伝説の大陸「三璃紗」は暴虐の太師 董卓（とうたく）ザクによって支配されていた。董卓の悪政によって、三璃紗全土は闇に包まれ、民は絶望にうちひしがれていた。 民を救うため立ち上がったのは幽州の義勇軍、劉備ガンダム、関羽ガンダム、張飛ガンダムの3人。彼らを迎え撃つのは董卓軍「鎮江将軍 胡軫（こしん）ギャン」。 激しい戦いの末、窮地を逃れた劉備、関羽、張飛は、山奥の隠れ里に住む、ある少年に助けられる。
劉備ガンダムの師匠、盧植ジムキャノンに民を苦しめる黄巾賊を討伐せよと都からの命が下った。盧植と共に戦うことを願い出る劉備の正義を求める心を認めた盧植は、この時代を変える力を持つ剣「龍帝剣」を託す。そして盧植は「龍の目で見よ」という言葉を残して出陣していくのだった…。
自分の正義を見つけるため、劉備ガンダムは旅に出た。佛土村というところで、劉備は二人の侠（おとこ）が激しく切り結んでいるのを見かける。二人の間に割って入る劉備だが激しい一撃を捌ききれず、気を失ってしまうのだった。気がつくと先ほどの二人が立っている。この二人こそが張飛ガンダムと関羽ガンダムであった…。
劉備ガンダム、関羽ガンダム、張飛ガンダムは張梁メッサーラを追って潁川へ向かった。劉備たちが到着すると、孫堅ゼフィランサス、曹操ガンダム、朱儁ザクキャノンが率いる討伐隊が黄巾賊の本拠地を三方から取り囲んでいた。討伐隊が圧倒的に有利と思われたが、黄巾賊の首領、張三兄弟は隙を突いて逃げ出してしまい…。
霊帝ガンダムを倒し、皇帝の証である玉璽を奪い取った董卓ザクによって三璃紗（ミリシャ）は支配されてしまった。その中で曹操ガンダムは伝説の宝剣「七星剣」を献上して油断させ、董卓を暗殺しようとする。曹操が董卓を討たんとする時、一人の武将が間に割って入った。それは戦慄の暴将、呂布トールギスであった…！
董卓を討たんとする曹操ガンダムの檄に応え、反董卓連合軍が結成された。劉備たちはその連合軍に加わるために、彼らが集う野営地に向かう。盟主の袁紹バウと副将の袁術ズサに会った三人は参加を申し出る。しかし、貴族でもなく、兵も率いていない劉備たちには連合軍に入る資格はないと袁紹から言われて…。
難攻不落の要塞、虎牢関攻めの先鋒を孫堅軍が務めることになった。進軍する孫堅軍の前に華雄ザンネックが立ち塞がる。孫尚香ガーベラは血気に逸り華雄に切りつけるが、思わぬ反撃を受けて華雄の斬馬戟に切られそうになる。間一髪、その斬馬戟を受け止める者が現れる。その危機を救ったのは、なんと兄の孫権であった…！
虎牢関で曹操ガンダムら反董卓連合軍を待ち受けるのは、人中に呂布ありと恐れられる呂布トールギス。ラク陽での決着を着けんと、再び二人の戦いが始まる。両軍の軍師が火花を散らし、曹操軍の夏侯惇ギロス、夏侯淵ダラスと呂布隊の張遼ゲルググ、高順ヴァイエイトも戦いに加わって、両軍一歩も譲らない攻防が広げられる…。
呂布トールギスに劉備たちは全力で挑み掛かるが、ひと太刀浴びせることすらできない。逆に呂布はその圧倒的な力で劉備たちを返り討ちにし、この敵を圧倒する力こそが正義であると叫ぶのだった。民のために戦うことを貫く劉備は、呂布に抗い再び立ち上がる。その時、劉備の想いに答えるかのように龍帝剣が輝きを放ち…。
