ベイブレードの定期大会が開催され、自分のベイ・サジタリオと共に強くなる夢を持つケンタは、3回戦まで勝ち抜く健闘を見せていた。しかしその活躍に目を付けた、フェイスハンターズが彼を狙い始める。
子供たちが集うベイパークでは、銀河とペガシスが皆と楽しくバトルを繰り広げている。ケンタがフェイスハンターズを退けた話をしたことで、銀河は一躍人気者になっていた。するとそこへ1人の少女が現れ…。
謎の男・大道寺は、キョウヤたちに強くなるための援助をすると申し出た。あまりにも怪しい大道寺の様子から、一旦は申し出を断るキョウヤだが、反対に挑発された揚げ句、彼と対戦することになる。
盾神キョウヤを慕うフェイスハンターズのベンケイは、戦いに破れたキョウヤを案じつつ、リベンジを誓って特訓に励んでいた。そこへ再び現れた大道寺は、ベンケイに新たなベイ・ダークブルを与える。
特訓に精を出すベンケイの元へ、渡蟹哲也が現れた。嫌らしい笑みを浮かべた彼の目的は何なのか？ そして同じ頃、店でベイの整備を行うまどかの元へは、泣きじゃくる子供たちが飛び込んできた。
不良たちに取り囲まれた1人の少女。彼女は周囲の心配をよそに、集団で襲い掛かるベイを見事に蹴散らしてみせた。その腕前を確認したベンケイは、少女・波佐間ヒカルに銀河との勝負を持ち掛ける。
ヒカルに敗北し、ケンタは全てのポイントを失ってしまった。そして2人の勝負を見つめていたベンケイは、負けても諦めないケンタの姿に昔の自分を重ね、彼をさらに強くするため特訓を持ち掛ける。
ケンタとの特訓を渡蟹に密告され、ベンケイはフェイスハンターズを追放された。一方キョウヤを連れ去った大道寺は、訓練を最終段階へ進めつつ、銀河に対して配下を差し向けるなど着々と計画を実行していた。
帰還したキョウヤは勝負を仕掛けてきた渡蟹を一蹴し、フェイスハンターズの解散を告げた。そしてその話はベンケイの耳にも入ったが、彼の帰還を喜ぶ一方で、なかなか上達できない自分に苦悩してしまう。
傷だらけのベンケイを背負い、まどかの店まで戻ってきたケンタ。そして2人から事情を聞いた銀河は、キョウヤとの戦いを決意する。しかし全てを拒絶するようなキョウヤの攻撃は、銀河とペガシスを追い詰めていく。
勝負を終えた銀河たちの前に大道寺が現れた。彼は怒りを剥き出しにする銀河を受け流し、キョウヤを一撃で打ちのめすと、ヘリでその場を後にしてしまう。足取りを追うことができず、思い詰めた様子の銀河は…。
ダークネビュラ本部へ突入した銀河たちを待ち受けるのは、メルシーが仕掛けたトラップ群だった。グレードアップされた様々な仕掛けに苦戦する銀河たちだが、仲間との協力によって徐々に障害をクリアしていく。
崩壊したダークネビュラ本部には、1人の男の姿があった。彼こそが禁断のベイ・ライトニングエルドラゴの主である竜牙。とある事情で長い眠りに落ちていたものの、銀河の怒りに触発されて完全復活を果たしたのだ。
竜牙に完敗した銀河は、ベイへの情熱すら失いかねない状態に陥っていた。心配を隠せないケンタは、銀河を助けたいという思いを彼にぶつけていく。そしてその姿に心を打たれた銀河は、自らの過去を語り始めた。
置き手紙を残して姿を消した銀河。ケンタ、まどか、ベンケイ、キョウヤの4人は、彼を追って古馬村へ向かう。しかし村のあるハガネ山は非常に険しい道のりで、ケンタとまどかはなかなか前に進むことができない。
氷魔と共に古馬村を目指すケンタたちだが、その途中でキョウヤが、同じ道を何度も回っていることに気付く。そこで氷魔の真意を問い詰めるべく、レオーネを放ったところ、彼は自分のベイで攻撃を一蹴した。
ケンタたちがたどり着いた古馬村は、人気のない寂れた村だった。そこで彼らが出会ったのは、言葉を話す犬・北斗。ケンタが北斗に、銀河の行方を尋ねる一方、当の本人は村の背後にそびえる雪山へと向かっていた。
