On the way to the Wily Laboratory, Lan and his friends are attacked by Zoano CutMan, but a mysterious NetNavi EraseMan appears to delete CutMan himself. EraseMan is operated by the enigmatic boy named Dark Scythe who seems to have a connection to the Beyondard alternate of Maysa. Meanwhile, the younger brothers of CutMan formulate a plan to get revenge on Scythe by holding Maysa hostage.
ワイリー研究所へと向かう熱斗たちの前にファルザー軍のゾアノカットマンが襲い掛かってきた。応戦するロックマン達だが、そこにキラーマンとそのオペレーター、ダーク・キリサキが現れゾアノカットマンをデリートする。キリサキの話によるとこの先にはファルザー軍が要塞を構えており、そこを撃破せねば先へ進むことは出来ないという。任務のため一人で進むというキリサキに熱斗は協力を申し出る。そのころ復讐に燃えるゾアノカットマンの弟たちはキリサキとキラーマンへの仇討ちのため、ある作戦を遂行する。