麻帆良学園は町全体が学校施設の学園都市。新学期初日、中等部の2年に進級した神楽坂明日菜は、憧れの高畑先生が担任になってくれるよう、朝も早よから恋のおまじない。ところが、通学途中で不思議な子供に「失恋の相が出てる」と絡まれるわ、犬猿の仲の雪広あやかは同じクラスだわで、新学期は波乱のスタート。その上、担任教師として現れたのは、何と朝のガキんちょだった!?
お子ちゃま先生ネギが超常現象を起こす場面を見てしまった明日菜。ネギは、修行のため学園に赴任してきた見習い魔法使いだったのだ。魔法で明日菜の記憶を消そうとするネギだが、間違えてパンツを消してしまい、「正体を知られたくなかったら……」と逆に脅される始末。赴任初日から失敗続きのネギだが、何故か学園長の言いつけで明日菜と木乃香の部屋に同居することに？
女子寮での生活が始まったネギだが、クシャミしたはずみで制服を消してしまったり、明日菜の心証は悪くなる一方。その反面、男性恐怖症の宮崎のどかは、ネギに不思議とホッとする気持ちを抱いていた。高畑が好きな明日菜のために、ホレ薬を調合するネギ。ところが、魔法を信用していない明日菜は、「だったらアンタが飲みなさいよ！」と、ネギ自身にホレ薬を飲ませてしまった！
居残り授業を受けることになった2-Aのバカ5人衆･通称バカレンジャー。他の4人が退場していく中、最後まで居残っているのを高畑に見られた明日菜は、アタマが悪いと思われた！と大ショック。ネギの説得にようやく耳を貸した明日菜は、ネギも自分と同じく両親がいないことを知る。風呂嫌いのネギを洗おうと裸にした明日菜だが、他の生徒たちが風呂場に入ってきてしまった！
魔法使いであるネギにはパートナーとなる人物が要るんじゃないか、という話に尾ひれが付き、「ネギは結婚相手を探すため日本へ来た」ということになってしまった。さらにイタズラ者のオコジョ精霊・カモが「パートナー探しを手伝いに来た」と現れた。一方的に周りで騒がれ、ネギは迷惑千番。ところがカモはネギを憎からず思っているのどかに目をつけ、何やら勝手な悪巧みを…？
佐々木まき絵が、桜通りで行き倒れている所を発見された。もしや満月の晩に現れるという吸血鬼のしわざ？と、生徒たちは騒然となる。眠るまき絵から微かな魔力を感じ取るネギ。未知の魔法使いが学園内に……ネギの不安は的中、今度はのどかが襲われた。駆けつけたネギが出会ったのは、2-Aの生徒、エヴァンジェリン。ネギの父と何やら因縁があるらしいエヴァの狙いは？
エヴァの狙いが自分だと知り、生徒たちに迷惑をかけまいと学園を飛び出したネギは、山奥でキャンプ中の楓に出会う。厳しい忍者修行をこなす楓に感心するネギ。そんなネギを、楓は「ネギ坊主はまだ１０歳なんだから、失敗するのも当たり前」と励ますのだった。一方、寮でネギの行方を探す明日菜とカモ。エヴァと茶々丸のコンビに勝つには、明日菜がパートナーになってくれればいい、と言うカモだが、そのためにはパクティオーの儀式、つまり２人のキスが必要なのだった！
麻帆良学園に張り巡らされた電気の結界を解けば、魔力が復活すると知ったエヴァは、学園を停電させて本来の姿と力を取り戻す。僕となったまき絵を利用してネギを誘い出し、今度こそ生き血を吸い尽くさんと迫るエヴァ。スキを見て学園の外に逃げようとするネギだが、強大なエヴァの魔力がそれを許さない。結界のトラップも打ち破られ万事休す……間一髪、そこへ駆けつけた明日菜。魔法障壁をものともせず、エヴァにケリを入れる。一般人であるはずの明日菜が、なぜ？
