Les Planctons doivent affronter les Pachas lors d'une bataille navale, mais ceux-ci récupèrent un nouveau bateau moderne et plus grand, qui les avantage. La Capitaine La Barrée propose alors à ses élèves d'utiliser, en douce, une technique explosive.
Finn veut avoir l'air d'un pirate héroïque pour le portrait de classe. Il enfile des bottes rutilantes qu'il trouve chez la Capitaine La Barrée, seulement elles sont beaucoup trop petites pour lui.
Conan, des Écumeurs, n'arrête pas d'intimider les Zéphyrs pour obtenir ce qu'il veut. Constatant cela, les Planctons s'allient avec eux pour utiliser un rituel d'envoûtement sur le colosse.
Andrew ne se sent pas bien sur le galion de l'Académie, et découvre alors qu'il a le mal de mer. Or aujourd'hui, c'est la course de bateaux par équipe. Andrew n'ose pas avouer qu'il est incapable de participer, et décide de trouver seul une solution.
Finn fait croire aux élèves qu'il a vu une sirène, et ça marche. Stokes, lui, n'y croit pas une seconde. Pour défendre son élève et surtout pour moucher son collègue, La Barrée se grime en sirène et oblige Finn à s'enfoncer dans son mensonge.
Comme Sam est la seule à ne jamais avoir de courrier, Finn et Andrew lui écrivent une fausse lettre d'un faux grand-oncle. Manque de chance, ils lui choisissent un nom qui existe réellement : James Le Borgne, un célèbre pirate Pacha.
Lors d'un exercice, les élèves doivent ouvrir une noix de coco. Toutes les équipes y parviennent facilement, sauf les Planctons. Rien à faire, la noix reste fermée. Les autres élèves se moquent d'eux et La Barrée est déçue.
La Capitaine La Barrée a disparu. Les Planctons se lancent à sa recherche. Ils se laissent influencer par Klein et sa théorie fantasque : cette disparition serait le fait des Barbes Violettes, un mystérieux clan de pirates aux intentions obscures.
Un terrible crabe géant fait son apparition sur la plage. Alors que La Barrée ordonne aux élèves de rester à l'abri dans l'académie, les Planctons ont envie de prouver leur courage et décident d'aller affronter le crustacé.
Pour remporter une épreuve de manœuvres nautiques qu'ils n'ont pu préparer avec la Capitaine La Barrée, les Planctons récupèrent le trésor de Baraka, caché dans les étages interdits et censé porter chance à son possesseur.
Punis pour leurs disputes incessantes, Finn et Erika sont enfermés dans la salle de corvées. Leur punition : limer les griffes de Griff, le perroquet de la Capitaine La Barrée. Seulement, effrayé par une nouvelle dispute, le perroquet s'enfuit.
Andrew passe son temps le nez dans son journal, à y compiler plein d'infos de piraterie. Gustav et Alixe passent, eux, leur temps à se moquer de lui. Alors quand le précieux journal disparaît, Finn est persuadé que ce sont eux qui ont fait le coup.
Les Planctons détruisent involontairement la réplique de Griff que La Barrée avait amoureusement réalisée pour l'anniversaire de l'oiseau. Ils n'osent pas avouer la vérité à leur Capitaine, et décident d'aller enterrer le coffre qui la contient.
Finn, Sam et Andrew se remémorent leur premier jour à l'académie : leur rencontre, celle avec la Capitaine La Barrée, et surtout la première aventure qu'ils ont vécue ensemble : une course-poursuite à travers la jungle de l'île.
Finn est encore puni, de corvée de serpillère. Alors il accepte de suite quand Sheela, des Zéphyrs, lui propose gentiment de la passer à sa place. Seulement, entre les mains de la Zéphyr, la serpillère devient spectaculaire et tout le monde l'admire.
Suite à une mauvaise blague des Écumeurs, Andrew se retrouve aspergé d'un parfum au crabe alors qu'il a rendez-vous avec Dolorès. Pris de court, il se retrouve face à Dolorès, et face à un crabe géant, attiré par l'odeur.
C'est aujourd'hui les olympiades de la mer. Trois épreuves individuelles auxquelles participent tous les élèves de l'académie. Pour gagner, Sam mise tout sur l'esprit d'équipe. Seulement, Alixe, des Pachas, décide de semer la zizanie.
