De eenheid wordt door Hoofdofficier van Justitie Bilderijk (Bram van der Vlugt) in het leven geroepen nadat een zaak van internationale kindersmokkel slechts een topje van de ijsberg blijkt. Eén van de leden van het op te richten team, Officier van Justitie Adriënne Rieding (Yvonne van den Hurk), wordt echter anoniem bedreigd, waarna ze haar deelname aan Unit 13 in heroverweging neemt.
Ben Govers en Harry Bresler (Kenneth Herdigein) onderzoeken de ontvoering van een illegaal geadopteerde baby. Officier van Justitie Adriënne Rieding besluit ondanks de bedreigingen toch aan te blijven bij de unit en heeft een ontmoeting met de informante Anna. Ruward Talsma (Peter Tuinman) onderzoekt wie Rieding bedreigd zou kunnen hebben. Rechercheurs Roberto Amati (Han Oldigs) en Rebecca de Leeuw (Caya de Groot), en analist 'Kinki' (Mark Ram) komen de unit versterken.
Ben Govers ontmoet Katja van Dijk (Tanja Jess) met wie hij een relatie begint en probeert de unit een verband tussen een zaak van vrouwenhandel en Skylla te ontdekken. Adriënne Rieding's man Paul (Herman Gilis) raakt zwaargewond als hij in de auto van zijn vrouw wordt beschoten.
Russo Brink (Stefan de Walle) wordt o.a. over een informante en zijn relatie met Skylla ondervraagd. De tipgeefster is echter al op professionele wijze vermoord. Ondertussen wil Bilderdijk Unit 13 opheffen, omdat er niet voldoende reslutaat wordt geboekt. Dan ontdekt Adriënne dat de overleden vrouw niet de informante is die zij heeft gesproken. Ook wordt duidelijk dat het uitzendbureau Hermes mogelijk een belangrijke rol speelt in alle gebeurtenissen.
Er vindt een tweede schilderijenroof plaats die in verband wordt gebracht met Skylla. Via het beveiligingsbedrijf achterhaalt Unit 13 de namen van twee belangrijke personen die hen dichter bij Skylla kunnen brengen. Eén van hen leidt het team naar een schip, waar een groot aantal kunstwerken ligt opgeslagen. De vraag blijft echter op welke manier Skylla bij de zaak betrokken is. Een dode vrouw wordt door Adriënne geïdentificeerd als haar tipgeefster.
De centrale rol van uitzendbureau Hermes wordt steeds duidelijker. Rebecca de Leeuw gaat undercover bij Hermes werken en weet directeur Veenstra (Theo Pont) voor zich te interesseren. Ze breekt in op haar kantoor maar krijgt de cruciale gegevens niet te pakken. Als bij een inval bij Hermes Veenstra en zijn medewerkers worden gearresteerd en de inboedel in beslag wordt genomen, ontploft de computer met alle belangrijke informatie.
Veenstra, directeur van Hermes, wordt door Skylla uit de gevangenis bevrijd en besluit Unit 13 Hermes-medewerkster Elly (Marjolein Beumer) te schaduwen. Ruard Talsma ontdekt dat Paul Rieding onder de codenaam 'Chiffon' op een betalingslijst van Skylla staat en probeert te achterhalen wat dit betekent. Ondertussen overlijdt Paul in het ziekenhuis.
Ruard Talsma probeert te achterhalen wie de naam 'Chiffon' kan hebben gebruikt en wie het lek binnen Unit 13 is, waardoor alle informatie rechtstreeks aan justitie wordt doorgegeven. Hij verdenkt Rebecca hiervan. Tevens doet men een inval op een camping waar een heroïnebedrijfje en een bazooka wordt gevonden, en biedt een medewerker van Skylla Adriënne's dochter Josien (Ramona da Cruz Lopes) drugs aan.
Skylla-medewerker Stef Suurbier (Michiel Varga) wordt ondervraagd, maar deze laat niets los omdat hij gechanteerd wordt. Rebecca blijkt informatie van Unit 13 te hebben doorgesluisd naar Bilderdijk, maar wordt uiteindelijk niet ontslagen. Onder hypnose herinnert ze zich de namen van een geheime lijst van uitzendbureau Hermes, waarmee Unit 13 Skylla-kopstuk Louis Gerlach op het spoor komt. Een dealer (Remco Melles) wordt door Skylla opgedragen Josien Rieding speciale pillen te geven.
