피자배달을 하던 렉스가 우연히 다이노코어들을 만나 지구를 지키는 용사가 된다. 이전 다이노코어의 다이노마스터 바리온의 도움으로 5단합체 울트라 디버스터가 되어 코어체인지까지 할 수 있었다. 악당 다크노에 맞서 지구를 지키자! 그러면서 피자배달도 열심히…
지구를 지키는 용사가 된 것을 친구들에게 떠벌이는 렉스 다이노코어들은 피자배달 자동차라 폄훼 당해 기분이 안좋은데 메카다이노가 우주선을 노리고 등장한다. 아~ 그런데 2단합체밖에 디버스터 밖에 안되잖아… 그래도 이가 없으면 잇몸이지!
이제 우주선은 피자집 지하에 옮겨놓았다. 이제 5단합체만 되면 되는데…. 렉스의 엉뚱한 5단합체 훈련에 다이노코어들은 렉스를 신뢰하지 못한다. 스테고만이 존의 도움으로 새로운 다이노마스터 렉스를 친구로 받아들여 3단합체 메가 디버스터 성공!
5단합체 울트라 디버스터가 안되는 것을 돕기 위해 에밀리가 스스로 다이노매니져가 되겠다고 선언한다. 에밀리는 모두의 마음이 하나로 뭉쳐야 한다고 하지만 렉스는 샤벨이 없어도 계속 이겼으니 됐다고 하다가 위기에 봉착한다. 샤벨 도와줘! 5단합체 울트라 디버스터 완성!
겨우 5단합체 울트라 디버스터 까지는 성공했지만 아직 코어체인지를 하지 못하는 렉스! 5단합체는 다이노코어들과의 믿음에 대한 거였지만 코어체인지는 온전히 렉스의 몫. 코어체인지를 못해 절대절명의 위기에서 렉스가 폭발, 코어체인지 성공.
계속되는 실패에 다크노는 새로운 빌런, 다크엔젤 카야를 급파한다. 박물관의 직원으로 위장해 들어온 카야는 렉스의 약점을 찾아 노린다. 변신합체 과정을 방해하는 카야, 렉스가 틈을 만들어 물리치며 승리!
잘못 전달된 주문, 하지만 자존심이 걸린 문제가 되어버린 피자 삼천판! 이걸 언제 다 만들어 싶었지만 다이노코어들과 카야까지도 한마음이 되어 삼천판을 만든다. 하지만 이제 배달이 문제, 울트라 디버스터로 배달을 시도하지만 카야의 방해가…
공룡 박물관의 이벤트로 만들어진 티라노공룡 로봇, 사람들은 무서워 하지만 렉스는 친구라 여기며 쭈쭈라는 이름까지 지어준다. 이에 카야는 제멋대로 오일을 쓰는 메카다이노로 쭈쭈를 오염시켜 함께 공격, 렉스는 쭈쭈를 구하고 카야를 물리 칠 수 있을까?
오늘따라 티라노 혼자만 피자배달을 하며 고생이다. 이에 조금 힘들어하는데 카야가 나타나 마음을 흔든다. 다크노에게 붙어 새로운 친구들과 합체하자며 제의하는데… 과연 티라노 없이 울트라 디버스터는 어떻게 될 것인가?
마녀에게 납치된 공주의 동화책을 읽던 에밀리는 카야에게 납치되자 자신의 입장을 대입한다. 렉스가 왕자님처럼 자신을 구해줄 거란 생각에 에밀리에게 이래라 저래라 하는 에밀리. 그러나 현실과 동화는 다른 법, 렉스와 에밀리에게 위험이 닥친다.
계속되는 카야의 실패에 분노하는 다크노, 마지막 기회라며 분신을 만들어 공격하는 디메트킹을 보낸다. 카야와의 최종전, 카야도 스스로 정체를 밝힌다.
카야의 실패에 직접 렉스와 대결하고자 하는 다크노, 여흥이라 생각해 화산을 폭발 시키려 한다. 그리고 렉스에게 사람들을 구할 기회를 주겠다며 피자를 가지고 오라고 시킨다. 주어진 시간 안에 피자를 주어 화산 폭발을 멈춰야 하는데 이제까지 등장한 메카다이노들이 모두 등장한다.
어떻게 어떻게 겨우겨우 다크노에게 피자를 배달한 렉스, 그러나 다크노는 약속은 무시한채 렉스를 공격해 온다. 모두의 힘을 모아 다크노에게 대적하는 렉스와 다이노코어들, 지구의 운명은 어떻게 될까?
다이노 아일랜드의 영웅이 된 렉스, 승리감에 도치돼 친구들과 기념사진 촬영에 정신이 없다. 이렇게 신나게 놀고 있는 아이들 앞에 새로운 악당 비토가 나타나 존재감을 과시. 자기 소개를 마치고 메카다이노를 보내 렉스와 친구들을 위협한다. 하지만 재치있게 적로봇을 무찌른 렉스와 친구들, 역시나 멋진 셀카로 하루를 마무리한다. 찰칵!
렉스의 피자집으로 커다란 소포가 배달돼 온다. 열어보니, 이게 뭐야?!! 다이노코어 신입 트리케라톱스라 한다. 어설픈 자신의 기술을 보여주려다 사고를 친다. 이에 핀잔을 듣고 실망한 트리가 갑자기 사라져 버려 모두를 걱정시키는데...
비토 앞에 다크노의 보석을 들고 나타난 카야. 코스모사우루스의 명령으로 비토의 심복이 된다. 한편, 광장이 떠들썩하여 가보니 빌과 함께 새로운 코어가 랩을 하며 썬썬피자의 PR을 하고 있다. 트리가 다이노행성의 동료였던 매머드임을 알아보지만 기억을 상실한 매머드는 자신은 더블엠디라는 피자배달 자동차란다. 매머드는 기억을 되찾을 수 있을까!
비토는 카야에게 자신이 만든 신무기인 메카골렘을 타고 메카다이노와 함께 울트라 디버스터와 싸우라 한다. 2대1의 불리한 전투에서 희망이 꺼져갈때 새로운 영웅 아칸의 5단합체가 등장한다. 새로운 영웅과 적을 물리치고 기뻐하는 렉스에게 아칸은 자신이 진정한 다이노마스터이니 코어들과 튜너를 내놓으라 한다.
아칸은 진정한 다이노마스터를 논하며 렉스와 옥신각신. 이런 혼란스런 상황에 쳐들어온 메카다이노의 자석 공격에 말려 디버스터와 디세이버는 힘을 합치지 못하고 각각 싸우며 밀린다. 하지만 결국 둘이 힘을 합쳐 전투를 승리로 이끈다. 아칸은 렉스를 일부 인정하고 각자의 방식으로 싸우자 한다.
렉스의 코어들과 아칸의 코어들의 사소한 갈등이 피자배달 승부가 된다. 단순한 피자배달이지만 아칸과 렉스, 코어들의 자존심이 달렸다. 피자배달이라는 레이싱 경기가 진행되며 묘한 우정을 느끼기 시작하는 아칸, 승부욕이 한참 불타오르는데 메카다이노가 이들을 방해한다. 이번엔 한마음으로 힘을 합쳐 적을 물리치며 우정을 느끼기 시작한다. 그리하여 레이싱 경기도 화기애애하게 마무리~
사소한 사고로 배달이 힘들어진 아칸에게 렉스가 자전거를 추천한다. 그런데 뭐든지 완벽할 거 같던 아칸이 자전거는 못 탄다. 이리뒤뚱 저리뒤뚱 친구들이 뒤에서 방법을 가르쳐 주지만 정신이 없다. 그런데 그 자전거 요령이 메카다이노와의 전투에 응용될 줄이야!!!! 그리고 갤럭시 스톤의 발현.
