Mitsuhiro Bertrand says that Japan was destroyed thirty years ago when toxins were emitted from the core, which prevented citizens unable to produce offspring, marking the beginning of the attempted genocide of humanity by the Festums. When the Alvis base was founded, children were able to become immune to the Festums through gene manipulation. Hester deceptively announces of a new weapon capable of defeating Festums, having the Fafner Mark Elf displayed. Yoji Hino, who revealed he had left the island five years ago to create weapons for the Neo UN fleet, offers Kazuki to work for him as a staff member. The Grendel Type Festums invade the Moldova, prompting Kazuki to fight back.
由紀恵からファフナーの戦闘記録を入手した人類軍は、ファフナーを新たな人類の武器として全世界に宣伝した。一方、一騎はモルドヴァで日野道生の父、洋治に会う。洋治は一騎に、戦う以外の選択肢を与えることができると話し始めた。しかしその時、イドゥンがモルドヴァ基地への侵攻を開始して…。
Mitsuhiro Bertrand dice que Japón fue destruido hace treinta años cuando se emitieron toxinas desde el núcleo, lo que impidió que los ciudadanos no pudieran producir descendencia, marcando el comienzo del intento de genocidio de la humanidad por parte de los Festums. Cuando se fundó la base de Alvis, los niños pudieron volverse inmunes a los Festums a través de la manipulación genética. Hester anuncia engañosamente de una nueva arma capaz de derrotar a Festums, mostrando el Fafner Mark Elf. Yoji Hino, quien reveló que había dejado la isla hace cinco años para crear armas para la flota de Neo UN, le ofrece a Kazuki trabajar para él como miembro del personal. Los Festums Tipo Grendel invaden Moldavia, lo que hace que Kazuki se defienda.
“靠机器偷看别人的内心就算是了解么？”总士被真矢这样质问，他是真的不了解一骑么，还是只是不善于表达。另一方面，新国联的军事基地遭到了Festum的狂袭，一骑是否能平安无事……固执地认为是一骑和总士放弃了翔子的甲洋，奋力营救救生艇。在成功救援之后，迎接他的却是菲斯特姆侵蚀心灵的同化……生命是迷惘还是欢欣，人们都有自己的答案。继一骑后有资质的少年和少女们也开始了战斗训练。沉眠中的乙姬出现觉醒的先兆，给龙宫岛的未来带来未知的变数……
