世界最強といわれる特殊部隊「ミスリル」。その組織に所属する相良宗介は、あらたな任務として、陣代高校に通う女子高生、千鳥かなめの護衛を言い渡された。早速、任務遂行のため、転校してきた宗介だが、平和な日本で戦争ボケをかましまくり、逆に変人扱いに…。
何とか、千鳥かなめの護衛任務をこなそうとすればするほど、空回りしてしまう宗介。宗介とタッグを組むことになったメリッサ・マオ、クルツ・ウェバーの二人も宗介に振り回されっぱなし。そんな中、学校帰りのハンバーガーショップで、怪しい人物がかなめを狙っていた!?
ようやくかなめと仲直りし、いい関係になれた宗介。護衛任務も快調。本当にかなめを狙う組織が存在するのか？と、疑問に思いかけていた矢先、かなめの自宅に侵入する人影が！ 早速、侵入者を捕らえるべく出動した三人だが、これがまたかなめとの関係をぶち壊す大変なことになるのだった。
前回の事件で、またまた不仲になってしまったかなめと宗介。そんな中、陣代高校は沖縄へ修学旅行に行くことになった。当然、同行する宗介。せっかくの旅行にもかかわらず、飛行機内でもかなめは無視、無視…。さあ到着後関係を修繕しよう、と思いきや、到着した場所は沖縄とは似ても似つかない場所であった！
ハイジャックされたかなめたち陣代高校の面々。実はハイジャック犯はかなめを狙う連中だった。実験体にされそうになったかなめを危機一髪救出する宗介。その後、ASサベージを操り、脱出するものの行く手を阻む未確認ASが…。そこから木霊する声は死んだはずの宿敵、ガウルンだった!! 絶体絶命の二人！
ガウルンのAS「コダール」との激戦の末、九死に一生を得たクルツ。かなめと宗介にやっとの思いで合流したそのとき、宗介自身もかなりの傷を負っていた。二人の負傷者を抱えたかなめ。自分たちが足手まといだとする宗介は、かなめだけでも逃げるように諭すのだった。
クルツとの戦闘による損傷を癒し、再活動し始めたガウルン＝「コダール」。再度、今度は新型AS「アーバレスト」に搭乗した宗介と対戦。「ラムダ・ドライバ」が作動せず、ピンチの宗介。止めをさそうとする「コダール」。そのとき、かなめの隠された能力が!?
ガウルンとの激しい攻防を制した宗介、かなめたち。またいつもの学園生活が始まった。そんなある日、かなめの同級生「稲葉瑞樹」は彼氏の白井にふられた直後、友達に彼氏を紹介する羽目に…。困惑する瑞樹。そんな彼女が彼氏役に指名したのは、何と宗介だった！ 複雑な心境のかなめ。
かなめとの宿題の約束を、ミッションのためすっかり忘れていた宗介。慌てて、学校に戻ってきたが、待っていたのはかなめの投げた二塁ベースだった。そのころ、成田空港の税関で奇妙な行動を繰り返す少年が捕まった。名はタクマ。この少年と謁見するため本土に降り立ったテッサだったが…。
テッサとタクマを自宅に匿うはめになってしまった宗介。宗介と仲直りしようと訪ねてきたかなめの前に、バスタオル1枚で現れた艶かしいテッサ。宗介を挟んで一触即発の奇妙な三角関係が始まった。そんな中、タクマは着々と脱出するための策を講じるのだった。
テロリストA21によって捕まったかなめとテッサ。彼女達が向かうのは若者で人気のスポット有明お台場であった。二人を救出すべく後を追う宗介達。彼等を待っていたのは、この世のものとは思えないとてるもない化け物であった！
超巨大AS「ベヘモス」が起動した！ 暴れまわるベヘモスの追跡から逃れようと、疾駆するかなめ、宗介達の軽トラ。追跡をかわそうと彼らが逃げ込んだのは、国際展示場「ビックサイト」。窮地に追い込まれたその時、夜空にきらめく一筋の閃光が…。
ミスリルの本拠地「メリダ島」。ドック入りしているトゥアハー・デ・ダナンの整備に疲労困憊しているテッサ。自室に戻ったテッサが見たものは酒とタバコまみれのマオの醜態であった。怒り浸透のテッサ。マオに食ってかかり、挙句の果てに両者、ASでの決闘となってしまう。
信二の父親も参加する自衛隊の基地祭に赴くかなめ、宗介達一行。AS同士の卓球大会、綱引き、騎馬戦…。まるで、AS運動会である。そんな中、信二はAS に乗れない制服組の父親が歯がゆくて仕方がない。ついには親子喧嘩にまで発展してしまう。何とか仲直りさせたい宗介が取っていた行動とは!?
