東和馬は、新潟の米農家のせがれ。日本が世界に誇れるパン、ジャぱん作りの夢を叶えるため若干１６歳で上京する。思えば６歳の時、近所のパン屋のオジさんと一緒に作った豆乳パン・ジャぱん１号こそ、米好きの馬太郎爺ちゃんをパン好きに変えた奇跡のパンだった。その直後、オジさんは東京へ、自分のジャぱんの夢を叶えに旅立つ。１０年後、和馬も自分のジャぱんを作る為、ベーカリー界のカリスマ・パンタジアの門を叩く。到着早々遅刻で減点される和馬だが、採用めざして闘志を燃やす。
生まれつき人並み以上に温かい『太陽の手』を持つ和馬。その手で作ったジャぱん５５号（あんぱん）を食べた河内恭介は、和馬を警戒して妨害。試験の残り時間１時間
パンタジア本店採用試験、次の課題はクロワッサン。作り方を教えようと申し出た月乃は和馬の太陽の手に気づく。一方、諏訪原がクロワッサン作りの名手と知った河内は試験に勝つために和馬の太陽の手を利用しようとする。力を合わせジャぱん４３号・３２４層クロワッサンを作る和馬と河内だが・・・。
和馬と河内は、二人の実力と人柄を認めた月乃にスカウトされパンタジア南東京支店で働くことに。出勤初日、和馬は太陽の手で見事なフランスパンを作るが、月乃は店頭で販売するか否かは店長判断を仰ぐという。店長を捜して競馬場へ来た和馬と河内はそこでアフロヘアひげ面の男と出会う。この男こそ南東京支店の店長、かつ日本一のフランスパン職人・松代健だった。
パンタジア南東京支店長、松代は馬も喰うフランスパン作りを命じ、明日までにできなければ和馬と河内の採用は取り消すと宣言。食物アレルギーを起こす牛乳もバターも使わず味も損なわぬパン作りのため、牛乳に含まれるαＳ-１カゼインがアレルギーを引き起こす主原因と突きとめた河内は、人間に必要な栄養素を含み馬の好物でもある燕麦でパンを完成する。だが、いまいち何かが足りない。松代は発芽玄米酵母の使用を明かす。一方、和馬はヤギの花子の乳でバターを作るが・・・。
パンタジア青山本店の盛況ぶりに比べ、パンタジア南東京支店の営業が振るわない。斜向かいに立つライバルベーカリーに客を奪われているせいだ。その店、サンピエール東京本店の店長・模糊山剛と初めて出会った和馬はジャぱんを思いっきりバカにされてしまう。更にあからさまな挑発を続ける模糊山に対し、テレビでの新作パン対決を挑む松代だが・・・。
サンピエールＶＳパンタジアの新作パン、テレビ対決が開幕。審査員は服部先生他錚々たる面々。模糊山は得意の菓子パン、クイニ・アマン・プディングで満点を出す。和馬はジャぱん５７号歌舞伎揚げパンで勝負、審査員達に歌舞伎幻想を見せ好評を得る。だが、その様子に不満の模糊山は材料が残り物のパンだと指摘。一気に和馬は観客の不興を買ってしまう。そこへ現れたマイスター霧崎は、パンの値段を和馬に問う。
パンタジア新人職人を一堂に集めその頂点を競う新人戦に和馬と河内が招集された。初戦の課題は3週間カビない食パン！難題だが、和馬には勝算がありすぐに材料を求めて飛び出していく。一方、河内は月乃の勧めでパン職人にとって最強の武器『太陽の手』に匹敵する『太陽のガントレット』入手のため水泳トレーニングを開始するが・・・。