Un inspecteur académique rigide et hautain débarque à l'école et renvoie au premier prétexte la Capitaine La Barrée qu'il déteste. Dégoutés, et décidés à ne pas se laisser faire, nos héros vont essayer de faire changer les plans de l'inspecteur.
Andrew a invité Dolorès à la vigie pour y observer les étoiles filantes, mais il découvre que les Pachas en ont pris possession. Finn et Sam décident d'intervenir : une guerre de territoire entre les Planctons et les Pachas vient de commencer.
Planctons et Écumeurs sont en plein exercice d'orientation dans la jungle lorsqu'un singe vient à leur rencontre. Sam explique qu'elle peut communiquer avec, ce qui fait bien rire tout le monde.
Finn se dispute le portrait de sa maman avec Griff le perroquet, qui en est tombé follement amoureux. Aucun des deux ne veut lâcher et les cascades et les pièges s'enchaînent sur le galion pour récupérer le portrait.
Après une altercation, le Capitaine Stokes provoque La Barrée en duel. Si les Planctons sont persuadés que leur prof va l'emporter, ils découvrent qu'elle s'apprête à quitter l'académie.
Lors d'un cours dans les gréements du galion, Finn sauve sans le faire exprès la vie de Raoul, laissant croire à un geste héroïque. Ému, Raoul décide qu'il a une dette envers lui. L'Écumeur le colle désormais pour le protéger.
En cherchant des costumes pour participer au grand bal de la Pirate Academy, les Planctons ont ouvert un coffre rempli de puces. Ça les démange de partout. Ils se retrouvent alors enfermés dans une salle, en quarantaine, avec interdiction de sortir.
Alors qu'ils s'entraînent sur la plage, les Planctons découvrent le fameux collier de la pirate La Perlouze, dont la légende dit qu'il confère un pouvoir d'invincibilité à quiconque le porte. Le collier déclenche alors une rivalité tenace entre eux.
Malgré l'interdiction de Stokes qui est chargé de surveiller les élèves, Finn et Alixe décident d'assister à la représentation nocturne d'un spectacle effrayant, réservé aux capitaines.
Le frère de la Capitaine La Barrée vient chercher sa sœur pour partir à l'aventure. Il est sur la piste d'un trésor et a besoin d'elle pour reformer leur duo mythique. Les Plantons n'osent pas dire à leur capitaine qu'ils veulent la voir rester.
Les Planctons découvrent un lapin échoué sur la plage et décident de le ramener avec eux. Seulement, ils doivent être discrets car les lapins sont interdits à bord d'un bateau. Andrew ne sait plus pourquoi, mais il va vite comprendre.
Les Planctons veulent absolument remporter la nouvelle chasse aux trésors sur l'île. Seulement, avec Andrew, ça risque d'être compliqué, il n'est pas rapide. Vexé, ce dernier sprinte et percute une autruche, qui l'assomme.
La Barrée annonce aux Planctons un contrôle de piraterie : l'épreuve du diamant. Chaque classe détient un diamant et doit récupérer les trois autres, et tous les coups sont permis.
Un matin, les élèves se réveillent sans aucun adulte à la Pirate Academy. Ils ont disparu. Personne n'en connait la raison, mais les Planctons veulent prouver que pendant leur absence, les enfants peuvent vivre ensemble comme un véritable équipage.
Finn découvre que Marc le Bouc, son pirate préféré, ne se lavait jamais. Suite à une épreuve où il tombe dans un trou boueux, Finn se met à dégager une forte odeur de pirate. Comme son idole !
Pour motiver les élèves dissipés à donner le meilleur d'eux-mêmes, le Capitaine Carmasseh leur montre le grand livre pirate, dans lequel sont dessinés les plus grands exploits des précédentes promotions.
À cause de Sam qui l'a involontairement bousculé, un des frères Mc Fish a perdu sa fausse moustache. Il veut alors quitter la Pirate Academy en cachette car sans sa moustache, il n'est plus un McFish. Sam décide de l'aider à la retrouver.
