早朝ランニング中に「忍術学園まで案内して欲しい。」と知らないおじさんに呼び止められた乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。さっそく案内することに・・・。ところがふつうのおじさんは世を忍ぶ仮の姿で、その正体は超一流の忍者らしいのだ。
２０年来のうらみを晴らしに忍術学園にやってきたおじさん。ところがその相手の名前がわからない。手がかりは、鋭い目つきの持ち主で忍術学園にいる。ということだけなのだ。乱太郎（らんたろう）たちに協力してもらい探しだそうとしたのだが・・・。
超一流の忍者だと思っているおじさんが、うらみを晴らす相手は山田（やまだ）先生だった。山田先生に決闘を申し込んだおじさん。ところがとことんツキのないおじさんは、練習でも失敗ばかり。しかし、プライドは超一流の忍者なのだ。
ヌルヌルが大好きな喜三太。迷子の大ウナギのピー子を助けいっしょに寝ていた。最近、食堂の定食に飽き始めていた乱太郎たちは、うな丼が食べたい・・・とピー子のところへやって来た。
テストで０点を取ってしまい落ち込んでいるきり丸。ところがそのテストがなくなってしまった。どうやらくノ一教室の方に飛んでいってしまったらしい。くノ一たちに見つかる前に探し出さねば・・・。乱太郎、きり丸、しんべヱの三人はくノ一教室に向かった。
食事当番の乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。川で野菜を洗っていると、近くに食べられる野草が生えていた。そこでこっそり野菜を売り、野草でサラダを作った三人。ところがばれてしまい、山田（やまだ）先生、土井（どい）先生から怒られるはめに。
裏々山にありっ茸（たけ）をとりに行くことになった乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。そこで出会ったのは裏々山キノコ共同組合の副会長さんだった。キノコ泥棒に困っていた副会長さん。泥棒退治を手伝えば、ありっ茸を分けてくれるということになった。
泥棒につかまってしまった乱太郎（らんたろう）たちと裏々山キノコ共同組合の副会長。きり丸が隠していたありっ茸（たけ）もみつかってしまった。さっそく料理を始めた泥棒たち。ところがそのキノコはありっ茸によく似たこれっ茸だったのだ。
ヘムヘムとけんかをした学園長。みんなから「学園長先生が悪い。」と言われ家出をすることに・・・。ところが荷物をまとめて向かった先は、乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱの部屋だった。困った乱太郎たちは、ある作戦を思いついた。
あたらしい髪飾りをつけてきたくノ一のユキ。トモミとシゲにほめられうれしくなり、乱太郎（らんたろう）たちのところへ・・・。ところが話に夢中な乱太郎たちは、ユキに全く気づかない。そこで怒ったユキはとんでもない行動に出た！
開校記念日の三日間の休みを利用して実家に帰った忍たまたち。土井（どい）先生の家に居候のきり丸。アルバイトをしようと洗濯物を預かった。ところがその中から血のついた小袖と手紙が見つかった。そのとき家の外に怪しいが影が・・・。
山で一夜を明かした乱太郎（らんたろう）ときり丸は、しんべヱの姿をみてびっくり。昨日より太っている。ケガをしたお侍さんに渡すはずの火薬の壺（つぼ）。お腹がすいたしんべヱは中身を食べてしまったのだ。そこへ壺を奪おうとドクタケ忍者がやって来た。
火薬だとばかり思っていた壺（つぼ）の中身は、砂糖だった。マイタケのお侍さんをおそったのがドクタケ忍者でないこともわかった。いったい誰が何のためにこんなことをしたのだろうか？そこへ傷の癒えたお侍さんを連れて、乱太郎（らんたろう）の父ちゃんがやってきた。
おシゲちゃんが本だとおもってしんべヱに貸したのは、トモミちゃんの日記だった。乱太郎（らんたろう）たちに読まれたら大変！そこでくノ一の三人は、日記を取り戻そうと乱太郎たちの部屋に忍び込んだ。ところがそこで見つけたものは・・・。
体重が増えてしまったユキちゃん。苦労せずにダイエットしたいと考え、山本（やまもと）先生に相談することに・・・。裏山のほこらに痩身丹（そうしんたん）という飲むだけでやせられる薬の秘伝書があると教えてもらった。さっそく出かけることに・・・。
食堂のおばちゃんのおつかいで台所の神様にお札を納めに行く事になった乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。途中、道に迷い夜になってしまった。偶然見つけたおばあさんの家に泊めてもらうことになったが・・・。
山賊（さんぞく）退治をすることになった乱太郎（らんたろう）たち。山賊が根城にしている廃寺（はいじ）にやって来た。ところが寺の前で会ったおじさんからとんでもない話を聞いた。ここはばけものがでる化け寺で村人は誰も近づこうとはしない・・・というのだ。
廃寺（はいじ）を根城にしていたのは、各座党（かくざとう）の一味だった。乱太郎（らんたろう）たちは、各座党一味を退治しようとがんばったが、反対に追われるはめに・・・。逃げる乱太郎たちがたどり着いた場所は、偶然にも台所の神様の鳥居の前だった。
神経質な斜堂（しゃどう）先生のおかげで授業が進まず、進級できないかもしれない二年ろ組。そこでその性格を直してもらうため、しばらく一年は組を受け持つことに・・・。ところが、は組のあまりのすごさに斜堂先生は気絶してしまった。
戸部（とべ）先生に負けてばかりの自称剣豪の花房牧之介（はなぶさまきのすけ）。一度くらいは勝たせてあげたいと考えたユキ、トモミ、シゲのくノ一三人組は、牧之介を特訓することにした。ところが、あまりの弱さに驚き、あきれてしまった。
七年前に忍術学園を卒業した槍杉多蔵（やりすぎたぞう）先輩。学園で火事を消して以来、火を消すのが生きがいになり、火消しの丈（じょう）と呼ばれている。学園長の思いつきでは組は、火消しの丈の指導のもと防火訓練をすることになった。
小さな火も見逃さない火消しの丈（じょう）。おかげで食堂では火が使えずメニューは冷奴だけになってしまった。家が火事になり、それから怖くて、火を使わずに暮らしてきた火消しの丈。そこで乱太郎（らんたろう）たちが、怖がりを直すことになった。
本当は火が怖い火消しの丈（じょう）。みんなに本当のことが言い出せないまま学園を去ることになった。ところが、学園近くのおばあさんの茶屋が火事になり、助けを求められた。火が怖くて震えが止まらない丈がとんでもないことをいいだした。
石火矢（いしびや）の実習で失敗をしてしまった伊助（いすけ）。忍者にむいてない・・・とすっかり落ち込んでしまった。なぐさめることになった乱太郎たちは、しんべヱの失敗談を話し始めた。ところが今度はしんべヱが元気をなくしてしまった。
出張に行く山本シナ先生の代わりに、くノ一の授業をすることになった大間締堅蔵（おおまじめけんぞう）先生。ところが極度の上がり性で逃げ出してしまった。きり丸から女の子の前で上がらない霊験あらたかなお札をもらい再びくノ一教室へ向かった。
