少女は、星が見たいと願った。 少年は、彼女と一緒に居たいと願った。 全てと引き換えにしてでも、望むものとは何か。 生き残る力を持つ者だけが、塔の頂上でそれを手にする。
へドンのテストを乗り越え、塔の二階に進んだ夜。 ユリから授かった「黒の三月」に目を付ける人物、クンによって、 夜は翻弄されながらも上を目指すことになるが、果たして…
総監督官であるユハンに告げられた試験内容に、 癇癪かんしゃくを起こすラーク、それを宥なだめる夜。 そしてひとり、思考を巡らせているクン。 時間は刻々と進み、彼らがとった行動とは。
クラウンゲーム1回戦を終え玉座についたのは変幻自在の刀「緑の四月」を持つアナク。出番を見計らう夜たちはこのボーナスゲームを勝ち抜けることができるのか。
迫りくる選別者たちから王冠を守る夜チーム。次々と戦闘に突入する中、夜はひとりの女の子に気を取られてしまう。そんな夜に選別者が襲い掛かるが、その矛先は…。
ラヘルと出会い、クンが選んだ行動とは。ポジション選別が始まり、課題に苦戦しながらも少しずつ仲を深めるメンバーたち。それを遠くから見つめ思いを巡らせるのは…。
アナクとエンドロシの確執に終止符が打たれ、数日。次の試験「鬼ごっこ」が始まろうとする中、夜を中心にして、再び暗雲が立ち込め始める。
ランカーの圧倒的な力の前に、愕然（がくぜん）となるクン率いるAチーム。選別者達は足止めを図るが、暗闇の中つぎつぎと襲われていく。アナクは出口まで逃げ切ることができるのか。 クンの次なる作戦とは。
「作戦、大成功」、そういってチームメイトを蹴飛ばし不敵に微笑むエンドロシ。戸惑う夜に、エンドロシは自分の過去を語る。それぞれの譲れない思いが交錯する中、夜が選んだ答えとは。
深い傷を負ったラヘル。彼女は、夜との再会を果たし、何を思うのか。色々な思惑が入り乱れる中、先へ進むためにそれぞれが下した決断。悲しみの先に待つものとは。
塔の頂上を目指して、今日も試験が行われる。塔を登るため、失った多くのもの、手に入れた大切なもの。全てを受け止め、動き出す。自分の気持ちの向かう方へ。
様々な思惑が交錯（こうさく）し、混沌とする最終試験会場。巨大な陰謀に翻弄（ほんろう）されながら、戦士達は果敢に戦場を駆ける。試験が佳境を迎える中、夜が、ラヘルが、示す決意とは。
管理人の試験を無事終えようとしていた時、ラヘルによって突き落とされた夜。そして時は戻り、塔の扉が開いたとき。夜が過ごしてきた時間とラヘルが見てきた世界が交錯していく。
新たな物語は塔の20階から幕を開ける……ここは塔に入る事を許された「選別者」たちがもう一度選別される特別な場所。血気盛んな若者「王野 成」もさらに上の階を目指すことを認められる「Ｅ級選別者」になるため、これまで以上に難関な試験に立ち向かう選別者の一人だった。彼は言う。「俺は塔の王になる男だ！」と。
第一次試験をクリアした王野、ビオレ、虎助、マナ、カナ、ホーンは控室で他の合格者の到着を待っていた。気掛かりなのは圧倒的な戦闘能力を持つビオレが、巨大犯罪組織「FUG」の一員であるらしいということだった。合格者が揃い、第二次試験が開始。だが、成績トップで合格したビオレに試験監督は妙な提案を持ちかけた。
FUGの一員であり、塔を支配するザハードの一族を殺す使命を担っていること明かしたビオレ。己以外の者は全員不合格にしろと試験監督・ラブに迫る。ラブは自分と一対一でゲームを行い勝てばその言い分を認めるという提案を出し、ビオレは受け入れる。一方、王野たちは頭脳戦とも言える試験「信じられる部屋」を受けることに。
ラブとビオレが激しい戦いを繰り広げている中、王野たちも「信じられる部屋」の試験に合格することに必死だった。第一次試験での対戦相手であり、そこで合格した王野たちが組んだチームと、悪徳金融会社社長子息・プリンスをリーダーとしたライフル配下の者で構成されたチームとの対決、勝利するのは!?
