Yai has moved back to DenTech City, and as a treat to her friends, she takes them to a holographic animal exhibit that's still under construction. However, the exhibit malfunctions and the children are chased by deformed zoo animals. The NetNavis are jacked in to stop the mess, but a crack in space is revealed, bringing prehistoric beast viruses from the world of Beyondard to threaten the heroes.
やいとが秋原小学校に再度転入してきた。歓迎する熱斗たち。やいとはガブゴン社で試作中の巨大映像装置を披露しようと熱斗達を会社の開発ルームへと招く。
だが、未完成だった装置は暴走、熱斗はロックマンをプラグインして装置を停止させようとする。ロックマンたちはガブゴン社のセキュリティを破り、装置のコアを目指す。
その頃、ガブゴン社を中心とした広い範囲で原因不明の大規模な停電が発生していた。