ガウルンはやはり生きていた！ その不死身のガウルンを暗殺すべく命を受けた部隊に宗介も参加することに。部隊が派遣される場所は、皮肉にも宗介の故郷であった。複雑な思いの宗介。一方、かなめは、仲間達と海水浴に来ていた。一人寂しいかなめ…。
隊長を失った宗介達部隊。悲しんでいる暇もなく、襲い来る敵機。部隊が奪取した核弾頭を奪還すべく、銃弾を浴びせる敵機。応戦すべく体制を立て直す部隊であったが、バチストの治療のため一時避難することに。そこは宗介が幼い頃、仲間達と共に戦った場所だった。
敵にかつての同士であり、宗介の盟友だったザイードがいた！ザイードは宗介の行動全てを見透かし、裏をかいてくる。防戦一方の宗介達。激しい戦闘の中、ついに、ザイードvs宗介！ザイードの乗るASは新鋭機「シャドー」。絶体絶命の宗介、アーバレスト！
夏休みも終わりに近いある暑い日、かなめ、宗介達は文化祭の準備真っ只中であった。文化祭の予算のほとんどをしょーもない複合装甲のゲートで使ってしまった宗介。すっかり意気消沈したかなめに対して、数日間南の島に二人っきりで出かけようと誘う。さあ、まさに、ひと夏の経験!?
デ・ダナン内、女性士官特別バスルーム。かなめ、テッサ、マオの三人が入浴中である。いつしか、話はマオの宗介とクルツとの出会い話に…。当時、マオは新しい部下を探すべく、ミスリルの訓練キャンプに来ていた。そこで出会った二人は、部下としては、はっきり言って落第点だった。
米軍の施設、「ベリオ共和国・ベリルダオブ島の化学兵器解体基地」がテロリストグループによって占拠された。島に急行するデ・ダナン。施設を占拠したのは、ソ連の新型AS「シャドー」。そして…、赤い不気味なAS「ヴェノム」であった。殲滅すべく出撃する6機のM9。そんな中、一人だけ取り残されるかなめであった。
ベリルダオブ島での激戦に勝利した宗介達。しかし、「ラムダ・ドライバ」を発動できず、マオを重傷に追いこんでしまった宗介は、一人責任を痛感するのであった。心配げなかなめにもやつ当たりしてしまう。そんな中、捕虜になったにも関わらず、ガウルンは余裕の笑みを浮かべていた。
「デ・ダナン」を乗っ取ったガウルン。彼が取った行動は、米軍の戦艦「コロラド」へのミサイル攻撃であった！ 是が非でも阻止しようとするテッサは、かなめと共振、すべてをかなめに託すのだった。方や、海底からは米軍の原潜「パサデナ」も追って来ていた。
米軍の原潜「パサデナ」に追い詰められた「デ・ダナン」。高笑いのガウルンは、「デ・ダナン」の限界深度を超えて、艦を沈めていく…。そんな中、テッサの共振により、ようやく、「デ・ダナン」の心臓部、「レディ・チャペル」に、かなめがたどり着いた!!