たった3週間で太陽のガントレットを手に入れるため、過酷な筋トレを続ける河内。一方、和馬は寿司屋さんと出会って、わさびを調達。作ったジャぱん32号わさび食パンは月乃を涙させるほどの美味さ。わさびの抗菌作用を利用して3週間カビないという予選通過条件をクリアできそうな和
予選課題のカビない食パン審査が始まった。防腐剤使用等の不正を検知する黒柳は、予選免除で挑む諏訪原にも容赦なくプレッシャ－をかける。一方、筋トレに励む河内から冷たくされ嫌われたと思う和馬だが、松代は真の男として好敵手として認められたのだと教える。俄然奮起した和馬は、岐阜山中へ粘土を掘りに向かう。
本選会場に津軽支店の海野カツヲ他不合格者達が乱入、異議を申し立てる。黒柳はカツヲの食パンの欠点を指摘して酷評するが、なお新人戦参加を望むカツヲの根性に感心した松代は助け船を出す。そして、２次予選課題バターロールはバター選びが合否のポイントだが・・・
実はバターではなくマーガリンを選んでいた和馬。選択失敗に不合格を言い渡す黒柳だが、諏訪原は和馬が失敗を覆す焼成技を使ったのを見抜く。黒柳も気づいたそのテクニックとはベーパーアクション！ 高温でパンを焼成、内部水蒸気を爆発させ短時間でパンをふっくらと焼き上げる製法だった。
本選１回戦の課題はメロンパン。だが、和馬はメロンパンが苦手。松代もメロンパンの未完成部分を指摘する。勝機が見えず消沈する南東京支店一同。そこへわさびパン
給食業界に君臨するトップクイーンと１回戦で対戦した河内は、松代がついた嘘を信じて油断を廃し、呆気なく勝利する。一方、和馬に負けた水乃が新たな誓約書を持ってきた。それは、和馬とコアラ、どちらかが本選に敗れた時、負けた方が後継者争いから離脱するというものだったが、月乃はそれにサインする。そして２回戦の課題は焼きそばパンの焼きそばで・・・。
河内の焼きそばドックが黒柳に「犬」文字を描かせた！無事２回戦突破する河内。だが、調理が苦手な和馬はアイディアも浮かばず超スランプに。そんな和馬を見かねコッペパンのように潰れてしまえと罵声する河内。しかしそれはヒントを与えるための芝居だった。
２回戦、最優秀焼きそばパンを作ったのは新東京支店のコアラ。賞金を奪おうとする劉の必殺拳をかわすコアラを見た松代は、その正体に気づく。そのコアラと３回戦で動物パン対決することになる和馬。対戦当日、特別審査員も登場、会場が盛り上がる中、コアラは日本一のパン編み技術で金色の竜パンを作り上げる。一方前日、月乃と買い出しに出ていた和馬はあるモノを手に入れ戦いに臨んでいた。
コアラの竜パンは、黒柳から昇竜のリアクションを引き出した。一方、和馬のカメパンには超低温長時間焼成が用いられていた。通常そのパンは不味くなるが、和馬は縁日のリンゴ飴をヒントに乾燥を防ぎ美味さを保ったのだった。結果、デーブ橋口の評価は両者同点。黒柳も引き分けと判定、再試合を命じるが・・・。
準々決勝。河内の対戦相手のカツオに応援に美少女が駆けつけた。その様子を見守る諏訪原のもとに冠茂が現れ、自作のパンを振る舞う。そのパンには諏訪原をも圧倒する力が秘められていた。一方、完成した動物パン。河内はカニ。カツヲは人間の女性の顔。だが、その顔がカツヲの女房のものだ知ると、黒柳は勝者を河内と決定。抗議するカツヲだが、審査員のデーブ橋口も同意見で・・・。
