坂井悠二の高校生活は、ずっと続くはずだった。だが、悠二は見てしまった。学校の帰り道、人々が燃え、その炎をマネキンと人形が吸い込むのを。大太刀を振るう、炎髪と灼眼の少女を!!
悠二は死んでいた。彼は、紅世の徒に存在を喰われた後の残りかす。人間には見えるはずのないそれを、灼眼の少女はトーチと呼んだ。そして、クラスメイト・平井ゆかりの中にもトーチがあった。
平井ゆかりは死んでしまった。その中、悠二は灼眼の少女にシャナという名前をつける。だが、その翌日、クラスメイトが過去の存在も消え失せたはずの平井ゆかりを覚えていた。
シャナは悠二の家にいた。宝具を納めたミステスである悠二を、フリアグネから守るために。だが、紅世の徒を追う新たなフレイムヘイズ・マージョリーと彼女に力を与えている紅世の王が現れた。
フリアグネは気づいた。自らの計画のため配置したトーチが徐々に消えて行くことを。フレイムヘイズではない何者かがこの街にいることを。そして、その者を狩るため力を使ったとき、マージョリーと接触する。
シャナは自分の気持ちに苛立っていた。ただのトーチである悠二の存在が、その要因なのか。苛立ちが頂点に達したとき、フリアグネの計画が動き出した。それに気づき、戦いの場へ急ぐシャナ。
「シャナと一緒に戦う」と悠二は言った。共に戦うために鍛えてもらおうと自ら申し出たことが認められただけではない。シャナには、悠二はただのトーチではないのだ。
紅世の徒の討滅を実行するため、戦闘狂と化すマージョリー。だが、その前に立ち塞がった少女は言う、使命はこの世と紅世のバランスを守ることだと。悠二を得てシャナは変わっていた。
クラスメイトの池が持ってきた「御崎ウォーターランド」の招待券。オープンしたばかりの話題の巨大屋内プールに、誰もが喜んだ。だから、その場で日曜日に一緒に行こうと盛り上がる。
悠二にとって、それは日常になりつつあった。「強くなり、シャナと戦いたい」。だからこその日々の鍛錬。一方、シャナの思いはより強くなっていた。「重要なのは悠二が強くなること」。
シャナは悠二の力を必要とし、悠二はシャナに必要とされることで自信を得ていた。以前とは違う間柄へ変わりつつあるふたり。だが、アラストールはそこにひとつの問題を見出していた。
悠二は池に、シャナは一美に問いつめられた。自分の気持ちから逃げることが、他の人を苦しめているのだろうか。しかし、ふたりにはそれ以上に心を向けなければならないことがあった。
街は山吹色に染められていた。「贄殿遮那」を狙うソラトとティリエルが操る巨大な植物の花びらが空を舞っている。シャナの大太刀は、植物の蔦を切り、ソラトを蒸発させる。だが、それは一瞬でしかなかった。
第1期TVシリーズの第13話直後を描いたOVA。シャナにライバル宣言をした吉田一美とそれを受けたシャナ。二人の関係がギクシャクする中で行われた校外授業。そこでは、悠二をめぐり火花を散らすシャナと吉田とは異なる、新たな恋のバトルが勃発していた!? 持ち前の明るさと元気の良さで、クラスのみんなから好かれている緒方真竹（通称オガちゃん）。彼女はひそかに同級生の田中栄太に想いを寄せていた。しかし彼は同じくクラスメイトであり親友でもある、佐藤啓作と親密な様子（緒方視点で）…。佐藤啓作に負けじと（？）、田中栄太にアタックする彼女の恋の結末は!?
