昭和59年・夏。山梨県のある町に住む15歳の七瀬珠希は、高校を中退して小学生の弟・亮太の面倒をみていた。父親は5年前に他界、母親の千尋はひと月前に家出してしまっていた。
残された母の写真から、珠希は母の好きだった男性が加賀見病院の院長・英夫ではないか、と疑う。
珠希は診療所で世話になるが、恭介のことは避け続ける。恭介は謙治から、亮太が重い病で、珠希とは血の繋がりがないことを知らされる。2人の母親が男に見捨てられて自殺したというので、衝撃を受ける恭介。
悟に抱きつかれた珠希はもみ合ううちにやかんを倒し、悟の腕に火傷をさせる。悟は珠希を庇うが、悟の母・恵は珠希を憎む。
珠希と恭介が公園で会っているとき、亮太の容態が急変、予断が許されない状態になる。 翌日、英夫が恭介を迎えに診療所へ来る。1人の医師として冷静な面持ちで亮太を診察し、今後の治療を謙治に託す英夫。
珠希が診療所で働く恵の弟・仁に襲われる。恭介が駆けつけ、珠希を助けてくれるが、珠希は屈辱に嗚咽する。仁が口止め料として2万円を珠希に差し出す。珠希は拒絶するが、亮太の治療費が必要だろう、と言われ、心ならずも受け取った。
姿を消した珠希は、温泉街のホテルで、住み込みで働き始める。 東京へ帰った恭介は、院長室で偶然、千尋の遺書を見つける。手紙を読んだ恭介の顔に衝撃が走って…。
恭介と協力して亮太の病気を治すために、珠希は診療所に戻る。
恭介は珠希を好きになったことを英夫に打ち明ける。英夫の望む通りに生きるから、珠希や亮太の力になってほしい、と頭を下げる恭介。英夫は恭介にアメリカ留学を命じる。
英夫が病院の屋上から墜落する。謙治の手術のかいなく、意識不明のまま息を引き取る英夫。
1997年（平成9年）・夏。加賀見病院院長の加賀見英夫が亡くなってから、13年が過ぎた。映子は加賀見病院の院長となった謙治と再婚。恭介、養子にした悟、亮太、それぞれ境遇の違う3人の母親になった。
シカゴにいた恭介が帰国。加賀見病院で同じ心臓外科医として勤務している珠希を見て、驚愕する。
英夫の命日、珠希が加賀見病院の屋上で物思いに沈んでいると、恭介が来る。被害者と加害者の関係は風化することがない、と珠希に怒りをぶつける恭介。珠希を殺したいほど憎む亮太のためを思うなら、珠希はここにいるべきではない、と言い渡す。
夜の繁華街で、珠希は偶然、亮太と再会するが、亮太に珠希のことはわからなかったようだ。
恭介の歓迎会に欠席した珠希だが、恭介ときちんと向き合わなければ、と決心して、医者になった自分の思いを恭介に伝える。亮太がこの先、珠希と会ったときのことを心配する恭介。このまま病院に残って亮太を傷つけるか、それとも病院を辞めて亮太の幸せな生活を邪魔しないか、と珠希に選択を迫った。
珠希が病院で働いているのを知った亮太は、逆上して院長室に駆け込む。13年間加賀見家の息子として生きてきたのに、珠希のことを知らせてくれなかった謙治に憤る亮太。
再会した亮太の好意的な態度に、珠希は戸惑うばかりだった。
亮太に誘き出された珠希は、病院の屋上から突き落とされそうになる。恭介が駆けつけて、事なきを得るが、珠希は亮太の憎しみの深さに打ちのめされる。亮太は珠希にさらにダメージを与えるために、珠希の親友・歩美に珠希の過去を教える。
教授の令嬢との見合いの席に、恭介が珠希と手をつないで現れる。珠希はいたたまれない気持ちだったが、恭介の言いなりになるしかなかった。憤まんやるかたない様子で帰っていく教授と令嬢。謙治も激高して恭介に掴みかかるが、恭介は平然としていた。逃げるように帰ろうとする珠希に、亮太が英夫のために線香をあげるよう言い渡す。震えながら手を合わせる珠希の頭に、いきなり塩と酒がかけられた。