いよいよ宗介VSガウルンの最終決戦の時が来た！ 舞台は、「デ・ダナン」。大嵐の中、激しい戦いが展開される。一方、米軍の原潜「パサデナ」からの攻撃ソナー音もドンドン大きく響いてきていた！ 絶体絶命のピンチ!! その時！ どこからか「女神」の声が…。
「南から来た男」自分の靴箱に爆弾が仕掛けられたと思い込み、靴箱を爆破してしまった宗介。その原因は、ミスコンナンバー2の佐伯恵那の宗介へのラブレターだった！ 「妥協無用のホステージ」不良たちに拉致されたかなめを救おうと廃工場に向かった宗介。多勢に無勢、危機一髪の宗介が取った奇策とは…!?
「すれ違いのホスティリティ」目当てのパンをゲットできなかった宗介。結局、銃の乱射により、パン屋の購買は中止に。その役を仰せつかったかなめと宗介だったが…。 「空回りのランチタイム」古文に苦しむ宗介はかなめからノートを借りた。しかし翌日、そのノートを全部忘れてしまい…。
夏休み！かなめたちは、海水浴に来ていた。白のおニューの水着を新調したかなめであったが、そんなかなめの水着にもまったく無関心な宗介。苛立つかなめ。一方、宗介はスイカ割りでまたまた事件を起こし、その苛立ちをさらに増長させる。そんな彼女の前にある人物が現れて…。
「芸術のハンバーガー・ヒル」かなめたちは、宗介をモデルとすることに決めた。水星先生からモデルの説法を聞いた宗介だが、姿を消してしまい…。 「一途なステイク・アウト」宗介の戦争ボケ行為に悩まされるかなめ。そんな時、中学での先輩・不破と遭遇したかなめは、遊園地デートをすることに！
「純で不純なグラップラー」不良からかなめと恭子を救った青年・椿一成。彼こそ、かなめと宗介が道場の立ち退きを頼む相手だった！ 「善意のトレスパス」宗介に再戦を申し込んだ一成のパンチが決まった相手は、学校の校務員の大貫氏だった！責任を感じた二人に、生徒会長林水が出した妙案とは…!?
「押し売りのフェティッシュ」最近横行している痴漢の犠牲になった恭子。その行為とは、髪をポニーテールにされてしまうという行為だった。 「暗闇のペイシェント」幽霊話に花が咲くかなめたち。全然怖がらない宗介に苛立つかなめは、幽霊病院と噂されている病院に宗介を連れて行くが…。
陣代高校で、ある伝統のクラブが、廃部になることが決定した。そのクラブは、ラグビー部。生徒会長林水の尽力で、強豪硝子山高校との試合に勝てば、廃部を見直すとの約束を取り付ける。試合に向けて、急遽、ラグビー部のスケットとなるかなめと宗介であったが…。
陣代高校に短期留学生がやって来た！その留学生は銀髪輝く美少女、テレサ・テスタロッサ。宗介の所属する戦隊の戦隊長である。「もし、万が一のことがあったら」と脅すマデューカス中佐の忠告もあって、その護衛に四苦八苦の宗介。そんな宗介がもっとも緊迫するときがやってきた!?
陣代高校留学の思い出として、テッサが思いついたのは、なんと、温泉旅行だった!! 早速出かける一同。到着早々、何やら悪巧みのクルツ。風間信二、小野Ｄらと共謀し、女風呂をのぞきに行くことに。ところが、そんな彼らを待ち受けていたのは、厳重な警備用トラップだった！
かなめは落ち込む宗介を励まそうと、美樹原蓮と共に街のお店で「トライデント焼き」をおごる。そんな中、やくざ同士の喧嘩が始まった！野次馬状態で面白がるかなめと宗介だったが、蓮はそうはいかない。その喧嘩でやられていたのが、美樹原組の組員だったからである!!
部室が足りず困っているクラブを何とかしようと四苦八苦するかなめ。そんな中、社会研究部が部室を明け渡してくれるという。ただし、それには条件が課せられていた。その条件とは「ナンパ」。宗介も写真部の一員となり、風間信二と連れ立って「ナンパ」に励むが…。
激辛カレーパンの餌食になった小野寺孝一が、水を求めて手に取ったビンは、宗介のものだった。中からは水ならず、これまた怪しい液体が!? 結局、ゴミ箱行きとなった。状況を知った宗介は、驚愕する。そのビンは、世にも恐ろしい細菌兵器だったのだ!!
