새로이 등장하는 파드라는 코스모사우르스를 위해 우주의 갤럭시스톤들 사냥꾼이다. 태양계를 무대로 모은 갤럭시스톤을 코스모사우루스에게 가져가고 있던 중에 다크노의 습격을 받으며 3기의 이야기는 시작된다. 파드라와 다크노의 전투중에 갤럭시스톤들이 지구로 추락한다. 한편 다크노에게 갤럭시스톤의 힘을 빼앗긴 카야는 몸이 작아져 있다. 적이었으니 떠나겠다고 하는 카야를 렉스가 친구니까 함께 있자며 만류하던 중에 파드라의 갤럭시스톤 들이 다이노아일랜드 주변으로 떨어져 거대한 충격으로 새로운 섬이 생겨난다. 이 폭발로 갤럭시스톤들이 조각나며 주변으로 흩어져 날아간다. 심상치 않은 기운에 렉스와 아칸이 섬으로 가자 갤럭시스톤을 찾으러 온 파드라와 맞닥뜨린다. 파드라는 자신이 모았던 모든 갤럭시스톤과 함께 렉스와 아칸의 갤럭시스톤도 뺏으려 기가다이노 '마준가사우르스'를 탄다. 여태껏 만난 메카다이노와는 비교도 안될 정도로 강한 마준가사우르스의 공격에 울트라디버스터와 울트라디세이버는 절체절명의 위기에 처한다.