恭介は自分のせいで山梨の診療所へ行かされた珠希を手伝いにいく。そこへ悟も来て、泣いている珠希を見て驚く。今でも珠希のことが好きなのか、と恭介に詰め寄る悟。珠希に借りを作りたくなかっただけだ、と恭介。珠希がキスをして欲しそうだったからしてやった、と平然と語る。
珠希への復讐にのめり込む亮太を、恭介は心配する。憎しみに人生を費やすのは空しいことだ、と恭介は亮太に忠告するが、亮太は耳を貸さない。亮太は病院で珠希をつかまえると、恨まれる覚悟はできているな、と脅した。
亮太は、恭介が珠希を好きになったのではないか、と疑う。もしそんなことになったら、兄弟の縁を切る、と恭介に警告する亮太。
難手術は成功した。「お疲れ様でした」と声をかける珠希に、右手を差し出す恭介。珠希はためらいながらもその手を握り返した。手術の成功はマスコミでも報じられ、謙治はにんまりとする。謙治が自分の野心のために手術を利用したことを知り、恭介は憤る。
亮太を庇った珠希が車にはねられて、加賀見病院へ運ばれる。幸い大事にいたらなかったが、その日1日入院する。亮太が珠希の病室へ現れる。事故のことなど気にしていない態度で、13年前にあった全てのことを話すよう珠希に迫る亮太。姉としての亮太への愛情、亮太の実の母親のことなど、珠希は切々と訴えるが、亮太の憎しみはとけなかった。
13年間謙治の息子として生きてきた亮太が、謙治に利用されたことを知り、怒りにふるえる。誰よりも信頼していた恭介も珠希への恨みを忘れようとしているので、亮太は誰も信じられなくなる。
珠希の過去を石川教授に教えたのは亮太だった。衝撃を受ける謙治に、病院を破滅に追い込み、加賀見家を崩壊させてやる、と冷やかに告げる亮太。
ある夜、珠希は石川教授に呼び出されて、恵の店へ行く。すると、石川が亮太を伴って現れる。石川は言葉巧みに珠希に過去を告白させようとするが…。石川が去り、珠希は亮太と残される。自分の人生を狂わせた珠希を苦しめるために、加賀見家を滅亡させてやる、と語る亮太。13年前、あのまま死んだほうが幸せだった、と吐きすてる。その言葉に、珠希は思わず、亮太の頬を叩いた。どんなことをしても、亮太に生きていて欲しかった、自分にとって亮太は10歳のときに別れた可愛い弟のままだ、と取り乱す珠希。
亮太がいきなり、珠希に求婚する。驚く珠希に、珠希の人生を未来永劫奪うためだ、と亮太は言った。
珠希との結婚を考え直してほしい、と悟が亮太に土下座して頼む。悟の幸せのためにも自分は珠希と結婚するのだ、と亮太は耳を貸さない。
珠希と亮太が結婚。珠希のマンションで、2人の不自然な新婚生活が始まる。恨みの結婚、と言い切る亮太は、珠希の用意した食事も、血の匂いがする、と言って、床に叩きつけた。
姉弟愛の結婚、という恭介の言葉を否定するため、亮太は珠希を強引に自分のものにしようとする。されるがままの珠希に、亮太は…。
手術中、謙治に異変が起こり、手の震えが止まらなくなる。恭介の代理執刀で事なきを得るが、恭介は患者の命を取引の材料にした亮太を許せない。センターへの移籍話も亮太にきっぱりと断った。
恭介は、自分がセンターへ移ることを条件に、引き抜かれたスタッフを加賀見病院へ戻すよう亮太と交渉する。恭介を犠牲にしても平気なのか、と珠希は亮太に忠告するが、亮太の頑なな心は解けない。
映子の反撃で、亮太は石川から解任される。
