幼馴染の粉月マヒルと一緒に見知らぬ異世界へとやってきた高校生・弓削イツキ。そこは『ケガレ』によって危機に瀕していた魔法世界『グランバニア』だった。この世界を救う『マレビト』として召喚されたイツキは、その使命を果たすため『愛好の儀』と呼ばれる儀式を行うことになるのだが……。
はじめての愛好の儀を行ったイツキとマヒル。気持ちを高め触れあった末に、ケガレを浄化するために戦う『星の子』が誕生する。その後、２人は愛好の儀の相手となる『12星座の巫女』が集められた学校『星神学園』へと転入することに。歓迎会も兼ねたお花見で、イツキは巫女の一人・ルカと親しくなる。
想像以上に手強いケガレを倒すため、イツキは一度に２人の巫女を相手にする『Ｗ愛好の儀』を行う必要に迫られる。それによって強力な星の子を作れるというのだが、実際に行われた前例は無かった。イツキは、年上のお姉さん巫女・レオーネとファルンにリードされ、未知なる行為に臨む。
魚座の巫女・ユズハと親しくなるイツキ。絵描きの仕事をしている彼女は、なぜか棺桶をベッド代わりに使っていて、その中で眠っているときに見る夢を絵にしていた。最近、スランプ気味だというユズハを気分転換させようと、イツキはデートに誘う。すると、彼女は棺桶持参でやって来て……。
イツキと巫女たちの仲を深めるための海水浴ツアーが行われる。ところが、学園一のプレイボーイ・セイヤにその情報が漏れ、巫女を口説こうと狙う彼まで付いて来てしまうことに。そんな中、イツキは占い師をしている双子座の巫女・リリスから、このままでは近いうちに死ぬと予言されてしまう。
次なる『愛好の儀』の相手として、マナは水瓶座の巫女・コレットをイツキに薦める。しかし、イツキは純真無垢な彼女の姿を目の当たりにし、自分が手にかけてしまっていいものかと悩んでしまう。罪悪感に苛まれながらもコレットとの絆を深めようと、彼女が一人で切り盛りしているパン屋の仕事を手伝うが……。
コレットはおじいさん秘伝の『幸せのパン』を再現して客を呼び込み、潰れかけているパン屋を復活させようとしていた。イツキも手伝い、おじいさんが残したわずかな手がかりを頼りに試作を重ねる。そうして一夜を共に過ごした２人は、ついに歓喜の瞬間を迎えることとなる。
マレビトであるイツキのお守り役の妖精・マナは、いまだ『愛好の儀』を行っていない巫女たちのハートに火をつけようと『究極の愛好の儀』を企画する。天にも昇るような極めつきの体験ができるというのだが、その相手になれるのはデートバトルでイツキの心を射止めたひとりだけだという。
『ケガレ神』が巣喰う星屑の迷宮の他に、13番目の迷宮が存在することがわかり、更には13人目の巫女も存在することがわかり、その巫女を探すことになったイツキ。しかし、その13人目が「男性」である可能性が出てきてしまう。イツキは半信半疑ながらも、思いあたるかぎりの男たちの元へ向かうのだが……。
13人目の巫女は男性ではなかった…。その時、ようやくイツキの前に13番目の巫女を名乗る女性が現れる。だがしかし、その奇抜な80年代的勝負服を身にまとった女性の告白に、イツキは彼女が巫女だと気付くことが出来ず、スルーしてしまう。
グランバニアにも冬の季節が到来。街がクリスマスっぽいお祭りムードに包まれる中、イツキはシャングリラから衝撃的な事実を告げられる。それは、13番目の迷宮に潜むすべてのケガレの元凶『13番目の幻影』を倒す唯一の手段について。極限の選択を迫られたイツキの選んだ答えは……。
イツキは、愛するものとともに生きる未来を掴むため、最後の戦いに挑む。しかし、『13番目の幻影』には一切の攻撃が通用せず、絶望的な状況に追い込まれる。その時『イツキと一緒にいきたい』という巫女たちの思いが奇跡を呼び起す！！
