飲み屋の並ぶ片隅にある古い食堂。夜の十二時から朝の七時頃まで、こわもてのマスター(小林薫)が包丁を握り、「豚汁定食」のほかは、材料 さえあれば、何でも作ってくれる。常連客は長年ゲイバーで働いている小寿々(綾田俊樹)や、ストリッパーのマリリン(安藤玉恵)ら。夜毎、 常連客が語り合う。 ある日のこと、ヤクザ者の竜(松重豊)が、手下のゲン(山中祟)と連れ立って店にやってきた。「エスカルゴ」「燕の巣のスープ」、難癖をつ けるゲンの言動に店が一触即発になった時、マスターが作った「赤いウィンナー」を食べて感動した竜は、以来、時々店に顔を出すようになっ た。客たちの内で竜が特に親しかったのは、大の卵焼き好きの小寿々。一つの皿を仲良く分け合う二人だったが、「赤いウィンナー」には、それぞれ忘れられない思い出が詰まっていて...。
顔を腫らし、マスター(小林薫)の店にやってきたカッちゃん(音尾琢真)はボクサー。勝った日に食べるのは「カツ丼」と決めているが、ボクシングだけではやっていけず、他の仕事をしながら練習にあけくれている。ある時カッちゃんは常連客の一人、アケミ(霧島れいか)と出会う。近所のスナックで働くアケミは夫を亡くしていて、今は小学生の娘・マユ(桑島真里乃)と二人暮らし。マユにも慕われ、カッちゃんはアケミに恋心を募らしていた。 そんなカッちゃんに、勝てば次はタイトルマッチというビッグな試合が飛び込んできた。勝ち目なしという厳しい下馬評にも関わらず、カッちゃんは仕事を辞め、ボクシングに専念する。そして「勝ったらアケミさんにプロポーズ」をしようと考えていた。ようやく掴んだタイトルへの挑戦権...運命のゴングが鳴る。
営業時間は夜の十二時から朝の七時頃まで、人呼んで「深夜食堂」。こわもてのマスター(小林薫)が包丁を握り、メニューは「豚汁定食」のほかは、ビールと酒、焼酎のみ、あとは出来るものなら作ってくれる。小寿々(綾田俊樹)、忠さん(不破万作)、小道(宇野祥平)、「お茶漬けシスターズ」ことミキ(須藤理彩)、ルミ(小林麻子)、カナ(吉本菜穂子)ら、今夜も味のある、常連客が集う。 常連客の一人に地回りのヤクザである竜(松重豊)がいる。マスターの作る「赤いウィンナー」が大のお気に入りだ。その竜のもとへ、刑事の野口(光石研)が現れた。二人は九州の名門高校野球部の同級生だったが、竜が地元で起こした喧嘩のために、かつて甲子園出場を棒に振っている。野口は、病気で入院している元マネージャー・クミ(安田成美)の見舞いへと竜を誘う。当時竜は、クミを守るためにチンピラ相手に喧嘩をしたのだったが、彼女は今、重い病にふせっていた。
カウンターの片隅で、目を閉じ、微笑むような口元で眠るサヤ(平田薫)。サヤはいつも「唐揚げ」を注文しては、常連の男たちに見守られ、店の中で眠り込む。その寝顔は一見幸せそうだが、起きている間は、よほど疲れることがあるらしい。マスター(小林薫)は、ビールがダメというサヤに、普段店では出さない「ハイボール」をすすめる。 サヤは、お笑い芸人の章介(永岡佑)とつきあっていた。売れない芸人の章介に、お金を渡して尽くすサヤだったが、章介の態度は冷淡だった。ある日、店の中でサヤを責めたてる章介に、竜の子分でヤクザのゲン(山中崇)が激怒。店の前で喧嘩を始める。そこにやってきたのが刑事の野口(光石研)と部下の足立(足立智充)だったが、サヤを見て足立は驚く。
ある夜、常連客の金本(金子清文)が、彼とは不釣合いな美人・千秋(東風万智子)を連れ店にやってきた。マスター(小林薫)の作った「肉じゃが」を見て、「うちは牛肉を買うお金がなくて豚肉だった」と言う千秋。彼女をいじらしく思った金本は、あたりはばからず、さらにいちゃつき始める。 一方、店にはたびたび、バースディケーキをデリバリーするノリ子(前田亜季)という女が現れていた。ノリ子も肉じゃが好きで、昔は貧乏で豚肉を使っていたと話す。北海道の田舎で、六人兄弟の末っ子に育ったという彼女の身の上を聞くマスター。そのノリ子に、常連の五郎(松尾諭)が自分あてのケーキを頼む。五郎にはその昔、「肉じゃがしか作れない」と話していた女に、貯金を丸ごと盗まれた過去があった。