この世からも紅世からも見えない場所・天道宮。そこにはアラストールと、ヴィルヘルミナ、鍛錬の相手。限られた人物が、理想のフレイムヘイズを生み出すため、時間をかけシャナを育てていた。
新たなフレイムヘイズ、炎髪灼眼の誕生を阻止するため現れた男の名はウィネ。徒を天道宮へ招いてしまった責に動揺するシャナに、ヴィルヘルミナは言う「この生活は不要になった、大丈夫」と。
フレイムヘイズが生まれた。長い炎髪が揺れ、鋭い灼眼が煌めく。待ち望んだ契約は達成されだが、彼女がこの世に慣れるまでの間を邪魔されないためにも、紅世の徒を逃すわけにはいかない。
毎日のように吉田一美の弁当を食べている悠二が嫌だったシャナ。そのため、千草に料理を教わるシャナだったが、そうそううまくなるはずもない。そこで千草は、気分を変えさせようとミサゴ祭へ行くよう提案する。
吉田一美は、世界の本当の姿を見てしまった。カムシンから手渡された片眼鏡の宝具「ジェタトゥーラ」。それを覗くことでトーチの存在を見た一美は、ある心配を抱く。「…坂井くんは？」。
シャナは吉田一美に告げた「私はフレイムヘイズ」だと。悠二がトーチだったこと、そしてシャナが違う世界の存在だったこと…。一度に押し寄せた非日常の荒波に、一美は混乱してしまう。
戸惑うシャナ。フレイムヘイズのヴィルヘルミナが現れた。フレイムヘイズになる前の自分を知り、フレイムヘイズになろうとした自分を知る存在に、シャナはしばしの安息を得るが…!?
街を出ることを決意した悠二。シャナはそれを承知してはくれなかった。悠二に求めるものは、そんなものではなかったのだ。各々の思いが離れて行く中、祭で使われた飾りに火がつけられる。
悠二がシュドナイにさらわれてしまった。連れて行かれた先は、御崎市に現れた「仮装舞踏会」の城砦・星黎殿。「仮装舞踏会」は悠二を、「零時迷子」を使って何をしようというのか…？
星黎殿へ突入するシャナ。だがそこには、紅世の王“探耽求究”の罠が仕掛けられていた。一方、星黎殿から溢れる存在の力は御崎市を満たし、これまでにない現象を見せていた。
御崎市の上空では、戦いが繰り広げられていた。その根幹にある零時迷子＝悠二と彼を取り込んだヘカテーを前にシャナは言う。「悠二を返してもらう」。それは炎髪灼眼のシャナの決意だった。
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電撃文庫公式解読本「アニメ『灼眼のシャナ』ノ全テ」 初回限定版付属DVD「『灼眼のシャナ』DVDまがじんα 〜メロンパンよ、カリもふを抱け!〜」
平凡な高校生・坂井悠二の日常は、ある日突然消滅した。 異界から渡り来た、人の“存在”を灯りに変えて喰らう化け物“紅世の徒（ぐぜのともがら）”が悠二を襲う。 逃げることも忘れ呆然と立ちすくむ彼を救ったのは、紅蓮の髪と瞳をもつ謎の少女だった。 そして──その少女は、悠二にこう告げた。 「おまえはもう【存在】していないのよ」と。 「存在亡き者（トーチ）」であった悠二と、彼に“シャナ”と名付けられた少女は、悠二の中に宿る宝具を監視するため御崎市に留まることに。 そして二人は、彼をトーチに変えた元凶、この街に潜む紅世の王“狩人”フリアグネと対峙する……。
シャナと闘った夏祭りが嘘だったかのように悠二は喜ぶ。そんな風景に違和感を覚える悠二。シャナが教師に意見するのも、一美のお弁当も前にも経験したのでは？
夢を操る“紅世の徒”、“戯睡郷”メア。悠二の活躍でその自在法は破られ、シャナの一太刀で“徒”はあっけなく倒れたかに見えた。だが、また再び夢の中にいることに気づいた悠二たちの前…。
転校生・近衛史菜。彼女は「仮装舞踏会」の幹部・“頂の座”ヘカテーに似ているため、封絶をするシャナ。その封絶内で動けない史菜を“徒”とは思えず、シャナたちは様子を見ることにする。
学校生活に慣れ、悠二たちと一緒に昼食を取るようになった史菜。だが、マージョリーとヴィルヘルミナは「仮装舞踏会」の動きを収集するなど、わずかな不安要素も見逃さない気構えでいた。
ヴィルヘルミナによる鍛錬を休んだシャナは、理由としてヴィルヘルミナに「都合が悪い」とだけ伝えていた。だが、本当の理由はシャナがとある気持ちで苛立っていたからだった。
家で勉強会を開いた悠二たちだが、シャナは史菜が当然のように悠二の隣に座っているのが気に食わない。夕食を作っていた一美も、優しすぎる悠二の態度に寂しさを感じずにはいられなかった。
史菜を初めての遊園地へ誘う悠二たち。その幹事は「いい思い出は、いい段取りから生まれる」が信条の池速人。そこで今回の段取りを成功させて、彼は一美にアピールしようとしていたが…!?
