忍者の末裔が噛むと、潜在能力を強力に引き出すことができる「ニンジャガム」。その開発を極秘でおこなう研究員のバートン、ベレッカ、ロンの3人は、実験を始めて丸３年、失敗記録を更新し続けていた。そんなある日、いつものように失敗に思われた実験だったが…
ニンジャガムによって子供の姿になってしまったバートンとベレッカ。２人はそれまでWNA（世界忍者協会）で「ニンジャガム」の開発をしていたが、その研究所も封鎖されてしまった。為す術なく、それぞれの自宅へと帰っていくが、彼らの家はすでに何者かによって解約され、スマホも使えない状態になっていた…
運動神経バツグンな少年バーンは、大好きなバスケットボールで今日も大活躍。 ある日、離れて暮らす父親の夢を見るが、夢の中で父は何者かに襲われてしまう。胸騒ぎをおぼえたバーンは意を決し、父の家へ。そこでバーンは、父と忍者が戦う場面に遭遇し…
明るい性格で友達思いの少女ルーシーは仲良しのサツキ、サリーと一緒に、アイスを食べながら歩いていた。すると、サツキが誤って、二人組の不良の一人にアイスをつけてしまい、トラブルに。友達を助けようと「やめろ！」と叫ぶルーシー。その時、ルーシーの右眼は赤い閃光を発し…
倉庫街では、マフィアたちによる闇取引が行われていた。そこへ颯爽と現れる、天才ダンス少女のエマ。彼女は踊るようなアクションでマフィアを撃退。その様子を目撃者がスマホで撮影し、ニュースとして拡散した。これを見たWNAの職員ウォーレンは、エマに接触を試みることに…
子供の姿になったバートンとベレッカは、入学式が行われるWNAアカデミーへ行き、新入生としてまぎれこもうとする。そこには、バーン、カッペイ、ルーシー、エマらの姿もあった。そして校長が、ニンジャとしての素質があるかどうかを見極めるため、バートンとベレッカの瞳を覗き込む…
ついに始まったアカデミーでの生活。バートンら6人の担当になったのはマッチョなブルースと、セクシーなエイミー。各々がアカデミーでのルールなどについてブルースに質問をする中、ルーシーは「ここ、やめたくなったら、やめてもいい？」と、みんなが驚くようなことを言い出す…
WNA本部にあるサーバー室への潜入を企てたバートンとベレッカ。どうにかこうにか本部の屋上へとたどり着き、通風ダクトからの侵入を試みる。点検作業の10秒間だけ回転が止まる排気ファンの隙間を通って先へ行こうとするのだが、バートンはリュックが挟まり、身動きが取れなくってしまう…
WNAアカデミーが休みの日。街の一角でストリートダンスをしていたエマの耳に、犯罪を企てる男たちの声が聞こえてくる。一方その頃、ビルの屋上から町を見下ろしていたルーシーは、まさに今、トラックを盗もうとしている２人の男の姿を目撃する。正義感の強いエマと好奇心旺盛なルーシー、それぞれの奇妙な尾行が始まる！
ある日アカデミーに途中入学してきた2人の子供は、ロンとジェーンと名乗る。かつて、ニンジャガムの開発を共にしていたロンなのか？と驚きを隠せないバートンとベレッカ。アカデミーのデータを改ざんして入学したロンとジェーンには何か企みがあるようで、２人は時折、不穏な空気を放ちながら言葉を交わす…
初めての屋外訓練に挑戦することになったアカデミーの生徒たち。バートン、ベレッカ、ロン、エマはヘリから密林に降下し、バーン、カッペイ、ルーシー、ジェーンは砂漠に降り立つ。それぞれのチームは、ニンジャガムに頼らずに、自力でアカデミーを目指すことになった…
バートンたちがやって来たのは、寂れた建物が並ぶゴーストタウン。そこでニンジャの基本中の基本、隠れることを学ぶため「かくれんぼ」をすることに。すると、ルーシーが、このゴーストタウンでは得体の知れない怪物が出ると言い出す。町を囲む森の茂みでは何者かの眼が光っていた…
野外訓練でジャングルにやってきたバートンたちは、ポリスとギャングに分かれて、追いかけっこバトルをすることに。そんな生徒たちの訓練を、藪の中から何者かが見ていた…
