ノートゥング・モデルのファフナーが未完成段階の竜宮島に、フェストゥムが近づき始めた。現段階でフェストゥムに発見されれば、アルヴィスは壊滅する。それを防ぐべく、竜宮島左翼部を切り離してフェストゥムを引きつける「PLAN L」が実行されるることとなった。
大海に佇む孤島・竜宮島で、真壁一騎や皆城総士は平和な日々を過ごしてきた。そんなある日、空から「あなたはそこにいますか？」という声が響き渡る。そして突然、謎の敵フェストゥムが襲来する。フェストゥムによって無残に破壊されていく竜宮島を前に、アルヴィス司令官・皆城公蔵はファフナーの出撃を決意して…。
初めての実戦。多大の犠牲を払いつつも勝利した一騎は、戦闘後アルヴィスのメディカルルームへ運ばれる。帰宅した一騎を待っていたのは、アルヴィスの制服に身を包んだ総士だった。総士は一騎に、現実の世界の有様を伝え、これから一緒に戦うことを約束するのだった。そして、アルヴィスで一騎の訓練が開始された。
新たなアルヴィスの司令官となった史彦は、不足する戦力を補うため、新たなファフナー・パイロット候補として、咲良、甲洋、剣司、衛、翔子、真矢をアルヴィスに配属する。一方、一騎はアルヴィス内で不思議な少女に出会った。彼女を追ってアルヴィスの最下層に向かった一騎は巨大な装置の中で眠る少女を発見する。
人類軍偵察機を囮にして、竜宮島は移動作戦を開始。一騎は作戦の援護のためにマークエルフで飛び立つ。フェストゥム・スフィンクス型に手を出すなと忠告する総士だが、一騎は人類軍を助けるため命令に反してしまう。事態の急変に伴い予定より早く出航する竜宮島。しかし、その途中で人類軍に発見されてしまうのだった。
一騎の行動は、結果的に新国連に竜宮島の存在を知らせることになってしまった。新国連のギャロップ事務総長は島の破壊をにおわせ、史彦にファフナーの引渡しを要求する。そして、ファフナー・マークゼクスを新国連に引き渡す日が来た。だが、竜宮島を目指す輸送船団の行く手に、フェストゥム・スフィンクス型が出現する。
マークエルフが新国連の船団を襲ったスフィンクス型の迎撃に向かった隙に、突如もう一体のスフィンクスB型に襲われた竜宮島。破壊されていく島を見た翔子は、マークゼクスに乗り込むことを決める。一騎の戻る場所をこれ以上壊されまいと、翔子は捨て身の決意でスフィンクスB型の前に立ちはだかり…。
貴重なマークゼクスを失わせた翔子に対する島民の反応は冷酷だった。理不尽に荒らされた翔子の墓の前に立ち尽くす甲洋。そんな中、マークドライとマークフィアーの適合者として、咲良と甲洋が選ばれる。いきなりマークエルフ相手の模擬戦闘に挑むふたりだが、熟練者の一騎にかなうはずもなく、一方的に叩きのめされて…。
竜宮島の北方350キロに、アーカディアン計画の一端と思われる人工島が発見された。狩谷の指揮の下、一騎や甲洋、歴戦の特殊部隊員・溝口たちが探索に向う。その影で、地下施設の中枢部から島のデータを持ち帰ろうとしていた狩谷たち。ところがその時、岩戸の奥にいた少年の姿のフェストゥムを目覚めさせてしまい…。
島の上空に現れたフェストゥム・マスタータイプのイドゥンは、マークエルフとフェストゥムとの戦いを観察していた。そんな中、溝口と真矢を助けようとしたマークフィアーは、海中に出現したフェストゥムに捕まってしまう。そこに救援にやってきたマークドライが、マークフィアーのコクピットの回収に成功するが…。
ファフナーと仲間のどちらが大切なのか。竜宮島の未来を担う総士の答えは明確だったが、戦いの中で自分の居場所を見失いかけていた一騎は、総士の答えの中に自分の居場所を見出そうとしていた。そんな中、由紀恵から外の世界への脱出を囁かれた一騎は、真矢に、自分のことを忘れないでほしいと頼むのだった。
