総人口の約8割が何らかの超常能力“個性”を持ち、その“個性”によって社会を守る“ヒーロー”という存在が確立された世界。緑谷出久はヒーローになることを夢見て、多くのヒーローを輩出する名門・雄英高校ヒーロー科入学を目指していた。しかし、彼は何の“個性”も持たない“無個性”。現実の厳しさ、不平等さを痛感する日々を過ごしていた。そんなある日、出久は強盗をして逃亡中だった敵（ヴィラン）に襲われてしまう。そこに現れたのは、人気・実力共にNo.1のヒーローだった！
ヘドロヴィランから出久を救ったのは“平和の象徴”とも称されるNo.1ヒーローのオールマイトだった。出久が「個性がなくてもヒーローになれますか？」と彼に問いかけたその瞬間、目の前に現れたのは、過去の戦いにおける重傷で痩せ細ってしまったオールマイトの真の姿！「ヒーローはいつだって命がけ」その過酷さと自身の夢を叶える厳しさを憧れの人から告げられ、出久は絶望する。そんな中、オールマイトが捕まえたはずのヘドロヴィランが逃走し、下校中の爆豪が取り込まれてしまう！
「君はヒーローになれる。」ヴィランに取り込まれそうになる爆豪を救けようと、考えるより先に体が動いた出久にヒーローの資質を見たオールマイトは、彼に自身の“個性”である“ワン・フォー・オール”を授けることを提案する。その個性は、これまで幾人ものヒーローによって受け継がれてきた「力の結晶」だった。ヒーローになる夢を叶えるため、雄英高校に入学するため、オールマイトから課せられたトレーニングに挑む出久。しかしそのトレーニングは想像以上にハードなものだった！
オールマイトから個性“ワン・フォー・オール”を与えらえた出久は、いざ国内最難関と言われる雄英高校ヒーロー科の入試に臨む。広大な模擬市街地で、そこに多数配置された仮想ヴィランを相手に戦いポイントを競うこの試験。皆が“個性”を生かし次々と仮想ヴィランを撃退する一方、まだ“個性”の使い方を理解していない出久はポイントが稼げない。そんな中、予想できないほどの巨大な仮想ヴィランが出現！ビルが倒壊し、その瓦礫の下には…！出久は“考えるより先に”拳を振り上げ叫ぶ！
雄英高校入学！ヒーローを目指す出久の新たなスタート！その記念すべき初日に、担任の相澤はいきなり“合理的な”試練を突きつける！
個性把握テストで“個性”を発動、最小限の負傷で最大限の力を発揮した出久は自らの可能性を示した。翌日、オールマイトによる授業「屋内対人戦闘訓練」が生徒たちに課せられる。2人1組で一方がヒーロー、もう一方がヴィランとして対峙し、制限時間内にヒーロー側が仮想の核兵器を回収もしくは相手を捕獲するという訓練だ。出久はお茶子とヒーロー側のコンビに、対するヴィラン側は飯田と、出久が“個性”を持っていたことに怒り心頭の爆豪。訓練開始と同時に、爆豪が出久に襲い掛かる！
「対人戦闘訓練」で対峙する出久&お茶子のヒーロー組と、爆豪&飯田のヴィラン組。爆豪は怒りにまかせて暴走し、出久に向かって一直線に襲い掛かる。対する出久は、これまでヒーローを目指すうえで蓄えてきた知識と機転の良さで対抗。コンビを組むお茶子と一緒にこの訓練に勝つための作戦を練る。“無個性”だったはずの、自分より下のはずの出久が“個性”を隠し持っていた…。「俺の方が上だ！」それを完全に証明するために、爆豪はコスチュームに隠された強力な攻撃を放つ！
戦闘訓練において、暴走し単独でぶつかってきた爆豪に、出久は“訓練に勝つ”ための作戦で、ボロボロになりながらお茶子と共に勝利を収めた。「出久に負けた」その事実に愕然とする爆豪。そして、轟や八百万をはじめ他の生徒たちも戦闘訓練に臨み、彼らはその“個性”と実力の片りんを見せる。放課後、リカバリーガールの治療を受けた出久は、ひとり家に帰ろうとする爆豪を呼び止め、あることを打ち明ける。それを聞いた爆豪が返した言葉とは…。その一方で、謎の影が雄英高校に迫っていた。
1年A組で学級委員長を決めることに。皆が立候補しての多数決の結果、なんと出久が委員長に決まった。自身も立候補していた飯田は悔しがりながらも、自身が尊敬する兄の話をしながら「自分が人を導くにはまだ早い」と出久を応援する。そんな中、オールマイト目当てのマスコミが校内になだれ込み、生徒たちはパニックに。そこで飯田はある行動に出る！ 後日、1年A組は校内の屋外施設「ウソの災害や事故ルーム（USJ）」での救助訓練へ。そこに突如謎のヴィランたちが現れる。
救助訓練に臨もうとした1年A組の生徒たちの前に現れた、死柄木弔率いる“敵（ヴィラン）連合”。肌で感じる悪意と「オールマイトを殺す」という言葉に出久は戦慄する。オールマイトが不在の中、相澤は単身ヴィランたちと戦う。しかし、避難しようとした生徒たちはヴィラン・黒霧の“個性”ワープによってUSJ内で散り散りにされてしまう。水難ゾーンに飛ばされた出久、梅雨、峰田にヴィランたちが襲い掛かる！3人は状況を打開すべく、それぞれの“個性”を活かしてヴィラン撃破に挑む！
見事な連携で水難ゾーンのヴィランを撃破した出久、梅雨、峰田は元いた場所に向かう。一方、爆豪や切島、轟たちもそれぞれ飛ばされたゾーンでヴィランたちと戦っていた。そんな中、生徒を守るために単身で戦っていた相澤が、“敵（ヴィラン）連合”の中心と見られる男・死柄木弔の謎の“個性”で負傷、さらに死柄木が連れる“改人”脳無の圧倒的なパワーで窮地に陥ってしまう。13号も倒され、駆け付けた出久たちにも最大の危機が近づいたその時、あの男が現れる！「私が来た！」
USJに駆け付けたオールマイトは、素早い動きで重傷を負い拘束されていた相澤を救出。そのまま脳無との戦闘に突入する。しかし脳無は「ショック吸収」「超回復」という複数の“個性”を持っており、さらに黒霧も加勢してきたことで苦戦。オールマイトの活動限界を唯一知る出久はおもわず飛び出す！すると、そこにヴィランを撃退した爆豪、轟、切島も駆けつけた！危機を脱するも、活動限界が近づくオールマイトはそれでもたちむかっていく。「私は平和の象徴なのだから！」
全発100%以上のラッシュを繰り出し脳無を倒したオールマイト。しかし、活動限界が近づき一歩も動くことができないところに死柄木たちが襲い掛かる。オールマイトの秘密を知る出久は彼を助けるために飛び込んでいく！そこへ駆けつけたのは雄英の教師であるプロヒーローたち！間一髪で出久とオールマイトは危機を免れ、死柄木は逃走。そんな死柄木の背後には、謎の男の影があるのだった…。 身を挺し戦った出久たち。彼らの成長はまだまだこれから。最高のヒーローへ、Plus Ultra！
名立たるヒーローを多く輩出している名門・雄英高校に通う緑谷出久。憧れのヒーロー、オールマイトのような最高のヒーローをめざし、今度は日本中が注目するビッグイベント「雄英体育祭」に挑む！その準備の中、多くのヒーローの分析を書き留めているノートを開く出久。そう、そのノートは「ヒーローノート」。このノートで、ライバルたちの対策を考え、そしてこれまでの自分の成長と戦いの日々を振り返っていく！
“個性”で人々や社会を守る職業「ヒーロー」を多く輩出する名門・雄英高校の敵＜ヴィラン＞連合襲撃事件から2日後。出久のヒーロー科1年A組の面々は、事件直後にも関わらず意気が上がっていた。日本中から注目されるビッグイベント「雄英高校体育祭」の開催が担任の相澤から告げられたのだ！活躍次第でプロのスカウトの目にも留まるこのイベントに向けて、麗日お茶子は目の色を変えて人一倍やる気満々。それにはひとつの理由があり、出久はお茶子から家族の話を聞かされる。
「君が来たってことを世の中に知らしめてほしい！」オールマイトから雄英体育祭に向け大きな期待を投げかけられ、出久は戸惑う。そんな中、ヒーロー科1-Aの教室に敵情視察のため他クラスから多くの人間が押し寄せてきた。みんなの闘志を目の当たりにし、自分を見つめ直した出久は気合を入れ直す。それぞれが特訓の日々を重ねて、いよいよ体育祭当日がやってきた！第一種目は「障害物競走」。しかしここは雄英高校。ただ障害物競争と呼ぶにはあまりにも過酷なレースがスタート！
「雄英体育祭」が開幕、1年ステージの第1種目「障害物競争」がスタートした。まず生徒たちの前に立ち塞がった巨大な仮想敵＜ヴィラン＞ロボに対し、優勝候補の轟はすさまじい冷気の“個性”を放つなど、その力を見せつける。しかし、爆豪をはじめ、他の生徒たちも負けておらず、それぞれ“個性”を発揮して先行する轟を追う。そして出久は、“個性”を使わず機転を利かせた作戦で勝負！1位をめざしゴールに向かって競り合う爆豪と轟を相手に予想外の猛追を見せる！勝負は最終関門へ！
大逆転で障害物競走1位を獲得した出久。第2種目は、障害物競走の順位によって割り振られたポイントを奪い合う「騎馬戦」。1位で1000万ポイントを与えられた出久は、お茶子、サポート科の発目明、常闇踏陰とチームを組む。2位の轟は「戦闘で左手の炎は使わない」とあくまで右手の氷結だけで戦うことを誓い飯田たちとチームに。開始と同時に、他チームから次々と狙われる出久チームだったが、見事な連携で回避する。一方、爆豪チームは、物間寧人がまとめるヒーロー科1-B組の作戦に翻弄され…。
体育祭1年ステージ第2種目「騎馬戦」終盤戦。轟・飯田・八百万・上鳴チームは、それぞれの“個性”を活かした攻撃で他チームを足止めにし、出久チームに襲い掛かる。出久チームも冷静な洞察力でかわし続けるが、飯田の裏技で形勢が一気に逆転する。そんな中、あくまで「完膚なきまでの1位」を目指す爆豪は、自分を出し抜いた物間に向かって突進！そして、出久も決勝ラウンド進出を目指して、ついに“個性”ワン・フォー・オールを発動させる！果たして、騎馬戦を制するのは…！？
体育祭は1対1のトーナメント戦へ。そんな中、轟は騎馬戦で出久からオールマイトに似た“なにか”を感じ、出久に自らの境遇を語り始める。轟は、No.2ヒーローのエンデヴァーがオールマイトを超えるヒーローにするために個性婚で作った子供だったのだ。母の心を傷つけた父親を否定するため、轟は父親の“個性”である右手の炎を使わずに勝つことを告げる。それを受け、出久も「自分を救けてくれた人のために、ヒーローになるために勝つ」と宣言する。そして出久の1回戦、普通科の心操との戦いが始まるが…。
雄英体育祭本戦の1回戦、出久と普通科・心操人使の戦いがスタート。開始早々、心操の尾白を侮辱する言葉に反論しようとした出久は、心操の“個性”である「洗脳」にかかってしまう。心操から場外負けを指示され、出久の身体は勝手に動き出し、まっすぐ場外へと向かう。しかし、出久の頭の中で何かが反応し、指にワン・フォー・オールを発動させた激痛で正気に戻り、踏みとどまった！心操の“個性”を破った出久は反撃を開始する！一方、1回戦に向かう轟は通路でエンデヴァーに呼び止められ…。
父エンデヴァーへの憎悪を募らせる轟は、1回戦で瀬呂を秒殺。2回戦で出久と対戦することになった。B組の塩崎に対し上鳴は余裕の表情で放電しようとするものの、塩崎の“個性”でこちらも秒殺。飯田は対戦相手の発目明の「対等に戦いたい」というスポーツマンシップに心を打たれ、彼女が作ったサポートアイテムを身に付けて試合に臨むが…。常闇vs八百万、青山vs芦戸、切島vs鉄哲と試合が続く中、爆豪とお茶子の対戦が迫る。爆豪対策を伝えようとする出久をさえぎり、お茶子は言う「決勝で会おうぜ！」
爆豪とお茶子の戦いが始まった。「無重力」の個性で浮かせば勝利に近づくお茶子は、先手必勝とばかりに開始と同時に突進するが、爆豪の「爆破」の前に近づくことすらできない。一方的な展開となり、勝負をつけない爆豪に観客からブーイングが飛ぶ。しかしその爆豪の戦い方は、お茶子の力を認め、警戒してこそのものだった。そんな中、お茶子が試合中に密かに仕掛けていた決死の作戦を繰り出す！「私もデクくんみたいに」勝負をかけて爆豪に突っ込むお茶子だったが…。そして、いよいよ出久と轟の決戦が近づく！
出久VS轟。開始早々、轟は一瞬で勝負を決めようと“個性”で強力な氷結を繰り出すが、出久は自損覚悟で「ワン・フォー・オール」を発動して対抗する。轟の攻撃を“個性”で凌ぐ度に負傷していく出久。「オールマイトのようなヒーローになりたい」その一心でボロボロになりながらも立ち向かってくる出久に、心が揺れ動く轟。むかし母からもらった言葉を思い出し、ついに轟は左手の“個性”を解放する！炎熱を身にまとう。「俺だってヒーローに…！！」お互い100%のぶつかり合いの行方は…！？