우연히 갤럭시 스톤을 주은 에밀리 아빠는 기에 뭔지도 모르고 이뻐서 브로치로 차고 다닌다. 이런 에밀리 아빠를 발견한 다크노는 어떻게 해서든 갤럭시 스톤을 얻으려고 미행을 한다. 하지만 그 과정이 순탄할 리 없다. 카야 역시 비토에게서 도망친 다크노를 잡기 위해 다이노 아일랜드에 도착해 아칸을 만나는데 아칸과 카야의 만남 또한 예사롭지 않다.
아칸은 갤럭시 스톤에 대해 설명해 준다. 다이노마스터의 힘이기도 한 갤럭시 스톤은 우주의 강력한 힘이다. 갤럭시 스톤이 다크노의 손에 들어가는 것을 막아야 한다. 다들 그 이야기에 감탄사를 연발할 때 에밀리 아빠가 다이노스타 콘테스트에 갤럭시스톤이 걸렸다는 정보를 알게 된다. 다이노마스터와 다크노의 콘테스트 대결!
갤럭시 스톤을 손에 넣고 완전한 부활을 꿈꾸었으나… 옴마야!!! 다크노 부활하다 말았다. 렉스보다도 작은 꼬맹이 다크노가 되었을 뿐이다. 아싸!!! 기회다. 렉스를 제외한 친구들과 코어들은 제대로 기회가 왔다면 다크노를 뒤쫓는다. 잘도 도망가는 다크노. 하지만 결국 막다른 길목에 다다르고 만다. 과연 다크노는 어떻게 될까? 결론적으로 렉스는 다크노까지도 친구로 맞이해 버린다.
시작부터 전투신, 메카다이노는 방귀를 끼고 도망간다. 하지만 그것은 방귀가 아니라 바보바보가스였다. 이로 인해 모두 바보가 되었으나 원래 바보였던 렉스와 코어들이 있었으니... 최강바보합체!!! 최강바보합체와 다크노의 만든 해독제로 전투를 승리로 이끌게 된다. 브라보!
궁지에 몰린 비토, 메카골렘에게 스나이퍼건을 주어 공격. 렉스는 자신과 아버지를 위협한 공격에 분노한다. 아칸과 렉스는 다이노 아일랜드 화산으로 곧장 달려가는데 바닥에서 올라오는 메카다이노의 공격이 만만치 않다. 하지만 아칸과 렉스의 기지로 이를 물리치지만 비토는 카야에게 자폭장치를 심어놓은 것이다. 렉스와 카야는 폭발에 말려들고 비토가 직접 공격을 감행한다.
구사일생으로 렉스와 카야는 죽지 않고 화산동굴에 떨어진다. 갤럭시스톤을 가지러 온 다크봇들의 공격을 받지만 코어들이 도와줘 다시 디버스터로 합체 비토기지로 침입한다. 디세이버를 없애기 위해 비토의 야심작인 메카 드래곤 플라이가 출격한다. 그 어마어마한 크기와 화력을 디버스터와 디세이버는 감당할 수 없는데, 카야와 다크노의 갤럭시 스톤까지 함께 공명하며 비토를 물리친다. 그러나...
새로이 등장하는 파드라는 코스모사우르스를 위해 우주의 갤럭시스톤들 사냥꾼이다. 태양계를 무대로 모은 갤럭시스톤을 코스모사우루스에게 가져가고 있던 중에 다크노의 습격을 받으며 3기의 이야기는 시작된다. 파드라와 다크노의 전투중에 갤럭시스톤들이 지구로 추락한다. 한편 다크노에게 갤럭시스톤의 힘을 빼앗긴 카야는 몸이 작아져 있다. 적이었으니 떠나겠다고 하는 카야를 렉스가 친구니까 함께 있자며 만류하던 중에 파드라의 갤럭시스톤 들이 다이노아일랜드 주변으로 떨어져 거대한 충격으로 새로운 섬이 생겨난다. 이 폭발로 갤럭시스톤들이 조각나며 주변으로 흩어져 날아간다. 심상치 않은 기운에 렉스와 아칸이 섬으로 가자 갤럭시스톤을 찾으러 온 파드라와 맞닥뜨린다. 파드라는 자신이 모았던 모든 갤럭시스톤과 함께 렉스와 아칸의 갤럭시스톤도 뺏으려 기가다이노 '마준가사우르스'를 탄다. 여태껏 만난 메카다이노와는 비교도 안될 정도로 강한 마준가사우르스의 공격에 울트라디버스터와 울트라디세이버는 절체절명의 위기에 처한다.
바다 한 가운데의 섬에서 기가다이노 마준가 사우르스에 의해서 큰 폭발이 일어나자 카야는 섬을 걱정스런 눈길로 바라본다. 그 때 우연히 다이노아일랜드에 흩어진 갤럭시스톤 하나를 발견한다. 파브로의 부탁으로 카야는 렉스를 돕기 위해서 전투가 벌어지는 섬으로 향한다. 한편, 파드라의 강력한 공격에 렉스와 아칸은 속수무책으로 당한다. 옆에 있던 존과 에밀리가 렉스를 걱정하자 이게 거슬린 파드라는 렉스의 '친구'를 공격하겠다면서 에밀리와 존에게 빔을 발사한다. 이를 본 카야가 반사적으로 갤럭시스톤의 힘으로 파드라의 공격을 막는다. 그리곤 자신의 갤럭시스톤을 렉스에게 전해준다. 새로운 갤럭시스톤은 렉스의 다이노튜너에 흡수되어 다이노튜너를 새롭게 업그레이드 시킨다. 그러자 하늘에서 알로사우르스가 나타나면서 울트라디버스터는 새로운 8단합체를 통해 금빛전사 '얼티밋 디버스터'가 된다. 얼티밋 디버스터는 강력한 힘으로 마준가사우르스를 물리친다. 파드라는 물러나면서 복수를 다짐한다. 렉스는 정화된 마준가 갤럭시스톤을 획득한다.
다이노아일랜드에 흩어진 갤럭시스톤 중 하나가 꼬마아이의 비누방울 장난감에 들어간다. 갤럭시스톤으로 강화된 비누방울 장난감은 특별한 비누방울을 만들어 다이노아일랜드는 비누방울 대소동이 일어난다. 렉스와 다이노코어들도 비눗방울에 갇히고, 이리저리 튕겨지게 된다. 그때, 파드라가 나타나서 꼬마아이에게서 비누방울 특성이 생긴 갤럭시스톤을 빼앗아 기가다이노 친타오사우르스를 소환하여 합친다. 비눗방울 갤럭시스톤의 힘을 흡수한 친타오사우루스는 강력한 '동글동글 비눗방울'로 얼티밋디버스터와 메가디세이버를 농락한다. 존은 비눗방울은 진동을 이용한 특정 주파수로 터뜨릴 수 있음을 알아채고, 메가디세이버 매머드의 음파공격과 마준가 갤럭시스톤을 힘을 합쳐서 친타오사우르스를 물리친다. 정화된 친타오사우르스 갤럭시스톤을 가져가려는 찰나, 다크노가 메카다이노 프테라노돈을 이끌고 렉스와 친구들을 기습 공격하고 친타오 스톤을 훔쳐 달아난다. 카야는 프테라노돈을 알고 있는 듯 심상치않은 눈빛으로 바라본다.
