単調な毎日にうんざりしていたレントン。そんなある日、レントンの家に幻のLFOニルヴァーシュが落ちてきた。コクピットから現れたのは、美少女エウレカ。メカニック業を営む彼の祖父の家に、ニルヴァーシュの整備を頼みに来たというのだが。彼女の後に、ゲッコーステイトと塔州連邦空軍のＫＬＦ部隊も現れて……。
ニルヴァーシュを追って現れた塔州連邦空軍。ホランド率いるゲッコーステイトも加わって、空で繰り広げられる激しい攻防戦。エウレカを守るため、レントンもボードで空を飛ぶ。祖父サーストンから手渡されたアミタドライヴをニルヴァーシュに装着した、その瞬間、ニルヴァーシュは光に包まれる。
再会したホランドとサーストン。レントンの知らない話が、二人の間で交わされる。その頃、塔州連邦空軍の圧力によって空港滑走路が閉鎖された。ゲッコーステイトの乗る空船、月光号は逃げ場を失う。月光号救出のため空港へ急ぐホランド。「一緒に行こう」エウレカはレントンを月光号に誘うのだった。
憧れだった月光号に乗ることになったレントン。しかし、そこで理想と現実のギャップに悩まされる。淡々と日々を過ごす彼らは、財政難に苦しんでいたのだ。そんな中、密輸の仕事を任されたレントンは、エウレカとともにニルヴァーシュで目的地へと向かう。しかし、そこには州軍の大規模な演習場があった。
月光号での新しい生活。レントンは、己の居場所を見出そうと頑張るが、やることなすことすべてが裏目にでてしまい、エウレカとの距離も縮まらない。そんな中、タルホが街へ買出しに行く。同行したレントンは、彼女の悩みを垣間見ることに。揺れ動く大人の感情に翻弄されるレントン。そんな中、タルホが街で絡まれて…。
エウレカをママと呼ぶ三人の子どもたち。彼らは、なぜかレントンを目の仇にし、執拗にいたずらを繰り返していた。ところが、そのいたずらが原因で、ついには月光号が窮地に陥る。ピンチを切り抜けようと、子どもたちを乗せてLFOを動かすレントン。そこに、州軍のKLF部隊が現れる。
謎の敵に襲われた、塔州連邦軍のKLF部隊。その報告を受けた賢人会議は、ある男を召還する。その頃、月光号では、レントンが営巣から出され、重大な任務を言いつけられていた。とある人物と密会し、危険物を手渡すという、その任務。レントンは、勢い込んで街へ繰り出すが、その一部始終は誰かの視線にさらされていた。
エウレカの付き添いで、街へ買い物に出かけるレントン。そこでティプトリーという名の女性と知り合いになる。彼女の家でお茶をご馳走になるレントン。しかし、そこにホランドが踏み込んでくる。ティプトリーは、ヴォダラクという反政府組織の重要人物だったのだ…。
ヴォダラクの聖地、シウダデス・デル・シエロを訪れた月光号。廃墟と化しているそこは、かつて美しい空の都と呼ばれた土地。停泊中、リフを楽しんでいたレントンは、いきなりホランドに殴られ、泣きながら廃墟へ飛び出していく。すると、そこに軍の定時爆撃を知らせるサイレンが響き渡り…。
地殻変動が起こり、それに伴うトラパーの大量噴出が星の裏側で起こるという。ゲッコーステイトは、リフを楽しむため、弾道飛行を決行する。ところが、辿り着いた場所は、連邦軍マナアキ基地跡。そこは、タルホとホランドにとって忘れ得ぬ、宿命の土地だった。未だ過ぎ去らぬ過去と、ホランドは対峙するのだが…。
ニルヴァーシュとの関係に、変化が見られ始めてから、身体の調子が悪いエウレカ。そんな中、月光号は未知なる現象であるコーラリアンに遭遇する。エウレカは無理に、ニルヴァーシュで出動するが…。コーラリアンのゾーンで、新たな敵、タイプ・ジ・エンドが攻撃をしかけてくるのだった。
タイプ・ジ・エンドの攻撃を受けたニルヴァーシュ。気を失ったレントンは、夢の中へと堕ちていく。悪夢の中で、エウレカと、アネモネに出会うレントン。これは、レントンの個人的な夢なのか、それとも…。その頃、コーラリアンのゾーンの外、月光号はイズモ艦との戦いに苦心を強いられるのだった。
