四方を50ｍを超える壁に囲まれた街・シガンシナ地区。人々は壁の外の巨人から自分たちを守るため、この巨大な壁を作りあげたのだった。外の世界に憧れる 少年・エレンと、彼のよき相談相手であるミカサは、壁の中で平和な時を過ごしていた。そんなある日、壁の外を探索に行った調査兵団が、この町に帰還するの を知る。調査兵団を“英雄”と呼ぶエレンが見たのは……。
シガンシナ地区を襲った巨人は、そこで生活していた人々の日常を一変させた。悲鳴と怒号が飛び交うなか、我先にと逃げる人々をおもむろにつまみあげ、次々に口の中へと放り込んでいく巨人の姿は、人類はただのエサに過ぎないことを実感させるのに十分だった。目の前にいた母を救えず、己の無力さを痛感したエレンは、巨人への憎しみを募らせる。「あいつらを駆逐してやる……この世から……一匹、残らず！」
巨人殺しの最も有効な手段「立体機動術」を身に付けるため訓練兵団に入団したエレン、ミカサ、アルミン。キース教官の課す厳しい訓練 の過程で、出身も考え方も異なる同期同士の連帯感が芽生える。立体機動術の前段階である姿勢制御訓練をミカサやアルミン、同期の仲間 たちが難なくクリアしていくなか、エレンは無様に失敗してしまう。兵士としての適正がなければ開拓地へと送られ、人類の食糧を支える 「生産者」になるほかないが……。
訓練兵団に入団して3年。キース教官のもと厳しい訓練を経たエレン、ミカサ、アルミンたちに、いよいよ卒団の時期が迫っていた。そん ななか、エレンは「立体機動術」などの巨人殺しの技術を磨くことが、同時に巨人からいち早く安全圏に逃れる技術に繋がっている矛盾に 気づく。訓練兵団での成績上位者は内地にて王の元で民を統制し、秩序を守る憲兵団に入れるのだが……。
シガンシナ区の惨劇から5年、エレンは「ウォール・マリア」破壊のきっかけとなった巨人と対峙していた。立体機動装置を作動させ、巨人の急所であるうなじを狙い攻撃を加えるエレン。しかし、突如発生した大量の蒸気に巨人を見失ってしまう。破壊された開閉扉、壁の修復にあたりながら、巨人の第二波進軍に備えるエレンたち。はたして、迫りくる巨人たちに一矢報いることはできるのか!?
トーマス、ナック、ミリウス、ミーナ、エレン……巨人の前に次々に斃れていく34班の仲間たち。一人生き残ったアルミンは救助に訪れたコニーに声をかけられるが、あまりの出来事に現実を受け入れられないでいた。エレンとは別の部隊で巨人と戦っていたミカサは、エレンと出会ったときのことを回想する。
一時撤退の鐘が鳴ったものの、立体機動装置用のガスが尽きかけているため、壁を登れないジャン、コニー、アルミンたち訓練兵。そこにミカサが追いつき、補給部隊が籠城した駐屯兵団本部に向かうことを提案する。しかしそこには多数の巨人たちが群がっていた。先陣を切って本部奪還に向かうミカサだが……。
窮地に陥ったミカサを救った巨人を補給所まで誘導して、駐屯兵団本部に群がる巨人たちを倒せないか、と提案するアルミン。その提案を受け、コニーの援護のもとミカサは駐屯兵団本部を目指す。一方、ジャンたちは立ち塞がる巨人たちをすんでのところでかわしながら、ミカサたちよりひと足早く本部に辿りついていた。
トロスト区全域で繰り広げられた人類と巨人との死闘。アルミンの目の前で巨人の餌食となったエレンだったが、自ら巨人となりミカサたちの窮地を救った。しかしにわかには信じ難いキッツ率いる駐屯兵団はエレンたちに武器を向ける。キッツから「貴様の正体は何だ？ 人か巨人か？」と問われたエレンは……。
巨人が人に化けている──恐怖が伝染した戦場では、エレンやアルミンがどんな申し開きをしようと、誰も聞く耳を持つ者はなかった。 エレン達にむかって放たれる砲弾。その刹那、エレンは上半身を巨人化させ、ミカサとアルミンを守ることに成功した。蒸気とともに消えゆく巨人の骨格のなかで、エレンが選択するのは……!?
