Après la guerre de Troie, Ulysse et ses compagnons, le matelot, le cuistot, la vigie et le mousse, entreprennent leur voyage de retour vers Ithaque. Ils sont déportés par les vents chez les kikones et pillent leurs richesses avant d'être rejetés à la mer. C'est le début d'une longue errance en Méditerranée.
Au temps des Grecs, l'armée de Démétrius assiège Rhodes avec l'aide des pirates. Le matelot, le cuistot, la vigie et le mousse sont de mauvais marins mais, beaux parleurs, ils dissertent sans fin sur la phrase historique : « Celui qui pille avec un petit vaisseau s'appelle un pirate, celui qui pille avec un grand navire s'appelle un conquérant ! ». Pendant ce temps, les rhodiens s'activent.
Au temps des Romains, le jeune et orgueilleux Jules César, est enlevé par un équipage pirate. Le matelot, le mousse, le cuistot et la vigie sont alors sous les ordres du terrible Alcamon qui exige une énorme rançon pour libérer César. Persuadé de sa propre importance, César quintuple le montant de la rançon mais promet une terrible vengeance.
La princesse viking Alwilda écume la mer Baltique à la tête d'un équipage féminin, poursuivie par Alf, prince du Danemark. Lorsqu'elle est élue capitaine d'un second bateau pirate dont l'équipage est composé du matelot, du cuistot, de la vigie et du mousse, elle est vaincue par Alf qu'elle consent alors à épouser.
Au temps des Croisades, Margarito de Brindisi et son équipage, le cuistot, la vigie et le mousse, s'échouent sur des hauts fonds. Leur bateau est sérieusement endommagé. Heureusement pour eux, un bateau marchand fait la même fausse manœuvre. Les pirates saisissent leur chance et attaquent le navire mal défendu par un matelot courageux mais impuissant et un marchand peureux.
Au Moyen-Age, Eustache le Moine, qui travaillait pour le compte du roi d'Angleterre, passe au service du roi de France, mais il cherche avant tout à s'enrichir. Avec le matelot, le cuistot et le mousse, il arraisonne les navires marchands près de son repaire des îles anglo-normandes, enrôlant de force au passage la vigie dans son équipage. Lors d'une bataille navale franco-anglaise, le pirate est fait prisonnier et finit la tête tranchée.
Pendant la guerre de Cent ans, Jeanne la bretonne se met au service du roi d'Angleterre pour venger l'assassinat de son mari par les Français. En compagnie de ses jeunes enfants, du matelot, du cuistot et de la vigie, elle poursuit de sa haine les bateaux français sur toute la mer de Manche avant d'abandonner bateau et équipage au plus fort d'une bataille qui tourne mal.
Poursuivi par la ligue hanséatique, Stortebeker est un pirate germanique légendaire : il partage son butin avec les pauvres, mais gros buveur de bière, il exige de son équipage, le cuistot, la vigie et le mousse de partager sa passion pour la boisson. Lorsqu'il est arrêté, il demande à être exécuté en premier afin que ses compagnons soient épargnés.
Pendant les guerres qui opposent chrétiens et musulmans en Méditerranée, les pirates tirent profit du désordre. Lors d'une attaque audacieuse contre les galères du Pape, Baba Arudj assisté du matelot et de la vigie, intègre le jeune mousse dans son équipage et récupère le surnom de Barberousse. Auréolé de gloire, il s'approprie Alger qui deviendra le repaire des barbaresques.
Prisonnier des barbaresques, le noble espagnol Miguel de Cervantès conçoit des plans d'évasion pour lui, le matelot, le cuistot, le mousse et la vigie. Mais lorsqu'une mystérieuse et belle inconnue lui offre une chance de racheter sa seule liberté, il préfère rester auprès de ses compagnons. Quand il finit par rentrer en Espagne, il écrit le fameux Don Quichotte.
C'est le temps des grandes découvertes initiées par les navigateurs portugais. L'aventurier Fernao Mendès Pinto et ses compagnons, le matelot, le cuistot, le mousse et la vigie, s'avancent jusqu'en mer jaune afin de piller les tombeaux des anciens rois de Chine. Après avoir accompli leur forfait, ils essuient une terrible tempête.
Fin du 16ème siècle, les anglais se lancent à leur tour à la conquête de nouvelles terres. Parmi les chiens de mer de la reine Elisabeth, Francis Drake, accompagné du matelot, du cuistot, du mousse et de la vigie, pille les richesses des ennemis espagnols, franchit le détroit de Magellan et boucle le premier tour du monde anglais.
La Renaissance en Europe voit se développer de nouvelles idées. Les gueux des mers, parmi lesquels William de la Mark, le mousse et la vigie luttent pour la liberté d'exercer leur religion. Mais une partie de l'équipage, comme le matelot et le cuistot, est recrutée parmi les pirates les moins recommandables. Chassés des ports d'Angleterre, les gueux prennent sans beaucoup d'efforts, la ville de Brielle, première étape vers l'indépendance des Pays-Bas.
