花寺のどかはすこやか市に引っ越してきたばかりの中学2年生。彼女は新しい生活にわくわくしながら早速散歩に出かける。その途中、森林公園で休んでいると巨大な怪物が現れる。逃げようとするのどかだったが...。
ラテたちを家に連れ帰った翌日、のどかは転校初日を迎える。教室に入り、昨日出会ったちゆとひなたに再会する。その日の放課後、クラスメイトに誘われたのどかはいろいろな運動部の部活動に挑戦することに。
のどかとラビリンが学校に行っている間に、ラテが家を抜け出した。そして、学校にやってきたラテをちゆがのどかのもとに連れてくる。その日の放課後、のどかはちゆに誘われ、大きな温泉宿である自宅に遊びにいく。
のどかとちゆはラテの元気がないことを心配し、ひなたの家でもある平光アニマルクリニックに連れていく。診察が終わると、外でニャトランを見つけたひなたが帰ってくる。焦るのどかとちゆだったが...。
ちゆの提案でのどかたちはプリキュアやヒーリングガーデンのことをおさらいする。ところが、ひなたは覚え切れずに落ち込んでしまう。そんな彼女にアドバイスを送るちゆも、ひなたを怖がらせていないかと心配し...。
のどかのお母さんが運送ドライバーの仕事に戻ることになり、ラビリンと留守番のラテは少し寂しそうな様子だった。そんななか、ペギタンとニャトランがやってくるが、ラテが家を飛び出してしまい...。
ちゆ、ひなたと下校しようとしていたのどかは、誰かに後をつけられていることに気づく。正体を突き止めてみるとすこやか中学の新聞部員・益子道男だった。道男は怪物をのどかが呼び出していると考えていて...。
春の陸上大会に向けて練習に力の入るちゆ。しかし、ライバル校にちゆの自己ベストを超える選手がいるらしいという情報を聞いてから、ジャンプを失敗するようになってしまう。のどかやひなたは彼女を気遣い...。
ひなたに誘われ、アクセサリーやドレスをレンタルして写真を撮ってもらえる「エンジェルフォト撮影会」にやってきたのどかたち。ひなたはおしゃれの知識を活かし、のどかとちゆにアドバイスする。
校外学習でクラスメイトのみんなとガラス美術館を訪れるのどかたち。展示作品を見て感激するのどかだが、そこにグアイワルが現れる。のどか、ちゆ、ひなたはすぐにプリキュアに変身して戦おうとするが...。
グアイワルとシンドイーネが放ったメガビョーゲンを浄化したのどかたちは、残るダルイゼンのメガビョーゲンに立ち向かう。しかし、時間がたって大きく成長した相手に歯が立たず、変身も解けてしまう。
ラビリンの呼び掛けにより、のどかの家で緊急ミーティングが開かれる。プリキュア・ヒーリング・オアシスの発動を振り返り、チームワークを強くすることが大切と考えたラビリンたちは、のどかたちを特訓に連れ出す。
突然「プリキュアを辞めちゃうかも」と呟いたひなた。彼女は大きく育ったメガビョーゲンやバテテモーダが出現したことで、これからのお手当てに不安を感じていた。そんななか、ラテがくしゃみをし...。
病院で医師から健康そのものと診断されて喜ぶのどか。この日はすこやか市のお祭りが開かれていた。ひなた、ちゆと合流し、お祭りを楽しむのどかだったが、そんななか、露店のひとつでトラブルが起こる。
ハーブ店のマスコット・ラベンだるまちゃんのぬいぐるみが欲しいラビリン。のどかはお店のスタンプを一緒に集め始める。そして、やっとスタンプが集まって、ぬいぐるみをもらって喜ぶ2人だったが...。
のどかたちは、そこで友情を誓いあうと永遠に友達でいられるという伝説を持つ大樹のもとにやってくる。しかし、その大樹は今にも枯れそうだった。そんななか、1人の老人が大樹のもとへやってくる。
