静岡県沼津市の海辺の町、内浦にある「私立浦の星女学院」。 そこに通う2年生の高海千歌は、クラスメイトの渡辺 曜と訪れた東京の地で、 スクールアイドル「μ’s」の存在を知り、衝撃を受ける。 私も輝きたい――そう強く感じた千歌は、早速スクールアイドル部の設立を目指して 部員集めをスタートする。部員集めも上手くいかず、生徒会長の黒澤ダイヤにも 反対されるなど、前途多難な中、悩む千歌の前に突然の奇跡が訪れる――。
音ノ木坂学院からの転校生・桜内梨子をスクールアイドルに誘うも、すげなく 断られてしまった千歌。スクールアイドル部に正式入部した曜とともに、 ダンスの練習や衣装のアイデア出しなど、スクールアイドルになるための準備を 着々と進めつつ、あきらめずに何度も梨子へのスカウトを繰り返す。 そんなある日、梨子の口から内浦へと転校してきた理由が語られる。 梨子が抱える悩みを知った千歌は、ある提案をするのだった――。
作曲ができるメンバーも加入し、いよいよ本格的な活動に乗り出そうとする3人の前に、 学院の新理事長である小原鞠莉が襲来する。 3人を応援しに来たという鞠莉が提示した、人数が足りないスクールアイドル部を 部として承認する条件――それは、デビューライブで学院の講堂を満員にすること。 学院の生徒を全員集めても達成できない厳しい条件に、思いつく限りのあらゆる手段を 尽くして挑む3人。 がむしゃらに走り始めた3人のデビューライブの行方は果たして――。
やっとの思いで正式な部としての活動を認められた千歌たち。 部室もゲットして心機一転、1年生の黒澤ルビィと国木田花丸の2人を、改めてスクール アイドル部へとスカウトする。 ルビィは、スクールアイドルへの強い憧れと興味を抱きつつも、スクールアイドルを 嫌う姉、ダイヤのことを想い、踏み出せずにいた。 そんなルビィといつも一緒にいた花丸は、ルビィに自分の本当の気持ちに気付いて もらうため、思い切った行動に出る――。
スクールアイドルとしての活動を始めたものの、なかなかランキングが上がらず、 何かもっと目立つようなことをして人気を集めなければいけないのかも、 と悩む千歌たち。 そんな中、入学初日以来学校に来ていなかった1年生の津島善子が学校に姿を見せる。 幼馴染の花丸から、自己紹介の時の自分の醜態を誰も気にしていないと教えられた善子。 普通の高校生になるラストチャンスだと意気込み、花丸に、自分が“堕天使ヨハネ”に ならないよう監視してほしいとお願いするが――。
千歌たちの通う私立浦の星女学院が、沼津の高校と統廃合されてしまうという ニュースが飛び込み、不安に落ち込むメンバーたち。 そんなメンバーをよそに、音ノ木坂と、μ’ｓと同じ学校のピンチとはりきる千歌は、 自分たちが学校を救うのだと早速行動に移す。 まずは、自分たちの住む内浦の魅力をアピールするため、試行錯誤を繰り返してPVを 作るも、映像を見た鞠莉から酷評をされてしまう。 そして千歌たちは、鞠莉の言う“この町や学校の魅力”をもう一度探し始めるのだった――。
内浦の魅力を伝えるために作ったPVが人気となり、なんと99位へと一気にランキングが 上がったAqours。そんな6人に、東京から、ライブイベント「TOKYO IDOL WORLD」 出演の依頼が舞い込む。 華やかな都会に、しかもμ’ｓが過ごした場所に行くことができるとあって、心を躍らせる 千歌たち。しかし、そんな6人の気持ちとは裏腹に、メンバーを送り出すダイヤは、 ある不安を募らせるのであった。 スクールアイドルとして初めて訪れるTOKYOで、6人を待ちうけるものとは――。
いよいよ開演した「TOKYO SCHOOL IDOL WORLD」で、スクールアイドル 「Saint Snow」の圧倒的なパフォーマンスを見せつけられた千歌たち。 負けじと自分たちの精一杯のパフォーマンスを披露するも、結果は30ユニット中30位。 Aqoursに投票した来場者は“0”だった。 自分たちの前にある大きな壁を目の当たりにしたメンバーは、それぞれにくやしさを 募らせる。そんな中、あくまで明るく振る舞う千歌に、曜は「くやしくないの？」と その心の内を問いかけるのだった――。
東京での出来事を乗り越えて、もう一度走り始めた千歌たち。自分たちが今できる全力を 見てもらうしかない、と、沼津の花火大会からの出演のオファーを受けることに決める。 ダイヤから、学校を休学している3年生の松浦果南が、過去にダイヤ、鞠莉とともに スクールアイドルとして活動していたことを明かされた千歌。 自分が知る果南は、一度失敗をした位で諦めてしまうはずがない、と、果南がスクール アイドルを辞めてしまった本当の理由を調べ始める――。
