ガッチャマン。超科学を持つ宇宙人に力を与えられ、人間を害する異星犯罪者や未確認物体を秘密裏に処理する影のエージェント達。2015年初夏、立川「CAGE」所属のガッチャマンに、文具好きの女子高生・一ノ瀬はじめが新たなメンバーとして加わる。自由奔放で型破りなはじめは、任務に倦んでいるメンバーに新風を吹き込んでいく。
駆除対象である未確認物体・MESSへの攻撃を邪魔したはじめに納得がいかない清音。清音は自分の常識や想像を軽々と越えて行くはじめの行動に振り回される中、感情的に是非を決めつけず、色々な角度から物事を捉えるはじめの考え方に触れていく。一方、自身の快楽の為に人間を相争わせて喜ぶ謎の怪人が暗躍を始める。
巨大SNS・GALAXと人工知能・総裁Xを作り出し、世界をアップデートするべく様々な活動を続けている才人・爾乃美家累。累は総裁Xの情報収集能力とマッチング機能を使ってあらゆる問題に介入し、人々が前向きに解決出来る様導いている。そんなある日、人間の力では対処不可能な事態が発生し、累は禁忌の力を行使する決断を迫られる。
人々の間にGALAXの有用性が着実に浸透しつつある事に反して、累はもっと直接的な手段で世界を加速させたいという衝動に苛まれる。ガッチャマン達は新たに表面化した脅威への対処について意見が分かれ、心を合わせる事が出来ない。そんな中、謎の怪人が累の目の前で凶悪な事件を起こし、人々が傷ついていく様を見せつける。
累が下した苦渋の決断をきっかけに、累の理想に従う者達の間に不協和音が生まれ始める。一方、はじめ・清音・丈・うつつの四人は大勢の人間が重傷を負う大事故の現場に偶然居合わせる。人々がGALAXの力を借りて事態の収拾に奔走する中、はじめは救助活動をする謎の存在とその存在を指揮する美しい人物と運命的な出会いを果たす。
はじめのしでかした行為に騒然となる世間、激怒するパイマン、呆れる仲間たち。しかしはじめはどこ吹く風と自分のペースを崩さない。そんな折、はじめのスマホにLOADを名乗る人物から招待状が届く。GALAXと人々の導きにより、様々な障害をくぐり抜け邂逅するはじめとLOAD。LOADははじめに己の目的と、理想とする世界の姿を語る。
カッツェを倒すと決断した累は、自分と意を同じくするHUNDREDと共にカッツェに立ち向かう。哄笑の中、異形の姿に変身するカッツェ。累はカッツェの実力に触れ、自分の見通しが甘かった事を痛感する。遅れて現場に到着したはじめ達と対峙したカッツェは、謎の言葉を残して消える。カッツェの言葉を聞いたはじめは型破りな対抗策を思いつく。
はじめの発案で、積極的に自分達の存在を世間にアピールする事にしたGメンバー達。手始めに立川市内の幼稚園を訪問したはじめ達は、マスコミや園児達の目の前で変身して見せ、ベルクカッツェの危険性を広く人々に伝えようとする。一方カッツェはHUNDREDから除外された梅田に接触し、世界を燃やし尽くす為に動き出す。
首相を追って立川に迫り来る数万体のCROWDSから立川市民18万人を守るべく、市役所、警察、消防、自衛隊と連携して市民の避難誘導をサポートするガッチャマン達。 しかしカッツェに総裁Xを乗っ取られたままのGALAXは避難誘導に使う亊が出来ず、倒しても次から次に現れるCROWDSの前にガッチャマン達は次第に劣勢に陥っていく。
ガッチャマン達と累の活躍により希望が垣間見えたかと思われた刹那、窮地に立たされた市民の不安につけ込んだカッツェが、破壊と混乱をさらに加速させる。
はじめと累が提示したゲームに対して、人々がとった行動とは。 そして、ベルク・カッツェという存在に対してはじめが導き出した答えは。 2015年の夏を全力で駆け抜けた少女の物語が今、幕を閉じる。
2015年夏、東京都立川市で起こった通称「立川事件」。 あれから1年―― ベルク・カッツェが爾乃美家累のNOTEを抜くことで授けられた力であり、人間の精神が実体化した存在であるクラウズは、 あの日以来誰でも使うことができるものとして広く普及していた。 それを容認、推進するのは日本の総理大臣である菅山誠太郎である。 しかし、クラウズをよく思わない人々は菅山の政策に不安と不満を持って過ごしていた。 そんなある日、菅山を乗せた総理大臣機が謎の集団によって襲撃される。 翼を持つ戦士たちの次なる戦いが、新たに動き出す。
新潟県長岡市に暮らす、ごく普通の女子高生、三栖立つばさ。 ある日、のどかな田園風景広がる彼女の自宅の近くに、正体不明の宇宙船が墜落。 調査のため、一ノ瀬はじめたち『立川CAGE』のＧメンバーがやって来る。 近隣住民が見守る中、宇宙船から現れたのは、数々の星を平和に導いてきたとされる異星人ゲルサドラ。 つばさとはじめたちガッチャマン、そして平和の使者ゲルサドラ。この出会いは世界に何をもたらすのか。