一緒に講演会へ行く約束をしていたバートンとベレッカ。しかし当日、バートンの姿はどこにも無かった。ロンの姿も無かったことから、ベレッカはよからぬ想像を巡らす…
ＷＮＡ本部のラボでは未確認生命体がカプセルの中に囚われていた。深夜、そこに侵入した何者かが機材のスイッチを触ると、未確認生命体がいるカプセルのふたが開く…
地球外生命体の出現により、ＷＮＡでは討伐隊が結成された。そして、生徒たちは初忍務として、謎の浮遊する光が目撃された洞窟に行き、その正体を確かめることになる…
WNAで起こるさまざまなことに不信感を募らせていたロンとジェーン。仮病を使って授業を欠席した2人は、協力してWNA本部への侵入を試みようとしていた…
一向に減らないスペースニンジャに頭を悩ませるWNAの幹部たち。バートンたちには、スペースニンジャを尾行してすみかを突き止めるという忍務が下された…
バートンたちは、未確認生物が目撃された場所を調査することに。現地へ向かうバスには、デイジーという見知らぬ先生が乗っていた。やがて一行は、不穏な雰囲気を放つ村に到着する…
ベレッカは、父の同僚で親友だったレナードと遭遇した。何者かに命を狙われているレナードと話をするため、ベレッカたちは、追っ手から彼を守りながらアジトまで連れてくることに…
父がシャドーニンジャに襲われて命を落とした場所を確かめるため、ベレッカはジェーン、カッペイとともにオエドへ。オエドに到着するとカッペイの祖父・源雲斎が待っていた…
忍務を終え、WNAアカデミーへと歩くバートンたち。エマが振り返るとそこには、一体のスペースニンジャの姿が！ルーシーに倒されたスペースニンジャを見て、バートンはある考えを話し出す…
とあるビルの巨大看板の前に集まったスペースニンジャたちは、何かを企む表情を浮かべていた。一方WNAでは諜報部長官であるアレンが、大量のニンジャガムを使ってスペースニンジャをおびき出し、一気にせん滅するという作戦を提案。作戦には討伐隊だけでなくアカデミーの生徒も参加することに…
スペースニンジャを倒したことを祝って、WNA本部で演説を行うアレン。そんな様子を、ロンは苦々しく見ていた。演説を終えたアレンはツキカゲに、ある命令を下す…
オエドの採掘場に潜入しようと様子をうかがうベレッカたち。この大規模な採掘場では、シャドーニンジャが周囲を監視していた。資材を搬入するトラックに隠れて採掘場の中に入ることに成功するが、目的の場所へ行くエレベーターの前にはさらに見張りが立っていた…
オエドの隕石採掘場で、橋の爆発に遭遇したアカデミーの生徒たち。無事だったジェーンたちはマキフォンでルーシーに安否を確認すると「エマが全然起きない」との返事が…
バートンたちを乗せ、エゼットたちの故郷メルウス星を目指して宇宙空間を進む宇宙船。その船内で授業をおこなおうとするブルースだが、宇宙に来てまで受けたくないルーシーたちは思い思いの宇宙旅行を満喫する。そしていよいよメルウス星へ向けて、サクットチケットドライブ（ワープ）を起動！しかしワープを抜けた先はメルウス星ではなく、なぜか小惑星帯で…
スペースニンジャの数と配置を掴むための偵察をバーン、カッペイと一緒に成功させたロビット。その結果を受け、スペースニンジャの殲滅作戦が行われることになった。そこでエゼットはバートンたちの協力を提言し、ガボット将軍はバートンたちの作戦への同行を許可する。作戦はオデット隊、ジャーケット隊、ロビット隊、ジベット隊の４チームに分かれて行うことに…
スペースニンジャ殲滅作戦のため部隊を４チームに分け、それぞれシティ周辺の拠点へと向かうこととなった。バートン、ベレッカ、エゼット、ガムッチはジベット部隊に同行することに。スペースニンジャに注意しながら目的地へ向かう途中、バートンたちは何者かの視線を感じる。さらに怪しい行動をとるジベットを目撃して…
