Léna, Mahad et leur mère Mila vivent en paix sur le bloc de Babylonia, Mila tente depuis des années de cacher aux autres les pouvoirs Seijins de sa fille, afin qu'elle ne soit pas comme elle l'avait été, enrôlé par la Sphère. Mais un incident vient révéler au grand jour ce secret, pour les protéger, Mila envoie ses enfants loin d'elle et se laisse capturer par la Sphère. Les enfants sont récupérés par le Vecteur qui veillera désormais sur eux avec l’aide de Cortes et son groupe de pirates. Mahad et Léna en apprendrons un peu plus sur leurs origines, notamment en embarquant à bord de l’Hypérion, vaisseau ayant appartenu à leur père Marc Farrel, ancien héro de la résistance.
Diwan est chargée de retrouver et de ramener les enfants de Mila. Ayant atteint la zone des Marges, Mahad et Léna se font attaquer par un vaisseau pirate puis récupérer par l'équipage. Celui-ci est composé de Aron Cortes, chef de la résistance et capitaine du vaisseau Saint Nazaire, Cheng son fils adoptif, son bras droit Wayan, la pilote Dahlia dont Mahad s'éprend et un homme âgé : le Vecteur. Ce dernier fait conduire les enfants dans l'ancien quartier général de Mila et de leur père. Ils y découvrent l'Hypérion, vaisseau de Marcus Farell, grand héro de la résistance aujourd'hui disparu. Les enfants se rendent compte qu'il s'agit de leur père. A ce moment arrivent Diwan et les forces de la Sphère, le combat commence mais les enfants parviennent à fuir à bord de l'Hypérion puis à aider le Saint Nazaire et ses moustiques contre les escadrons de la Sphère. Après la bataille, Mahad et Léna sont acceptés au sein de l'équipage et le Saint Nazaire rentre à Puerto Angel, le bloc des pirates. A Kharzem, Mila apprend à Oslo que la prophétie ne concerne que ses enfants.
A Puerto Angel, le Vecteur reçoit le message d'un ami, le maître Hailong Zalo, qui a un message de Mila à transmettre à Lena. Mahad et Léna se rendent alors dans la zone des blocs neutres de Ningxia pour rencontrer le maître, et se retrouvent au milieu d'une invasion des blocs dirigée par la Sphère. Capturés, ils se font emprisonnés dans le même cachot que le maître Zalo. Seijin puissant, il transmet à Léna par lien psychique le message télépathique de Mila. Plus forte, Léna parvient à s'échapper avec Mahad et à mettre la Sphère en déroute.
Une grande sécheresse s'est à nouveau abattue sur Puerto-Angel. Et Léna en est la première victime. La seule solution provient de cette station d'épuration d'eau abandonnée par la Sphère. Les Pirates, en investissant la station, découvrent que l'équipage s'est volatilisé à cause d'une redoutable machine : le Mogura ! Un robot-araignée conçu par la Sphère pour repérer l'eau et l'extraire. Seulement, le corps humain est composé à 85 % d’eau…
En libérant un convoi de prisonniers, Cortes et ses Pirates ramènent à Puerto-Angel un ancien convoyeur nommé Sansken. Celui-ci prétend connaître l’emplacement de la Forteresse de Kharzem où Mila est incarcérée. Malgré les conseils de Cortes, Mahad et Léna vont quand même s’y rendre...et découvrir le décor fascinant de l’ancienne ville de Paris ! Mais Oslo et Diwan sont sur place, au cœur de l’archipel des Tempêtes, à la tête d’une division entière de Brigs, prêts à mettre la main sur les enfants de Mila.
Un ouragan imminent menace un secteur de Skyland. Tandis que l'équipage du St Nazaire essaye de sauver les réfugiés isolés, Mahad et Dahlia se retrouvent coincés sur un bloc de glace, qui se dirige droit vers Puerto Angel. Celui-ci est trois fois plus gros que l'île des Pirates. La seule issue est de faire exploser le bloc en utilisant les réacteurs de l'Hypérion. Mais cela signifie aussi qu'ils ne pourront s'enfuir du bloc avant l'explosion.