封印していた父エンデヴァーの“個性”を使って出久に勝利した轟だったが、まだ心の中には迷いがあった。一方、大怪我を負った出久は、治癒してくれたリカバリーガールに、破滅的な戦い方を戒められる…。一方、準々決勝で爆豪と切島が対戦し、切島の「硬化」を破った爆豪が勝利。そして飯田は、兄のプロヒーロー・インゲニウムへの優勝報告を目指し、轟との準決勝へ。長期戦は不利と見て必殺のレシプロバーストで勝負に出る！同じ頃、インゲニウムが「ヒーロー殺し」と呼ばれる敵（ヴィラン）の凶刃に倒れ…。
爆豪と轟の優勝候補同士による、雄英体育祭1年ステージの決勝戦。試合開始からお互いの“個性”と戦闘センスがぶつかり合う白熱の展開に！しかし、出久との戦い以降、自分がどうするべきかと心の中に迷いが生じた轟は、左の炎を使わず右の氷結だけで攻撃する。そんな轟に対し、本気同士の戦いに勝利する「完膚なきまでの1位」を目指す爆豪は全力で来いと叫び、大技「榴弾砲着弾（ハウザーインパクト）」を繰り出す！そして轟は…！？雄英体育祭の優勝者が、いよいよ決まる！
雄英体育祭が閉幕。テレビ中継されていたことで、出久ら1年A組の生徒たちは一躍有名人に。そんな彼らの次の授業では、生徒が自分のコードネーム、いわゆるヒーロー名を考えることになった。プロとして活躍するヒーローの仕事に同行する「職場体験」をするためだ。生徒それぞれがテンション高くヒーロー名を披露していく中、重傷の兄インゲニウムのことを思う飯田は複雑な表情で…。そして、出久にはあるプロヒーローから職場体験の指名が入る。そのヒーローは、オールマイトの師匠・グラントリノだった。
出久が職場体験のために訪ねたオールマイトの師匠・グラントリノ。一見とぼけた老人だが、一転してすさまじい速さで動くその姿に出久は驚く。いきなりの実戦形式の訓練であっさり抑えられてしまった出久は、グラントリノの言葉をヒントに「ワン・フォー・オール」を自在に使うための特訓に励むが…。一方飯田は、兄の仇である“ヒーロー殺し”ステインを狙い、兄がやられた現場である保須市にやってきていた。そしてそのステインに死柄木弔が接触。死柄木はステインに敵＜ヴィラン＞連合の仲間になれと迫るが…。
個性を全身に張り巡らせる「ワン・フォー・オール フルカウル」をつかんだ出久。まだ不十分ながらも出久の成長を見たグラントリノは、早速出久を敵＜ヴィラン＞退治に連れ出した。そんな中、衝突しながらも手を組むことになった死柄木とステインが保須市に現れる。死柄木が3体の脳無を放ち、街は大パニックに！偶然脳無が襲った電車に乗っていた出久とグラントリノも保須市に向かう。そして、街が混乱する中、信念に従いヒーロー殺しを続けようとするステインに、憎悪に燃える飯田が対峙する！
自分の悪名をとどろかせようと死柄木が放った脳無が暴れ回り、保須市の街は大混乱に。その中でついに兄の仇ステインを見つけた飯田は、憎悪のまま襲い掛かるが難なくかわされ、抑えつけられてしまう。飯田を「ヒーローの贋物」として殺そうとするステイン。そんな絶体絶命のピンチに出久が駆けつけた！出久は「ワン・フォー・オール フルカウル」で立ち向かうが、ステインの「凝血」の個性で追い詰められていく。そこに出久から連絡を受けた轟も現れ、出久と2人でステインに挑む！そんな2人の姿を見た飯田は…！
動けない飯田たちを守るため、身を挺してステインに立ち向かう出久と轟。飯田は2人の姿から自分の心の未熟さを痛感しながらも、力を振り絞って立ち上がる。そして出久のフルカウル、飯田のレシプロバースト、轟の炎熱の連携によりついにステインを倒した！しかし安心したのもつかの間、“空を飛ぶ脳無”が現れ、出久を連れ去ろうとする。それを助けたのは、なんとステイン！「贋物のヒーローと、いたずらに力を振りまく犯罪者も殺す。正しき社会のために。」そんな己の信念を貫くステインの姿だった…。
ステインは倒され、逮捕された。その戦いで飯田は腕に後遺症が残る怪我を負ってしまう。さらに許可なく個性を使って戦った出久、飯田、轟は、警察から処分対象であることを告げられるが…。一方、グラントリノは、弟子であるオールマイトに対し、ステインと敵＜ヴィラン＞連合がつながっていたことを告げ、ステインのカリスマ性により、これまで世間に潜んでいた“悪意”たちが連合に繋がっていくことを危惧する。その言葉に、オールマイトは自らの宿敵である「オール・フォー・ワン」の影を感じるのだった。
出久たちがステインと戦っていたその頃、爆豪やお茶子、八百万たちヒーロー科1-Aの他のメンバーも職業体験で奮闘していた。梅雨ちゃんが海難ヒーロー・セルキーの巡視船での職業訓練に臨む中、密航者が海域に現れたという通報が入る。梅雨ちゃんはセルキーから相棒のシリウスと共に巡視船での待機を命じられ、少し不満顔。しかし、セルキーが乗り込んだ密航者の船は囮で、敵（ヴィラン）のインスマスがもう一隻の船で港に近づいていく！セルキーからの信号を受け、梅雨ちゃんとシリウスはインスマスの船に乗り込む！
職場体験が終わり、出久をはじめ生徒たちが学校に戻ってきた。ヒーロー基礎学の授業で出久は「ワン・フォー・オール フルカウル」を披露してクラスメイトを驚かせる。その放課後、出久はオールマイトから「ワン・フォー・オール」の成り立ちと、それが生まれた根源であり、“個性”を奪い他に与えることができる“個性”を持つ巨悪「オール・フォー・ワン」のことを聞かされる。「オール・フォー・ワン」は、オールマイトらヒーローたちが守る「平和」を壊そうと、自らの後継として死柄木を育てようと、暗躍していた―！
ある日、雄英高校ヒーロー科1-Aの授業に勇学園の生徒4名が特別に参加することに。その中には、梅雨ちゃんの中学時代の親友・万偶数羽生子（声:内田真礼）の姿もあった。2人が再会を喜ぶ一方で、そして勇学園の藤見露召呂（声:木村良平）と爆豪はいきなりにらみ合いに…。屋外でのサバイバルをテーマにした合同授業が始まるが、突如謎のガスが辺りを包む。すると、そこからなんと複数のゾンビが出現！ そのゾンビたちの正体はなんと…!? そしてゾンビたちに噛まれたクラスメイトが次々とゾンビになっていく。果たしてデクたちは、ゾンビの恐怖から生還することができるのか…!?
期末テストが迫ってきた！このテストで赤点だと夏の林間合宿には参加できないため、1-Aの生徒たちはそれぞれ猛勉強に励む。そんな中、爆豪は成長を続ける出久に敵対心をムキ出しにする。テストの筆記試験を終え、迎えた演習試験当日。その試験内容は、より実戦に近い教えを重視するため、雄英教師vs2人1組の生徒によるバトルだった！そして出久はなんと爆豪とコンビを組んでオールマイトと対戦することに！早速試験がスタート、切島&砂藤のコンビはセメントスと、梅雨ちゃん&常闇のコンビはエクトプラズムと対決する！
期末テストの演習試験、雄英教師vs生徒のバトルがスタート！梅雨ちゃん&常闇のコンビは、エクトプラズム相手にに苦戦するが、お互いの個性を活かして見事にクリア！続いて轟&八百万は相澤と対戦する。八百万は体育祭から自信をなくし、轟の指示に従うばかり。そこを相澤が奇襲、2人はピンチに！轟は何か言いたげな八百万に、彼女の考える作戦を仕掛けることを提案。轟の言葉で自分を見つめ直した八百万、作戦は成功するのか！？そして飯田&尾白はパワーローダーと、お茶子&青山は13号と合いまみえる！
13号の「ブラックホール」でピンチに陥ったお茶子&青山だが、青山からお茶子へのあるひと言をきっかけに形勢が逆転！上鳴&芦戸は、校長の頭脳の前になすすべなく敗北！続く耳郎&口田はプレゼントマイクの「ヴォイス」で追い詰められるが、ここで口田の個性「生き物ボイス」が炸裂する。障子&葉隠はスナイプとの索敵合戦に勝利。峰田&瀬呂vsミッドナイトは、瀬呂が眠らされ峰田は逃げ惑うのみ。しかし、機転を利かせた作戦と必殺グレープラッシュでクリアする！そしていよいよ出久&爆豪vsオールマイトが始まる…！
出久&爆豪チームvsオールマイトの演習試験がスタート！出久の言葉に爆豪はまったく耳を貸さず、2人はまるで噛み合わない。そこにオールマイトはすさまじい威圧感で襲い掛かる！爆豪は出久を無視してに立ち向かうがまるで歯が立たない。「デクの力を借りるくらいなら負ける方がマシだ」そんな爆豪に出久は言う。「勝つのを諦めないのが君じゃないか！」お互いにさまざまな想いが積もり重なってしまった出久と爆豪。試験をクリアするため、ヒーローに一歩でも近づくため、2人はついに協力し合い、オールマイトに立ち向かう！
期末試験が終わり、夏の林間合宿が近づいてきた。出久たちは合宿に向けてショッピングモールに買い物に出かける。その中で出久に迫る一人の影…死柄木弔。出久の首に手をかけ、死柄木は言葉を投げる。「俺とヒーロー殺し、何が違うんだ？」出久は答える。「僕もヒーロー殺しも始まりはオールマイトだった」。それを聞いた死柄木に≪信念≫が宿る。「オールマイトを殺し、オールマイトのいない世界を創り、正義が脆弱であることを暴いてやる」。出久と死柄木…「全部、オールマイトだ」。ヒーローと敵＜ヴィラン＞の戦いは、これから―！！
『僕のヒーローアカデミア THE MOVIE ～2人の英雄（ヒーロー）～』公開時に入場者プレゼントとして限定配布された特典冊子のために、原作者の堀越耕平が描き下ろした新作漫画。“ヒロアカ”のキーキャラクターであるオールマイトの知られざる過去が描かれ、堀越自身も「ちょっと描きすぎた」と語るほど重要な、原作本編に関わるエピソードとなる。
白熱の期末試験が終わり、夏休みの林間合宿を控えた雄英高校メンバー。 デクとオールマイトは、ある人物からの招待を受け海外に浮かぶ巨大人工移動都市を訪れていた。 世界中の科学研究者たちの英知が集まったまさにサイエンスハリウッドのような島で個性やヒーローアイテムの研究成果を展示したが開催される中デクは“無個性”の少女・メリッサと出会う。メリッサに、かつて同じ“無個性”だった自分を重ねあわせるデク。 その時、突如鉄壁のセキュリティを誇るアイランドの警備システムが敵＜ヴィラン＞にハッキングされ島内全ての人間が人質に獲られてしまう！ いま、ヒーロー社会の構造を揺るがしかねない【ある計画】が発動する―！ その鍵を握るは、平和の象徴(ナンバーワンヒーロー)・オールマイト。
≪I・アイランド≫での事件の翌日、デクとオールマイトは、デヴィット、メリッサの今後について話し合う。一方、オールマイトの計らいにより、1年A組一同でのBBQが始まる――！
雄英高校は夏休みに突入！家で自主トレーニングに励んでいた出久は、峰田と上鳴に、学校のプールで林間合宿に向けた体力強化訓練をしようと誘われる。その訓練は、2人が女子たちの水着を見るために仕組まれたものだった―！しかし、そうとも知らない出久が他のＡ組メンバーに声をかけ、峰田と上鳴の悪巧みはあっさり崩れ去る。訓練に励む中、出久たちは、怒涛のように過ぎ去った１学期を思い返すのだった。その頃、敵＜ヴィラン＞連合のアジトでは、死柄木が次の「ゲーム」を始めようとしていた―。
出久たち雄英高校ヒーロー科は、パワーアップのため林間合宿へ出発。しかしその道中、出久たちは途中でバスを降ろされる。待っていたのはヒーローチーム「プッシーキャッツ」だった。そこから宿泊施設まで“魔獣の森”を通って自力で辿り着くよう指示された出久たちに、次々と魔獣たちが襲い掛かる！それぞれが成長ぶりを見せながら進んでいく1-Aメンバーたち。なんとか宿泊施設にたどり着くと、そこにはヒーローを敵視する少年・洸汰の姿があった。一方その頃、敵＜ヴィラン＞連合は林間合宿に狙いを定め…。
ついに始まった“個性”強化訓練。それは、生徒それぞれが自分の“個性”の「限界突破」を目指すというシンプルなものであった。1年B組のメンバーも合流し、合宿は激しさを増していく。そんな中、出久は洸汰にとっての“ひみつきち”で、“個性”社会に対する彼の思いを知るのだった。自分と異なる考え方に直面し悩む出久。しかし、答えを出す暇も無く合宿は進行し、レクリエーションの肝試しが始まった。ペアに分かれ、各々が楽しむ最中、突如有毒のガスが森中に広がる。敵＜ヴィラン＞連合・開闢行動隊が出久たちを襲う―！