リンドブルムに搭乗した由紀恵とともに、一騎はマークエルフで竜宮島を去った。総士は、一騎が自分を見捨てたのだと決めつけ、咲良は一騎の行為を裏切りだと切り捨てる。一方、由紀恵に導かれ、新たな世界を目撃する一騎。たどり着いた東南アジアの密林の中、一騎はスフィンクス型の襲撃を受けてしまい…。
フェストゥムの新たな襲撃に備えるため、アルヴィスは剣司と衛をパイロットとして投入することを決定。一方、真矢は何もできずにいる自分に焦りを感じていた。そして、一騎不在の中、竜宮島をフェストゥムが襲撃する。咲良のマークドライ、剣司のマークアハト、衛のマークフュンフが出撃するのだが…。
由紀恵からファフナーの戦闘記録を入手した人類軍は、ファフナーを新たな人類の武器として全世界に宣伝した。一方、一騎はモルドヴァで日野道生の父、洋治に会う。洋治は一騎に、戦う以外の選択肢を与えることができると話し始めた。しかしその時、イドゥンがモルドヴァ基地への侵攻を開始して…。
真矢は溝口とともに人類軍モルドヴァ基地へ向かった。その直後、竜宮島に人類軍占領部隊が到着。人間相手に戦えない史彦は戦いを放棄し、島民の避難を優先させる。続々と上陸する人類軍占領部隊。晴れて人類軍の軍服に身を包んだ由紀恵はワルキューレの岩戸へ急行するが、そこにコアはいなくなっていて…。
ミョルニアは、マークザインを一騎に届ける。しかし、一騎は母そっくりなミョルニアを見て衝撃を受けていた。その直後、目の前でミョルニアがイドゥンに飲み込まれる光景を見た一騎は怒りの感情に取り込まれてしまう。その怒りはマークザインを変貌させ、フェストゥムや、周囲のものを次々に取り込んでいって…。
竜宮島では、人類軍占領部隊が島のコア以外の全てを掌握していた。しかしコア不在で手薄になった竜宮島の防衛網を突いて、フェストゥム・プレアデス型が襲来する。そんな中、総士たちは乙姫に導かれ、ファフナーを取り戻す。出撃する咲良たちだが、強力な敵に歯が立たない。だが、そこに一騎のマークザインが現れて…。
アルヴィスは、人類軍の手から島を取り戻した。総士は真矢に説得され、一騎と話をしようとする。その頃、千鶴に余命3ヶ月と宣告された乙姫は、それは人間として生きることを選んだ自分の選択だと笑って答えるのだった。その一方、バーンズ大佐は、カノンと潜水艦を巻き添えに竜宮島を消滅させることを決定して…。
カノンたちは竜宮島の住人として生きる道を選んだ。そして乙姫も、島で新たな生活を始める。一方、千鶴は真矢のパイロットとしての高い適性が示されたデータを発見する。弓子が真矢のデータを改ざんしていたのだ。新国連使節としてやって来た真矢の父、ミツヒロ・バートランドは、データ改ざんの事実を知って…。
真矢がマークジーベンのパイロットとして、戦列に加わることになった。彼女の身を案じて後方支援に就かせた総士だが、真矢は溝口が舌を巻くほどの、狙撃手としての才能を開花させる。そして盆祭りが近づいたある日、ついにフェストゥム・コアギュラ型が襲撃。真矢の初陣となった。苦戦する咲良たちだったが…。
真矢の活躍によって一騎たちはコアギュラ型を撃退する。一方、コアギュラ型の目的が甲洋と知った史彦は、甲洋の生体機能停止を決定する。そんな中やってきた盆祭りの夜、カプセル内で目覚めた甲洋がアルヴィスを抜け出してしまう。大人たちは甲洋を排除しようとするが、一騎たちは友達として甲洋を助けようとして…。
マークジーベンを戦列に加えた7体のファフナーで、より強固となった竜宮島の防衛システム。だが、ミツヒロが残した警告通りフェストゥムの来襲は活発になり、出撃回数は増えてゆく。そして、竜宮島にも穏やかな異変が訪れていた。そんな中、剣司に告白めいた言葉を告げられ、ときめきを覚える咲良だったが…。
フェストゥムの因子の同化現象により、肉体の結晶化が進んでいた咲良。そして、島の昆虫や植物にも異変が訪れる。乙姫は史彦に、フェストゥムが生死を通して人間の悲しみを理解しようとしているのだ、と説明する。そんな中、新型種のフェストゥム・スカラベ型が、単体で竜宮島に襲撃してきて…。