所変わって塔の25階。新たな仲間のスカウトを行っているクン・アゲロ・アグネスは、並外れた速さをもつスピーダーであるダンをチームに入れるためある賭けを持ちかける。クンが新たなチームを結成している理由とは…
王野たちは21階に辿り着き滞在していた。名家であるザハード十家門・蓮家の娘であり王野チームの一員でもある梨花は、ビオレがＦＵＧの仲間のファリョン、真田ユタカと落ち合う場面を見かけてしまう。その後、王野たちは試験会場へ向かうも相手チームが逃げてしまい、想定外の試験を受けることになってしまう……。
今回の試験は21階の神とあがめられている巨大な神海魚「チゲナ」の体内へ入って、そこに咲く「チゲナの花」を探して取ってくるというものだった。広い体内でチゲナの花をようやく探し出すも、王野らの前に謎の男が現れる。彼もまた別の理由でチゲナの花を求めている者だった。花を求めて謎の男とのゲームが始まった！
チゲナの花の試験から２年経ち王野たちも28階の試験を受けるまでになっていた。この試験も無事にクリア。一方、クンのチームは29階の試験を受けておりこちらも順調のようだ。どのチームも目指すは２ヶ月後に迫った30階で開催される「工房戦」。５年に１度開催されるアイテム争奪戦に向け各チーム進んでいく。
塔の28階に「右腕の悪魔」と呼ばれる人物が発見された情報がクンと王野たちにもたらされた。王野の仲間・虎助曰く「右腕の悪魔」の本名はベニアミノ・カサノ。虎助と同じく子供の頃に施設の過酷な状況の中生き残り、共に育ち数多の武器の中で最も強力な威力を誇る「生きる始動武器」として開発されたのだと言う。カサノを探し求めていた虎助の決断は—。
チームを離れカサノを探し求めて28階の「テント村」を訪れた虎助は情報屋・シアシアから居る場所を聞き出す。そこは巨大な手の石像「アルレンの手」。虎助はそこで同じく右腕の悪魔を倒す目的で来たクンのチームと鉢合ってしまう。一方、虎助を追ってビオレもまたテント村へ到着した—。
虎助がランとノビックとの戦闘の中、遂にカサノが姿を現すが、ランとノビックの前に虎助はやられてしまう。その光景を前にしたビオレは、静かに激昂し驚異の力を放つ。一方この一連のできごとは、チームの裏切りによる罠だったと知ったクンは混乱の中、ランとノビックの元へと急ぐ—。
FUGにより崩壊した「アルレンの手」に取り残されたクンを救い出した王野たち。クンは王野たちがFUGのスレイヤー候補ビオレの仲間である事を知る。夜の面影を感じた長髪の男…自身のチーム崩壊…これまでの一連のできごとに思索を巡らせているクンの前に現れたのは―。
ファリョンから全てを聞かされたクンは王野たちのチームと共に工房戦へ出場を決意。一方「アルレンの手」でクンとやっと再会できた夜だったが未だFUGに縛られたままビオレとしてＦＵＧチーム担うに残ることになる。シビスチームは打倒FUGを掲げ、ラークもまた自身の信じる道の中、それぞれの想いが交差する工房戦が遂に「アルキメデス」にて開幕する―！
アルキメデス搭乗2日前。30階は賑わいを見せている中、工房戦進行役「イオ」から参加者たちに搭乗券をかけたゲームの開始が告げられる。それぞれのチームがゲーム開始に向け動く中、ビオレは路地裏でパトロールに追われていた「旅人」を助け出す。
旅人とともにパトロールと対峙していたビオレの元に現れたエンドロシ・ザハード。ビオレが夜である事を知らない彼女はビオレを捕えようとする。一方シビスチームはFUGチームの待機ホテルへ奇襲、王野、クンチームはチャン、クエトロと相対し、それぞれのゲームが動き出していた。
アナクとランの激闘に割って入ったビオレ。2人を転送させるも、シビスチームのメンバーがFUGチームの元へと到着。かつての仲間であるシビスたちに自分が二十五日の夜である事を悟られないようビオレは相対する事となる。
搭乗券を手にした一行にアルキメデス内で一時の休息が訪れる。その中でクンはラークと再会し、ビオレと名乗っている二十五日の夜をFUGから取り戻すことを誓う。それぞれの思いが交錯する中、遂に工房戦が開幕する。
工房戦個人戦第1試合を戦うことになった王野、アークラプター、マナ、プリンスだが、ゲーム開始早々にベルディの力によってマナが暴走してしまう。マナと戦うことになった王野、アークラプター、プリンスはマナの正気を取り戻すことができるのか。