雪山から戻り、心機一転した銀河は、再び竜牙に挑戦することを誓った。幼馴染みでありライバルでもある氷魔は、そんな彼に声を掛け、久しぶりにと銀河を森へと誘う。ケンタたちも2人に同行して森に入ると…。
下山してベイのメンテナンスを行うまどかは、サジタリオとブルのパーツを交換する中で、偶然にも面白い発見をする。それは4種類のパーツの組み合わせが、様々な性能を生み出すというベイ最大の特徴でもあった。
WBBA主催のサバイバルバトル開催が決定した。優勝者の願いを1つだけ叶えるというビッグイベントに、銀河たちは大いに盛り上がる。そして参加者には、ケンタたちだけでなく、氷魔やヒカルも名を連ねていた。
激戦が続くサバイバルバトルで、当初は1000人もいた参加者が、既に残り100人を切っていた。その中でケンタたちは順当に勝ち進んでいたが、突如ケンタが腕を負傷してしまう。ベンケイは応急処置を行うが…。
突然会場全体を揺るがした閃光と衝撃、それは遊のフレイムリブラが引き起こしたものだった。ケンタ、ベンケイ、ヒカルは敗北し、残る選手は4人。その中でキョウヤは銀河と戦うため、遊を先に倒そうと勝負を挑む！
サバイバルバトルに勝利した遊の願いは、ベイブレード大会・バトルブレーダーズの開催だった。それは1対1の勝ち抜きトーナメントによる、最大規模の大会を意味する。全国のブレーダーはその発言に喜びを隠せない。
バトルブレーダーズの開催が正式決定した。参加するために必要なポイントを獲得すべく、ケンタをはじめとする多くのブレーダーたちが各地で激戦を繰り広げる。そんな中、銀河はある1人の少年と出会った。
連戦連勝のキョウヤは、その戦績に反して退屈していた。理由はただ1つ、彼を本気にさせるブレーダーが現れないからだ。しかしある日、彼は強豪を狙い撃つように撃破する、ストームカプリコーネ使いの噂を耳にする。
大道寺は各地の大会に配下のブレーダーを送り込み、竜牙とエルドラゴの糧となる強者を求めていた。すると突然、ダークネビュラ相手と知って乱入するベイが現れる。それは大鳥翼とそのベイ・アクイラだった。
日々成長するブレーダーのデータを収集すべく、大道寺は翼と遊に偵察任務を与えていた。その一方で、とある大会ではケンタと氷魔が偶然の再会を果たす。2人は互いの健闘を約束し、それぞれのステージへと進んだ。
渡蟹はいつものように、卑怯な手段でチャレンジマッチを勝ち進んでいた。そんな彼の目に、有望なブレーダーを探しに来た遊の姿が映り込む。ベイの強化を目論んだ彼は遊の後を追うのだが、そこは何と…。
順調にポイントを稼ぎ、注目を集めていたケンタは、大会に乱入した「銀河の弟子」を名乗る少年と出会う。彼の名は暁宇宙。係員を振り切ってケンタとのバトルに挑む宇宙は、ペガシスの必殺転技を真似ようとする。
優勝者に1万ポイントが付与される大会で、銀河をはじめとする仲間たちが久しぶりに集結した。その会場の一角で、1人の少年が参加者たちの運勢を占っている。神秘的な雰囲気を持つ彼の名は、深海流太郎…。
大会が順調に進み、いよいよキョウヤやケンタたちにも出番が訪れた。そんな中、ケンタとベンケイは遊、銀河は翼との再会を果たす。銀河は翼がダークネビュラに在籍していることを驚くが、翼の反応は冷徹だった。
残る選手は6人となり、観客たちは試合の組み合わせを予想してますます熱狂していた。しかしここで、主催者の大道寺が、6人でのバトルロイヤルという予想外の展開を告げる。実力者たちによる一大決戦が始まった！
大乱戦を制して優勝を勝ち取ったキョウヤは、5万ポイントを獲得してバトルブレーダーズへの出場権を得た。しかし大道寺はキョウヤではなく、銀河が遊と翼を止めた瞬間に見せた新たな技に注目していた。
期せずして一からの出直しとなった銀河は、フェニックスのやり取りと必勝の覚悟を胸に、再びベイバトルへと向かう。そして別の場所では、ヒカルの必殺転技を破るブレーダー・早乙女輝が勝利を収めていた。
