び不思議な出来事が起こり、さくらは無我夢中で、夢で手にした杖で魔法を使う！
新学期、話題の中心は部活動！さくらは小学校のときと同じチア部に、知世はコーラス部に入部予定。部活が始まるのが待ち遠しい中、さくらは知世と一緒に、千春からもらったレシピでレアチーズケーキ作りに挑戦。おいしくできたけど、桃矢につまみ食いされてしまう。そんな中、さくらの部屋で異変が起こり…！？
朝からバケツをひっくり返したような大雨が降る一日。下校時にさくらと知世が公園で雨宿りをしていると、さくらの胸元で夢の鍵が光り始めて…。これってもしかしてカードのしわざ？ 知世がもしものために持っていたコスチュームに着替えて準備万端のさくらだが、一気に雨がふたりに襲いかかってきた！
ある日、さくらのクラスに転校生がやってくる。 彼女の名前は詩之本秋穂。長く外国で暮らしたあとに日本にやってきたため、敬語の方が話しやすいという女の子。早速お弁当を一緒に食べ、お友達になれそうな予感に心躍るさくら。そんな午後の授業中、ふと窓を見たら木が校庭を歩いていて…！
仲よしの知世、小狼、千春、奈緒子、山崎たちとみんなで、お花見することにしたさくら。 当日はお花見日和の快晴で、お弁当のおにぎりを握るさくらはうきうき。転校してきたばかりの秋穂も誘って集合したら、誰かに背中をひっぱられるみたいで…。これもカードのしわざなの？
さくらはフードの人物と夢の中で対じし続けていた。 不思議な夢が続く一方、学校生活では、お花見で歌を口ずさんでいた秋穂の歌声を聴きたいと、みんなで放課後に音楽室へ。小狼がピアノを弾けると知って思わず伴奏をリクエストするさくら。知世と秋穂の歌声が心地よくさくらを包んでいく。
「記録」のカードにどんな魔法があるのか試すため、さくらはケロちゃんと知世のお家を訪れる。 知世の母・園美も現れ、熱い歓迎を受けた後、お庭で知世と一緒にカードを試してみることに。一方、知世も新しいカメラを初披露！大道寺トイズが開発した新型カメラが空を飛ぶ中、カードの気配を感じたさくらは…！？
秋穂が引っ越してきたのは、大魔法使いクロウ・リードの生まれ変わりのエリオルが住んでいた家だった。 知世と二人で家を訪ねたさくらを迎えたのは、秋穂の世話をする海渡という執事だった。秋穂は一族が集めた本を納めた書庫を案内してくれるが、カードの気配をたどった先は本が棚ごとなくなっていた。
お父さんからもらったチケットで、小狼をお出かけに誘ったさくら。 お弁当の卵焼きも頑張って作って準備万端、クロウカードを集めた時にウォーティのカードを捕まえた水族館にやってきた。お兄ちゃんがアルバイトをしているカフェで鉢合わせて、ちょっと気まずい雰囲気に。と、思っていたら水槽で異変が…！
お兄ちゃんもお父さんも出かけていない夜、秋穂がさくらの家に遊びに来た。 小学校時代のアルバムをみたり、お夕飯を一緒に食べてふたりで過ごしていると、秋穂が突然眠ってしまった。カードの気配を察したさくらは、秋穂のためにもかならずカードを捕まえると決意。「飛翔」のカードで飛び立つ！
下校中に偶然、海渡と出会った小狼は、ひそかに連絡を取り合っているエリオルに伝え、二人は海渡が力の強い魔術師ではないかと推理する。一方、カードの気配に導かれ夜のペンギン公園を訪れたさくら。すると、公園の遊具がすべて逆さまになっていた。知世がケロちゃんに託した撮影の秘密兵器がさく裂する！
今日は楽しみにしていた球技大会。運動が得意なさくらはバスケットの試合に出場して大活躍！知世に依頼され、カメラを装着したケロちゃんがこっそり撮影していると、別のコートでは小狼と秋穂のバドミントンの試合が白熱していた。そんな時、急に雹（ひょう）が降ってきて…！
小狼のいとこ・苺鈴が香港からやってきた！突然のサプライズに喜ぶさくら。苺鈴の希望で急きょ、さくらの家にお泊まりすることに。一方、桃矢はかつて雪兎に渡し失った力を、新たに取り戻しつつあった。状況を案じる月（ユエ）から、新しい力について教えろと迫られるが桃矢は、今はまだ教える時ではないと答える。
苺鈴や秋穂たちと月峰神社の市にやってきたさくら。日本の神社を見たことがないという秋穂と、境内で開かれるさまざまなお店をのぞいて楽しむ。ふと苺鈴を見ると、猫の耳と尻尾が生えていて…！秋穂にはうさぎ、知世は羊とあっという間に、みんな動物の姿に変わってしまった！
苺鈴と秋穂を一緒に、知世の自宅に招かれたさくら。見せたいものがあると導かれた先はホームシアターで、小学生の時にクラスでやった劇をみんなで見ることに！お姫様役のさくらと、王子様の代役をする小狼に秋穂は大喜び。すると突然地面が揺れて…カードのしわざと気づいたさくらは、杖を片手に飛立つ！
知世の家で遭遇したカードを、さくらはなんとか捕まえることができて一安心したのも、つかの間。さくらのお家にお泊まりしている苺鈴とふたりで家に帰る途中、道の向こうから女の子が現れて攻撃してきた！武芸が得意な苺鈴が受けて立つが、さくらがあることに気がついて…。
今日は楽しみにしていた家庭科の調理実習の日。エプロンを忘れて朝から大慌てなさくらだけど、課題のロールケーキ作りにウキウキ！海渡に食べてもらいたい秋穂と一緒にデコレーションに悩んでいると、突然ケーキが跳びはね始めた！なんとかしたいさくらは、教室の隅でこっそりレリーズ！
夜中にカードの気配を感じたさくらは、ケロちゃん、知世、小狼たちとともに月峰神社にやってきた。クロウカードの最初の１枚である「フライ」を捕まえたのも同じ場所だったと、思い出話で盛り上がる。そのとき、大きな炎の鳥が姿を現した！「水源」のカードを呼び出したさくらだったが…。
雪兎と約束していた絵本の読み聞かせに行けることになり、さくらは秋穂、小狼、知世を誘う。さくらの熱意に押されて秋穂は朗読で、小狼はピアノの伴奏で参加することに。本番に向けて一生懸命、練習をするさくらと秋穂。当日、知世は二人におそろいのケープを用意していた。
小狼とのお出かけ用に朝からお弁当の卵焼きに挑戦していたさくら。そこに園美から電話があり、ひいおじいさんの真嬉が会いたがっていることを伝えられる。急きょ、さくらは小狼と二人でひいおじいさんを訪ねることに。ひいおじいさんがさくらに渡したかったものとは…。
新しいカードについて相談するためケルベロスと月は、エリオルと魔法で通信していた。エリオルの調べで海渡が魔法協会からあるものを持ち出したことが明らかになるが、海渡の魔法で通信を遮断されてしまう。一方、ひいおじいさんの家から戻ってきたさくらと小狼は、さくらの家の前で異変に気付く。
ローブを着た子と夢で会い続けているさくらだったが、秋穂も同じく不思議な夢を見ていた。不穏な夢の内容に秋穂は不安をつのらせる。その夜、自室で髪を乾かしていたさくらは、外に気配を感じる。窓を開けるとそこには、夢で会ったローブの子が立っていた…。