雄英の林間合宿地に現れた敵＜ヴィラン＞連合・開闢行動隊。そのひとり“血狂い”マスキュラーの魔の手が洸汰に迫る。マスキュラーは、洸汰の両親を殺害した犯人だった。そんな危機一髪の状況に現れたのは、出久！洸汰を守るため、“個性”「ワン・フォー・オール」で立ち向かう。しかし強力な「筋肉増強」の“個性”を持つマスキュラーに追い詰められていく。自損覚悟の100％SMASHですらたいしてダメージを与えられない。本気で襲い掛かるマスキュラーに対し、出久は洸汰を守るために、己の限界を超えていく！！
マスキュラーを倒した出久は、相澤のもとに洸汰を連れて行き、状況を報告。そして重傷を負いながらもマンダレイのもとに急ぐ。相澤から下された「戦闘許可」と、敵の狙いのひとつが爆豪であることをヒーロー科全員に伝えるためだ。その爆豪は轟と共に敵＜ヴィラン＞・ムーンフィッシュと対峙。そして有毒ガスが充満するエリアでは、鉄哲と拳藤がガスの源である敵＜ヴィラン＞・マスタードを発見する。しかし、強力な“個性”と拳銃を持つマスタードに苦戦を強いられる。それでも、勇気を振り絞り、拳藤の“個性”と、鉄哲の拳がうなる！
出久は、暴走したダークシャドウに取り込まれる常闇に遭遇する。常闇を救けるか、爆豪のところに急ぐか…。「2人とも救けたい」と、出久は居合わせた障子と共に、常闇をムーンフィッシュと戦う爆豪と轟のところまで誘導し、ムーンフィッシュを撃退。常闇も自我を取り戻した。一方、お茶子と梅雨ちゃんもトガを何とか退け、出久たちと合流。しかし、一瞬の隙を突かれ、爆豪と常闇を敵＜ヴィラン＞のMr.コンプレスに捕われてしまった！。目標を達成し、退却を始める敵＜ヴィラン＞連合。爆豪と常闇を救け出すため、出久や轟たちは懸命にその後を追う！！
爆豪と常闇が敵＜ヴィラン＞連合に捕まった！お茶子と梅雨ちゃんの“個性”でなんとか追いついた出久たちは常闇を取り戻すも、爆豪はそのまま連れ去られてしまう。林間合宿は最悪の結果で幕を閉じ、雄英はバッシングに晒され、オールマイトは自身のふがいなさを責める。しかし、警察の捜査により敵＜ヴィラン＞連合に関する有力な情報が入る。一方、入院した出久は、お見舞いに来たＡ組メンバーから、八百万が“個性”で作った発信機によって敵＜ヴィラン＞連合のアジトの位置が把握できることを聞かされる。そして切島から爆豪救出に誘われ―！
出久は轟と切島から爆豪救出に誘われるが、その行為は許されるものではなかった。悩んだ結果、救出に向かうことに決めた出久は病院を抜け出すも、飯田が止めに現れる。飯田は3人に、かつて兄の仇討ちのため暴走した自分を重ね、厳しい言葉を投げかける。しかし出久たちの決意は固く、かつ戦闘なしの隠密行動という。結果、飯田と八百万も監視役として同行することになり、発信機が示す神野区に向かう。一方、敵＜ヴィラン＞連合アジトでは、拘束された爆豪が死柄木に仲間になるよう言葉を投げ掛けられていた。爆豪の答えは―！？
死柄木の誘いに対し、爆豪は「オールマイトの勝つ姿に憧れた」と言い放ち拒否する。同時に雄英の責任を問う記者会見が行われていたが、それは敵＜ヴィラン＞を欺く罠だった！アジトにオールマイトをはじめとするプロヒーローたちが集い、攻勢を仕掛ける。さらにプロヒーローの別動隊が、出久たちが突き止めた脳無工場を制圧した。追い詰められる敵＜ヴィラン＞連合。オールマイトの問いかけに対し、死柄木は叫ぶ。「お前が嫌いだ!!」その時、アジトに大量の脳無が出現。そして出久たちの前に“巨悪”オール・フォー・ワンが姿を現す―。
オール・フォー・ワンによりヒーローチームVS敵＜ヴィラン＞連合の形勢は逆転。脳無工場のプロヒーローは全滅、確保した敵＜ヴィラン＞連合と爆豪もオール・フォー・ワンの“個性”で転送されてしまう。その先は出久たちが居合わせた脳無工場だった。爆豪を救けに動こうとする出久を飯田は決死に止める。なすすべなく思えたその時、現れたのはオールマイト！遂に始まるオールマイトVSオール・フォー・ワン。その傍では死柄木たち敵＜ヴィラン＞連合が爆豪に襲い掛かる。そんな中、出久は戦闘を避けつつ、爆豪を救出するための作戦を思いつく！
出久たちが爆豪を救出した！オールマイトはオール・フォー・ワンに渾身の一撃を叩き込むが、無情にも活動限界が訪れ、隠してきた痩せこけた真の姿がテレビに映し出されてしまう。それでも闘志を燃やすオールマイトに対し、オール・フォー・ワンは残酷な事実を告げる。「死柄木弔は、志村菜奈の孫だよ」。志村菜奈は「ワン・フォー・オール」の先代継承者であり、オールマイトの師匠だった。絶望するオールマイト。しかし、平和の象徴として皆を守るため、彼は再び奮い立つ！オールマイトVSオール・フォー・ワン、決着―!!
オールマイトの手によってオール・フォー・ワンは倒され逮捕されたが、オールマイトも力を使い果たし、世界は「平和の象徴」を失った。オールマイトから、その事実と自分を育てることに力を注ぐことを告げられた出久は号泣した。そんな中、敵＜ヴィラン＞の脅威から生徒を守るため、雄英高校の全寮制への移行が決定。オールマイトと相澤は説明のため生徒たちの家を回る。しかし、出久の母は、息子の無事を願う気持ちから雄英に預けることを拒否する。それでも出久はヒーローになる固い決意を見せる。そしてオールマイトは―。
全寮制の初日。入寮を前に、相澤は独断で爆豪を救出に行った出久、轟、切島、飯田、八百万の5人、そしてそれを知りながら止めなかった生徒たちを咎める。相澤の言葉が胸に突き刺さる出久たち。爆豪は皆のそんな気持ちを振り払うように振る舞うのだった。そしてそれぞれが自室を作る中、全員が部屋を披露してセンスを競う「部屋王決定戦」が開催！果たしてA組メンバーはどんな部屋を披露するのか！？しかし、なぜか梅雨ちゃんは参加せず…。そして翌日、プロヒーロー仮免取得に向けた「必殺技」を編み出す授業が始まる！
「仮免試験編」スタート！A組の生徒たちは、残りの夏休みを使って“個性”を伸ばしつつ必殺技を編み出す、圧縮訓練を行うことになる。しかし、腕に爆弾を抱えている出久には無理ができない。悩む出久に対し、オールマイトは言葉を投げかける「君はまだ私に倣おうとしているぞ」。答えが出ないまま向かった開発工房で、出久、お茶子、飯田の3人はサポート科の発目明に再び出会う。相変わらず自由な発目に振り回される3人。しかし、そんな発目の一言や、オールマイトの言葉から、出久はヒントを得て―！
プロヒーロー仮免試験を目前に控える雄英高校ヒーロー科1年A組は、授業で2チームに分かれての災害救助訓練に臨むことに。地下の大型ショッピングモールで火災が発生し、取り残された要救助者に見立てた人形を保護するというものだ。 デクたちAチームの10人は手分けして要救助者を探し始めるが、突如施設の崩落事故が発生し、地下に閉じ込められてしまう！更なる崩落の危険もあり、電気も通らず、酸素も薄くなり、さらに生徒も負傷してしまった。一刻の猶予もない中、デクたちは力と“個性”を合わせ、離れ離れになったメンバーとの合流と地下からの脱出を目指す。果たして、無事に生還することができるのか―!?
新コスチュームで、脚をメインに使う戦闘方法「シュートスタイル」に辿り着いた出久。他のA組生徒たちも次々と必殺技を完成させていく。そしていよいよ仮免試験当日がやってくる。その会場には、雄英の推薦入学を断ったという夜嵐イナサの士傑高校や、真堂揺をはじめとする傑物学園など、多くの受験者の姿が。そんな彼らと競い合うことになる仮免試験の一次選考は、1540人中100人が勝ち抜けという過酷なものであった！しかも、毎年、試験開始直後に展開される“雄英潰し”のため、受験者たちが出久たちに牙を剥く！
仮免試験の第一次選考は、それぞれに付けられたターゲットにボールを当てることで脱落させるサバイバル！襲い掛かる受験生たちの攻撃を、編み出した必殺技で乗り越えていく出久たち。一方、士傑高校の夜嵐は強力な“個性”で受験者を圧倒し早くも合格を果たす。そして、傑物学園の真堂の“個性”で仲間と分断された出久に、士傑高校のケミィが襲い掛かる！ケミィの妖しげな雰囲気に出久は困惑する。そこにお茶子が駆け付け、他の受験者の攻撃も避けながら出久は反撃の機会をうかがう。しかし、そのお茶子はケミィが変身した姿だった！
仮免試験一次選考、轟は誠刃高校の生徒たちの襲撃を受ける。相手の“轟対策”をかいくぐり、ステージの形状を利用した攻撃で一次選考を突破した。梅雨ちゃん、八百万、耳郎、障子は、聖愛学院の印照才子の作戦に追い詰められる。しかし、八百万は相手の狙いが自分の“個性”「創造」を使いきらせることにあることに気付き、防御ではなく攻撃のために“個性”を駆使して、4人は危機を脱した。そして、爆豪・切島・上鳴は、士傑高校の肉倉精児と対峙。一方、多くの受験者に囲まれた出久・お茶子・瀬呂は、状況を打開するべく動き出す！
士傑高校・肉倉精児の“個性”で切島が肉塊に変えられ、爆豪も反撃する中で隙をつかれ、肉塊にされてしまう。残された上鳴だったが、爆豪と切島をけなす肉倉に対し新コスチュームでの必殺技を繰り出す！肉倉の“個性”がダメージで解除され、爆豪と切島が復活。3人は一次選考を突破した。一方、出久は機転を利かせお茶子と瀬呂と共にクリア！合格枠も残りわずか、A組はまだ9人が突破しておらず、しかも散り散りになっていた。そんな中、青山は自ら犠牲になろうとレーザーを放ち、飯田を救おうとする。そこにA組のメンバーが集結した！
仮免試験の二次選考は救助演習！「敵＜ヴィラン＞によるテロが発生」という神野区での事件を模したような設定に、出久たちは奮い立つ。開始後、さっそく要救助者役の「HUC」のメンバーを救出するも、その手順などに激しいダメ出しを受ける出久。それでも、チームワークや偶然もあり、救出を進めるＡ組の生徒たちであったが、突如、壁が爆発！「テロ」を起こした敵＜ヴィラン＞役として、No.10ヒーロー・ギャングオルカとその部下達が会場に乱入するのであった。ギャングオルカは言う「どう動く!?ヒーロー！」
今回は劇場版につながる特別編！夏休み、少人数に分かれ行われる特別演習に参加することになった出久たち。内容は、オールマイト：敵＜ヴィラン＞役、他の教師陣：人質役という配役での、対敵＜ヴィラン＞を想定した捕縛訓練であった！訓練が開始され、慎重に敵（オールマイト）と接触する出久たちだったが、結局一点突破の爆豪と共に突入してしまう。しかし、現場に居たのは、血だらけで倒れた敵＜ヴィラン＞と、縛られた人質たち、という意外なものであった！飯田は言う「人質たちの中に…敵＜ヴィラン＞を殺した犯人がいる！」出久は推理を進める内に、悲しい真実に思い至り―！
救助演習に敵＜ヴィラン＞役としてNo.10ヒーロー・ギャングオルカが乱入！出久たち受験者は敵＜ヴィラン＞の制圧か、救助を続けるか、各々の役割を正しく判断して動かねばならない。圧倒的な力を持つギャングオルカに対し、立ち向かったのは轟と夜嵐だった！しかし、息が合わず足を引っ張り合う2人。かつて夜嵐は轟と轟の父エンデヴァーと出会った際、その態度に嫌悪感を覚えていたのだ。その場で口論まで始める2人だったが、出久の言葉でようやく自らの過ちに気付く。絶体絶命のピンチの中、“個性”を合わせ、ギャングオルカにある策を仕掛ける！
仮免試験の全行程が終了！雄英ヒーロー科1-Aは爆豪、轟を除く18名が合格。士傑は夜嵐が不合格という結果に終わった。しかし3人は特別講習に向けて意気込む。そして、人知れずケミィに変身していたトガが闇に消え、仮免試験は幕を閉じた。一方、オールマイトは収監施設・タルタロスで、オール・フォー・ワンと対峙していた。全身を拘束されながらも、社会の混乱を言い当てる巨悪に対し、オールマイトは己の決意を言い放つ。そしてその晩、出久は爆豪に呼び出され、あることを問われる。「オールマイトから貰ったんだろ。その“個性”」
