ロックマンのもとに赤ん坊の姿をしたナビが迷い込んできた。なりゆきでその赤ん坊ナビの面倒を見ることになったロックマン。そんなある日、現実世界に姿の見えない巨大な怪物が出現、２体いるとおぼしきその怪物はデンサンタウンに現れ街を破壊し始めた。祐一朗は、その怪物を電脳世界から来た存在だと推測し電脳獣と名づける。 クロスフュージョンして電脳獣と戦う熱斗たち。電脳獣はサイバーワールドへ移動しインターネットシティ内で暴れ回る。 熱斗はロックマンをプラグイン、電脳獣に立ち向かうロックマンだが全く歯が立たない。その時、ロックマンにしがみついていた赤ん坊ナビがロックマンの身体に異変を起こさせた･･･！
科学省とIPCに同時にアタックが仕掛けられたという連絡が入り、現場へと急ぐロックマン、サーチマン、ブルース。赤ん坊ナビはロールに預けられるが、赤ん坊ナビはロックマンにしか懐かず泣くばかりで困り果てるロールたち。科学省のサイバーワールドに現れたのはスパークマン、IPCに現れたのはプラントマンだった。 驚くロックマン達だが、スパークマンとプラントマンは獣の姿に変身し、ロックマンたちに襲い掛かってきた。
ナビの実体化の新しい可能性・コピーロイドの研究者・真琴は、何者かから暗号化された謎のプログラムを受け取る。昔のよしみで名人に暗号解読の協力を求める真琴。 プログラム解読には成功するが、真琴はそれを見るなり自分の研究室へ戻ってしまう。このプログラムを使えば失敗続きだったコピーロイド実験がうまくいく、と確信した真琴の前に、ゾアノロイド・パンクが出現した。報告を受け、現場に向かった熱斗達はコピーロイドを乗っ取って実体化したパンクと戦う。
一夜にして成長した赤ん坊ナビ・トリルに驚く熱斗達だが、トリルは相変わらずロックマンにべったりだ。そんな時、とある岬で幽霊船出没の報が入り、熱斗は調査に向かう。 幽霊が恐くて腰が引けるロックマンだが、トリルは興味津々。ロックマンはトリルの手前、思わず「幽霊なんか平気だ」と豪語してしまう。幽霊船を動かしていたのはゾアノロイド・フレイムマンだった。
やいとが秋原小学校に再度転入してきた。歓迎する熱斗たち。やいとはガブゴン社で試作中の巨大映像装置を披露しようと熱斗達を会社の開発ルームへと招く。 だが、未完成だった装置は暴走、熱斗はロックマンをプラグインして装置を停止させようとする。ロックマンたちはガブゴン社のセキュリティを破り、装置のコアを目指す。 その頃、ガブゴン社を中心とした広い範囲で原因不明の大規模な停電が発生していた。
ロックマン達の前にバブルマンが現れる。トリルをどこで見つけたのかと訊ねると、アメロッパ軍の古い軍事施設のサイバーワールドでだと言う。調査のため、アメロッパへと向かった炎山は、無人のはずの基地の中で一人の少女と出会う。一方ニホンのサイバーワールドでは、ナビの大量蒸発事件が発生していた。事件を追う熱斗とロックマンは犯人がゾアノロイド・ファラオマンだと突き止める。が、ゾアノファラオマンは攫ったナビを改造して自分の手下とし、ロックマンを襲わせる。
獣化したロックマンは、ゾアノロイドを倒した後も暴走をやめず、インターネットシティを破壊していく。熱斗の必死の呼びかけも届かず、愕然となる熱斗達。 ロールとグライドがマヒ攻撃で獣化ロックマンの動きをとめようとするが失敗、獣化ロックマンはサイバーワールドの奥へ潜り、行方がわからなくなってしまう。 落ち込む熱斗の前に謎の少女が現れた。少女は熱斗からトリルについて聞き出そうとする。
謎の少女が熱斗のクラスに転校してきた。たちまち男子の人気者となる少女。熱斗は少女から尚もトリルとロックマンの関係について問われ、戸惑う。 そして、インターネットシティ内ではナンバーマンが自分と瓜二つのナビと遭遇していた。もう一人のナンバーマンは、アクアマン達がロックマンに会いに行くと知り、本物のナンバーマンと入れ替ってロックマンに近づこうとする。二体のナンバーマンが鉢合わせし、バトルとなって驚くロール達だが…。
サイバーワールドの秘密基地で、傷ついたゾアノフリーズマンが迷いこんできているのを発見したアイスマン。ゾアノフリーズマンはアイスマンを追い払おうとするが心配したアイスマンはゾアノフリーズマンを介抱する。その頃、サイバーワールド内で、氷系のナビが何者かに襲われるという事件が連続発生する。捜査を進める熱斗とロックマンは、事件にゾアノロイドが絡んでいるのでは、と推測。そして、透からアイスマンが行方不明だという通信が入る。
