ブリタニア人の学校、アッシュフォード学園に通うルルーシュは、シンジュクゲットーでテロリストとブリタニア軍の戦いに巻き込まれ、ブリタニア軍に所属する旧友の枢木スザクと再会する。だが二人の前にある少女が現れ悲劇は起きた。ブリタニア軍から少女とルルーシュを庇おうとしたスザクが、銃で撃たれてしまい…。
シンジュクゲットーに現れたテロリストの中に、アッシュフォード学園の生徒であるカレンの姿があった。カレンたちをブリタニア軍の包囲網から逃そうとするルルーシュは、謎の少女から授かった能力を使ってブリタニア軍のナイトメアを奪い、カレンたちに指示を与えていく。そこに見慣れぬ嚮導兵器ランスロットが現れ…。
第三皇子クロヴィスのもとからアッシュフォード学園に戻ったルルーシュ。そこでルルーシュと対面したカレンは、先の戦闘で自分たちを指揮した声の主が彼ではないかと疑っていた。そんな彼女に対してルルーシュは、ギアスの力で欺くことに成功する。その頃、クロヴィス皇子殺害の犯人として、スザクが捕らえられていた。
シンジュクゲットーで窮地から救ってくれた謎の男と再会を果たすカレン。ゼロと名乗るその男の正体は、ルルーシュだった。ゼロはカレンたち数名の力を借りて、クロヴィス皇子殺害容疑で軍事法廷に向かうスザクを救おうとする。ブリタニア人たちの見守る中、ゼロはクロヴィス皇子殺害の犯人であると自ら名乗り出て…。
学園内の自室で、ギアスの能力を与えた少女・C.C.と再会したルルーシュ。当惑するルルーシュを気にも留めず、C.C.は彼の自室に居座ってしまう。一方、釈放されたスザクはユフィという女性に出会う。ユフィをシンジュクゲットーに案内したスザクは、そこでブリタニア軍純血派同士の戦闘に巻き込まれてしまう。
アッシュフォード学園にスザクが転入してきた。再会を果たすことができたルルーシュとスザク。だが、クロヴィス皇子殺害の容疑者であったスザクを、ブリタニア人のクラスメイトたちは歓迎しなかった。そのような中、ルルーシュが自室に隠していたゼロの仮面を奪われてしまう。ルルーシュは仮面を奪った犯人を追うが…。
サイタマゲットーに潜伏するテロリストの掃討作戦に出るコーネリア。シンジュク事変に酷似する作戦を展開し、ゼロをおびき寄せることが真の狙いだった。コーネリアの罠だと知りつつも、ゼロとしてサイタマゲットーに向かうルルーシュ。ギアスの力でサザーランドを奪取したルルーシュは、ブリタニア軍を後退させるが…。
河口湖畔のホテルで、日本解放戦線のメンバーが人質を取り立てこもる事件が発生。人質の中にはアッシュフォード学園の生徒会メンバーと、ブリタニア帝国第三皇女ユーフェミアの姿があった。ユーフェミアを救うとコーネリアに宣言したルルーシュは、カレンたち「黒の騎士団」を率いて人質救助に向かうが…。
弱者の味方として活動を展開していく黒の騎士団。イレヴンの間では英雄扱いとなるが、カレンもまた世の中を変えるために、ゼロは必要だと感じていた。そのような状況下、世直しの一環で、イレヴンの間で蔓延しているという薬物「リフレイン」の密売現場に潜入する黒の騎士団。カレンはそこである人物の姿を見る。
日本解放戦線の本拠地がある成田連山に、コーネリア率いるブリタニア軍が奇襲をかける。その情報を手に入れたルルーシュは、黒の騎士団を率いて成田連山に向かう。コーネリアの攻撃に壊滅していく日本解放戦線の部隊。ルルーシュはこの戦争で奇跡を起こすと宣言し、日本初のナイトメア紅蓮弐式を出撃させる。
ナリタ連山でコーネリア部隊を孤立させることに成功した黒の騎士団。ルルーシュはついにコーネリアの懐に飛び込み、投降を命じる。だが、スザクの操るランスロットの猛襲に、戦況は一転、黒の騎士団は撤退を余儀なくされる。ゼロを追うスザクだったが、C.C.の未知なる能力によって行動を封じられてしまう。