珠希は恭介と結ばれるが、自分たちの愛は許されないことだ、と自分にも恭介にも言い聞かせる。英夫の死について謙治を追及していた亮太が突然、意識を失う。白血病が再発したのだ。謙治の秘密を公表しないかわりに、自分の病気を誰にも話さないよう謙治に口止めをする亮太。その夜、亮太は珠希との同居を解消する。死を覚悟した亮太の悲壮な思いを、珠希は知る由もない。石川が妻の心臓移植のことで謙治に相談にくる。同情した謙治は、恭介に執刀させることを申し出る。亮太は謙治の勧める入院も治療も頑なに拒否する。覚悟を決めた謙治は、亮太の病気のことを皆に打ち明けた
白血病が再発した亮太を助けるために、珠希らは骨髄移植の道を必死に探す。が、亮太は皆の重荷になるのが辛くて、生きる気力をなくしていた。悟が恭介の忠告を無視して、難しい手術の執刀をする。果たして、途中で予期せぬ事態が起こって、手術は失敗する。医者としても、男としても、恭介にかなわない自分に、悟はやりきれなくなる。そんなとき、珠希にすげなくされた悟は、衝動的に珠希に襲いかかる。亮太と恭介の骨髄の型が一致した、という検査報告が謙治に届く。そのとき、石川から心臓手術の要請が入る。骨髄は一致しなかった、と謙治は言うと、恭介を石川のもとへ行かせた。
珠希は自分の体のことなど省みないで、亮太のドナーを必死に探した。そんな珠希に、亮太は子どもの頃の思い出を語ると、スイカを買ってきてほしい、と幼い子のように甘えた。珠希は喜んでスイカを買いにいくが、病室に戻ると、亮太が自殺を図っていた。亮太の名前を呼びながら、心臓マッサージをする珠希。そこへ、心臓手術を終えた恭介が帰ってくる。恭介も亮太の蘇生を願うが、亮太は人口呼吸器をつけられて、植物状態になる。亮太を追いつめたのは自分かもしれない、と珠希は激しく自分を責める。亮太の回復は難しかった。痛々しい亮太の姿に耐えられなくなった珠希は、すべてを終わりにしようと…。
亮太を安楽死させた珠希が、自ら命を絶つ。が、恭介に発見され、死の淵から助けだされた。亮太の葬儀が行われ、加賀見家は悲しみに包まれる。亮太の部屋で、苦渋の表情の謙治が土下座をしていた。亮太の安楽死のことが、週刊誌に掲載される。事実無根だ、と謙治は否定するが、安楽死させたのは自分だ、と恭介が名乗りでる。驚いた珠希は、亮太を殺したのは自分だ、と真実を公表しようとする。恭介は珠希を引きとめると、珠希と同じ罪を背負って生きていきたい、と抱きしめるのだった。恭介は病院を辞める決心をする。珠希も、自分はもう病院にいる資格はない、と謙治に辞職を願い出る。
恭介は加賀見病院を出て、外国での医療支援活動を決意する。5日後に発つという恭介に、自分も連れていってほしい、と珠希は出発の準備をする。そんなとき、珠希は亮太と恭介の骨髄のことで、謙治が重大な嘘をついたことを知る。出発を3日後に控え、珠希は恭介から航空券を渡される。一足先に病院を去る恭介と、珠希は成田で待ち合わせの約束をした。その夜、珠希は歩美から亮太の遺書を渡される。そこに綴られた驚愕の真実に、呆然となる珠希。真実を確かめるため、珠希は謙治に会いにいくが、図らずも妊娠が発覚して…。出発の日、珠希は恭介の待つ成田へは行かなかった。
新しい命を宿した珠希は悟の子だと言って、悟に結婚を申し込む。恭介への愛でなく、子どもへの愛に生きたい、と訴える珠希に、悟は結婚を決意した。
2008年秋。珠希は加賀見家にとっても、加賀見病院にとっても、なくてはならない存在になっていた。謙治の学長就任も、珠希の力添えによって決定された。
恭介が映子の見舞いにくる。病院の廊下で偶然、再会する珠希と恭介。珠希は11年前の裏切りを恭介に謝罪するが、人の吐く言葉など信用しない、と感情のない顔で恭介は去っていく。
加賀見病院へ戻る決心をした恭介は、亮太の遺書のことで珠希に詰め寄る。珠希は遺書の内容を否定。自分は幸せを手に入れるために悟と結婚したのだ、と恭介をはねつけた。
