カーネル暴走

Colonel has become a Zoanoroid and begins a rampage on the cities, and the children encounter him on their journey to the Wily Laboratory. Colonel attempts to capture Trill, but the children fight back. Meanwhile, Zoanoroids begin to invade DenTech City, and Dr. Hikari reassembles the CrossFusion Members to retaliate.

獣化因子に侵されたカーネルは今やグレイガ軍の戦士となり、戦果を挙げていた。ワイリー研究所を目指して進む熱斗たちは廃墟と化した都市でゾアノカーネルと遭遇する。 シンクロナイザーを奪取しようと執拗にトリルを狙うゾアノカーネル。戦うしかないロックマン達。さらにグレイガ自らもロックマン達の前に立ちはだかる。 そのころ、祐一朗は現実世界へ侵攻を進めるグレイガ、ファルザー両陣営のゾアノロイドに対抗するため、クロスフュージョンメンバーを集めていた。