다크노는 렉스에게서 빼앗은 친타오 스톤을 파드라에게 주며, 화해의 뜻을 전한다. 하지만 파드라는 다이노마스터들의 갤럭시스톤도 빼앗아오라고 요구한다. 이를 흔쾌히 받아들이는 다크노는 기가매머드와 함께 지구로 향한다. 한편 카야는 어릴 적 추억에 빠져있다. 다크노와 함께 나타났던 프테라로돈은 카야의 어린 시절 친구이자 다이노행성을 지키는 메카다이노였던 것이다. 카야는 프테라노돈이 왜 다크노의 편에 선 것인지 고민하는데 이때 새로 등장한 갤럭시스톤이 고장난 냉장고와 결합하면서 온세상을 얼려버릴 냉기를 내뿜는다. 이에 렉스와 친구들이 갤럭시스톤을 찾으려는 찰나에 다크노가 나타나 냉장고 특성의 갤럭시스톤을 기가매머드와 합쳐서 프로즌매머드를 만든다. 그리고 검은 프테라노돈까지 소환하여 함께 협공을 벌인다. 프테라노돈은 오랜 친구인 카야를 알아보지 못하고 카야까지 공격하는데, 카야는 그런 프테라노돈의 모습에 좌절한다. 그때, 아칸은 친구를 포기하지 말라며 카야를 응원한다. 카야는 아칸의 말에 용기를 얻고 직접 프테라노돈에게 뛰어들어 올라타 속박하고 있던 오염된 갤럭시스톤을 찾아 정화한다. 그러자 검은 색의 프테라노돈이 은빛 프테라노돈으로 바뀐다. 정화된 갤럭시스톤은 아칸의 튜너로 흡수되어서 아칸의 튜너를 업그레이드 시킨다. 그와 동시에 메가디세이버와 프테라노돈, 은빛 알로사우르스가 새로운 합체해서 은빛전사 '하이퍼 디세이버'가 된다. 하이퍼 디세이버는 강력한 힘으로 프로즌 매머드를 제압하고 다크노는 분해하며 물러난다.
갤럭시스톤 하나가 에밀리의 거울에 들어가고만다. 에밀리의 거울이 갤럭시스톤으로 강화되면서 거울 속에서 가짜 에밀리가 튀어나오게 된다. 가짜 에밀리는 다이노아일랜드 이곳저곳을 다니면서 말썽을 피운다. 진짜 에밀리는 가짜 에밀리 때문에 곤란한 상황에 처하고 마는데, 아칸이 거울에 붙어있는 갤럭시스톤을 발견하면서 가짜 에밀리의 정체가 밝혀진다. 하지만 파드라가 갤럭시스톤을 빼앗고, 기가다이노 카우딥테릭스와 갤럭시스톤을 융합해서 거울의 힘으로 렉스와 아칸을 공격한다. 거울 속 분신에 둘러싸여 고전을 면치 못하던 렉스와 아칸은 프로즌매머드 스톤의 힘으로 거울을 얼어붙게 만들어서 분신을 없애서 거울을 깨뜨려 파드라를 무찌른다.
렉스와 아칸, 존은 파드라보다 먼저 갤럭시스톤을 찾기위해서 마을 곳곳을 찾아나선다. 하수도에서 반짝이는 것을 발견한 존은 렉스와 아칸을 데리고 하수도를 뒤진다. 존과 친구들은 하수도를 열심히 뒤졌지만 반짝이는 물건을 찾지 못했다. 하지만 하수도에 있던 갤럭시스톤은 이미 존의 신발바닥에 붙어서 합쳐진 뒤이다. 다이노피자로 온 존과 친구들은 알 수 없는 악취에 온 신경이 쓰인다. 존은 렉스와 아칸이 하수도에 갔다 온 후 씻지 않았기 때문이라며 렉스와 아칸에게 잔소리하곤 스테고와 피자배달을 나간다. 하지만 악취는 존에게서 나는 것이기 때문에 다이노아일랜드는 곧 악취에 휩싸인다. 존도 자신의 신발에서 악취가 난다는 사실을 알았을 무렵 파드라가 나타나서 존의 신발에서 갤럭시스톤을 떼어낸다. 렉스와 아칸도 나타나서 파드라을 막아서자 파드라는 기가다이노 고르고사우르스를 소환한다. 고르고사우르스는 냄새가 고약한 '어질어질 꼬랑가스'와 발차기 공격으로 디버스터와 디세이버를 궁지로 몰아넣는다. 그때, 존은 스테고가 둔해서 냄새를 못 맞는다는 사실을 알아챈다. 렉스는 스테고로 코어체인지한 뒤, 카우딥테릭스 스톤을 사용해서 꼬랑가스를 반사시켜 파드라를 무찌른다.
다이노피자의 새로운 피자를 홍보하기 위해 렉스와 친구들은 피자집 앞에서 춤추고 노래하는 중이다. 이를 시기하는 빌은 다이노피자의 신메뉴 홍보를 방해하려고 마음먹는다. 마침 다크노가 나타나 빌에게 갤럭시스톤이 박힌 리코더를 건네준다. 이 리코더의 연주를 들으면 몸이 제멋대로 춤추기 시작한다. 빌과 테드는 다이노피자 신메뉴 홍보장에서 갤럭시스톤 리코더를 연주해서 렉스와 친구들을 비롯한 군중까지 춤을 추게 만든다. 아칸은 리코더에 갤럭시스톤이 붙어있는 것을 발견하지만 춤을 추는 것을 멈출 수 가 없어서 난처해한다. 그때, 파드라가 리듬에 몸을 맡긴 듯이 자연스럽게 춤을 추며 빌을 쫓아간다. 렉스도 뒤질세라 자유자재로 춤을 추면서 파드라를 쫓아가지만 파드라가 간발의 차이로 빌의 리코더를 빼앗고, 기가다이노 암모나이트를 소환한다. 암모나이트에 갤럭시스톤의 힘을 더하자 암모나이트는 피리를 불며 '룰루랄라 음파'를 사용할 수 있게된다. 룰루랄라음파를 맞은 상대는 신나게 춤을 추게된다. 아칸은 춤을 추지 않기위해서 안간힘을 쓰지만 그럴수록 몸은 더 마음대로 움직이지 않는다. 그런데 렉스는 리듬에 몸을 맞기고 자연스럽게 춤을 추면서 파드라의 공격을 피한다. 아칸은 파드라와 렉스에게 힌트를 얻어 자신도 춤에 몸을 맡기어 디버스터와 합동공격으로 암모나이트의 리코더를 파괴한다. 파드라는 전략을 바꿔서 '고주파 임팩트'로 디버스터와 디세이버를 공격한다. 렉스는 고르고 스톤을 사용해서 암모나이트를 악취에 꼼짝 못하게 만들고, 디세이버와 협동해서 암모나이트를 무찌르고, 암모나이트 갤럭시스톤을 획득한다. 다크노는 왜 갤럭시스톤을 결합
다크노가 이번엔 갤럭시스톤을 길가의 자동차에 심어놓는다. 갤럭시스톤과 융합된 자동차는 괴물차가 되어 미친듯이 질주를 시작한다. 파드라는 다크노의 모습을 확인하고, 다크노를 의심하기 시작한다. 한편, 우연히 렉스가 배달하던 피자가 그 자동차에 딸려들어간다. 렉스와 티라노, 샤벨, 스테고는 피자를 되찾기 위해서 질주하는 자동차를 쫓는다. 그러던 중 아칸과 케라토, 매머드, 트리와 마주친다. 아칸과 다이노코어들은 자동차에 갤럭시스톤이 붙어있는 것을 확인하고 차를 쫓는다. 렉스와 다이노코어들도 아칸과 합류하면서 자동차와 갤럭시스톤이 융합된 것을 알게된다. 아칸과 렉스는 기지를 발휘하여 폭주하는 자동차를 도시에서 벗어나서 화산 꼭대기로 유도한다. 하지만 파드라가 나타나서 갤럭시스톤을 먼저 취한다. 파드라는 재빠른 기가다이노, 슈부이야를 소환한다. 슈부이야는 갤럭시스톤과 융합해서 큰 바퀴를 갖게 되고 더 빨라진다. 슈부이야는 빠른 속력을 이용해서 '퀵퀵소용돌이'를 만들어낸다. 퀵퀵소용돌이는 디세이버와 디버스터를 가둬버린다. 소용돌이 속에서 우왕좌왕하던 렉스는 디세이버를 힘껏 던져 퀵퀵소용돌이 바깥으로 빠져나가게 만든다. 아칸은 암모나이트 스톤을 사용해서 강력한 음파공격으로 퀵퀵소용돌이를 분해해버리고, 슈부이야까지 공격해서 파드라에게서 승리한다.
