ネットナビ改造計画

Chaud travels to Netopia to explore a military factory where BubbleMan was imprisoned by Colonel. There, he meets a mysterious young girl. Meanwhile, Zoano PharaohMan is capturing NetNavis and transforming them into followers of Gregar, including Zoano SparkMan. MegaMan intervenes and transforms with Trill into the Gregar Style to defeat the Zoanoroids, but as a result, loses control of his body and escapes into NetCity.

ロックマン達の前にバブルマンが現れる。トリルをどこで見つけたのかと訊ねると、アメロッパ軍の古い軍事施設のサイバーワールドでだと言う。調査のため、アメロッパへと向かった炎山は、無人のはずの基地の中で一人の少女と出会う。一方ニホンのサイバーワールドでは、ナビの大量蒸発事件が発生していた。事件を追う熱斗とロックマンは犯人がゾアノロイド・ファラオマンだと突き止める。が、ゾアノファラオマンは攫ったナビを改造して自分の手下とし、ロックマンを襲わせる。