佐藤は、「俺を、鍛えてください」と彼女に懇願する。だが、彼女は「アンタ、死ぬわよ」と言い放ち、“千変”シュドナイと繰り広げた戦いとひとりのフレイムヘイズとの出会いを語り始める。
“紅世の徒”の“穿徹の洞”アナベルグと対峙していたマージョリー。シュドナイが彼女のトーガを切り裂く。彼女の危機に、半人前のフレイムヘイズ“魑勢の牽き手”ユーリィが駆けつける。
自在法の構築に成功した悠二だが、シャナとアラストールから祝いの言葉はなく、ふたりは封絶を染める炎から目を離せずにいた。そして、パレードの代表者にシャナたち４人が選ばれる。
御崎高校学園祭「清秋祭」まで後３日。悠二たちは、学校に泊り込んで作業を行なっていた。その中で、一美は自分自身に正直でいるための決意を新たにし、シャナもまた己に向き合おうとしていた。
「清秋祭」初日、悠二の両親やヴィルヘルミナ、ヴィルヘルミナに無理矢理連れてこられたマージョリーらが見守る中、生徒たちによる仮装パレードが行われていた。
琥珀色をまとう竜巻の中心に捕らえられた悠二。だが、その中心から新たな色の炎が走り封絶が張られた刹那、マージョリーの表情が一変し、彼女はその中心へと飛ぶ。一方、シャナは悠二を狙う“徒”と対峙していた。
フィレスが求める「約束の二人（エンゲージ・リンク）」の片割れであるヨーハン。マージョリーが狙う銀。それが悠二の中にあるのかを知るため、ふたりに休戦と協力を約束させたシャナたち。
意識だけを宿した傀儡を操る「風の転輪」により、マージョリーやシャナ、ヴィルへルミナまでも利用したフィレス。悠二の胸から現れた銀の炎に包まれた腕。その事態に干渉する新たな存在が…!!
清秋祭が終わりを告げたとき、近衛史菜の姿はなかった。ヘカテーの偽りの器だった彼女はヘカテーと同化され、数ヶ月を一緒に過ごしたクラスメイトの記憶からも彼女の存在が失われてしまう。
田中に佐藤は自分の意思をぶつけていた。緒方は既に元通りになったとはいうものの、マージョリーの手により彼女を失った事実が、田中の心を大きく揺るがす。
悠二が封絶で見せた“銀”の炎。果たして、その正体とは？ そして、なぜその力が彼の中にあるのか？ 疑問と疑惑が交錯する中、マージョリーの指導で悠二の自在師としての鍛錬が始まった。
“紅世の徒”の“聚散の丁”ザロービに声をかけられた悠二。その“徒”に近くの住宅地で暮らす人々を人質に取られてしまい、悠二は繁華街、そして駅前のアケードへと為す術もなく進む。
最前の策を成し遂げた悠二の元にシャナとヴィルへルミナが合流した。だが、新たな攻撃が３人を襲う。無数の刃がシャナの体を刻み、茜色の炎がヴィルへルミナと悠二を飲み込む。
時と共に傷を広げる自在法「スティグマ」。そのため他のフレイムヘイズは動けないと思っていたサブラクは、シャナの登場に驚く。
貫太郎から悠二に告げられた吉報。その事実が彼の思いを後押しする。一方、自分の気持ちにケリを着けるため、シャナと待ち合わせをした一美は、悠二にどちらかを選んでもらおうと考えていた。
悠二はシャナと一美に指定された場所へ向う。 だがその直前、ヘカテーによって零時迷子が奪われてしまう。 異変に気づくシャナ。 だが、悠二が捕われた“殻”の中に入る術はない。
バル・マスケの狙いは、“徒”をこの世で生み出すことだった。その計画を止めるため動き出すシャナたち。そんなシャナたちの反撃を感じた悠二は、ひたすら走り続けていた。
紅世の王、フリアグネが遺した宝具を探しに廃デパートを訪れたシャナと悠二。膨大な玩具の中から宝具を探すが、悠二が偶然手にした望遠鏡が実は宝具だった!? お互いの中身が入れ替わり…!?