超国家的秘密組織ミスリルは、難民救助のため内戦中のバリク共和国に、宗介たちの部隊を派遣。世界でも最新鋭の装備を誇るミスリルだが、現地ではミスリルの介入を見越していたかのように、対抗できるだけの装備を持った政府軍の部隊が待ち構えていた。宗介の搭乗したアーバレストは、退路を断たれ窮地に追い込まれる。
千鳥かなめが、何者かに狙われている!? 風間信二から、ホームページのサイトに、無断で、かなめの写真が掲載されていることを知らされる宗介。早速、犯人を拘束すべく、学校内を調査することに。一方、そんな宗介たちの日常とは裏腹に、謎の中国少女他、敵組織らしき人物の存在が明らかになる。
南北に分断された中国の南京で、和平会談に出席していた北中国の代表団を武装グループが拉致。中国が再び内戦状態になるのを防ぐため宗介たち、ミスリルの部隊が代表団救出に派遣される。しかし、代表団を拉致したのはゲイツ率いるアマルガムの部隊であり、拉致事件は宗介たちをおびき寄せるための罠だった。
裏切り者、ブルーノの仕業により、ゲイツ率いるアマルガムの部隊にミスリル部隊の作戦行動が筒抜けとなってしまう。次々と敵に先回りされることをいぶかるテッサは、自分たちの作戦情報が漏れていることを確信する。追い込まれていくミスリルの部隊。万事休すと思われたその時、テッサの取った行動とは？
メリダ島基地会議室。ミスリルの高官たちに取り囲まれているテッサ。今回のブルーノの件でミスリル作戦部、情報部双方から責めを負う。一方、その当人ブルーノは、ミスリルの手から逃れるため、イタリアはシチリアの知人宅に身を隠す。そこで彼は、ある東洋人の美女と出会う。その美女の正体は!?
テストが始まっている中、なかなか姿を現さない宗介。このままでは、留年よ、と心配顔のかなめ。一方、オーストラリアのシドニーにあるミスリル作戦本部では、南京の事件でテッサたちを、撹乱させた裏切り者、ブルーノの尋問が行われていた。ブルーノの真意を聞き出そうとするのだが…。
ミスリルへの帰還命令の出た宗介は、かなめのもう一人の護衛者、情報部のレイスとやり合う。重なる任務に、護衛の不備を突付かれ歯噛みする宗介。その翌日、宗介と二人の時間を過ごすことができたかなめは、ご機嫌！ 登校途中、恭子との会話に興じる。まもなく、いつもの授業が始まる。しかし、宗介の席は空席だった…。
メリダ島。ミスリル西太平洋基地。着陸するC-17輸送機。輸送機を降りてきたのは、ベルファンガン・クルーゾー中尉。宗介たちの新しい上官である。その近くを早足で通り過ぎていく宗介。彼が向かったのは、戦隊長、テッサのオフィスだった。対面する二人。重苦しい雰囲気の中、テッサは厳しい姿勢で宗介に応待する。
宗介がいなくなり、急に恐怖心が湧き上がってきたかなめ。朝まで寝付けず、憔悴しきった顔で登校すると、待っていたのは、神楽坂先生のアナウンスだった。職員室に呼ばれたかなめに、手紙を手渡す神楽坂。その手紙の中身は、宗介からの、「退学届け」だった！
香港で所属不明のASによる大規模な破壊行為が発生した。北中国軍と南中国軍がにらみ合う香港が、火の海になることを防ぐべく、出撃するミスリル部隊。香港到着までの間、宗介は、格納庫のアーバレストに乗り込み、AIの「アル」と会話を始める。
ASを積んで香港に向かうゲイツの部隊。その頃、宗介は当てもなく、玉芳によって破壊された香港の街中を彷徨っていた。香港を火の海にすることは避けたいミスリル。コダールの潜伏先を洗っていたヤンとウーは、上環にある建設中のマンションで死体を発見する。その死体にはあるメッセージが仕込まれていた！