南側領土を統括する最高責任者であるピクシス司令から駐屯兵団に知らされたトロスト区奪還作戦。それは、巨人化したエレンが大岩を運び、破壊された扉を塞ぐというものだった。巨人たちがトロスト区に入り続けているいま一刻の猶予もままならない。エレン自身、自らの力を信じているわけではなかったが「オレはならなきゃいけないんだ……みんなの希望に」と決意を固める。
ミカサに向けて振り下ろされた巨人化したエレンの拳。トロスト区奪還作戦は、いきなり暗礁に乗り上げていた。すんでのところでその拳をかわすミカサだったが、再度、エレンはミカサめがけて拳を振り上げる。ついに自らの拳を顔面に打ち込み、動けなくなってしまうエレン巨人。そこに3体の巨人が接近してきて……。作戦の現場指揮を任された精鋭班・班長イアンは判断に苦慮する。
エレンを覚醒させるべく語りかけたアルミンによって、巨人化したエレンは大岩を運び始めた。トロスト区内に侵入した巨人たちがエレンに群がるのを防ぐため、イアンをはじめ精鋭班の班員たちは決死の覚悟で巨人を自らに引き付ける作戦を展開する。数々の命が無残に蹂躙されていくなか、巨人化したエレンはついに壁の穴を大岩で塞ぐことに成功する。
巨人となったエレンに対する民衆の反応は様々だった。壁のより内側に住む者ほど、破滅に導く悪魔と恐れ、より外側に住む者ほど希望へと導く救世主と呼んだ。中央政府はエレンを憲兵団と調査兵団、どちらに引き渡すかの審議にかける。それぞれの兵団の思惑が交錯するなか、エレンの審議が始まる。
審議の結果、調査兵団特別作戦班・通称「リヴァイ班」に所属することになったエレン。調査兵団のなかでも精鋭が集うリヴァイ班はひと癖もふた癖もある個性的な団員で構成されていた。30日後の大規模な壁外遠征を控え、エレンはトロスト区掃討戦の際に捕えた巨人の実験内容をハンジから聞くのだった。
調査兵団が生け捕りにしていた２体の巨人が何者かによって殺されてしまう。第104期訓練兵にも疑いの目が向けられ、一人一人調査が行われた。結局、誰が殺したのかは分からなかったが、訓練兵たちにとっては重要なそれぞれの所属兵団を決める時期が迫っていた。彼らの前に立ったエルヴィンは本来であれば伏せておくべき情報まで明かすのだが……。
エレンと同期のミカサ、アルミン、ジャンたち第104期訓練兵を新たに加えた調査兵団はエルヴィンの指揮のもと第57回壁外調査に出た。長距離索敵陣形にて巨人との接触をできるかぎり避けながら目的地を目指す。しかし陣形内で索敵を担当するアルミンは“知性”を持つ女型の巨人に迫られ窮地に立たされる。
女型の巨人によって、陣形の右翼側索敵に壊滅的な打撃を受けた調査兵団。撤退指令が出るものと思われたが、指令班が下したのは陣形の進路を変えつつ、作戦を続行することだった。その間にも女型の巨人は調査兵団の陣形を破壊しながら団員達を蹂躙していく。そして、ついにエレンが属するリヴァイ班からも目視できる距離まで迫られる。
“巨人殺し”のプロフェッショナルであるリヴァイ班の背後に迫る女型の巨人。しかし、リヴァイ班の面々は女型の巨人を足止めするべく、立ち向かう兵士にあえて増援することなく、ただひたすらに馬を走らせていた。エレンは問う「見殺しにする理由がわからない！ それを説明しない理由もわからない！」と。その問いにリヴァイは、ある選択を投げかける。
数多の犠牲を払いながら、ついに巨大樹の森で女型の巨人を拘束兵器で捕えることに成功した調査兵団。作戦の本来の目的を知らされていなかったほとんどの兵団員は、ようやくエルヴィン団長の真意を知ることとなる。身じろぎひとつできなくなった女型の巨人は、断末魔の悲鳴をあげるが……。
自らの肉体を他の巨人に喰らわせ、蒸気とともに消えた女型の巨人。その中にいた人物は、調査兵団員と同じ制服で兵士の中に紛れ込み、エレンを追っていた。エレンを護衛しながら帰還するグンタを手にかけ、再び女型の巨人となってエレンの前に現れる。オルオ、エルド、ぺトラが連携しながら女型の巨人に立ち向かうが……。
