舞台は15世紀のヨーロッパ某国。飛び級で大学への進学を認められた神童・ラファウ。彼は周囲の期待に応え、当時最も重要とされていた神学を専攻すると宣言。が、以前から熱心に打ち込んでいる天文への情熱は捨てられずにいた。 ある日、彼はフベルトという謎めいた学者と出会う。異端思想に基づく禁忌に触れたため拷問を受け、投獄されていたというフベルト。彼が研究していたのは、宇宙に関する衝撃的な「ある仮説」だった――
フベルトの提唱した「地動説」は少年ラファウに大きな衝撃を与える。その考えが教会に対する異端思想であると頭では理解しつつも、知的探究心は抑えられない。そんな折、フベルトは傭兵上がりの異端審問官・ノヴァクに捕らえられ、あえなく処刑されてしまう。彼が死の間際にラファウに託したのは、天体を模したペンダントだった。ラファウはそれに秘められたメッセージを読み取り――。
処刑されたフベルトの異端思想――「地動説」をラファウが受け継いだと察知したノヴァクは、義父のポトツキに揺さぶりをかける。ポトツキもまたかつて地動説に魅了され、捕縛された過去を持つ異端者だった。ポトツキの裏切りにより捕縛されるラファウ。「地動説を捨てれば全て赦される」――裁判所で選択を迫られたラファウは、信じられない行動を取る。
ラファウの死から十年後――。代闘士のオクジーは気乗りのしない仕事で日銭を稼いでいた。同僚のグラスは天体を観測し、ある法則を見出すことに生き甲斐を感じているが、オクジーは現世に希望を見出せず、早く天国に行くことだけを願っていた。 ある日、彼らは一人の異端者を護送する任務を負うことになる。その異端者の言葉に警戒心をもつオクジー、一方徐々に心を動かされていくグラスだったが――。
異端者の言葉に感化されたグラスは任務を放棄し、ノヴァクと敵対する事態に。巻き込まれる形となったオクジーは、異端者の決死の行動に衝撃を受ける。命からがら逃げ延びたオクジーとグラスは異端者の言葉に従い、山奥で古びた石箱を発見。この中身の価値を知り得る人物に心当たりがある、とグラスは言う。 オクジーは元の生活に戻ることを望んでいたが、ある事態が彼に否応なく決断を迫ることになる。
異端者とグラスの両者から「想い」を託されたオクジーが訪ねたのは、村外れの教会に住む修道士のバデーニ。彼は優秀ではあるが独善的で、とある思想上の禁忌に触れたことで街の修道院を追放された身だった。下級市民であるオクジーの言葉を信じようとしないバデーニだったが、この辺境で一生くすぶっているよりはと山奥へ向かう。石箱の中身に触れたバデーニは、あまりの衝撃に予想外の行動を見せる。
石箱の中身は禁忌とされる「地動説」に関する資料だった。バデーニはこれを証明すべく、より多くの観測記録を持つ者との接触を図るため街へと向かう。一方、街の天文研究所で働くヨレンタは、優秀だが女性であるという理由だけで研究員として扱われず、雑用係に甘んじていた。そんな折、街の掲示板にとある問いが出題されているのを見る。それは天文に関する問題で。
天文に関する難問を解いたヨレンタに接触するバデーニとオクジー。「自分が書いたものではない」と否定するヨレンタだったが、バデーニは彼女の聡明さを見抜いていた。「地動説」の共同研究を持ち掛けるバデーニに対し、揺れ動くヨレンタ。彼女の迷いの理由はそれが思想上の禁忌であることだけでなく、天文研究所の所長であり天文学の権威・ピャスト伯の存在が影響しているようなのだが――
天文研究所の所長・ピャスト伯は、先代の教授から受け継いだ「完璧な天動説の証明」に残り少ない命を捧げていた。天体の観測記録を提供して欲しいというバデーニらの申し出を一度は断るピャスト伯だが、ある条件を理由に承諾する。その条件とは、彼がかつて観測したという見えるはずのない天体――「満ちた金星」を観測することであった。大任を担うことになったオクジーはその重責に耐えられるのか。
ピャスト伯の死から数ヶ月――バデーニは膨大な観測記録を基に「地動説」の完成に没頭し、オクジーはヨレンタから文字を教わり自身の心境を綴るようになる。が、バデーニはオクジーのその行動に一切の価値を認めず、進まない研究に苛立ちを隠せずにいた。 一方、同地区の教会では司教が異端審問官を増員し、いよいよ異端への弾圧を強めようとしていた。
新人の異端審問官の教育実習を任されたノヴァク。淡々と女性の異端者を拷問する姿に衝撃を受ける新人審問官ら。中でもシモンは本当にこんなやり方が正しいのかと疑問を抱く。 一方のバデーニはいよいよ「地動説」が完成したことをヨレンタに報告し、オクジーとともに祝杯を挙げる。それぞれの今後の夢について酒場で語り合う中、現れるはずのない男が現れる。
ヨレンタの父は、よりによってノヴァクだった。バデーニが天文の研究をしていると知ったノヴァクは、念のため調べさせて欲しいと言い出す。バデーニはやむを得ず、ノヴァクを小屋へと案内する。室内をくまなく捜索し、異端研究の疑いはなしと判断するノヴァクだったが、そこにあるはずのない「何か」を見つけて密かに疑念を深めるのだった。バデーニとオクジーに最大の危機が迫る。
自らの命を賭してバデーニを逃がし、ノヴァクと対峙するオクジー。戦いの末、瀕死の重傷を負ったオクジーは長い夢を見る。目覚めるとそこは異端審問所の医療施設。ノヴァクがオクジーから話を聞き出すために敢えて生かしておいたのだ。だが、命懸けで何かを守ろうとした者に恐らく拷問は通じない。そう考えたノヴァクが取った行動とは――。
ノヴァクから苛酷な拷問を受け続けるオクジー。見かねたバデーニはついに自白してしまう。こうしてはるか以前から信念ある者らによって連綿と託されてきた地動説の資料は教会に押収され、バデーニとオクジーは死刑を宣告される。己の運命を受け入れる二人だが、地動説は決して終わらせない。その信念のもと、事前に仕掛けておいたある策に一縷の希望を託し、二人は絞首台へと上っていく。
異端に関わったとして拷問を受けるヨレンタだったが、新人審問官のシモンに助けられ、いずこへと逃げ去っていく。助任司祭アントニの計略により娘が火あぶりの刑に処せられたと思い込んだノヴァクは失意の底に沈み、生きる気力を失ってしまう。 一方、クラボフスキはひょんなことからバデーニの遺した手紙を見つける。地動説を終わらせないためにバデーニが仕掛けた驚天動地の秘策とは。
バデーニ、オクジー、ヨレンタの悲劇から２５年――。教会の主流派幹部の倫理的腐敗は極まり、各地で抵抗勢力が台頭しつつあった。そのうちの一派、過激なことで知られる「異端解放戦線」のシュミットは各地の審問所を襲撃し、異端を解放して回っていた。 ある日、シュミットは組織長の命により聖堂を襲撃、ある書物を奪取する。そこには「地動説」を示唆するような言葉が綴られており――。