例のメッセージをいぶかる宗介。北中国軍と南中国軍との軍事的緊張感が高まる中、九龍半島に上陸するM9部隊。両軍の開戦までタイムリミットは後わずか…。メッセージに従い、ツィムシャツォイにあるアラブ人街を訪れる宗介。そこで宗介は、更なる行き場所を指示される。そこは、九龍公園だった…。
コダールの攻撃で燃える香港市街。「もはや限界だ…」と諦めのボーダー提督。それでも宗介を信じるテッサ。九龍城跡の市街、燃え盛る建物のそばで、蹲る宗介。そこに現れるヤンとウーの二人。かなめが死んだと吹き込まれ呆然とへたりこむ宗介に、ヤンは、銃を向ける！
世界各地でテロと対抗して戦う秘密武装集団「ミスリル」。その中核を担う西太平洋戦隊の巨大潜水艦「トゥアハー・デ・ダナン」の艦長は…16歳のドジッ娘・銀髪美少女だった！ 潜水艦の発令所の中、下着姿で眠りから覚めたテレサ・テスタロッサ大佐＝通称テッサは、淡い想いをよせる宗介に寝ぼけて抱きついてしまい…。
波しぶき立ち上がる岸壁近くの墓地で出会う双子の兄妹、レナードとテッサ。対峙する二人。テロ組織「アマルガム」は“その時”を迎えるべく、着々と準備を進めていく。一方、冬の都立陣代高校では間もなく、三学期を迎えようとしていた・・・。
対テロ組織集団「ミスリル」の西太平洋戦隊の本拠地メリダ島では、気象被害が起きていた。突如、メリダ島に向かって飛来するミサイルの大群。“アラート！”緊急事態に陥るテッサたち。
太陽からの電磁波「太陽風」によってミスリルの衛星回線が支障を来した。その自然災害に便乗してメリダ島を強襲するアマルガム。多数のミサイル攻撃に迎撃を試みるテッサたち。
敵アマルガムがメリダ島に上陸。いよいよ白兵戦に突入したテッサたちミスリルのメンバーは、デ・ダナンで脱出を試みる。一方で常盤恭子を人質に取られた宗介とかなめは、恭子を助け出すため、クラマと取引をする。
フォトグラファーのレモンは観光途中、ガラの悪い男たちから因縁をつけられ金品を奪われそうになるも、ポニーテールの若い女の子、ナミに助けられる。ナミは、レモンを救い出した報酬として５０００ドルを要求する。
レモンが居眠りする中、サベージのオーバーホールに励む宗介、ナミたち。迷彩柄のボディでは画にならないというレモンに対し、宗介は早速カラーリングを施す。その色はあの「アーバレスト」を彷彿とさせるもので、宗介は「アル二世」と名付ける。
「闇バトル」に挑むことになった宗介。ナミのサポートもあり、搭乗するサベージ「アル二世」も準備万端。いよいよバトルが始まる。対戦相手はまさかの相手だった。一方、ナミたちはバトルに同行させてもらえず・・・。
クラマとナムサク署長を追い詰めるべく、再びサベージ「アル二世」を操りクラマの元へ。その行く手を阻む雇われAS軍団。宗介に大きな試練が降りかかる。
アラスカのとある修理工場内。PCのモニターに向かうクダン・ミラ。PC上で「相手」に会話を試みるが長い沈黙が続く。所変わって、サンフランシスコ近郊。フリーウェイの路肩をぼろぼろの制服姿でふらふらと歩く少女。
アマルガムからの襲撃を受ける宗介たち。襲撃はまだ傷の癒えない宗介にも迫ってくる。一方、ファウラーを後少しというところで取り逃がしてしまったテッサたちは、レナードたちアマルガム討伐を誓う。
コートニーの元で訓練に励む宗介。体が回復に向かっている中、レモンたちがメキシコのニケーロでアマルガムの拠点を発見した。単身乗り込もうとする宗介だったが、レモンに叱責される。
宗介、レモンたちが迫る中、レナードは邸宅を離れ別の場所に移動することに。一緒に連れて行こうとするレナードに銃口を向けるかなめ。