いよいよ夏休み！夏休みといえばラブライブ！ 予選大会を突破するために、休み期間を利用した特訓を提案するダイヤ。 しかし、夏休みには海の家の手伝いをしなければならない千歌。 その2つを両立するために、昼間は全員で海の家を手伝い、それ以外の時間で特訓を することに。 いざ手伝いを始めるも、隣の豪華な海の家にお客を取られ、こちらの海の家は閑古鳥。 ラブライブ！決勝を目指す私たちが、あんなチャラチャラした店に負けるわけには いかない！と、お客を呼ぶために奮闘する。 そんな中、梨子はある悩みを、ひとり胸の中に抱えるのだった――。
自分の大切なものに答えを出すため、ひとり東京のピアノコンクールへと向かう梨子。残った8人は、引き続きラブライブ！予選へ向けた特訓に精を出す。練習中、欠けた梨子のポジションの代役として曜が抜擢され、千歌と合わせて踊るも、どうしても上手くいかない。そして練習後、東京の梨子からの電話に、嬉しそうにはしゃぐ千歌を見て、曜は自分でもうまく説明できない複雑な感情を抱く。そんな曜の心に気が付いた鞠莉は、鞠莉らしいやり方で曜の本音を引き出すのだった――。
必死の特訓の甲斐もあって、見事ラブライブ！予選に合格したAqours。 PVの再生数も伸び、ファンから声を掛けられることもあるなど、予想以上の 反響に喜ぶメンバーたち。 しかし、Aqoursのスクールアイドルとしての盛り上がりとは裏腹に、あわせて 募集していた浦の星女学院の学校説明会への応募人数は、“0”だった。 音ノ木坂を救ったμ’sと自分たちとの違いは一体何なんだろう。考えても考えても、 どうしても答えが見つからない千歌は、もう一度東京に行ってみんなで考えたい、 と、再びμ’sが過ごした場所を訪れるのだった――。
東京で、自分たちが今すべきことを掴んだAqours。 迫るラブライブ！地方予選へ向けて、夏休み中にもかかわらず毎日練習に打ち込む9人。 そんな、一所懸命に頑張るAqoursを見たクラスメイトから、学校のために一緒にできる ことは無いかと相談される。 自分たちだけではなく、みんな、この町が、学校が、人が大好きなんだと改めて感じた 千歌は、ラブライブ！地方予選で、みんなで一緒にステージで歌うことを提案するの だった――。
ラブライブサンシャインの第1シーズンのまとめと、Aqoursの特別映像。
浦の星女学院の二学期がきた！ 学校の統廃合を阻止するためラブライブ！に出場するも、惜しくも地方予選で敗退してしまったAqours。それでもめげることなく、次回ラブライブ！出場に向け決意を新たにする千歌たち。まずは学校説明会でライブを行い入学希望者を増やそうと練習を始めるが、そこで鞠莉から衝撃の事実を告げられる――。
ラブライブ！予備予選と学校説明会のライブに向けて曲を作り始める千歌たち。しかし、2曲作らなければいけないという時間のない中、千歌はまたしても作詞に難航してしまう。そこで鞠莉が出した提案は、2年生と1・3年生の二手に分かれ1曲ずつ作業をすること。2チームでそれぞれ作詞・作曲に励む9人。だがその途中で、楽曲のコンセプトをめぐって1年生の善子・花丸と3年生の果南・鞠莉がケンカになってしまい――!?
天候の悪化で学校説明会が延期になったことにより、説明会とラブライブ！予備予選の日程がかぶってしまうことに。なんとか両方に参加できないかと考えあぐねた末に出した唯一の方法は、予備予選を出場番号1番で終わらせ、急いで説明会に駆けつけることだった。しかし抽選で決まった出場順の都合でその手段も取れなくなってしまう。どちらかを選ぶしかない状況で、千歌が出した答えは――。
ラブライブ！予備予選を1位通過して波に乗るAqours。──と、思いきや、2つのステージを披露するために活動費を奮発しすぎて、残金がたったの5円に。みんなでフリーマーケットに出店するも、ダイヤのあまりの気迫にお客さんが去ってしまったりと前途多難。そんな中、後輩からちゃん付けで呼ばれて慕われる果南と鞠莉を見て、ダイヤは自分だけ距離をあけられていると寂しく感じてしまう。水族館のアルバイトを通じて、後輩たちと仲良くなろうと頑張るダイヤだが──。
ラブライブ！地区大会に向けて練習に励む中、善子は嵐の夜に迷子の子犬を拾う。自宅のマンションでは飼えないため、こっそり社の境内で面倒を看ていたところを梨子に見つかった善子は、梨子に子犬を少しの間預かってほしいと頼む。初めは恐る恐る世話をしていたが、次第に子犬と仲良くなる梨子。いつしか善子と取り合いになるほどに。しかし程なくして、その子犬の元の飼い主が見つかり、引き渡すことになってしまった。しかし、子犬との出会いは運命の導きだと信じたい善子は、梨子と共にある行動に出る。