「戦えや。ここで今」かつて爆豪を破ったグラウンド・βで、出久は再び爆豪と対峙する。本気で攻めてくる爆豪に対し、出久はとまどいを隠せない。しかし出久は、爆豪が、自分が攫われた事が原因でオールマイトが力を失ってしまったという責任に苦しんでいることに気が付き、全力で受けて立つことを決意する。以前より強さに磨きがかかった爆豪に対し、フルカウル・シュートスタイルで戦う出久。加速する戦いの中で、初めて互いに本音を明かし合いながら、感情が昂ぶった出久は、全体常時身体許容上限8％のワン・フォー・オール フルカウルを発動する！
街角のモーテルで、煙草をふかす男が一人…敵＜ヴィラン＞連合の一員・トゥワイスが街へ繰り出すと、そこには、“平和の象徴”不在で荒れる社会があった。徒党を組み好き放題暴れる犯罪者たち。そんな中、トゥワイスは、謎の男・オーバーホールと出会う。一方雄英高校は後期課程がスタート！始業式でカリキュラムの一つ「ヒーローインターン」を知るＡ組だったが、出久と爆豪は謹慎中。翌日、寮で清掃中の出久は不思議な男と出会う。見たことがある顔であったものの思い出せない出久。やがて謹慎が解け、授業に戻った出久の前に現れたのは―！？
雄英のトップに君臨する三年生、通称・ビッグ３が来た！3人のあまりに個性的なキャラクターに戸惑うＡ組の生徒たち。すると、ビッグ3のひとり通形ミリオが「言葉より実戦」と出久たちとまとめて戦うことに！相澤をもってして「最もNo.1に近い男」と言わしめるほどの実力でＡ組を一網打尽にするミリオは、その力はインターンで培ったと出久たちに語る。出久はインターン先を相談したグラントリノからオールマイトの元相棒を紹介される。一方その頃、敵＜ヴィラン＞連合は指定敵＜ヴィラン＞団体の若頭・オーバーホールと接触。ヒーローＶＳ新たな敵＜ヴィラン＞の戦いが、迫る―！
プロヒーローの仮免を取得し、次なるステージに向けて今日も授業に励む雄英高校ヒーロー科1年A組。そんなデクたちが住む寮に、取材で特田種男という新聞記者がやってきた。1-A生徒の寮生活を取材する、というのは表向きな理由で、実は特田は、オールマイトがオール・フォー・ワンを倒した直後の「次は、君だ」という言葉に着目し、彼の後継者が雄英高校にいるのでは？という疑念から特ダネを狙って来たのだった。生徒たちに次々とカメラを向ける特田は、オールマイトと話すデクの姿から、デクが後継者なのでは…と考え―！？
プロヒーローの事務所で活動する「ヒーローインターン」の受け入れ先を探すデクは、オールマイトに彼のかつての相棒（サイドキック）サー・ナイトアイへの紹介を頼む。ナイトアイと袂を分かっていたオールマイトは、ナイトアイの下でインターン活動をしている3年生の通形ミリオを介することを提案する。一方、勢力拡大を目論む死柄木弔率いる敵連合のアジトには、死穢八斎會のオーバーホールが現れていた。「計画がある」と死柄木たちに傘下に入るよう話すオーバーホールに対し、死柄木たちは敵意をむき出しにし激突する。
ミリオの紹介でサー・ナイトアイの事務所を訪れたデク。インターンとして働くために熱意を見せるものの、ナイトアイはデクを雇うメリットがない、と書類に印鑑を押そうとしない。ナイトアイは「自分から印鑑を3分以内に奪えばインターンとして雇う」という試験をデクに与えるが、ナイトアイの“個性”の前にデクの動きはすべて見切られてしまう。「オールマイトはワン・フォー・オールをミリオに譲るべきだった」と言い放つナイトアイ。デクは、自分を選んでくれたオールマイトに応えるべく、意を決してナイトアイに挑む！
ナイトアイの下でインターンができることになったデクは、ミリオとのパトロール中、壊理という少女と遭遇する。そこで壊理に声をかけてきたのは、ナイトアイがマークする死穢八斎會の若頭・オーバーホールだった。慎重に動くべきとやり過ごそうとするミリオと、怯える壊理を保護しようとするデク。しかし壊理はオーバーホールの殺気を感じ取り、自らデクから離れていった。ナイトアイの言葉、壊理とオーバーホール… モヤモヤとした気持ちが拭えないデクはオールマイトと話そうと彼を訪ねる。そこでオールマイトが発した衝撃的な言葉とは…。
デクと同じく、お茶子と梅雨ちゃんは雄英ビッグ3の波動ねじれの紹介でリューキュウの事務所で、切島は天喰環の紹介でファットガムの事務所で、それぞれインターン活動を始めていた。そんな中、チンピラのいざこざに遭遇する切島たち。ファットガムと天喰が見事な動きでチンピラを捕獲するが、天喰が撃たれ、無事ではあるものの“個性”が使えなくなってしまう！切島は銃撃犯を追うが、銃撃犯は“個性”をブーストさせる薬物でパワーアップする。大ピンチに陥った切島は、街の人々を守るため、“個性”強化訓練で編み出した新必殺技を繰り出す！
大阪での事件から数日後。デク、切島、お茶子、梅雨ちゃんのインターン組、ビッグ3、相澤やグラントリノらプロヒーローはナイトアイに呼び出され、そこで会議が行われる。天喰が撃たれた銃弾には“個性”そのものを壊す薬物が仕込まれており、薬には人間の血や細胞が含まれていた。薬の出どころは死穢八斎會。若頭のオーバーホールが、対象の分解・修復が可能である自身の“個性”と壊理の体を使って薬を作り出していたのだ！壊理を保護できなかったことを悔やみ責任を痛感するデクとミリオ。彼らは今度こそ壊理を救い出すことを決意する！
壊理を救出するため、プロヒーローと警察が捜査を進める一方、デクたちインターン組は何もできず待つことしかできなかった。ギリギリの精神状態の中、飯田や轟からの友達としての言葉に涙をこらえるデク。そんな中、ナイトアイが死穢八斎會の人間と接触、ついに壊理が八斎會の本拠地にいることを突き止めた。デクたちやビッグ3を含むヒーローチームが結成され、壊理救出作戦が始まる！しかし、そんなヒーローたちの動きをオーバーホールは見抜いており、ヒーローたちに対する刺客として、鉄砲玉 八斎衆を差し向ける。
死穢八斎會の本拠地に突入したデクたちだったが、八斎衆の入中が“個性”によってコンクリート壁を変化させ、行く手を阻む。一刻を争うため、あらゆるものをすり抜ける“個性”でミリオが先行。デクたちは後を追うが、八斎衆から窃野・多部・宝生の3人が立ちはだかる。戦うのは、“サンイーター”のヒーロー名を持つ天喰。「再現」の“個性”で優位に立つが、窃野・多部・宝生の連携で一転して窮地に。天喰は親友・ミリオとの過去を思い出し、ミリオから掛けられた言葉を胸に戦う。「俺は、太陽すら喰らう者（サンイーター）だ」！
死穢八斎會本拠地内を走るデクたち。入中が壁を変化させて“個性”を消せる相澤を狙うが、ファットガムと切島が身代わりとなって、別の部屋に落ちていった。そこで待っていたのは戦闘狂の乱波とバリアの“個性”を持つ天蓋だった。迎え撃つ切島だが、乱波のすさまじいパワーで安無嶺過武瑠（アンブレイカブル）を破られてしまう。「俺はまた何もできねえのかよ…」今の自分と中学時代の出来事を重ねてしまう切島。果たして切島は再び立ち上がれるのか…！？そして、動けない切島を守るために乱波の打撃を受け続けるファットガムだが、彼の秘策とは…！？
デクやナイトアイ、相澤たちは、本拠地内の壁を変化させる入中の“個性”に苦戦し、なかなか前に進めない。そこに、なんと敵連合のトガヒミコとトゥワイスが現れ、ヒーローたちに襲い掛かってきた！連合と死穢八斎會が手を組んでいたことに驚きを隠せないデクたち。しかし、連合の仲間であるマグネを殺し、さらに高圧的な態度を取る八斎會を、トガたちは疎んでいた。そんな八斎會と手を組むことを決めたのは、死柄木。トガとトゥワイスは死柄木の真意を図りかねながらも、死柄木の言葉を受け、ある企みを実行に移す…。
ついにミリオがオーバーホールと壊理に追いついた。しかし、オーバーホールに連れ従う酒木と音本の“個性”によりピンチに陥る。それでも壊理を救けるために、ミリオは叫ぶ！「俺が君のヒーローになる！」
銃弾を撃ち込まれたミリオは、“個性”を失った。それでもミリオは、壊理を守るためにオーバーホールたちとたったひとりで戦う。そこに、間一髪のところで、デクやナイトアイたちが駆け付けた！形勢逆転かと思われたが、オーバーホールは壊理を渡すまいと、部下の音本を分解し自らと融合させて、4本の腕を持つ恐ろしい姿に変貌する。懸命に立ち向かうナイトアイだが、“個性”を発動しても対処しきれず、さらに絶望的な未来を「予知」してしまう。そして、「おまえのせいで人が死んでいく」そうオーバーホールに言われ、壊理がとった行動とは…？
「君を救ける!!」デクが壊理に叫んだその時、八斎會を裏切った敵連合の誘導により、巨大なドラゴンの姿となったリューキュウが天井をぶち抜き現れた。その穴から壊理を連れ逃げようとするオーバーホールだったが、ミリオやデクの思いを受けた壊理の“個性”が突如発動、音本と融合した姿から元の姿に戻され、壊理を手放してしまう。しっかりと壊理を抱きとめたデクは、誰にも心配させることのないくらい、必ず勝って必ず助けるヒーローになるという信念の下、再び巨大な姿へと変貌したオーバーホールを前に、壊理を背負い立ち向かう！
ワン・フォー・オールを100%で解放、それにより負う怪我を壊理の“個性”で巻き戻す。命の危険と隣り合わせな方法だが、「壊理を救ける」という一心でオーバーホールに立ち向かったデクは、戦いに勝利し壊理の救出に成功した。ナイトアイが見た未来を、デクは“捻じ曲げた”のだった。オーバーホールは逮捕、警察車両で移送されるが、その道中に死柄木たち敵連合が姿を現す―！そして、オーバーホールとの戦いで瀕死の重傷を負い、病院に緊急搬送されるナイトアイ。彼がミリオに見る未来とは…？
オーバーホールの手からエリちゃんを救出したデクたちだったが、サー・ナイトアイの死という大きな犠牲を払っての結果だった。師であるナイトアイと“個性”を一度に失ったミリオを見舞ったデクは、それでも前向きなミリオの言葉に逆に勇気をもらうことに。お茶子、切島、梅雨ちゃんらも同じく、今回の事件を受けて決意を新たにし、4人は雄英寮へと帰ってきた。そんな中、爆豪と轟は、以前落ちたプロヒーロー仮免試験への再挑戦のための補講へと向かう。そこには、仮免試験で顔を合わせた夜嵐イナサら士傑高校のメンバー、そしてエンデヴァーの姿があった。
プロヒーロー仮免再試験の補講に臨む爆豪と轟、士傑高校の夜嵐イナサと現見ケミィ。そこに、以前仮免試験で敵＜ヴィラン＞役を務めていたギャングオルカが再び登場。爆豪たちが試験に落ちた理由は「ヒーローとしての≪心≫」にあるとし、彼らに課された補講は「問題児だらけの小学生たちと心を通わせる」というものだった！ひとクセふたクセある大暴れの子どもたちに爆豪たちは四苦八苦する。一方、爆豪と轟の引率で会場にやってきていたオールマイトは、エンデヴァーからトップヒーローとしての悩みを打ち明けられる。オールマイトの答えは…？
プロヒーロー仮免補講で、爆豪たちに対して子どもたちは本気で勝とうと“個性”を次々に繰り出してくる！それに対して爆豪、轟、夜嵐、ケミィは、子どもたちに「かっこいい」「すごい」と思わせることが必要だと、それぞれの“個性”を生かして巨大な氷の滑り台や幻想的なオーロラを作り出した！笑顔いっぱいになる子どもたち。4人は見事補講の課題をクリアするのだった。それを見ていたエンデヴァーの轟への心情にも変化が…。そしてある日、デクはクラスメイトの青山から理解不能な行動で迫られて…！？果たして青山の狙いとは？
雄英高校の文化祭に向けてヒーロー科1年A組はクラスの出し物を決める会議を行うがまったくまとまらず、その夜寮で再度話し合う。ヒーロー科以外の科の生徒たちも含め全員が楽しめるものを提供する、という発想と、仮免補講での経験をもとに連想した轟からの提案もあり、皆を笑顔にするため、ダンスは芦戸、バンドは耳郎を中心としてステージをすることに。そして翌日、エリを見舞ったデクとミリオは、いまだ治崎の呪縛から解かれず笑うということを知らないままのエリを文化祭に招待することを決める。そんな中、動画サイトを密かに賑わせている謎の2人が暗躍していた―。
文化祭ステージの準備を進める1年A組はバンドメンバーを決めることに。注目のボーカルは果たして…!_? そして動画サイトに犯罪行為をアップする2人組、ジェントルとラブラバは次なるターゲットを定める。