沢泉で働く仲居が休みのため、ちゆと弟のとうじが旅館を手伝うことになる。外国からやってきたスミス一家のためにすこやか市を案内するちゆ。しかし、8歳の娘・エミリーだけは笑顔を見せてくれずに困ってしまう。
朝寝坊をして慌ててラテの世話に向かっていたニャトランは、途中でアロマショップの香りに引き寄せられる。そのままのどかの家に現れなかったニャトランは、お姉さんに抱えられてアニマルクリニックにやってくる。
難しいお手当てが続いたことでラテが体調を崩してしまう。そして、のどかの家で看病されているラテのもとに、ちゆとひなたがお見舞いにやってくる。ラテは優しいみんなに恩返しできないことに悩んでしまい...。
突然ラテを助けに現れた少女。彼女はテアティーヌの願いに応えた地球によって生み出された精霊のような存在で、名前がなかった。そして、ラテを助けるためにヒーリングガーデンに連れ帰ろうとする。
新たなプリキュア・キュアアースとしてアスミがのどかたちの仲間になった。しかし、生まれたばかりのアスミに家がないことにみんなが気づく。そこでのどかはアスミをラテの飼い主として両親に紹介する。
のどかの家でしばらく暮らすことになり、アスミはラテの世話に張り切る。ところが、大事にしようとするあまり散歩にも行かせようとしない。結局、ラテはアスミを避けるようになり、彼女はショックを受けてしまう。
ひなたの家の動物病院で保護されているイヌのポチットを、のどかたちはかわいがっていた。しかし、アスミには「かわいい」がわからない。そんななか、ポチットはひなたに連れられてドッグラン広場にやってくる。
おおらか市の湖のほとりへハイキングにやってきたのどかたちは、茂みの奥で巣から落ちたひな鳥を見つける。のどかがすぐに助けようとすると、「触ってはいけない」という女性の声に呼び止められる。
ちゆと部屋でホラー映画を見ていたペギタンは、怖がる姿を見たちゆにかわいいと言われる。ショックを受けて部屋を飛び出したペギタンが公園でたたずんでいると、りりという女の子がやってきて家に連れていかれる。
宿題でアサガオの観察日記をつけているのどかを見て、アスミはラテの成長日記をつけようと思い立つ。自分が生まれる前のラテの話をラビリンから聞いた後、ちゆとひなたの家に向かうが、2人とも忙しそうで...。
のどかは父・たけしのサークルの後輩たちが出場する気球大会を訪れる。しかし、後輩たちの操縦する気球は風に流されて目標地点に到達できない。午後の競技では1位を目指そうと後輩たちは意気込むが...。
のどかがダルイゼンが投げたメガパーツを体に受けて倒れてしまった。苦しむのどかに泣きながらパートナーに選んだことを謝るラビリン。泣かないで、とのどかがラビリンの手を握り返すと、重ねた手が輝き出す。
のどかはこれまで以上に体力作りに励むようになる。ラビリンたちはダルイゼンの過去を知ったことがのどかのストレスになったのでは、と考える。そんななか、彼女は吹奏楽部の金森さんと仲良くなるが...。
みんなで動物園に遊びに来たのどかたちは、孝太という少年と出会う。孝太のお父さんは彼女たちの担任の丸山先生で、親子で動物園を訪れたのだった。孝太はもともと友達と一緒に来る予定だったのだが...。
メガビョーゲンを浄化したばかりにもかかわらず、再びラテがくしゃみをする。近くにはシンドイーネによって生み出された新たなビョーゲンズ・ギガビョーゲンが出現し、丸山先生がその中に取り込まれていた。
職業体験の授業でのどかたちは旅館・沢泉の仕事を手伝うことに。旅館の仕事を勉強したいと、ちゆの弟・とうじも一緒に参加する。のどかやひなたは順調に仕事に励むも、とうじは張り切り過ぎて失敗を重ねてしまう。