女型の巨人に捕えられたエレンを奪還するべく、そのあとを追うミカサ。そこにリヴァイが追いつき、巨人を仕留めることをあきらめ、エレンを救い出すことに目的を絞る。リヴァイは人間とは思えない驚異的な動きで、ついに女型の巨人の動きを止めることに成功する。ミカサは、止めを刺そうと攻撃に入るが……。
第57回壁外調査は、人類のなかに潜む敵━━巨人化能力を持ち、壁の破壊を企む人間を捉える作戦でもあった。しかし、調査兵団はこの作戦に失敗してしまう。政治的判断からエルヴィンら責任者が王都に召集されるだけでなく、エレンの引き渡しも決まってしまう。そんなおり、ストヘス区憲兵団支部に所属するアニは、調査兵団がストヘス区を通過する間の警備を命じられる。
アルミンの立案した作戦に沿って、アニを地下通路への入口まで誘い出すことに成功したエレン、ミカサ、アルミン。しかし、アルミンの真意に気づいたアニは巨人化し、エレンを死にもの狂いで捕えようとしていた。地下通路内に逃れたエレンたちを狙う女型の巨人・アニ。ミカサ、アルミンを守るためエレンも巨人化を試みるが……。
逃げる女型の巨人（アニ）に、巨人となったエレンは追いつき、二体の巨人は激しい闘いを繰り広げていた。巨人同士の闘いに巻き込まれ、ストヘス区市街では想像を絶する被害が出ていた。その責任を憲兵団師団長ナイルに糾弾されるエルヴィン。エルヴィンは「人類の勝利のため」と答え、ナイルの構える銃の前に立つ。
第49回壁外調査で壁の外へと出発した調査兵団一行。兵站拠点でエルヴィンと意見が割れてハンジが単独行動に出る。巨人を捕獲しようとおびき寄せるハンジ、そしてそれを追うリヴァイ班。森の奥へと進み、そこで彼らが見たものは―。
849年、104期訓練兵団の一行はピクシス司令も視察に訪れたトロスト区襲撃想定訓練に参加する。訓練の最中、ジャン、アルミン、アニの班は前線でサシャ、コニー、ライナーの班と激突する。訓練終了後、口論となった彼らのもとに仲裁に現れたのはピクシス司令だった。状況を見かねた彼がジャン達に提案したある司令とは……。
104期訓練兵団に今回課せられた訓練は、二班に分かれ、片道約40キロの荒れ地を往復するというものだった。森の傍らの道で、第二班のダズから自身の立体機動装置が盗まれたと報告があった。近隣に住人がいる情報はなく、ライナーたちは窃盗団の存在を感じ始めていた……。
地下街……三重の壁に守られ、選ばれた者達（たち）が住むもっとも安全な地域の地下にそれはあった。中止された地下移住計画の残骸。華やかな王都の陰に生まれ育った者達（たち）は、一度も地上に出ることなく一生を終えることも珍しくなかった…。そこで暮らすリヴァイ、ファーラン、そして新しく仲間に加わったイザベルのもとに、新たな依頼者が現れた……。
エルヴィンとの取引に応じ、調査兵団に入団したリヴァイ、ファーラン、イザベル。だがそれは、ロヴォフと交わしたもう一つの「取引」を果たすためのフェイクだった！エルヴィンの隙を窺（うかが）う３人は、計画の実行を壁外調査の機会に求めるのだが…。彼らはまだ、壁の外で待ち受ける巨人の脅威、そして下される選択の重みを知らなかった
女型の巨人との戦闘の後、壁の中から発見された巨人。その正体を聞き出そうと、ハンジはニック司祭を激しく責め立てるが、ニックは脅しに屈することなく黙秘を貫くのだった。遡ること12時間前、ウォール・ローゼ南区で待機するコニーやサシャら104期生のもとに巨人が多数襲来したとの情報が伝えられる。巨人の群れが進む先には、コニーの故郷の村があった。コニーたちをそこへ向かわせるため、分隊長のミケがとった行動は……？
巨人発見より５時間後、北の森に向かったサシャは故郷の村まで到達する。サシャの胸中によみがえる、父親との苦い思い出……。３年ぶりの故郷は最早、人の住める土地ではなく、その先に見つけた新しい村でサシャは凄惨な光景を目の当たりにする。一方で、急ぎウォール・ローゼをめざすエレンたちだったが、同行者の中には何故かニックの姿があった。ウォール教が知る壁の秘密を開示するべきか、彼は自分の目で確かめるという。