Désireux d'avoir un correspondant à qui se confier, Finn lance des bouteilles à la mer. Celui qui lui répond et prétend s'appeler Colin est en réalité Gustav, des Pachas, qui parvient à faire révéler à Finn un secret confié par La Barrée.
Alors qu'il a l'impression de n'être respecté par personne, Andrew découvre des coquillages précieux et s'en sert comme monnaie d'échange contre des services rendus. Tous les élèves sont dingues de ces coquillages rares, et Andrew en profite.
Les Planctons et les Pachas se disputent autour d'une nouveau jeu de cartes. Leurs professeurs leur interdisent de jouer, avant d'être eux-mêmes rattrapés par le démon du jeu. Les Capitaines La Barrée et Stokes jouent en cachette, jour et nuit.
Les Zéphyrs sont envoyés en mission dans la jungle à la suite d'un quiproquo causé par Finn. Celui-ci se sent responsable et s'imagine qu'ils ne pourront pas y arriver sans son aide, surtout qu' un monstre rode, paraît-il, dans les alentours.
C'est l'anniversaire d'Andrew, mais Finn et Sam ont oublié. Pour ne pas peiner leur camarade, ils prétendent qu'ils lui ont acheté le cadeau de ses rêves : la même boussole que celles des profs. Ils ont en fait emprunté celle de La Barrée.
Il fait horriblement chaud ce jour-là mais les capitaines observent un mauvais présage dans le vol des mouettes, alors interdiction à quiconque d'aller se baigner. Malgré quelques réticences au départ, rapidement tout le monde croit les capitaines.
Les Planctons sont punis et consignés sur le bateau par les frères McFish. Du coup ils vont manquer le concert de leur groupe préféré, Piratica. Nos héros décident alors de faire fléchir les Mc Fish par tous les moyens.
Lorsque les Planctons apprennent que l'académie est en faillite et va devoir fermer ses portes, ils partent pour une dernière aventure à la recherche d'un trésor légendaire, qui sauverait leur école. Seulement, ils se retrouvent vite perdus en mer.
Après une série d'épreuves, Sam est sur le point d'être élue pirate de l'année à l'académie. Seul problème, le ou la pirate de l'année devra faire un discours devant toute l'école, et Sam panique à l'idée de parler en public.
Quand les trois frères McFish tombent malades en goûtant leur propres plats, c'est Finn qui les remplace. Le jeune garçon, fils de taverniers, se révèle être un bien meilleur cuisinier qu'eux, et les compliments qu'il reçoit l'incitent à continuer.
En classe, Finn et la capitaine La Barrée estiment chacun être le meilleur farceur. Bien décidés à le prouver, ils se lancent dans un concours de farces.
Les Planctons pensent être arrivés au bout de leur formation : tout leur semble facile à l'académie. La Barrée leur propose alors un dernier test.
Andrew est délaissé par Finn et Sam qui jouent sans lui avec un boulet de canon en liège. Andrew se met alors en tête de les faire discrètement rater leurs passes, mais toutes ses tentatives échouent.
À la Pirate Academy, tout le monde est parti en vacances, ou presque. Seule Sam est restée à quai et s'ennuie. Seulement, quand elle tombe sur Stokes habillé en triton, ses vacances prennent une autre tournure.
Un brouillard épais a envahi l'île, annulant la sortie en bateau. Devant la vantardise d'Andrew, persuadé d'arriver à s'orienter malgré tout, les jumeaux Alixe et Gustav se moquent. Andrew les défie alors à faire une course sur l'eau en cachette.
Les Planctons n'en peuvent plus des provocations d'Érika. Ils demandent à La Barrée d'intervenir. Seulement, celle-ci craint de mettre en péril son amitié avec Calista Bones, dont Érika est la chouchoute, et botte alors en touche.
Finn a servi de modèle pour la nouvelle peinture du Capitaine Carmasseh, mais le résultat ne lui plait pas du tout, alors il a volé la toile avant que qui que ce soit ne la voie. Seulement, ses deux amis Planctons veulent retrouver le coupable.
Suite à une grosse bêtise involontaire des enfants, Klein surprend des messes basses entre les capitaines, et persuade les Planctons, comme les autres enfants, qu'ils vont être renvoyés de la Pirate Academy.