Der Konflikt zwischen Akito und seinem älteren Bruder Shin Hyuga Shaing kann über das Schicksal der Menschheit entscheiden.
Akito, Leila, and the rest of the Wyvern & W-O unit must once again undertake a dangerous mission, a mission they have no choice but to accept. While Leila tries to calm down the riots in Paris caused by Julius Kingsley, Akito's brother, Shin, invades headquarters. Family ties are cast asides as a bloody battle of vengeance and world domination begins...
La guerre entre Britania et la République Unie d’Europia arrive à un point décisif. Tandis que le groupe terroriste de la Flotte de l’Arche sème le chaos en Europia, l’unité «W-Zero», dirigé par Akito Hyûga, contre-attaque et s’en prend au quartier général de la Flotte de l’Arche : un dirigeable géant nommé Gallia Grande. Alors que la bataille fait rage, Leila perd tout contact avec Akito.
Au même moment, le Saint-Empire de Britania profite de l’absence d’Akito et de ses soldats, pour attaquer le château Weiswolf, un des points stratégiques d’Europia.
Leila assiste, impuissante, à l’invasion de Shin et des Chevaliers de Saint-Michel. Va-t-il réussir à prendre possession du Château?
아키토와 레일라를 비롯한 와이번 & W-O 부대는 다시 한번 위험한 임무를 수행하려 한다. 라일라는 파리에서 줄리어스 킹슬리 킹슬레이에 의해 폭동을 진정시키려 노력하고 는 한편 아키토의 형인 신 휴가 샤잉의 부대가 침입한다.
복수와의 피의 싸움에 의한 지배가 시작되면서 혈연의 의미 마저 퇴색 되어간다 ...
ユーロ・ブリタニアとユーロピア共和国連合（E.U.）の戦争は大きな転機を迎えようとしていた－－。E.U.を混乱に陥れたテロリスト「方舟の船団」。それがユーロ・ブリタニアの計略だと見破ったアキトたちは、その本拠である大型飛行艇ガリア・グランデへ乗り込み、因縁の敵・アシ ュレイと激しい戦闘を繰り広げる。戦闘を見守るレイラだったが、突如アキトたちからの連絡が途絶する。必死の通信を試みるも、アキトたちが不在のヴァイスボルフ城がユーロ・ブリタニアの襲撃を受ける。戦力も無く、兵士もいないレイラたちの前に、聖ミカエル騎士団総帥のシンが操る黄金のナイトメアフレーム・ヴェルキンゲトリクスが森を駆け、圧倒的な攻撃力で迫りくる！wZERO部隊が絶体絶命の時、首都パリでは、スマイラス将軍によるクーデターが決行される。E.U.政権を掌握したスマイラスは国民に宣言する。「レイラは死んだ」。シンの絶望、レイラの悲しみ、そしてアキトの怒りを飲み込んで運命の歯車が回る！
E.U.を混乱に陥れたテロリスト「方舟の船団」。それがユーロ・ブリタニアの計略だと見破ったアキトたちは、その本拠である大型飛行艇ガリア・グランデへ乗り込み、アシュレイと激しい戦闘を繰り広げる。戦闘を見守るレイラだったが、突如アキトたちからの連絡が途絶する。必死の通信を試みるもアキトたちが不在のヴァイスボルフ城がユーロ・ブリタニアの襲撃を受ける。戦力も無く、兵士もいないレイラたちの前に聖ミカエル騎士団総帥のシンが操る黄金のナイトメアフレーム・ヴェルキンゲトリクスが森を駆け、圧倒的な攻撃力で迫りくる！ wZERO部隊が絶体絶命の時、首都パリでは、スマイラス将軍によるクーデターが決行される…。
La "Flota del Arca" terrorista que sumió a la UE en el caos. Akito y sus amigos descubren que se trata de un plan de Euro Britannia, abordan el gran hidroavión Galia Grande, que es su base de operaciones, y se involucran en una feroz batalla con Ashley. Leila observa la batalla, pero de repente pierde el contacto con Akito y los demás. A pesar de los intentos desesperados por comunicarse, el castillo de Weisswolf, donde Akito y los demás están ausentes, es atacado por Euro Britannia. El Marco de Pesadilla dorado Verkingetorix, controlado por Shin, el comandante de los Caballeros de San Miguel, se precipita a través del bosque frente a Layla y sus amigos, que no tienen fuerza de combate ni soldados, ¡y se acerca a ellos con un poder de ataque abrumador! Cuando la unidad wZERO se encuentra en una situación desesperada, el general Smailas lleva a cabo un golpe de Estado en la ciudad capital de París...
Sem o Esquadrão wZERO para ajudar, Leila está sob ataque inimigo no Castelo Weiswolf. Shin Hyuuga, agora Grão-Mestre da Ordem de Miguel, lidera o ataque. Mas o pior ainda estava por acontecer, e será uma triste surpresa para Leila.