빌과 테드는 두더기잡기 게임기를 가지고 놀다가 갤럭시스톤을 두더지게임기와 융합시켜버린다. 갤럭시스톤이 붙은 두더지는'요리조리 구멍'을 만들어서 공간을 이동할 수 있게 된다. 두더지는 다이노아일랜드를 돌아다니면서 사람들을 난처하게 만든다. 렉스와 아칸은 갤럭시스톤이 붙은 두더지를 발견하곤 두더지를 잡으려고 고군분투하지만 두더지는 쉽게 잡히지 않는다. 그때, 트리가 트리크레인을 날려서 두더지를 잡는다. 하지만 두더지가 요리조리 구멍을 만들어서 도망쳐버린다. 그런데 트리까지 두더지를 따라서 요리조리 구멍으로 들어가게된다. 트리는 두더지와 함께 어두운 공간에 갇히게 되는데, 당황스러운 순간에 아칸의 목소리를 듣고 용기를 낸 끝에 자신만의 '포탈'을 열어서 요리조리 구멍을 빠져나오게 된다. 트리를 되찾은 기쁨도 잠시, 파드라가 나타나서 두더지를 탈취하고 기가다이노 유오플로케팔루스를 소환한다. 유오플로케팔루스는 요리조리 구멍을 사용해서 예측할 수 없는 곳에서 나타나서 디버스터와 디세이버를 공격한다. 힘겹게 당하던 아칸은 트리가 두더지의 공간에서 빠져나왔던 것을 기억하곤 트리로 코어체인지한다. 아칸은 트리가 자신없어하자 트리를 북돋우면서 용기를 준다. 트리는 아칸의 말에 힘을 얻어서 유오플로케팔루스를 포탈의 힘으로 궁지에 몰아넣는다. 디세이버가 찬스를 만들자 렉스는 슈부이야 스톤을 사용해서 파드라를 무찌른다.
다크노는 노안인 할아버지에게 갤럭시스톤이 박힌 돋보기를 선물한다. 이 돋보기에 비춰진 것들은 크기가 엄청나게 커진다. 한편, 카야는 피자배달을 하기 위해 밖으로 나왔다가 돋보기를 들고있는 할아버지와 마주친다. 카야는 돋보기에 박힌 갤럭시스톤의 힘으로 몸이 커지면서 예전의 어른 모습으로 돌아간다. 힘도 예전처럼 강해진 카야는 곤경에 빠진 소녀와 에밀리도 멋지게 구해낸다. 카야의 기쁨도 잠시, 파드라가 나타서 할아버지에게서 갤럭시스톤 돋보기를 빼앗자 카야는 다시 작아져서 힘을 잃게 된다. 한편, 파드라는 커다란 기가다이노인 세이모사우루스를 소환한다. 파드라는 ''거대거대 광선''을 사용해서 세이모사우르스의 몸을 더 크게 만들어서 다이노아일랜드 전체를 부숴버리려고 한다. 세이모사우르스가 거대거대 광선을 못 쓰게 만들기 위해선 세이모사우르스의 몸 곳곳에 잇는 렌즈를 한꺼번에 부숴야만 한다. 아칸은 트리의 포털 능력을 이용할 전략을 짠다. 트리는 용기를 내서 포탈을 여러개 만들어낸다. 렉스는 그 기회를 놓치지 않고 유로플로케팔루스 스톤을 이용해서 세이모사우르스의 모든 렌즈를 산산조각내고, 파드라를 격파한다. 한편, 카야는 힘을 잃었음에 아쉬워하는데 그때 다크노가 카야 앞에 나타난다. 그리고 그것을 티라노가 멀리서 목격하고 마는데........
티라노는 10화에서 다크노와 카야가 만난 것이 맘에 걸린다. 그런데 카야가 갤럭시스톤 2개를 숨기고 있던 사실이 드러난다. 티라노는 그 갤럭시스톤이 다크노가 준 것임을 직감한다. 아칸과 다이노코어들은 카야를 추궁하지만 카야는 이 갤럭시스톤은 본래 자신의 것이라며 강하게 주장한다. 한편, 파드라는 계속된 패배에 분해한다. 그때, 코스모사우르스가 나타나서 파드라에게 자신의 눈인 '다크홀'을 하사한다. 파드라는 어둠의 에너지를 뿜는 다크홀을 받아들고는 승리를 다짐한다. 파드라는 다크홀을 이용해서 지구와 사람, 동식물의 모든 생명에너지를 빨아들인다. 렉스와 아칸은 카야를 남겨둔 채, 출동한다. 디버스터와 디세이버를 파드라를 막으려고 하지만, 파드라는 티타노보아라는 뱀형태의 거대한 기가다이노가 지키고 있다. 티타노보아는 포이즌 투스, 티타노 스핏 등 무서운 공격을 하며 디버스터와 디세이버를 몰아붙힌다. 티타노스핏에 맞은 디버스터와 디세이버는 몸이 뻣뻣하게 굳어서 움직일 수 없게 되고, 티타노보아에게 사로잡힌다. 티타노보아의 칼날이 디버스터와 디세이버를 베기 직전! 다크엔젤의 모습을 한 카야가 파드라의 옆에서 나타난다. 렉스와 아칸, 에밀라와 존은 검은 옷을 입은 카야의 모습에 경악을 금치 못한다.