スカラベ型の攻撃によって、フェストゥムが基地に張り巡らせた触根。そこに捕らえられたままのジークフリード・システムを助けるため、一騎はファフナーとの同化を促進する薬剤を投与する。乙姫と協力して、総士を救助しようとする一騎。しかしその時、イドゥンが駆るファフナー・マークニヒトが竜宮島を襲い…。
一騎の目前で、総士はジークフリード・システムと共に消滅した。イドゥンは撤退するが、竜宮島の払った犠牲は計り知れなかった。史彦はついに人類軍の立案した最終決戦に参加することを決める。そんな中、竜宮島に飛来した赤いフェストゥムが史彦に通信を試みる。史彦が指定された山頂には、乙姫とミョルニアがいて…。
人類最後の決戦・ヘブンズドアに参加するため、一騎たちは北極へ向かった。しかし一騎たちの目的は、総士を奪還して全員で生還すること。それが竜宮島だけの「蒼穹作戦」だった。ミールに対して激闘を繰り広げる一騎たち。しかし、フェストゥムは人類相手の効果的な戦術を理解し、徐々に人類軍を追い詰めていって…。
初めての痛みに襲われるイドゥン。それこそが、総士がフェストゥムに教えていた本当の戦い方、消耗戦だった。イドゥンは恐怖におびえ戦線を離脱する。合流してミョルニアのコアにたどり着いた一騎たちは、捕らわれた総士を発見、奪還に成功する。北極のミールのコアを撃ち落とし、帰還しようとした一騎たちだったが…。
2150年6月25日。人類に残された数少ない生存圏、ハワイ島がフェストゥムに襲われた。 新国連は交戦規定アルファを発令し、生存者もろとも島を焼き尽くした。 その爆心地近くでナレイン将軍はひとりの少女を発見する。彼女は1体のフェストゥムに守られていた。 それから1年後。竜宮島は以前と変わらぬ平和な日々を送っていた。 来主操との対話以降、島は再び世界から姿を消し、一騎たちもファフナーを降り、後輩の広登らが防衛の要となっていた。 だが、1機の輸送機が島を訪れた事で、彼らはまた戦いに巻きこまれていく……！
フェストゥムに追われる人類軍輸送機救援のため、ファフナーの出撃が決まった。 2年ぶりの戦争。だが、広登たちは気負う事なく、笑顔を見せながらファフナーに乗りこんだ。 敵はスフィンクス型1体。ファフナーは、広登、里奈、暉、芹、そして真矢の5機。 優勢に戦闘を進めるファフナー部隊だが、経験を積んだ敵は新たな戦い方を学び、仕掛けてくる。 優勢だった戦いも、やがて劣勢へと追い込まれてゆく。島のパイロットたちは見た事もない敵の戦法に戸惑う。 そこへ、思いがけない増援が合流。広登たちを援護しはじめた……！
竜宮島へ到着したミツヒロたち人類軍パイロットは、喫茶“楽園”を訪れる。 はしゃぎながら一騎カレーを食べるビリー、一騎を意識するアイ、そして慎重に様子を伺うミツヒロ。 そんな彼らを、真矢は複雑な表情で見つめていた。 エメリーと対面した美羽も、夢中で“お話し”していた。ふたりにしか分からない、特殊な方法で……。 娘の異常な姿に母親の弓子は不安を覚える。 一方、島にエメリーを連れてきたナレイン将軍がもたらす情報には史彦は驚く。 世界のパワーバランスを変えかねない恐るべき事態が迫っていた。
新たに3名のパイロットが選抜された。 御門零央、鏑木彗、水鏡美三香。一騎たちの後輩、竜宮島学園中等部3年の少年、少女たちだ。 彼らは広登の世代よりさらに高度な遺伝子操作を受けており、それぞれが特異な能力を持っていた。 羽佐間容子とカノンは、3人に新たな機体を用意する。 ところが、美三香たちは、色が気に入らないだの、名前が気に入らないだの言い始め……!? 同じ頃、史彦と千鶴は、各家庭をまわり、子どもたちをファフナーに乗せる決定を伝える。 子供たちを前線で戦わす現実に、覚悟はしていたものの受け入れられない姿があった。