深海調査艇での仕事を担当することになった祐一朗、名人について、海にやって来た熱斗とメイル。だがその船のサイバーワールドにはトリルを狙い、ファルザーのゾアノロイド、ゲートマンが潜んでいた。さらには同じ目的でグレイガのゾアノクイックマンがコピーロイドで実体化し、船を直接攻撃してきた。クロスフュージョンして戦う熱斗。そしてゾアノゲートマンは深海艇のシステムを乗っ取り、艇内の祐一朗とメイルの命と引き換えに、トリルを渡せと要求してきた。
みたび獣化し、暴走したロックマンは深海艇のシステム内でゾアノゲートマンを追って暴れ回る。途方にくれる熱斗。そこにゾアノゲートマンを助けるため、新たなゾアノロイド・スワローマンが現れた。ゾアノスワローマンは獣化したロックマンの近くにいた少女ナビに気づき、怪しいと睨む。そのナビのオペレーター・アイリスを狙って実体化し、アイリスに襲いかかるゾアノスワローマン。熱斗はアイリスと共に船内を逃げまどう。そんな混乱の中、制御不能となった深海艇では祐一朗とメイルが助けを待っていた。
トリルはネット警察で保護されている、という情報を得たファルザー、グレイガ両陣営は、トリルを奪おうとゾアノロイドを次々とネット警察のサイバーワールドに送り込んできた。ネット警察で待機している炎山、デカオ、ディンゴ、メイル、そしてライカがそれを撃退する。だがネット警察の目的は、トリルを捜してくるであろう謎の少女ナビ、そしてアイリスを保護することだった。予想通り、少女ナビはネット警察のサイバーワールドに進入してくるが、グレイガ軍とファルザー軍の戦いの中、行方を晦ましてしまう。
トリルの居場所を突き止めたファルザー軍、グレイガ軍が、獣化ウイルスの大軍と共に襲撃してきた。ロックマン達はトリルを守るため戦う。祐一朗の作戦で、両軍をサイバーワールドの一角に閉じ込めることに成功したものの、グレイガ軍のゾアノダークマンはそこをかいくぐりトリルを狙ってきた。ゾアノダークマンは圧倒的な強さで攻撃、ピンチに陥るロックマン達だがアイリスのナビの力で危機を救われる。アイリスはビヨンダードについて、そしてトリルについて語り始める。
ビヨンダードへと通じる空間の裂け目に吸い込まれてしまった熱斗たち。ビヨンダード、そこは現実空間と電脳空間が交じり合った不思議な世界だった。実体化したウイルスに襲われそうになった熱斗を救ったのはバレル大佐だった。熱斗は再会を喜ぶが、バレルは熱斗とは初対面だとそっけない態度を取る。バレルと共に戦うカーネルも熱斗やロックマンの知るカーネルとは別存在らしく、その冷徹さに戸惑うロックマン。そこにゾアノスネークマンがトリルを狙って襲撃してきた。
熱斗達とはぐれ、廃墟と化したビヨンダードをゆく炎山とメイル。二人は荒野を走る貨物列車と遭遇、運転士の鉄国男とそのナビ、チャージマンと出会う。 国男の列車でとある町へと辿り着いた炎山たち。そこは鉄道網が極度に発達した一風変わった町だった。そこにグレイガ軍のゾアノジャンクマンが出現する。 線路を食らうゾアノジャンクマンは獣化ウイルスと共に町へ攻め込もうとしていた。炎山はブルースを実体化させ、食い止めようとするが…。
熱斗は皆とはぐれたまま、小さな漁村にやってくる。そこで獣化ウイルスに襲われていた少年コジローを実体化ロックマンで救う熱斗。村では料理上手な女性パクチーがコジローを助けてくれたお礼にと熱斗に御馳走を振舞ってくれた。明るい性格のパクチーだが、彼女にはつらい過去があった。パクチーがシェフをつとめていた豪華客船がゾアノロイドの襲撃で沈没し、生き残ったのはパクチーだけだったのだ。パクチーはナビのスラッシュマンと共にゾアノロイドへの復讐の機会を窺っていた。
熱斗達を捜してビヨンダードの山中をさ迷うライカとディンゴの前に、仙人のような風体の老人が現れる。風の声を聞くことができ、熱斗の居所も知っているという老人を信用したライカ達だが、案内されて来たのは温泉街アミータ。お金も無いのに食堂で大量の料理を注文し、温泉を楽しむ老人のペースに巻き込まれ、ディンゴとライカは散々な目に遭う。 そこに、アミータの町を牛耳るナルシーとビデオマンのコンビがやって来た。町の人を困らせるビデオマンをサーチマン、トマホークマンで撃退するライカとディンゴだが…。