Au 16ème siècle, les Anglais cherchent à asseoir leur autorité sur les clans irlandais. La belle Grace O'Malley navigue depuis son plus jeune âge. Elle aurait même accouché de son fils cadet en mer et serait aussitôt repartie au combat, ne pouvant guère compter sur l'efficacité de son équipage composé du matelot, du cuistot, de la vigie et du mousse !
Après avoir appris le métier de barbier-chirurgien sur l'île de la Tortue, le jeune Alexandre-Olivier Exquemelin s'embarque sur un bateau pirate. Avec le matelot qui fait office de capitaine, le cuistot, le mousse et la vigie, il découvre les mystères du fonctionnement d'un équipage de boucaniers et aussi la difficulté de soigner ses patients en plein combat !
Au 17ème siècle, les anglais prennent la Jamaïque aux espagnols. Port Royal devient alors le célèbre repaire de pirates et parmi eux, le cruel Henry Morgan. Bien que l'Espagne et l'Angleterre ne soient pas en guerre, Il attaque avec ses compagnons, le matelot, le cuistot, le mousse et la vigie, les villes espagnoles de Puerto Principe, de Macaraïbo, de Panama...
Au 17ème siècle, on connaît mieux la terre mais on cherche encore un immense continent austral. Le Cygnet, bateau pirate anglais aborde en Australie en 1688 avec à son bord William Dampier. Ce jeune amateur d'observations scientifiques cherche avec le matelot, le cuistot, le mousse et la vigie, à fausser compagnie aux pirates pour rentrer en Angleterre.
Suite à une violente altercation avec son capitaine, le quartier-maître anglais Selkrik est, à sa demande, débarqué sur une île déserte du Pacifique. Au dernier moment, il se ravise et supplie ses compagnons, le matelot, et le mousse, de le ramener au bateau. Mais ces derniers ne peuvent désobéir aux ordres. Selkirk passe 4 ans, 4 mois, 4 jours seul sur son île. Lorsqu'il est retrouvé, il raconte ses aventures qui inspirent l'histoire de Robinson Crusoé.
L'irlandaise Mary Read déguisée en garçon s'embarque comme matelot vers les nouvelles colonies des Caraïbes puis s'engage dans l'équipage du pirate Calico Jack. Elle y fait la connaissance de l'anglaise Ann Bonny, également travestie. Intrépides aventurières, elles écument les Antilles jusqu' au dernier combat où, malgré le courage des deux femmes, l'équipage ivre, rend les armes.
C'est la fin de l'âge d'or pour les pirates des Caraïbes. Le redoutable Barbe-Noire profite du pardon royal pour se ranger, mais ne sent guère à son aise dans la bonne société. L'appel de ses compagnons, le matelot, le cuistot, le mousse et la vigie, mais surtout l'appel du large sont les plus forts. Barbe Noire reprend la mer jusqu'à son dernier combat et entre dans la légende.
Prisonnier des pirates, l'anglais Bartholomew Roberts s'en fait élire capitaine. Alors qu'il écume l'Atlantique avec le matelot, le cuistot, la vigie et le mousse, ce pirate gentleman et sobre, tente d'instaurer un peu d'ordre dans son équipage en imposant le fameux code des pirates. En 1722, la marine royale anglaise met fin brutalement à sa carrière fulgurante.
Le pirate français Olivier Levasseur dit La Buse, après avoir écumé pendant de longues années l'Océan Indien, est arrêté en 1730 à l'ïle de la Réunion. Au moment d'être pendu, il lance un cryptogramme dans la foule indiquant vraisemblablement l'emplacement de son fabuleux trésor. Le mousse s'empare du parchemin.
Au dix-huitième siècle, la Chine est un immense empire qui s'ouvre à peine au commerce avec les étrangers. Là où l'on commerce, il y a des pirates dont la terrible Ching Shih, à la tête de 2000 bateaux et 70000 hommes, parmi lesquels le matelot, le cuistot, la vigie et le mousse. Elle est si puissante qu'elle l'emporte sur la flotte impériale avant de négocier sa reddition dans d'excellentes conditions.
Le dix-huitième siècle est celui des grands voyages d'exploration scientifique. Partout, on rêve de partir à l'aventure, y compris à Porto-Rico où le petit Roberto Cofresi manœuvre son minuscule bateau comme un navigateur au long cours. Devenu grand, le jeune Roberto s'empare des richesses des navires de passage pour les partager avec son peuple, ce qui a le don d'exaspérer les colons espagnols et la marine marchande américaine.
Avec les guerres d'indépendance en Amérique, un nouvel âge d'or s'ouvre pour les pirates. Jean Lafitte met à profit sa connaissance des bayous pour trafiquer au nez et à la barbe des autorités. Mais quand la toute jeune république des Etats-Unis d'Amérique est menacée par l'ancienne colonie britannique, il met ses pirates au service de sa patrie d'adoption.
Au début du dix-neuvième siècle, les guerres napoléoniennes font rage en Europe et sur toutes les mers du globe. L'espagnol Benito de Soto grandit dans cette période troublée et mène une courte mais sanglante carrière de pirate. Malmené par une tempête, il tente de se débarrasser de son bateau à Cadix, mais démasqué, se voit obligé de fuir à Gibraltar.