校長から龍宮神社への手紙を預かったものの、あまりに広い学園の敷地内で迷子になってしまったネギ。道案内を買って出たのは鳴滝風香・史伽の双子だが、イタズラっ子の2人はネギをあちこちに引っぱりまわし、なかなか目的地に向おうとしない。プリンで機嫌を取って、何とか神社へ案内させることに成功したネギだが、一行が歩を進める森には、何やら怪しい気配が……
昼休み、バレーボールの場所取りがキッカケで、２－Aの生徒たちと高等部の女子たちの間にトラブル発生。駆けつけたネギを、高校生たちは殆どマスコット扱い。高畑が何とかその場を納めた収めたものの、自習時間にまたまた争いが再燃。今度こそ自分の力でケンカを止めさせようとするネギだが、どこでどう間違ったのか、２－A対高等部のドッジボール対決が始まってしまった！
出席番号25番・長谷川千雨。教室では協調性に乏しい目立たぬ少女だが、家に帰ればネットアイドル“ちう”として日夜コスプレに励むという一面があったのだ。一方、備品として新品のパソコンが導入された2-Aでは、クラスのHPを作ろう！と大盛り上がり。みんなの手作りHPは意外に大好評、ちうと人気No.1ネットアイドルの座を賭け、熾烈なアクセス合戦を繰り広げることに？
「1学期の期末試験でクラスの平均点が学年最下位だったら教師失格」と学園長から言い渡されたネギ。教師失格なら魔法使い修行も失格、学園を去らねばならない。ネギは魔力を封印し、自分の力で皆の学力を上げようと決意する。テストまであと３日、読むだけで頭がよくなる魔法の本の言い伝えを聞いた明日菜たちバカレンジャーは、ネギと共に図書館島の奥深くに潜っていく。
魔法の本を探しに行って図書館島に閉じ込められてしまったネギとバカレンジャーの５人は、ネギの魔力が復活するまでの３日間、地下で無駄な時間を過ごしてしまうことに。地上に残された生徒たちはネギを信じ、力を合わせて試験勉強に励む。運命の試験日、５人とネギはゴーレムの襲撃を逃れ、遅刻しつつも何とか期末試験に間に合った。さて、気になる2-Aの平均点は……？
麻帆良学園も明日から夏休み。ネギの魔法薬を飲んだ木乃香は、寝ぼけて部屋の目覚まし時計を壊してしまう。寝坊した明日菜は危うくバイトに遅刻しかけ、木乃香は早速ネギを誘って目覚まし時計を買いに行くことに。ところが、仲睦まじげに歩く2人を見付けた美沙・円・桜子のまほらチアリーダーズ。先生と生徒の禁じられたデート？と勘違いして、事態はとんでもない方向に！
実家に里帰りしたあやか。優雅ながらも寂しい日々を過ごしていたが、ネギの来訪を聞いて気分は晴れ晴れ。ところが一緒に明日菜やクラスの連中もついてきてしまい、豪勢な屋敷に、庭園に、プールに大騒ぎ。結局かんしゃくを爆発させるあやかだった。毎度お馴染みになったあやかと明日菜のケンカ風景。そこには、小学生時代から続く2人の目に見えない絆があるのだった。
旧校舎を使った肝試し大会に誘われたネギ。しかし、それは和美たちが仕組んだ『ネギ先生と?ラブラブキッス大作戦』だった。2人づつ5組に分かれ、ネギの唇を奪ったチームが勝ちというルール。のどかと夕映も図書館探検部ペアでエントリーしていた。そうとは知らず、ビクビクしながら暗闇を進むネギだったが、灯りの魔法に失敗したせいで5体の分身ネギを出現させてしまった！
肝試し以来何となくネギを意識するようになった夕映だが、気持ちを切り換え、親友であるのどかを応援することに。これでデートに誘いなさい、と夕映から遊園地のチケットをもらったのどか。しかし、ネギを前にすると胸が一杯で言葉を切り出せない。偶然ネギもチケットを手に入れ、一緒に遊園地に行くことになった2人だが、のどかは自分の気持ちをネギに伝えることができるのか？