コニーの故郷に人影は一切なく、代わりに残されていたのは一体の巨人が仰向けに倒れた姿のみ。失意のコニーの耳に届く、微かな声。それは巨人が発したように思われたが……。時を同じくして、リコ率いる駐屯兵第一師団精鋭部隊は東防衛線で巨人と交戦し、ハンネス率いるウォール・ローゼ対策部隊は壁沿いの道を偵察するも未だ一匹の巨人とも遭遇しないままだった。それぞれに胸騒ぎを覚えたまま、巨人出現から最初の夜が訪れる。
コニーやライナー、ベルトルトのいる南班、そしてクリスタとユミルがいた西班は暗闇の中で合流し、ウトガルド城という古城跡で共に夜を明かすことになった。だが、見張りが気づいたときには既に城の周りを大勢の巨人が取り囲んでいた。戦闘用の装備を持たない104期生たちは塔の中へ一時避難するが、突破されるのは時間の問題だった。巨人の侵入を防ごうと孤軍奮闘するライナー。彼の脳裏にフラッシュバックする記憶とは……？
エレンたちがまだ訓練兵団だった頃。とある雪山での訓練を終えた後、ふと気づくとクリスタとユミルの姿が見えなくなっていた。クリスタは訓練中に体調を崩したダズのそばについていて、また、ユミルはそんなクリスタに付き合っているうちに遭難してしまったのだ。吹雪の中、すっかり日も暮れて、息も絶え絶えなダズを引きずって山のふもとをめざすクリスタ。このままでは３人とも助からないという状況で、クリスタのとった決断は!?
ウトガルド城を取り囲んだ巨人の群れはユミルの活躍と、駆けつけた調査兵団の主力部隊によって撃退された。重傷を負ったユミルは治療のためトロスト区に送られることとなり、残った調査兵団は壁の修復作戦を再開することに。ところが、穴の位置を知らせに来たはずのハンネスは「穴はどこにもない」と報告する。穴がないのだとしたら、巨人はどうやって壁の内側に現れたのか？ 疑問を抱えたまま、エレンたちはトロスト区で待機する。
「鎧の巨人」と「超大型巨人」がエレンの目の前に出現。激昂したエレンはすぐさま巨人化し、鎧の巨人の顔面に拳を叩きこむ。一方、超大型巨人は調査兵団が待機していた壁を破壊し、昏睡状態のユミルを捕らえて自らの口の中に放り込むのだった。調査兵団はハンジの号令のもと、一斉に超大型巨人へ襲いかかるが、巨人が全身から蒸気を噴出させたため、近づくことすら不可能となった。その頃、鎧の巨人を相手に苦戦するエレンは……？
エレン巨人は鎧の巨人をあと一歩のところまで追いつめたが、超大型巨人の頭部が落下してきたことにより形勢は逆転し、エレンは鎧の巨人に連れ去られてしまう。さらに、超大型巨人の発生させた熱と風圧が、その場にいた兵士たちに甚大なダメージを与える。倒れたミカサが目を覚ましたときには、既にエレンの敗北から５時間が経過していた。エレンを想って、涙するミカサ。そんなミカサやアルミンを、ハンネスは勇気づけるのだった。
鎧の巨人との戦いに敗れたエレンは、巨大樹の森で目を覚ます。そこにはエレンと同様に巨人化の能力を有する者たちがいた。巨人の巣窟となった森では、たとえ巨人になったとしても生き抜くことは困難であり、そもそも戦い終えたばかりのエレンには巨人になれるだけの体力はない。即ち今のエレンに出来ることは、巨人が動かなくなる夜まで大人しく待つことだけ。そんなエレンに、ある人物が「俺達の故郷に来てもらう」と語りかける。
日没まであと１時間。調査兵団の精鋭たちがついに巨大樹の森に到達した。目的はあくまで戦闘ではなく、エレンを見つけ出し奪還すること。だが、それでも危険な作戦であることに変わりはない。そんな中で、クリスタだけは絶対に助け出さなければならないと、ユミルの心に焦りが生じていた。ユミルは思い出す。貧民街で暮らしていた幼い頃と、その後の数奇な運命、そしてクリスタとの出会いを――。はたして、ユミルはどう動くのか!?