文化祭に向けて練習を始めた耳郎たちバンド隊と芦戸率いるダンス隊。轟たち演出隊もアイデアを出し合う。ある日、雄英高校にエリがやってきた。文化祭本番を前に雰囲気に慣れさせようと相澤とミリオが連れてきたのだ。デクとミリオに校内を案内してもらう中、文化祭の演劇の準備をするB組、ミスコンに臨むねじれたちの様子を見たエリは初めてワクワクする気持ちを味わう。また、デクはサポート科の発目と再会し、彼女にあるアイテムの開発を頼むのだった。一方、雄英文化祭当日が迫る中、ジェントル・クリミナルとラブラバは互いの絆を確かめ合い、襲撃成功を心に誓う―！
いよいよ文化祭当日がやってきた。ワン・フォー・オールの朝練中に発目からサポートアイテムのグローブを受け取ったデクは、そのままステージの小道具を買いにホームセンターに向かう。すると文化祭襲撃直前のジェントル・クリミナルとラブラバと遭遇！2人が動画サイトを賑わせている敵＜ヴィラン＞だと気づいたデク、襲撃を成功させたいジェントル、2人の戦いが始まった！もし雄英を襲撃されたら、その時点で文化祭は中止になってしまう…。デクはジェントルを止めようと、発目のアイテムを使った新技で応戦する。一方のジェントルも“個性”でデクの行く手を阻む！
文化祭当日の朝、まさに雄英襲撃直前のジェントル・クリミナルとラブラバと遭遇したデク。ジェントルのトリッキーな動きと“個性”に苦戦するが、新技「エアフォース」を駆使してジェントルを追い詰めていく。しかし「愛」を囁いた相手をパワーアップさせるラブラバの“個性”により、戦いは互角に。一方、クラスメイトたちはデクがまだ戻ってきていないことに気づくも事態を知らず、心配を募らせる。それぞれ辛い過去を経て悪の道に走ったジェントルとラブラバ。「辛い思いをしてきた人を救けるヒーローになりたい」という想いを走らせるデク。デクvsジェントル、決着！
ジェントルを倒したデク。現場には雄英教師のハウンドドッグとエクトプラズムが駆け付け、ジェントルとラブラバは拘束された。デクは急いで文化祭のステージへと向かう。会場にはミリオやエリたちをはじめ、たくさんの観客の姿が。そしていよいよ、雄英ヒーロー科1年A組のステージがスタート！「雄英全員、音でやるぞ！」とドラムを叩く爆豪、「よろしくお願いしまぁす！」の声と同時に歌いだす耳郎、音をかき鳴らすバンド隊、芦戸を中心に軽快に踊るダンス隊、それぞれの“個性”を生かして盛り上げる演出隊。会場を興奮が包んでいく。果たして、エリを笑顔にできるのか―！？
秋深まる11月、現役プロヒーローのランキング「ヒーロー・ビルボードチャートJP」が発表された。名だたるヒーローたちが上位にランクインする中、1位にエンデヴァー、2位に若干22歳のホークスが名を連ねる。発表のステージ上で他のヒーローたちに挑発的な態度を見せるホークスに対し、エンデヴァーは多くは語らず、前を見据えて「俺を見ていてくれ」とNo.1ヒーローとしての姿勢を示す。その後控室で、ホークスはエンデヴァーにチームアップを提案。敵＜ヴィラン＞連合の“改人”脳無目撃の話をし、後日エンデヴァーと博多で合流するが、そこに新型の脳無・ハイエンドが急襲する―！
現役No.1ヒーローのエンデヴァーとNo.2のホークスを、新型の脳無・ハイエンドが襲う！これまでの脳無と違い、言葉をしゃべり、パワーやスピードも段違いのハイエンドを警戒するエンデヴァー。ホークスは“個性”剛翼で人命救助にあたりながらエンデヴァーをサポートする。しかし、ハイエンドの圧倒的な力の前にエンデヴァーは窮地に陥り、街の人々にも危険が迫っていく。深手を負いながらも、勝利の可能性を信じて立ち向かうエンデヴァー。その姿を見つめるデク、轟、オールマイトの心に去来するものは―？ヒーローたちの戦いは、新たなステージへと向かう！
雪が降り続く冬のある夜。ヒーロー社会を壊そうと目論む敵＜ヴィラン＞・死柄木弔たちが、密かに【何か】を運ぼうとしていた。彼らの動きを事前にキャッチしたプロヒーローたちが現場に駆け付け、激しい戦いを繰り広げる。その戦いの中、その【何か】は、仲間とともに去って行った。「実験は、成功した―。」という言葉を残して。 ちょうどその頃、出久たち雄英高校ヒーロー科1年A組の面々は、引退したNo.1ヒーロー・オールマイトの後を継ぐ“次世代のヒーロー育成プロジェクト”の一環として、クラス全員で期間限定の校外ヒーロー活動のために日本のはるか南に位置する離島・那歩島(なぶとう)を訪れていた。 ここしばらく大きな事件が全く起きていない平和な島で、駐在ヒーローとして島の人々の生活を助けながら、忙しく、それでいてのんびりとした時間を過ごす中、出久たちは真幌(まほろ)と活真(かつま)という二人の姉弟と出会う。ヒーローに憧れる活真と早速打ち解ける出久だったが、なぜか真幌は、かたくなに活真を出久たちから遠ざけるのだった。そんな中、突如謎の敵＜ヴィラン＞たちが那歩島に襲来、次々と島の施設を破壊していく。それを指揮するのは、「ナイン」。出久、爆豪ら1年A組のメンバーは力を合わせて敵＜ヴィラン＞に立ち向かうが、ナインの圧倒的な“個性”と力は想像を遥かに超えるものだった。 なぜ、ナインたちは那歩島を襲撃したのか？そして、出久たち1年A組の“ニューヒーロー”たちは、果たして最凶の敵＜ヴィラン＞から活真と真幌、そして島の人々を守ることができるのか―！？
No.1ヒーローのエンデヴァーとNo.2のホークスがタッグを組み、脳無・ハイエンドと繰り広げた激戦を熱く語る雄英高校ヒーロー科１年Ａ組の面々。そこに相澤がやってきてＨＲが始まろうとしたその瞬間、教室内に警報が鳴り響く！雄英高校敷地内に敵ヴィランが侵入したとの知らせとともに出動要請が出され、グラウンドβに急行すると、そこには黒い煙が立ちのぼっていた。状況把握に努める偵察班からビルの爆発で火災が発生したとの報が入り、消火班＆救助班が出動する。それぞれが“個性”を駆使して事件を解決へと導いている中、姿を現した敵ヴィランとは――!?
脳無“ハイエンド”をなんとか倒したエンデヴァーとホークスだったが、そこに新たに荼毘が現れる。一方、デクは夢の中で、あの“巨悪”らしき男と、もうひとりの男の姿を目の当たりにする。
デクが不思議な夢を見た翌日の午後、１年A組の生徒は運動場γへ。そこで１年B組との合同戦闘訓練「対抗戦」が始まる！そしてそこには、普通科C組の心操人使の姿も…！
1年A組とB組それぞれで４人組のチームを作り「敵＜ヴィラン＞グループを包囲し確保に動くヒーロー」という設定による対抗戦がスタート！第１戦は梅雨ちゃん・切島・上鳴・口田に普通科C組の心操を加えたA組チームと、塩崎・宍田・円場・鱗のB組チームが対決！初っ端から塩崎を囮とした奇襲を仕掛け、さらに宍田のパワーを生かしたラッシュを仕掛けるＢ組。一方、Ａ組も心操の新技「ペルソナコード」を駆使した作戦で対抗。互いがそれぞれの“個性”とチームワークを見せつけ白熱する対抗戦の初戦、先手を取るのはどちらなのか…!?
A組vsB組の対抗戦第２セット、職場体験を共に過ごした八百万と拳藤、そして同じ「闇」を駆使する“個性”を持つ同士の常闇と黒色。ライバル同士の負けられない戦いが始まる！
A組とB組のチーム対抗戦は第2試合に突入！八百万立案の作戦により一旦はA組チームが優位に立つが、B組チームもプランを変更して反撃開始！小森のキノコを発生させる“個性”と吹出のオノマトペを具現化する“個性”で、試合会場を分断し、A組チームの司令塔である八百万を孤立させることに成功する。小森＆吹出が繰り出す遠距離攻撃に翻弄されるA組チーム……そして、リーダー同士による頭脳戦は一転、拳藤から近接攻撃で一騎討ちを仕掛けられ、防戦一方の八百万。しかし、八百万にはこの窮地を脱する策が…。実力伯仲の第2試合、果たして勝敗は――!?
第2試合はB組がA組に勝利し、1勝1敗の五分に。拮抗した戦いが繰り広げている対抗戦の第３試合は、飯田、障子、轟、尾白の索敵や範囲攻撃などオールマイティに活躍が見込めるＡ組チームと、鉄哲を筆頭に、回原、骨抜、角取の索敵能力は欠けるが真っ向勝負に向いているＢ組チームの戦いに。初動から鉄哲が周囲を破壊して視界を広げ、ガチンコ勝負を狙っていくが、工場群の間から轟の“個性”で作った氷塊がＢ組の面々を包み込む！そこから、轟vs鉄哲、尾白vs回原、障子vs角取、飯田vs骨抜と次々マッチアップする怒涛の展開へ――！
対抗戦第3試合、A組は轟の氷結でB組の身動きを封じようとするが、骨抜を起点とした個々の“個性”でＢ組チームも反撃を仕掛けていく。骨抜の“個性”に対し、飯田は自身のスピードをさらに高めた新技「レシプロターボ」で応戦！すぐさま飯田は回原との戦いに苦戦している尾白の助太刀へと向かい、捕まえることに成功する。A組チームが優位に立つ中、氷塊の盾を砕きながらその発生源である轟に迫る鉄哲。轟は氷結から炎熱に切り替えるが身体を鋼質化する鉄哲に効かず、圧倒的な近接攻撃に手も足も出ない。果たして轟はこの戦況を変えられるのか…!?対抗戦第3試合、A組は轟の氷結でB組の身動きを封じようとするが、骨抜を起点とした個々の“個性”でＢ組チームも反撃を仕掛けていく。骨抜の“個性”に対し、飯田は自身のスピードをさらに高めた新技「レシプロターボ」で応戦！すぐさま飯田は回原との戦いに苦戦している尾白の助太刀へと向かい、捕まえることに成功する。A組チームが優位に立つ中、氷塊の盾を砕きながらその発生源である轟に迫る鉄哲。轟は氷結から炎熱に切り替えるが身体を鋼質化する鉄哲に効かず、圧倒的な近接攻撃に手も足も出ない。果たして轟はこの戦況を変えられるのか…!?
第4試合、爆豪率いるA組チームと、推薦入学者の取蔭を中心とするB組チームの対戦。爆豪が先行するA組に対し、取蔭による戦略で迎え撃つB組は、爆豪の独断先行を利用しようと…。
Ａ組とＢ組による対抗戦もいよいよ最終戦。Ａ組はデク、お茶子、芦戸、峰田。対するＢ組は物間、柳、庄田、小大に心操を加え、両チームは相対する。A組はチーム内で最もスピードのあるデクが囮となり相手の居場所を割り出す作戦に出る。そこで物間の挑発を受けたデクは怒りのままに「ワン・フォー・オール」で技を繰り出そうとするが、その瞬間、デクの体から黒い“何か”が吹き出す！周囲を破壊しながら苦しむデク。そんな彼を助けようと駆け出すお茶子。すると突如デクは前日と同じ不思議な空間に足を踏み入れ、見知らぬ男と出会う。
デクの体から発現した黒い“何か”は、「ワン・フォー・オール」の中に宿っているとされる複数の“個性”のひとつである「黒鞭」だった。お茶子と心操の助けでデクが我に返ると、試合はそのまま乱戦へと突入！B組の柳＆庄田＆小大の連携攻撃に対し、A組も芦戸と峰田も「酸」と「もぎもぎ」の“個性”を駆使し、拮抗した戦いが繰り広げられる。そして物間はデクの“個性”の「コピー」を狙う！さらに、デクと心操の体育祭以来の直接対決が迫る。予期せぬアクシデントから始まった対抗戦の決着の行方はどうなるのか――!?
Ａ組の勝利で幕を下ろした対抗戦。この対抗戦を通してヒーロー科の凄さを実感したという心操に、ヒーロー科の面々と遜色ないくらいに状況判断や動きが凄かったと伝えるデク。相澤から心操が2年進級と同時にヒーロー科編入することが発表され、対抗戦は幕を閉じた。そしてその日の夜、デクは対抗戦中に発現した“個性”の「黒鞭」を知るため、オールマイトと爆豪と共に訓練を始めるが…。そして、Ａ組のメンバーが積雪に心躍る日曜日。爆豪と轟はついにプロヒーロー仮免補講の最終日に臨み、まさにその夜、事件現場に遭遇する。
A組生徒たちは特別講師を招いてのメディア講習に臨む。そして敵（ヴィラン）の影を受け、プロヒーローインターン活動再開の動きが。そしてA組はクリスマスパーティーでメリる！
新年を迎え、轟からの誘いを受けたデクと爆豪は、No.1ヒーロー・エンデヴァー事務所でのインターンをスタート！しかし、轟1人だけと考えていたエンデヴァーは、デクと爆豪に対しては苦い顔…。そんな中、早速暴れている敵ヴィラン・星のしもべと遭遇！事件解決に向けて翔るエンデヴァーを、デク、爆豪、轟は必死に追う。エンデヴァーに襲い掛かろうとした敵ヴィランの一味を3人が取り押さえようとした瞬間、そこに現れたのはホークスだった。するとホークスは、突然エンデヴァーに『異能解放戦線』の本を薦める。その真意とは――!?
