Découvrant Huck transi de froid dans sa cabane, Tom lui propose de venir dormir dans la remise de l'école. Mais dans le même temps, la boussole de M. Dobbins a disparu et ce dernier est persuadé que c'est Huck qui l'a volée...
Pour récupérer leur maquette d'oiseau échouée dans le saloon, Tom et Huck éloignent Floyd en lui faisant croire que de l'or a été trouvé près du fleuve. Mais la rumeur fait son effet. Tout le monde part à la recherche de l'or et la ville se vide!
Huck est en panique : Joe s'est installé dans sa cabane et refuse de partir! Tom invite son copain à dormir chez lui en attendant de trouver comment faire fuir Joe. Tante Polly se fait une joie de prendre soin de Huck... à son grand désarroi!
La traditionnelle Course des Pionniers oppose tous les enfants du comté. Cette année, Alfred, qui est aussi orgueilleux que maladroit, est bien décidé à la gagner. Il n'hésite pas à utiliser le chantage pour obliger Tom à l'aider.
Tom et sa bande surprennent Floyd en train de fomenter un plan pour couler l'épicerie de Madame Rogers qui a réussi à obtenir la fermeture du saloon en soirée. Mais Ben brise un fer à cheval et se convainc qu'il est frappé par la malchance.
Lors d'un pari lancé par Alfred, Tom et la bande perdent le QG lors d'une partie de lance-pierre. C'est un déchirement pour la bande de devoir se séparer de leur refuge.
Des arbres ont été coupés près du quartier général des enfants. C’est Joe qui, aidé de Muff, s’apprête à décimer la forêt pour le compte d’un acheteur. Le paradis des enfants est en danger, et la résistance est lancée!
Tom aide Huck à soigner Ali Croquette, l’alligator qui a pris l’habitude de le suivre quand il pêche. Par mégarde, Sid vend la mèche à Tante Polly qui panique et alerte le shérif. Comme la rumeur enfle dans la ville, une battue est lancée pour éliminer le dangereux reptile. Tom et Huck se mobilisent alors pour sauver leur protégé et le ramener à la vie sauvage.
Tom a passé un marché avec tante Polly : il rapporte un bon carnet scolaire en échange de quoi elle lui donnera l'argent nécessaire à l'achat d'un flamboyant moulinet pour la pêche. Ce moulinet, il rêve d'en faire la surprise à Huck. Malheureusement, M. Dobbins est d'une humeur massacrante et les élèves se font punir pour un rien. Misant sur le fait que c'est une fuite dans le toit de l'école qui rend l'enseignant si bougon, Tom parvient à faire engager Huck pour les réparations. Mais la toiture retapée n'y change rien, et l'enseignant persiste dans les injustices. C'en est trop pour Tom, qui décide de se révolter et encourage tous ses camarades à le suivre dans les bois : c'est la grève générale à l'école!
Catastrophe! Alors qu’en compagnie de Harper, Tom joue avec le cerf-volant qu’il a « emprunté » à son frère Sid, le jouet tombe dans le fleuve. Tante Polly avait interdit à Tom d’y toucher; une grosse punition l’attend donc. Mais, ô joie, en essayant de récupérer les restes du cerf-volant, les deux amis découvrent une magnifique pépite d’or! Grâce à cette trouvaille inespérée, Tom va pouvoir remplacer le cerf-volant de Sid. Quant à Harper, qui a développé un béguin pour Jenny, il offrira un magnifique banjo à l’élue de son cœur. Ben, qui garde ce jour-là l’épicerie, accepte même de faire crédit à Tom pour le cerf-volant. Toutefois, il faut que, dès le lendemain, Tom et Harper aillent vendre la pépite à Jacksonville. Hélas, Floyd a épié la scène et tente de s’emparer du précieux trésor.
En pourchassant le voleur des poules de Jenny, Tom est tombé sur un loup. Dès lors, Huck en est sûr : leur voleur est en réalité un homme-loup! Et quand il découvre que ce dernier a griffé Tom, c'est la catastrophe! Si Tom n'enraye pas la malédiction avant la prochaine pleine lune, il se transformera pour toujours en loup! Il n'y a pas une minute à perdre. Tom et sa bande s'organisent pour retrouver le loup responsable du coup de griffe et remontent ainsi la trace de Wanikiy : et si c'était lui, leur homme-loup?
