Au sein de la DGSE, le BDL, Bureau des légendes, dirige à distance les clandestins, qui sont les agents les plus importants des services du renseignement français. En immersion dans des pays hostiles à la France, ils ont pour mission de trouver les personnes qui pourraient être recrutées. Cyclone, le clandestin envoyé en Algérie, s'est fait arrêter pour conduite en état d'ivresse et a disparu. Tous les membres du BDL sont mobilisés. Après avoir passé six ans à Damas, Malotru retrouve la vie parisienne. Il a beaucoup de mal à oublier Nadia, sa maîtresse syrienne. Marina, qui doit prochainement partir en Iran, rencontre Malotru au cours d'un déjeuner...
Cyclone est toujours porté disparu. Gherbi, une source du réseau algérien mise en sommeil et qui souhaite être exfiltré à Paris, a besoin d'aide. Malotru continue de fréquenter Nadia, mais sa culpabilité envers le service le rend paranoïaque. Serait-elle à Paris sous légende ? La vie de Marina est «nettoyée» de toute relation passée risquant de compromettre sa mission. Prise en charge par Marie-Jeanne, elle réussit la première étape de création de sa légende...
Malotru piège Gherbi pour mettre à l'épreuve la thèse de l'agent double. Nadia participe à une mystérieuse réunion entre Syriens. Nadim, garant du secret de ces réunions, voit d'un mauvais oeil les sorties nocturnes de Nadia. Malotru confronte Nadia à son mensonge : quelle est la vraie raison de sa présence à Paris ? Marina intègre l'IPGP (Institut de physique du globe de Paris). Reza la met à l'épreuve en lui demandant un topo sur les nouvelles méthodes spectrales sur lesquelles elle n’est pas au point...
En marge d'une rencontre franco-algérienne, Malotru sonde un des officiers algériens pour savoir s'ils détiennent Cyclone. Malotru découvre que Nadia participe à des négociations secrètes. Si Nadim réalise qu'elle fréquente un agent français, Nadia risque d'être éliminée. Pour la protéger, Malotru réhabilite sa légende...
Sisteron se rend à Alger sur les traces de Cyclone. Dans le même temps, un certain Pigalle se manifeste à travers le canal parallèle ouvert par Malotru. Il désire parler de Cyclone. Malotru ne verra plus Nadia, mais il doit rester Paul Lefebvre pour la protéger. Nadim met au point un test pour vérifier les réflexes d’agent de Paul Lefebvre. Marina est arrêtée et interrogée par la DGSI qui la soupçonne de travailler pour les services secrets iraniens. Tiendra-t-elle sa légende ?
Malotru communique avec Pigalle qui veut monnayer les informations qu’il possède sur Cyclone. L’officier algérien est extrêmement prudent. Qui est t-il ? Agit-il seul ou avec l’aval des services secrets algériens ? Il faut l’identifier. Nadim retrouve Prune et lui pose des questions sur Paul Lefebvre. Malotru aide Prune à se défaire de lui, mais réalise qu’il est lui-même suivi par des agents russes. Jérôme est choisi par Reza pour l’accompagner en Iran. Marina doit trouver un moyen pour l’empêcher de partir.
On élabore un stratagème pour amener Kerbouche à la DGSE. Il raconte la vérité sur Cyclone. Le temps presse. Cyclone est en danger de mort. Le Quai d’Orsay apprend la réalité des négociations secrètes. La DGSE monte une opération de recrutement de Nadia. Mais Marie-Jeanne est convaincue que Malotru n’a pas tout dit lors de sa confession. Nadia acceptera-t-elle d’être recrutée ? Marie-Jeanne donne une leçon douloureuse à Marina pour lui démontrer qu’elle n’a pas le loisir de s’attacher à des sources potentielles.
La DGSE recrute la secrétaire de Lefkir. Elle a pour mission de placer un mouchard pour localiser son patron. Nadia refuse de se laisser recruter. Elle ne veut pas trahir son pays. Dévastée par les révélations de Malotru, elle s’effondre pendant une réunion. Nadim lui offre habilement une oreille pour se confesser… Marina rencontre Azar, la femme de Reza, lors d’un cocktail à l’IPGP. Marina est sous le charme, mais Azar pose beaucoup de questions.