悠二とシャナが通じ合っていた頃、清秋祭を半月後に控えた御崎市。 シャナの奇妙な行動を不審に思ったヴィルヘルミナが、悠二を帯同させ尾行を開始した。果たしてシャナが隠す秘密とは?
十年前に行方不明になった男性が突如発見された。 その存在が"徒"に喰われていたと確信した少女―『贄殿遮那のフレイムヘイズ』は、"徒"を討滅するため情報の発信地となった街へ訪れる。存在を喰われた人間がここまで目立つことはない。 また、フレイムヘイズが駆け付けるのはわかっているのに、その"徒"はまだここに留まっている。 それは何故か・・・・・・。人の繋がりの中で、彼女の探索が始まる。
トーチとなった少女・大上準子の存在に割り込み、人を喰らった"徒"の痕跡を探していた『贄殿遮那のフレイムヘイズ』は、準子の記憶を辿る中、ついに "徒"の明確な痕跡を発見する。 準子の存在だけを喰らい、同じ場所にいた濱口幸雄を見逃した"紅世の徒"ウコバクの欲望とは何か。 そして、ウコバクの周囲に浮かぶ無数のシャボン玉、その中に見る人影が意味するものとは・・・・・・。
クリスマスイブの夜。シャナと一美は悠二を呼び出したが、会うことは出来なかった。その夜を境に、悠二という人間の存在は消えてしまった。彼がいた痕跡をはじめ、母の千草や学校の友人たちの記憶からも全て…。
バル･マスケの居城“星黎殿”に紅世の徒たちが集まっていた。数千年前に失われた盟主の復活。それはフレイムヘイズとの全面戦争開始の合図であった。同じように、フレイムヘイズも戦いの準備を進めていて…。
“坂井悠二”であって、そうでないもの。彼が降り立った地は、自身が生まれ育ち、母親と仲間がいる街･御崎市だった。同時刻、シャナたちは強大な“紅世の王”の気配に気づき、敵と対する準備を進めるが…。
御崎市に現れた紅世の王。御崎大橋の主塔の上に立つその姿を見て、シャナは困惑してしまう。その王は、クリスマスに消えた坂井悠二だったからだ。マージョリーやヴィルヘルミナは彼に疑問を投げ掛けるが…。
天罰神である天壤の劫火･アラストールと同位の存在、創造神･祭礼の蛇。葬られたはずのその神が蘇り、悠二と融合していた。フレイムヘイズと徒の摂理の通り、シャナと悠二は激突。戦いを繰り広げるが…。
マージョリーの代理として東京のアウトローに向かった佐藤。だが、彼はアウトローに入った瞬間に監禁されてしまう。それから1週間が経ち、焦る佐藤の前に突如、フレイムヘイズ･レベッカが現れる。
仮装舞踏会の盟主･祭礼の蛇が望む“大命詩篇”。「害悪を為す存在ならば、消し去るまで」と、ヘカテーは、力を封じられたシャナに向けて炎弾を打ち込む。だがそこに坂井悠二が乱入し、事態を止めてみせる。
盟主･祭礼の蛇の神体を帰還させるため、三柱臣たちが神門に向かう大命の第2段階が始まった。それに合わせるかのように、残された徒らは行動を開始する。フレイムヘイズと徒の全面戦争が始まった。
一対である宝具“天道宮”と“星黎殿”の秘密。それは一定の距離に近づくと双方を繋ぐ通路が修復され、自由に行き来ができるようになるということ。ヴィルヘルミナたちはその通路を利用し、内部から奇襲を仕掛ける。
シャナは“星黎殿”で起きた騒ぎを利用し、力を封じていた戒めを解き脱出する。だが、彼女の前に紅世の王･ウアルが立ちふさがる。放たれる複数の分身を倒しながら、シャナはあることを思い浮かべていた。