コーラリアンのゾーンから帰還したレントンは、少女アネモネと再会する。しかし、エウレカとアネモネは、まるで共鳴しあうかのような、ひどい頭痛を訴えていた。アネモネを守るように現れたドミニクとともに、レントンは薬を求めて駆け出していく。辿り着いた町は、コーラリアンの影響で混乱状態にあって…。
軍との戦闘で大きな損傷を受けた月光号は、低空飛行を余儀なくされる。徐々に回復しつつあるエウレカだが、コーラリアンの現出によってその謎は一層深まりを見せていた。コーラリアン現象に、自らの解釈を提示するストナー。そして同じ頃、ドミニクもまた、エウレカとニルヴァーシュに関る世界の謎に思考を巡らせていた。
軍との戦闘で大幅な修理が必要になった月光号。その間にレントンは、幼少の頃を過ごした町・コントロラドに立ち寄る。エウレカたちとともに懐かしい思い出の家に行ったレントンは、親戚と久しぶりに再会する。しかし、お尋ね者のゲッコーステイトの仲間であると言うわけにはいかず、必死に嘘をつき通そうとするのだが…。
月光号を修理するため、閉鎖された遺跡発掘現場にいったん身を隠すゲッコーステイト。レントンは、ニルヴァーシュを一人で操縦してからというもの、エウレカとの間に溝が生じてしまったことに気づいていた。そして、エウレカに、思わず心無いことを口走ってしまう。そんな中、坑内で奇妙な施設を発見したレントンは…。
エウレカとの間がもとに戻らないレントン。月光号も、修繕がはかどらず、空を飛べないままでいた。ゲッコーステイトは、リフレクション・フィルムを注文するため、フィルム職人のもとを訪れることに。そこで、フィルムを作るために必要な、スカイフィッシュを捕らえることに協力するのだが…。
トラパーが枯渇して久しい発掘現場。停泊する月光号は、そこでブリタニという発掘屋の男と出会う。ブリタニに連れられ、レントンは発掘現場の洞窟でＬＦＯのアーキタイプを見る。そんな中、世界最古といわれるニルヴァーシュtypeZEROを見たブリタニは、思いがけない行動に出るのだった。
ブリタニの行動によって、州軍に発見されてしまった月光号。トラパーの波もなく、ニルヴァーシュも動かせない月光号は、窮地に陥る。そんな中、調子が悪いままのエウレカは、自分の変化を恐れ、ニルヴァーシュからアミタドライヴを引き抜いてしまう。すると、ニルヴァーシュはエウレカを載せて、洞窟の奥へと動き始め…。
LFOで、人を殺してしまったという事実は、レントンに重たくのしかかる。だいぶ具合の良くなったエウレカに、レントンは救いを求めるが、彼女の口から励ましの言葉はなかった。拒絶されたと思ったレントンは、自分の存在意義を見失い、月光号を飛び出していく。その頃、とある人物のもとへ赴くデューイ大佐は…。
レントンが月光号を降りたことで、動揺を見せるメンバーたち。エウレカは、自分の気持ちの変化の理由が何なのか、理解しようとしていた。その頃、無一文になっていたレントンは、ビームス夫妻と出会う。夫妻の空船に招かれたレントンは、そこで彼らのLFOに搭乗することになり…。
とある町で起こったテロ。それはヴォダラクの過激派によるものだった。ビームス夫妻の船に居候することになったレントンは、彼らの仕事に付き添い、とある町へ行く。ヴォダラク過激派のテロが起こったその町で、レントンは瀕死のヴォダラクの少女に出会う。その頃、レントンが月光号から降りたことを知ったエウレカは…。
チャールズ夫妻から、自分たちを両親のように思ってくれと言われるレントン。両親のいないレントンにとって、それは嬉しいことだった。だが、レントンがゲッコーステイトのメンバーだと知ると、チャールズ夫妻の顔色が変わるのだった。
エウレカのもとへと急ぐレントン。彼はそんな中で、ウィリアムという青年に出会う。ウィリアムは、マーサという絶望病の女性とともに、自給自足の生活をしていた。二人を通して、レントンは、絶望病とこの大地の関係、また、自分にとって一番大切なものは何かを、改めて知るのだった。
レントンを探すため、月光号から飛び出すエウレカ。その頃、レントンもエウレカを求めて月光号を目指していた。七色に光る雲の中で、エウレカは州軍が攻めてきたことを知る。