森に突入しようとしていたエルヴィンの前に姿を現す、鎧の巨人。その肩には、ある人物の背中に括りつけられたエレンの姿があった。巨人に連れ去られる前に、何としてでもエレンを救い出そうとする調査兵団。しかし、鎧の巨人とその協力者に攻撃を仕掛けるミカサを、もう一体の巨人が何度も妨害するのだった。その巨人を殺さなくてはならないと、敵意を剥き出しにするミカサ。彼女の前に立ち、戦いをやめるよう呼びかけたのは――!?
エルヴィンが引き連れてきた巨人の大群が、鎧の巨人に襲いかかる。まるで地獄のような光景が繰り広げられる中、調査兵団はエレンの奪還に何とか成功した。だが、退避する兵たちに向けて、鎧の巨人が他の巨人を投げつけてくる。その衝撃で落馬したエレンとミカサの前に出現したのは、５年前のあの日、エレンの母・カルラを食った巨人だった。憎き仇との因縁に自らの手で決着をつけるため、エレンは巨人となって戦おうとするが……。
その日、アニ・レオンハートは兵舎で目を覚ました。非番の朝の完璧な目覚め。しかし、ささやかな解放感はすぐにため息に打ち消された。明日に迫った任務を思い出したために……。「調査兵団の第五十七回壁外調査中に、エレン・イェーガーを捕獲する。」“任務”を目前に控えた少女が体験する誰も知らなかった物語。
憲兵団が依頼を受けた家出人捜索。ヒッチからその任務を引き継ぎ、消えた資産家令嬢の行方を追うアニは、やがてストヘス区にはびこる闇に行き当たる―――。
エレンたち１０４期生は新たにリヴァイ班へと編入されることになった。ウォール・マリアに開けられた穴を塞ぐという当初の目標を達成するため、巨人化したエレンの体を自在に硬質化する方法を探る実験を進めるハンジだったが、そこへニック司祭が何者かに殺されたという知らせが入る。ニックの殺害が憲兵団の手によるものと断定したハンジの報告を受けたリヴァイのもとに届く、エルヴィンからの手紙。そこに書かれていた内容とは…
エレンとヒストリアを乗せた馬車が襲撃され、二人はさらわれてしまう。追おうとするリヴァイの前に立ち塞がる謎の男。その顔を見て、リヴァイは「ケニー」と叫ぶ。どうやら、過去に因縁のある相手らしい。互いに相手の命を奪おうとする二人の激しい戦い。巨人対人類ではなく、立体機動装置を用いて繰り広げられる人類対人類の死闘を目撃したジャンたちもまた、戦闘に巻き込まれていく。
さらわれたヒストリアが目を覚ますと、そこには彼女の父親を名のるロッド・レイスという中年の男がいた。ロッドはヒストリアを抱きしめながら、レイス家にまつわる重大な秘密を打ち明ける。一方、ハンジも捕らえた憲兵の口を割らせて、レイス家の秘密をつかんでいた。今後の方針を決めようと、エルヴィンにレイス家の情報を伝えようとするハンジ。その頃、エルヴィンはピクシスと会い、人類の歴史を動かす決意を表明するのだった。
憲兵団の策により、民間人を殺害した罪を着せられてしまった調査兵団。彼らが潜伏する森の中に、見回りをしていた男女２人の憲兵、マルロとヒッチが足を踏み入れる。水くみをしているアルミンを発見するも、逆にリヴァイたちによって拘束された２人。だが、憲兵団のやり方に疑問を感じていたマルロは調査兵団への協力を申し出る。リヴァイは２人の身柄をジャンに預けるが、ジャンは彼らのことを信用しておらず、ナイフを向ける…
ついに調査兵団の命運が尽きようとしていた。中央憲兵に追い詰められ、エルヴィンの処刑が執行されようとしていたのだ。王の間にて、最後の裁判を受けるエルヴィンは、調査兵団を失うということは、人類の矛を失うことを意味すると主張するが、誰も耳を貸そうとせず、処刑台へと連行されそうになる。そこへ、超大型巨人と鎧の巨人がウォール・ローゼを突破したとの情報が入る。はたして、人類の未来を託すべきは誰なのか！？