前回突破できなかったラブライブ！地区大会に向け、必死に練習を重ねる9人。しかし地区大会では会場に出場校の生徒が応援に来るため、生徒数の少ない浦の星女学院は不利になってしまう。生徒数の不利をカバーする方法を見つけようと、「Saint Snow」の聖良にアドバイスを求める千歌。そんな折、3年生から渡されたノートには、かつて鞠莉がケガをしてしまった高難易度のパフォーマンスが記されていた。 Aqoursらしさとは、輝きとは――。自分のことを“普通で非力”だと思い込んできた千歌は、その答えを求めて大技へ挑む。
見事ラブライブ！決勝進出を決めたAqours。ライブ映像の再生数は急上昇し、メンバーは喜びに胸をふるわせるも、入学希望者数は伸び悩んでいた。タイムリミットは今日。「入学希望者を100人集める」という鞠莉の父親との約束を守ることができなければ、学校はなくなってしまう。 タイムリミットが刻一刻と迫る中、鞠莉は父親に期限を延ばしてもらうよう交渉し、なんとか明け方5時まで待ってもらうことに。 9人はそれぞれの想いを胸に、自分たちの今日までの努力を信じて夜明けを待つ――。
冬休み、Aqoursは北海道で開催される地区大会にゲストとして招待されていた。沼津から遠く離れた地でファンから写真撮影を求められ、改めて決勝に出場するという事実の大きさに気付く9人。地区大会の開演前、Aqoursは出場者である「Saint Snow」の楽屋を訪れる。決勝戦では互いに競い合い、ラブライブ！の歴史に残る大会にしようと誓い合う千歌と聖良。一方、理亞の様子がいつもと違うことに気付くルビィ。そして、大会は誰もが予想だにしなかった結果に――。
「Saint Snow」として出場できる最後の大会で失敗してしまったと落ち込む理亞を励ますため、ルビィは一緒にもう一度ライブをやろうと提案する。自分たちだけで作り上げたライブを聖良とダイヤに見てもらい、安心して卒業してもらいたい――二人の想いとルビィの優しさに触れ、花丸と善子も協力するべく北海道に残ることを決める。1年生だけでライブの準備を進める中で、自分自身でも気付いていない力が、もしかしたら私たちにもあるのかも、と思い始めるルビィ。ルビィと理亞は、これまで姉たちに任せてきたことを自分たちの力で乗り越えようとその一歩を踏み出す――。
新年早々、千歌はお年玉をせがんだりと元気いっぱい。浦の星女学院での生活も、あとたったの3ヵ月。たとえ統廃合になってしまうとしても、ラブライブ！で優勝して、浦の星女学院の名前を残したい。その想いを胸に、北海道から駆けつけてくれた聖良と理亞に特訓をつけてもらうAqours。そんな中、卒業後はそれぞれ違う進路へ進み、会えなくなってしまう3年生の3人は、幼い日に見ることができなかった流れ星を、今度は9人で見に行こうと夜の内浦に集まるのだった──。
浦の星女学院最後の新学期が始まった。よしみ、いつき、むつをはじめとした生徒たちからの、“最後にドカーンと盛り上がる閉校祭をやりたい”という提案に、感激しつつ快諾する鞠莉。明日に迫る本番に向け、この学校で過ごした日々に思いを馳せながら着々と準備を進めるAqours含む全校生徒たち。予期せぬトラブルが起こるも、理事長である鞠莉の全面的なサポートと生徒全員の頑張りでピンチを乗り越える。そしていよいよ浦の星女学院最後のお祭り、生徒全員の力で作り上げた“閉校祭”当日を迎える――。
ラブライブ！決勝がいよいよ明日に迫り、東京へ向かうAqours。神田明神へ参詣に訪れると、浦の星女学院の生徒たちが奉納した、Aqoursを応援するたくさんの絵馬を見つけ、浦の星のみんなの気持ちに胸を打たれる。同時に、大勢のスクールアイドルがそれぞれの優勝を願って奉納した絵馬が並ぶ光景を目の当たりにした千歌。応援に駆け付けた 「Saint Snow」 に、以前自分が尋ねた“勝ちたいですか？”という問いを返されるも、自分たちと同じ想いを持ってラブライブ！に臨むスクールアイドルたちの存在を改めて感じた千歌は、その問いにどうしても答えることができなかった――。
ラブライブ！本大会で悲願の優勝を果たしたAqours。そして、浦の星女学院で過ごす最後の日がやってきた。学校で過ごしたたくさんの思い出を胸に、大好きな校舎に寄せ書きをする生徒たち。最後は泣かずに、笑顔で迎えようと約束するAqoursの9人。卒業式では、理事長の鞠莉から卒業証書が授与される。そして生徒会長であるダイヤの閉校の宣言で、浦の星女学院の歴史に幕が下ろされるのだった。――それぞれが浦の星女学院の生徒であったことを誇りに思い、巣立ちの時を迎える。