Le Saint Nazaire intercepte un patrouilleur à la dérive. L'équipage est rescapé, mais Cortes et les pirates ne réalisent que trop tard qu'il s'agit en fait d’agents de la Sphère. Ils escortent une jeune Seijin, emmenée de force au Tutorat. Les deux Tuteurs prennent l'avantage sur Cortes et son équipage… Seul Mahad et Léna leur échappent. Ils leur restent peu de temps pour sauver leurs amis… Des patrouilleurs de la Sphère commencent à débarquer.
Un phénomène solaire particulier rend les pouvoirs Seijins imprévisibles. Oslo réussit à prendre le contrôle de Dahlia et s'en sert comme marionnette. Dahlia/Oslo s’arrange pour mettre en cause Léna afin que la population la soupçonne. Elle est contrainte de se réfugier chez le Vecteur. Ce qui laisse libre cours à Olso pour télécharger les coordonnées de Puerto Angel.
Dans son journal vidéo, Mahad raconte le jour ou Cortes décida de lui donner une bonne leçon en l'intronisant « pirate en chef » durant son absence.Tout commençait bien pour Mahad jusqu’au moment où la Sphére localisa le bloc et décida de s'y rendre. Mahad, Léna et Dalhia se retrouvèrent quasi nez à nez avec Diwan et ses escouades de Brigs.
Après avoir intercepté un appel de leur père Marcus Farrel, Mahad et Lena embarquent en direction de l’émetteur. Oslo suit aussi la trace de la transmission. Et après une courte bataille, tous s'écrasent sur un bloc désert et mystérieux. Blessé, Oslo ne peut utiliser ses pouvoirs… Tous trois partent ensemble à la recherche de l'appel. Ils sont attaqués par un monstre invisible, le Symbiont qui protége des informations sur la rébellion. Ils arrivent à lui échapper en se cachant au sein même de la base rebelle souterraine.
Lena reçoit un message télépathique de sa mère en rangeant des affaires personnelles. Toute excitée, elle se rend avec Mahad et Dahlia sur le bloc de Babylonia, dans l'espoir d'intercepter d'autres messages. Lorsqu'ils arrivent sur Babylonia, Mahad retrouve ses vieux amis Shoomday et Hanako...
Le grand-père de Cheng, Tibald Jaïd, est le principal concepteur des armes de la Sphère. Il souhaite retrouver son petit-fils, et pour cela il envoie un patrouilleur téléguidé vers Puerto Angel pour le récupérer. Cheng découvre alors qu'il a un grand-père et décide d'aller à sa rencontre en plein territoire ennemi. Une réunion familiale gâchée par l'arrivée de Diwan qui s'empare de Cheng."
Lors d'une expédition sur le bloc de Brooklyn, Mahad, Léna et Cheng tombent sur un étrange personnage et sa fille, pourchassé par la Sphère. Une fois à Puerto Angel, le Vecteur identifie l'homme comme étant un immense scientifique dont les recherches sur l'eau sont du plus grand intérêt pour la Sphère. Mahad est plus intéressé par la jeune fille, Astrid. Elle lui révèle un véritable coup de théâtre ! Max n'est absolument pas le scientifique qu'il prétend être.
Lors d'une mission de reconnaissance, Mahad et Léna tombent sur un vaisseau citerne perdu dans une zone éloignée. Seul aux commandes du vaisseau, Oslo, malade, se dirige vers le bloc perdu de Vandergaard. Il se rend chez son frère pour se recharger en lumière. Mahad veut le laisser à son triste sort. Pas question pour Léna de le laisser mourir, il est leur seul lien avec leur mère.
Mahad est kidnappé par Tak, un des combattants d'arène de la Sphère. Cortès et les rebels partent à sa rescousse au Colisée où à lieu le combat mais c'est trop tard: Le combat est déjà lancé. Heureusement Cortès et Léna parviennent à le sauver, mais le prix a payer est un autre combat: Cette fois l'adversaire n'est nul autre que Diwan elle même !
Tandis qu'il escorte un vaisseau citerne, Mahad laisse les manettes de l'Hypérion à Cheng pour aller faire du surf. Seul, Cheng a beaucoup de mal, il est contraint d'appeler Cortes à l'aide. Mahad tombe sur les « Démons du vent » de vieilles connaissances qui le défient dans une ultime cours. Le St Nazaire se retrouve coincé dans une embuscade, Mahad ne répond pas aux SOS trop occupé à vouloir prendre sa revanche.