朝いたはずの団蔵（だんぞう）がいなくなってしまった。山田（やまだ）先生の話では、団蔵の村で戦（いくさ）が起き、あわてて帰っていったらしいのだ。心配でたまらない乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱはこっそりようすを見に出かけることにした。
怪しまれぬよう伝子（でんこ）さんに変装した山田先生と旅姿の乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱは、団蔵（だんぞう）の村へと向かっていた。途中で馬を走らせる団蔵と遭遇。団蔵は、忍術学園に助けを呼びに行くところだったのだ。
団蔵（だんぞう）の村では、敵がすぐに入ってこられないように堀をめぐらせてあった。一番浅いところから攻め入ろうとしている代官横槍入十郎（よこやりいれじゅうろう）の作戦を知った山田先生は、山彦（やまびこ）の術を使って退治しようと考えた。
スケートをしようと池にやって来たユキ、トモミ。シゲの三人。ところが池の氷がパックリと四角に切り取られなくなっていた。そばに氷を運んだらしいそりの跡が。そこで三人は氷を取り戻すため後をつけることに。ところがそりの跡は山奥に向かっていた。
おばちゃんの料理を残した忍たま。食堂に居たみんなはびっくり！すぐににせものだと気づいた乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。見破られたにせものはあっという間に逃げて行った。そこで乱太郎たちは、正体を突き止めようと跡を追うことにした。
ドクタケ忍者になりすました乱太郎、きり丸。ところが「居（い）すぐり」で、乱太郎だけにせものだとばれてしまった。心配しているきり丸の元へ、ドクタケに変装したしんべヱがやって来た。その時、上から瓶が落ちてきて二人はすっぽりと隠れてしまった。
利吉（りきち）さんに助けられたきり丸、しんべヱだったが、八方斎（はっぽうさい）につかまってしまった。忍術学園跡地に出城を作ろうとたくらんでいる八方斎。裏山から大岩を落とし、一気につぶそうとたくらんでいた。その大岩にはきり丸としんべヱが・・・。
食事中の乱太郎（らんたろう）、きり丸。風邪をひいたしんべヱは部屋で寝ている。しんべヱのことを心配する乱太郎たちにおばちゃんは感動し、おかずをサービスしてくれた。その頃しんべヱのもとには、お見舞いの忍たまたちがやってきていた。
今日は、は組とくノ一教室の合同野外授業。お昼になり包みを開けると中身は石だった。乱太郎（らんたろう）たちが困っていると、おにぎりを食べながら乱気流（らんきりゅう）道場の道場主がやってきた。お腹がすいて乱太郎たちの分を取ってしまったのだ。
すっかり落ち込んで元気をなくしてしまった乱太郎（らんたろう）。授業中、山田（やまだ）先生に頼まれチョークをとりに行った。そこで偶然にマル秘とかいたメモを見つけ、こっそり読んでしまった。その内容とは、乱太郎たちに関するものだったのだ。
くノ一教室の授業中に山本（やまもと）シナ先生が倒れてしまった。しばらくの間、代わりの先生がやってくることになった。男の先生・・・と聞いたくノ一たちは大反対。ところがその先生をひと目見たくノ一たちは・・・。
今年の授業が終わり、大掃除をすることになった忍術学園。嫌がる先輩たちの話を聞いたきり丸は、アルバイトを思いつく。それを知った土井（どい）先生が血相を変えてやってきた。怒られる！と思ったきり丸。ところが先生の口からは信じられない言葉が・・・。
土井（どい）先生の家にやって来て、いきなり泣き出した庄左ェ門（しょうざえもん）。忍術を誤解しているおじいちゃんに、「忍術学園をやめろ！」と言われてしまい困ってしまったのだ。思案した土井先生は、とんでもないことを言い出した。
朝からもちつきをした乱太郎（らんたろう）の家。そこで乱太郎は、おいしいおもちを和尚さんに届けることに・・・。最近肩の調子が良くない和尚さんの代わりに、除夜の鐘を突くことを頼まれた乱太郎。ところが、お寺の鐘がこつ然と消えていた。
忍術学園が休みになり、土井（どい）先生の家にやってきたきり丸。そこへ土井先生の親友で天下の大泥棒、石川五十ヱ門（いしかわごじゅうえもん）さんがやって来た。忍者界のスーパースターの登場にきり丸がとんでもないことを言い出した。
学園長のひじかけを裏山に蹴飛ばしてしまったしんべヱ。さっそく乱太郎（らんたろう）きり丸と探しに出かけた。すると草むらから苦しそうな声が・・・。そこにはひじかけが命中したおじさんが倒れていた。困った三人は、忍術学園に連れて行くことに・・・。
若い頃、竹馬名人と呼ばれていた学園長。山田（やまだ）先生と土井（どい）先生にそのワザを披露していた。ところがふと気づくとふたりはどこかに消えてしまっていた。腹を立てた学園長。絶対にこたつから出ないと庵（いおり）に閉じこもってしまった。
アルバイトで学園長から女の子の子守を頼まれたきり丸。ところがその子が迷子になってしまった。学園長に知られては大変！と必死に探す乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。するとその時、くノ一教室からユキたちの声に混じって女の子の声が・・・。
テストでひどい点数をとってしまった乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。土井（どい）先生が「即刻退学だ！」と怒っていると庄左ェ門（しょうざえもん）が知らせに来た。そのとき半鐘がなり、緊急職員会議のため先生たちが学園長の部屋へ集合した。
カギナワの練習中、子供のカラスに怪我をさせてしまったシゲ。責任を感じ、治るまで看病をした。一方、夜更けにトイレに行こうとした乱太郎（らんたろう）は、おばけに遭遇、メガネを取られてしまった。きり丸の小銭も、しんべヱのあめ玉も消えてしまった。
雪が降り大喜びの乱太郎（らんたろう）たち。授業は中止になり雪合戦をすることになった。そのころドクタケ城では、不景気で給料のもらえないドクタケ忍者たちが八方斎（はっぽうさい）に詰め寄っていた。途方にくれた八方斎は・・・。
しんべヱのパパからお金を取り、ドクタケ忍者たちに給料を払おうと考えた八方斎（はっぽうさい）。ドクタケ忍者たちにしんべヱをつれてくるように命令した。ところが、ドクタケ城につれてこられたのは乱太郎（らんたろう）たっだ。
由緒貧しき忍者、乱太郎（らんたろう）の家の話を聞くうちに同情してしまった八方斎（はっぽうさい）。あきれたドクタケ忍者は辞めてしまい、八方斎は一人に・・・。そこへやって来た乱太郎の父ちゃん。その時、八方斎がとんでもないことを言い出した。
山田（やまだ）先生に怒られ、罰としてランニングをしていた乱太郎（らんたろう）ときり丸。道端に生えている季節外れのにらを見つけた。さっそく取ってみるとラッキョウだった。大もうけしようと大喜びのきり丸。ところが、学園長にすべてとられてしまった。