다크엔젤 카야는 파드라의 곁에 등장한다. 파드라는 어둠의 힘을 찬양하면서 카야를 받아들이려한다. 그러나 카야는 기습적으로 다크홀의 힘을 사용해서 파드라와 티타노보아를 공격한다. 다크홀의 에너지에 티타노보아가 쓰러지고, 디버스터와 디세이버를 마비시킨 티타노스핏도 사라지게 된다. 분노로 가득찬 파드라는 카야를 밀어서 떨어뜨린다. 디세이버는 추락하는 카야를 가까스로 구해낸다. 파드라는 다크홀의 힘을 이용해서 티타노보아의 진정한 모습을 이끌어낸다. 거미와 같은 몸을 갖게 되면서 더욱 더 커진 티타노보아는 다크홀의 힘을 사용해서 '코스모캐논', '코스모트랩' 등 여러가지 강력한 기술을 쓸 수 있게 된다. 다크홀의 힘에 절체절명의 위기에 빠진 렉스와 아칸. 아칸은 이겨야만한다는 강력한 의지를 불태우고, 렉스와 카야의 갤럭시스톤을 억지로 빼앗아 자신의 힘을 더 키운다. 디세이버는 갤럭시스톤의 힘으로 업그레이드하면서 커다란 날개와 낫을 갖게 된다. 그리곤 티타노보아를 무참히 짓밟기 시작한다. 파드라가 다크홀의 힘을 사용하려하지만 아칸을 넘어설 수 가 없는 지경이 된다. 결국, 디세이버의 낫에 티타노보아가 파괴되면서 파드라도 사라지고 만다. 이에 렉스는 모든 전투가 끝난다고 기뻐하는데 아칸이 이상한 행동을 한다. 아칸이 폭주한 상태로 다크홀의 강력한 힘에 이끌려 다크홀도 자신의 것으로 만든다. 아칸은 다크홀의 힘을 얻고 기쁨에 찬 순간, 다크노가 나타나서 아칸을 흡수해버린다. 렉스와 친구들은 모두 당황하자 다크노는 카야의 갤럭시스톤에 자신의 어둠을 심어놓았으며, 그 덕분에 아칸도 어둠에 물들었고, 그래서 이 모든 계략으로 아칸까
다크노는 렉스와 아칸이 갤럭시스톤의 숨겨진 힘을 이끌어내는 것에 흥미를 느끼고 있었다. 그래서 다크노는 아칸이 파드라를 무찌르기 위해서 갤럭시스톤의 힘을 모두 이끌어내었을 때, 아칸을 흡수해서 모든 것을 자신의 힘으로 만든 것이다. 이제 렉스의 힘만 가지게 되면 자신은 모든 갤럭시스톤의 힘을 손에 넣고 우주의 진정한 지배자가 될 수 있다면서 렉스를 자극한다. 렉스와 다이노코어들은 아칸을 구하기 위해서 고군분투하지만 모든 갤럭시스톤을 흡수해버린 디세이버의 강력함에 답을 찾지 못한다. 한편, 다크노에게 흡수된 아칸은 자신의 어두운 의식세계에 갇혀있다. 아칸은 빠져나오기 위해서 노력하지만 다크노가 나타나 힘을 추구하는 모습이 자신의 모습과 같다며 깊은 수렁으로 빠뜨린다.
다크노로부터 지구를 구한 지 1년, 떠뜰썩한 행사가 한창인데, 난데없이 하늘에 나타난 포탈에서 해머를 든 소녀와 메카몬스터 리자드맨들이 떨어진다. 행사장은 순식간에 아수라장이 되고 렉스는 리자드맨에 쫓겨 달아나는 소녀를 쫓아간다. 멋진 솜씨로 리자드맨을 물리친 소녀는 다이노행성의 공주 라키나이다. 라키나는 다짜고짜 렉스를 다이노행성으로 데려가려 하는데 리자드맨이 합체하여 거대해진 히드라가 공격하기 시작한다. 렉스는 라키나에게 받은 튜너로 다시 다이노마스터가 되어, 메가디파이터 티라노와 함께 히드라를 물리친다. 라키나는 렉스를 데리고 포탈로 달려가고 에밀리가 붙잡으려 하지만 포털의 폭주로 렉스와 라키나는 사라진다.
렉스가 눈을 뜬 곳은 다이노행성의 사막. 스피노전사들이 나타나 렉스를 마을로 데려간다. 렉스는 튜너를 빼앗길 위기에 처하지만 라키나가 트레온으로 렉스를 구한다. 도망치던 트레온을 스피노족의 로봇 모빌라이칸이 가로막자, 렉스는 메가디파이터를 타고 모빌라이칸에 맞선다. 메가디파이터가 모빌라이칸을 무찌르려는 찰나, 부서진 로봇안에는 스피노족 꼬마 레오가 타고 있었다. 스피노전사들이 나타나 대치하는 상황, 스피노족장이 등장하여 싸움을 중지시킨다.
라키나는 포탈의 폭주로 이미 10년이 지났음을 알게 된다. 족장은 10년전 라키나가 다이노행성을 떠난 후 다크킹이 행성을 다크화했다는 얘길 한다. 스피노족은 라키나를 행성을 버린 배신자로 생각한다. 스피노족과 라키나가 갈등으로 대립하는 순간 스피노마을의 골치거리인 데스웜이 나타난다. 렉스는 메가디파이터로 데스웜을 상대하여 무찌른다. 다이노마스터의 힘을 본 레오와 스피노족은 용기를 얻는다. 그때 스피노마을이 공격을 당한다.
스피노마을은 다크킹의 공격을 받아 심각한 피해를 입었다. 떠나자는 의견과 맞서자는 의견이 대립하는 가운데 라키나의 설득에도 불구하고 스피노족은 마을을 떠나기로 결정한다. 마을에 남은 라키나, 렉스, 레오는 다크킹에게 맞서기 위한 작전을 짠다. 다크킹의 메카몬스터 드릴비틀이 나타나고 함정에 몰아넣어 성공하는 듯 했으나, 드릴비틀의 반격에 위기를 맞는다. 그때 극적으로 스피노족이 나타나 힘을 보태고 드릴비틀을 무찌른다. 스피노족은 전사의 정신을 다시 일깨워준 것에 감사하며 북쪽마녀를 향해 떠나는 라키나에게 이동수단인 트레온을 준다.
도적을 무찌르며 사막을 해매던 아칸은 메카다이노의 공격을 받는다. 그런데 공격은 환상이었고 아칸은 절벽아래로 떨어진다. 그리고 그곳에서 라키나의 레이더를 발견한다. 렉스와 라키나는 트레온이 모래에 빠져 곤란을 겪고 있다. 그런데 렉스는 사막 한가운데서 피자집을 발견하고 반가운 친구들을 만나는데, 갑자기 메카다이노가 나타나고 렉스는 메가디파이터를 소환해 싸우기 시작한다. 하지만 모두 메카몬스터 드림스콜이 만든 환상이었고 재회한 아칸과 힘을 합쳐 드림스콜을 무찌른다. 아칸을 통해 다이노아일랜드도 포탈을 통해 다이노행성으로 이동되었다는 사실을 알게 된다.
렉스는 다이노아일랜드에서 가족, 친구들과 재회할 생각에 들떠있다. 하지만 도착하니 도시는 렉스가 포탈에 휩쓸린 날 그대로 멈춰 있다. 시간을 먹고사는 타임슬러그 때문이다. 타임슬러그를 잡으려는 렉스와 아칸을 다크킹의 아이언펀치가 가로막는다. 렉스와 아칸은 다크킹을 무찌르기 위해 애쓰지만 강력한 아이언펀치의 공격에 위기를 맞는다. 한편 라키나는 타임슬러그를 잡기 위해 도심에서 추격전을 벌인다. 아이언펀치가 강력한 공격으로 도시를 파괴하려는 순간 타임슬러그의 능력을 이용하여 아이언펀치를 무찌르고 타임슬러그도 무찔러 다이노아일랜드를 구한다. 렉스는 파브로, 존와 반갑게 재회한다.