La DGSE se voit proposer un deal par le DG algérien. L’idée séduit l’Élysée. La DGSE accepte le deal pour faire bonne figure, mais refuse en réalité de se laisser manipuler par un service de renseignement étranger. Mag missionne Malotru pour trouver un plan B. Malotru reçoit un message de Nadim : Nadia est enfermée dans un cachot et elle va subir les pires traitements. Nadim propose un marché à Malotru : s’il veut la sauver, il doit coopérer. Marina passe le dernier test de sa légende : un interrogatoire sous l’emprise de l’alcool. Si elle réussit, elle obtiendra le feu vert pour sa mission en Iran.
À la DGSE, Sisteron attend avec angoisse l’opération de libération de Cyclone qui aura lieu dans quelques jours. Le Service Action prend le relais sur l’opération, ce qui permet à Malotru de prendre quelques jours de congé et d’entrer discrètement en contact avec la CIA. Marie-Jeanne est inquiète : elle n’a pas de nouvelles de Marina. Elle apprend que lors d’une escale en Géorgie la clandestine a été débarquée de l’avion !
En Iran, Marina a pour mission de découvrir si les ingénieurs du nucléaire envisagent de construire une centrale destinée à l'usage militaire. L'agent de renseignement français doit pour cela se rapprocher d'Asan, un jeune ingénieur spécialiste du nucléaire. Guillaume a passé un pacte secret avec la CIA pour faire libérer Nadia retenue prisonnière au Liban. En échange, il a accepté de livrer des information confidentielle sur les agents français qui espionnent leurs homologues américains.
Lors d'une fête organisée par Shapur Zamani, le fils d'un homme très influent en Iran, Asan est agressé après avoir regardé de manière déplacée sa fiancé. Marina doit témoigner pour sauver l'honneur de son collègue. Pendant ce temps, Guillaume est parvenu à prendre la place de Marie-Jeanne pour superviser la mission de Marina. Nadia est transférée dans une résidence surveillée en Syrie. A Paris, Cyclone reprend du service pour démasquer l'homme qui vient d'assassiner un ressortissant français.
Le Bureau des légendes prépare une souricière pour y attirer un djihadiste ayant pour nom de code «Chevalier». Les agents tentent de recruter sa sœur Sabrina, une jeune infirmière très proche de lui. Installée à Téhéran, Marina enquête sur les activités de Shapur Zamani. Le jeune homme fait l'objet d'une surveillance rapprochée de la part des pasdarans, les gardiens de la révolution en Iran.
Arrêtée par les pasdarans, Marina subit un interrogatoire dans un commissariat de Téhéran. La jeune femme doit résister à la pression en s'accrochant à sa légende. Henri Duflot étend sa surveillance à l'ensemble des membres de son équipe. De son côté, Sabrina demande à son frère de la rejoindre à la frontière syrienne. Une opération risquée menée par Raymond Sisteron, qui se fait passer pour un avocat.
Sisteron accompagne Sabrina à Antakya, près de la frontière turco-syrienne. Sur place, ils doivent attendre que "Chevalier" prenne contact avec eux. De son côté, Marina est parvenue a convaincu Shapur Zamani de la rejoindre à Paris. Elle se rend compte peu à peu que Guillaume joue un double jeu au sein de la DGSE. Ses soupçons sont confirmés par Duflot qui a décidé de l'écarter du service en attendant d'en savoir plus.
Tous les agents de la DGSE sont mobilisés pour le sauvetage de Sisteron détenu par "Chevalier". Ecarté du Bureau des Légendes, Guillaume se voit néanmoins confier une nouvelle mission. Il doit mettre en place une cellule d'agents destinée à rechercher "Chevalier". De son côté, Nadia a été libérée par les Syriens et recommence doucement sa vie à Paris. Les agents du renseignements français tentent de la débriefer.
Par l'intermédiaire de Céline, Nadia s'entretient avec Guillaume, lui demande des comptes et surtout qu'il la protège de Nadim El Bachir, officier supérieur des renseignements syriens particulièrement violent. A Téhéran, Shapur invite Marina à l'accompagner à Doha où doit se tenir un important congrès sur l'eau. La DGSE compte profiter de l'occasion pour recruter le jeune Iranien. De son côté, Malotru utilise des méthodes peu orthodoxes pour mener à bien sa mission concernant Chevalier...