どれほどの時間が経ったのか。礼拝堂の地下で目を覚ましたエレンの体は鎖で拘束され、目の前にはすべての記憶を取り戻したというヒストリアが、ロッドと並び立っていた。ロッドとヒストリアの手が背中に触れたことで、エレンの脳内に浮かび上がってくる忌まわしき記憶。それは、５年前のある夜にレイス家を襲ったという悲劇の真相だった。あの夜、ロッドから家族を奪ったのはエレンの父、グリシャ・イェーガーだというのだが…
ロッドが語るレイス家の真実。何代にもわたって受け継がれてきた巨人の力は今、エレンの中にあるという。ヒストリアは叫ぶ、その力を手に入れ世界の歴史を継承し、この世から巨人を駆逐することこそが自分の使命だと。一方、真実を知ったエレンは償いきれない罪を犯してしまったと涙を流し、人類の命運をヒストリアに託す覚悟を決める。そんなエレンの思いを受けたヒストリアは、ロッドのもくろみ通り巨人化してしまうのか？
ヒストリアはロッドに逆らい、エレンを連れて礼拝堂から脱出しようとする。すると、床にこぼれた薬品を体内に取り入れたロッドが巨人化してしまった。その衝撃で飛ばされるヒストリアと拘束されたままだったエレンを、駆けつけた調査兵団の仲間たちが救う。そうしている間にもロッド巨人の体は形成されていき、その大きさは超大型巨人をも超えるものとなった。仲間が危機に直面したとき、エレンは再び自分を信じることを選択する。
エレンは仲間を守ることができたが、同時にロッド巨人も地上に出てきてしまった。高熱を発し、周囲の木々を焼きながら、ロッド巨人はゆっくりと歩みを進める。その先にはオルブド区があるが、エルヴィンはあえて避難指示を出さずに巨人を迎え撃つ作戦を立てる。被害がウォール・シーナの中心部にまで及ぶことを防ぐためにオルブド区の住民をおとりにしつつ、ひとりも死傷者を出さないという困難な戦いに、調査兵団が立ち向かう。
ロッド巨人は倒され、自らとどめを刺したヒストリアは住民や兵士たちの前で自分が真の王であることを宣言する。その頃、礼拝堂の崩落現場から脱出したケニーは大量の血を流し、息も絶え絶えになりながら横たわっていた。ケニーの脳裏に浮かんでは消える自らの壮絶な生涯―。ふと気がつくと、目の前にはリヴァイが立っていた。ケニーは生きるための最後のあがきをするかのように、巨人化する薬品の入った注射器を取り出すのだった…
ヒストリアの戴冠から２か月。牧場で孤児たちの面倒を見るヒストリアは、人々から親しみを込めて「牛飼いの女神様」と呼ばれていた。調査兵団ではエレンが得た硬質化の能力に関する実験が行われ、対巨人兵器の開発に成功する。度重なる実験は体に大きな負担を強いるものだったが、エレンは、巨人を一掃できるなら自分の身が削られることなどいとわない覚悟を見せる。そして、ある人物のことを思い出すのだった。
調査兵団の悲願であるウォール・マリア奪還作戦は、２日後に決行されることとなった。リヴァイは手負いのエルヴィンに対し出陣を控えるよう進言するが、エルヴィンは固辞。「この世の真実が明らかになる瞬間に立ち会わなければならない」と語るエルヴィンの強い意志に、リヴァイも納得してその場を去るのだった。その夜、兵舎で盛大な宴会が催され、英気を養う兵士たち。エレンたちはここまでの戦いを振り返り、決意を新たにする。
ミカサは絶望の淵で幸せな哀しい夢を見る。あの日も雨がふっていた―。844年、ミカサとエレンの「そうであったかもしれない始まりの物語」。