アザゼル型と呼ばれる、巨大フェストゥムが竜宮島に攻撃を仕掛けてきた。 ウォーカーと名付けられたこのフェストゥムは、エメリーたちがやってきてからずっと島を監視していた。 ウォーカーはシールドに穴を開けると、スフィンクス型など多数のフェストゥムを内部に送り込んでくる。 マークノインとマークツヴォルフ、そしてこれが初陣となる彗、零央、美三香の5機が迎撃に向かう。 総士は彼らに地上部隊のフォローを命じるが、彗はそれに反対し、作戦の変更を要請する。 新人パイロットの思わぬ反応に、総士は……？
美羽を乗せた竜宮島の派遣部隊が、エスペラントの拠点、エリア・シュリーナガルの基地に到着した。 そこには天に届くほど大きな結晶の木・世界樹がそびえ立っていた。これこそがエスペラントが崇拝するミールだった。 美羽は早速、ミールとお話ししたいとエメリーにせがむが……。 一方、竜宮島では、成長した皆城乙姫が目覚めていた。 だが、誕生を喜ぶ芹に対し、彼女は冷たく「私を乙姫と呼ばないで」と言い放つ。 さらに彼女は、史彦と一騎を呼ぶよう総士に命じる。このままでは、美羽や島を出たみんなに大変な事が起こる、と……。
竜宮島派遣部隊が駐留するシュリーナガルを、フェストゥムが襲撃。 防衛圏外からだけでなく、市内にも突如出現したフェストゥムに人々は逃げまどう。 真矢は弓子と美羽の元に走るが、美羽の姿を見て言葉を失う。 その数時間前、竜宮島も複数のフェストゥムに襲われていた。 島に残ったファフナー部隊は防戦一方となり、危機を迎えるが、それと呼応するかのようにある変化が現れる。 一方、一騎と総士も訪れている危機に向かうため、出撃しようとしていた。 それはふたり一緒でなければ成し遂げられない、危険な挑戦だった……。
竜宮島のパイロットは、予想外に苦戦した戦闘と、突如芽生えた新しい力に戸惑っていた。 死に直面した彗は怯え、零央は剣の勝負で負けた事に悔しさを滲ませる。芹は自分が生きている事自体を疑っていた。 戦闘を見守った皆城織姫は、その命がいつ尽きるのか、千鶴に尋ねていた。千鶴は事実を告げ、織姫は答えに感謝する。 アルヴィスでは救援隊を一刻も早くシュリーナガルに到着させるための最善策が検討されていた。 だが、それは誰もが言葉を失う方法だった。 しかしカノンは、あのふたりならこれを選ぶと判断し、派遣部隊を救う準備に入る。
アザゼル型の襲撃を受けたシュリーナガルは壊滅寸前だった。 エメリーたちエスペラントは世界樹を守ろうと精神の防壁を築くが、逆にフェストゥムに心を浸食され、苦しむ。 一方、美羽ら竜宮島の派遣部隊は空路での脱出を試みるが、フェストゥムの大群に阻まれ飛び立つ事すらできない。 ミツヒロ率いるペルセウス中隊は、マカベと交わした命に替えても美羽たちを守るという約束を果たすため、少ない防衛力を派遣部隊の救援に回すが……？ その頃、シュリーナガルに近い人類軍基地では、ある作戦が検討されていた。
世界樹を襲うアザゼル型を排除しようと駆けつけたザインとニヒト。 リミッターを外したザインの底なしの力を見せつける一騎と、制御不能と言われていたニヒトを自在に操る総士。 その圧倒的なパワーにミツヒロら人類軍兵士はもちろん、広登たち竜宮島のパイロットたちも沸き立つ。 ほかのファフナーとは明らかに違う力をふたりから感じ取ったアザゼル型は、新たな攻撃を放つが……!? みんなを守って欲しいという美羽のお願いに、一騎と総士はどう応えるのか……？ ふたりの戦いは新たな次元へ移ろうとしていた。
竜宮島に残った彗たちファフナーパイロットは、その役割を完璧にこなしていた。 先の戦闘で現れた現象・SDPは、ファフナーの性能を飛躍的に向上させ、パイロットにも良い影響が出ているようだった。 すべてが順調に進んでいるかに見えたが、大人たちはこの異変に不安を感じ、現象の解明に向けてさまざまな取り組みを始めていた。 そんな中、芹の家に身を寄せた織姫は、アルヴィスにいる時とはまったく違う意外な一面を見せていた……!?