Duflot se rend à Chypre où Marina est contrainte de passer quelques jours de vacances. Il tente d'en savoir plus sur les relations que Shapur aurait pu entretenir avec les Américains, à Téhéran ou à Paris. Debailly avance peu à peu ses pions pour parvenir jusqu'à Chevalier. Céline le seconde dans cette délicate mission. Ils jettent leur dévolu sur un journaliste allemand, Andreas Schnabel, spécialisé dans les reportages chocs et qui a ses entrées chez Daech...
A Téhéran, la bévue de Shapur met en danger Marina, qui se fait à nouveau arrêter par les pasdarans. Duflot prévient Marie-Jeanne que l'orage approche et qu'ils doivent garder leur calme. A Paris, la DGSE convoque la CIA pour connaître le nom de la taupe. De plus en plus inquiet, Schnabel est bloqué à Rakka. Debailly, qui craint un échec de la mission de neutralisation de Chevalier, pourrait bien devoir à nouveau entrer dans la peau de sa légende, Paul Lefebvre...
A Ceylanpinar, à la frontière turco-syrienne, Malotru prend contact avec Fatik, le soldat d'al-Qaida qui devait se charger de Chevalier. Les tractations pour la libération de Marina vont bon train, mais le temps presse ; les gardiens de la révolution s'apprêtent à la transférer de sa prison de Téhéran vers celle de Bandar Abbas. Schnabel va rejoindre Malotru à Ceylanpinar. Ce dernier est bien décidé à aller au bout de la mission...
Malotru est otage aux mains de Daech, et la DGSE tente de le sortir de cet enfer avec l'aide de Nadia et de ses contacts syriens. La CIA n'est pas enthousiaste à l'idée de voir revenir l'otage et du scandale potentiel de sa trahison. Marina, traumatisée par sa détention en Iran, est rongée par la paranoïa
Alors que les négociations commencent entre la DGSE et Daech, via Nadia, Malotru voit une lueur d'espoir : un de ses geôliers est une taupe des services secrets russes et peut l'aider. Duflot tente d'aider Marina à surmonter son traumatisme
L'agent du FSB susceptible d'aider Malotru est blessé au combat. En conséquence, Malotru perd espoir. Marina est abordée par Philippe, un homme qui prétend appartenir à la DGSE. L'homme veut en réalité recruter la jeune femme pour le compte du Mossad
Un officier supérieur de Daech, Cochise, profite de la vidéo de Malotru pour faire comprendre à la DGSE qu'il veut faire défection. L'agent russe revient et compte obéir aux instructions du FSB : laisser Malotru croupir dans sa cellule. Philippe «forme» Marina, qu'il prend pour une novice, et lui demande d'aller donner une conférence à Bakou
Malotru et le Russe luttent pour leur survie en terrain hostile alors qu'ils sont activement traqués par les djihadistes. Duflot se prépare à partir sur le terrain, en Syrie, pour rencontrer Cochise. C'est pour lui la seule chance de sortir Malotru de l'enfer de Daech. Quant à Marie-Jeanne, elle remplace Duflot à la tête du Bureau des légendes
Malotru ne peut compter que sur lui-même et doit lutter seul pour espérer échapper à ses poursuivants. Duflot, qui vient de quitter ses fonctions à la tête du Bureau, part rencontrer Cochise sur les rives de l'Euphrate. À Bakou, Marina se voit proposer un poste à l'Institut de sismologie
À Bakou, Marina est rattrapée par la paranoïa, ce qui complique sa mission. Lors d'une entrevue sous haute tension, Duflot rencontre Cochise et négocie sa défection, à la condition préalable que Malotru soit libéré.
La DGSE vit des heures sombres, et Marie-Jeanne est en première ligne pour garder le cap. Le directeur général décide de mener à bien une opération permettant de libérer Malotru tout en exfiltrant Cochise. À Bakou, Marina réalise la mission qui lui a été confiée par le Mossad et implante un virus informatique.
Le Bureau des légendes met toutes ses ressources en oeuvre pour retrouver Malotru. Nadia et Prune sont mises à contribution sur cette mission, mais Malotru, en professionnel, est extrêmement prudent. A Bakou, le vent tourne pour Marina : Philippe se rend compte qu'elle n'est peut-être pas aussi novice qu'elle le prétend...