夜陰に乗じてウォール・マリアをめざす調査兵団。深い眠りにつく巨人の横を通り抜ける一同の中で、エレンはひとり呼吸を乱していた。「もしも奪還作戦に失敗したら？」「自分は人類を救えるのか？」――震えるエレンに声をかけたアルミンは、エレンとこれまでのことを振り返る……。
「獣の巨人」を中心とした巨人の大群が出現し、調査兵団は完全に包囲されてしまう。彼らは足となる馬を死守しつつ、「鎧の巨人」の打倒に全力を挙げる……。
調査兵団が開発した新兵器・雷槍（らいそう）による攻撃を受けて、「鎧の巨人」は活動を停止したと思っていた。そんな彼らの目の前で「鎧の巨人」は再び動き出し、ほうこうを上げる……。
辺り一帯が火の海と化した中、さらに、シガンシナ区の内と外で調査兵団は完全に二分されてしまった。一方、エルヴィンやリヴァイらは「獣の巨人」の投てきによる石れきの雨にさらされていた……。
絶体絶命の状況の中、調査兵団の新兵たちは、エルヴィンの指揮のもと決死の覚悟で「獣の巨人」に突撃をする。一方エレンたちもまた、ある作戦を練っていた……。
エレンはアルミンの前に立ち尽くしていた。悲しみに暮れるエレンのもとに、壁の上から２つの影が姿を現す……。
シガンシナ区の壁上。生き残った調査兵団はわずかであった。そしてエレンは、自身の生家の地下室へと足を進める……。
エレンの父・グリシャが残した本には、彼の記憶が綴（つづ）られていた。まだ幼い少年であったグリシャは、ある日突然に、この世の真実と向かい合うことになる……。
グリシャが残した記憶。その中でグリシャは、ある任務を託されることになる……。
壁の外の真実と巨人の正体が明らかとなった。それを知ったヒストリアと兵団幹部たちはある決断を下す。そしてエレンは、壁の外へと思いを巡らせていた……。
人類と巨人との壮絶な戦いが始まって、もうどれくらいの時が過ぎただろうか……。エレン・イェーガーがめざし、たどり着いた海の向こう側では、いつ終わるとも知れない戦争が続いていた。彼らは何者で、何のために戦っているのか？ 今、ひとりの少年兵が決死の覚悟をもって、最前線へと身を投じる。
４年に及んだマーレと中東連合との戦争は終結した。だが、あわやマーレの巨人２体が失われる事態は、巨人の力ですべてを支配する時代が終わりつつあることを示していた。対巨人兵器の開発を進める諸外国への後れを挽回すべく、ジーク・イェーガーはあることを軍の上層部に進言する。
故郷に帰り、母と再会したライナー・ブラウン。その夜、彼は戦士をめざした幼き日々を思い返していた。エルディア人を母に持つライナーの夢は、母と共に名誉マーレ人の称号を手に入れて、離れ離れになった父と共に暮らすこと。巨人の力を継承して世界を救う英雄になれば、その願いが叶うと信じて……。
戦士候補生の一人、ファルコ・グライス。想いを寄せるガビ・ブラウンを守るためには、自分が「鎧の巨人」を継承しなければならない。しかし、ガビとの成績の差は開くばかり。肩を落として歩く彼に、1人の男が声を掛ける。
ファルコに連れられ、とある建物の地下室へと足を踏み入れたライナー。そこで彼を待つ人物の顔を見て、ライナーは愕然とする。そんな中、世界中の注目を集める、ヴィリー・タイバーによる演説が始まろうとしていた。
ヴィリー・タイバーの演説によるパラディ島への宣戦布告。その最中、騒然とする広場に、招かれざるものが現れる。
混迷を極める戦場。自在に空【くう】を飛び、襲い来る兵士たちに、立ち向かう戦士たち。この戦いの行方は……？
もしかしたら別の道があったのではないか……。後悔も、懺悔も、失ったものは、二度と戻らない。