虎牢関を突破した反董卓連合軍はラク陽へ向かった。董卓ザクは連合軍との戦いに備え、都を焼き払うという暴挙に出る。この様子を見た側近の中には玉璽の闇の力に取りつかれてしまった董卓の言動に疑いを持つ者も現れるのだった。同じ頃、一人の謎の侠が都に降り立った。どうやら董卓の様子を探るために現れたようだが…。
董卓ザクを追う孫堅ゼフィランサスたち。ところが、玉璽に目が眩んだ袁術ズサは、あろうことか孫堅が玉璽を狙う裏切りものであると断じて、孫一族の攻撃を命じてしまう。一方、董卓を追う孫堅たちの前に呂布トールギスが現れ、前後から敵軍に挟まれてしまう。孫堅は皆を守るため、呂布に一騎打ちを挑むのだが…。
董卓ザクを追う劉備ガンダムたちの前に、袁紹軍の武将、趙雲ガンダムが立ち塞がる。袁紹バウの指示なしではラク陽の門を通すことはできないという趙雲だが、仲間を救いたいという劉備たちの熱意に心を動かされ、劉備たちに道をあけるのだった。それを知った袁紹は、命令を破った趙雲を裏切り者として処刑しようとして…。
ビウ城を目前にし、董卓ザクを討つことを改めて心に誓う反董卓連合軍。三璃紗の闇を払わんとする孫策サイサリス、三璃紗の平和をもたらすため戦う曹操ガンダム、そして三璃紗の民の笑顔を願う劉備ガンダム。その心に反応したのか、皇帝の証「玉璽」が突然光を放つ。その光は上空まで伸び三璃紗の大地を明るく照らして…。
連合軍と董卓軍の決戦が始まった。多くの侠たちが戦いで散っていく中、ついに伝説の天玉鎧（てんぎょくがい）が降臨する…。
幽州、楼桑村に戻った劉備ガンダム、関羽ガンダム、張飛ガンダムは、平和な日々を送っていた。そこへ、烏丸族が楼桑村に攻めてくる。国境警備隊の活躍もあって、烏丸族を追い払う劉備たち。まだ三璃紗の平和が戻ったわけではないことに気が付いた劉備は、たくさんの苦しむ民を救うため、新たな旅へと出るのであった…。
自分たちを必要とする人々との出会いを求めて旅立った劉備ガンダム、関羽ガンダム、張飛ガンダム。道中お腹が減り、倒れてしまった三人は徐州を治める陶謙ジムという老人に助けられる。その徐州に敵軍が攻めてきたという報告が入る。陶謙に報いるため三人は敵を迎え撃つが、そこにやってきたのは曹操の率いる軍であった…。
董卓ザクを倒した後、曹操ガンダムはばらばらになってしまった三璃紗を統一する理想を掲げ、許昌に城を構えた。その許昌に一人の侠が攻め入ってくる。なんとその侠は、天玉鎧と消滅したはずの呂布トールギスであった。因縁の相手、呂布と刃を交わす曹操。果たして呂布の目的とは？ そして呂布の持つ玉璽の行方は…？
偉大なる父の後を継ぎ、孫一族の当主となった孫策サイサリスは、新天地を求めて長江を渡った。そこで孫策たちは、水賊に襲われている少年の陸遜ゼータプラスを救う。領主のいない江東では、昔から水賊たちが幅を利かせていた。江東を平定し、 新たな理想の国を作ろうとする孫策。その目の前に、太史慈ドムが現れて…。
寿春に城を構えた袁術ズサは、江東に進出した孫策サイサリスに攻撃を仕掛ける。亡き父、孫堅の仇である袁術軍の武将、紀霊ハンマハンマに対して、怒りに燃える孫策は、周瑜ヒャクシキの兵法をもって、紀霊率いる水軍艦隊を迎撃するのであった。そこに、孫策に敗れ、去っていったはずの江東の侠、太史慈ドムが現れて…。
畑を耕しながら平和な生活を送っていた劉備ガンダム、関羽ガンダム、張飛ガンダムは、これが理想の国のかたちかもしれないと感じていた。一方、袁術ズサは、狙いを江東から劉備が治める徐州に移す。玉璽を手に三璃紗支配を宣言した袁術は、呂布や紀霊を引き連れて徐州侵略を開始するのだった…。