ラッキョウとまちがえ猛毒のツルボを食べて倒れてしまった学園長。保健室の新野（にいの）先生の話では、薬を飲めば治るとのこと。学園にはないが、金楽寺（きんらくじ）の和尚さんが持っているらしい。責任を感じたきり丸は、さっそく金楽寺へ・・・
やっと金楽寺（きんらくじ）に到着した乱太郎（らんたろう）ときり丸。ところが和尚さんは、向こうのがけの木にしがみつき助けを呼んでいた。和尚さんを助けるため、乱太郎たちは、教えてもらったばかりの飛行（ひこう）の術（じゅつ）を使うことにした。
土井（どい）先生に叱られ、補修授業を受けることになった乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。そこへ山田（やまだ）先生がやって来た。山田先生にも叱られていたのだ。ところが今度は、戸部（とべ）先生がやって来た。
朝起きてびっくり。しんべヱのまゆげがひどい寝ぐせに・・・。乱太郎（らんたろう）ときり丸が手伝いいろいろやってみたが全く直らない。はずかしがって部屋から出られず、食事もできないしんべヱを助けるため、くノ一のユキ、トモミ、シゲがやって来た。
学園長先生とヘムヘムが寝ている庵（いおり）。そこへ忍術学園の秘伝書を狙って怪しい人影が・・・。物音に気づき追いかけたヘムヘム。ところが取り逃がしてしまった。それを知った学園長先生。自分が起きなかったのはヘムヘムの鳴き方のせいだと言い出した。
学園長先生に「ワン、と鳴けるまで絶交だ！」といわれたヘムヘムは、裏山で練習をしていた。ところが、「ヘムヘム」という鳴き方を教えたのは学園長先生だったのだ。それを知った乱太郎（らんたろう）たちは、納得できず学園長先生の所へやって来た。
雪が降り始めた裏山で遭難してしまった学園長先生。そこで山田（やまだ）先生を隊長に大捜索隊が結成された。ところが吹雪の中を進むうち、乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱは、山田先生たちとはぐれてしまった。そのとき、怪しげな声が・・・。
追われている山賊（さんぞく）が、忍術学園に逃げ込んできた。山本（やまもと）先生と食堂のおばちゃんにお仕置きされた山賊。それでも出て行かない。そこで土井（どい）先生の発案で一年は組は、「山賊のやっつけ方」を実習することになった。
学園長先生の思いつきで特別試験を受けることになった乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。「試験に受からなければ落第させる！」と言われ、心配になった土井（どい）先生は、 試験の内容を三人に暗記させようと考えた。
しんべヱの別荘にやってきた乱太郎（らんたろう）たち。その時しんべヱのパパの叫び声が・・・。庭に雪男さんの足跡があったのだ。雪男さんに会いたくて別荘を作ったしんべヱのパパ。パパのお願いで乱太郎たちは、雪男さんを探しに行くことになった。
授業で「すまいるの術（じゅつ）」を習ったユキ、トモミ、シゲのくノ一たち。山本（やまもと）先生から訓練のため、午後の授業まで笑顔を絶やさずにいるように言われた。そんな三人に乱太郎（らんたろう）たちがいたずらを始めて・・・。
裏山に薪（まき）を拾いに出かけた乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。ところが、山にあるはずのないゆでダコや新鮮な鯛を見つけた。「相談にのって欲しい。」と第三協栄丸（だいさんきょうえいまる）さんが忍術学園にもってきたおみやげだったのだ。
幽霊船のおかげで漁に出られなくなった第三協栄丸（だいさんきょうえいまる）さん。山田（やまだ）先生、土井（どい）先生と乱太郎（らんたろう）たちは調査に出かけることになった。ところが、その後を旅姿のお坊さんがつけてきた。
海女（あま）さんたちから磯を奪い、釣を楽しんでいるサザエ城城主サザエ門を退治するため、大魚に変装することになった乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。ところが、あっさりと捕らえられてしまった。その時、岩山の上に海の主（ぬし）が登場した。
忍術学園に牧之介（まきのすけ）がやって来た。ところが今回は、戸部（とべ）先生との決闘が目的ではないのだ。日夜修行を積み強くなった牧之介は、日本一の剣豪、野牛金鉄（やぎゅうきんてつ）と学園のグラウンドで決闘をするためやって来たのだ。
突然、シイタケ城の使者がやってきた。シイタケ城の城壁に乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱのサイン入りの落書きが・・・。怒ったシイタケ城が忍術学園に総攻撃をしかける準備を始めたらしい。ところが乱太郎たちは、全く身に覚えがなかった。
ぬれぎぬを晴らすため出かけた乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱは、八方斎（はっぽうさい）の隠れ家を見つけた。やはりシイタケ城の落書きは八方斎のしわざだったのだ。ところが盗み聞きがばれ、乱太郎ときり丸は捕らえられてしまった。
八方斎（はっぽうさい）の隠れ家に突然やってきた奥さん。一生懸命働く美しい姿を見にやって来たのだ。乱太郎（らんたろう）ときり丸を「悪者から助け出した。」という話を聞き、安心した奥さん。悪いことをしているのでは・・・と心配していたのだ。
おシゲちゃんとけんかをしてしまったしんべヱ。山田（やまだ）先生からナカヨシ山のてっぺんに生えているナカヨシ茸を食べると仲直りができると聞き、さっそく出かけることに・・・。ところが、ヘムヘムとけんかをした学園長もその話をこっそり聞いていた。
山田（やまだ）先生、土井（どい）先生に、いきなり起こされた一年は組。庄左ェ門（しょうざえもん）チームとしんべヱチームに分かれ、抜き打ちの訓練が行われることに・・・。どちらのチームが先にお地蔵山のお地蔵様に花を供えられるのか・・・。
忍術学園には謎がある。山本先生の愛馬はどこで飼っているのか？きり丸が売りに来るしぼりたてのミルクはどこから持ってくるのか？しんべヱの牛はどこへ消えてしまったのか？そこでくノ一たちは調査に乗り出し、きり丸の後をつけることにした。
裏山で倒れているおじさんに出会った土井（どい）先生と乱太郎（らんたろう）たち。仕方なく忍術学園に連れて行くことに・・・。おじさんの正体は宮中に仕える貴族、南野園是式（なんのそのこれしき）さんだった。ところが、ある事情で落ちぶれてしまい・・・。
有名な詐欺師の駄礼団郎（だれだろう）に屋敷をだまし取られた南野園（なんのその）さんを助けることになった土井先生（どい）と乱太郎（らんたろう）たち。屋敷の庭でしんベヱが消えた。隣の土倉（どそう）を破るため駄礼団郎が掘った穴に落ちたのだ。
土倉（どそう）のお宝を狙っている駄礼団郎（だれだろう）。土井（どい）先生の指導のもと「眠り火の術（ねむりびのじゅつ）」を使い、悪だくみをやめさせることになった乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。準備を済ませ、日が暮れるのを待つことに・・・。