「異能解放」を謳う謎の敵ヴィラン組織にスパイとして入り込んだホークス。その組織の会議の場には、なんと敵ヴィラン連合メンバーの姿が…!? 一方、ホークスから受け取った「異能解放戦線」の本に隠された暗号を読み解き、敵ヴィランが勢力を拡大していることを知ったエンデヴァーは、デク、爆豪、轟を自ら鍛え始める。そして3人は指導を受ける中で、各々の課題と向き合う。そして、このインターン中でクリアすべき、エンデヴァーから下された指令はただひとつ。「この冬の間に一回でも、俺より速く敵ヴィランを退治して見せろ！」。
デクたちだけでなく、雄英高校ヒーロー科の生徒たちはそれぞれインターンへ！お茶子と梅雨ちゃんはねじれとともに、ドラグーンヒーロー・リューキュウの事務所へと再び赴く。初日を終え催された歓迎会の最中、違法薬物《トリガー》の秘密工場爆発が原因とされるカフリン国で起こった山火事のニュースが流れ、トリガーを生成する薬品類が無くなっていたという。そこに突如舞い込んできた海難ヒーロー・セルキーから密輸船探索のチームアップ要請！梅雨ちゃんにとっては職場体験以来のセルキーやシリウスとの再会だが、果たして、密輸船を見つけ出すことはできるのか――!?
エンデヴァーの事務所でのインターン活動中のデク、爆豪、轟は、トップヒーローの圧倒的な実力を目の当たりにする日々。最高峰の現場で必死にエンデヴァーの背中を追い、経験を積み上げていく。そんな中、パトロール後にデクと爆豪、轟がエンデヴァーに連れられ向かった場所は、なんと轟家…!?弟の友達に会いたいと、姉・冬美が夕飯を一緒にと呼んだのだ。みんなで食卓を囲むが、兄・夏雄とエンデヴァーの間に走る緊張感などから、デクと爆豪は、轟家がいまだ色々な問題を抱えていると改めて知る。過去を深く反省し、家族の団欒を取り戻そうとするエンデヴァーだったが――。
轟の姉・冬美が主催した轟家での夕食会を終え、エンデヴァーがデク・爆豪・轟を学校まで送り帰す道中、彼らの前に敵ヴィランが立ちはだかる。しかも敵ヴィランの傍らには、先に帰路へついたはずの夏雄が捕らえられている…！自らを“エンディング”と名乗るその敵ヴィランは過去にエンデヴァーが捕らえた男でありながら、そのエンデヴァーに強い憧れを抱いていた。夏雄を人質にとり、エンデヴァーにある要求を突きつけるエンディング。エンデヴァーに続き、デク、爆豪、轟も駆け出す！果たして、無事に夏雄を救い出すことができるのか――!?
インターン三昧だった冬休みを終え、新学期を迎えたデクたち１年Ａ組。新年最初の授業は、冬休みの間に得られた成果や、新たに見えた課題などを共有する「実践報告会」！しかし、そこについさっき教室を訪れた相澤の姿はなく…!?その相澤はといえば、緊急連絡を受け、プレゼント・マイクとともに敵ヴィラン犯罪者を収監する特殊施設・タルタロスへと向かっていた。タルタロスで塚内、グラントリノと合流した相澤とマイクは、そこに収監されているある人物と、衝撃の再会を果たす。その人物に隠された秘密とは…？そして、その人物に相澤とマイクは語り掛ける―！
時は遡り10月頃。死柄木たち敵ヴィラン連合の前に、謎の巨人が突如現れる。その男こそ、オール・フォー・ワンの忠実なしもべ・ギガントマキアだった。死柄木がオール・フォー・ワンの後継者に相応しいか見極めるためと、襲い掛かるギガントマキア。圧倒的なパワーの前に苦戦を強いられる敵ヴィラン連合だったが、そこへオール・フォー・ワンの側近のドクターから連絡が入り、突如彼のもとへ転送される。死柄木に対し、これから何を見せてくれるのかを問うドクター。そして、協力の条件として死柄木が突きつけられたのは、ギガントマキアを屈服させること――!?
ギガントマキアとの戦いの最中、義爛を人質にとった「異能解放軍」最高指導者、リ・デストロから宣戦布告され、敵ヴィラン連合一同は泥花市へと赴く。泥花市は、異能解放軍に属する「解放戦士」の解放区となっており、異能解放軍幹部・トランペットの宣言とともに《再臨祭》が開始される！突如、足元が爆発して敵ヴィラン連合の面々と引き離されてしまったトガの目の前には、もう一人の幹部・キュリオスの姿が。取材対象としてトガに興味津々で元記者の血が疼く気月は、トガに攻撃と“取材”を仕掛ける。過去を回想しながら、トガの中で爆発する想いとは―!?
敵ヴィラン連合と異能解放軍の総力戦が繰り広げられる泥花市。蒼い炎を操る“個性”の荼毘と、氷を操る“異能”の外典が対峙。一方、重傷のトガを見つけたトゥワイスだったが、そこに無数の偽トゥワイスが襲い掛かる！その偽物たちは異能解放軍幹部・スケプティックが“異能”で作り出した操り人形だった。トゥワイスのマスクを剥がしつつ、精神を刺激するため目の前でトガの首を捻り始める。窮地に陥る中、トガを助けたい一心のトゥワイスに変化が…!? そして死柄木は、襲い来る解放戦士たちを“個性”崩壊でこなごなに壊しながら、リ・デストロを目指す。
トゥワイスの「二倍」の“個性”を囮にし、ついにリ・デストロを地上へと下ろした死柄木。いよいよ２人の直接対決が始まる！すると、リデストロは自身にストレスを溜め込んだぶん巨体に変化し強烈なパワーを発揮できる“異能”で死柄木を圧倒する。すると、連合と解放軍の戦闘でひどい惨状となった泥花市の街に、巨大な足音が近づいてくるのだった…！そんな中、リ・デストロに身体を傷つけられていく死柄木の頭に、忘れていた幼い頃の記憶がよみがえっていく。両親、姉、祖父母、飼い犬に囲まれた幼い自分。それがある日、崩れ落ちていく―。
リ・デストロとの死闘の中、死柄木には過去がフラッシュバックしていた。自身と家族に起きたこと、オール・フォー・ワンとの出会い、溢れ出る破壊衝動、「死柄木弔」の名…すべてを思い出し、覚醒する死柄木！その姿を見たリ・デストロは、不思議な感覚に陥る。死柄木を中心に泥花市の住宅街が次々と崩壊していき、デトネラット社特製のスーツに身を包んだリ・デストロさえも追い詰めていく。眠りから覚め、解放戦士を弾き飛ばしながら死柄木の元へ向かっていたギガントマキアが見たものとは――。敵ヴィラン連合VS異能解放軍、全面戦争ついに終結！
最高峰の現場であるエンデヴァー事務所でのインターンに明け暮れた冬休みを終え、雄英高校１年生としての３学期を迎えたデク。オールマイトにその成長ぶりを披露し、その後オールマイトと爆豪と共に歴代のワン・フォー・オール継承者の秘密に迫る。 覚醒し、リ・デストロを屈服させ、10万以上の数を誇る異能解放軍を掌握した死柄木は、「超常解放戦線」を束ねる存在として君臨。全てを壊すための更なる力を得るため、ドクターの用意した“地獄の４か月”の眠りに入る。 ヒーローと敵ヴィランの戦いは、新たな、そして壮絶なるステージへ――。
《個性終末論》という危険な思想を掲げる謎の集団・ヒューマライズ。 “個性”を暴走させ崩壊に導く爆弾を武器に世界各国に宣戦布告する。「タイムリミットは2時間」。 世界を救うため、各国のプロヒーローと雄英高校ヒーロー科が招集され世界選抜を結成! ヒロアカ史上最大の危機が襲いかかる!!
次は、君だ―—。 超常能力“個性”を持つ人間が当たり前になった世界で、“平和の象徴”と呼ばれたかつてのNo.1ヒーロー・オールマイトが“悪の帝王”との死闘を制した直後に発した言葉。 オールマイトがNo,1ヒーローの座を退いた後も、彼のヒーローの意志は、出久たち雄英高校ヒーロー科に受け継がれた。 出久たちが雄英2年目の春に勃発した、ヒーローvs敵＜ヴィラン＞の全面戦争。出久は恐るべき力を手に入れた死柄木弔と対峙、激しくぶつかり合う。ヒーローと敵＜ヴィラン＞の双方が大きなダメージを受け、死柄木の撤退により戦いは一旦の終結を見るが、再び相まみえる決戦の時は刻一刻と近づいていた。 そんな全面戦争の影響で荒廃した社会に突如、謎の巨大要塞が現れ、次々と街や人を飲み込んでいく。 そして出久たちの前に、“平和の象徴”を思わせる男が立ちはだかり……
ホークスの内偵により、死柄木率いる敵（ヴィラン）勢力“超常解放戦線線”の決起の情報を得たプロヒーローと警察は、敵（ヴィラン）一斉確保のために集結、最大規模の作戦に臨む。そこには、デクたち雄英高校ヒーロー科の生徒たちの姿もあった。そしていよいよヒーローたちが“超常解放戦線”のアジトである群訝山荘と、ドクターこと殻木球大のいる蛇腔病院に突入！エンデヴァーたちは早速ドクターを補足するが、そこに大量の脳無が出現！一気に戦いへとなだれ込んでいく。いよいよ、ヒーローと敵（ヴィラン）の全面戦争へ―！
ドクターを確保すべく蛇腔病院に突入したエンデヴァーたちは大量の脳無と交戦。No.5ヒーローのミルコは先行してドクターを追うが、ドクターは最強の脳無“ハイエンド”を目覚めさせる。圧倒的な力を持つハイエンドに、ミルコはひとり立ち向かうが…!? 一方の群訝山荘を目指すヒーローたちの中には、遠距離・広域攻撃が可能な常闇と上鳴の姿も。クラスメイトたちはサポート役の後衛にもかかわらず前衛を任された上鳴は不安に駆られる。その時ミッドナイトが声をかけて…。すると、超常解放戦線の強力な“個性”を持つ敵（ヴィラン）が現れる！
超常解放戦線の幹部の“個性”による電撃を上鳴が無力化！勢いに乗るヒーローたちは群訝山荘へ到着、敵（ヴィラン）たちを倒していく。そしてその群訝山荘では、ホークスが要注意人物のトゥワイスを拘束。人の良い性格のトゥワイスに対し投降を促すホークスだったが、彼に騙され仲間を危機に陥らせてしまった自分と、騙したホークス、そしてヒーローに絶望するトゥワイス。そこに現れたのは、不敵な笑みを浮かべる荼毘だった。荼毘の蒼い炎によってホークスは窮地に陥り、荼毘に背中を押されたトゥワイスはトガら仲間を救うべく走り出す―！
群訝山荘でのヒーローと敵（ヴィラン）の戦い。トゥワイスを殺したホークスを、荼毘が不気味な笑みを浮かべながら“個性”の蒼炎で追い詰める。素性など一切が謎に満ちた荼毘にホークスが問い掛ける。「誰だ お前は―!?」 一方、蛇腔病院ではエンデヴァーや相澤たちがドクターを追い、ハイエンド脳無と戦っていた。先行し、カプセルに入った死柄木を目撃したミルコに戦慄が走る。「これは出しちゃいけねェ!! 何を差し置いても!!」死柄木の覚醒を食い止めるべく、プレゼント・マイクが叫ぶ。そして、眠っている死柄木の脳裏に去来するものとは…!?
荼毘に追い詰められていくホークスの窮地に、常闇が飛び込んできた！ホークスがトゥワイスを殺したことを嬉々として話し、ヒーローの汚さと現実を常闇に突きつける荼毘。常闇は、ホークスを救えるのか…!? そして、蛇腔病院では、ミルコとプレゼント・マイクの攻撃を受けながらも、死柄木がついに目覚めてしまった。死柄木の“個性”が伝播し、一気に崩壊していく蛇腔病院、そしてヒーローたち。その崩壊は、デクたちが市民の避難誘導に当たっていた市街地にまで及んでいく！いよいよ、死柄木が動き出す―。「今ここから 全てを壊す」
目覚めた死柄木にエンデヴァーが攻撃するが、オール・フォー・ワンの“個性”を移植された死柄木は「超回復」で怯まない。その死柄木の頭の中に響く「ワン・フォー・オールを…」の声。以前オール・フォー・ワンが奪ったラグドールの「サーチ」でデクの位置を把握した死柄木は、高速で移動する。後を追うエンデヴァーとの無線のやりとりから、死柄木の狙いが自分だと察知したデクは、自分が囮となるべく爆豪と共に移動する。死柄木と接触したその時、グラントリノたちプロヒーローも駆けつける。いよいよ、死柄木との戦いが始まる！
死柄木と脳無“ニア・ハイエンド”たちがデクたちの前に現れた。デクから「ワン・フォー・オール」を奪おうとする死柄木だったが、相澤の「抹消」により“個性”が発動できない。しかし、死柄木はドクターによる手術によって“個性”を使わずともオールマイト並みの身体能力を発揮できるようになっていた。脚を負傷している相澤を守るべく、デクと爆豪、エンデヴァーらが死柄木に立ち向かう！一方、死柄木の命令によりギガントマキアが木々をなぎ倒しながら前進。ミッドナイトやMt.レディらプロヒーローがその前進を食い止めようとするが―!?