Tom fait un rêve dans lequel Becky est en danger, menacée par une ombre qui fonce sur elle. Bientôt persuadé qu’il s’agit d’un rêve prémonitoire et qu’il va réellement arriver malheur à son amie, Tom joue le garde du corps pendant qu’ils ramassent ensemble des feuilles en vue de constituer un herbier pour l’école. Hélas, Tom est si collant que Becky finit par se fâcher et part à son insu ramasser de nouvelles feuilles dans la forêt en compagnie de Ben. Quand Tom l’apprend, alors qu’une tempête se lève, il réalise que c’est dans la forêt déchaînée que son rêve se passait. Dès lors, en compagnie de Huck, il va tout faire pour retrouver Ben et Becky, puis les mettre à l’abri dans le wigwam de Wanikiy, lequel, après l’orage, les aidera à trouver de magnifiques feuilles pour constituer un herbier qui épatera M. Dobbins.
En faisant le pitre, Tom casse un vase que Polly venait juste d’acheter. Il est obligé de travailler pour le rembourser, sauf que cela tombe mal : avec sa bande, il doit préparer le grand goûter annuel qu’organise Becky. Huck lui parle alors d’une légende : l’arbre d’abondance! Enterrer un certain soir sept objets précieux à son pied ferait gagner un trésor équivalent le lendemain. Tom voit là une solution rêvée pour rembourser sa dette. C’était sans compter sur cette peste d’Amy. Découvrant le projet, elle s’empare des objets confiés à Tom par la bande et enterrés par celui-ci au pied de l’arbre d’abondance. Commence alors un odieux chantage : elle ne lui rendra les objets que s’il l’aide à saborder la fête de Becky, dont elle est jalouse.
Sans le vouloir, Tom s’est rendu complice de Joe et l’a aidé à voler la caisse de Floyd. Possédant une preuve matérielle de la complicité de Tom, Joe en profite pour contraindre le garçon à devenir son « espion » et à lui révéler quels objets de valeurs possèdent les gens de Saint-Pétersbourg. Par peur d’être dénoncé et d’aller en prison, Tom cède au chantage de Joe et commence à épier les gens. Mais l’humeur changeante du garçon n’échappe pas à ses camarades, qui décident de lui venir en aide. Pour débarrasser définitivement Tom de l’emprise de Joe, la bande décide de subtiliser le butin afin de restituer l’argent volé du saloon dans la caisse. Ainsi plus de vol, plus de chantage!
Tom ment à M. Dobbins pour sortir de classe et aller aider Huck et Jenny. Toutefois, cela ne fonctionne pas comme prévu et c’est toute la classe qui part en forêt pour La journée de la nature, au même moment où une femelle alligator en furie met le coin sens dessus dessous pour retrouver ses œufs qui ont disparu. Très vite, M. Dobbins et les élèves se perdent dans la nature et Jenny doit les prévenir du danger, tandis que Tom et Huck vont récupérer les œufs afin de calmer l'alligator, avant que Muff ne les vende à Floyd, espérant ainsi régler son ardoise.
Afin de responsabiliser Tom, Polly le met au défi d’aller vivre chez Huck une semaine et de se débrouiller sans son aide. Tom est heureux de goûter à la liberté, et pour se rendre serviable, il part en quête de planches pour remplacer celles usées de la cabane de son ami. Sur les conseils de Jenny, il se rend tout près de chez la veuve Douglas, celle que l’on nomme « la sorcière », où traînent quelques planches abandonnées. Ravi de sa trouvaille, Tom déchante vite, car depuis qu’il a apporté ces planches dans la cabane de Huck, des choses étranges s’y passent. Et si la cabane était maudite?
Tom est coincé! Alors qu’il devait passer la journée avec Huck pour une palpitante pêche aux sangsues sur les berges de l'île, voici que tante Polly lui ordonne de rester à la maison pour garder son petit frère. Tom trouvera vite une solution pour concilier les deux : emmener Sid avec lui! Sauf que sur place, rien ne se passera comme prévu et Sid se retrouvera prisonnier dans le repaire de Joe! Tom et sa bande devront unir leurs forces pour s'en sortir.