彗たち島のパイロット全員に未知の現象が現れた。 ファフナーの新しいコアの影響である事は明白だが、千鶴らアルヴィスの医療チームには治す方法はおろか、それが命に関わる状況なのかすら分からなかった。織姫はこの事について何かを知っているようだったが……？ その頃、シュリーナガルの人々は次のキャンプ地に向け順調に移動していた。 司令部はヒマラヤ山脈沿いの廃墟に次の宿営地を決め、空戦型ファフナーを偵察に出す。 部隊に合流した真矢がそこで見たものとは……!?
行軍のルートを外れた移動部隊がフェストゥムに襲われた。 一騎と総士以外の真矢たちファフナー部隊が駆けつけるが、一騎は自分たちもザインとニヒトで出るべきだと主張する。 しかし、総士はその意見に反対し、この事態そのものに疑問を呈する。 一方、竜宮島もアザゼル型率いるフェストゥムの襲撃を受けていた。 今回のアザゼル型の攻撃には、ある目的があるようだった。 この緊急事態に、アルヴィス司令部は開発途中の新システムを導入する……！
人類最高のエスペラント“日野美羽”と、宇宙から飛来する第4のミール“アルタイル”。 彼らの対話に必要なミールのかけら“世界樹アショーカ”を再び根付かせるため、ナレインはエスペラントと難民を率い、新天地をめざしていた。 まずナレインたちが向かったのは、エリア・シュリーナガルから近い人類軍基地ダッカ。 一騎たち竜宮島の派遣部隊もナレインの要請を受け、彼らに同行していた。 だが、次のキャンプまでたどり着いた一行を待っていたのは、視界を奪われるほどの暴風と砂煙、そして待ち伏せしていたかのように現れた敵の大群だった。
基地まであと少しという地点で奇襲攻撃を受けたナレインたち一行は、想定外の事態にうろたえ、撤退に手間取る。 ミツヒロはいち早く何が起こったのか気づき、ペルセウス中隊と竜宮島のファフナーに退却を命じる。 ブリゲード・コントロールではエメリーが、戦場の様子を察知し、敵にメッセージを送るため祈りを捧げる。 だが、敵はその隙に、さらにとんでもない作戦を実行に移そうとする。 一方、前のキャンプ付近に残った一騎と総士は、アザゼル型と接触。 強大な敵にマークザインとマークニヒトの2体だけで挑んでいた。
ナレインたち難民一行の現状と今後の方針について報告するため、高速機が竜宮島に向け飛び立った。 その機内には先の戦闘で負傷したスタッフの姿もあった。 一方、竜宮島ではカノンが自らの超次元現象（SDP）と戦っていた。 ドライツェンのコクピットに座る度に見る、不思議な映像。 彼女はその内容についてアルヴィス上層部に直訴するが、史彦もその真偽について判断する材料を持たず……。 さらに、一部のアルヴィス職員の中から、第二次L計画という言葉が聞こえ始める。
ドライツェンのコクピットで、カノンはたったひとりで戦っていた。 一瞬かいま見た、未来の希望。すべての運命が変わるかもしれない、そのわずかな望みをつかむため、カノンはファフナーに乗り続ける。 容子は娘が何をしようとしているのか分からず、カノンを問い詰めるが……。 同じころ、彗の父・充は、息子のSDPと、先日、玄関で拾った娘・早苗のお守りとの関係性に気付き、彗を問いただす。 お守りの中身を見た母・香奈恵は泣き崩れ、そんな母の姿を見た彗は……。
人類軍から逃れるため、ナレイン一行は人の住んでいない区域をめざしていた。 そこは無数のフェストゥムが棲む荒野だった。 今の彼らにとって、人間はフェストゥムよりも恐い存在になっていた。 偵察に出た真矢とアイは、該当エリアとおぼしき場所を発見。現状確認のため、残されていた装置に通信ワイヤーを放つ……。 そのころ、アルヴィスには2つのデータが届いていた。 まったく内容の異なる報告書だったが、そのすべてがあるひとつの事柄を指し示していた。