렉스는 에밀리를 찾기위해 전단지를 만들고 있는데, 피자배달 주문이 쏟아진다. 렉스와 아칸, 존은 다이노행성 곳곳으로 피자배달을 가지만 모두 거짓주문이었다. 한편 황폐해진 행성을 살피던 라키나는 다이노아일랜드를 향해 폭주하는 샤크봄버를 발견한다. 거짓주문은 다크킹이 벌인 짓임을 깨닫고 메가디파이터와 트레온 샤크봄버를 쫓으며 저지하려 노력한다. 하지만 막지 못하고 샤크봄버는 다이노아일랜드 도심까지 들어와 건물에 출동할 위기에 처한다. 마지막 순간 렉스와 아칸은 힘을 합쳐 샤크봄버의 진로를 변경해 다이노아일랜드를 구한다.
많은 사람들이 모인 다이노피자의 신제품 시식회에 테드도 몰래 참석하지만 빌에게 들키고 만다. 썬썬피자 대신 다이노피자를 좋아하는 테드에게 화가 난 빌은 테드가 받은 피자를 망가뜨린다. 다크킹은 상심한 테드를 다크화시켜 테드콩으로 만든다. 이성을 잃은 테드콩은 도시에서 난동을 부리고, 렉스와 아칸은 테드콩의 정체를 모른채 메가디파이터로 맞서 싸운다. 테드콩을 무찌르려는 순간 빌이 나타나 테드콩의 정체를 알려준다. 렉스와 아칸은 이러지도 저러지도 못하는 와중에 테드콩은 빌딩옥상의 피자 광고판을 발견하고 위로 올라간다. 빌은 테드를 되돌리기 위해 다이노피자를 구해 빌딩으로 향한다. 빌딩 옥상에서 난동부리는 테드콩은 다크킹의 등장으로 더욱 폭주하는데 피자를 든 빌이 나타난다. 빌의 우정에 감동한 테드콩은 다시 테드로 돌아가고 렉스와 아칸은 다크킹을 무찌른다.
아이언펀치가 이끄는 리자드맨 오토바이 부대에게 쫓기는 트레온. 정신없는 와중에 정체모를 작은 로봇이 나타나 렉스를 스캔하고 사라진다. 계속되는 리자드맨의 추격에 렉스와 아칸은 메가디파이터로 싸우기 시작한다. 트레온이 협곡에 들어서며 싸움은 더욱 치열해진다. 그때 바이크를 탄 정체불명의 여자가 나타나 렉스 일행을 돕고 길을 안내하기 시작한다. 바이크를 탄 여자를 따라 협곡을 뛰어넘으며 리자드맨들을 따돌리는 듯 했지만 여전히 쫓긴다. 다른 협곡을 통과하여 도착한 곳은 북쪽마녀의 성앞이다. 트레온 바퀴가 고장이 나서 리자드맨들에게 포위되는데 북쪽마녀의 성에서 엄청난 무기들이 나타나 리자드맨들을 모두 폭발시킨다. 혼자 살아남은 아이언펀치가 달려들지만 메가디파이터는 멋지게 무찌른다. 그리고 렉스 일행 앞에 정체불명의 여자가 다시 나타난다.
정체불명의 여자는 자신이 에밀리라고 한다. 10년전 다이노행성에 먼저 도착했던 에밀리는 우연히 만난 로봇 로로의 도움을 받아 버려진 기지 - 북쪽마녀에서 지내왔다. 북쪽마녀가 건물 이름이라는 것을 알게 된 라키나는 실망한다. 그때 활로 무장한 아이언펀치가 공격하고 화살에 맞은 북쪽마녀는 공격 기능을 잃고 만다. 렉스와 아칸이 디파이터로 아이언펀치에 맞서는 동안 에밀리와 로로는 북쪽마녀에 박힌 화살들을 제거하기 위해 위험을 무릅쓴다. 라키나의 도움으로 아이언펀치와 다크킹에게 치명적인 상처를 입히는데 성공하고, 에밀리가 화살을 제거해 북쪽마녀는 공격기능을 회복하는데 성공한다. 하지만 아이언펀치의 화살은 로로를 공격하고 에밀리가 사로잡힌다. 에밀리를 구하는 대가로 렉스는 튜너의 힘을 다크킹에게 뺏기고 만다. 하지만 힘을 얻은 다크킹은 태도를 돌변하고 렉스는 다크에너지에 감염되어 정신을 잃게 된다.
다크킹은 아칸의 튜너마저 빼앗기 위해 메카몬스터들을 불러내 총공격을 펼친다. 아칸은 혼자 힘겹게 맞서고 에밀리는 라키나의 도움을 받아 감염된 렉스를 북쪽마녀로 급히 옮긴다. 아칸이 혼자 메카몬스터들에 맞서 고군분투하는데 다시 달려온 라키나는 돕기 위해 나타난 스피노족과 함께 반격에 나선다. 다크킹은 더욱 많은 메카몬스터를 불러 공격을 하고 아칸과 스피노족이 겨우 막아내는 동안 라키나는 다크킹을 직접 무찌르려 하지만 실패하고 만다. 다크킹은 가장 강력한 메카몬스터 아르마슬레이어를 불러낸다. 한편 에밀리와 로로는 렉스를 치료하려 하지만 가망이 없어보인다. 다크킹은 아칸의 힘마저 빼앗고 아칸은 트리를 잃는다. 그 순간 로로는 자신을 희생해서 품고있던 힘을 렉스에게 주고, 렉스는 황금색으로 빛나기 시작한다.
다크킹은 아칸에게 빼앗은 갤럭시스톤을 케나인에 넣는다. 모빌라이칸은 윙수트를 장착하고 날아올라 다크킹에게 공격을 퍼붓지만 아르마슬레이어의 공격에 속수무책이다. 렉스는 로로가 준 드래곤스톤의 힘으로 되살아났지만 깨지않고 빛나기만 할 뿐이다. 모빌라이칸들은 아르마슬레이어의 공격에 하나둘 격추당한다. 레오마저 당하는 순간 북쪽마녀에서 발사된 광선으로 아칸, 라키나, 스피노족들이 안전하게 북쪽마녀 안으로 이동되고 어느새 부활한 메가디파이터가 아르마슬레이어의 공격을 막아 선다. 아르마슬레이어는 쌍검을 꺼내 더욱 강력한 공격을 퍼붓는다. 드래곤스톤의 힘으로 더욱 강해진 디파이터는 쌍검을 부러뜨리지만 아르마슬레이어는 다크에너지를 모아 다이노행성을 부술 기세로 발사한다. 그때 북쪽마녀가 빛의 창을 생성하고 디파이터는 창으로 아르마슬레이어를 무찌른다. 패한 다크킹을 라키나는 용서한다. 다크킹은 참회의 눈물을 흘리는데 갑자기 포탈이 열리며 코스모사우루스가 나타난다. 코스모사우루스는 다크킹을 갤럭시스톤으로 만들어 흡수하고 사라진다
평화를 되찾은 다이노행성의 다이노아일랜드. 모두 새로운 일상에 적응하고 있지만 지구로 돌아가는 일은 숙제로 남아있다. 렉스와 레오가 디파이터 티라노와 모빌라이칸을 타고 피자배달을 하던 중 하늘에서 정체불명의 구체가 나타난다. 구체가 발사한 광선에 맞은 자동차는 거대한 괴물자동차가 되어 도시를 파괴한다. 디파이터 티라노와 모빌라이칸은 괴물자동차를 무찌른다. 그리고 다시 구체가 만든 괴물 신호등의 공격이 이어지고 디파이터 트리의 힘을 되찾은 아칸의 도움으로 무찌른다. 렉스와 아칸은 갑자기 백색공간으로 소환되어 드래곤의 부름을 받고 새로운 힘을 얻게 된다. 둘 앞에는 구체로 자신을 숨긴 코스모사우루스가 본색을 드러내고 거대한 주먹으로 공격을 하지만 렉스와 아칸은 새로운 힘으로 가볍게 무찌른다.