恭介が加賀見病院に戻ってくる。何が狙いなのか、と問う珠希に、殺人者のいる加賀見家から病院を取り戻す、と答える恭介。加賀見家にとって邪魔な人間は恭介でも容赦しない、と珠希は警告した。
研修医のミスで患者が意識不明になる。患者の家族と交渉した珠希は、加賀見病院を守るために、恩人である佐竹を解雇する。そこまで病院に尽くす珠希に、自分を疑っていないのか、と謙治が亮太の遺書を持ち出す。全ては過去の話で、自分が守るべきものは彩の育つ加賀見家の幸せだ、と珠希は答えた。
謙治のことを知っていた希和子が、院長室に現れる。思いがけない再会に、謙治は戸惑いの色を見せた。
加賀見病院に不正請求の疑いがかかり、病院にとって死活問題になる。病院を潰そうとする恭介が、希和子に手を回して仕掛けたのだ。やはりあなたはアメリカへ戻るべきだ、と珠希は再び、恭介と対決する姿勢を示す。映子も、今すぐ病院から出ていくよう恭介に言い渡した。
不正請求に関する聴聞会の日取りが決まる。謙治はこのまま全ての責任を珠希に押しつけて、事態を切り抜けるつもりだ。悟は珠希を守ろうとするが、珠希は覚悟を決めていた。珠希は加賀見家を出るつもりかもしれない、と悟の心に不安が広がる。
珠希は自分が捨てた娘だ、と希和子が謙治に告白。珠希を苦しめたくないから、絶対に秘密にするよう謙治に口止めをした。加賀見病院の理事になりたい仁が、亮太の遺書を材料にして謙治を脅迫する。願いが聞き届けられないなら、病院の暗部も全て世間に公表すると…。いつ見ても仲のいい映子と彩が、病院へ来る。映子と恭介の気まずい空気を察した彩は、仲良くするよう2人の手をつながせる。そんな3人の様子を目にした珠希は、彼らの絆を断ち切ることは誰にも許されないことだ、と思い知らされるのだった。そんなとき、仁の不正経理を告発する匿名の手紙が、病院に届く。
謙治が刺され、意識不明で加賀見病院へ運ばれる。緊急オペをしようとする珠希に、駆けつけた恭介がサポートを申し出る。が、珠希は、オペは自分1人でする、と恭介が手術室へ入るのを断固として拒否した。珠希が謙治に復讐を遂げるのではないか、と恭介が不安に苛まれるなか、手術は無事終わった。謙治を救った珠希に、自分だったら謙治への復讐心を抑えられなかったかもしれない、と恭介は告げる。謙治を恨むことはもうやめてほしい、と珠希。恭介は珠希が謙治を許したのだと思い、憤然とした。知らない男に刺されたという謙治は、今回の事件を警察には連絡しなかった。
珠希は、加賀見病院の理事になってほしい、と希和子に頼む。彩の将来のために、しっかりとした病院の後ろ盾がほしかった。珠希はまた、自分のために加賀見家を去った恭介を加賀見家に戻してほしい、とも頼むのだった。恭介のいるべき場所は加賀見病院だから、病院の将来のために力になってほしい、と珠希は恭介に頼む。父の死の真相を知り、病院を加賀見家から取り上げたらアメリカへ戻る、と冷淡な恭介。亮太を死に追いやった自分の方こそ、加賀見家にいるべきではない、と珠希は恭介に訴える。恨まれるべき人間は自分だから、謙治への恨みを自分に向けてほしいと…。
病院で、珠希は歩美と顔を合わせる。恭介のために実家を捨てたという歩美は、恭介を手玉に取る魔性の女、珠希には負けない、とあからさまな敵意を示す。謙治が勝手に退院して、加賀見家へ戻ってくる。仁は謙治に土下座して謝罪した。誤解から仁に刺されたことを知った謙治は、仁を許しながらも、けじめのために決別を言い渡した。仁を陥れる匿名の告発状を出したのは自分だ、と珠希が謙治に告白する。加賀見病院や加賀見家にとってマイナスになる人間は、容赦なく切り捨てる、と言い切る珠希に、謙治はおののいた。その頃、恭介は自らのHALの検査伝票を見て、愕然としていた。