長らく沈黙を守っていた竜牙とエルドラゴが、突如ベンケイの参加する大会へ乗り込んできた。圧倒的な力でバトルロイヤルの参加者たちをなぎ払う竜牙。この有様を目撃した翼は、ある行動を起こす決意をする。
翼と竜牙が対峙し、竜牙は自ら彼の相手をすべく、大道寺と遊を下がらせた。翼も覚悟を決めて必殺転技・アクイラを放つが、エルドラゴは相手の力を吸収してさらに強力になっていく。そして徐々に追い込まれていき…。
スタジアムを探すケンタは、カズキとユイの幼い兄妹に突然勝負を挑まれた。ケンタに何度敗れても諦めない2人に事情を聞くと、毒島と名乗る無法者がスタジアムを占拠し、好き放題に暴れているという。
バトルブレーダーズの開催が迫り、キョウヤに続いてケンタ、氷魔、ヒカル、ベンケイが出場権を獲得していた。しかし銀河はポイントが僅かに足りず、最後のチャレンジマッチへの出場を決めるのだが…。
フェニックスは翼のアクイラを必殺転技で一蹴し、改めて銀河に勝負を挑んだ。戦いが始まると、フェニックスは序盤からペガシスの動きを封じるように仕掛け、銀河は防戦一方で攻撃に出る余裕がない。
バトルブレーダーズがいよいよ開幕！出場者が試合開始を待つ中、1回戦の組み合わせが発表された。初戦はベンケイ VSトビオで、焦りを見せたトビオをベンケイが見事に撃破する。そして2戦目はケンタが登場した。
銀河に続き、キョウヤと翼も初戦を突破し盛り上がる仲間たち。だがその様子を見つめる大道寺は全く動じず、次の刺客・ポイズンサーペントを操る水地を送り込む。水地の対戦相手は氷魔に決定した。
2回戦の組み合わせが決まり、会場は歓声に沸いていた。しかし倒れた氷魔とヒカルを思い、銀河たちは改めて敵の強大さを噛み締める。一方、大道寺は敗れた自陣の選手たちに、非道な制裁を下していた。
2回戦の第1試合はケンタVSベンケイ。しかし開始直前、組み合わせ表に異変が生じてしまう。何と大道寺が、一度決まった組み合わせを入れ替えてしまったのだ。この結果、第1試合はキョウヤとベンケイの戦いに…。
ボロボロになりながらも水地との戦いから逃れ、銀河たちの元へたどり着いた遊。そんな彼の話を聞き、銀河たちはダークネビュラの非道さを知った。ケンタは遊と共に戦うべくリブラを預かり、水地とのバトルに臨む。
2回戦の第4試合。とうとう翼と竜牙の再戦が実現した。キョウヤのエールを受けてスタジアムに立つ翼だが、試合開始直後にエルドラゴから猛攻を受けてしまう。しかし翼はこれを凌ぎ、次のアタックも回避した！
竜牙の勝利を見届け、目指すゴールが近いことを確信する大道寺。そのために遊を捕らえ、竜牙の餌にしようと行動に出るのだが、偶然その現場にケンタと氷魔が居合わせていた。2人は遊を救うべく後を追うことにする。
ケンタと氷魔が危機を脱した頃、銀河は水地とサーペントの猛攻に、反撃もままならない状態だった。サーペントがペガシスを封じ込める様は圧倒的だったが、水地の発したある言葉が銀河の呪縛を解き放ち…。
大道寺を破り、その正体を明らかにしたフェニックス。そしてとらわれた遊を救出し、スタジアムに戻ると、彼は銀河やキョウヤを前に、エルドラゴとの因縁や秘められたベイの起源について静かに語り始めた。
銀河と決勝で戦うため、キョウヤは準決勝のスタジアムに立った。しかしそこには、スタジアムを吹き飛ばした竜牙とエルドラゴの姿が。それはどちらかが倒れるまで戦うのみという、過酷な戦いの始まりを意味していた。
竜牙とエルドラゴがキョウヤの力を手に入れた。あざ笑う竜牙を前に怒りに駆られる銀河だが、その場はケンタたちに諌められ、舞台は明日の決勝へと持ち越される。そしてついに、最終決戦の火蓋が切って落とされた！
解放された暗黒竜の力は、世界を破滅させるために銀河とペガシスを消し去ろうとする。しかし暗黒転技が炸裂したその時、眠っているはずのキョウヤ、ヒカル、翼の思いと絆が、銀河を守るべく奇跡を起こした。