思い切ってルルーシュをデートに誘うシャーリー。だが、ルルーシュは黒の騎士団メンバーとともに「キョウト」の代表と対面するため、富士鉱山へ向かっていた。キョウトの代表は、ゼロの素性を問いただす。一方、シャーリーを思わぬ悲劇が襲う。
ナリタでの戦闘によって起こったある事実が、ルルーシュやカレンの心を苦しめる。信念を貫きブリタニアと戦っていく決意をしたルルーシュは、黒の騎士団を率いてコーネリア軍へ向け出撃する。その途中、スザクの操るランスロットと一騎打ちになったルルーシュは、そこで居るはずのないシャーリーの姿を見てしまう。
シャーリーに秘密を知られたのではないかと疑い、彼女の後を追うルルーシュ。C.C.にどう始末をつけるのかと問われるが、答えを持たなかった。その頃、シャーリーはナリタでマオという謎の男と出会う。彼は人の思考を読むギアス能力者だった。シャーリーは彼に操られるまま、ある罪を償うため死を選ぼうとする。
ルルーシュとの契約を破棄して、マオの元へ戻ると言い出したC.C.。ルルーシュの制止を聞かず、彼の元から去っていく。C.C.はマオの目的が自分であることを知っていた。そして、責任を取るために再びマオと会うことを決意したのだ。指示されて向かった遊園地でC.C.は、マオに銃口を向けるが…。
警察に撃たれたはずのマオが生きていた。ルルーシュに復讐を誓ったマオはナナリーを誘拐し、制限時間内に彼女を救い出せるかどうかゲームをしようとルルーシュに持ちかける。危機を察したスザクは、ルルーシュと共に彼女の救出に向かう。何とか彼女を発見した二人だが、そこには巧妙なトラップが仕掛けられていた。
ブリタニア軍に捕らえられた藤堂中佐を救うため、四聖剣が黒の騎士団に協力を求めてきた。ルルーシュは彼らに藤堂の身柄奪還を約束し、チョウフ基地を攻める。その途中、ルルーシュはランスロットの猛撃に遭うが、黒の騎士団の新たな戦力がその攻撃を凌ぐ。遂に追い詰めた宿敵。だがそのパイロットはスザクだった！
ユーフェミアの騎士となったスザク。C.C.はスザクにギアスをかけるようルルーシュに提言する。それを拒み、ユーフェミアに奇襲を仕掛ける黒の騎士団。この危機にランスロットが出動するが、ルルーシュは自らを囮にそれを待ち受けていた！
式根島から離れたところにある孤島・神根島で目覚めたスザクは、カレンと遭遇し、彼女が黒の騎士団のメンバーであることを知る。そんな頃、神根島に漂着したルルーシュは、そこでユフィと出会う。一方、島内の洞窟では、シュナイゼルたちが謎の遺跡の調査を行っていた。この三組が遭遇した時に起きた出来事とは…!?
元枢木政権のメンバーだった澤崎敦がフクオカ基地を占拠し、「日本」として独立を宣言した。だが、それは中華連邦の傀儡に過ぎなかった。それに対し、ゼロは賛同せず、逆に黒の騎士団による真の独立国家をトウキョウに立ち上げると謳う。その頃、騎士を辞退したスザクは、単身ランスロットでフクオカに出撃するが…。
世間が澤崎政権壊滅の話題で持ちきりとなっている頃、アッシュフォード学園では学園祭が開催されていた。政情不安を吹っ飛ばすかのように、生徒会メンバーを始め学生たちは大盛り上がり！ だが、ユーフェミアの闖入により事態は思わぬ大騒動へと発展していく。
ユーフェミアの発案で、行政特区の立ち上げが決定した。驚喜するイレヴンたち。その記念式典にガヴェインで登場するゼロ。ゼロとして、そして兄としてユフィと対峙するルルーシュ。その時、それは起きた！
惨劇の式典会場。大混乱に乗じてトウキョウ租界に大攻勢をしかける黒の騎士団。ユーフェミアを救出すべく会場に突入したスザクはそこで…。エリア11と日本の未来をかけた戦いが始まった。