地上へ墜ちた星黎殿を中心に展開する徒と、空から軍勢を降下させて出城を築いたフレイムヘイズ軍。にらみ合う軍勢の間に紅蓮の輝きが走り、その中心にシャナが立つ。そして、神門の秘密が彼女の口から告げられる。
シャナが神門から詣道へ足を踏み入れると、壊刃･サブラクが再び現れた。ヴィルヘルミナ、カムシン、レベッカはその場に残り、シャナを先へ行かせる。だが新たな問題が、彼らを不利な状況へと陥れてしまう。
シャナは再び悠二と会うことができた。だが、再会した場所は祭礼の蛇の上。2人の間には互いに相容れることない決意があった。一方、サブラクとフレイムヘイズたちの戦いにある変化が起きようとしていた。
銀色の粒子へと砕かれた神門。それは、フレイムヘイズたちの敗北を意味していた。神門から姿を現し、復活を遂げた創造神･祭礼の蛇が宣布を始める。シャナは本隊を援護すべく持ち場へ急ぐが…。
シャナたちの作戦“引潮”が始まる。戦場に自在法･トラロカンの雨が降る中、瑠璃色の炎を灯す塔へと急ぐフレイムヘイズたち。だが、敵に退路を見せる危ない作戦の真意に、三柱臣の1人･シュドナイ気づく。
創造神復活の阻止、星黎殿の攻略、仮装舞踏会首脳部の打倒。何一つ成し遂げられない状況の中、シャナは最後の一手があると信じていた。だがそれをするために必要な決意を前に、フレイムヘイズたちは躊躇を見せる。
シャナはニューヨークにいた。古来より南北アメリカ大陸を徒から守ってきた特異な討ち手･大地の四神の共闘を得るためだ。“引潮”作戦で失われた一神･センターヒルに託された言葉を、シャナは残りの三神に伝える。
御崎市の空を覆う巨大な蛇と、その下に浮遊する星黎殿。そこへ通じる橋を、一美は悠二と一緒に歩いていた。自分にしかできないことを知るため、そして悠二が成し遂げようとしていることを見極めるためだったが…。
楽園“ザナドウ”を求めて集まる徒と、その前に立ちはだかるフレイムヘイズたち。その中心にあるのは、漆黒の炎と紅蓮の炎だった。互いの思いを知りながら、シャナと悠二は異なる道を歩む相手を止めるため対峙する。
世界の卵を背にして戦う悠二の横に、バル･マスケ三柱臣の一柱･シュドナイが並び立つ。シャナの横にもマージョリーとヴィルヘルミナが現れた。その頃、ロフェカレを捕らえたフレイムヘイズたちは意外な事実を知る。
シャナの真紅の炎が世界の卵へ届く。だが破壊は起きず、波紋となって卵に染み渡るだけだった。シャナの目的が破壊でないことに驚き、戸惑う悠二と三柱臣。彼らを他所に、封絶内にシャナたちの言葉が響きわたる。
真宰社の基部で起こった爆発は、シャナと悠二に一時戦いを忘れさせるものだった。そこには“エンゲージ･リング”のヨーハンとフィレスに連れ出された一美がいるはず。心配を隠せないシャナは…。
シャナは改変を成功させるが、大命は未だ止まらない。祭礼の蛇と融合した悠二は余裕の笑みが浮かべていた。教授は“零時迷子”の機能を探り当て、一つの式を作り上げる。創造神･祭礼の蛇の目的は神威召還だった。
創造神･祭礼の蛇の神威召還により誕生した、新世界“ザナドゥ”。シャナたちの自在式“人間を喰らわずの理”を織り込んだままの誕生だった。戦闘は終息へと向かったが、悠二とシャナの戦いは終わっていなかった。