スペースニンジャに占領されたシティを取り戻すため、四つの部隊に分かれた、バートンたちとメルウス軍。ジェーンとロンはオデット部隊に同行することに。ジェーンが場を和ませようと話しかけても無視をするオデット。さらに部下であるキャロットが話しかけても冷たい態度を取る。不満を募らせるジェーンだったが、実はオデットには秘密があって…
土壌改良を専門とする農家のベンは、アカデミーで野菜畑を作る任務を負っている。ベンはかつてWNAの護衛隊である御庭番衆の優秀な元隊員だったと源柳斎が明かすと、生徒たちは興味をそそられる。さらに、ベンはタイラーの父親でもある。タイラーは、「忍者は常に冷静でなければならない。任務に必要なら仲間を見捨てる必要がある」という父親の教えを完全に受け入れることができず、複雑な感情に悩まされる
バートンは眠りの機械を完成させ、大人の姿に戻る。しかし、バートンが見ていない間にガムチが機械で遊んでいたため、機械は急速に振動し始め、やがて故障して火花を散らす。ガムチは慌ててその場から逃げる。その後、校長の孫の世話をしていたブルースと他の生徒たちは屋上に上がり、眠りの機械に遭遇するが、そこで目にしたのは…
バートンとベレッカは、大江戸の忍市で開催される世界忍者サミットに向かう元柳斎に同行。到着後、彼らは忍者博物館を訪れ、妖怪と戦った古代の忍者、妖怪を封印した神社、500年前に雷に打たれた大杉について学ぶ。2人が実際の大杉と神社を見に行くと、突然風が吹き荒れ、さらに大杉に雷が落ちて…
大杉に落雷したせいで、500年前の忍市に飛ばされてしまったバートンとベレッカ。そこで出会ったのは、勝平によく似たキッペイだけでなく、ヴァン、ルーシー、エマ、ジェーン、ロンに似た忍者たち。伊賀、甲賀、戸隠、蜂屋、雑賀、風魔の忍者たちは、頻発する妖怪の襲撃にどう対処するかを話し合うために集まっていた。そんな中、以前バートンとベレッカを襲った蛙の獣が再び現れ、…
甲賀、蜂屋、戸隠、風魔、雑賀の忍者たちは、力を合わせて蛙獣に勝利したものの、妖怪たちの恐るべき強さに遭遇し、伊賀の里を去ることを決意。妖怪退治の英雄であるヴァンジ、オエマ、オル、ロンザブロー、ジエンも、複雑な思いを抱きながらそれぞれの一族へと戻る。バートンは、倒した蛙獣が残した石像を調べ、ある仮説を立て始める。一方、近くの渓谷では新たな妖怪が誕生しようとしていた…。
バートンたちは、あやかし山で木の枝を集めていた若者が、木々の間を飛び回る巨大な影に襲われたという知らせを受ける。彼らは、怪しい妖怪を倒すためにそこへ向かい、迫りくる妖怪捜索に備えて近くの山小屋に避難することにする。しかし、ヴァンジに何度も嘲笑されるのを嫌ったオエマが、持参した皿を壊してしまうと、事態は急展開する。オエマは自分の行動を後悔しながら、割れた皿を取りに山小屋に戻るが、皿は跡形もなく消えていた…
バートンは科学的なデモンストレーションで飛行機の概念を説明しようとしたが、オルは彼の説明を信じず、実際に飛行機を飛ばすよう要求した。バートンは科学の力を証明しようと、ハンググライダーを作ろうとしたが、失敗に終わった。一方、一行は妖怪の襲撃に見舞われた村を訪れ、天狗に遭遇した。ロン三郎の忍術で、彼らは天狗を撃退することに成功した。彼の強さを目の当たりにしたオルは、ロン三郎に戦いを挑むが…
夜の山道を歩いていたバートンたちは、木々の間に隠れていた武装した男たちに襲われる。なんと彼らは、バートンが持っていた提灯を、夜な夜な村を襲う提灯型の妖怪と間違えていたのだ。村人たちはバートンたちに妖怪退治の協力を依頼するが、村の一人である治作は猛反対。どうやら治作にはお夏という婚約者がいたらしいのだが、そのお夏は……。
竹林の里の人々が竹の子を掘っていると、突然、刃物が猛スピードで飛んできて、一瞬にして竹を全て切り倒した！竹林の奥には、目を光らせた謎の生物が潜んでいた…。一方、バートンとベレッカは、ジエンに村に残る理由を問いただすが、ジエンは曖昧な答えでその場から逃げ去ってしまう。村に着いたロン三郎は、人を騙すのがくノ一の得意技だからジエンには気をつけろと警告する…。