Marina est séquestrée par Philippe, et le Mossad est prêt à se débarrasser d'elle. Il faut la sortir de là. Dans le même temps, la DGSE, avec Marie-Jeanne plus déterminée que jamais, s'apprête à arrêter Malotru lors d'un rendez-vous secret de ce dernier avec Nadia...
Malotru est traqué par la DGSE et par la CIA. Repéré à Moscou, il veut négocier son retour en France. JJA, le directeur du service de sécurité interne à la DGSE, lance un audit sur le Bureau des Légendes et sa nouvelle directrice, Marie-Jeanne, avec la ferme intention de couper des têtes. Jonas interroge un djihadiste français, premier nom sur une liste de potentiels terroristes menaçant la France.
Abandonné par la DGSE, Malotru sort de sa clandestinité et se fait repérer par les services secrets russes. Liz manipule Sisteron et sème le trouble entre lui et Marie-Jeanne. Marina, clandestin dans un centre de recherche russe, fait ses premiers pas dans le milieu informatique underground. Jonas soupçonne que sa mission dissimule une opération "homo" visant à abattre les djihadistes qu'il traque.
Arrêté pour espionnage par les services russes, Malotru est jeté en pâture aux détenus d'une prison. En France, la DGSE tente de comprendre ses intentions avant d'intervenir. Le téléphone de Marina a été hacké et utilisé pour une attaque informatique contre le Centre Boulgakov. En Irak, Jonas soupçonne un djihadiste de faire semblant d'être un repenti pour rentrer en France.
Alors qu'il est sous la pression du FSB qui exige sa collaboration, Malotru étudie comment approcher un officier cyber. Marie-Jeanne cherche conseil auprès de Mag qui confirme: Il a démissionné sous la pression de JJA et bientôt ce sera son tour à elle. Suite à son agression, Marina porte plainte et se rapproche de Micha. A Paris, Jonas recrute une analyste pour infiltrer un réseau de financement islamiste.
Face à Karlov qui perd patience, Malotru propose de recruter Ellenstein. A la DGSE, Marie-Jeanne assiste à une attaque informatique pour tenter de découvrir qui est derrière le hacking dont Marina a été victime. A Mossoul, Jonas et Jean-Paul cherchent un moyen de traverser la ville en ruine pour atteindre Le Collecteur.
Sous le contrôle d'un Karlov suspicieux, Malotru amorce le recrutement d'Ellenstein. A la DGSE, Sisteron estime que César n'est pas prêt à partir en mission. Il ne saura pas tenir sa légende… A Rakka encore occupé par Daech, Jonas et Jean-Paul se joignent à un bataillon de femmes yézidies pour traquer Iode 3.
A Moscou, Malotru accueille César qui a pris l'identité d'Ellenstein. Leur rencontre filmée est analysée par Karlov et une psychologue qui tentent de déceler le vrai du faux. JJA découvre une faille dans la légende de César et alerte le Bureau des Légendes. A Damas, les autorités syriennes refusent d'ouvrir la morgue à Jonas et Jean-Paul alors que le corps d'Iode 3 y est sûrement.
Karlov propose à Malotru de travailler pour le FSB, à Moscou. Sisteron et tout le Bureau des Légendes doivent répondre à un questionnaire à charge contre Marie-Jeanne. JJA souhaite l'utiliser pour faire son procès lors d'une réunion des directeurs. Marina vit mal que la DGSE utilise Micha. Elle a peur d'être une fois encore celle par qui le malheur arrive.
Sisteron prévient Marina qu'elle a été dénoncée mais que son arrestation servirait une mission primordiale. Il la laisse à la frontière face à un choix cornélien. Malotru dit adieu à Samara et rentre en France où il est mis au secret. Jonas a perdu la trace d'Iode 3 et fait appel à l'intelligence artificielle pour tenter de le retrouver.
En Ukraine, Malotru se rend sur le lieu de l'échange pour récupérer Marina. Sur le chemin du retour, leur escorte dévie de l'itinéraire convenu avec la DGSE. Il alerte Sisteron. A Paris, comprenant que la vie de Malotru est en jeu, Marie-Jeanne affronte JJA et Ponte. Jonas interroge Iode 3 pour empêcher un attentat imminent en France.
JJA, le directeur de la sécurité interne, a repris la direction du Bureau des Légendes pour y mettre de l’ordre tandis que Marie-Jeanne s'est s’éloignée de Mortier et teste sa résistance au stress sur le terrain en Egypte. La DGSE est secouée par les révélations concernant l'exécution de Paul Lefebvre...