繁華街の片隅の小さな食堂。営業時間は夜の十二時から朝の七時頃まで。人呼んで「深夜食堂」。メニューは豚汁定食にビール、酒、焼酎、それだけ。あとは勝手に注文すれば、できるものならマスター(小林薫)が出してくれる。今夜も、小寿々(綾田俊樹)や忠さん(不破万作)たち、お馴染みの面々が、めしやで話に花を咲かせている。 ある日の夜、8年前に夫を亡くした歌手のかしまみさお(美保純)が、ひさしぶりに店にやってきた。夫の大好きだったマスターのメンチカツを食べたみさおは泣き崩れる。仕事上でもパートナーだった夫が作詞作曲した「何も言わないで」は、今でもみさおの代表曲として人の心に残っている。しかし、夫の死後みさおは人前で歌うことができず、家に籠っていたのだった。 そんな中、常連客である料理評論家の戸山(岩松了)の妻、清子(渡辺真起子)が入院する。病床の妻の願いは、みさおの「何も言わないで」を聴くことだった。妻のため、戸山はみさおにもう一度歌ってもらいたいと懇願する。
マスター(小林薫)のつくる里いもとイカの煮ものの匂いに誘われるようにやってきた二人、興信所に勤める「男前」の探偵、里見けい(石橋けい)とまだ頼りない研修生の佐々木守(淵上泰史)。二人は、店を出たあとで一夜をともにする。佐々木は大人の割り切りを知らず、けいに結婚を前提につきあってくれと言うが、けいはそれを軽くいなす。 社員になるための卒業試験として、けいの指示した浮気調査に取り組むこととなった佐々木。その調査対象である吉野純一郎(古舘寛治)を尾行する中で、思いもよらぬ事実を知ることとなる。里いもとイカのように相性がよく、どうしようもなく惹かれあってしまう男女….調査を進めながら、佐々木は「男」になっていく。
肌寒くなってきたある日、マスター(小林薫)はロールキャベツをあらかじめ多めに仕込んでいる。喜ぶ常連客たちだったが、新しくできた男、キミトシ(高橋周平)と店にきていたストリッパーのマリリン(安藤玉恵)だけは、「母親がロールキャベツを作る日は、男のところに出かける日だった」と気が乗らない。 その母、エリ(柴田理恵)が急に入院することになり、見舞うために福島の実家に戻るマリリン。しかし、エリの病状はたいしたことがなく、つきあっている男を紹介されるばかりか、「ダンサー」として患者仲間に紹介され、マリリンはショックをうける。 後日、マリリンの踊る新宿ニューアート前に、エリの姿が。エリには上手く伝えられなかった娘への思いがあり、ある優しい嘘をついていた。
土曜日の朝、平賀良男(ベンガル)と、その妻・みずえ(永島暎子)が店に朝食を食べにくるようになってからもうひと月くらいになる。穏やかにマスター(小林薫)のしじみ汁を飲む二人は微笑ましく映り、サヤ(平田薫)ら常連客の間でも仲の良い夫婦として話題にのぼる。 ある日、珍しく一人で店にやってきた良男。孫が生まれるために、みずえが広島の実家に戻ったようだ。ただ、その孫は良男の孫ではなく、過去の夫と血の繋がった孫である。良男はみずえにとって三番目の夫だった。マセていて色気のあるみずえに、同級生だった中学の頃から良男はずっと憧れてきたのだが、みずえの過去にはよくない噂もあった。 トラブルが続いたことで、みずえはなかなか東京に戻ってこない。徐々に疑念を募らせていく良男は、店で出会った囲碁の記録係の女性・勅使河原真梨子(作間ゆい)に惹かれはじめていく。
「きんぴらごぼうあるかしら?」颯爽とした印象の女、市川千鶴(つみきみほ)が店に入ってくる。驚いて目を見開く、常連客で地回りのヤクザ・ゲン(山中崇)。千鶴は、ゲンの高校時代の英語の教師であり、部活の顧問、そして憧れの女性だった。有頂天のゲンは、その晩千鶴と飲み明かし、千鶴に「愛してるぜー!」と叫ぶ。 千鶴は教師の仕事を辞めたあと、通訳の仕事でニューヨークに渡っていた。帰国は10年ぶりとなる。時間を惜しむように昔の仲間や世話になった人と会う千鶴。その理由をマスター(小林薫)にだけほのめかす。そんなことは知らず、千鶴との時間を待ちわびるゲン。高校を辞めて上京するときに千鶴が持たせてくれたきんぴらごぼうの味を思い出しながら、千鶴のために堅気の男になろうと誓っていた。