バトルブレーダーズに参加できなかった少年・角谷正宗。は王者になった銀河を倒すべく大会に乱入する。その一方で、ペガシスを失った銀河は元気を失い、父親の流星は銀河にある伝説を語り始める。
ようやく銀河の居場所を突き止め、挑戦状を叩きつけた正宗。新たなペガシスでの初バトルを、銀河は二つ返事で受け入れた。そしてペガシスのパワーが正宗とユニコルノを吹き飛ばし、勝負はあっさりと決着する。
Bピットで、ベイとは全く関係のない競い合いをする銀河と正宗。そんな2人を、ケンタ、まどか、ベンケイが呆れ顔で見つめていた。すると彼らの元へ、メイメイと名乗る少女が招待状を持ってやって来たのだが…。
WBBA主催のベイブレード世界大会・ビッグバンブレーダーズの開催が決まり、銀河と正宗は日本での選抜大会を心待ちにしてする。しかしバトルブレーダーズ優勝者である銀河は、既に代表メンバーに選出されていた。
ビッグバンブレーダーズ日本代表最後の1人を賭けて、翼とキョウヤの実力者2名が対戦することになった。銀河をはじめ、ケンタやベンケイ、中国代表のチーユンも見守る中、いよいよバトルの幕が開く！
改めて銀河へライバル宣言を行い、その場を去るキョウヤ。そしてショックを受ける銀河をよそに、空席となった日本代表の椅子を賭け、翼と遊のバトルが始まった。互いの手の内を知る2人は、一進一退の攻防を見せる。
銀河たちはAブロック最初の戦いの地・中国へ到着した。早速対戦相手の情報収集を行いたいところだが、初めての場所に興味ばかりが先行して成果は上がらない。すると偶然、悪党たちとバトル中のメイメイと遭遇する。
大会初の試合が迫る中、銀河たちは当日の順番決めを行うが、自己主張の強いメンバーばかりで話し合いは全く進まない。そこで気分転換に散歩に出た正宗は、ベイパークを見つけて地元の子供たちとバトルを始めた。
銀河たちの作戦会議をよそに、チャウシンに勝つための特訓に励む正宗は、その途中である老人に出会う。自分を助けてくれた礼として、老人は正宗に力の使い方を教えると言い出すのだが、老人は只者ではなかった。
Aブロック第2試合は、翼VSチーユンに決定した。本気のチャウシンが自分やダーシァンに優るとも劣らないことを実感し、チーユンはこれまでにない程気迫に満ちていた。一方の翼は、自分の暗黒面に不安を感じて…。
ラストバトル、ダーシァンはベイ林寺四千年の歴史に賭けて必勝を誓い、対して日本チームはアウェイのため、長大な歴史と多くの応援からプレッシャーを感じていた。それを振り払おうと、銀河は序盤から猛攻する。
中国での激戦を見たベンケイは、ある考えから一人旅に出た。一方、中国を離れて中東へ移動した銀河たちは、そこで中東代表のチーム・デザートサンダーと出会う。気さくな彼らとすぐに打ち解けると…。
2回戦に向けて鉄道でロシア入りする銀河たち。しかし、自分の暗黒面を不安に思う翼は調子を落とし気味だった。すると移動中、まどかがきっかけとなり、彼らはロシアで宇宙科学を学ぶ少年少女と出会う。
行方不明の正宗に代わり、2回戦で最初に出場することを決める銀河。一方ロシアチームでは、アレクセイが奪ったベイのデータを解析し、対策が立てられていた。だがアレクセイは、自分の卑怯な行為に後悔し始める。
正宗が無事だと報告が入り、銀河たちは胸を撫で下ろしていた。しかし間もなく始まる第 2試合の選手を決めなければならない。そこで遊が名乗りを上げ、ロシア側の2番手はアレクセイに決定した。
次の会場を目指し、銀河たちはギリシャを訪れた。そこで彼らは、ユーロ所属のブレーダーが一堂に会する戦士の祭典を見学しようとするのだが、関係者以外立ち入り禁止と言われ、門前払いされてしまう。
チーム・エクスカリバーの前に、銀河たちは奮闘虚しく敗北してしまった。しかしそれがきっかけとなり闘志に火が着いた4人は、猛特訓を開始する。ただ彼らの問題は個々の実力ではなく、チームワークの欠如だった。