人類軍が引き起こした事件は、キャンプの人々に強いショックを与えた。誰もが傷つき、救いを求め、心の中にしまっていた本音を漏らす……。 竜宮島はまだ、航行不能のままだった。島の生態系にも深刻な影響が出始め、早急にここから脱出することが求められた。 アルヴィスはファフナーのSDPを使って現状を打破しようとするが……。 さらに、パイロットたちを悩ます同化現象も、同化抑制の治療を施しているにも関わらずますますひどくなっていた……。
ついに実行された脱出作戦。だが、開始早々、作戦は危機的状況を迎える。 アルヴィス本体を捕らえた巨大なフェストゥムの牙はますます深く突き刺さり、第1ヴェル・シールドが消滅。今や第2ヴェル・シールドにまで到達しようとしていた。織姫はその痛みに黙って耐えるが……。 織姫の様子を見た史彦は、極秘に用意していた次のプランへの移行を決意する。織姫は史彦のその決断を否定も肯定もせず見守る。 そんな中、剣司と彗はふたり同時にありえないものを見ていた……。
ナレインたち一行は、さらに先のキャンプまで移動していた。 そこは陸地の大半を戦いで失った街だった。 海沿いにキャンプを設営した彼らは、漁を行って物資を補給し、つかの間の休息を取る。 真矢は今日が羽佐間翔子の誕生日であることを思い出し、海へ花を献げる。 翌日は一騎の誕生日でもあった。翔子と一騎の誕生日が1日違いであることに、当時の真矢は不思議な縁を感じていたが……。 同じころ、新国連上層部は今度こそ確実にナレインたちを叩くため、極秘に開発していたあるものの使用を命じる。
竜宮島との接触に成功したナレインたち。だがそこに、敵が立ちはだかる。 フェストゥムの大群と人類軍に囲まれ、混乱するナレイン。 しかし、総士は援軍の到来を確信する。 駆けつけた島のファフナー部隊は、決して人とは戦わないという史彦の信念を守り、人類軍との戦闘を避けようとする。 だが、島のファフナー捕獲を任務とするアルゴス小隊が彼らに迫ってくる。 剣司は派遣部隊に参加していたファフナーとクロッシングしようと、マークジーベンとマークツェンを探す。
新国連に捕虜を取られたアルヴィス上層部は、あるものを引き渡すことを交渉の材料に、彼らの返還を要求。新国連も了承し、話し合いの場が設けられる。 そのころ、ヘスター・ギャロップは新国連が独自に開発しているファフナーの実験報告を受けていた。 彼女の脳裏には、若き日の自分――新国連を設立したころの彼女――が甦っていた。 ヘスターにはヘスターなりの信念があり、守るべき世界があったのだが……。 さらに、その交渉劇の裏で、新国連の一部の軍人がある企みを胸に竜宮島と接触を図っていた……。
エスペラントたちが決めた入植地を探すアルヴィス上層部。 その場所はすでに敵の手に落ちている可能性もあったが、エメリーたちはそこを推していた。 アルヴィスは彼女らの意見を尊重し、もしもそこが敵に占領されていた場合は、その奪還まで力を貸すつもりでいた。 入植地捜索と平行して、竜宮島のブルクではゼロファフナーの改良が進められていた。 ゼロファフナーの操縦席に座るのは、第二次蒼穹作戦の時と同じ、里奈と暉の姉弟。彼らのSDPとゼロファフナーのパワーは良い相乗効果を生むと考えられたが……。
ミツヒロに接触したコアは、オーストラリア生存圏を掌握した司令官をも仲間に引き入れようと企んでいた。司令官は敵の突拍子もない話を聞き、心を動かされるが……。 島では、美羽が“アルタイル”と再びお話ししようと試みていた。しかし、それはなぜかうまくいかず……。 最終決戦が近付くなか、一騎、総士、真矢、剣司、咲良、そして甲洋は、以前から計画していた成人式を執り行う。 史彦は彼らに祝辞とともに、ある物を手渡す。それは、彼らが正式にアルヴィス職員となった証しだった。