ユキ、トモミ、シゲのくノ一三人組は、最近トレーニングに励んでいる。その様子をみてひらめいたきり丸。三人に特製のトレーニングマシーンをプレゼントした。大喜びのユキたち。ところがそのマシーンにはとんでもない秘密がかくされていた。
夜中に山田（やまだ）先生に起こされたは組の忍たまたち。真夜中の特別授業で裏山の裏の裏山の裏の裏山まで日の出を見に行くことになった。ぬきうちテストではないかと考えた乱太郎（らんたろう）たち。わなが仕掛けてあると疑い始めた。
町に市がたち、父ちゃんと買い物に出かけることになった乱太郎（らんたろう）。途中で急ぎ足のしんべヱに出会った。泥棒が入り、青磁の壺（つぼ）やしんべヱのお昼寝用の布団が盗まれた。町の市で売られているかもしれないと探しに行くところだったのだ。
町で盗んだものを売っていたおじさんの正体は、ホウキタケ城と戦（いくさ）中のオニタケ城忍者の連絡係だったのだ。ところがガラクタばかりを並べて売っていたので、敵に正体を見破られ、仲間に見捨てられてしまったらしい。
暗号の書かれたしんべヱの布団をもってオニタケ忍者首領の春牧行者（はるまきぎょうじゃ）の家にやって来た九丁目（きゅうちょうめ）さんと土井（どい）先生、乱太郎（らんたろう）たち。ところがその家はあやしい人たちに見張られていた。
山田（やまだ）先生の補習授業で、高い枝にぶら下がった巻物を取ることになった乱太郎（らんたろう）たち。ただし、相手を喜ばせ意のままに操る「喜車（きしゃ）の術」を使わなくてはならない。考えた三人は、食堂のおばちゃんの元へ向かった。
お団子を食べに行くことになった土井（どい）先生と乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。途中、忍術学園の教師になりそこねた風の玉三郎（たまさぶろう）と遭遇。すぐれた忍者であることを学園長に思い知らせるため「俺を倒して行け！」と言い出した。
すすで汚れたユキ、トモミ、シゲの顔を偶然見てしまい大笑いした乱太郎（らんたろう）。誰にも絶対話さないよう約束させられた。ところが、話したくてたまらない乱太郎。しんべヱにこっそり話そうとしたその瞬間、とんでもない災難に見舞われた。
小銭を拾ったきり丸。それを見つけた老人がいきなり刀を買え！と命令してきた。えらそうな態度にマイタケ城の城主であることに気づいた乱太郎（らんたろう）たち。下々の生活を理解するため物売りをしているのだ。そこへ怪しいお客がやってきた。
ホウキタケ忍者に取られたマイタケ城の縄張り図を取り戻すため、ホウキタケ城にやって来た乱太郎（らんたろう）たち。ホウキタケの忍び装束にきがえ紛れ込むことに成功した。そのころ学園長も忍び込むためのすばらしい思いつきを試そうとしていた。
マイタケ城の縄張り図を取り返したものの、ホウキタケ忍者たちに見つかってしまった乱太郎（らんたろう）たち。助けを呼ぶその声にこたえたのはツバメくん一号に変身して空を飛んできた学園長だった。ところがその時急に風向きが変わり・・・。
猫の散歩の途中に倒れているおじさんを見つけた乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。おじさんは懐から密書を取り出し「アミタケ城の第三砦（とりで）・・・。」と言って気を失ってしまった。そこで代わりにきり丸がアミタケ城へ行くことになった。
きり丸を追いかけアミタケ城までやって来たナメタケ忍者の中太郎（ちゅうたろう）さんと乱太郎（らんたろう）、しんべヱ。密書は中太郎さんがアミタケ第三砦（とりで）について調べたものだったのだ。そこには猫好きの主（あるじ）がいてたくさんの猫を飼っていた。
いつも無理難題を持ち込むしんべヱのパパが忍術学園に向かってる。それを知った学園長たちは、逃げてしまった。今回は商談の途中で取られてしまった歯輪銃（しりんじゅう）を取り返してほしい、とやって来たのだ。そこで乱太郎（らんたろう）たちは・・・。
海に向かっていた乱太郎（らんたろう）たち。そのとき目の前にネグリジェ姿のおばあさんが飛び出し、いきなり苦しみ始めた。そのおばあさんは有名な南蛮かぶれで、つい最近南蛮船で密航した時、しんべヱのパパの取引の様子を偶然見たらしいのだ。
歯輪銃（しりんじゅう）を奪った忍者の家にやって来た姉さん、山田（やまだ）先生、土井（どい）先生、そして乱太郎（らんたろう）たち。しかしそこに住んでいたのは、通信教育で勉強中の半人前忍者だった。そして、歯輪銃を奪ってほしいと依頼したのは・・・。
乱太郎（らんたろう）たちが掃除中、木からおばあさんが落ちてきた。おばあさんはお姉さんの敵を探すため学園の様子をうかがっていた。倒れていたお姉さんのそばにあった顔型がなんと山本シナ先生にそっくりだったのだ。
金楽寺（きんらくじ）の大掃除を手伝うことになった乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。さっそく学園長、ヘムヘムと出かけることに・・・。ところが、お寺についてみると和尚さんの姿が見あたらない。盗賊に連れ去られてしまったのだ。
和尚さんを探しに出かけた乱太郎（らんたろう）たち。お腹がすき、うどん屋へ立ち寄った。すると隣から聞き覚えのある話し声が・・・。そこには、女装をした山田（やまだ）先生と土井（どい）先生がいた。
ようやく盗賊の館を発見した山田（やまだ）先生、土井（どい）先生、乱太郎（らんたろう）たち。和尚さんを助け出すため一斉に突入した。ところが、和尚さんは盗賊のお頭と将棋をしていた・・・。
オヤコダケ城の若様がお忍びで学園長に会いにやって来た。お父さんである城主は、食べ物の好き嫌いが多い。そこで、食堂のおばちゃんに治してもらいたいというのだ。反対する学園長におばちゃんは、是非出かけたい！と言い出した。
おばちゃんが悪いことに利用されてしまうかもしれない。心配になり、オヤコダケ城にやって来た乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。一方、おばちゃんの料理を堪能した殿様は大満足。ところが、途中でお腹がいっぱいになり・・・。
親子げんかにあきれた乱太郎（らんたろう）たち。早く殿様になりたい７１歳の若様は、おばちゃんの料理を殿様にたくさん食べさせ、動けないようにしようと考えた。殿様は、そろそろ殿の座を譲ろうと考えていたが、若様に任せられない心配事があった。
おつかいの帰り道がけから落ちてしまった乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。困っているところにあらわれたのが山賊の毒々丸（どくどくまる）だった。ところが乱太郎たちの話を聞き、心配して電話代をくれたり、道を教えてくれたりして・・・。
喜三太（きさんた）のペットのどじょうがいなくなってしまった。大泣きの喜三太。さっそく乱太郎（らんたろう）たちは、どじょうを探すことに・・・。そのとき山田（やまだ）先生、土井（どい）先生の部屋からいいにおいと、話し声が聞こえてきた。