アフリカでは大統領の指示で、ビッグバンブレーダーズの代表権を賭けた勝負が行われていた。銀河と戦うべく参戦したキョウヤは、圧倒的な強さで代表権を掴み取る。ところが大統領にはある企みが…。
アフリカのチーム・ワイルドファングに、盾神キョウヤが参加していたことで銀河は緊張を露わにした。一方日本でも、キョウヤがアフリカチームで参戦していることは大きなニュースとなり、列島を駆け巡っていた。
銀河とキョウヤのライバル対決で騒然とする中、政宗は1人だけ面白くない様子。腹に据えかねた彼は、試合前の記者会見で自分を大きくアピールするが、ナイルから「弱い奴ほどよく吠える」と断言されてしまう。
銀河もキョウヤも待ちわびた、第2試合がスタート。開始直後からキョウヤは必殺転技で仕掛け、銀河は力づくでこれを突破する。攻めと守りが一瞬で入れ替わる中、激しくぶつかり合う両者から観客も目が離せない。
いよいよ後がない日本チームでは、翼が最後の望みとなっていた。しかしその思いが、翼を徐々に追い詰めていく。一方のワイルドファングは、3人目のダムレが翼との勝負に躊躇う素振りを見せていた。
大波乱の試合を展開し、何とか勝利を収めたガンガンギャラクシー。この結果、ワイルドファングとの決着をつけるため、第4試合がタッグバトルで行われることになった。各チームから精鋭2名が名乗りを上げる！
Aブロックを勝ち抜き、決勝進出を決めた銀河たち。しかし翼の暴走という重要な問題は未だ解決できなかった。周囲を破壊するほどの凄まじいパワーは、かつてエルドラゴの暗黒の力に操られていた竜牙に酷似していた。
早くも後の無いワンフージョンの次鋒はチーユン。いつにも増して気合いを入れる彼には、どうしても負けられない理由があった。その昔、チーユンはベイ林寺の落ちこぼれと呼ばれていたが、ダーシァンと出会い…。
翼が入院先の病院から姿を消し、銀河たちは必死の捜索を続けていた。一方、フランスでの戦いを終えたシーザーは自宅へ戻り、大手コンツェルンのトップとして分刻みのスケジュールをこなしていた。
翼が不在のまま、ガンガンギャラクシーはAブロック決勝に臨む覚悟を固めていた。しかし決勝の朝、翼は意外にも竜牙を伴ってチームに合流する。そして竜牙は、試合を控えた銀河にベイバトルを申し出た。
第2戦、エクスカリバーからはウェルズとソフィのケトスタッグが登場した。対してメンバーを欠いたガンガンギャラクシーは、このままでは試合ができない。するとそこへ翼が現れ、遊と組んでバトルに臨むと言い出す。
エクスカリバーとの勝負を互角に持ち込んだガンガンギャラクシー。そして銀河とシーザーは再戦の時を迎えた。一度は敗れた相手だが、竜牙＆メテオエルドラゴとの戦いを経た今の銀河に、焦り微塵も感じられない。
決勝トーナメントを戦う4チームが決定した。銀河たちはBブロック2位のブラジル代表チーム・グレイシーズと戦うべく、リオデジャネイロへ降り立つ。そして応援に駆けつけたケンタも加えて、相手の分析を始めた。
ガンガンギャラクシーに対して、特別ルールを持ちかけるグレイシーズ。勝利のためなら卑怯な手段も辞さない姿勢に、銀河たちは怒りを燃やす。すると試合前に罠にはまった遊が、雪辱を晴らそうと先鋒に立候補した。
セレンに対して銀河は果敢に攻め続けるが、相手はのらりくらりと攻撃をかわすことに徹している。「対戦相手に負けたことがない」と言うセレンは、ペガシスのスタミナを奪い尽くすと自らスタジアムを出てしまい…。
翼に全てを託すことにした銀河たち。一方のアルゴは勝つためならばどんな卑怯な手でも使うと豪語するが、その実力も恐るべきものだった。超攻撃型ベイ・レイギルの前に苦戦を強いられる翼は、徐々に余裕を失って…。
アメリカに到着した正宗は、入院中の親友・トビーに面会しようとするが、既に転院して行方不明になっていた。寝耳に水の正宗は、手掛かりを求めて古巣のブレーダージムを訪ね、ベイの師匠と再会を果たす。
