Nilba encontra uma árvore de chocolate. O pequeno capitão se entope de chocolate e ganha sua 1a espinha. Ao espremê-la, um alien de cacau salta no espelho e entra nos canos da nave. Nilba e Albert o capturam. E Dona Hilda faz um bolo de chocolate para comemorar.
Nilba encontra um iPhonolito que lhe concede 3 respostas. A tripulação sorteia 3 perguntas, mas Nilba desperdiça as chances de peguntá-las. Agora ele terá que achar sozinho as respostas que seus subordinados tanto esperam.
Um gigante colecionador de miniaturas captura parte da tripulação para sua coleção. Ao perceber que são pessoas de verdade, o gigante os liberta, mas com uma condição: ficar com a coleção de figurinhas do Albert no lugar.
Nilba e Albert estão presos num ciclo de tempo que os obriga a viver a mesma situação repetidamente. Até que eles descobrem que a culpa está no botão repetir, acionado no controle remoto.
Nilba acaba com a reserva de energia da nave e precisa ir atrás de pedras geradoras de energia. Para isso, precisa se passar por um povo nativo e se disfarça colocando um óculos 3D que o deixa azul e alto.
Zurduk coloca um dispositivo no capacete do capitão Nilba para sugar toda a sua inteligência. No meio de algumas atrapalhadas, ele acaba pegando a inteligência de um outro integrante da tripulação.
Um disco cai ao lado da S.S. Geniwald e Nilba acolhe os sete simpáticos alienígenas recém-acidentados. Mas eles são extremamente desastrados e destroem toda a nave. Todos querem tanto se ver livres dos visitantes, que acabam dando a eles a única chance que a S.S. Geniwald têm para sair da Lua Ervilha.
A tripulação compra eletrônicos pela holonet, mas eles se transformam em pequenos robôs descontrolados que bagunçam toda a nave na tentativa de tomar o poder da S.S. Geniwald.
Ao trapacear num game, Nilba acaba alterando o código de seu DNA e começa a se transformar em vários tipos de personagens do mundo dos videogames. A cada vez que o garoto erra, ele assume formas diferentes.
Nilba recebe um convite, mas a mensagem está falha e ele não entende para o que está sendo convidado. Com medo de ser um onvite hostil, o capitão cria uma roupa de proteção e vai para o encontro. Lá, descobre que é um baile de fantasias e ele acaba dividindo o primeiro prêmio com Zurduk.
Zurduk cria uma nave capaz de se encolher e invade a cabeça de Nilba. A tripulação descobre e o expulsa. Ele vai parar dentro da cabeça de Yorkut, um vazio imenso.
Nilba e Albert são capturados por uma nave comandada por macacos. Enquanto Albert se apaixona pela filha do doutor da nave, Nilba quer a todo custo voltar pra casa. Os macacos os levam de volta, mas Albert esquece de pegar o telefone de sua paixão.
Nilba e Albert assistem um filme de mortos-vivos antes de dormir. No dia seguinte, eles se deparam com a tripulação inteira transformada em zumbis. Os dois se apavoram, até que descobrem que nada passou de um grande mal entendido.
Os pais de Nilba vão visitá-lo e todos acham que serão resgatados, menos Nilba, que se recusa a pedir ajuda. A atitude do capitão acaba salvando a tripulação, já que na verdade os visitantes eram Zurduk e Yorkut disfarçados.
Nilba vê em um espelho a sua versão malvada e, sem querer, acaba trocando de lugar com ela. O seu reflexo assume seu lugar na nave e dá ordens autoritárias à tripulação. Nilba consegue escapar do espelho com uma ajuda inusitada e derrota seu nêmesis, quebrando-o em pedacinhos.
Laika é sequestrada por um bando de forasteiros e a tripulação parte para o resgate. Depois de perseguições a lá Velho Oeste, Laika é trocada por sal, para os cavalos comerem.
Toda a tripulação viaja e esquece de Nilba, que dormiu até mais tarde. Achando que a nave está vazia, Zurduk tenta invadí-la, mas Nilba o surpreende com várias armadilhas. O capitão salva a nave, e ninguém da tripulação acredita na história dele.
Albert cria um site de relacionamentos para os Desastronautas, e Nilba o potencializa, ligando-o na holonet e fazendo amigos em toda a galáxia. Albert sugere que ele peça ajuda para o resgate, mas o capitão se recusa a parecer perdido na frente de todos os seus novos amigos virtuais.
Enquanto Zurduk constrói um enorme robô para derrotar os Desastronautas, um sábio aparece à tripulação atentando-os do perigo eminente. Para combatê-lo, o sábio dá a cada um um bracelete que transforma as roupas em uniformes de combate. Juntos, eles derrotam Zurduk - e o sábio percebe que ele contatou a turma errada.
Laika consegue entrar em contato com sua amiga de infância Laduke através de um pingente. Laduke chega na Lua Ervilha e Nilba se apaixona pela garota. Ela vai embora para buscar o resgate e Nilba dá a ela de presente um relógio - com a bateria do pingente da Laika, impossibilitando um novo contato com a Terra.
Nilba e Albert encontram um templo perdido e se atrapalham nas armadilhas do lugar. Quando eles conseguem escapar, o templo se transforma em uma espaçonave e decola, fazendo-os perder mais uma chance de voltar para casa.
Nilba está agindo de forma egoísta e os Desastronautas não gostam, e o avisam que se ele continuar assim, acabará sozinho. Nilba acaba indo parar em outro lugar, com um solitário capitão abandonado por sua tripulação. Aos poucos, Nilba percebe que este capitão é na verdade ele no futuro. Nilba volta ao presente e muda suas atitudes.