学園長の部屋の鍋でおいしそうに煮えているお汁粉。庭の掃除をしたらごほうびとしてごちそうしてもらえることになった乱太郎たち。学園長の留守にこっそりつまみ食いを・・・と考えた。ところが鍋の前には見張り役のヘムヘムが立っていた。
山田（やまだ）先生の追試を受けることになった乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。キノコ村の橋を渡ることができれば合格。ところが橋の持ち主は、頭に「に」の付くものが大嫌いな『なぞなぞ好きの通せんぼ婆（ばあ）さん』なのだ。そこで三人は・・・。
たくさんの魚をもって忍術学園にやって来た第三協栄丸（だいさんきょうえいまる）さん。八方斎（はっぽうさい）率いるドクタケ忍者隊に、大切なアヒルさん一号足漕（こ）ぎボートが奪われてしまったのだ。取り戻すため、学園長のところへ相談にやって来た。
アヒルさん一号足漕（こ）ぎボートを取り戻すため、ドクタケの出城にやってきた山田（やまだ）先生、土井（どい）先生と乱太郎（らんたろう）たち。ドクタケに悟られずにもぐり込むため、乱太郎たちは、「妖者（ばけもの）の術」を使うことに・・・。
ドクタケの出城を目指し崖を登り始めた山田（やまだ）先生、土井（どい）先生、第三協栄丸（だいさんきょうえいまる）さん。ところが途中、協栄丸さんが落ちそうになり、山田先生たちも危険な状態に・・・。そこへやって来たしんべヱに助けを求めたが・・・。
一年は組のマラソンの時間。茂みのなかにこっそり隠れてサボっている乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱを見つけた学園長とヘムヘム。乱太郎たちのひと休みしてみんなを追い越そうという考えを知った学園長は・・・。
いつもと変わらない忍たま長屋の朝。ところが大変なことが・・・。乱太郎（らんたろう）が寝違えてしまったのだ。いっこうに治る気配がなく、山田（やまだ）先生の実技の授業では何をやってもうまくいかない。ところが気にしていない様子の乱太郎に・・・。
学園長の思いつきで一年は組の忍力テストが行われることになった。忍たまたちだけでなく、山田（やまだ）先生、土井（どい）先生の忍力までもが試されることになった。成績が悪ければお給料が減らされてしまう。そこで先生たちは・・・。
一問目が失敗に終わってしまった一年は組。二問目は、変装を船頭さんに見破られないように向こう岸に渡るテスト。お坊さん姿の乱太郎（らんたろう）と娘姿の山田（やまだ）先生、そして審査員の戸部（とべ）先生が渡し舟に乗り込んだ。
一勝二敗でむかえた最後の問題。クリアすれば五分の成績で合格になる。暗号を解く問題の選手は、きり丸に決まった。そして見事暗号を解読し、小銭の入った袋を見つけたきり丸。大喜びのは組だったが、テストはまだ終わっていなかったのだ。
観察する力を養うため鳥の絵を描くことになった一年は組。乱太郎（らんたろう）はカラス、きり丸は水鳥、しんべヱはすずめを描くことに・・・。ところが鳥たちはじっとしていてくれない。そこで困り果てた三人が思いついたことは・・・。
しんべヱの連絡ミスで、間違えて父親参観にやって来たパパ。せっかくなので参観することに・・・。ところが土井先生の質問に手をあげたしんべヱのパパ。しんべヱのかわりにあげたのだ。答えることになったしんべヱ。困り果ててしまった。
夜中に、きり丸の小銭を探していて食堂のただ券を発見した乱太郎（らんたろう）。それを知ったは組の忍たまたちが大掃除を始めた。部屋を荒らされた学園長が怒り出し、罰として乱太郎たちは裏山にマキ拾いに行くことに・・・。ところがそこには・・・。
シイタケ城の殿様からの依頼で、ある屋敷を見張っていた利吉（りきち）さん。その話を聞いた乱太郎（らんたろう）たちは憧れの利吉さんのお手伝いをしようと勝手に屋敷の中へ・・・。そこには、医者の板井野飛田（いたいのとんでん）がいた。
板井野（いたいの）のところへおいていかれてしまった乱太郎（らんたろう）たち。お腹が空いてしまい大騒ぎ！その頃、利吉（りきち）さんは板井野のとんでもないたくらみを知り、山田（やまだ）先生、土井（どい）先生に知らせるべく忍術学園に向かった。
学園長をたずねて金楽寺（きんらくじ）の和尚さんがやってきた。マツタケ城より寄付されたありがたい経典が、ドクタケ忍者隊によって狙われている。そこで、和尚さんは、経典をマツタケ城に戻そうと考えた。その話を聞いた学園長は・・・。
経典を届けるため、マツタケ城に向かっていた乱太郎（らんたろう）たち。その時、目の前に強そうな鳴き声の犬が・・・。ドクタケ忍者隊が経典を奪おうと待ち構えていたのだ。乱太郎たちのことが心配になった山田（やまだ）先生と土井（どい）先生は・・・。
八方斎（はっぽうさい）たちの妨害を乗り切って無事マツタケ城にたどり着いた乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。さっそくありがたい経典を城主に返すことに・・・。ところが、どこを探しても見つからない！経典はどこへいってしまったのか？
一年は組の忍者らしからぬ騒々しい足音にあきれた学園長。急な思いつきで「足音をたててはいけない週間」を設けることに・・・。しかも罰は、頭の上にお茶碗をのっけるというものなのだ。困った乱太郎（らんたろう）たちは・・・。
学園長の思いつきのせいで曲芸大会のようになってしまった一年は組。山田（やまだ）先生の授業で忍者でも普段は普通に歩いていることに気づいた乱太郎（らんたろう）たちは、学園長の歩き方にも注目してみることにした。
夜の忍たま長屋。響きわたるしんべヱのイビキに眠れない乱太郎（らんたろう）ときり丸。おかげで翌日の授業では居眠りをするはめに・・・。困り果てた乱太郎ときり丸は土井（どい）先生にイビキについて教えてもらうことにした。
学園長のおつかいで阿甲老師（あこうろうし）に手紙を届け、お宝を手に入れることになった乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。途中、木の陰に座っている忍者に遭遇！サングラスをかけ、変装した赤加毛安二郎（あかかげあんじろう）さんだった。
赤加毛（あかかげ）の安（あん）さんに、阿甲老子（あこうろうし）さんのところへ連れて行って欲しいと頼まれ困ってしまった乱太郎（らんたろう）たち。そこへ補習授業のプリントを持った土井（どい）先生がやって来た。そのとき、木の陰に怪しい人影が・・・。
阿甲老子（あこうろうし）さんの家にやって来た赤加毛（あかかげ）さん、土井（どい）先生そして乱太郎（らんたろう）たち。阿甲老子さんからもらったお宝は、黒こげのイモリだった。そして、学園長に持って帰るものとは大量の干し柿だった。
学園長の思いつきで混合ダブルスサバイバルオリエンテーリングが、上級生と下級生のコンビで行われることに・・・。きり丸は滝夜叉丸（たきやしゃまる）先輩と、しんべヱははちや先輩とコンビを組むことに・・・。乱太郎のパートナーは・・・。