ゼオに教わった病院で、ようやくトビーと再会を果たした正宗。彼の無事な姿に安心した正宗は、昔の記憶を思い出していた。アメリカに来たばかりで友達がいない正宗は、偶然見つけたジムでゼオとトビーに出会う。
ゼオがスカウトされたベイブレードジム・HDアカデミーは、彼を僅かな期間で世界大会レベルの実力者に育てるなど、謎の多い場所だった。その主宰者、Dr.ジグラットは、己の研究のためにある人物を招く。
翼のアクイラと遊のリブラは長い修理を終えた。とは言え、まずは慣らしが必要と考えた銀河たちは、近所の競技場へ出掛けることにする。しかしそこで正宗がゼオの姿を見かけたと言い出し、彼の後を追うことに…。
銀河たちが数々のトラブルに見舞われる中、準決勝の第2戦が始まっていた。二度の敗北はないと誓うシーザーたちエクスカリバーに対し、アメリカ代表・スターブレイカーは、ジャックとダミアンの2人だけで出場する。
奮闘虚しく敗れたゲオルグの仇討ちとばかりに、シーザーが第2試合に登場した。対するダミアンは、彼に挑発を交えながら3本勝負を申し入れる。これを承諾したシーザーは、逆転を目指して勝負に臨んだ。
世界一まで残りあと1戦というタイミングで、ガンガンギャラクシーは翼と遊が戦闘不能という緊急事態に陥っていた。ケンタをはじめ、駆けつけたワンフージョンの面々までもが助っ人に名乗りを上げるのだが…。
ビッグバンブレーダーズもいよいよ決勝の時を迎えた。だが試合を前に、アレンジ指数が上がらないゼオは、「試合に負ければトビーの治療を打ち切る」とジグラッドから最後通告を受け、後がない状態となっていた。
ゼオとの激闘で正宗が深いダメージを受け、ガンガンギャラクシーはますます追い込まれていく。しかしその時、突然晴れた空に雷光が閃くと、そのままスタジアムへ落下した。そしてそこには何と竜牙の姿が！
竜牙は勝利の余韻も冷めない中、1人スタジアムを去っていった。一方ガンガンギャラクシーでは流星が、ゼオやジャックに施されたジグラットの「アレンジ」の正体を語り始める。その秘められた能力は危険なもので…。
アレンジにより最強の力を与えられたダミアンと、最強のベイ・ヘルケルベクス。その前に銀河とペガシスは、窮地に追い込まれてしまった。しかし銀河は、ブレーダーとベイの結びつく絆を信じて戦い続ける。
銀河たちのビッグバンブレーダーズ優勝を祝うパーティーに、突如ジグラットがヘリで乱入した。さらに他チームのメンバーたちもやって来て、会場は滅茶苦茶な状態に。するとジグラットが、とんでもない発表を行った。
銀河はハデスインクの本拠地へ乗り込み、計画を阻止しようとするが、流星によって止められてしまう。一方、ゼオはトビーが記憶を消され、ジグラットの切り札であるブレーダー・ファウストとなったことを知り…。
銀河たちはスパイラルフォースを止めるべく、さらに内部を目指していた。だが彼らの前にシーザーが立ちはだかり、ソフィとウェルズがこの場を引き受けると申し出る。2人はシーザーに、敵対する理由を問い始めた。
まどかの解析で目的地がハデスシティの地下だと判明し、先を急ぐ銀河たち。だが途中で分岐路が現れ銀河・正宗・キョウヤ組と、翼・遊・まどか組に分かれて行動することになった。慎重に奥へと進むとそこには…。
スパイラルコアを目指して進む銀河たちを待ち受けたのは、復活したダミアンだった。さらなるアレンジでパワーアップした彼は、ヘルケルベクスと共に銀河たちの行く手を阻む。するとこの場をキョウヤが引き受けた。
目的地へ到着した銀河と正宗は、スパイラルコアの中にいたトビーを救出しようと試みるが、強力なエネルギーの壁に阻まれる。しかも目覚めたトビーは、記憶を書き換えられてブレーダー・ファウストとなっていた。
スパイラルコアが暴走し、このままエネルギー炉が崩壊すれば地球が破壊されてしまう。ベイが引き起こした事件をベイで阻止しようと、銀河はさらに地下へと進み、正宗は洗脳されたトビーを止めるべくバトルを挑む。