Nilba tem um pesadelo que Zurduk rouba os segredos da S.S. Geniwald. Ele acorda assustado, mas Zurduk aparece e rouba os segredos. Nilba acorda mais uma vez assustado. De novo, Zurduk aparece e leva as informações, mas o vilão acorda e vê que tudo era um sonho.
Nilba arruma confusão com um povo baixinho e os deixa irritados. No mesmo dia, o capitão provoca uma enchente, deixando a S.S. Geniwald debaixo d'água. Na água, esses seres nanicos viram gigantes e eles aproveitam a situação para tirarem satisfação com Nilba.
Roger constrói uma máquina do tempo e acidentalmente manda Albert para a Roma Antiga. Nilba vai a seu resgate e juntos eles tem que se manterem vivos até o portal do tempo abrir novamente.
O anel de Laika some e Nilba toma a frente das investigações, bancando o detetive particular. Mas ele não tira uma conclusão correta e é Albert quem acaba desvendando o caso.
Nilba contrata uma dupla de cineastas para fazer um documentário sobre os Desastronautas, mas eles são na verdade Zurduk e Yorkut disfarçados. Quando nosso vilão acredita que conseguiu os segredos da Geniwald, ele descobre que Yorkut não apertou o botão rec.
Nilba encontra várias pedras que podem voar. Pensando ser perigosas, o capitão dá um jeito de se livrar de todas. E só depois disso é que Roger o avisa que aquelas pedras eram o que ele estava esperando para terminar de consertar a nave.
Cansado de ser derrotado no braço de ferro, Nilba pega uma poção no laboratório do Roger e se transforma em um monstro. Aproveitando o pavor do resto da tripulação, Nilba finge ser um monstro que apanhou do "grande e forte capitão Nilba". Mas logo Roger descobre que há uma poção faltando em seu laboratório.
O início dos Desastronautas: Nilba era só mais um garoto vendo TV na Terra que acabou se encantando com o comercial que prometia viagens interplanetárias. No meio de vários desastres, ele monta uma equipe, paga a viagem e acaba encalhando na Lua Ervilha.
Em uma expedição à floresta rochosa, Nilba é mordido por um cachorro alienígena e passa a se transformar em um monstro nas noites de duas luas cheias e meia. O Lobonilba ataca cada membro da tripulação, com piadas e pegadinhas. Quando ninguém mais aguenxta o monstro, Albert descobre como reverter a transformação e Nilba volta ao normal - ou quase.
Vestidos a caráter, os Desastronautas jogam uma partida de tabuleiro. Zurduk vê e imagina que é um novo poder e tenta roubar o jogo. O vilão abre um portal os deixando perdidos em um lugar desconhecido. Um mago os ajuda a voltar pra casa e Zurduk fica perdido com o jogo de tabuleiro, decepcionado, por que não tem ninguém para jogar com ele.
Nilba encontra um ovo abandonado e leva para a espaçonave. Uma criatura fofinha, nasce do ovo, junto com ela uma lista de regras. Nilba se encarrega de cuidar do animalzinho, mas não respeita nenhuma regra e a criatura dá origem a 5 monstros que começam uma batalha destruindo tudo a sua volta. Nilba passa a treinar as criaturas e só assim elas deixam a espaçonave.
Um comandante espacial pousa na Lua Ervilha e os Desastronautas passam a admira-lo. Enciumado, Nilba tenta conquistar a atenção de seus tripulantes, mas nada os fazem prestar atenção nele. Uma tempestade de areia chega e todos esperam que o Comandante resolva a situação, mas ele se amedronta e foge.
Nilba encontra seu antigo tocador de mp3 e tenta ouvir sua música preferida, mas não funciona. Frustrado ele procura a música na Holonet e não consegue. Nilba pede ajuda para todos os Desastronautas, mas ninguém se lembra da música inteira. Ao final Nilba tem a ideia de criar uma banda e depois de muitos ensaios, conseguem tocar a música que Nilba procurava.
Para se sentir a altura de seus colegas, Nilba usa um raio de idade para fazê-los virar crianças, mas algo sai errado e os tripulantes se transformam em bebês. Nilba cuida de todos os tripulantes ao mesmo tempo e depois de muitas cantigas de ninar e muitas trocas de fralda, tudo volta ao normal. Nilba suspira aliviado.
Nilba e Albert estão presos em um labirinto. Os comunicadores não funcionam, os dois se desesperam e encontram um monstro chorão que se perdeu no labirinto há muito tempo. Nilba e Albert se juntam ao lamento do monstro, mas logo Albert vê uma grande porta de saída. O monstro fica muito feliz de ter sido solto e chora emocionado. Albert e Nilba se arrependem de ter soltado o monstro.
Cabra da Peste, o antigo patrão de Zurduk, chega a Lua Ervilha e pede para que ele mostre os arredores da Lua. Orgulhoso, Zurduk o leva a muitos pontos, mas tenta esconder os Desastronautas para que Cabra da Peste não os tente capturar. Para isso, Zurduk faz todo o tipo de camuflagem e dá todo o tipo de desculpa. Ao final da visita, Cabra da Peste vai embora para o planeta Terra.
O Rei Momo, patrocina um concurso de beleza, com prêmio em guloseimas. Nilba fica sabendo e inscreve Laika, mas quando ela descobre fica ofendida por achar aquilo inadequado para uma exploradora interplanetária. Nilba acompanha todas as concorrentes pela Holonet e Laika passa a gostar da idéia de ser uma modelo intergalática e aceita a inscrição.