旅の途中、桔平は月下美人の紋様が描かれた古い櫛を地面に見つけ、近くの古い神社に預ける。しかし、櫛はどこへ行っても現れ、一行はその異変に疑問を抱く。一行は休息の場を求めて遠くのかすかな明かりに向かって歩くが、そこは戦火の跡で廃墟となった村だった。しかし、村の奥には災難を免れた一軒の屋敷があり、かすかな明かりを放ち、一行を村へと導いていた…。
突然現れた巨大妖怪にバートンたちは不意を突かれる！ 全員で戦うも、効果的な攻撃はできず、反撃を受けて崖から転落してしまう。 なんとか一命を取り留めたバートンたちは、幻舟斎に戻ったら巨大妖怪に対抗する作戦を立てる。 危険な脅威と戦うため、ヴァンジとキッペイは小猿に助けを求め、弟子入りを懇願する。 しかし、事態は思ったほど簡単ではなかった…。
帰り道、バートンたちは近くの村に続く道に「大蛇を倒せた者には褒美を」と書かれた看板を見つける。村に向かい、大蛇退治を手伝う。村長によると、大蛇は底なし沼に棲んでいるというが、村人たちが沼を隠そうとしたところ、村に怪奇現象が起き始め、大蛇の姿はどこにも見当たらない。この現象に頭を悩ませる中、バートンたちはカンタという謎の少年と出会うが……。
修行の旅の途中、伊賀の里に松左衛門という男が迷い込む。村で一番強い者と勝負をしたいという松左衛門に、オルが対戦相手として名乗り出る。オルに敗れた松左衛門は「まだまだ修行が必要だ」と里を去る。決闘に満足できなかったオルは、松左衛門についていくことに。一方、村人たちは、こんにゃく山の中で「遊ぼう」と呼びかける謎の声が聞こえ続けるのを耳にしていた。偶然にも、オルが向かった方向にはこんにゃく山があり……。
山でこっそり修行をしていたおえまは、枝葉を空中で凍らせる呪文を唱える。おえまはこの呪文を妖怪との戦いに役立てようと考えていたが、蜂屋一族から他の一族の前で呪文を使うなと言われていることを気にしていた。突然土砂降りになったので、おえまは洞窟に避難する。しかし、槌型の妖怪に遭遇し、襲われる！突然、おえまの体が急激に小さくなり始めた！
伊賀の里の広場では、伊賀と甲賀のどちらが強いかでまたもや言い争うヴァンジとキッペイ。二人の言い争いにうんざりしたオルは「今ここで勝負しよう」と提案する。すると突然、幻舟斎が現れ、木刀だけで「模擬戦」をしようと提案。同じくその話を聞いていたバートンは、新発明の「棒つき玉」を使うことを提案。バートン、ベレッカを含む8人の忍者による戦国ニンジャラバトルが今始まる！
500年前の歴史ある大江戸の地でバートンとベレッカが妖怪と戦っている一方、現代では、学院中が食堂のおばさんが辞めたというニュースで大騒ぎ！ しかし、ロン、ジェーン、エマは、それぞれ違う理由で食堂のおばさんが辞めたという噂を耳に。それをきっかけに、忍者たちは、食堂のおばさんが伝説の女忍者スパイ「ジュリエッタ」ではないかと疑い始めるが……。
夜露をしのぐため、洞窟に避難していた旅人は、恐ろしい唸り声と、洞窟の奥に光る一対の目を見た。慌てた旅人は、命からがらオエマたちのいる村へと逃げた。一方、バートンとベレッカは、500年前の過去へとタイムスリップするきっかけとなった大杉の調査中だった。しかし、ベレッカがつけていた鈴のチリチリという音が、妖怪のボスの目に留まり……。
バートンは、グムチの力を借りればボス妖怪を倒せるかもしれないと気づく。バートンがゲンシュサイに計画を説明すると、ゲンシュサイは、昔、グムチに似た生き物が大江戸にやってきたという、先祖から受け継がれた物語をグループに話す。その生き物は「ダンゴチ」と名付けられ、現在はゲンシュサイの双子の兄弟であるゲンクサイと一緒に暮らしている。伝説の民話を聞いた後、バートンと他の忍者は、伝説の生き物を探すためにゲンクサイを訪ねることに決める...