新たな蒼穹作戦。 それは、宇宙ステーションを支配しているミールのかけらを破壊し、敵の連携を絶つ作戦だった。 ファフナー部隊が敵に対して総攻撃を仕掛ける一方で、史彦は人間同士で殺し合わなくて済むよう、働きかけを行っていた。その奇策に人類軍は驚く。 難民が入植した島では、エスペラントたちが世界樹アショーカを再び根付かせようとしていた。 その様子を、美羽とエメリーも見守る。だが、そこには思いもよらぬ現実が待っていた……。
人型ロボット兵器ファフナーのパイロットとなった真壁一騎や親友の皆城総士ら少年少女が、フェストゥムと呼ばれる謎の敵との激闘を繰り広げるさまを描く「蒼穹のファフナー」シリーズ。本作では、「蒼穹のファフナー HEAVEN AND EARTH」で描かれた戦いによって平和を取り戻した竜宮島を舞台に、再会を果たした一騎や総士をはじめとした竜宮島の人々が過ごす、何気なくも忘れ難い平穏な日々を描く。
人類とフェストゥムとの戦いは、さらに複雑さを増しながら続いていた。 「第五次蒼穹作戦」の名の元、奪われた同胞を取り戻すため 人型兵器ファフナーに乗り込んだ真壁一騎ら竜宮島部隊はフェストゥムとの激しい戦闘を繰り広げる。 「誰かが生きるために誰かが犠牲になる。そんな世界を捨てて生きよう。」 「お前を、居るべき場所へ還す」 奪われたのは竜宮島の人々にとって、かけがえのない存在。 だがそれは、拮抗するものたちにとっても同じこと。そして、人類にとっても……。 終わりの見えない戦いが続く世界。 そして、ここに今、また新たな物語が始まる――
夢の中で、乙姫そっくりなふたりの子供たちに出会った総士。 彼らは「ミールの申し子があなたを探す」と総士に告げる。 その傍らには、ひとりの男性が立っていた。 夢から覚めるとそこはいつもの平和な島。そしてどこまでも続く青い海だった。 優しい両親、生意気だけどかわいい妹、気の置けない親友。 満ち足りた日常だが、総士の好奇心は島の外に向かっていた。 「世界が本当はどうなっているのか、誰か教えてください」 古い無線機に呼びかける総士。すると、それにこたえる者があった。真実を知りたいか、と。
島の外から来た男に大切な妹を殺され、住んでいた島を破壊された総士は、彼の話に耳を貸そうとしない。 一騎は彼を眠らせ、美羽たちにあとを託す。 やがて目を覚ました総士は、島の人々――特に一騎に反発し、反抗的な態度をとる。 史彦らは、この世界こそが現実なのだと総士を説得しようとするが……。 3年もの歳月をかけてようやく取り戻した、竜宮島へと続く道標。 だが、彼の心は未だ偽りの島に取り残されたままで……。
ルヴィ・カーマの導きで、マークニヒトに乗った総士。 だが、過去と共鳴したはずの彼は、ニヒトに眠る憎悪の思念と、激情の変性意識に飲み込まれ暴走する。 「こんな島、全部壊してやる！」 駄々をこねる子供のようにむき出しの敵意をやみくもにぶつける総士を、零央たちは軽くいなす。 その様を美羽は悲しく見つめ、ひとり立ち尽くしていた……。 予想もしていなかった総士の変化に、不満を募らせる島民たち。 総士を正しく導き、島民の理解を得るため、史彦とルヴィは対話の道を選ぶ――
南アメリカ・独立人類軍バミューダ基地。 赤く輝く月の下、攻撃を受け破壊し尽くされた軍港に、ベノン軍母艦オリンポスが停泊していた。 艦内部の玉座にいるのは、軍服をまとった金髪碧眼の青年。 その傍らにはマリス・エクセルシアと、新たな身体を作り上げたマレスペロの姿もあった。 青年は、艦隊を動かし海神島に総攻撃をかけると宣言するが、マリスは島を滅ぼす前に今一度、総士を説得したいと願い出る……。 未だ自分が何者なのかわからずにいる総士。 彼と接触を図ろうとするマリスの真の狙いとは……。
マレスペロの絶対停止領域に捉えられた海神島。 アルヴィスは脱出の方法を検討するがシミュレーションの結果は芳しくなく、純粋ミールである〈アルタイル〉のみが大気圏外の敵に対抗しうるただひとつの希望であるとの結論に達する。 総士は竜宮島の位置を探るため、再びマークニヒトに乗る機会を与えられるが……。 パイロット達の教え、千鶴が成し遂げた偉業、美羽の覚悟、竜宮島と島民が築いてきた平和と苦悩の歴史。 それらを学び、吸収し、感じ取ったとき、総士の中で新たな気付きが芽生える――