ミッドナイトやMt.レディらプロヒーローたちでも止められない、ギガントマキアと荼毘たちの前進。ギガントマキアを止めるには、眠らせるしかない。八百万を中心とした雄英高校ヒーロー科の生徒たちは、決死の作戦の敢行を決意！八百万の「創造」による麻酔薬を切り札に、それぞれの“個性”を活かして迎え撃つ！一方、相澤の「抹消」とプロヒーローたちによる攻撃を受けてもなお、執念に揺り動かされ、襲い来る死柄木。その手には、かつてミリオの“個性”を消した弾丸が。死柄木の執念が、相澤を、グラン・トリノを襲う!
相澤にダメージを負わせた死柄木が“個性”を使ってヒーローたちに迫る。そこに轟も駆けつけ、デクたちが死柄木と対峙する中、死柄木の身体に綻びが見え始める。蛇腔病院へのヒーローたちの突入により、身体を完成させるのに必要な4ヵ月を待たずして目覚めたため、力が定着していなかったのだ。それでも今の死柄木の「崩壊」の“個性”は、その力を触れるものから伝播させる。その時、デクが新たな“個性”を発動！空に死柄木を留め、攻撃を仕掛ける！そのデクの捨て身の攻撃を見た爆豪は、エンデヴァーと轟と連携し、デクをサポートしようとするが…!?
突然死柄木にオール・フォー・ワン(AFO)の意識が発現！「鋲突」の“個性”がデクを貫こうとしたその時、身を挺してデクを守ったのは爆豪だった。怒りを爆発させるデクが死柄木とAFOに触れられたその瞬間、デクと死柄木は“「ワン・フォー・オール(OFA)」の中”へ…！そこには、初代OFAと七代目・志村菜奈、そしてAFOの姿があった。AFOの支配に抗う死柄木、初代OFAと志村に残忍な言葉をぶつけるAFO、初代OFAが語る緑谷出久。一方、ギガントマキアに乗って移動していた荼毘とトガは、ある行動に出る。
一般人に変身していたトガと交戦するお茶子。トガは「同じ人を好きな女の子」としてお茶子に言葉を投げかけていく。彼女の想いとは…!? 一方、瀕死の重傷を負ったデクと死柄木。オール・フォー・ワン(AFO)は退散を促すが、死柄木の意志がそれを許さない。そんな死柄木とAFOを轟たちが追い詰めていく！しかし、圧倒的なパワーと巨体を持つギガントマキアが現れたことで戦いの状況は逆転する。そして、ギガントマキアの肩の上から、荼毘が轟とエンデヴァーを見下ろしながら、2人に対し衝撃の事実を告白する…。
荼毘の正体は、轟家の長男で、事故で死んだと思われていた燈矢だった。No.1ヒーローの息子が敵ヴィラン、その事実は日本国民の心を揺るがせる。燈矢がエンデヴァーに向かって炎を放とうとしたその時、死んだはずのベストジーニストが現れ、“個性”でギガントマキアに立ち向かう。しかし、燈矢の炎によって轟やねじれが焼かれ、ギガントマキアのパワーでジーニストが苦戦。その時、復活した雄英ナンバーワン、BIG3のルミリオンが駆けつける！さらに負傷した爆豪も自らのヒーロー名と共に飛び出し―! 全面戦争の決着が迫る!
ベストジーニストとルミリオンの加勢と、八百万たちがギガントマキアに敢行した決死の作戦の効果により、ヒーローたちは敵ヴィランを追い詰めていく。その時、死柄木を、仲間を救うため、Mr.コンプレスが自らを犠牲にした一世一代の脱出ショウを見せる！さらに状況が変わる中、死柄木の体を一時的に乗っ取ったオール・フォー・ワン(AFO)の命令により、大量の脳無たちが出現し、AFOはコンプレスたちを捨て、動ける者のみを連れての撤退を狙う。それを追うデク、そしてデクの中に芽生えたある思いとは…!?
大きなダメージを負った死柄木が逃走したことで、ヒーローと敵(ヴィラン)の全面戦争は一応の結末を見た。しかし、この戦いで雄英教師のミッドナイトらが命を落とすなど、ヒーロー、そして一般市民と街も多大な被害と犠牲者が…。その被害状況と、荼毘＝轟燈矢の独白により、ヒーローに対する信頼は崩れつつあった。そしてヒーローたちの中にも心が折れてしまう者も出始める。そんな中、死柄木から顕在しているオール・フォー・ワンの意識が、自らの本体を解き放つべく、間髪入れずに次なる動きを見せ始める！
オール・フォー・ワンの本体を解放するために、彼の意識が顕在した死柄木が脳無たちと共に敵ヴィラン収容施設・タルタロスを強襲！虚を突かれたタルタロス側は脳無たちの攻撃を受けて、次々と敵ヴィランたちが脱走していく。その中には、かつてヒーローとして活躍したレディ・ナガンや、デクと戦った治崎廻の姿も。そして、ついにオール・フォー・ワンが解放された。一方、全面戦争で負傷したヒーローたちが入院している病院。荼毘＝兄・燈矢との戦いを決意する轟、重傷から目覚める爆豪、そして目を覚まさず眠り続けるデクの姿が…。
大きなダメージを負ったヒーローたち。荼毘の蒼炎で重傷を負ったホークスは、ベストジーニストと共に行動。2人は、荒れる街で暴れる敵ヴィランを撃退しながら、ある場所へと向かう。そんな中、ホークスは、幼少期の自分、両親との過酷な生活を思い出していた。自分がヒーローの道に進むことになったきっかけ、そして自分の原点を…。一方、入院するエンデヴァーは、荼毘が自分の息子・燈矢であったこと、彼に焦凍が焼かれている時に動けなかったこと、そして過去にしてきたことから、病室でひとり涙を流す。そこに現れたのは…!?
エンデヴァーと氷結の“個性”を持つ冷との間に生まれた長男・燈矢は、氷結の“個性”はなかったものの凄まじい火力を宿し、エンデヴァーも期待をかけていた。しかし燈矢は炎熱の耐性がない体質だったため、燈矢の身を案じエンデヴァーはヒーローから遠ざけようとする。しかし、それが逆に燈矢の心をヒーローへ、そして父親へと向かわせてしまう。三男・焦凍が生まれ、その執念をより深くする燈矢だったが、それが自身の身を焼くことに繋がり、そこから荼毘へ…。そして今、過去と向き合ったエンデヴァーと轟家は、皆で燈矢を止めようと決意し―。
病院で眠り続けるデクは、ワン・フォー・オール(OFA)の世界の中で歴代継承者たちと向き合っていた。初代をはじめ、次々と口を開く継承者たち。力に加え“個性”も受け継ぐOFAは、継承者の体に大きな負担を強いてしまい寿命を縮めてしまう。一方でオールマイトやデクのような元が“無個性”の人間こそOFAの真価を引き出せる。それは“個性”を持つのが当たり前の現代で、デクが最後の継承者になることを意味していた。その中で7代目の志村が問う。「死柄木弔を殺せるか？」デクの答えは…!? そして、デクが起こした行動とは…!?
ワン・フォー・オール(OFA)をオール・フォー・ワンが狙っている。周囲の人間を危険に巻き込むわけにはいかないと、雄英高校から姿を消したデクは、オールマイト、エンデヴァー、ホークス、ジーニストの4人とチームアップしヒーロー活動を開始する。タルタロスから解き放たれた敵ヴィラン“ダツゴク”たちが暴れまわり、かつてデクが戦ったマスキュラーも出現。傑物高校の真堂揺が戦うが、その力になすすべがない…。そこに現れたのは、マスクで顔を覆い、歴代OFA継承者の“個性”を操るデク！マスキュラーとの再戦が始まる！
デクは、オールマイトたちとチームアップしながらも、自身は単独行動で死柄木やオール・フォー・ワン(AFO)の情報を掴もうと“ダツゴク”たちを追っていた。しかし、情報は一切つかめず、デクの焦りは募っていく。すると、デクを鋭い弾丸が襲う！その狙撃手は、元プロヒーローでありながら、ある事件によりタルタロスに収監されていたレディ・ナガン。AFOが手引きする“ダツゴク”のひとりとして、デクを生け捕りにすべく“個性”の「ライフル」の弾丸を次々に放っていく。デクはこの強敵に勝つことはできるのか―!?
“ダツゴク”としてデクを狙うレディ・ナガン。「ライフル」とオール・フォー・ワンから与えられた空中歩行ができる「エアウォーク」という2つの“個性”でデクを追い詰めていく。かつてトップクラスのプロヒーローだったナガンは、裏では公安として、世には出せない、ヒーロー社会の闇を隠すような極秘任務を遂行していた。その中で「作られた正義」に絶望し、公安委員長を殺害するという事件を起こしていたのだ。闇深き彼女に対し、デクはワン・フォー・オール3代目の“個性”である「発勁」を初めて発動させる！デクは、彼女の心を救えるのか…!?
デクの姿勢に心を動かされたナガンだったが、裏切った時に備えたオール・フォー・ワン(AFO)の仕掛けで体が爆発してしまう。デクたちはナガンから得た情報である洋館に向かうが、そこにはデクを挑発するAFOの映像が残されていただけだった。自分が狙われるせいで、周囲の人間が傷ついていく…。焦燥感を募らせるデクはオールマイトの声すらも振り払い、独りで戦うことを誓う。戦い続けていくデクの姿は、血と汚れでヒーローのそれですらなくなっていた。そして新たな“ダツゴク”が刺客としてデクを襲う。デクの危機に現れたのは―!?
死柄木とオール・フォー・ワンを追うため、たったひとりで戦うデク。血と汗に汚れ、疲弊していくデクを“ダツゴク”ディクテイターが襲う！その危機を救ったのは、爆豪たち1-Aのクラスメイト19人だった。爆豪たちはデクの身を案じ、そしてデクを独りにはせず共に戦うことを誓い、彼を雄英高校に戻そうとする。しかし、デクは彼らが傷つけられることを恐れ、離れようとする。1-Aメンバーたちはデクに必死に呼びかける。「戻ってこい！」そんな中、かつてデクに救われた飯田が手を伸ばし、そして爆豪がこれまで言えなかった言葉を口にする…。
1-A全員の必死な言葉と気持ちを受けて、デクは閉じていた想いを開く。しかし、皆の気持ちに応えられない、雄英には戻れない理由があった。雄英は、強固なシステム“雄英バリア”を搭載したことで避難民を受け入れていた。しかし、デクがいることで自分たちに危険が及ぶだろうと、避難民たちの厳しい反発の声がぶつけられる。すると、お茶子が拡声器で訴える。デクが雄英を離れた理由、独りで戦い続けていたこと、傷つき疲弊していること…。お茶子は叫ぶ。「ここを彼のヒーローアカデミアでいさせてください！」その声は、届くのか―!?
