自然学校に参加していた15人の少年少女は、島の洞窟でココペリと名乗る怪しげな男と出会った。「地球を襲う15体の敵を、巨大ロボットを操って倒す」というココペリのゲームの内容に興味を持った子供たちは、テストプレーヤーとしての契約を交わす。そして、子供たちはいつの間にか元の浜辺へと転送されてしまうが…。
子供たちの前に、コエムシというぬいぐるみのような物体が現われた。コエムシは子供たちに契約の解除が不可能なこと＝戦いからは逃れないことを確認させ、巨大ロボット“ジアース”のコックピットへと転送する。椅子によるルーレットが行われ、ジアースのパイロットにワクが決定する。意気込むワクだったが…。
ワクが海に転落した翌日、刑事の狭山に事情を聞かれる子供たちだったが、一連の事件との関わりについては本当のことを隠し通していた。そんな中、ワクの遺体が浜に打ち上げられたという知らせが入り、子供たちの間に動揺が走る。しかし、コダマだけは刑事を前に「ワクは昨夜の犠牲者に過ぎない」と、はっきり言い放ち…。
コダマは、人に勝つことしか考えない、欲しいものを手に入れるためには手段を選ばない父を尊敬していた。“選ばれた人間”である父のようになりたいと願うコダマは、誰もいない社長室の椅子に腰を下ろす。すると気がついた時にはジアースのコックピットに転送されていた。床の文様はコダマが座る椅子を指し示していて…。
コエムシによると、ジアースでの戦闘が終わるたびに、パイロットとなった者は生命力を消費し必ず死ぬのだという。愕然とする子供たち。勝って地球を守って死ぬか、負けて地球を失って死ぬか。彼らには2つの選択肢しか許されていないのだ。自宅に戻った後、カコはコエムシにそそのかされた勢いでチズをデートに誘うが…。
次のパイロットに選ばれたカコは、恐怖心から逃げ出してしまった。チズは考えた末、カコが行きそうな場所を思い出す。その場所“スズガモリ水族館”で、カコを見つけたチズが声をかけるも、彼の耳には何も届かない。それどころか取り乱したカコはチズに思いのたけをぶつけ、強引に抱きつき、自分のものにしようとして…。
カコが戦闘をしないまま死んだため、ジアース内では急きょ次のパイロットが選ばれることとなった。その中でチズは中学へ入学した頃のことを思い出していた。入学式の日に出会い、自分の気持ちをわかってもらえた教師の畑飼。そんな畑飼への想いを募らせるチズは彼の愛を受け入れ、教師と生徒を越えた仲となるが…。
次のパイロットとなったチズは、カコを死なせてしまった罪を償うためにも自分が敵を倒すと誓う。敵に背を向けて歩き出したチズの行動に仲間たちは困惑するが、チズの表情は真剣である。彼女には、敵と戦うより先に成し遂げなければならないことがあったのだ。それは、自分や姉の心と体を弄んだ畑飼への復讐だった…。
両親のいない家庭で幼い妹たちを育てているダイチは自分がいなくなった後のことを心配していた。ダイチは、自分の死体を隠してくれとコエムシに頼み、また必ず逃げずに戻ってくるから強制的に連れ戻さないでほしいと約束させるのだった。そして妹たちを遊園地に連れて行ったダイチだったが、その日の朝に敵が出現して…。
ナカマの母親には体を売っているという噂があり、彼女の父親が誰なのかはわかっていない。パイロットとなり恐怖心に押しつぶされそうになるナカマは、自分たちのユニフォームの制作を思いつくが、全員分を揃えるには先立つものが足りない。その中、母の仕事を世話する渡辺にナカマは“客”を探してほしいと頼み込むが…。
次のパイロットとなったモジは、戦闘が終わったら自分の心臓をあるナギという友人に移植したいとコエムシと田中に願い出る。ナギが、中学1年の春に突発性心筋症という難病を発症していたのだ。モジの心臓なら、ナギに移植しても拒絶反応は起こらないと知ったモジは、ジアースと契約していたために決意を固めて…。
実の子ではないマキを大切に育ててくれた両親。マキは、実の子である弟が生まれることで、両親の愛情が失われるのではないかと心配していた。そんな時にジアースと契約したことで、彼女の中で決意が固まる。自分がいなくなっても弟が両親を幸せにしてくれる。だから新しい家族を守るために自分は戦うと思っていたが…。