鎧を着た妖怪が再び村を襲うかもしれないと心配したロン三郎は、村の見回りを強化すべきだと玄秀斎に提案する。しかし、ロン三郎の行動に疑問を抱く慈円は、村外れで風魔一族から聞いた言葉を思い出し、彼を呼び出してみることにする。険しい表情のロン三郎は、「なぜ見張りをしていないのか」と慈円に尋ねる。慈円は「今は見張りをしている」と答える。そして二人の忍者の間に緊張が高まり……。
鎧妖怪は再び戻ってくる可能性があるため、里の周辺の見回りを強化すべきではと、源舟斎に進言する論三郎。その姿を慈艶は怪しむように見ていた。
ついに大杉に雷が落ちる運命の日がやってきた…。大杉の麓にはボス妖怪を封印する祠が建てられている。人々が対決に備える中、おえまは禁断の封印術を使うことを決意する。一方、バートンは壊れたメガネの代わりになるものを探しているうちに、あるものに出会う。そしてついにボス妖怪が妖怪大蛇の姿をとって大杉を襲撃！妖怪と忍者の最終決戦が始まった…。
TBA
Ezet is on his way to start his morning training, when he suddenly feels somebody watching him. He continues to notice the same feeling at the academy and finds a mysterious letter slipped inside his locker. Realizing this may lead to the culprit behind the mysterious stares, Ezet decides to open the letter. As he begins to read its contents, a kuroko accidentally knocks over a water bucket, causing the letter to get drenched! After deciphering the barely readable message, Ezet discovers it is a love letter addressed to him!?
Dan reminisces over the various memories he made at the Academy. However, his trip down memory lane is interrupted by Burton’s uncontrollable laughter caused by one of his latest inventions. Unable to stand looking at Burton, Dan advises Burton about his childish actions. Burton replies that “It is important to experience many different things” and that he has “Experienced more of the world” than Dan ever has. After having Burton’s words stuck in his head, Dan decides to get work experience under Mallet & Bucket, who were looking around for extra help…
Dan rants about “What True Ninjas should do…” like usual. But things were slightly different. Tyler was not seen next to Dan, despite the two always being together. Later, Dan finds Tyler in the cafeteria and approaches him, but Tyler leaves immediately with a cold attitude. Even the other members of the Bottle Collectors were actively avoiding Dan whenever he tried to talk to them. Not knowing what to do, Dan asks Burton and the others for advice. After hearing about the problem, Lucy makes a crazy suggestion…
Van and Kappei are taken to a deserted antique shop by Keith. Once they arrive, Keith joyfully talks to them about a specific stone in the store. According to the owner, there is one other person interested in the stone aside from Keith. He is ecstatic to hear about someone else with similar interests as him and begged the owner to introduce the said person. Keith couldn’t wait to meet a like-minded individual with the same taste as himself. But his excitement is cut short as the stone gets stolen from the shop…!
Naomi receives a letter from her mother in Oedo, informing her about a strange creature roaming within the mountains of Oedo. When Burton and Berecca hear about the news, the two immediately thinks about the Yokai they sealed 500 years ago in Old Oedo… As a result, Burton and Berecca decide to accompany Naomi on her trip home. On top of this, Emma and Lucy also join them! Upon arriving at Oedo, the entire village is peaceful to the point the crew forgets about the existence of the mysterious being… Until the group suddenly hears the screams of villagers, and the creature emerges from the shadows!
Ron is enjoying his day, relaxing at the Base, when Van and Kappei suddenly challenge him to a battle! The cafeteria lady tells the two if they can get one IPPON on Ron, she will treat them with food off of a special menu. What’s more, Genryusai tells other students that they would inherit the “Ninpo Tiger Scroll” if they get an IPPON on Ron! The rumors rapidly spread throughout the academy, becoming an environment of chaos involving all the students!