一斉蜂起したイレヴンたちを率いてブリタニア政庁を目指す黒の騎士団。それを迎え撃つべく出陣するコーネリア。その租界が突如崩落した。地盤を支える構造体自体を破壊するという恐るべき手段でブリタニア軍に大ダメージを与えたゼロは、混乱に乗じて敵本陣に突入する。そこにスザクも参戦。今、最後の血戦の幕が開く！
死闘の末にコーネリアを追い詰めたルルーシュ。だが狂乱のジェレミアが乱入！ 戦場が混乱する中、さらにナナリーの身に…。C.C.の助言を受け神根島へ向かうルルーシュ。果たしてそこが終焉の場所なのか！
皇歴2010年、ユーロピア共和国連合、通称E.U.と長きにわたる戦いを続けていた神聖ブリタニア帝国は突如、極東の国、日本を占領、エリア11とした。これにより世界各地にいる日本人たちもまた、イレヴンとして亡国の運命を歩むこととなった。それから7年――。劣勢の続くE.U.軍は、正規の国民でないイレヴンを集め、生存率の極端に低い危険な作戦に立ち向かわせるための部隊、wZERO部隊を設立した。故郷と呼べる地もなく、日本人という名も奪われた中で、日向アキトは、wZERO部隊のナイトメアフレーム、アレクサンダのパイロットとして幾度目かの戦場に立つ。
イレヴンを集めた特殊部隊、wZERO隊に新たな指令が下った。それは陽動のため敵中降下を命じる過酷な内容だった。wZERO隊のパイロットは、隊長のレイラ以下、先の戦闘での唯一の生き残り日向アキト、イレヴンのゲットーを逃げ出し闇社会で生きてきたリョウ、ユキヤ、アヤノのみ。それぞれがさまざまな思惑を抱えたまま、作戦は発動する。一方、ユーロ・ブリタニアでは恩人を謎の力“ギアス”で自死させたシンが、聖ミカエル騎士団の総帥に任命される。自らの野心のために着々とあゆみを進めるシンと、配下のアシュラ隊に出動命令が下る。凄惨極まる戦場の中、恐るべき真の力を発揮したアキトと、シンがついに相まみえる！
アキトたちワイバァン隊は、とある人物の嫌がらせによりID登録を抹消され、駐屯地に戻れなくなってしまう。路頭に迷ったアキトたちは、偶然旅の生活をする個性豊かな老婆たちと出会い、思わぬ平和なひとときを過ごす。そこで互いの過去を知るアキトとレイラ。リョウ、ユキヤ、アヤノたちとも次第に打ち解けていく。ナイトオブラウンズの一人である枢木スザクを従え、ユーロ・ブリタニアに着任した謎の軍師ジュリアス・キングスレイは、シャルル皇帝の威光の下に対E.U.戦線の全権を掌握する。冷静な目でキングスレイ卿の作戦を見つめるシン・ヒュウガ・シャイングだったが、自らの野望を実現するため大きな一歩を踏み出そうとする。
E.U.を混乱に陥れたテロリスト「方舟の船団」。それがユーロ・ブリタニアの計略だと見破ったアキトたちは、その本拠である大型飛行艇ガリア・グランデへ乗り込み、アシュレイと激しい戦闘を繰り広げる。戦闘を見守るレイラだったが、突如アキトたちからの連絡が途絶する。必死の通信を試みるもアキトたちが不在のヴァイスボルフ城がユーロ・ブリタニアの襲撃を受ける。戦力も無く、兵士もいないレイラたちの前に聖ミカエル騎士団総帥のシンが操る黄金のナイトメアフレーム・ヴェルキンゲトリクスが森を駆け、圧倒的な攻撃力で迫りくる！ wZERO部隊が絶体絶命の時、首都パリでは、スマイラス将軍によるクーデターが決行される…。