Adriënne ontdekt de naam van Gerard Ruysdaal (Adriaan Olree), degene die de naam Chiffon kende. Josien Rieding geeft een pil die voor haar was bestemd aan een vriendin die daarna in levensgevaar raakt. De dealer wordt gepakt, maar voor hij Unit 13 in contact brengt met Skylla-medewerker Charon, pleegt hij zelfmoord. Katja van Dijk, de vriendin van Ben, zoekt contact met haar werkgever Skylla, omdat ze ermee wil stoppen.
Er wordt ontdekt dat Bilderdijk connecties heeft met Ruysdaal, één van de twee leiders van Skylla. Arthur merkt dat de informatie uit Bens computer door Skylla wordt afgetapt en vindt afluisterapparatuur in diens huis.
Bilderdijk ontvangt foto's van zijn affaire met Rebecca, waarmee Skylla hem wil chanteren. Ondertussen proeft Skylla onraad en zet alles in het werk om ongemerkt te verdwijnen. Een inval bij een bank en de arrestatie van advocaat Gerlach zorgen echter dat Unit 13 steeds dichterbij komt. Katja, Bens vriendin en informante van Skylla, krijgt van Ben een collier, waarin zonder haar medeweten een zendertje is verstopt.
Adriënne Rieding toont Bilderdijk de foto's waarop hij samen met Ruysdaal, een van de twee leiders van Skylla, staat afgebeeld. Hij verzekert haar echter dat hij niet het lek naar naar Skylla is geweest en vermoedt dat de schakel tussen de minister en hemzelf daar schuldig aan is. Hij belooft deze persoon voortaan in de gaten te houden. Het Skylla-netwerk wordt na een bloedige confrontatie uiteindelijk opgerold.
Een Fin wordt na een auto-ongeluk opgenomen in het ziekenhuis. Daar blijkt dat hij ernstig ziek is tgv een overdosis aan radioactieve straling en in zijn auto zat een koffertje met plutonium. Ook is het proces tegen de misdaadorganisatie "Scylla" begonnen.
Bilderdijk is razend omdat Swager, de adviseur van de minister, zelfmoord gepleegd zou hebben. Harry gaat op zoek naar de getuige Lotti Werner. Als het team op de ontmoetingsplaats van de Fin met het koffertje verschijnt, wordt hen dit afhandig gemaakt. Verder ontploft er een bom in het bureau waar Unit 13 is ondergebracht en komt o.a. Lotti Werner om.
Het onderzoek naar de bomaanslag wordt bij de Rijksrecherche ondergebracht. Ruard en Adriënne willen stoppen met het onderzoek naar "Scylla". Verder is er een container met grondstoffen voor plutonium gevonden. Tevens wordt het meisje herkend dat het koffertje met monsters gestolen heeft, maar zij wordt later vermoord in het bos gevonden.
De kist met plutonium grondstoffen wordt leeggemaakt, voorzien van een zender en verscheept naar Spanje. Tevens gaat undercoveragent Michael Zoethout (Ruurt de Maesschalck) mee aan boord. De hoofdverdachte van "Scylla" wordt vrijgesproken. Talsma maakt bekend dat hij voorlopig niet verder gaat met de unit en wijst Ben aan als zijn opvolger. Harry gaat op onderzoek uit in een bordeel en wordt neergeslagen.
Talsma gaat tijdens zijn vakantie verder met het onderzoek. Harry ontmoet een oude vriendin, maar zij blijkt voor "Phoenix" te werken. Een vriendin van het vermoordde meisje helpt de unit om achter de identiteit van de dader van de bomaanslag te komen. De veroordeelde uit de "Scylla" zaak wordt tijdens een transport bevrijd en schiet daarna de vrijgesproken Ruysdaal dood. Undercoveragent Michael Zoethout wordt aan boord met zijn mobiele telefoon betrapt en opgesloten.