かつてのどかを担当していた医者・蜂須賀先生がすこやか市にやってくる。先生は元気なのどかの姿を見て喜ぶ。旅館・沢泉でのどか一家と話をし、その中で一同は蜂須賀先生が病院を辞めたことを聞かされる。
秋の陸上競技大会に出場したちゆは、西中のライバル選手・高見ツバサを破り、大会記録で優勝する。もうすぐ海外に引っ越すツバサは、世界大会で会える日が楽しみだと告げるが、ちゆは将来を考えておらず...。
ラビリンとラテ、アスミは「燃えよ、ビーバレ!」というアニメが最近のお気に入り。南の島でビーチバレーをしたい、のどかたちを連れていってあげたい、というラビリンとラテの願いを叶えるため、アスミは道を開く。
ある日、小学校時代に引っ越した友達・えりこと再会したひなた。しかし、久しぶりに会ったのにもかかわらず、えりこは楽しそうな表情を見せない。ひなたはその様子を見て、のどかやちゆにも不安を抱いてしまい...。
ラビリンたちは季節を楽しもうと行楽シーズンのすこやか市を巡ることに。街を見て、すこやか市のきれいな景色がいろいろな人に支えられていることを知り、ラビリンたちは「来年もみんなで来よう」と語りあう。
ちゆのハイジャンプでの活躍が地域新聞に掲載される。それを見た彼女の家族は、旅館の仕事よりもそちらに集中するようにと応援するが、ずっと自分が女将になるものだと思っていたちゆは戸惑ってしまう。
グアイワルが人間界に出現するところを発見したひなた。のどかたちは、その通り道に飛び込んでビョーゲンキングダムに行くべきか相談する。悩んだ末、彼女たちはみんなで飛び込むことを決意する。
のどかたちをビョーゲンキングダムに誘い込んだのはグアイワルのわなだった。グアイワルは大量のメガパーツを取り込んだことでキンググアイワルに進化し、その強大な力でのどかたちを圧倒する。
すこやか市に戻ってきたのどかたちは、街をむしばんでいた4体のメガビョーゲンを浄化し、残る1体のギガビョーゲンを追う。しかし、キンググアイワルが行く手を阻み、さらにダルイゼンとシンドイーネまで現れる。
キングビョーゲンがビョーゲンキングダムに引き返したことで、すこやか市は落ち着きを取り戻す。しかし、のどかはキングビョーゲンに追われて助けを求めてきたダルイゼンを拒んだことで、自分を責めていた。
すこやか市をむしばみ始めたネオキングビョーゲンを食い止めようとするのどかたち。しかし、バリアに全ての技がはじかれてしまう。そんななか、まばゆい光と共に現れたテアティーヌがまどかたちに加勢する。
シンドイーネを宿したアースの技がネオキングビョーゲンのバリアを破る。しかし、テアティーヌの力も限界を迎え、結界が消滅してしまう。キングビョーゲンはのどかたちを取り込み、やがて地球全体をむしばんでいく。
ラビリンたちが戻ってからしばらくがたち、今度はのどかたちがヒーリングガーデンに招かれる。そんななか、お土産に持ってきたすこやかまんじゅうがきっかけでメガビョーゲンが現れ、のどかたちが立ち向かうが...。
のどか、ちゆ、ひなたの3人は、ある日謎の敵・リフレインに追われて困っている精霊・ミラクルンと出会う。ミラクルンを助けるためにHUGっと!プリキュア、スター☆トゥインクルプリキュアも協力。しかしリフレインの力で時間が戻されてしまって…？
のどか、ちゆ、ひなた、あすみの4人は、心に思い描いた夢を映し出せる“ゆめアール”が大流行中のゆめのまちにやってきた。そこで出会ったゆめアールプリンセス・カグヤとも友達になるのどみたち。しかし、のぞみたちの前に謎の敵・エゴエゴが現れて…？