見知らぬ戦闘機に攻撃されるジアース。違和感を覚えたマキは、コエムシに今いる場所について問いただす。コエムシによると、ここは「自分たちの地球」ではないという。この世界には無数の地球と宇宙があり、その地球同士が互いの生き残りをかけて戦っているのだ。その信じられない事実に動揺する子供たちだが…。
子供たちが気づかないうちにジアースを巡る事態はさまざまな動きを見せ始めた。田中美純を訪れた国防軍の佐々見と政府の桂木は、更なるデータ収集のために子供たちにハッキングチップを埋め込みたいと田中から子供たちに伝えるよう要請する。子供たちを実験台のごとく扱おうとする軍のやり方に田中は苛立ちを覚えるが…。
美純はコモの父である古茂田議員に、政府の作成した「ジアースリポートII」を手渡した。そこには、ジアースの技術を用いて新たな産業を興そうという、驚くべき内容が書かれていた。古茂田は事実を公表できない政府の立場を理解しつつも、国会にて政府のジアースへの対応について追求することを決意して…。
前回の戦いは敵の自滅という形であっけなく幕を閉じた。すなわち、キリエも生命力を使っておらず死は免れた。子供たちの苦闘が続く中、国会では古茂田議員がジアースリポートをもとに首相に詰め寄っていく。首相の動揺もさることながら、国民に衝撃を与えたのは「ジアースに子供たちが乗っている」という記述だった…。
アンコはニュースキャスターである父のことをとても尊敬していた。そんな中に、女性関係のスキャンダルが発覚したため、レギュラー番組を降板することとなってしまう。アンコの家はマスコミに囲まれ、父は戻らず、母親は現実から逃げるように酒に溺れていた。どうして自分がこんな目に遭うのかと悩むアンコだが…。
アンコの戦いが終わり、パイロットにはコモが選ばれた。父である古茂田議員は、今日で辞職することをコモに話す。古茂田は辞職会見の場で国民に真実を話し、地球に迫る危機を伝えようと考えていたのだ。そんな古茂田に、認知研の吉川教授は危険だと忠告し、桂木もまた「取り返しのつかないことになる」と美純に告げて…。
古茂田議員は暗殺され、彼を護衛していた美純も命を落としてしまった。形見となったマフラーとワンピースを、保は打ちひしがれた気持ちのまま、ウシロとカナに届けるのだった。そして保はウシロを遊びに連れ出し、昔話を聞かせる。自分が昔世話になった親分である蓮木一郎と、彼が一目惚れをしたある少女のことを…。
アンコの死ぬ瞬間に、カンジは宇宙の支配者のようなイメージを垣間見ていた。だが、ハッキングチップにはその姿が記録されておらず、強力な干渉により削除されたのではないかと、母である吉川教授は言う。“敵”の強大さに絶望するカンジだったが、これまで沈黙を貫いていたマチが現れ、知り得るすべてを話し出し…。
次のパイロットとなったカンジ。その中で敵ロボットが出現していたにも関わらず、吉川はジアースのデータを集めようと避難しないまま。一方、カンジは母ではなくジアースの謎を解く鍵を守るために戦うと言う。すれ違いながらも、母は子を見守り、子は母を守るために命をかけていた。やがてジアースが敵の急所を潰すが…。
残る契約者はウシロと関の2人だけとなった。だが、残る敵の数は、次の地球へ舞台を移しての引継ぎ戦を合わせると3体となる。そこでコエムシはあと1人、カナを契約して戦わせて、引継ぎ戦をウシロに担当させることを提案。それは、妹を見殺しにして自分は生き残る選択をウシロにさせるという悪趣味なものであったが…。
ウシロの思わぬ反抗にキレたコエムシが、無理矢理にカナを契約させようとしていた。そんなコエムシを、実の妹であるマチが拳銃で撃ち抜いた。そして弾がなくなるまで撃ち込まれたコエムシは息絶え、ジアースには管理者が不在となる。マチは自身の長い戦いに決着を着けるためにも、自らの意志でパイロットとなり…。
マチの戦いが終わり、最後のパイロットにはウシロが名乗り出た。自分たち15人が始めた戦いを、自分の手で終わらせるために。そして、ついに最後の敵が出現する。敵ロボットの顔に点る光の数はわずかに1つ。相手も自分の地球を守るために戦い、勝ち続けてきた証である。この戦いの結末は果たしてどうなるのか…!?