｢この世界を滅ぼすことが俺の目的だよ｣暴走するシンのギアス。兄との最後の戦いを決意するアキト。ユキヤの放った爆弾によりユーロ・ブリタニア軍を三分の一に減らすことは出来たが、ヴァイスボルフ城を包囲されたwZERO部隊が圧倒的に不利な状況にあることは変わらない。そこに敵であったアシュレイが新たな仲間として加わる。アキトは最後の戦いを前に、自らの髪を切りレイラに渡す。｢今度の戦いでもし死んで、死体も残らなかったら……これを｣レイラはアキトを見つめる。｢私はもっとアキトと話したいことがあるのです。だから……必ずみんなと一緒にここへ帰ってきてください｣ひとの心が一つに結ばれるとき、運命の秘密が明らかになる。真実が示す未来は果たして希望か絶望か。運命の闘いがついに終局を迎える――。『コードギアス 亡国のアキト』、ついに完結！
「黒の騎士団」を先鋒とした日本人の一斉蜂起事件「ブラックリベリオン」から一年。アッシュフォード学園に通うルルーシュは、ある日、弟のロロと共にバベルタワーにある賭けチェスに赴いた。その時、タワーに近づく飛行船。それこそ卜部とC.C.が率いる黒の騎士団残存部隊の乾坤一擲のある作戦のスタートだった…。
神根島で放たれた銃弾の末は？ 果たして、ルルーシュとスザクに何があったのか？ そして今、ルルーシュ変貌の秘密が明かされる…。戦場と化したバベルタワー内で激戦を繰り広げる黒の騎士団の前に出現した謎のナイトメアフレーム。その脅威の戦闘力に黒の騎士団は、絶体絶命の窮地に追い込まれて…。
バベルタワーの大混乱に乗じて黒の騎士団残存部隊は、脱出に成功した。さらに復活したゼロは、「合衆国日本」の再建を宣言する。それに対し、捕らえていた黒の騎士団主要メンバーの処刑を通告するブリタニア軍。その処刑までに残された時間は後わずかだが、監視の目があるために自由に動けないルルーシュは…。
窮地の中で、ロロにある取引を申し出たルルーシュ。黒の騎士団主要メンバーの処刑の時が刻一刻と迫る！ そんな絶対的に不利な状況の中、宿敵であるギルフォードの前に、ついにゼロが姿を現して…。
ナイトオブゼブンとなったスザクが、再びアッシュフォード学園に現れた。その緊張の最中、学園の生徒会長を務めるミレイが歓迎会をぶち上げる。そこに、現れるブリタニア皇帝直属の騎士「ナイトオブラウンズ」のジノ・ヴァインベルグとアーニャ・アールストレイム。そんな風雲急？を告げる学園で何が起こる…!?
エリア11に赴任する新総督を奪取すべく、太平洋上での奇襲作戦を敢行した黒の騎士団。復活したゼロを侮った空中護衛艦隊は完全に居をつかれ、作戦は騎士団の完全勝利に終わるかに思われた。だがその時、空戦使用のナイトメア部隊が伏兵として現れる。さらに新装備を施されたランスロット・コンクエスターも参戦して…。
闘う意味を見失い、あて度もなく街を行くルルーシュ。このままゼロを棄ててしまうのか？ 迷い彷徨い無人のアッシュフォード学園でルルーシュが観たものは？ 同じ頃、トウキョウ湾に侵入した黒の騎士団にスザクが迫る！ ゼロも騎士団もこのまま壊滅してしまうのか…!?
新総督によって「行政特区日本」の設立が宣言された。イレブンにとってそれはブリタニアに対する怨念の一頁であったはずだが…。再び、血塗られた虐殺皇女の歴史が再現されてしまうのか？ その時、ゼロがスザクに驚愕の取引を申し出る。果たして、百万のキセキとは…？
世界戦略を進める為、中華連邦に渡ったゼロと黒の騎士団。EUがブリタニアにより弱体化しつつある今、残る大国を手中にいれる事こそ打倒ブリタニアを果たす為の大きな足がかりとなる。国の中枢である朱禁城。陰謀と策謀、様々な思惑が渦巻くその宴にゼロが姿を現した！
ブリタニアと大宦官。困窮する中華連邦の臣民達。蒼天はすでに死した如く中華連邦は混迷する。そして戦場もまた…。敵味方が入り乱れ、戦局が寸刻で逆転する大混乱の最中、数々のテストパイロットを再起不能にした脅威のナイトメア「神虎」がついに牙を剥く！ その餌食となるのは!?