準決勝で河内が対戦する相手・冠茂は、黒柳も在籍した米国ハーバード大学食品化学研究室出身だった。その冠が、雪乃の経済力を背景に特殊な天然酵母を作っていれば自分でも勝てないと松代が断言。勝機を見いだせない河内に月乃は松代が開発した発芽玄米酵母を提供する。そして、マイスター霧崎が観戦し観客も増加した中、準決勝が始まり・・・。
雪乃が河内用の小麦粉にタンパク質分解酵素を混入。河内はパン作りに失敗してしまう。一方、海洋酵母を使用した冠のパン・オ・アルグは、ハーバード時代の恋人との切ない海の思い出がよみがえらせた黒柳がマイスター霧崎にキスを迫る程の出来映え。美味さに立ち上がったデーブ橋口も満点を出す。
ドライアイスで凍傷を起こし太陽のガントレット・オーバーコートを発動した諏訪原は、６４８層クロワッサンで、かつて和馬に敗れた雪辱を果たそうとする。しかし、和馬は馬三郎爺ちゃん特製のペターライト版を使用、その遠赤外線効果で試作史上最強のジャぱん４４号を完成する。
パンタジア新人戦決勝進出者は東和馬と冠茂に決定。両者に与えられた決勝課題は自由、決戦日は１週間後。その同日、３位決定戦も開かれ、河内と諏訪原が闘うことに。３位受賞者にも本店勤務のチャンスがあると聞き俄然やる気が出た河内に、松代は修行して来いとメモを渡す。その場所とは聖アンドリュー教会。松代と何か因縁があるらしい。
松代に紹介された聖アンドリュー教会を訪れた河内はアフロヘア風の外観に動揺。だが、同教会のシスター真子に強引に内部へ連れ込まれ、懺悔を強要される。悪行の数々を懺悔、真子の罵声を聞く河内は、さらに頼みの綱・グラハム神父死亡と聞かされ混乱する。一方、ペターライト板を失うも気落せず新たなジャぱんを試作する和馬。やがて決勝戦当日が来た！
アフロヘアーになった河内も駆けつけ、ついに決勝戦の審査が始まった。審査員は霧崎ＧＭ。最初に試食した冠のパン・オ・リスティックに最高点をつける。続いて和馬のジャぱん６０号を試食して・・・。
決勝戦に敗北した冠は、腹を立てた雪乃によって研究所を爆破され研究データの全てを失うが、他人の力で夢を叶えようとした過ちに気づく。一方、和馬を祝福した河内はアフロヘアーになった経緯を披露する。松代に紹介された聖アンドリュー教会でシスター真子とのパン勝負に敗れた河内は・・・。
新人戦最終試合、３位決定戦。諏訪原のパンを食した黒柳は、１７世紀フランス貴族の扮装で踊り「皮硬く、中柔らかく」のフランスパンの基本を追求した諏訪原が、クラム（パンの白い部分）の量を増やそうとした工夫を評価。一方、河内の歌うフランスパンを試食した黒柳は・・・。
パンタジア新人戦優勝は和馬。2位、冠茂。3位に諏訪原と河内が入賞。家族のため河内は本店への移籍を希望。冠は南東京支店への移籍を希望。ついに新人戦は閉幕。講評を行う梓川オーナーに対しマイスター霧崎は後継者に相応しいのは月乃だと暗示する。雪乃は河内への妨害工作の関与を質されるが、殊勝なふりで責任を回避。その報告を受けた松代は和馬達にマイスター霧崎がライバルベーカリー、サンピエールのオーナーの息子だと明かす。そんな時、ジャぱんファンの少年と知り合った和馬は、誰でも作れるジャぱん2号の作り方を教える。
冠の真の目的は、ライバルのサンピエールと共謀しパンタジアを乗っ取ろうとしている雪乃の計画を阻止する事。その拠点に月乃名義の南東京支店を選び、手始めにサンピエール本店の顧客シェアを奪うべく、ダイエットパン作りを提案する。困難に思えた開発は和馬のアイデアで楽々クリア。だが、松代は冠に別の計画があると見抜く。