Christophe, le frère de Cortès arrive sur Puerto Angel avec un problème: son vaisseau, le Castillo, réplique identique du St-Nazaire, s'est échoué sur un bloc de glace. Il a besoin de l'aide de son frère pour récupérer son navire. Mais Cortès est perplexe, son frère a clairement montré dans le passé qu'il n'était pas digne de confiance. Cependant, il se rend compte qu'il n'a pas vraiment le choix, le vaisseau de son frère est fiché par la Sphère qui va s'en emparer d'un moment à l'autre, et si Oslo parvient à mettre la main dessus, il découvrira l'existence des rebels sur Puerto Angel. Ce sera, assurément, la fin des pirates !
Les Pirates ont appris l’existence d’un orphelinat dans lequel ont été cachés des enfants Seijins pour qu’ils échappent au Tutorat. Ce bloc est désormais menacé par la Sphère, mais les Pirates ont une longueur d’avance grâce à Mahad et Léna qui se posent en premier sur le bloc. Ils vont se retrouver face à une petite communauté d‘enfants rejetant le monde des adultes, croyant naïvement pouvoir être plus fort que la Sphère.
C’est un jour comme un autre à Puerto Angel, quand soudain un Patrouilleur mystérieux débarque en évitant le système de surveillance. Grâce à l’Hypérion, Mahad neutralise le Patrouilleur, une Seijin titubante et blessée se trouve à bord. Elle est persuadée que la Sphère représente la paix et la sécurité alors que les Pirates font régner la peur sur Skyland.
Parce que Lena souffre de visions terrifiantes à propos d’un jeune garçon et de sa mère, Mahad et Dahlia partent dans le Skyland pour mener l’enquête. En arrivant sur un bloc inhabité près de la Grande Muraille, ils se retrouvent devant la scène que Lena avait décrite, à ce moment-là, la mère du garçon disparaît. Soudain, Lena est enlevée par une entité invisible. Elle est déposée sur un bloc étrange où elle est retenue prisonnière avec d’autres Seijins, que la soif de pouvoir rend fou.
Léna est assaillie par la vision d’une femme et d’un livre. Cette vision insistante l’amène à entraîner Mahad et le St Nazaire dans une zone dangereuse. Ils trouvent les coordonnées d’un bloc étrange, celui sur lequel réside la Comtesse. Le fameux livre que Léna voit dans ses visions est un atlas recensant tous les blocs du Skyland. Le bloc de Kharzem y est sûrement répertorié. Mahad et Léna se retrouvent face à la Comtesse mais Oslo est également arrivé.
Mahad, Lena et Cortes mènent une course contre le temps pour localiser et retrouver un ancien artefact, connu sous le nom « d’Origine » - une arme mortelle capable d’amplifier mille fois les pouvoirs d’un Seijin. Malheureusement, Oslo a de l’avance sur eux, ses troupes y entreprennent déjà des fouilles. La seule personne à connaître l’emplacement exact de l’Origine est un Ancien, Mahad et Lena doivent sauver Faro des griffes d’Oslo avant qu’il ne livre son secret.
es pirates ramènent d’un raid, un engin où est recueilli l’ensemble des souvenirs de Mila. Le seul problème est que pour accéder à ces souvenirs, l’engin doit être branché sur le système qui protége Puerto Angel. Lena veut accéder à ces souvenirs, allant à l’encontre des ordres de Cortes, elle convainc Cheng de l’aider. Et c’est là qu’ils comprennent que l’engin est un piège.
Mahad et Léna font la rencontre d’un personnage peu sympathique, spécialisé dans les armes anti-seijin. Qui se rend sur le Monolithe d’Oslo pour installer un nouveau système afin de neutraliser les pouvoirs un prisonnier d’une extrême importance. Les enfants comprennent tout de suite : il s’agit de Mila. Mahad va prendre son identité et s’infiltrer avec Léna dans le monolithe, mais l’homme réussit à s’échapper du St Nazaire.
Dans la sombre forteresse de Kharzem, Oslo poursuit ses expérimentations sur Mila en extrayant son énergie Seijin pour alimenter sa nouvelle unité de Brigs. C’est en réparant son vaisseau que Mahad découvre les coordonnées de la dernière mission de Marcus Farrel, son père, avant qu’il ne disparaisse.
Sans prévenir Léna et Mahad se rendent à l’endroit même où leur Père aurait disparu et se retrouvent à... Kharzem !