｢わたし、ネギ先生のこと大好きでした！｣のどかから告白され、教師としてどういう態度を取るべきか悩むネギ。一方のどかも、勢いづいて告白してしまったものの、気恥ずかしくてネギの顔も見られない状態だった。そして明日菜ものどかに触発され、高畑に誕生日プレゼントを渡そうとケーキ作りに挑戦することに。ネギとカモを実験台に調理を始める明日菜、想いは高畑に届くのか？
2-A出席番号１番・相坂さよ。彼女の正体は、60年ほど前に死んだ幽霊だった。もうすぐ修学旅行ということで生徒たちは盛り上がっているものの、学園から動けない地縛霊のさよは少し寂しそう。ところが名簿に載っているが姿を見せない謎の生徒の存在に気付いたのが報道部の和美。昔の文集にさよが書いたツワブキの花の短歌から、取り壊される寸前の時計台にたどり着いた。
2－Aの一行は修学旅行で京都へやって来た。無邪気にはしゃぐ生徒たちの傍ら、ネギは関西呪術協会の急進派・封眼寺派への警戒を怠らなかった。不審な動きを見せる刹那を、敵の手先では？と警戒するカモ。露天風呂でネギは刹那と対峙するが、実は刹那は影ながら木乃香を守っていたと判り安心する。誤解が解けた２人だったが、そこへ木乃香の悲鳴が聞こえてきた！
封眼寺派の狙いは、木乃香が秘めた強力な魔力だった。ネギたちはひとまず木乃香を実家である関西呪術協会の総本山に預けることするが、封眼寺派の雇われ魔術師・フェイトによって結界は破られ、木乃香はさらわれてしまう。多勢に無勢のネギたちを助けに現れたのは・古菲の・古菲の楓・真名３人。必死で木乃香を追うネギだが、余りに強力な敵を打ち破れるのか？
色々あった修学旅行も無事終了。魔法使いとしての未熟さを思い知ったネギは、エヴァに弟子入りを申し出る。木乃香に対する刹那の態度も、いく分よそよそしさが薄まったようだ。一方、修学旅行の間バイトをヘルプして貰っていた明日菜は、世話になった分を取り返そうと仕事に励む。風邪気味なのにも拘らず明るく振舞う明日菜、街で高畑を見かけアタックしようと決心するが……
近頃、明日菜の様子がおかしい。授業に遅刻したり、急に思いつめたような素振りを見せたり……心配したネギは、カレンダーの10月22日に付けられた○印に目を留めた。身寄りのない明日菜のこと、誕生日を祝ってくれる人がいなくて寂しいに違いないと推察し、密かにパーティーの準備を進めるネギとクラスメイトたち。それが、明日菜と過ごす最後の夕べになるとは知らずに……
明日菜は誕生日を迎えると同時に倒れ、2度と目を覚まさなかった。学校葬の後もクラスに漂う空虚感。文化祭の出し物を決めよう！と務めて明るく振舞うネギに引っぱられ、2-Aは活気を取り戻す。ミュージカル上演に向け動き始めた一同だが、ネギの明日菜への想いはふとしたはずみで溢れ出す。そして、のどかの恋を応援しようと決めたはずの夕映にも、微妙な心境の変化が……
明日菜の事で自分を責めるあまり、教育者としての能力を失っていると判断されたネギは、魔法使い修行を打ち切り故郷へ帰されることになってしまった。呆然と雨に打たれるネギの前に現れた聡美と鈴音は、魔法力を利用したタイムマシンを使えば明日菜を救えると持ちかける。ところが、2-Aの生徒全員が時空の狭間に吸い込まれ、着いたところは何と9年前のヨーロッパだった？
過去に溯ったネギたちは、明日菜の魂を奪ったのは悪魔と交わしたマジックキャンセルの契約だと知る。幼い明日菜を守るため魔将軍率いる軍勢と戦うネギとクラスの仲間たちだが、所詮は悪魔と人間、旗色が悪い。しかし、ネギに対する愛情をハッキリ認めたのどかを皮切りに次々とパクテイオーを交わし、魔力を纏った女子たちの活躍で形勢逆転。2-A一丸の大反撃が始まった！