メディアが発表する、ヴォダラク過激派の動向とコーラリアンの記事。世界は、複雑な様相を呈していた。そんな中、ビームス夫妻が月光号に強襲しかけてくる。
たった一人、月光号に奇襲をしかけるレイ。エウレカへの憎しみが、彼女を狂気へと駆り立てていた。出撃するホランドら。レントンは、レイを止めようと、通信で必死に呼びかける。だが……。
レントンとニルヴァーシュの関係を調べるため、ベルフォレストへやってきたドミニクは、レントンの祖父と接触する。その頃、レントンは、思いがけず、エウレカの真実を知ることになる
ニルヴァーシュを修理するため、軍のトレゾア研究施設へ赴くゲッコーステイト。そこは、エウレカがかつて過ごした場所だった。レントンは、そこでニルヴァーシュの作られた経緯を知る。そんな折、変化していくエウレカに合わせるかのように、タルホもまた、自身を変えようとするのだった。
難航するニルヴァーシュの修理に、アーキタイプ研究の第一人者、ドクター・ベアの助力を得ることになる。エウレカとニルヴァーシュの変化に応じたスペックアップが必要だと説くベア。だが、作業が頓挫している間に、デューイのコーラリアンを巡る計画が本格的に始動するのだった。
コーラリアンの被害を蒙った町で、難民船と接触する月光号。彼らはそこで、コーラリアンを巡り、デューイが本格的に動き始めたことを知る。そんな中、スペックアップしたニルヴァーシュのボードを受け取るため、空へと飛び出すレントンとエウレカ。だが、そこにはアネモネの操るジ・エンドが待ち受けていた。
コーラリアンによる悲劇に、欝とした気持ちが晴れないままのゲッコーステイト。そんな中、タルホは「リフをしよう」と持ちかける。レントンの顔にも、久しぶりに笑顔が戻るのだが…。
ヴォダラクの高僧ノルブが、首都で捕まった。ノルブを追っていたホランドは、首都へ潜入するため弾道飛行を決行する。道中、ホランドからノルブとの出会いを聞くレントン。ノルブは、コーラリアンを巡る謎を解く鍵となる人物なのだという。
ノルブ救出のため、首都キャピトル・ヒルに奇襲をしかけるゲッコーステイト。その防衛線上、軍KLFとの熾烈な戦闘が繰り広げられる。ついにノルブのもとに辿り着いたホランドは、はからずもデューイと再会し…。
いなくなった姉ダイアンの話をホランドから聞くレントン。消息を絶った原因に、スカブコーラルが関係していることを知る。同じ頃、エウレカは顔についた傷を気に病んでいた。レントンに、綺麗な自分を見せたいと思うのだが。
会談するドクター・ベアとノルブ。科学と宗教、両者の立場から導き出されるスカブコーラル知性体仮説。そしてデューイの真の目的を知ったホランドは、残された猶予がないことを知る。
エウレカが父アドロックのことを知っていたという事実に驚くレントン。今までなぜ話してくれなかったのかとエウレカを責め、二人の仲にすれ違いが生じる。その頃、デューイは賢人会のもとへ赴いていた。世界は、デューイの計画によって、大きく動き出そうとしていたのだ。
ノルブとともに、グレートウォールの麓にあるヴォダラクの本拠地、ヴォダラ宮へ向かうゲッコーステイト。その頃、クーデターを起こしたデューイは、世論を巻き込むためにテレビを通して演説を始める。
ヴォダラクの街で、ティプトリ−と再会するゲッコーステイト。ホランドは、彼女らの協力を得て、レントンとエウレカをヴォダラクの本拠地であるヴォダラ宮へと潜入させる作戦を実行する。
ヴォダラ宮に潜入したゲッコーステイト。レントンとエウレカは、ノルブから人型コーラリアンであるサクヤとの話を聞くのだった。そんな中、軍が急襲をしかけてきて…。
グレートウォール突破を試みるレントンとエウレカ。だが、そこへ軍の攻撃によって抗体コーラリアンが現出する。ノルブ、そしてゲッコーステイトの面々は、レントンらを守り、送り出そうとするが…。
見知らぬ場所に迷い込んでしまったレントンら一行。ゲッコーステイトたちの安否も分からぬまま彷徨う。その頃、デューイとともに、アネモネは新年の宴に出席する。そこで、デューイの口から、ある真実が語られるのだった。