突然ガッチャマンとなってしまったつばさであったが、持ち前の前向きさから、皆のためにヒーローとして活動していくことを決意。今や地元の有名人となったつばさの新たな門出を祝うため、ショッピングセンターで壮行会イベントが開かれることとなった。教育係に任命されたはじめと共に、会場のステージに上がるつばさであったが……。一方、謎の集団『VAPE』の正体を探っていた累の前に、突如赤いCROWDSが現れる。
上京したつばさとゲルサドラを待っていたのは、人気情報番組『ミリオネ屋』へのゲスト出演であった。二人は息の合った掛け合いで仲の良さを見せ、その場を包んだ和やかな雰囲気にゲルサドラも笑みを浮かべる。立川CAGEで残りのＧメンバーへの挨拶も終え、いよいよガッチャマンとしての活動を開始することとなったつばさ。しかしその頃、渋谷駅前では『VAPE』を率いる男、鈴木理詰夢が不穏な動きを見せていた。
自分の信じる正義を貫き、消えかける命を救うべく、心のままに駆け出したつばさ。力強い風に背中を押されて戦いの場へと降り立ち、想いを重ねたゲルサドラと並んで群がる敵を蹴散らしながら、崩れ落ちた仲間の元へと急ぐ。その様子はテレビ中継によって全国へと届けられ、多くの人々がその雄姿を見守り応援し、新たなヒーローの出現に沸き立つ。そして争いを終わらせるため、つばさは力を込めた一撃を振り上げた。
いよいよＧＡＬＡＸを使用した首相公選スマホ選挙が始まった。現職の菅山圧倒的有利の予想の中、ゲルサドラは史上初の異星人首相候補として注目されながらも、その支持率は下位に留まっていた。しかし、ふきだしさまの力によって、多くの人々が抱いているある強い想いを知ったゲルサドラは、全国民に向かって一つの公約を掲げる。それは立川ＣＡＧＥのガッチャマンたちの間でも、意見を分かつようなマニフェストであった。
スマホ投票による多くの国民の支持を得て、ついに誕生したゲルサドラ首相。彼は急速に知識を吸収し、この国の現在の政治の在り方を理解していく。そうして史上初の、異星人首相による政権が動き出した。自分たちが行ってきたルールが通用せず、調子を崩され困惑する政治家たち。更にゲルサドラは異星人としての特異性を遺憾無く発揮し、これまでにはありえなかった常識はずれの政権運営を推し進め始める。
『心をひとつに、みんなで創る、みんなの世界』。掲げられたスローガンの元に行われるゲルサドラの改革によって、急速に変化していく日本。その支持率もまさにうなぎのぼりで、人々の間には明るい笑顔が溢れる。ゲルサドラと自分が夢見た、みんなの心が一つになった、争いのない平和な世の中が訪れつつあるのを確信するつばさ。しかし、そのあまりにも急ぎ過ぎる変革に、少なからぬ不安を覚える者たちもまた存在していた。
ゲルサドラの異変によって現れた赤いふきだしさまから、突如生まれた謎の生物。その出現は吹き荒れる強風に乗って日本全国へと拡散。あっという間にあらゆる街の、あらゆる人々の間に溢れ返った。この予想だにしなかった事態に、直ちに出動し全国各地へと散らばるＧメンバー。混乱を収めるために謎の生物たちを排除しようとするのだが、それらは更にガッチャマンたちの予想を超えた行動を取り始めるのだった。
民衆に受け入れられ、その生活に浸透したくうさまの存在は、ゲルサドラが目指す皆の心が一つとなった世界を作り上げて行くかに見えた。しかし、全ての意思の統一を目指し、くうさまは更に次の段階へと進み始める。その驚愕の行動にガッチャマンたちは市民に向けて警告を発するが、一度一つの方向へと進み始めた流れは簡単には覆らない。むしろくうさまとゲルサドラを危険視するガッチャマンに対し、人々は非難の目を向け始める。
ついに暗雲が立ち込め始めた理想の世界。ほんの小さなきっかけは先導者の介入によって増幅され、次々と湧き出す波紋は次第に大きく、加速度的に広がっていく。しかし、その中心にいるゲルサドラ自身は、いまだ自分が全ての人々の望みを叶えているのだと信じ、屈託のない微笑みを浮かべていた。その頃、ゲルサドラとガッチャマンの元を離れ長岡へと戻ったつばさは、出迎えたゆるじいと、そして自分自身と向き合っていた。
全国各地から続々と集結し、街中に溢れ返る無数のくうさまの群れ。総力を挙げてそれを駆逐していくガッチャマンたちであったが、その数は一向に減る気配を見せない。倒されては復活を繰り返すくうさまに対してはどんな攻撃も意味はなく、手詰まりの状況に流石に疲弊し、焦りを隠せないＧメンバー。成す術もないこの絶望的な事態を打開するために、ガッチャマンはある大きな決断を迫られる。
皆の願いを受け、その望みを叶えるために、固い決意と共に己の持てる力の全てを掛けて戦いに挑んだガッチャマンたち。熾烈を極めた攻防とその壮絶なる決着は、それを見守った多くの者たちの心に深く刻み込まれた。辛く苦しい戦いの果てに、ガッチャマンが、そしてこの国の人々が辿り着いた真実とは……。今、全ての人々に向けて放たれた問い掛けに、一つの答えが導き出されようとしていた。
