Yumi and Kyo are children who have been selected to take part in a top secret mission, to be the pilots of the first Fafner combat units; the last chance of survival for the human race. The enemy is ruthless, remorseless and is able to read the minds of humans. Therefore, the details of this mission are kept a secret even from the personnel involved. The young pilots must use all their courage and faith in order to survive and complete their mission or the fate of mankind would be compromised.
ノートゥング・モデルのファフナーが未完成段階の竜宮島に、フェストゥムが近づき始めた。現段階でフェストゥムに発見されれば、アルヴィスは壊滅する。それを防ぐべく、竜宮島左翼部を切り離してフェストゥムを引きつける「PLAN L」が実行されるることとなった。
在「蒼穹之戰神」本篇（第一季）的一年前，不斷隱匿自己從而躲避人類軍和異界體（Festum）的追擊的龍宮島，即將遇上被異界體發現的危機。
尚未準備好戰鬥準備的龍宮島，為了避過被異界體發現的危機而決定展開「L計劃」，將島的一部份、亞爾維斯的左翼部份「L區域」分離並開展為期2個月的遠航，讓敵人誤以為該處是龍宮島，從而保護本島。
就這樣，將陵僚及生駒祐未等8名少男少女，乘上「L區域」，並駕駛著對異界體兵器「Fafner Titan-model」投身於與異界體的戰爭中……
Die Teenager Yumi und Ryou haben sich entschieden, an einer geheimen Mission teilzunehmen, um ihre Heimat zu schützen. Dafür müssen sie große Kampfroboter steuern und einen übermächtigen Feind bekämpfen. Die beiden beginnen schon bald, als einer der wenige Teams, die Mission. Doch schon nach kurzer Zeit treten ungeahnte Schwierigkeiten auf. Die Waffen, die sie gegen ihren Feind benutzen, scheinen starke Nebenwirkungen zu haben und zerstören langsam ihre Körper …