Sylvain a été arrêté par les Russes du FSB à l'aéroport de Moscou. Il reste depuis introuvable. JJA et Sisteron mettent au point un plan pour essayer de le localiser. Pendant ce temps, en Égypte, Marie-Jeanne doit se rendre dans le sud du Sinaï afin de rencontrer l'un des chefs de différentes tribus qui accepte de collaborer dans la lutte contre les terroristes. Elle est accompagnée par un agent égyptien peu commode.
Sisteron est envoyé dans le plus grand secret au Caire, en Égypte, afin de soutenir Marie-Jeanne dans sa mission. Pendant ce temps, Jules annonce à JJA qu'il a retrouvé la trace de Sylvain grâce à son téléphone portable. Le traçage numérique indique qu'il se trouve à Phnom Penh, au Cambodge. Le FSB propose au jeune homme de travailler sur un projet dangereux au sein de la cellule cambodgienne.
Liz Bernstein et la Mule poursuivent discrètement leurs investigations afin d'identifier la taupe au sein du service. Après quelques semaines de repos en Sologne, Marina retrouve son poste à Paris. Sisteron la charge de former Andrea sur les programmes informatiques utilisés par les hackers israéliens. Pendant ce temps, à Phnom Penh, Sylvain a décidé de collaborer au sein du groupe dirigé par Véra. À Paris, ses supérieurs s'interrogent sur sa capacité à gérer le danger inhérent à cette mission.
Une rencontre entre les différents chefs des tribus du Sinaï doit se tenir à l'hôtel Nile Sorman où est infiltrée Marie-Jeanne. Fouad, l'agent égyptien chargé de la sécurité de l'événement, est reçu à la DGSE à Paris afin d'obtenir le soutien des Français. L'agent Brice Albrecht cherche à avoir des informations sur l'activité de l'État Islamique dans cette région. De son côté, Marina rejoint Andrea en Jordanie afin de l'aider dans sa mission.
En haut lieu à la DGSE, le travail de JJA est examiné avec attention. Liz Bernstein s'intéresse notamment à la façon dont il gère Pacemaker qui se trouve en mission au Cambodge. Au Caire, Marie-Jeanne découvre que sa chambre d'hôtel a été truffée de micros. Elle est convaincue que Fouad et son équipe l'écoutent à son insu. De son côté, Pacemaker est surveillé de près par le chef de la sécurité de la cellule du FSB.
JJA reçoit l'autorisation en haut lieu de recruter Mikhaïl, l'un des responsables du renseignement au FSB. Il entre en contact avec Pavel, à Moscou, pour mettre au point une stratégie. De son côté, Sylvain est envoyé à Séoul par les Russes afin d'enrôler Yellow Joon, un hacker de génie. À Paris, Sisteron avoue avoir perdu confiance en JJA. Il réclame une entrevue avec le patron de la DGSE pour s'en expliquer.
Mikhaïl Karlov reçoit par colis la clé USB dont Sylvain se sert pour travailler au quotidien. À la fois surpris et inquiet, il tente de joindre le jeune hacker qui travaille avec Véra à Phnom Penh. Il apprend que le jeune homme est en mission à Séoul et prend aussitôt un vol pour l'y rejoindre. Pendant ce temps, Alexis Bakatine, le responsable de la sécurité au FSB, poursuit son enquête sur l'espion « Septembre Noir » afin de savoir si Pavel est un agent double.
Marie-Jeanne quitte l'Égypte et retrouve un poste à Paris, au Bureau des légendes. Sisteron est chargé de lui faire un briefing sur les dossiers en cours. De son côté, Mikhaïl doit expliquer à sa femme et à son fils la situation difficile dans laquelle il se trouve au sein du FSB. Jonas découvre avec stupeur que la jeune femme avec qui il entretient une liaison depuis plusieurs semaines travaille... pour les Russes.
Marie-Jeanne présente sa candidature pour succéder à Michel Ponte au poste de directeur du service. Elle cherche à savoir qui la soutiendra parmi ses collègues. Pendant ce temps, Jonas reçoit l'aide de Marina afin de pouvoir confondre l'agent étranger qui travaille pour les Russes. La disparition de Mikhaïl soulève de nombreuses questions au sein de la DGSE. Certains pensent qu'il a préparé une action pour se venger.