드래곤스톤의 힘을 얻은 렉스와 아칸은 코스모사우루스의 왕주먹을 파괴하며 다시 한번 위기에 빠졌던 다이노행성을 구한다. 그런데 갑자기 하늘에서 수상한 큐브가 떨어지고, 호기심에 만지작거리던 레오는 큐브에서 발생한 힘에 감전이 되나 싶더니 어느새 팔에 다이노튜너가 채워진다. 모두 큐브의 정체를 궁금해하던 중 익룡 메카다이노가 나타나 큐브를 훔쳐 달아난다. 갑자기 레오의 튜너가 스스로 움직여 큐브를 쫓기 시작하고 레오도 튜너에 이끌려 덩달아 메카다이노를 쫓게 된다. 위험한 추격속에 위기를 맞은 레오는 튜너의 힘을 얻어 다이노마스터로 다시 태어난다. 멋진 수트를 입은 레오는 메가파이터 크로노를 소환하여 메카다이노로부터 위험에 빠진 시민을 구한다.
레오는 렉스, 아칸, 라키나와 힘을 합쳐 익룡 메카다이노를 무찌른다. 허풍과 거만의 크로노, 시종일관 티라노와의 갈등만 쌓여간다. 드디어 모습을 드러낸 코스모사우루스는 다이노아일랜드로 메카다이노를 보낸다. 갑자기 도시에 중력이 사라지고 큰 혼란에 빠진다. 공중을 헤엄쳐 다니는 거대한 물고기 메카다이노에 맞서는 다이노전사들. 티라노와 트리는 중력이 사라져 둥둥 떠다니며 속수무책으로 당하는 와중에 크로노는 큐브를 사수하기 바쁘다. 공중을 자유롭게 날 수 있는 크로노의 도움으로 결국 메카다이노를 무찌르고 도시는 평화를 되찾는다.
존은 라키나에게 잘 보이기 위해 헤어스타일을 바꾸고 멋지게 차려 입는다. 도심 한복판에 등장한 코스모사우루스. 평화로운 도시는 순식간에 아수라장이 된다. 큐브를 손에 넣으려는 코스모사우루스를 막기 위해 렉스와 친구들은 메가디파이터의 힘을 모두 모아 맞선다. 하지만 코스모사우루스의 힘과 위력은 지금까지 느껴보지 못한, 상상을 초월하는 공포를 불러일으킨다. 마침 존은 큐브의 비밀을 알아내고, 다이노전사들이 위기에 처한 상황에서 큐브의 봉인을 해제한다. 봉인되었던 큐브에서 등장한 것은 화이트드래곤이다. 코스모사우루스는 기다렸다는 듯이 블랙드래곤으로 변신하고 둘은 강렬한 에너지를 뿜으며 충돌한다.
거대한 폭발과 함께 화이트드래곤은 사라지고, 다친 코스모사우루스는 후일을 기약하며 물러난다. 거대한 전투가 일단락 되자, 사람들은 다시 한번 도시를 구한 다이노마스터들을 환호하고, 다이노피자의 인기가 치솟으며 품절현상까지 벌어진다. 이를 질투의 시선으로 바라보는 빌 앞에 기억을 잃은 드래곤이 나타난다. 빌은 자신을 썬썬맨이라 거짓말을 하고 드래곤과 함께 영웅행세를 하게 된다. 화제가 된 썬썬맨 덕분에 썬썬피자는 인기를 얻는 듯 했지만 빌과 드래곤은 어설픈 영웅행세로 오히려 말썽을 일으켜 원성을 듣게 된다. 낙담한 빌은 드래곤에게 화를 내고 헤어지는데 위기에 처한 빌과 테드를 드래곤이 구하면서 화해를 하게 된다. 그 과정에서 드래곤은 기억을 되찾는다.
드래곤스톤을 찾아 떠난 렉스와 친구들. 드래곤은 갤럭시스톤과 드래곤스톤에 얽힌 이야기를 해준다. 험난한 사막을 따라가던 중 드래곤스톤의 에너지가 느껴지는 장소에 도착한다. 정체불명의 문을 통과해 거대한 트리케라톱스 몬스터가 지키는 미궁에 갇히고 만다. 메가디파이터 티라노, 트리, 크로노 그리고 드래곤은 힘을 합쳐 힘겹게 몬스터를 무찌르고 미궁에서 탈출하는데 그들 앞에 스펙터라는 또 다른 적이 등장한다.
스펙터는 드래곤스톤에 의해 만들어진 몬스터이다. 드래곤스톤의 힘을 가진 스펙터는 너무나도 강력해서 렉스와 친구들은 고전을 면치 못한다. 하지만 위기 끝에 4단합체로 힘을 합쳐서 스펙터를 무찌르고 드래곤스톤을 얻게 된다. 그때 의문의 다이노헌터가 나타나 드래곤스톤을 빼앗고 그 힘으로 트레온까지 빼앗아 달아난다. 다이노헌터는 이미 갖고 있던 것까지 모두 2개의 드래곤스톤을 손에 넣었고 또 다른 드래곤스톤을 찾기 위해 사막을 달린다. 그런데 마침 트레온에 남아있던 존은 다이노헌터에게 사로잡히고, 다이노마스터를 대신해 다이노헌터와 말싸움을 하는데, 갑자기 나타난 메카다이노가 트레온의 앞을 막는다. 다이노헌터는 거대 몬스터로 변신해서 메카다이노를 단숨에 무찌르고 때마침 도착한 렉스와 친구들은 몬스터로 변신한 다이노헌터와 마주하게 된다.
거대 몬스터로 변한 다이노헌터에 맞서 렉스와 친구들은 메가디파이터로 변신한다. 드래곤스톤을 되찾기 위해서 대결을 하지만 다이노헌터의 힘은 강력해서 무찌르기 쉽지 않다. 겨우 힘을 모아 렉스가 마지막 필살기를 펼칠 공격 기회를 잡았지만 렉스는 몬스터의 본 모습이 다이노헌터라는 것을 기억하고 차마 공격하지 못한다. 결국 혼란을 틈 타 라키나가 트레온으로 다이노헌터를 협곡의 다리 위로 끌고가 다리를 무너뜨려 협곡 아래로 떨어뜨린다. 그런데 그만 라키나도 함께 떨어지고 만다. 정신을 차린 렉스와 친구들. 아칸은 드래곤스톤을 뺏긴 것이 렉스 때문이라고 생각한다. 트레온 바퀴자국을 따라 협곡에 도착한 일행은 바닥에 떨어진 레이더를 발견한다.
