| Name | First Aired | Runtime | Image | |
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| S21E01 | コナンと海老蔵 歌舞伎十八番ミステリー（前編） |
January 9, 2016
YTV (JP)
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50 | |
| S21E02 | コナンと海老蔵 歌舞伎十八番ミステリー（後編） |
January 16, 2016
YTV (JP)
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50 | |
| S21E03 | 腹話術師の錯覚（前編） |
January 30, 2016
YTV (JP)
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25 | |
| S21E04 | 腹話術師の錯覚（後編） |
February 6, 2016
YTV (JP)
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25 | |
| S21E05 | かまいたちの宿（前編） |
February 13, 2016
YTV (JP)
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25 | |
| S21E06 | かまいたちの宿（後編） |
February 20, 2016
YTV (JP)
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25 | |
| S21E07 | 県警の黒い闇（前編） |
February 27, 2016
YTV (JP)
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25 | |
| S21E08 | 県警の黒い闇（中編） |
March 5, 2016
YTV (JP)
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25 | |
| S21E09 | 県警の黒い闇（後編） |
March 12, 2016
YTV (JP)
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25 | |
| S21E10 | 安室に忍び寄る影 |
April 16, 2016
YTV (JP)
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| S21E11 | ブログ女優の密室事件（前編） |
April 23, 2016
YTV (JP)
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| S21E12 | ブログ女優の密室事件（後編） |
April 30, 2016
YTV (JP)
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25 | |
| S21E13 | 残念でやさしい宇宙人 |
May 7, 2016
YTV (JP)
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25 | |
| S21E14 | 消えたフィアンセ |
May 14, 2016
YTV (JP)
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25 | |
| S21E15 | 小五郎、怒りの大追跡（前編） |
May 21, 2016
YTV (JP)
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| S21E16 | 小五郎、怒りの大追跡（後編） |
May 28, 2016
YTV (JP)
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25 | |
| S21E17 | 待合室の7人 |
June 4, 2016
YTV (JP)
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| S21E18 | 曇柄寺が隠す秘密 |
June 11, 2016
YTV (JP)
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| S21E19 | 容疑者は熱愛カップル（前編） |
June 18, 2016
YTV (JP)
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| S21E20 | 容疑者は熱愛カップル（後編） |
June 25, 2016
YTV (JP)
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25 | |
| S21E21 | 少年探偵団の雨宿り |
July 9, 2016
YTV (JP)
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25 | |
| S21E22 | 潮入り公園逆転事件 |
July 16, 2016
YTV (JP)
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| S21E23 | 美女とウソと秘密 |
July 23, 2016
YTV (JP)
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| S21E24 | 死ぬほど美味いラーメン2（前編） |
July 30, 2016
YTV (JP)
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| S21E25 | 死ぬほど美味いラーメン2（後編） |
August 6, 2016
YTV (JP)
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| S21E26 | 不思議な少年 |
August 13, 2016
YTV (JP)
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| S21E27 | ゾンビが囲む別荘（前編） |
September 3, 2016
YTV (JP)
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| S21E28 | ゾンビが囲む別荘（中編） |
September 10, 2016
YTV (JP)
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25 | |
| S21E29 | ゾンビが囲む別荘（後編） |
September 17, 2016
YTV (JP)
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| S21E30 | 名探偵に弱点あり |
September 24, 2016
YTV (JP)
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| S21E31 | 二度死んだ男（前編） |
October 1, 2016
YTV (JP)
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| S21E32 | 二度死んだ男（後編） |
October 8, 2016
YTV (JP)
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| S21E33 | 仲の悪いガールズバンド（前編） |
October 15, 2016
YTV (JP)
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| S21E34 | 仲の悪いガールズバンド（後編） |
October 22, 2016
YTV (JP)
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| S21E35 | ふんわり気球で怪事件 |
November 5, 2016
YTV (JP)
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| S21E36 | 天狗の声が聞こえる |
November 12, 2016
YTV (JP)
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| S21E37 | 最後の贈り物 |
November 19, 2016
YTV (JP)
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| S21E38 | 雨のバス停 |
November 26, 2016
YTV (JP)
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| S21E39 | ドライブデートの別れ道 |
December 10, 2016
YTV (JP)
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| S21E40 | 探偵団はヤブの中（前編） |
December 17, 2016
YTV (JP)
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| S21E41 |
探偵団はヤブの中（後編）
season finale
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December 24, 2016
YTV (JP)
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