| Name | First Aired | Runtime | Image | |
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| S03E01 | 未知なる挑戦者 巨大機動要塞浮上！ |
March 12, 2002
TV Tokyo
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| S03E02 | デッキマスター深海の戦士 |
March 19, 2002
TV Tokyo
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| S03E03 | 恐怖の再生コンボ |
March 26, 2002
TV Tokyo
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| S03E04 | 反撃のレインボーアーチ |
April 9, 2002
TV Tokyo
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| S03E05 | 氷上の決闘（デュエル） 狙われた杏子 |
April 16, 2002
TV Tokyo
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| S03E06 | 輝け！賢者の宝石 |
April 23, 2002
TV Tokyo
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| S03E07 | デッキマスター ジャッジマンの裁き |
April 30, 2002
TV Tokyo
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| S03E08 | 勝利への賭け |
May 7, 2002
TV Tokyo
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| S03E09 | 男の花道 本田玉砕 |
May 14, 2002
TV Tokyo
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| S03E10 | 聖女ジャンヌ 三位一体の攻撃 |
May 21, 2002
TV Tokyo
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| S03E11 | さらわれたモクバ 海馬 vs サイコショッカー |
May 28, 2002
TV Tokyo
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| S03E12 | 宇宙からの攻撃 サテライトキャノン |
June 4, 2002
TV Tokyo
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| S03E13 | 深まる謎 乃亜の正体 |
June 11, 2002
TV Tokyo
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| S03E14 | ビッグ５の逆襲 |
June 18, 2002
TV Tokyo
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| S03E15 | 狙われた城之内 勝利への連係プレー |
June 25, 2002
TV Tokyo
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| S03E16 | 倒せ！ファイブゴッドドラゴン |
July 2, 2002
TV Tokyo
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| S03E17 | 乃亜 vs 瀬人 天地創造の決闘（デュエル） |
July 16, 2002
TV Tokyo
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| S03E18 | 無敵 デッキマスター奇跡の方舟 |
July 23, 2002
TV Tokyo
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| S03E19 | モクバを救え！ 運命の第七ターン |
July 30, 2002
TV Tokyo
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| S03E20 | 引き継ぎし山札（デッキ） 遊戯 vs 乃亜 |
August 6, 2002
TV Tokyo
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| S03E21 | ＬＰ（ライフポイント）１００００ vs １００!! |
August 13, 2002
TV Tokyo
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| S03E22 | 海馬家の闇 |
August 20, 2002
TV Tokyo
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| S03E23 | エクゾディア・ネクロス |
August 27, 2002
TV Tokyo
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| S03E24 | 脱出!! |
August 27, 2002
TV Tokyo
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| S03E25 | 決戦の地 アルカトラズ |
September 3, 2002
TV Tokyo
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| S03E26 | バトルロイヤル！ |
September 10, 2002
TV Tokyo
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| S03E27 | それぞれの対戦者 |
September 17, 2002
TV Tokyo
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| S03E28 | 闇の準決勝 城之内 vs マリク |
October 8, 2002
TV Tokyo
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| S03E29 | 地獄の詩人ヘルポエマー |
October 8, 2002
TV Tokyo
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| S03E30 | 逆転！稲妻の戦士 |
October 15, 2002
TV Tokyo
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| S03E31 | 城之内 死す |
October 22, 2002
TV Tokyo
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| S03E32 | 天空闘戯場 遊戯 vs 海馬 |
October 29, 2002
TV Tokyo
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| S03E33 | 神を喚（よ）ぶ三騎士 |
November 5, 2002
TV Tokyo
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| S03E34 | 激突！神（オシリス） vs 神（オベリスク） |
November 12, 2002
TV Tokyo
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| S03E35 | 受け継ぎし宿命の決闘（デュエル） |
November 19, 2002
TV Tokyo
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| S03E36 | 友との誓い 真紅眼の黒竜（レッドアイズ ブラックドラゴン） |
November 19, 2002
TV Tokyo
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| S03E37 | 憎しみを撃て！ブラックパラディン |
November 19, 2002
TV Tokyo
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| S03E38 | 炎の凡骨（ぼんこつ）ロード 城之内 vs 海馬 |
December 3, 2002
TV Tokyo
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| S03E39 | 青眼の白龍（ﾌﾞﾙｰｱｲｽﾞﾎﾜｲﾄﾄﾞﾗｺﾞﾝ） vs 青眼の白龍（ﾌﾞﾙｰｱｲｽﾞﾎﾜｲﾄﾄﾞﾗｺﾞﾝ） |
December 10, 2002
TV Tokyo
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| S03E40 | 真のデュエリストへの道 |
December 17, 2002
TV Tokyo
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| S03E41 | 決勝戦（ファイナル） 遊戯 vs マリク |
December 24, 2002
TV Tokyo
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| S03E42 | 悪魔の聖域（デビルズサンクチュアリ）発動！ |
January 7, 2003
TV Tokyo
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| S03E43 | 不死の壁 ゴッドスライム |
January 14, 2003
TV Tokyo
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| S03E44 | オベリスクの怒り ソウルエナジーＭＡＸ |
January 21, 2003
TV Tokyo
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| S03E45 | バトルシティ終結！ |
January 28, 2003
TV Tokyo
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| S03E46 | アルカトラズ炎上 |
February 4, 2003
TV Tokyo
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| S03E47 |
兆 (きざし)
season finale
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February 11, 2003
TV Tokyo
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