熱斗達を捜して田舎町へ立ち寄った炎山とメイルは、穴掘り＆リサイクル業者の土太郎とプレスに会う。そこに裕福そうな女性ミリオネアが土太郎達を訪ねてきた。 ナビのグランドマン、ダストマンで硬い岩盤を掘削してみせる土太郎たちの腕を見込んで、岩山の奥にある宝を掘り出して欲しいと依頼してくるミリオネア。 喜んで引き受ける二人だったが、炎山はミリオネアの言動を不審に思い調査をはじめる。一方メイルは土太郎たちを手伝って岩山について来ていた。
パクチーの村で、再会した熱斗、ライカ、ディンゴ。カレーの材料を探しに山へ出かけたディンゴだが、湖の傍で潜水艦型のナビ・ダイブマンに襲われ獲物を横取りされてしまう。 ダイブマンを追って湖の城へ潜入したディンゴは、城の主クロヒゲとチロルがゾアノダークマンと手を結び、湖の水を我が物にして近隣の村を支配していることを知る。 さらにその城にはアイリスが幽閉されていた。アイリスを助け出したディンゴとトマホークマンは追ってきたチロルのナビ・サーカスマンと戦う。
ディメンショナルエリア研究所に来て欲しい、というアイリスの言葉に従い、パクチーの村を発つ事になった熱斗達。その道中、PETに祐一朗からの通信が入るがすぐに途絶。 現実世界ではゾアノロイドが侵攻を進めており、ネット警察では対応に追われていた。そしてビヨンダードではグレイガ軍のゾアノヤマトマンが大軍を引き連れ、トリルを狙って熱斗達に襲い掛かってきた。それぞれのナビを実体化させ、戦う熱斗達だが数には敵わず苦戦。そんな中、アイリスが攻撃を受け倒れてしまう。
ゾアノクラウドマン率いるファルザー軍がディメンショナルエリア研究所に総攻撃をかけてきた。実体化して戦うロックマン、ロール、トマホークマン。炎山とライカは研究所の防衛システムを稼動させファルザー軍の進撃を食い止めようとする。だがそこにファルザーが飛来、研究所は破壊されてしまう。ファルザーと戦うため、獣化するロックマン。ファルザーは巨大な鉤爪で獣化ロックマンを掴み、攫っていこうとする。
ワイリー研究所へと向かう熱斗たちの前にファルザー軍のゾアノカットマンが襲い掛かってきた。応戦するロックマン達だが、そこにキラーマンとそのオペレーター、ダーク・キリサキが現れゾアノカットマンをデリートする。キリサキの話によるとこの先にはファルザー軍が要塞を構えており、そこを撃破せねば先へ進むことは出来ないという。任務のため一人で進むというキリサキに熱斗は協力を申し出る。そのころ復讐に燃えるゾアノカットマンの弟たちはキリサキとキラーマンへの仇討ちのため、ある作戦を遂行する。
獣化因子に侵されたカーネルは今やグレイガ軍の戦士となり、戦果を挙げていた。ワイリー研究所を目指して進む熱斗たちは廃墟と化した都市でゾアノカーネルと遭遇する。 シンクロナイザーを奪取しようと執拗にトリルを狙うゾアノカーネル。戦うしかないロックマン達。さらにグレイガ自らもロックマン達の前に立ちはだかる。 そのころ、祐一朗は現実世界へ侵攻を進めるグレイガ、ファルザー両陣営のゾアノロイドに対抗するため、クロスフュージョンメンバーを集めていた。
グレイガとファルザーがぶつかり合う中、トリルはワイリーの手下となったクロヒゲとチロルに攫われてしまう。ロックマン達の実体化も限界となり、窮地に陥る熱斗達。 熱斗、炎山、ライカは危険も顧みずクロスフュージョンして戦うが両陣営の猛攻の前に倒れてしまう。 そして現実世界にフォッサアンビエンスが出現しはじめた。ビヨンダードのワイリーはトリルを使い、ある計画を実行に移そうとしていた。
グレイガとファルザーの対決に決着がついた瞬間、ワイリーはシンクロナイザーの力を発動させた。その結果誕生したのは、グレイガとファルザーが合体した超電脳獣・超電脳獣だ。超電脳獣は圧倒的な力でビヨンダードを破壊しはじめた。なす術も無い熱斗達。一方現実世界では、拡大を続けるフォッサアンビエンスの前にチャーリー達が集結していた。熱斗と通信し、状況を知った祐一朗は獣化因子を消滅させる方法を思いつくが、それにはトリルの力が不可欠だという。だがトリルの体はデータ分解が進んでいた。