玉璽を手にした袁術ズサの命により、徐州に攻め入った呂布トールギスと袁術軍。村の兵と劉備たちでは、一気に攻め込んできた袁術の大軍を止めることが出来ない。決断を迫られた劉備は、民の命を守るために、徐州を捨てることを決断するのだった。
徐州は陥落し、劉備ガンダムたちは国を捨て、曹操の治める許昌へやってきた。武力によって治められているという許昌は、村人が平和に暮らせる国だった。自分の力不足を悔やむ劉備と、劉備の「武」の力を自分のために使えという曹操。何が幸せで、どの方法が平和への一番の近道なのか。そんな劉備が出した答えとは…？
曹操と劉備たちは、宛を治める武将の張繍ブリトヴァから、新しい城の落成祝いに招待される。張繍とその軍師である賈詡アシュタロンは曹操を称え、誰より偉大な者が三璃紗の統一を成すべきだと云う。
劉備ガンダムたちは、袁術ズサを止めるために袁紹バウを頼ることにした。だが、三璃紗に平和をもたらすためには、全ての国を滅ぼさなければならないと考えている袁紹は、劉備たちの申し出を一蹴する。そして劉備たちは、自分たちの力で袁術を止めなければならないと決意を新たにして、袁術のいる寿春へと向かい…。
袁術ズサの本拠地、寿春に最初にたどり着いた孫策サイサリスたちは、主力部隊をオトリにし、別働隊が裏門から攻め込む「偽撃転殺の計」を立てる。だが、敵に見破られてしまい「虚誘掩殺の計」で待ち伏せをされてしまう。その裏門で別動隊の孫策を待ちうけていたのは孫堅を死に追いやった紀霊ハンマハンマであった…。
裏門を突破し、袁術ズサの城に攻め込んだ孫策サイサリスたちの前に呂布トールギスが立ちはだかる。修羅となった呂布に対し、守るべき家族のために孫策は全力で立ち向かうが…。
追い詰められた袁術ズサは、暗黒の瘴気から現れた鎧を身にまとった。巨大な双鎌をふるい、暴れまわる袁術はまわりのもの全てを破壊していく。袁術は、妹の孫尚香ガーベラを守ろうと立ちあがった孫権ガンダムに、孫堅と孫策の死は無駄だったと愚弄する。その時、袁術の頭上の玉璽が光り輝いて…!?
袁術との戦いの後、孫権が治めるようになった江東では、呂蒙ディジェと甘寧ケンプファーという乱暴者が暴れまわっていた。すぐにでも呂蒙と甘寧を成敗したい孫尚香は、煮え切らない返事をする孫権らに内緒で、呂蒙らの根城に向かうのだが…。
呂蒙と甘寧を成敗せんと出て行ってしまった孫尚香と陸遜。自分には江東を治める資格がないと落ち込んでいた孫権であったが、妹である孫尚香を救うため、呂蒙たちと戦うことを決意した。しかし、呂蒙、甘寧と刃を交え、彼らが江東で暴れまわっている理由を知った孫権は手にしていた虎錠刀を降ろして…。
旅を続ける劉備ガンダムたちは、森の中で徐州の民と再会する。話を聞くと、袁術ズサのいなくなった徐州に戻る途中だという。「劉備が治める徐州に帰りたい」という民の思いを聞き、劉備はある決意をする。
劉備ガンダムたちは幽州を治める公孫瓚イージーエイトと趙雲ガンダムを訪ねる。久々に再会した劉備と公孫瓚は、三璃紗を戦乱のない平和な地にしなければならないと決意を新たにするのだった…。
三璃紗支配を目論む袁紹バウは、その手始めにイージーエイトが治める幽州に進軍を開始した。幽州軍の趙雲ガンダムは要塞、易京楼で袁紹軍の先鋒、張郃ザクIIIを迎え撃つ。必殺の兵法、白馬陣は袁紹百万の軍を止めることができるのか…!?