南東京支店がサンピエール本店のシェアを奪還。業を煮やした雪乃は、対抗策として凄腕職人達を呼び寄せる。その男達は、雪乃のウソにコロッと騙され、ダイエットパンをコピーして販売。再びサンピエールに客を奪われる南東京支店。和馬は、河内が父譲りの食材として持っていた竹炭を使い健康に良いジャぱんを作り始める。
和馬、河内、諏訪原がフランスへ旅立った。3人は随行の黒柳に伴われ、マイスター霧崎の妹、ソフィ・バルザック・霧崎の店に到着。そこで黒柳は22歳以下のパン職人によって闘われる世界大会モナコカップに和馬達が出場することになったと明かす。だが、その大会には昨年の優勝者でフランス代表のカイザー兄弟もエントリーしていた。
和馬達はモナコに移動。モナコカップのエキシビジョン用のデコレーションブレッドの制作に入った。ロダンの「考える人」をモチーフにしたそのパンは見事に完成するのだが、当日、会場にパンを運ぶときに河内はそのパンを破壊してしまう。でもそれは、パンタジア乗っ取りを計る雪乃達に対抗するため、冠が河内に指示を出していたことだった。
河内の醜態（しゅうたい）で日本代表の評価は最悪。だがオッズは300倍に達した！ ここまでは冠の狙い通りだが、エキシビジョンで騒ぎを起こし責任を問われた日本代表は、減点2点で予選に挑まねばならなくなる。しかも１次予選の食材ルーレット勝負では卵しか手に入らない。塩も砂糖もなく日本代表は窮地（きゅうち）に立たされる。
和馬達日本代表が作ったジャぱん21号・カステラジャぱんを食したピエロは、自らの生い立ちを回想。孤児としてサーカスで育ったピエロは、興業で日本に行った時に見たカステラのＣＭがヒントになり分身技を会得して自信を得たことを思い出す。その美味さにピエロは、1次予選で日本代表に5点満点をつける。
食材ルーレットで大量の食材をゲットしてしまった諏訪原はピンチを乗り切るべくあるパンに勝負を賭けた。そのパンこそ、和馬に敗れた後で世界中の食文化を盗んで自得した試作パン、ルパン3号。カレーの如く様々な味が調和した味わい深いパンは、食したピエロに日本で恋に落ちたメグミを思い出させる。
アメリカ代表としてシャチホコが参戦。それは霧崎雄一が日本代表を潰すために仕組んだ謀略だった。さらに霧崎は、南東京支店を閉店に追い込むため、サンピエール本店の謝恩セールを開始。売り上げが激減した南東京支店は閉店寸前に追いやられる。一方、モナコカップは本選がスタート！ パンのスピード作り勝負で、和馬はあるモノをピエロに用意して貰い、パンの早作りに挑む。
モナコカップ本選1回戦は、制限時間60分のスピードパン作り勝負。普通の作り方では時間が足りない!! 和馬は電子レンジを使ったジャぱん3号でギリギリ時間内にパンを作る。だが、ピエロは個人的に電子レンジが大嫌い!! 悲しい結末を覚悟してよ、といいつつ電子レンジパンを食したピエロは・・・。
モナコに現れた霧崎雄一は、大会運営委員長のラメと接触、日本代表を潰すように命じる。その謀略のため本選２回戦は無人島での甘いパン作りに決定。現地タヒチンアイランドに２回戦に進んだ８カ国が上陸した。その中で日本代表の和馬達の本拠地はなんと満潮時に水没する海岸だった!!