外の世界に味方はいなかった。だから、生き残るため、敵を滅ぼす。戦うしかなかった。それが正しい選択なのか。その是非を知る者はいない。
行く当ても、手がかりも、帰れる保証もない。そんな彼らに手を差し伸べたのは、憎むべき悪魔だった。
憎むべきは誰なのか。恨むべきは何なのか。信じたものが、揺らぎ始める。
助けを求めるガビとファルコ。信じた先に報われる未来があるのか。それとも、報いを受けるのか。
アルミンとミカサを見据え、エレンは語り掛ける。「おまえらと話がしたくてな」と。
朦朧とした意識の中、確かめるのは、懐かしい面影と、朧気な記憶。それは、ある人物との出会いだった。その先に待つ自らの使命を果たすため。
求める未来は、交わらない。互いに想いを抱え、ぶつけ合うしかない。そして、今またぶつかる。始まりの地、で。
降りしきる雨の中、一人の兵士が倒れている。その横で謎の巨人の蒸気の中から、あの男が這い出てきて……。その頃、始まりの地・シガンシナ区でマーレが奇襲を仕掛け、巨人たちも動き出す。そして、始祖の巨人と鎧の巨人が再び対峙する。「来いよ、ライナー」。
ミカサの「助けたい」と思う気持ちは本物なのか。エレンは何のために戦っているのか……。地を響かせ激突する巨人たち。マーレの奇襲に人々は武器を手に戦場へと向かう。
獣の巨人と始祖の巨人、事態の鍵を握る2体の巨人を目指し、人々は争いを広げる。互いの思いと記憶が交錯し、兄弟の目指す先にあるものとは。
弟は兄を拒み、兄は弟を見捨てなかった。救いたい思いだけ。たどり着いた果ての場所でエレンとジークはあの日の記憶とともに、父・グリシャの真実を知る。
二千年前から抗い、戦い、進み続けてきたものたちの物語。それは、一体誰が始めた物語だったのか。歩き続ける始祖ユミルにエレンは語りかける「待っていたんだろ。ずっと…。二千年前から。誰かを。」
ごうごうと鳴り響く大地。空まで立ち上る土煙。その先を進む、巨人の群れ。島の壁は今、なくなった。この世からそこにある命を駆逐するまで、誰もエレンを止めることはできない。
人々の混乱の中、かつては友であり、そして敵だった人物が目を覚ます。止まっていた時は進み、すべては変わった。そうなった時、選ぶのは……。
進軍する巨人の軍勢。やがて、何も知らぬ人々を踏みつぶす。それを見上げる兵士と戦士たちは立ち尽くすのか、それとも立ち上がるのか。森の中にいた2人の兵士の気持ちはすでに固まっていた。
戦火の先に、僕らの敵がいた。僕らは互いを憎み、蔑み、殺してきた。今、焚火の先にいるのは、異なる「正義」を持っている者たちだった。
世界を救うため、エレンを止める。そう決めた者たちの前に、かつての仲間が立ちふさがる。誰も死なせたくないという思いを胸に彼らは戦う。
躊躇えば死ぬ。銃口を向け、引き金を引く。この裏切りの先に、世界を救う道があると信じて。
あの日、見たこと。あの日、語り合ったこと。あの日、選んだこと。それは全て彼が望んだこと。彼は何も変わってない。
世界を滅ぼそうと「地鳴らし」を発動させたエレン。無数の巨人たちが進撃を開始し、あらゆるものを踏み潰していく。ミカサ、アルミン、ジャン、コニー、ハンジ、ライナー、アニ、ピーク、そして瀕死の重傷を負ったリヴァイ……。残されたものたちがエレンを止めるため最後の戦いに挑む。
終尾の巨人となり、無数の巨人たちとスラトア要塞に進撃するエレン。絶望の淵に立たされた避難民の前に現れたのは、地鳴らしから間一髪で逃れられたミカサ、アルミン、ジャン、コニー、ライナー、ピーク、リヴァイ。かつての仲間たち、そして幼馴染とエレンの戦いがここに終結する。