劉備ガンダムと張飛ガンダムは幽州軍を救うため、天才軍師『伏竜』を求めて荊州に向かった。二人はそこで伏竜を知っているという水鏡ガンタンクに出会う。一方、関羽ガンダムは、曹操ガンダムに援軍を頼るため許昌に向かった。簡単に援軍は出せないと言う曹操に、関羽はある提案をする…。
袁紹軍と幽州軍の、易京楼をめぐる攻防戦が続いていた。公孫瓚イージーエイトたちは、袁紹軍の軍師、沮授Ｒジャジャに命じられ易京楼の城壁前に土のうを積む烏丸の軍を蹴散らす。だが、それは「罠の天才」と呼ばれる沮授の、恐るべき策のはじまりであった。
易京楼の要である城壁を破壊されてしまい、公孫瓚イージーエイトたち幽州軍の敗北は決定的になった。その公孫瓚の元にある人物が降伏することをすすめにやってきて…。
袁紹バウは幽州の要塞である易京楼を攻め落とし、そのままの勢いで南の地、官渡へと進軍を始めた。曹操ガンダムたちは袁紹を迎え撃つべく、同じく官渡へと向かう…。
袁紹軍軍師、沮授Rジャジャの罠により、曹操軍の先遣隊は全滅してしまう。その状況を打ち破るため、関羽ガンダムは敵の罠を受ける決死隊として、一人で出陣することになってしまい…。
中央突破をこころみる呂布隊。その前に現れたのは、元呂布隊の張遼ゲルググであった。袁紹バウの卑劣な行いをゆるせない張遼は、戦だけを求めて袁紹に味方する呂布トールギスに刃をつきつける…。
曹操軍と劉備たちに攻めたてられ、陥落寸前の袁紹軍。呂布トールギスという切り札を封じられ、追い詰められた袁紹バウは、ついに玉璽に手をのばす。玉璽からふき出した瘴気に包まれた袁紹は、その姿を龍飛形態へと変え…！
ついに天玉鎧をまとった曹操ガンダム。その姿を見た呂布トールギスは、天の力と戦うことこそが、真にもとめていたものであると叫び、曹操に戟を突きつける。一方、その様子を見ていた呂布隊の貂蝉らは、地獄の果てまで呂布についていくと改めて覚悟し…。
三璃紗全土を支配するため南方に進軍を始める曹操ガンダム。一方、援軍を頼むかわりに力を貸す約束をした関羽は、協力を拒んだため牢に閉じ込められていた。曹操との約束のために意地になっている様子を見た周倉ドーベンウルフは、関羽にとって一番大切なものは何かと問う…。
劉表ガンダムから伏竜は生きていると聞いた劉備たちは、真実を確かめるために水鏡ガンタンクの元へ向かった。するとそこへ、関平ガンダムがさらわれたとの報せが入り…。
江東を治める孫権ガンダムたちは、曹操ガンダムが三璃紗北部を手に入れた、という話を聞く。曹操たちが南の江東に攻めてくると考える周瑜ヒャクシキは、孫権にその時の覚悟をするように進言する…。
曹操軍は南へ進軍をはじめた曹操ガンダムは、まちぶせていた袁紹軍の武将、張郃ザクⅢの挑戦をうける。一方、孔明リ・ガズィは、劉備ガンダムに、劉備、曹操、孫権が国を３つに分けて治める兵法、天下三分の計を授ける。
曹操軍を迎え撃つため、劉備ガンダムたちは荊州を治める劉表ガンダムに協力を求めることにした。だが、曹操をおそれる劉表は逃げ出してしまい、劉備たちはたった五人で曹操軍に立ち向かうことになってしまう…。
傷を負った劉備ガンダムは江東へと落ち延びることになった。張飛ガンダムは劉備たちを逃がすため、「長坂橋」で曹操軍の豪傑たちを食い止める。果たして張飛の決死の覚悟は、劉備たちを救うことができるのか…!?
江東が戦場になることを恐れる孫権ガンダムは、曹操ガンダムと戦うことをためらっていた。その姿を見た孔明リ・ガズィは、孫権の思いを確かめるために一計を案じる。
曹操軍との圧倒的な戦力の差を知った劉備、孫権たち。まともにぶつかりあっても勝てないと考える周瑜ヒャクシキと孔明リ・ガズィは、ひそかに開発した最新の兵器「天雷火砲」で曹操の拠点を一撃で破壊するという奇策を練る。
水上要塞へと向かう孫権ガンダムたちの前に、蔡瑁アッグガイ率いる鉄甲艦隊が立ちふさがった。火薬の効かない鋼鉄の船に苦戦する江東水軍。彼らを救うため、黄蓋グフが決死の戦いを挑む…！
曹操軍の巨大鉄甲戦艦、神火鳳凰がその姿を現した。旗艦をやられてしまい、壊滅状態になってしまう孫権軍。周瑜ヒャクシキはこの窮地を打ち破るため、陸遜ゼータプラスに孫権軍を託し、曹操ガンダムとの一騎打ちに向かう…。
劉備ガンダムと曹操ガンダムに決戦の時が訪れた。炎に包まる戦場で互いの想いをぶつけあうふたり。天の力を持つ曹操に立ち向かう、劉備の運命は果たして――!?
天駆ける戦神、翔烈帝として復活した劉備は、孫権とともに最後の戦いに挑む。ぶつかりあう侠たちの想いはついに天をも震わせる。三璃紗の平和を賭けた戦い、ついに決着の時！