猛火に囲まれた諏訪原と河内は、ピンチをピラミッド男に救われた。ピラミッド男と二人の仲間はエジプト代表だが、その正体はモナコ秘密警察。委員会が行っている不正行為を暴くため潜入捜査していたのだ。砂に埋まった和馬も彼らに助けられた。だが、甘いパンを作るための果物は火事で全て消失してしまう。
和馬達は獣医の者の診察で事なきを得る。そして、たい焼きじゃパンの種明かしをする和馬。しかし、２回戦・無人島での試合は無効試合になり、再試合の地、メキシコのサン・アングス川でキャンプし、魚を使ったパンまたは魚料理に合うパン作り勝負をすることに。
深い洞窟に落とされた日本代表とピエロ。下流の川に通じる滝に到着するが、洞窟内は水路状態で脱出不可能。絶望的気分を和らげたいピエロは、水路を泳ぎ助けを求めると嘘をつき、課題の魚を使ったパン作りを日本代表に求めたが・・・。
ウアウトラ洞窟から脱出した和馬達の前にモナコ王が出現。大会運営委員長ラメが罪を告白して失踪したので、以後自ら大会を指揮すると宣言する。そして準決勝進出チームはアメリカ、中国、フランス、日本。お題はスポーツパン対決に。和馬達の相手はフランス代表カイザーに決まった！
スポーツパンを試作したことがある和馬はその改良で悩むが、諏訪原の助言でヒントを掴む。そしてモナコカップ準決勝が始まった！ 対戦相手フランス代表はカイザー家の長男グランが遂に登場。だが、食材を捜しに出た和馬が会場へ来ない。和馬不在の中、真珠パウダーやブルーベリーで青い生地を作るグラン。対する諏訪原は赤ワインとスッポンの生き血で赤い生地を作るが・・・。
モナコカップ準決勝！ フランス代表グラン・カイザーが繰り出してきた青いパンはピエロに河内丸刈りのリアクションを取らせる。怒り狂った河内だが、グランのパンのアマチャエキスの鎮静効果で大人しくなってしまう。恐るべきグランのパンの効能にも臆せず立ち向かう諏訪原だが…。
モナコカップ準決勝における最優秀スポーツパン、和馬のジャぱんとシャドウのゴぱんが、Ｆ１レーサーに振る舞われた。優勝ドライバー・シューカッパは、ゴぱんを世界チャンピオンと判定。シャドウのベテラン職人のような実力を見た和馬は、さらなる精進を心に誓う。そして決勝戦の課題が発表された！
モナコカップ決勝戦第１試合、パンの衣食住の衣は、造形の美しいパン対決！ 諏訪原が対戦するモニカは、実はパン以上に造形を重視するパティシエ界の王者だった！ 霧崎にスカウトされてモナコカップに参加したのだ。不遇だった両親のためにもお菓子の城＝自分の菓子店を持ちたいモニカだが……。
モナコカップ決勝戦第１試合、造形の美しいパン対決で、モニカは美しい薔薇（ばら）の飴細工を飾ったパンをつくる。一方の諏訪原は、黒こげのパンを焼き上げてしまう。でもそのパンの中からは、黄金色に輝く王冠のパンが現れるのだった。両者のパンを食べたピエロは…。
決勝戦第２試合は食事パン勝負。もう負けられない日本代表の重責で河内は戦意を喪失するが、モナコに現れた冠ら南東京支店の一同に父恭太郎の志を思い出せと叱咤（しった）され、改めて新たな食事パンの開発に挑むが…。
古代米味噌を使ったシャチホコのパンが完成、食したピエロは某アニメキャラに扮した驚愕のリアクションで河内を翻弄する。怒り狂う河内だが、ピエロはその審査の最中にテロに遭いナイフで刺されていたのだが…。
重傷のピエロが危篤状態に陥った。大量の輸血が必要だったが、世界で数百人しかいない稀な血液型のため輸血は不可能と思われる。そんなとき、モナコ王が…。
ピエロのため、天国へ行けるジャぱんを作り、亡き父と会わせると約束する和馬！ その食材はなんと『大麻（麻の実）』！ だが、対戦相手シャドウの正体は、Ｍ・マルソーに匹敵する実力のパントマイマーだった…。
モナコカップ決勝戦最終試合開幕！ シャドウは幻の餅米・女鶴、アメリカ発の健康飲料・ライスドリーム、英国ビクトリア朝時代の製法を再現した幻の紅茶・クオリティシーズンで究極のゴぱんベーグルを完成させる。