不破雷蔵（ふわらいぞう）先輩とコンビを組むことになった乱太郎（らんたろう）。ところが、先輩の「迷う」癖がでてしまい、なかなか前に進めない。その時、ずっと前に出発した滝夜叉丸先輩がやって来た。しかしなぜかコンビのきり丸の姿が見当たらない。
土井（どい）先生のいる最終チェックポイント。忍者文字で書かれた暗号文を解読した不破（ふわ）先輩は、乱太郎（らんたろう）とともに目的地にむかった。ところがそこは、忍術学園の学園長の庵（いおり）だったのだ。
昼食後の自由時間。くノ一たちがかくれんぼを始めた。鬼のトモミに見つからないところに隠れたいユキは、乱太郎（らんたろう）たちに相談した。自分たちの部屋をすすめる乱太郎に半信半疑で部屋に入ったユキ。ところがそこはとんでもない状態だった。
お腹を空かせた戸部（とべ）先生が食堂へ向かっていたその時、目の前にユキたちが・・・。自分たちで作ったお弁当を見せられた。ところがその中には、とんでもないものが・・。一方喜三太（きさんた）は、行方不明になったナメクジを必死に探していた。
大きな荷物を背負って第三協栄丸（だいさんきょうえいまる）さんがやって来た。乱太郎（らんたろう）たちは、新鮮な魚のお土産だと大喜び。ところが袋の中から出てきたのは、人魚の姿でしかも記憶喪失になった八方斎（はっぽうさい）だったのだ。
自分を人魚だと信じて疑わない記憶喪失の八方斎（はっぽうさい）。置き去りにして逃げ出した第三協栄丸（だいさんきょうえいまる）さん。その後を追う山田（やまだ）先生、土井（どい）先生。ところが、途中の小川で学園長がおぼれていたのだ。
すっかり人魚になりきっている八方斎（はっぽうさい）。困ったみんなは「人魚として幸せに暮らせるように。」と海へ帰すことに・・・。そのため、乱太郎（らんたろう）たちは第三協栄丸（だいさんきょうえいまる）さんの浜へ向け出発した。
乱太郎（らんたろう）の食事中におかしなことが・・・。おかずのちくわを持ち上げたとたん、釣り針が降りてきて天井に消えてしまったのだ。おばちゃんに怒られて散々な乱太郎。するとどこからともなく「すまぬ・・・。」と声が聞こえてきた。
学園長の庵（いおり）の掃除中に、床の間の引き出しから十年物のヨーカンが出てきた。さっそく掃除を中止した学園長とヘムヘム。おばちゃんの包丁を借りてきてヨーカンを切ることに・・・。ところが硬すぎて包丁の刃が欠けてしまった。困った学園長は・・・。
出来立てほやほやの抜き打ちテストをもって廊下を歩いていた土井（どい）先生。出合い頭に乱太郎（らんたろう）とぶつかりテストが飛んで行ってしまった。慌てて回収したがどうしても一枚見つからない。抜き打ちテストの存在を知った乱太郎たちは・・・。
土井（どい）先生に怒られてしまった乱太郎（らんたろう）たち。バツとしてイモ洗いをすることに・・・。そのときおばちゃんがやってきて、ご褒美にうどんを作ってくれた。おいしいうどんで大満足の乱太郎。その前を利吉（りきち）さんが通り過ぎていった。
いつもと違い妙に静かな忍術学園。一年は組の忍たまたちがピクニックに出かけたのだ。持ち物は武器というちょっと変わったピクニック。山田（やまだ）先生、土井（どい）先生を先頭に進んでいると霧が発生し、だんだん前が見えなくなってしまった。
霧のせいで、すっかり道に迷ってしまった山田（やまだ）先生、土井（どい）先生と乱太郎（らんたろう）たち。夜になる前に抜け出すため、しんべヱが持ってきた「忍たまの友」を取り出し調べることに・・・。
迷子の山田（やまだ）先生、土井（どい）先生と乱太郎（らんたろう）たちが偶然見つけた不気味な小屋。そこにいたのは、ナラタケ城のお姫さまだった。家臣たちとはぐれてしまい帰り道がわからず、ずっと小屋にいたのだ。
最近、金楽寺（きんらくじ）の和尚さんにお灸を教えてもらい、すっかり夢中の学園長。山田（やまだ）先生、土井（どい）先生にもお灸をしてあげようと考えていた。それを知った先生方は驚き、とんでもないことを思いついた。
学園長のお灸から逃げるため緊急職員会議の結果、急きょ休みになった忍術学園。それぞれの家に向かう途中、黒古毛（くろこげ）先生にとんでもないものを試食させられた一同。あわてて水を求め井戸へ向かった。すると不気味な笑い声が・・・。
山田（やまだ）先生の家にやって来た土井（どい）先生と乱太郎（らんたろう）たち。山田先生の家は、忍者の家らしく、たくさんのカラクリが隠されていた。はじめて山田先生の奥さんに会うことになった一行。驚きのあまりボーっとしてしまった。
有意義な休日を過ごすため、学園長の庵（いおり）に集まった乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。学園長の提案で「花咲かじいさん」のようにヘムヘムの力を借りてお宝を探し当てよう！ということなった。担ぎ出されて迷惑そうなヘムヘムだったが・・・。
今日まで忍術学園はお休み。家で過ごす最後の日を迎えた乱太郎（らんたろう）。ゆっくりしようと考えていたやさき、母ちゃんからまき割のお手伝いを頼まれた。するとそこへ、いつも乱太郎に一流の忍者になってほしいと思っている父ちゃんがやってきた。
きり丸が取ってきたアルバイトの手伝いが忙しく、休みが終わったことに気づかなかった土井（どい）先生。訪ねてきた乱太郎（らんたろう）としんべヱとともに慌ててきり丸のアルバイト先の合戦場へ・・・。
学園長の思いつきで、一年は組対くノ一教室のマラソン大会が行われることになった。スタートの合図は食堂のおばちゃん。勝ったほうには学園長がすばらしいご褒美をくれることに・・・。途中でおシゲに近道を教えてもらった乱太郎（らんたろう）たちだったが・・・。
だらけている乱太郎（らんたろう）たちに補習を受けさせようと考えた山田（やまだ）先生。ところが学園長から、竜王丸（りゅうおうまる）さんに手紙を届けるように言われ、困ってしまった。なぜなら竜王丸さんは、忍者界のスーパースターだからだ。
五千メートル走の抜き打ちテストで、先頭に踊り出たしんべヱ。いつもと違うしんべヱのようすに驚く乱太郎（らんたろう）、きり丸。熱のせいで優秀な忍たまになってしまったのだ。心配した乱太郎は、嫌がるしんべヱをあるところへ連れて行くことに・・・。
食堂でランチの準備をしていたおばちゃんが何者かに連れ去られてしまった。残されていたのは切りかけの野菜と荷車の跡だった。ランチが食べられずがっかりした乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱはおばちゃんを捜しにでかけることに・・・。
荷車の跡を追っていた山田（やまだ）先生、土井（どい）先生と乱太郎（らんたろう）たち。おなかがすいてしまい、途中の茶屋でお団子（だんご）を食べることに・・・。その茶屋ではまずい料理のせいでカヤタケ城をやめてきた侍たちがお団子を食べていた。
忍術学園につれてこられたカヤタケ城の殿様。おばちゃんのアイデアで立派な料理人になるため、修業をすることに・・・。一方カヤタケ城は、忍術学園の食堂のおばちゃんにそそのかされて、殿様がいなくなった！と大騒ぎになっていた。