自分と亮太の白血球の型が合っていたことを知った恭介は、怒りに震える。しかも、珠希はその事実を知っていたという。知っていながら、何もなかったように加賀見家で暮らしている珠希を、恭介は理解できなかった。悟も今初めてその事実を知り、衝撃を受けた。恭介は、取り返しのつかない嘘をついた謙治を糾弾する。加賀見病院を守るためには仕方がなかった、と平然と答える謙治。亮太に生きていてほしくなかったのではないか、と恭介は憎しみの目で謙治に詰め寄った。翌日、希和子と謙治の会話を耳にした珠希は、凍りつく。自分の出生に関する真実が…。
11年前の謙治の嘘を知った恭介。謙治がしてきた全ての事を明らかにして、自分なりの報復を与えることにした、と悟に告げる。自分には守らなければならない家族があるから、恭介と刺し違える覚悟はできている、といつになく強い態度で、悟は応じた。
彩が帰らなかった翌朝、彩を誘拐した、と恭介から加賀見家に電話が入る。彩を無事に帰してほしいなら、珠希に1人で自分のホテルへ来るよう命令する恭介。部屋へ来た珠希に、彩が亮太の死に関わる秘密を敏感に感じとり、疎外感を持っている、と恭介が忠告する。加賀見家の過去に決着をつけるため、もう暫く彩を預からせてもらう、と恭介は彩を隠し続ける。
彩が怪我をして、意識不明で加賀見病院へ運ばれる。恭介が彩に危害を加えたのだと思い、逆上する悟。何かの事故に違いない、と珠希は恭介を庇った。恭介は彩に怪我をさせたことで、激しい自責の念にかられていた。珠希は恭介を慰めると、彩が意識を取り戻したら、彩から遠ざかるようなことはしないでほしい、と訴えた。
彩が意識を取り戻す。恭介のことを気にする彩に、恭介はこの病院からいなくなる、と悟が告げる。恭介と一緒にいて楽しかった、と話す彩。自分の怪我のせいで恭介がクビになるのは嫌だ、と恭介に会いたがる。
珠希は悟が密かにDNA鑑定の資料を取り寄せていたのを知り、悟が彩の本当の父親を疑い始めたことに気づく。このままでは全ての計画が崩れ去ってしまう。そう思った珠希は、復讐を開始することを決意した。
悟は謙治に加賀見家を出ることを告げる。謙治が実の父親でないことを恵から聞かされた、と語る悟に、謙治は呆然とする。悟が1人で家を出たのを知った恭介は、加賀見家に残る珠希の本当の狙いを探ろうとする。あれほど愛していた彩も悟に渡そうとする珠希の考えが、恭介には理解できなかった。
「謙治と悟」、「悟と彩」、それぞれの親子関係の鑑定結果に、悟は愕然とした。 彩が退院する。怪我が完全に治るまで、映子の家で悟と暮らすように彩を説得する珠希。彩を手放したくはなかったが、やがて訪れる別れのときを考えると…。そんな珠希に不安を感じた映子は、珠希に警告する。珠希がもし、自分や家族を壊すようなことを考えているなら、自分は珠希の邪魔をすると。が、珠希は謙治に復讐心を見せつけると、そんなに簡単には殺さない、と言い放った。
山梨で偶然、恭介と会った珠希。全ての恨みを忘れたい、と思わず自分の気持ちを吐露するが、もう後戻りはできなかった。
珠希と謙治のDNA鑑定をした悟が、その結果を珠希に打ち明ける。復讐の相手、謙治が実の父親だと知り、混乱する珠希。まんじりともしないで朝を迎えた珠希は、明日、亮太の墓参りに一緒に行ってほしい、と謙治に告げた。
加賀見家の墓前で、謙治は珠希に、24年前の英夫の死の真相を明かす。そして、珠希に無実の罪をなすりつけたことを謝罪した。全ての責任は自分にある、と液体の入った小瓶を取り出す珠希。亮太を殺した罪を償うために、自分はここで死ぬと…。謙治は珠希の手から小瓶を奪うと、自らそれを飲み干した。謙治は静かに意識を失って…。