Tom, qui a malencontreusement cassé le flacon de fortifiant de tante Polly (qui est grippée), se rend chez la veuve Douglas en quête d’un remède de remplacement. En chemin, il tombe sur Amy, qui, perdue, lui demande de la raccompagner. Mais ils doivent d’abord passer chez la Veuve Douglas, malgré les réticences d’Amy qui la voit comme une folle et une sorcière. Malheureusement, ils vont croiser la route d’une meute de loups qui se met à les poursuivre jusqu’au manoir de la veuve. Mais pourquoi donc ces loups les ont-ils attaqués?
Près du fleuve, Tom tombe sur une planque d’objets volés par Joe. Il se dit qu’il sera récompensé s’il les rapporte au shérif, et ça tombe bien, car il pourrait aider Jenny, qui manque d’argent. Tom rapporte un collier en ville, mais voilà que c’est lui qui est soupçonné du vol! Les gens de la ville, excédés, réclament justice. Tom prend peur et s’enfuit dans les bois. Il s’apprête à quitter la région, mais grâce à l'aide de ses complices, il lui reste peut-être une chance de confondre Joe et de prouver son innocence.
Un vendeur d’élixirs miraculeux arrive à Saint Petersburg. En fait, il s’agit de M. Finn, le père de Huck, qui affirme avoir changé depuis l’époque où il a quitté la ville et abandonné son fils; maintenant, il est un homme bien, dit-il. Tom est dubitatif et met en garde Huck, heureux de sa liberté et hostile à l’idée de revoir ce père défaillant. Sauf que Huck est amené à recroiser la route de ce dernier, et il s’attache à lui.
Alfred propose à Tom et à sa bande de s'associer avec lui pour retrouver l'épave d'un bateau disparu dans le fleuve, grâce aux informations recueillies par son arrière-grand-père, mais à la condition qu'il soit le capitaine de l'expédition. Les avis sont partagés: l'aventure et le trésor, oui, mais avec Alfred? Tout le monde tente de le doubler, mais Alfred se révèle un adversaire plus coriace que prévu, et la bande est obligée de composer avec lui.
Lorsqu’il achète, chez Mme Rogers, une petite boîte à bijoux en bois vernis, Tom est loin de se douter qu’il vient de déclencher une guerre infernale avec Joe. Pour Tom, il ne s’agit que d’un cadeau pour l’anniversaire de Becky, mais pour le bandit, cet objet est bien plus précieux. Un peu avant, Joe y avait gravé les codes du coffre-fort de l’épicerie et comptait bien s’en servir pour cambrioler la boutique. Maintenant que son plan est contrarié, c’est un Joe enragé qui part aux trousses de Tom, prêt à tout pour récupérer la boîte.
Découvrant un magnifique cheval sauvage, Tom se met en tête de le capturer et le dresser pour emmener sa bande à la fête annuelle de la grande ville voisine. Mais par sa faute, tante Polly se retrouve bloquée par un lumbago, et Tom est dans l’obligation de gérer toute la maison à sa place, notamment la vente de charité dans laquelle elle est impliquée.
Pour pouvoir être membre du jury aux côtés de Becky lors du grand concours annuel de pâtisserie présidé par Dobbins, Tom entreprend de devenir le chouchou de celui-ci. Tous les moyens sont bons pour parvenir à ses fins : porter ses courses, lui amener de la délicieuse tarte de tante Polly, faire croire au maître que celle-ci l’admire…
Pour développer sa petite entreprise, Floyd, le gérant du saloon, tente de s’approprier le terrain où est bâtie la maison de Jenny et de ses parents. Chassés de chez eux, ceux-ci projettent de quitter la ville… Tom et sa petite bande rassemblent toute leur astuce et leur énergie pour faire capoter le projet de Floyd et rendre sa maison à Jenny. Floyd ne recule devant rien? Et bien, Tom non plus. Surtout quand il s’agit d’amitié…
Tom et Harper ont involontairement accusé à tort Joe du vol d'un sac de maïs appartenant au vieux Hal, un fermier du coin. Le shérif Perry, qui prend comme une provocation ce énième vol de Joe malgré la mise en garde qu'il avait faite à ce dernier, est bien décidé à l'arrêter et à le garder derrière les barreaux pour longtemps. La traque commence pour retrouver Joe. Tom, qui tente de rattraper sa bêtise, se retrouve à devoir le cacher chez lui, à l'insu de Tante Polly et de Sid, ce qui n'est pas chose facile!