突然、新鮮な魚が食べたくなった学園長。そこでなぜか土井（どい）先生が第三協栄丸（だいさんきょうえいまる）さんの所まで行くことに・・・。一方、学園長から土井先生の秘密任務を手伝うように言われた乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱは・・・。
泳いでいる最中に溺れた第三協栄丸（だいさんきょうえいまる）さん。その口からは大量の水といっしょに水晶の人形が・・・。それは、乱太郎（らんたろう）たちが途中であった郵便屋のアルバイト中の忍者が、失くしてしまい困っていたものだった。
お使いの帰りに町人から呼び止められた乱太郎（らんたろう）たち。「落したよ。」と渡されたものは、お宝の地図。とっさに自分たちの物にしたきり丸。誰のものかもわからないので、とりあえず山田（やまだ）先生、土井（どい）先生に相談することに・・・。
実は八方斎（はっぽうさい）が、ドクタケ城に伝わるお宝の地図を優秀な忍者の山田（やまだ）先生、土井（どい）先生に渡し、そのお宝を探してもらって、横取りしようと考えていたのだ。ところが地図をもって出かけたのは乱太郎（らんたろう）たちだった。
謎が解けないままの地図を持って、お宝を探しに出かけた乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。途中で修業中の利吉（りきち）さんに会った。地図の解読方法があぶりだしであることに気づいた利吉さん。さっそく出発した一行だったが・・・。
食堂のおばちゃんが、手裏剣のトレーニングをしている。実は忍術学園きっての変装の名人のはちや先輩だった。素顔を見たことのない乱太郎（らんたろう）たち。後を追いかけていたその時、喜三太（きさん）の部屋から物音が・・・。
山へタケノコを掘りにやってきた乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。ところが夢中になりすぎて迷子になってしまった。その時、竹林から人影が・・・。３０年間迷子になり続けている落ち武者の竹林（ちくりん）さんだった。
「団蔵（だんぞう）の家の馬が全部盗まれた！」知らせを受け、急いで家に帰ることになった団蔵。そこで力になろうと一年は組のみんなも後を追うことに・・・。ところが、すべては学園長の思いつきで行われることになった実戦型のテストだったのだ。
シイタケ城の協力を得て行われる実践型テスト。グループごとに、シイタケ城にいる団蔵（だんぞう）の家の馬を連れて帰ってくることになった。ところが、忍たまたちが出発して間もなく、シイタケ城から馬を伴なった使者がやってきた。
敵のナメコ城の者と間違われ、シイタケ城に捕えられてしまった乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。そこへ山田（やまだ）先生と土井（どい）先生が助けに来てくれた。そこで、先週習ったばかりの遁法（とんぽう）を使い脱出することになった。
夜食に餅を食べようとして大爆発を起こしてしまった学園長。その爆音を聞いた山田（やまだ）先生たちは、くせ者のしわざだと考えた。そこで、みんなで協力し、厳重な警備を行うことに・・・。大げさなことになり、困ってしまった学園長は・・・。
土井（どい）先生の抜きうちテストに困っていた乱太郎（らんたろう）たち。その時、山田（やまだ）先生と土井先生の話し声が・・・。土井先生はカレンダーに先の予定を、生徒にわからないよう印をつけているらしいのだ。それを聞いた乱太郎たちは・・・。
乱太郎（らんたろう）の家にアルバイトがやって来た。そのアルバイトをみてびっくり。灰洲井溝（はいすいこう）さんの弟子の飯加玄南（いいかげんなん）さんだった。忍術学園に行く途中、お金を落とし困っていたところを母ちゃんに助けてもらったのだ。
小松田（こまつだ）さんの実家の扇子屋でアルバイトをしていたきり丸に、骨と地紙を別々に注文した客の話を聞いた土井（どい）先生たち。霞扇（かすみおうぎ）の術のためかもしれないと考えた。そこで乱太郎（らんたろう）が似顔絵を描くことに・・・。
スッポンタケの代官館に、髪結いとして出入りしている斉藤タカ丸さんのお父さんの情報で灰洲井溝（はいすいこう）さんが狙われていることがわかった。そこで土井（どい）先生の作戦で玄南（げんなん）さんが代官館に潜入することに・・・。
「扇子作りアルバイト募集」のチラシを見つけたきり丸たち。チラシを配っていたのは小松田（こまつだ）さんの実家で未完成の扇子を大量に購入した奴らしい。翌朝、乱太郎（らんたろう）たちは、アルバイトのため町外れの荒寺にやって来た。
乱太郎（らんたろう）たちは、アルバイトの最中に忍たまであることを見破られてしまい急いで逃げることに。ところが新野（にいの）先生が捕まりそうになってしまった。そこでスッポンタケ忍者を退治するため乱太郎たちが思いついたことは・・・？
忍術学園へ行く途中、忍者らしき老人に出会った土井（どい）先生はその怪しいようすに後をつけることにした。学園で知らせを待つことになった乱太郎（らんたろう）たち。ところが、土井先生の他にも怪しい老人を調べに出かけた人たちがいたのだ。
安藤（あんどう）先生の指導のもと、一年い組が調査に出かけたことを知った乱太郎（らんたろう）たちは組。そこで山田（やまだ）先生の目を盗んでこっそり出かけることにした。そして見つけた怪しい屋敷。なんとそこはドクタケ忍者の駐在所だったのだ。
怪しまれないように近所の良い子を装い、屋敷を見張っていた乱太郎（らんたろう）たち。そのときまんじゅう売りがやって来た。これから屋敷にまんじゅうを売りに行くと聞き、乱太郎と庄左ヱ門（しょうざえもん）はいっしょに連れて行ってもらうことにした。
屋敷の下働きになりすました伝子（でんこ）さんと利子（りこ）さん。情報を収集するため相手の裏をかく「天唾（てんだ）の術」を使うことに。そこへまんじゅう売りとドクタケ忍者隊部隊長の大黄奈栗野木野下穴太（おおきなくりのきのしたあなた）がやって来た。
ドクタケ忍者の企みは、忍術学園や他のお城を攻撃することだった。攻撃を止めさせるため、伝子（でんこ）さんと利子（りこ）さんは、屋敷を爆破することに・・・。しかし、ドクタケ忍者は手ごわい。そこで二人が考えた作戦とは・・・？
忍術学園会計委員会の予算委員会が行われることになった。それを知った一年は組の会計委員団蔵（だんぞう）が急におびえだした。委員長の潮江文次郎（しおえもんじろう）先輩は、学園一忍者らしいといわれている人物なのだ。
深夜、吉野（よしの）先生に呼ばれた用具委員長の食満留三郎（けまとめさぶろう）先輩としんべヱたち。修理予定のボート、アヒルさん一号が紛失してしまった。さっそく探すことになったしんべヱたち。とりあえず池に向かった用具委員が見たものは・・・。
深夜、乱太郎（らんたろう）たちに相談にやって来たドクたま。キャプテン達魔鬼（たつまき）の発案でボートの練習をすることになり、さっそく近くの貯水池へ・・・。ところがボートはすぐに沈んでしまった。困ったドクたまたちはとんでもないことを言い出した。
