１９９Ｘ年、世界は核の炎につつまれ、残された人類のうち強い者だけが生き残れるという、暴力だけが支配する世界となっていた。そして、その中に一子相伝の暗殺拳の使い手ケンシロウがいた。
ある村で種モミをスペード一味に奪われたじいさんを、バットの手柄もあって取り返すことに成功するケンシロウたち。しかしケンシロウたちが去った後、じいさんは殺され村も全滅に。怒りに震えるケンシロウは・・・
ＫＩＮＧを名乗るケンシロウの宿敵シン。ケンシロウを追って村を出たリンがそんなＫＩＮＧ軍団の捕虜になってしまった。それを知ったケンシロウはＫＩＮＧ支配下のドラドの街に向かい、リンを救うべくダイヤ、クラブと闘う。
ケンシロウに配下たちを殺されたシンはハートに抹殺命令を下した。そのハートとは一見温厚そうだが、自分の血を見ると「いてえよぉ～」と叫び逆上。しかも秘孔をつけないゴムのような肉体はケンシロウを苦しめる。
かつて、力ずくでケンシロウからユリアを奪ったシン。だが、シンと暮らすユリアの顔に笑顔が浮かぶことはなかった。ユリアの心の中には、常にケンシロウがいたのだ。ケンシロウはシンとユリアを追い求めて、シンの城に乗り込むが、二人の姿はもうそこにはなかった。
砂漠のオアシスの街で休息をとるケンシロウたち。しかしこの街は神の軍隊と名乗るゴッドアーミーに支配されていた。警備隊長に因縁をつけられたことで、交首破顔拳で葬り去るケンシロウだったが・・・
レッドアーミーの生き残りゴッドアーミーの首領は南斗聖拳の使い手。罪もない街の親子を無残に処刑するゴッドアーミーにケンシロウの怒りが爆発した。
ゴッドアーミーの残虐な悪行に怒りを覚えたケンシロウは、そのボスであるカーネルのいるという塔に乗り込んだ。しかし、相手の動きを予測するカーネルが放つブーメランや南斗無音拳によって傷を負ってしまう。
湖を支配し、その水と引き換えに村人を奴隷にしようとする幻術使いのパトラ。ケンシロウが源流に向うとそこはパトラを影で操るドラゴンの城だった。
湖の水を支配し村人を苦しめていたパトラとドラゴン一味。そんなドラゴンが「自分はシンを裏切るから、手を組まないか」とケンシロウに持ちかけてきた。手のひらをかえし、自分を城の罠で始末しようとする卑劣なドラゴンにケンシロウの怒りが爆発する。
バットの育ての親、トヨばあさんの願いに心打たれたケンシロウは村のため井戸を復活させた。しかし、それを聞きつけたウォーリアーズが村を襲ってくる。
トヨばあさんが殺され、復讐に燃えるケンシロウはウォーリアーズを追い、ジャッカルを追いつめる。ぶざまに逃げ惑うジャッカルにケンシロウによる処刑がせまる。