お茶子の必死の訴えに避難民は心を動かされ、デクは雄英に戻ってきた。一方で、オールマイトはデクを追い詰める結果になったことを悔い、何の役にも立たなかった自分に失望していた。するとそこへ“ヒーロー殺し”ステインが現れる。オールマイトに対して「お前はオールマイトじゃない」と言い放つステイン。それが意味するものとは…。そしてデクはクラスメイトたちと疲れた心と体をほぐしていく。一時の休息、そして見据えるのは死柄木とオール・フォー・ワン、敵ヴィランとの決着。「PLUS ULTRA」ヒーローたちは次なる戦いへと向かう！
“無個性”の少年・緑谷出久が果たした、オールマイトとの運命的な出会い。“個性”ワン・フォー・オールの継承、それは巨悪オール・フォー・ワンと、そして死柄木弔と対峙することを意味していた。決戦を前に出久の胸に去来するものとは―。
“平和の象徴”オールマイト。彼をヒーローとして駆り立てた想いとはいったい何なのか。迫るオール・フォー・ワンや死柄木弔との決戦は、かつて神野で繰り広げた死闘の再現となるのか。最前線に立てずとも、彼の存在がヒーローを奮い立たせる。
麗日お茶子とトガヒミコ。林間合宿襲撃事件での邂逅から“自分らしくあるために”それぞれが歩んできた道が交錯する。轟焦凍と荼毘。兄弟として生を受けた2人と、父エンデヴァー、家族を取り巻く因縁。家族は兄の望むままに焼き尽くされるのか、それとも…。
「全てを壊す」それだけのために突き進む、“巨悪”オール・フォー・ワンの後継者・死柄木弔。進化を続ける有史以来最凶の敵(ヴィラン)は、どう生まれたのか。そう、全ては、幼いあの日から、あの家から始まった―。
デクが雄英に戻り、オール・フォー・ワン(AFO)、死柄木弔たちとの決戦に向けて決意を新たにする雄英1年A組とヒーローたち。そんな中、アメリカの誇るNo.1ヒーロー、スターアンドストライプが、自身が“師(マスター)”と呼ぶオールマイトの声を受けて、アメリカ政府に制止される間もなく相棒の空軍パイロットたちと共に独断で日本に向かう。そこに立ちふさがったのは、なんと死柄木弔＝AFO。狙いは、スターの“個性”を奪うこと。その“個性”新秩序(ニューオーダー)で、スターは死柄木に立ち向かう！
自身の“個性”新秩序(ニューオーダー)と、空軍との熟練の連携で死柄木を圧倒するスターアンドストライプ。しかし死柄木、オール・フォー・ワンはその中でも計り知れない策略と力をもって、新秩序(ニューオーダー)を奪うべくスターへと迫る。いよいよその手に触れられたスターだったが、彼女が張り巡らせた仕掛けとは…!?魔王と、アメリカNo.1ヒーローの死闘の行方は…!?一方、デクたち雄英1年A組は、来たるべき決戦に向けて、それぞれが“個性”と戦闘力の強化に励んでいた。それを見つめるオールマイトは…。
スターアンドストライプが散り際に新秩序(ニューオーダー)で与えた「“個性”は反発し合う」というルールにより、死柄木は多くの“個性”を失い、苦痛に苦しんでいた。それでも「ゴールに向かうルートをいくつも作っている」と言うオール・フォー・ワンは、デクからワン・フォー・オールを奪うため、次なる一手としてある人間にコンタクトをとる。そして雄英高校でデクや爆豪たち1年A組が鍛錬を続ける中、ひとりの生徒の姿が見えなくなり…。以前から囁かれていた「雄英内の内通者」、それは―。
雄英側の動きをオール・フォー・ワン(AFO)に伝えていた内通者、それはなんと、幼い頃にAFOから“個性”を与えられていた青山優雅だった。両親と共にAFOの言いなりになっていたのだ。身柄を拘束され、自らを「クズの敵」だと責めながら罪の意識に押しつぶされる青山に、デクは「君はまだヒーローになれる」と手を差し伸べる。青山がこちら側にいることを逆手に取ることを提案するデク。それを受けた相澤はある作戦を提案するが…。青山を傷つけたAFOに対し、1年A組は怒りを爆発させる―！
来たるべき決戦の時に向けて決意を深めるトガ、荼毘、スピナーの敵連合の面々。一方、オール・フォー・ワン(AFO)はデクを孤立させようと、雄英に避難している手下に指示を出すが、なんとデクたち雄英生徒が雄英高を離れることが避難民に発表される。決戦を前に、死柄木やトガの内なるものを考えるデクとお茶子。荼毘となった兄・燈矢を止めようと決意する轟。そんな中、デクは留置所にいたはずの青山に呼び出された。青山は言う「やっぱり僕はパパンとママンの安全を守りたい」。そこに現れたのは、AFO―！
ついに、ヒーローと敵の決戦の時！青山の勇気と心操の「洗脳」でオール・フォー・ワンや敵をおびき寄せ、黒霧の「ワープ」を物間が「コピー」したことでヒーローたちが集結！そしてオールマイト、相澤、塚内刑事が考案した、敵を「ワープ」で分断させる作戦で日本各地で戦いが始まる。狙いどおり、空に浮かぶ巨大な「天空の棺」となった雄英に死柄木を移動させるが、そこに爆豪やベストジーニストたちと一緒にいるはずのデクがおらず…!? すると、死柄木の驚異的な力がヒーローたちを襲う！
相澤の「抹消」を物間が「コピー」し、死柄木は"個性"を封じられるが、"個性"ではない、無数の指が出現する異様な風貌と驚異的なパワーで、爆豪たちに襲い掛かる。そして作戦ではその場にいるはずだったデクは、トガに引っ張られ別の場所へとワープしていた。お茶子と梅雨ちゃんと共にトガと対峙するデクに、トガは思いも寄らない言葉を投げかける。一方、神野市では、轟と荼毘がいよいよ直接対決へ。轟に対し、荼毘はどうやって自分が生きてきたか、「轟燈矢」から「荼毘」となったかを語り始める―！
11年前、己の発した炎に焼かれ死んだと思われた轟燈矢。じつはオール・フォー・ワン(AFO)の手のかかった施設で生きていた。3年後目覚めた燈矢は、炎によって姿も声もまるで別人に…。それでも、AFOからの誘惑を受けても、燈矢は父・エンデヴァーへの執着を見せ、その場から姿を消す。しかし、戻った家で見た光景から、燈矢は自らを捨て、荼毘となったのだった。そして今、荼毘は轟焦凍にその私怨の炎をぶつける。それに対し焦凍は、新技「燐」で立ち向かう。エンデヴァーの息子ふたりが、二つの赫灼がぶつかり合う！
家族への私怨に燃える兄・燈矢を、焦凍が決死の覚悟で止めた。その一報は各地で戦うヒーローたちに勇気を与える。そしてデクも皆を信じて雄英へと飛んでいく。ただ、エンデヴァーは息子ふたりの戦いの結末に複雑な感情に…。しかし彼の目の前にいる相手は、巨悪オール・フォー・ワン(AFO)。敵の帝王にエンデヴァーとホークスの少数最高戦力で立ち向かう！激しい戦いが繰り広げられる中、AFOは言葉でエンデヴァーを揺さぶり、そしてその"個性"がエンデヴァーを襲う！そこに意外な援軍が姿を現し―!
エンデヴァーとホークスの危機に耳郎と常闇が駆け付けるも、オール・フォー・ワン(AFO)の“個性”によって耳郎が傷を負う。それでも友を思う心で耳郎がAFOに立ち向かったことが、AFOの[内部]で予期せぬ事態を起こす―！ホークス、常闇の連携も重なり、AFOの弱点であるマスクを破壊する。さらに、そこに立ち上がったのはエンデヴァー！自らを顧み、決死の覚悟でAFOに突進していく。一方、雄英《天空の棺》で死柄木の脅威に押されるベストジーニストたち。その劣勢に風穴を開けるべく爆豪がハウザーインパクトを放つ―！
爆豪渾身のハウザーインパクトも死柄木＝AFOには通用しなかった。右腕を潰されても抵抗しようとする爆豪を、死柄木は“力”と“言葉”で追い詰めていく。そんな窮地に陥る爆豪を救けるため、雄英が誇るBIG3が立ち向かう！「透過」を活かして死柄木に向かっていくミリオ。そしてねじれはミリオや天喰と出会いもらった気持ちを、天喰はミリオたちからもらった言葉を勇気に変えて、渾身の攻撃を放つ！果たして成長・進化を続ける死柄木に届くのか…。そして、爆豪も重傷を負う中でも、それでもまだ「勝つために」前を見据える―！
窮地の中で「爆破」を昇華し編み出した新技“クラスター”で死柄木＝AFOを驚愕させる攻撃を見せた爆豪。しかし無情にも、死柄木の一撃がその胸を貫き、心臓が停止してしまう。一方各地でも、轟の新技“赫灼熱拳・燐”を模して荼毘が復活し、さらにオール・フォー・ワンがエリの“個性”から作り出した薬物で自身の肉体を巻き戻し始める。劣勢に立たされるヒーローたちだが、それでも諦めない！エッジショットはその身を挺して爆豪の心肺蘇生に挑み、そしてミリオやミルコも死柄木に立ち向かっていく。そして遂に、あのヒーローが…！
ついに雄英《天空の棺》にデクが到着した！しかし、爆豪をはじめヒーローたちが傷つき倒れている姿を目の当たりにし、デクは怒りに打ち震える。怒ると戦う動きが短絡的になるというデクの弱点を突こうとする死柄木＝AFO。そこに、ミリオの「誰一人諦めちゃいない！」という懸命な呼びかけから、ワン・フォー・オール(OFA)5代目継承者の「大事なのは心を制する事」という言葉を思い出したデクは、死柄木を見据えいよいよ直接対決へ―！そして、デクはこれまで温存してきた2代目継承者の“個性”を発動させる！
異形系の“個性”を持つ敵や一般人たちおよそ15,000人が、その姿形ゆえに迫害されてきた恨みを爆発させ、「代弁者」スピナーと共に黒霧奪還のためセントラル病院に突進する。オール・フォー・ワンから与えられた“個性”で身体が増強されたスピナーの前に立ちはだかったのは障子！かつて自身も生まれた村で迫害されてきた過去を持ちながら、障子は彼らの復讐や怒りを他に怒りをぶつける行為を否定し、訴えかける。そして障子を嘲笑う敵に口田も怒りを爆発させる。果たして障子たちの声は届くのか…!?
障子が異形系“個性”を持つ者たちに必死に訴える最中、スピナーとプレゼント・マイクは黒霧が眠るセントラル病院へ。死柄木のために黒霧の名を呼ぶスピナーと、黒霧の“ベース”であるかつてのクラスメイト白雲朧の名を叫ぶプレゼント・マイク。目を覚ますのは黒霧なのか、白雲なのか…。一方、復活した荼毘はその身を焼きながら父エンデヴァーのもとへと急ぐ。そして奥渡島ではお茶子と梅雨がトガと交戦！その中でヒーローへの敵意で敵として完成されていたトガは、切り札であるトゥワイスの血から無限増殖を試みる―！
黒霧のワープの“個性”によって、トゥワイスに変身したトガが無限増殖“サッドマンズデスパレード”で各地に現れ、ヒーローたちの表情に絶望が浮かぶ。そして雄英に現れた分身トゥワイスにより物間と相澤の死柄木に対する「抹消」が解かれてしまう！「崩壊」を止める術がなくなり、さらにスケプティックに雄英のシステムがハッキングされ、雄英は落下し始める。死柄木の人格も顕在化したことで、雄英が地に落ちれば世界が破壊される…。デクが思考を巡らせる中、かつて彼が戦った者たちの声がこだまする！
ジェントル、ラブラバ、レディ・ナガンの加勢により、ヒーローたちは希望を繋ぎとめる。デクと、人格が完全に元に戻った死柄木がいよいよ地に立って対峙する。一方、群訝山荘跡地ではオール・フォー・ワン(AFO)が巻き戻しによって若返っていき、その力はまさにAFOの黄金時代と呼べるものだった。ホークスの身に危機が迫るが、そこに新たなヒーローたちが姿を現す！さらに、ホークスの弟子である常闇が渾身の一撃をAFOに放つ―！そして、トガがトゥワイスに変身し増殖を続ける中、お茶子と梅雨はトガの本体を探すが…。
群訝山荘跡で戦う常闇やホークスのもとに夜嵐や肉倉、ケミィら士傑高校のメンバーも駆けつけ、ヒーローたちはオール・フォー・ワン(AFO)に決死の結束で対抗する。それでもAFOは若返るにつれてその力と勢いを増し、ヒーローを圧倒する。そこに、切島たちがなんとギガントマキア共に現れた！蛇腔病院跡での敵たちとの激しい戦いを芦戸らの頑張りで制し、心操が「洗脳」したのだ。主であるオール・フォー・ワンに対して襲い掛かるギガントマキア。果たして、ヒーローの“総力”でAFOを止めることができるのか―!?
ヒーローたちを蹂躙したオール・フォー・ワンは、死柄木との完全な融合を果たすべく飛行の速度を上げる。そしてエンデヴァーを目指して黒霧の「ワープゲート」で群訝山荘跡へと飛んだ荼毘は、その体の中に直径約5kmを焼き尽くす超高熱エネルギーを溜め込んでいた。絶望的な状況の中で、“平和の象徴”オールマイトの声が響く。彼から「荼毘を止められるのは2人だけだ」と声をかけられた轟と飯田は、エンデヴァーと荼毘が対峙する群訝山荘跡へと急ぐ！そしてオールマイトは、ある秘策をもってAFOの行く手に立ちはだかる。「私が来た！」
轟家全員が荼毘＝燈矢と向き合い、超高圧熱爆発は免れた。しかし、トガのトゥワイスへの変身とそこから無限増殖したトゥワイスによって、ヒーローたちは為す術がない。そんな中でも、お茶子はトガに寄り添おうと言葉を投げかける。トガはお茶子を拒絶するも、その言葉をきっかけに、「普通じゃない」と烙印を押された幼少期を思い出していた。全てを振り払おうとトガはお茶子にナイフを突き刺す！それでもお茶子は、トガに「私はあなたの笑顔を見なかった事にはしたくない！」と叫ぶ。すると、お茶子の“個性”に変化が―！
お茶子とトガ、2人は互いに微笑み合いながら言葉を交わす。トゥワイスへの変身もタイムリミットを迎え、増殖したトゥワイスが消えていく。ナイフで刺されたことによりお茶子の体がどんどん冷たくなる中、トガがある行動に出て…。一方、オール・フォー・ワン(AFO)の前に立ちはだかったオールマイトは、アメリカの“友”が開発したスーツを装着し“アーマード・オールマイト”に！スーツに搭載された1年A組生徒たちの“個性”の能力でAFOに挑む。その戦いを感じ取るデクもまた、死柄木と対峙する。戦いはいよいよ、佳境へ――！