忍術学園に泊まることになったドクたまたち。山ぶ鬼（やまぶき）はくの一教室に、しぶ鬼（しぶき）たちは忍たま長屋に泊めてもらうことになった。ところが、忍たま長屋はどの部屋にも問題が・・・。困ったドクたまたちがたどり着いた先は・・・。
あまりの暑さに食堂のおばちゃんが倒れてしまった。そこでかわりに忍者食研究家の黒古毛般蔵（くろこげぱんぞう）先生がやってきた。ところが般蔵先生のモットーは「腹に入ればみな同じ〜」なのだ。困った乱太郎（らんたろう）たちは・・・。
忍術学園に兵庫水軍の網問（あとい）と間切（まぎり）が相談にやって来た。学園長の紹介で臨海学校にやってきたドクたまたち。ところがどうも様子がおかしいのだ。心配した第三協栄丸（だいさんきょうえいまる）さんが二人に託した伝言とは・・・？
臨海学校にやってきた山田（やまだ）先生、土井（どい）先生とは組の忍たま。ところがいきなりドクたまに変装したドクタケがけん制してきた。第三協栄丸（だいさんきょうえいまる）さんの所へ操船技術を学びたいとやって来たのだ。そのねらいとは・・・。
兵庫水軍の東南風（やまじ）さんから『太鼓による合図の叩き方』を教えてもらったドクタケたち。厳しく教えてもらったおかげで太鼓の音だけで会話ができるようになった。その頃、西の浦には八方斎（はっぽうさい）たちが集結していた。
峠の茶屋から帰る途中、しんべヱと喜三太（きさんた）はナメクジがたくさんいる古い家を見つけた。ところがそこは、フリーの忍者たちの隠れ家だったのだ。捕まってしまったしんべヱと喜三太。ところがすでに安藤（あんどう）先生も捕らえられていた。
図書室で古い日記を見つけたきり丸。乱太郎（らんたろう）といっしょに読み始めた。ところが、そこには恐ろしいことが書かれていた。食満（けま）先輩の話では、学園長の若い頃の日記らしい。もしかしたら学園長はとんでもないことを・・・。
マラソンの最中、飯加玄南（いいかげんなん）さんに遭遇した土井（どい）先生としんべヱ。スッポンタケの企みを知り、しらせにやってきた。途中で合流した灰洲井溝（はいすいこう）さんと乱太郎（らんたろう）たちは土井先生の指示のもとある場所へ・・・。
チャミダレアミタケの殿様がピクニックをする谷へやって来た土井（どい）先生と乱太郎（らんたろう）たち。護衛の中に暗殺者がまぎれているとの情報が・・・。そこで様子を探るため乱太郎たちは、近所の遊びに来た子供に変装して近づくことになった。
チャミダレアミタケの宴会料理を運んでいる女性から刃物と火薬のにおいを嗅ぎ取ったしんべヱ。乱太郎（らんたろう）たちは、さっそくチャミダレアミタケの殿様のところへ急いだ。ところが、彼女達は見せかけの刺客で本物は別にいたのだ。
スッポンタケ忍者たちが、谷の入口から「霞（かすみ）うちわの術」で攻めてきた。どんどん近づいてくるガス。そこで乱太郎（らんたろう）たちは新野（にいの）先生が用意した秘密兵器で応戦することにした。
においにつられおでん鍋のところにやってきたしんべヱ。そのとき縄が飛んできて捕らえられるはめに・・・。くの一の授業の一環で、おでんのにおいで人を集めているのだ。小屋に連れて行かれたしんべヱ。そこには、い組の彦四郎（ひこしろう）が・・・。
学園長の思いつきで突然朝礼が行われた。「活発な委員会活動のせいで全学年で成績が落ちてしまった。成績が向上するまで活動は停止。」それを聞いた忍たまたちは大喜び！そのとき、小松田（こまつだ）さんがとんでもない情報をもってやって来た。
「委員会対抗低学年による山賊退治合戦」が始まった。張り切って火花を散らす上級生たち。一方、ハイキング気分で出発した乱太郎（らんたろう）たち低学年の忍たまの目の前には、激しい流れの川が・・・。ぼう然とする忍たまたちの前に現れたのは・・・。
ようやく山賊の見張り小屋にたどりついた低学年の忍たまたち。様子をうかがうため三年生の発案で石を投げてみることに・・・。ところが乱太郎（らんたろう）たちの投げた石は砦（とりで）には届かず三年生に当たってしまった。そこで登場したのは・・・。
山賊砦（さんぞくとりで）の火薬の保管場所について、保健委員長の善法寺（ぜんぽうじ）先輩から暗号ののろしが上がった。ところが虫食いで正しい内容がわからない。そこで図書委員と生物委員が協力し、解読することになった。
新装開店のおしるこ屋へこっそり出かけた学園長。その店は、学園長を捕まえようとドクタケが用意した罠（わな）だったのだ。絶体絶命の学園長。ところが学園長に技をほめられたドクタケ忍者たち。スカウトされ、先生として忍術学園にやってきた。
大木雅之助（おおきまさのすけ）先生は畑に野生の牧之介（まきのすけ）が出没して困っていた。そこで「退治して欲しい。」と頼まれたきり丸。さっそく戸部（とべ）先生に頼んでみたが断られてしまった。そこで山田（やまだ）先生にお願いすることに・・・。
真夏に突然、おでんが食べたいといい出した学園長。「暑いさなかにおでんは反対！」と土井（どい）先生。そこで食堂のおばちゃんから提案が・・・。十人の署名を集めてきたらおでんを作ってくれるのだ。学園長は炎天下の中、庭で演説を始めた。
敵にねらわれているエリンギ城の姫たちをマツタケ城まで警護してほしい、とたのまれた学園長。そこで仙蔵（せんぞう）先輩に守られ、しんべヱと喜三太（きさんた）がおとりの姫になり出発することになった。そのとき突然、目の前に敵の侍が現れて・・・。
染物屋さんから頼まれ、反物の柄がライバルに真似されないように守るアルバイトに来た乱太郎（らんたろう）、きり丸、しんべヱ。しかも相手の柄を探り出せばボーナスがもらえる。ところがライバルの店には、トモミとユキとシゲがアルバイトをしていた。
野戦外泊の訓練のため夜の森へやって来た一年は組。夜の暗闇に打ち勝つ度胸をつけるための訓練なのだ。一方、くの一たちには、山田（やまだ）先生、土井（どい）先生からある指令が出されていた。
授業中に小松田（こまつだ）さんが、団蔵（だんぞう）を呼びにやって来た。家から急ぎに知らせが入り、学園長室へ行くことになった。そこには、急ぎの用件でやってきた園田（そのだ）村の代表の老人、手潟（てがた）さんが待っていた。
戦中のオーマガトキ城とタソガレドキ城。園田村を守るため金を集め、黄昏甚兵衛（たそがれじんべえ）に贈り物をしていた手潟（てがた）さん。ところがその要求は増えるばかり・・・。そこで乱太郎（らんたろう）たちは、どちらが勝つのか？調べることに・・・。
おまんじゅう屋に変装してオーマガトキ軍の陣営に侵入していた乱太郎（らんたろう）たち。話を聞いた土井（どい）先生は、そのボロボロの様子に危機的な状態だと考えた。その頃、タソガレドキ陣営には続々と金銭や兵糧が運び込まれていた。
オーマガトキとタソガレドキの戦は、人望がなく税金のとれないオーマガトキ城主が考えたからくりだったのだ。それを知った山田（やまだ）先生と乱太郎（らんたろう）たち。「園田（そのだ）村が危ない！」と、すぐに園田村へ出発した。
同時に六人の子供の子守と洗濯のアルバイトをすることになったきり丸。乱太郎（らんたろう）たちを探したが見当たらない。そのとき通りがかった六年の七松（ななまつ）先輩が潮江（しおえ）、中在家（なかざいけ）先輩と手伝ってくれることになった。