Na de ongelukkige afloop van Zoethouts undercover-actie legt Bilderdijk Talsma het vuur na aan de schenen. Er zijn slechts twee schakels die de Unit waardevolle informatie kunnen opleveren: Van Dalen en het ambulancepersoneel.
Talsma vertrekt naar Brussel; het wordt een "vruchtbaar" uitstapje. Ondertussen zit Adriënne ook niet stil en daar is niet iedereen even blij mee. Bresler voelt zich enorm verraden; reden voor de Unit om actie te ondernemen.
Swart onderneemt actie, nadat hij vorige keer net aan de dood wist te ontsnappen. Talsma probeert zijn contact met Liza te verdiepen.
Bresler is over zijn toeren door de dood van Shanti en dat brengt hem op rare ideeën. Samen met de marine bereidt de Unit een actie voor.
Ben zit met het bezoek van Vitti in zijn maag. Ruard, Ben en Adriënne maken aan boord van een marineschip een actie mee om het verdachte schip Challenger aan te houden.
Op het Openbaar Ministerie wordt de marine-actie geëvalueerd. Aarts is verontrust als tijdens dat gesprek de naam van Jeremy Cornwell valt. Van Dalen wordt tijdens zijn verhoor onder grote druk gezet.
Talsma wil ten koste van alles advocaat Vitti op zijn nummer zetten. De rijksrecherche krijgt de opdracht een onderzoek uit te voeren naar de 'onhandige' actie van Kinky en Lobith. Wanneer Adriënne niet op een afspraak van Talsma verschijnt, slaat de Unit alarm.
Op de Unit loopt de spanning hoog op nu de rol van Phoenix steeds duidelijker wordt. Adriënne zit nog steeds vast in de bunker en Liza heeft een heel belangrijke tip voor Talsma. Kinky wordt verhoord over de actie met Van Dalen. De politiek krijgt het zwaar te verduren nu de puzzel bijna compleet is.
De Unit heeft een ander onderkomen. Margot Sterk, de nieuwe Procureur-Generaal, wil de bezem door zowel het parket als de Unit halen. Bilderdijk doet erg z'n best om haar over te halen de Unit in stand te houden.
Amati krijgt de opdracht een bijzonder contact te leggen en Adrienne heeft een afspraak op Buitenlandse Zaken. De misdaad zit ook niet stil en brengt de Unit een zware slag toe.
Het mysterie rond de dood van collega Bresler frustreert de unitleden. Maar dan komen ze een belangrijk transport op het spoor. De actie loopt echter op een vreselijke blunder uit.
Adrienne en Bilderdijk bespreken welke mogelijkheden de Unit nu nog heeft. Helaas heeft PG Sterk het plan de Unit te ontbinden. In het huis van Bresler vindt Rebecca belangrijke post.
Govers krijgt een aanbod waar de Unit niet blij mee is. Amati en Jolande zijn tot ieders grote zorg nergens te bereiken. Op een geheimzinnige plaats wordt Breitner door Kinky gezien.
Govers wordt geïntroduceerd bij Secuwatch. Talsma gaat langs de in politie Velp onderzoeken of er iets mis is met Vita Nova. Zou er een link zijn tussen de dood van Karin Prinsen en wethouder Fransen?
Alexandra zit als infiltrante in de kliniek te Velp. Amati begeleidt haar. Sterk is razend en wil à la minute een lunchafspraak met Bilderdijk. Een Secuwatch-medewerker verdwijnt plotseling.
In de kliniek komt Alexandra tot een gruwelijke ontdekking. De strijd tegen de georganiseerde misdaad is nu op leven en dood. Ondertussen blijven de anonieme tips bij de Unit binnenkomen.
De Unit is in een opperbeste stemming door het succes van de inval in de kliniek. PG Sterk geeft de Unit toestemming verder te gaan met een anonieme tipgever.
De criminelen hebben het op Govers voorzien. Sterk spreekt een hartig woordje met Irina Breitner. Ze wil alles over Koops weten. Kinky neemt vingerafdrukken van de brief van de mysterieuze informant.
Super PG Sterk regelt een topoverleg op het Ministerie. De unit moet het criminele netwerk nu oprollen. Een confrontatie tussen Van Dalen en Koops zorgt voor een dramatische wending.