정신을 차린 라키나와 케인이 서로를 겨냥하며 대치하는 순간, 거대한 개미 몬스터들의 습격이 이어진다. 생존을 위해 서로 힘을 모으는 라키나와 케인. 하지만 개미 몬스터들의 수는 전혀 줄어 들지가 않는다. 한편 렉스와 친구들은 라키나가 떨어뜨린 레이더를 실수로 협곡 아래로 떨어뜨리고 만다. 그리고 라키나를 찾아 협곡으로 내려가기로 한다. 라키나와 케인은 계속된 개미 몬스터의 공격에 점점 지쳐가는데, 갑자기 거대한 무언가 떨어지며 벌레들을 한번에 제압한다. 자신보다 몇 배로 커져버린 레이더이다. 사실은 두 사람이 작아진 것임을 알게 된다. 렉스와 친구들은 라키나, 케인과 재회하고 힘을 모아 개미 몬스터를 무찌른다. 땅 위에 올라오자 개미 몬스터 스펙터가 등장한다. 맞으면 크기가 작아지는 광선을 쏘는 스펙터에 맞서 메가디파이터들은 쉽게 싸울 수가 없다. 결국 케인과 힘을 합쳐 스펙터를 무찌르는데 성공하는데, 지친 케인은 정신을 잃고 쓰러진다.
코스모사우루스에게 소중한 사람을 뺏긴 케인은 악몽에서 깨어난다. 트레온을 타고 가던 일행은 오아시스를 만난다. 그런데 왠 테이블에 진수성찬이 차려져 있다. 배가 고팠던 렉스와 친구들은 의심하지만 허겁지겁 음식을 먹다가 하나, 둘씩 사라지기 시작한다. 주변을 살피던 케인과 아칸은 드래곤스톤을 발견하고 차지하기 위해 다투지만 드래곤스톤은 가짜였고 함정임을 깨닫는다. 혼자 남은 존 앞에 나타난 거대한 개구리 스펙터. 아칸은 홀로 메가디파이터 트리로 맞서지만 속수무책이다. 그때 케인은 갖고 있던 역겨운 맛의 젤리를 스펙터에게 먹여서 렉스와 친구들을 모두 토하게 만든다. 탈출한 렉스와 친구들은 모두 힘을 합쳐 스펙터를 무찌르고 드래곤스톤을 손에 넣는다. 그렇게 모든 드래곤스톤을 모았다.
모은 드래곤스톤은 이상하게 힘을 발휘하지 않는다. 에밀리로부터 북쪽마녀에 이상이 있다는 연락을 받고 모두 북쪽마녀로 향한다. 그런데 트레온이 고장이 나고 부품을 구하기 위해 다이노를 잡기 위한 덫, 테이져타워가 모여있는 장소에 도착한다. 렉스와 친구들은 트레온의 부품을 구하기 위해 위험을 무릅쓰고 메인 타워로 침투한다. 강력한 광선으로 보호되는 타워에 맞서 아칸의 플라즈마 쉴드를 사용해서 접근에 성공한다. 하지만 결국 강력한 광선에 아칸은 위기를 맞고 케인이 몸을 날려 대신 광선을 맞는다. 그때 등장한 코스모사우루스. 강력한 메가몬스터가 등장해서 케인을 공격하고 케인은 몬스터가 되어 맞서지만 코스모사우루스에게 어떤 약점을 잡혀있는 케인은 렉스와 친구들을 배신하고 코스모사우루스와 힘을 합쳐 공격하기 시작한다. 결국 드래곤스톤을 케인에게 빼앗기고 마는데, 갑자기 거대한 북쪽마녀호가 나타나 렉스와 친구들을 구출해서 워프로 사라진다.
렉스와 친구들은 북쪽마녀호를 타고 워프를 통과해 10년전으로 시간여행을 하게 된다. 케나인에 침투하려는 10년전의 케인을 만나고 함께 힘을 모으게 된다. 그때 메카몬스터가 나타나 가로막지만 렉스와 친구들은 힘을 합쳐 메카몬스터를 무찌르고 케나인 내부에 침투를 성공한다. 그리고 그곳에 사로잡혀있는 카야를 발견하고 케인이 바로 카야의 오빠라는 것을 알게 된다. 억지로 카야를 구하려던 케인은 팔을 다치고 만다. 케나인은 땅속으로 사라지고 렉스와 친구들은 후일을 기약하며 케인과 작별을 한다. 그리고 다시 워프를 통과해 테이져타워 지대로 돌아온다. 몬스터가 된 케인과 메카몬스터 앞으로 돌아온 렉스와 친구들. 메카몬스터에게 공격을 받는 찰나 케인이 메카몬스터를 막아 렉스와 친구들을 구한다. 10년전에 만났던 것을 기억하고 있었다.
코스모사우루스가 불러낸 메카몬스터에는 세뇌 당한 카야가 타고 있었다. 케인은 드래곤스톤을 렉스에게 돌려준다. 드래곤스톤의 힘으로 다시 합체한 렉스와 친구들은 메카몬스터에 갇혀있던 카야를 구한다. 렉스와 친구들은 4단합체 얼티밋킹다이노가 되어 코스모사우루스가 변신한 블랙드래곤에 맞선다. 하지만 10년전 드래곤의 힘을 눈치챘던 코스모사우루스는 드래곤스톤의 힘의 기원인 별들을 어둠으로 물들여왔다. 지금의 힘으로는 블랙드래곤을 이길 수 없다. 결국 강한 공격을 받아 합체가 해제된다. 끝까지 힘을 짜내 맞서보지만 블랙드래곤의 공격에 차례로 쓰러지고 결국 렉스마저 무너진다. 블랙드래곤은 점차 거대해지고 다이노행성에는 어두운 그림자가 드리운다.
거대해진 블랙드래곤은 우주로 날아올라 강력한 광선으로 주변 행성들을 하나씩 폭발시킨다. 모두가 절망한 가운데 라키나는 렉스에게 용기를 심어준다. 다이노행성 주민들의 염원이 빛의 씨앗이 되어 렉스에게 힘을 주고, 그 힘으로 4단합체를 한 얼티밋킹다이노는 블랙드래곤에 견줄 만큼 거대해진다. 우주로 날아올라 블랙드래곤이 된 코스모사우루스와 맞서고, 코스모사우루스는 다크홀을 생성해 두 사람만의 공간에 얼티밋킹다이노를 가둔다. 둘은 최후의 무기를 꺼내 치열한 전투를 벌이지만 전투중에 무기는 모두 부서지고, 코스모사우루스는 다크홀의 힘으로 우주의 에너지를 빨아들이기 시작한다. 다이노행성을 비롯해 지구까지 다크홀에 이끌려 충돌할 위기에 처하는데, 모두가 절망한 순간 렉스는 친구들이 보여준 희망의 빛을 잃지 않고 용감하게 맨몸으로 뛰어든다. 렉스가 집어 든 조각은 빛이 되어 부서진 파편들을 흡수하고 새로운 검으로 재탄생한다. 렉스는 빛의 검으로 거대한 원성진을 만들어 코스모사우루스를 흡수해 버린다. 하지만 여전히 우주는 다크홀로 인해 위기에 처했고, 드래곤의 희생으로 우주가 정화되어 평화를 되찾는다. 지구로 돌아온 다이노아일랜드의 해변에서 소풍을 즐기는 렉스와 친구들. 하늘에는 다이노행성이 커다란 달처럼 떠있다.