激しい戦闘により、多くの犠牲者を出した島には、重苦しい空気が満ちていた。 流れ着いた沢山の遺品が回収され、葬儀場には幾人もの遺影が並べられた。 それらは皆、誰かの家族であり、恋人であり、友だった。 悲しみをこらえ、現実を受け入れる苦しみに向き合おうとする島民たち。 遠見家では、耐えがたい喪失感を抱えて自室で塞ぎ込む真矢と美羽を元気づけようと、総士がひとりキッチンに立っていた……。 外の世界から来た少年の真っ直ぐな想いが、凍り付いた人々の心を溶かしていく。 傷付いた島が導き出す次の選択とは――
第二次L計画が実行に移された。 かつてのL計画は、Lボートを囮とし、島がフェストゥムに発見されるまでの時間を稼ぐ陽動作戦だったが、第二次L計画は島そのものを囮に少数の要員がＬボートで竜宮島をめざす、いわば希望の作戦であった。 だが、ベノン軍は島を迂回し、迷うことなくLボートに照準を合わせ追跡してきた。 「なぜだ……なぜ何もかも読まれる」 部隊はただちに作戦行動を中止し帰島を試みるが、すでにボートは無数の敵に囲まれ、身動きできない状態となっていた……。 竜宮島への道筋が見えたその瞬間、絶たれる希望。 分断され、危機的状況に陥る派遣部隊。 その混乱の中、それは突然、訪れた……。
マレスペロが海神島の追跡に使っていた手口は、人間の感情と盲点を利用した巧妙なものだった。 美羽と総士の指摘で真相を知ったアルヴィスは、その仕組みを逆手に取り、マレスペロらの目を欺きながら竜宮島をめざす第六次蒼穹作戦を立案する。 一方、マークニヒトのザルヴァートル化という想定外の出来事によって一時撤退を余儀なくされたマリスたちは、彼らの信じる平和な世界を実現するため、今度こそ島を消滅させようと決意を新たにしていた……。 ついに訪れた決着の時。 島民の願いはただひとつ。故郷〈竜宮島〉へ帰ること。 それは可能性の地平線に続く、最後の希望――
マークレゾンの苛烈な攻撃にさらされた島のファフナーは、反撃の糸口すらつかめず、戦局は膠着する。 一騎はレゾンの撃砕よりも美羽の護衛を優先し海中へと潜るが、そこにはアレスの力を写し取ることに執念を燃やすレガートがいた。 同じころ、海底では美羽と総士が島のシールド圏内に到達し、アルタイルまであと一歩のところまで迫っていた。だが、その行く手をマリスが阻み……。 大切な人、大切な場所を守りたい。 同じ思いを抱きながらも、立場の違いから対立し、争い続ける人々。 永遠に終わらない悲劇の連鎖を断ち切るため、美羽と総士が選択した未来とは――
美羽が選んだ祝福が、世界に降りそそぐ。 フェストゥムたちは群となって天へと昇り、赤い月を覆い尽くす。 奇跡を目の当たりにした人々は皆一様に動きを止め、感嘆の言葉を漏らす。 「こんな未来が…あったなんて…」 あの日、2人の少年が導こうとした未来。 彼らの願いは次の世代に引き継がれ、そして、誰も想像すらできなかった世界へと繋がっていく……。 対話と争い、共存と排他、長きに渡る人類とミールの歴史は、今、転換期を迎える――
2148年。太平洋に浮かぶ孤島・竜宮島に住む若者達は人型決戦兵器「ファフナー」に搭乗し、宇宙から来襲したシリコン型生命体「フェストゥム」との戦いに打ち勝つ。その戦いの終盤に、皆城総士（声：喜安浩平）はフェストゥムに捕らえられるが、「蒼穹作戦」により真壁一騎（声：石井真）たちに救出される。しかしファフナー搭乗の副作用の“同化現象”が進行した総士の肉体は消滅してしまう。最後に「いつか竜宮島へ戻る」と一騎と約束をしながら…。その後人々が平和に暮していたある日、一隻の艦が竜宮島へ打ち揚げられる。中には1人の少年が眠っていた。そして、突如平和は破られた。フェストゥムの侵攻が再び始まったのだった…。
