ワイリー研究所

As Gregar and Falzar appear and begin battling, Blackbeard and Yuika (who are working for Beyondard Wily) succeed in capturing Trill. Falzar falls to Gregar, and Wily uses Trill as the synchronizer to combine both beasts into one. Creating the Super Cyber Beast Grezar and using it as his vessel, Wily begins to destroy both worlds.

グレイガとファルザーがぶつかり合う中、トリルはワイリーの手下となったクロヒゲとチロルに攫われてしまう。ロックマン達の実体化も限界となり、窮地に陥る熱斗達。 熱斗、炎山、ライカは危険も顧みずクロスフュージョンして戦うが両陣営の猛攻の前に倒れてしまう。 そして現実世界にフォッサアンビエンスが出現しはじめた。ビヨンダードのワイリーはトリルを使い、ある計画を実行に移そうとしていた。