ゼロと黒の騎士団は中華連邦の象徴である天子を奪った。だが、彼らは予想を遥かに凌駕する戦闘能力を持つ星刻やブリタニア参戦により、天帝八十八陵への篭城を余儀なくされていた。孤立無援の戦は徐々に、だが確実に黒の騎士団を追い詰めていく。さらに大宦官は天子諸共、クーデターを起こした星刻抹殺も目論んでいて…。
中華連邦から学園に戻ったルルーシュは愕然としていた。留守中のフォローを任せた咲世子の行動が思わぬ波紋を巻き起こしていたのだ…。そんな最中、留年中だったミレイはついに卒業を決意！ その記念イベントとして「キューピットの日」の開催を宣言する。会長権限による強制カップル成立権を賭けた熾烈な戦いが始まった！
V.V.によって復活したジェレミア・ゴットバルト伯爵がトウキョウ租界に現れた。学園に迫る彼の目的はルルーシュの抹殺なのか!? 新たな力を得た最強の刺客を前にどうするロロ！ どうするルルーシュ！
シャーリーが死んだ。ギアスによって運命を翻弄され続けた彼女は、ギアスの為に命を落とした。ルルーシュはその仇を討つ為にギアス嚮団の壊滅を決意。ロロとジェレミアから得た情報からその中華連邦にある本拠地を突き止め突入する。対するは嚮主V.V.！ C.C.と同じく不老不死の力を持つ謎の少年との激闘が始まる！
V.V.との戦いの最中に踏み込んでしまった謎の空間「Cの世界」。ルルーシュはそこで最強であり最後の敵と対峙する！ だが想像を絶する力を得ていた敵の前にルルーシュは絶体絶命の窮地の立たされた！ その時、彼の前に現れたのは…。果たして真のギアスの秘密とは!?
終に実現した超合集国構想。合衆国日本と合衆国中華を中心に批准した国は47カ国。これによりEUは完全に弱体化し世界は超合集国とブリタニアに2分化され、世界は新たな局面を迎える。そしてその最高評議会で議決された第壱號決議とは！
戦場は再びエリア11へ。黒の騎士団とブリタニア軍の最強部隊との戦いが始まろうとしていた。だが、その最中ルルーシュは独り枢木神社へと向かう。スザクと会う為に。今、ナナリーを救えるのは彼しかいない。思い出の地で邂逅した二人。だが…、どうするルルーシュ！ どうするスザク！
キュウシュウで、そしてトウキョウ租界で戦闘が始まった。超合集国の戦力を得た黒の騎士団とナイトオブラウンズをも投入したブリタニア軍。精鋭同士の全面対決は紅蓮聖天八極式の参戦で更に激化していく。そしてその死闘の果ての結末は…。
トウキョウ租界の決戦は多くの犠牲者を出してしまった。その混乱を突くかの如く、そのイカルガにブリタニアの特使が訪れた。自ら敵艦に乗り込んできたその人物こそ!? 最凶の楔が黒の騎士団に向けられた!?
ロロによって窮地を脱したルルーシュ。だが、もう彼が辿るべき道は一つしか無い…。同じ頃、ブリタニア軍、黒の騎士団双方で大きなうねりが起きようとしていた。世界は新たな局面を迎えるのか？ さらに神根島に降臨したブリタニア皇帝がついに動き出す!! そしてその時、ルルーシュは!?
大混乱するエリア11。引き返せない、いや引き返さない。硬く悲壮なまでの決意の元、スザクは戦いに挑む！ 最強の部隊を相手に彼は勝利する事が出来るのか!? そしてルルーシュもまた…。人智超越した世界で明かされる驚天動地の事実と真実は!?
世界は変貌を遂げようとしていた。超合集国とブリタニア帝国。二極化した力の激突は避けられないのか？ それとも…。多くの人間の運命が変転し絡み合い新たな物語を紡ぎ、いよいよクライマックスへと突入する!!
ナナリーは生きていた。しかも最悪の敵としてルルーシュの前に現れた。やはり恐るべきは策士シュナイゼル。苦悩するルルーシュにその時、スザクは！ 今こそ世界の覇権をかけ、天才と天才が富士の上空で激突する!! ゼロレクイエムを成就させる為に。真の最終決戦開始！ コードギアス間もなくクライマックス！
帝都ペンドラゴンを一瞬で消滅させたフレイア弾。その決戦兵器を大量装備した天空要塞ダモクレスが舞い上がる！ そのシュナイゼルの計画が完了すればもはや世界は彼の手に落ちる！ ルルーシュとナナリーが、カレンとスザクが虚空の彼方で相対する時、すべては結末に向け加速する！
ゼロレクイエム。すべてはルルーシュとスザクの約束の為に。さらばルルーシュ、ゼロ最後の日!? さよならスザク、さらば戦いの日々。そして…コードギアス最終回！ 万感の想いを胸に全力で刮目せよ！