和馬のジャぱん６１号で２３年前にタイムスリップしたピエロは、父母のモナコ王と王妃に再会。息子と明かせぬまま、二人の信頼を得るが…。
日本代表がモナコカップで優勝、和馬がＭＶＰを獲得、パンタジアを守る資金１２０億円が獲得できた。しかし時すでに遅く…
ＴＶ対決初回青森大間町でアイドル坪塚と対戦！ だが、雪乃がスーパーマグロを買い占めて妨害する。そこで困った和馬たちは…。
ゴミ袋にパンを入れた和馬。その行為を料理への侮辱と受け取った坪塚は怒りをこめて大間に相応しいブレッド、スーパートロ炙りを完成させ…。
ご当地パンＴＶ対決２回戦は中華の達人・劉さんと中華まん対決！ しかし視察に訪れていた黒柳が感電事故で味覚を喪失してしまい…。
３回戦の相手は坪塚が脱退したＣＭＡＰの３人！ 対戦地は宮崎県西都市！ 食材を探す和馬達は完熟マンゴーの美味さを知り、生のままパンに閉じこめる策を考案したのだが…。
ＣＭＡＰの要、成海、千祭のマンゴーカレーパンが完成した！ 試食した黒柳はマレーバクを他県から空輸する驚きのリアクションで高評価。一方、和馬の埴輪ジャぱんも完成！しかしマレーバクと一緒に試食した黒柳が、共に埴輪化し動かなくなってしまい…。
第４回戦、サンピエールが送り込んできた対戦者は怪しい忍者の二人組。正体は諏訪原とモニカ！ 対戦地は秋田県の大曲。さらに曲がったモノをパンに使用せよと示唆する黒柳に対し和馬達は…？
『焼きたて!!９』第４回戦、大曲での試合が始まった！ 双方が同じ曲がりねぎという食材を使い、同じ調理法を選ぶ中、諏訪原はトゥルニュという生地をねじ曲げる技法で竈伸びの良いパンを完成させる。一方、和馬は折れ曲がりの技法を二重に使ったダブルフォデュを焼き上げる。
冠の異母兄・堤政伸は日本でただ一人のオーストリア宮廷料理人！ その堤が『焼きたて!!９』に参戦。冠は、この戦いに負けた方が日本一の暴力団橋口会の組長の父の跡を継ぐという賭けをする羽目になる…。
堤が作ったジャム・フランベは、紅玉のカルヴァドスを使ってフランベした究極のジャム、顔を突っ込んで食した黒柳は顔が腫れ上がりジャムのおじさんと化す。壮絶なリアクションに河内達は騒然となる。
第６回戦の対戦者は桃屋の人三木のり平！ のり平が挨拶代わりに振る舞った海苔佃煮トーストを食べた和馬は番組タイトルが変わる前代未聞のリアクションを取らされた!! だが和馬はある秘策を考えて…。
和馬の海苔パンが完成、食した黒柳は、十六島を表現するために自らも島となるべく結婚して改姓、新婚旅行ビデオで和馬のパンの良さを解説する。だが、パンに一途な性格が災いし……。
第７回戦、対戦者はパンダの着ぐるみを着た男！ すぐさま和馬は、かつて戦ったコアラこと模糊山剛と見破る。パンダ模糊山は自ら開発したスーパーベーキングパウダーを試したいという情熱押さえがたく『焼きたて!!９』に参戦してきたのだった。
模糊山ことパンダのパンが完成。生地内に入れた栗きんとんの温度差を利用し３回爆発を起こして完成したトリプルアルプス蒸しパンは、綿菓子のようなフワフワ食感。食した黒柳は……。
第８回戦、対戦相手は梓川雪乃！『逆さ折り』というバターに生地を挟んで折るタルト作りが得意。対戦地は美味しい果物の産地・千葉県富浦、課題はタルト。対戦地へ跳んだ和馬達は、そこで雪乃に苛められているビワ販売所のおじさんと知り合い……。
異世界に飛ばされた和馬と河内は月乃似のプリンセス、ムーンに出会い、邪悪な雪の女王スノーザ退治の旅に出る。お供は松代似のケン、冠似のクラウニー、マイスター霧崎似のマイストロフ。ビワ販売所のおじいさんにそっくりなゴレムも同行。しかし途中で魔法のビワに取り込まれそうになり……。
『焼きたて!!9』最終戦の課題地は新潟県能生。霧崎雄一の息子、マイスター霧崎が最後の敵として立ち塞がる。和馬はじいちゃん達が揃えた食材や器具で作ったジャぱんで勝負。マイスター霧崎は新潟特産おまんた米と蟹を使ったおまんたゴぱんで勝負。しかし食した黒柳がマンタに化身して世界の海に旅立ってしまい、審査員不在の事態となる。