行くべき道が分からないまま、些細なすれ違いから、レントンたちの間に亀裂が生じる。その頃、デューイの命により、ドミニクはワルサワシティへと向かっていた。そこで、彼はアネモネの真実を知る。
エウレカの変化をきっかけに、レントンと子どもたちの亀裂が深まる。そんな中、エウレカは、逃れられない過去の傷をつきつけられるのだった。一方、ワルサワを出発したドミニクは、イズモ艦艦長とともに、ある場所へ向かう。
スカブコーラル殲滅に向けて、デューイの攻撃が最終段階に突入する。デューイの攻撃を阻止しようと行動するゲッコーステイト。その頃、腕を負傷し動けなくなったレントンを、エウレカと子どもたちは懸命に看病していた。だが、エウレカの身体にも異変が起こり始め……。
コンパク・ドライヴの光に導かれるまま、ニルヴァーシュで移動するレントンたち。辿り着いた先は、スカブコーラルの中心だった。レントンは、そこで思わぬ人物と対面し、スカブコーラルの意思と、その歴史を知る。だが、デューイの攻撃が始まり、ついにスカブコーラルの覚醒が始まろうとしていた。
デューイの攻撃により、スカブの大地に大穴が出現する。そこから、スカブコーラルの中心に向けて、出撃するジ・エンド。レントンたちは、ジ・エンドを阻止するため、ニルヴァーシュで立ち向かう。空中で繰り広げられる激しい攻防戦。その中で、アネモネはその素顔を垣間見せるが……。
地殻攻撃によって生じたデブリが、地上に降り注ぐ。星の壊滅を目前に、スカブコーラルと対話しようとするレントンたち。ニルヴァーシュは、その心に呼応したかのように動き出そうとするが。そこへデューイの乗るギンガ号が降り立つのだった。レントンたちの危機に、現れたのは……。
最終話
2025年４月、沖縄・磐戸島。少年フカイ・アオは、幼なじみのアラタ・ナルと一緒にいた。不思議な夢を見たとアオに告げるナル。ナルと別れ海辺へ降りてきたアオは、飛行不能になったＦＰにひかれそうになる。ＦＰから飛び出してきたのは運び屋のガゼル。ガゼルは日本軍から依頼を受けたあるブツを運搬中だった。 アオとガゼルが口論をするうちに、海に巨大な光の柱が現れるのを目撃する。スカブバーストの予兆現象だ。その光が消えたと同時に、巨大なスカブコーラルが浜辺に出現した。ナルを守るためとって返すアオ。その時、アオは既にブレスレットを手にしていた。それは、ガゼルが運ぼうとして落としていったブツの一つだった。
スカブコーラルによるスカブバーストの危機。そしてシークレットの襲来。それは10年前に沖縄本島を襲った危機の再来だ。混乱の中、ブレスレットの紛失に気づいたガゼルは改めてアオに接触。アオを連れて依頼主の乗る日本軍特命輸送艦「しもきた」に乗り込もうとする。その時、シークレットがしもきたを狙ってビームを発射。 爆発に巻き込まれたガゼルのＦＰからアオは放り出される。その時、アオは甲板におかれた日本軍のＦＰ、マーク・ワンのカバーを掴む。そしてアオの手にしたブレスレットこそ、そのマーク・ワンの鍵だった。島をシークレットから守るためアオはマーク・ワンを起動させる。その時モニターに浮かぶ文字。「WELCOME HOME EUREKA」。
マーク・ワンと呼ばれるＩＦＯ、その名前はニルヴァーシュ。島の洞窟にニルヴァーシュを隠したアオは、ナルの父・ミツオと出会い拘束され、カズユキの道場へと連れて行かれる。カズユキは語る。13年前、謎の妊婦が空から落ちてきた。その女を助け、かくまったのが医師のフカイ・トシオ。その彼女から生まれたのがアオだった。そして10年前にスカブコーラルが出現し、スカブバーストが起きる。 青色の髪の彼女が、スカブコーラルを呼び、海巨人（うみきょんちゅ）を怒らせたのではないか。その噂は根強く磐戸島の島民に信じられてきた。チーム・パイドパイパーのレベッカは、沖縄自衛隊の幹部に、再びシークレットが襲来すると説くがなかなか信じてもらえない。またイビチャは、ニルヴァーシュを動かしたのがアオという少年であることを知る。
