| Name | First Aired | Runtime | Image | |
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| S02E01 | 運命のはじまり！新入生エド・フェニックス |
October 5, 2005
TV Tokyo
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| S02E02 | サンダーＶＳエリート君！メカおジャマキング発進 |
October 12, 2005
TV Tokyo
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| S02E03 | ティラノ剣山登場ざうるす！ |
October 19, 2005
TV Tokyo
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| S02E04 | 翔ＶＳ昆虫少女！インセクト・プリンセス |
October 26, 2005
TV Tokyo
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| S02E05 | カイザーＶＳエド！プロリーグの戦い |
November 2, 2005
TV Tokyo
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| S02E06 | ＶＳエド（前編）Ｅヒーロー対Ｅヒーロー |
November 9, 2005
TV Tokyo
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| S02E07 | ＶＳエド（後編）運命のＤヒーロー |
November 16, 2005
TV Tokyo
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| S02E08 | 明日香ＶＳ吹雪！兄妹アイドルへの道 |
November 23, 2005
TV Tokyo
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| S02E09 | 斎王登場！運命のタロットデッキ |
November 30, 2005
TV Tokyo
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| S02E10 | 新Ｅ（エレメンタル）ヒーロー！ネオス |
December 7, 2005
TV Tokyo
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| S02E11 | 剣山VSカレーの魔人！スパイシーデュエル |
December 14, 2005
TV Tokyo
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| S02E12 | 翔VS剣山！アニキへの熱き想いデュエル |
December 21, 2005
TV Tokyo
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| S02E13 | ヘルカイザー亮！キメラテック・オーバー・ドラゴン |
December 28, 2005
TV Tokyo
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| S02E14 | 十代初夢デュエル！ |
January 4, 2006
TV Tokyo
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| S02E15 | VSエド（前編）新たな力！アクア・ネオス |
January 11, 2006
TV Tokyo
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| S02E16 | VSエド（後編）炎のフレア・ネオス |
January 18, 2006
TV Tokyo
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| S02E17 | クロノスVSナポレオン！トイソルジャーの行進 |
January 25, 2006
TV Tokyo
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| S02E18 | 明日香VS万丈目ホワイトサンダー！ |
February 1, 2006
TV Tokyo
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| S02E19 | VSゲームチャンプ！巨大戦艦テトラン発進 |
February 8, 2006
TV Tokyo
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| S02E20 | デッキ破壊を破壊せよ |
February 15, 2006
TV Tokyo
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| S02E21 | 剣山VS斎王！恐竜ＤＮＡだドン |
February 22, 2006
TV Tokyo
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| S02E22 | 黄泉ガエル！イキカエル！デスガエル！ |
March 1, 2006
TV Tokyo
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| S02E23 | 修学旅行タッグデュエル |
March 8, 2006
TV Tokyo
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| S02E24 | 究極合体！レックスユニオン |
March 15, 2006
TV Tokyo
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| S02E25 | Unknown |
March 22, 2006
TV Tokyo
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| S02E26 | 最強タッグ！？十代＆エド（前編） |
March 29, 2006
TV Tokyo
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| S02E27 | 最強タッグ！？十代＆エド（後編） |
April 5, 2006
TV Tokyo
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| S02E28 | 絶望の国のアリス |
April 12, 2006
TV Tokyo
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| S02E29 | クイズデュエル！？ＶＳナゾラー・パネル９ |
April 19, 2006
TV Tokyo
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| S02E30 | 三沢ＶＳ万丈目 アサルト・キャノン・ビートル |
April 26, 2006
TV Tokyo
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| S02E31 | ヘルカイザー亮ＶＳマスター鮫島 |
May 3, 2006
TV Tokyo
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| S02E32 | ジェネックス開幕！目指せ１番！ |
May 10, 2006
TV Tokyo
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| S02E33 | 神のカード「ラーの翼神竜」を操る男！？ |
May 17, 2006
TV Tokyo
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| S02E34 | デュエルの花道 |
May 24, 2006
TV Tokyo
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| S02E35 | がんばれ！おジャマトリオ（前編） |
May 31, 2006
TV Tokyo
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| S02E36 | がんばれ！おジャマトリオ（後編） |
June 7, 2006
TV Tokyo
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| S02E37 | ヘルカイザーＶＳダークネス吹雪 |
June 14, 2006
TV Tokyo
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| S02E38 | アカデミアのプライド |
June 21, 2006
TV Tokyo
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| S02E39 | ワンターンキルの死神 |
June 28, 2006
TV Tokyo
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| S02E40 | トライアングル・デュエル |
July 5, 2006
TV Tokyo
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| S02E41 | 白夜の決闘！十代ＶＳ明日香（前編） |
July 12, 2006
TV Tokyo
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| S02E42 | 白夜龍！十代ＶＳ明日香（後編） |
July 19, 2006
TV Tokyo
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| S02E43 | 仁義なき兄弟デュエル 亮ＶＳ翔 |
July 26, 2006
TV Tokyo
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| S02E44 | 相対性フィールド！十代ＶＳ天才博士 |
August 2, 2006
TV Tokyo
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| S02E45 | 登場！謎の世界チャンプ！ |
August 9, 2006
TV Tokyo
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| S02E46 | ついに発動！究極のＤのカード |
August 16, 2006
TV Tokyo
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| S02E47 | 十代ＶＳレーザー衛星の恐怖 |
August 23, 2006
TV Tokyo
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| S02E48 | 究極のアルカナ「ザ・ワールド」 |
August 30, 2006
TV Tokyo
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| S02E49 | エド、必殺の一撃！「ブルーＤ」 |
September 6, 2006
TV Tokyo
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| S02E50 | 光の波動ＶＳネオ・スペーシアン |
September 13, 2006
TV Tokyo
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| S02E51 | 十代ピンチ！フィールド魔法「光の結界」 |
September 20, 2006
TV Tokyo
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| S02E52 |
勝利の行方は？！十代ＶＳ斎王
season finale
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September 27, 2006
TV Tokyo
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